4MFIA

Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ugpb
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
SVKSGSGPIDFWSSHPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDDRWWFHFALSGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYNKAAWQQAGLPDRGPQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFGGAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSLAGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPTNTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGDRIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of Mycobacterium tuberculosis ATP-binding cassette transporter subunit UgpB reveals specificity for glycerophosphocholine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding pr
molecule tags Sugar binding protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 147
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mfiA00
2V93A 1R1NA 4IGRA 5H8HB 3DELB 1ZU0A 3TUSA 3H6VA 1JNFA 3RN8A 3DP8A 4ZEFA 2O68A 3QIMA 3FV1A 1YAEA 4EF2A 1M5BA 1SVXB 4NF5B 2H9BA 4JDFA 2ONSA 4OENA 4ZZAA 1UIVA 4G8MA 5I84A 4KI0E 1FTKA 5H8FA 2DXYA 4G68C 3EHUA 1J1NA 5I58A 3T9UA 2UVIA 3S9LC 3HHFA 3OEKA 4KYSA 3KGCA 1VE4A 1Q1KA 4IY5A 1N04A 1A40A 5H8QB 4ESXA 1DOTA 2F78A 2Q9TA 3K02A 5KDTB 2IA4A 1UTHB 2HAVA 4R9GA 4NF4B 1MQGA 3JV9A 3PV0E 3TCHA 4PFUA 4RK9A 3EN3A 2P1SA 5I57B 2OK2A 1JW1A 3L6GA 1B3HA 1AL3A 4YKIA 1B5HA 1MXVA 2UVGA 3TQWA 1AMFA 1ANFA 1AH5A 2V3UA 4MLQA 3IB1A 3OO9A 3IOTA 1RYOA 3TTRA 2VHAA 3S9EA 4C1UA 1EZPA 1Z7NE 1MY1A 1EZ9A 4F3GA 4WKMA 4X1DA 2PT1A 4KD5A 5CC2A 1A7LA 3IOWA 4Z0IA 4ZEKA 2I3VA 4MLVA 3VDFA 4R2BA 2VGQA 4YAHX 4P11A 2HXWA 3FXQA 3RLFE 5IKBA 5CMCA 1PB9A 4OMBA 5FHNA 3O28A 1LGBC 3KZGA 2XX7A 3UIFA 3S4UA 4PE5B 1US5A 4DXCA 2Y7KA 2G29A 4OFJA 5H8NA 3O2AA 1QUIA 1M5EA 2A5TA 1LCTA 4OZ9A 4PP0A 2HCAA 4TLLB 4R9FA 1BP5A 3B6TA 3K1NA 1ZJLA 4ZDMA 2O6AA 5B70A 1NL5A 3OD7A 4GQOA 1LLSA 1ZLQA 4YU0A 1B40A 3IR1A 1FQBA 3BFUA 1SBPA 4EQBA 3DP6A 4F1YA 3G3FA 4IO5A 2PMSA 1LBCA 3T9HB 4NWDA 4GL0A 4X48A 4XTCQ 4OEVA 1B3GA 3A3CA 2XHDA 3K0VA 3UP9A 4G8HA 4O3CA 4PFTA 3N5LA 1LBBA 3ZS6A 3FXRA 4G4PA 4DIGA 1H3DA 3FUZA 5L9SA 5ELVA 3PPOA 4FAJA 4KCDA 1EH3A 1DPPA 4XKPA 2D21A 5CRYA 2Z8EA 2DSFA 1OQGA 5L8DA 1MXZA 1MPBA 2ZXTA 1B9JA 4OWDA 3C36A 5H8FB 4U21A 2I58A 5FHMA 4R6YA 3FVOA 1B3LA 5I58B 1MM6A 1MXXA 3V89B 4ZEDA 4P0IA 1F9BA 3B6WA 4DDDA 3FJ7A 4F19A 4I9DA 4YICA 1SYIA 3EF7A 4ECFA 2OCUA 1URGA 4IY6A 3PUVE 1N84A 2PYYA 4GXSB 1Y1ZA 4ZS9A 3MZBA 1MY3A 2QMXA 3P7IA 3PMVA 3WAFA 4K3FA 4POWA 5DT6A 4U22A 1FTOA 2GHAA 4ELRA 3Q28A 2XXIA 4KCCA 2ALUA 4QFLA 4LZ5A 1MRPA 1IIWA 1PB7A 3LBSA 4C1TA 1B52A 2HFBA 1ZKBA 3PUXE 4R73A 1D9VA 4GVOA 4OQOA 3MP6A 3FV2A 2D5WA 4G68B 4N07A 3DM0A 2NVUB 1YCJA 1O63A 3EHTA 1GGGA 2CZLA 4XIGQ 3C35A 1MQHA 4FATA 4BLAA 2DE2A 1H44A 5KCJB 1NH8A 3CIJA 5J1DA 1MY0A 4NEDA 1EU8A 5DTBA 4OESA 2Z22A 3H06B 3KEIA 1GV8A 4NF6A 4GWOA 3SEWA 4MFIA 1SDXA 4F1VA 4F2OA 4RJZA 2QPQA 3KG2A 4JSOA 2H25A 4IO3A 2ZYNA 4ZEIA 3TTLA 4RA1A 5AA2A 2P0SA 1H43A 1QW0A 2H5YA 2QS4A 3EPEA 3WAEA 1IXHA 4RPOA 4PQJA 3SEUA 1MS7A 4H0WA 3GZGA 4ELPA 3TCFA 2XXQA 3QK6A 3OO7A 1BTJA 5CBRA 2QS2A 4F1UA 4OXVA 3DP4A 1I6QA 1MH3A 3A09A 3MJNA 2ZNUA 3GLBA 3K1MA 2O84X 2ONRA 2DWAA 2E1SA 2VD2A 3Q25A 1YTVA 3MZ9A 4FECA 3VVFA 3K6WA 1POTA 1II5A 3HO7A 3RQTA 3UN6A 2QSXA 5AE4A 3E13X 2QS1A 3HHGA 1OQHA 4BDMA 3PPQA 4EUOA 1URSA 3OO8A 1N7WA 3KN3A 2YLNA 3PMWA 1WDNA 4Q0CA 3KJ7A 4BDOA 1MQJA 4F31B 4NMYA 1A8FA 3RTFB 4C0RA 1TXFA 1QKAA 3T96B 1MG1A 3IJXB 3GXAA 3K2DA 3LSWA 4X1BA 5DVJA 2QRYA 4H8JA 1LB8A 3Q27A 5TU0A 3ILTB 3DLNA 2I48A 3KN8A 3PGFA 1DTGA 1I6BA 4NTLA 4P0GA 1UTBB 3FJGA 3U94A 2D3IA 4ZZEA 2ZNTA 3MPKA 3N6UA 3MUQA 4OHNA 5A5XA 3E3KA 1XT8A 3G3GA 3TDJA 4Z7EA 1LAHE 3VXCA 3T66A 3KJTA 4XKRA 1AOVA 4H8IA 3TKDA 1SQYA 3QUJA 2AYSA 4OTEA 3AXFA 4TLMB 5BUUA 3SDFA 3B6QA 3W15C 1QJMA 3TEPA 3UGWA 1FQCA 2OLBA 3ILUB 2RC9A 3CG3A 3KSXA 2RC7A 4TOZA 1MXWA 1XVYA 3A3UA 5ICQA 3SEVA 4AB5A 4U1ZA 5LOMA 3OENA 1NNKA 1S9TA 2B3FA 2Y7WA 4QSDA 4GOTA 3HN0A 4AQ4A 3CG1A 3S2VA 1OIBA 2XXWA 3K01A 1B3EA 4GXAA 1T0KA 2E0SA 4LATA 4YKKA 3PUYE 1I69A 5I2KA 1OVTA 4LA9A 4M1VA 4DCXA 1P1UA 1GVCA 2DQVA 4PETA 2F7BA 1Y4CA 5CMMA 2A5SA 4GRKA 1ZMGA 1RYXA 2Q2CA 2XXRA 5CMKA 1DSNA 1SW1A 1SW2A 2KLFA 3N94A 5H8SA 4RXLA 3OO6A 1NNFA 2XXTA 4F2QA 3LC8A 2Z8DA 1DMBA 1XS5A 2RKMA 3BKIB 3TZAA 2UVHA 3HPIA 5L9MA 4BDLA 3ONMA 2YPNA 3UK4A 2AL4A 5I56B 4FIMA 2ABHA 5AA4B 4DCYA 1HSJA 3PUWE 2H4IA 2F6PA 2V3TA 5L9OA 1LAGE 4MF3A 1FQDA 3E4RA 2G93A 3B7DA 5I59A 4HS7A 3VV5A 4G2ZA 3R6UA 3MPLA 3THIA 3RT8A 3T22A 1XOCA 4HTGA 5DEXB 1JW4A 1B0LA 5CI5A 3UA8A 2R71A 1QUJA 2DP8A 4EXLA 3PMXA 1L5TA 4FJPA 2RINA 1ZIUA 1LFHA 2XXXA 5JTYA 2ZYKA 2GFEA 1Y20A 2HEUA 4U4SA 3CI8A 2UVJA 5A5XB 3FATA 3JZJA 1OMPA 2DOJA 1KWHA 4OEUA 3IB0A 3TAJA 1Y4TA 3FXUA 2Y7IA 4KR5A 2I0CA 4LONB 1A55A 4MBPA 3RT6B 5CBSA 4JBZA 3JYRA 1JQFA 3QSLA 3TMGA 1ZTYA 3CFXA 1B32A 1XVXA 1B58A 4H5GA 3SEXA 4BDRA 4F3PA 3O6IA 3M3FA 4ZECA 1B46A 2XXUA 1SW4A 1FTJA 2W7YA 5JK4A 5K2YA 4ZE9A 1Y9UA 5KZTA 2H99A 1URDA 4NF8A 3MW0A 3U1OA 4Q5TA 3H3GA 2X7PA 3SESA 4RY1A 3O29A 4DLDA 1MY2A 4QFKA 5EYFA 5I2NA 5BWJA 3OEMA 1YPNA 4QF9A 2PX1A 5AA2D 4U4XA 1FQFA 3PD8A 2RC8A 1P1OA 1MQIA 2CMOA 4FE8A 1OVBA 1MQDA 3M3LA 1MXUA 3M3KA 4F39A 3O6GA 1PBPA 1D4NA 4BDNA 3O9PA 1Z7ME 4IO7A 1XC1A 4I62A 2XXYA 2F7CA 3FVGA 4QSCA 3L6HA 3I5OA 1FTLA 2UYFA 5H8HA 4ELQA 4ZE8A 3W9WA 1ZBMA 4UACA 4ISUA 4DXUA 3KOTA 3O97A 5JEIA 3IL1B 1POY1 3ECRA 4NF5A 3H6TA 3KBRA 2P2AA 2R6GE 3LR1A 3S9NC 4GF8A 5ITOA 4JXIA 3H6WA 1P1WA 3U92A 1B05A 1BIYA 3TFLA 2XX8A 1GTKA 4LVQA 3VLWA 4I8CA 4KHZE 1MM7A 4KYEA 1IXCA 4YMBA 3IAZA 3Q26A 5H8QA 1SI0A 4TQUQ 4N13A 5H8NB 2A5TB 4L17A 3VFJA 3G3KA 2XX9A 3N26A 5KDTA 3CR9A 3K6VA 1GR2A 1UTHA 4LZ8A 1PB8A 3HCQA 3V8XB 4U23A 4NF4A 4I1DA 1LCFA 4QHQA 1IZ1A 1P99A 3I3VA 3LSXA 1PDAA 2DVCA 5F7VA 3FZVA 2V3QA 1SYHA 1NNPA 4YB5A 2O7UA 2RF1A 3QAXA 3MVXA 3IOVA 1CB6A 2Q2AA 3BFTA 2ZMBA 3KFMA 1R6ZA 3OSRA 2VD3A 4OFLA 3SETA 4O3AA 2DE3A 4KYDA 2B65A 4R74A 3T93B 3FVKA 3ZKKA 1B1XA 1NFTA 4RNSA 1M5CA 3MP8A 3ZKLA 1JEVA 4XKQA 3TTKA 1SW5A 2OZZA 3N6TA 3K1PA 1Y3PA 3GBBA 1SI1A 3H6UA 1LFIA 2REGA 4F29A 3T9VA 2ZYOA 3U72A 4NWCA 3TODA 2F5XA 4OETA 1OLAA 3OOAA 1B5IA 2F8DA 3TCGA 3OXNA 2GHBA 2OJTA 4YKPA 4ONYA 4ELOA 4X9TA 4PFWA 1S50A 1MPCA 5B7DA 2GRVA 2XXVA 2XXHA 3VXBA 4YZZA 2DXRA 3QYTA 4H65A 3C34A 3OMBA 1B5JA 1AIVA 2I4BA 4IO4A 2UXAA 2H98A 1JW5A 3TYHA 3R26A 2RCBA 3UORA 2I49A 5ITPA 3G7WA 1H76A 1UIUA 3GBAA 2X7QA 4IO2A 4EQ7A 5DYHA 3FD3A 3MAMA 2VP1A 1XHYA 3EHSA 1NNTA 3IJOB 3F11A 4FEBA 4ZEBA 2DWJA 1B6HA 5FTIA 2F35A 3FIRA 1PC3A 3HV1A 2NWJA 2THIA 1WODA 2NXOA 4LZ7A 2F6GA 1D3KA 3TPAA 3C32A 1B4HA 4POXA 3IX1A 2UYEA 5HBCA 4G8NA 4O3BA 3IOUA 4GFRA 4QFNA 2PT2A 3SKPA 4R75A 1R9QA 4F3SA 4NF6B 5HM4B 2O7IA 1UQWA 3USDA 4JWOA 4E0WA 1USYH 4LUBA 3VE1B 4WEPA 4EXKA 5FHOA 2I3WA 3QXMA 1NMUA 2ZYMA 5AA2B 4R72A 2XD2A 3V5AA 1FQAA 1B7ZA 3CSBA 4R6KA 4Q30B 1US4A 4KQPA 3VLUA 2OBGA 1O7TA 2DWIA 3G3JA 4FORA 3FVNA 3G3IA 1FQEA 2BJJX 1Y1MA 5TP9A 1IXIA 4LQ2A 3KOSA 2DWHA 1VSOA 4QFOA 3M8UA 3CVGA 4XKNA 2DYXA 1LAFE 3MVWA 4EQ9A 1B0HA 1QVSA 4F22A 3CRBA 4IGTA 4HCWA 1B2HA 4G68A 1MPDA 1IXGA 4BDQA 1B7HA 4UA8A 3MBPA 2QJEA 3C31A 2DS9A 3CFZA 4AB6A 4H67A 1MDQA 1MDP1 3R7XA 1B51A 1MXYA 5KCJA 1JVXA 3C33A 3D4CA 3TTMA 3LUYA 3IK6B 2AL5A 1BKAA 4Q8RA 2Z23A 4JWXA 2ANJA 1NKXA 4QSEA 3VVEA 4PFYA 3MVZA 5K2XA 3C4MA 3PPNA 3MQ9A 1B3FA 4ESWA 1B7UA 1WVJA 4OERA 4H1XA 2Y7RA 4HW8A 1FCKA 1TT1A 2I6EA 1LSTA 3K00A 1PBQA 3RNNA 4FEDA 3PU5A 1JETA 2GH9A 1P1QA 2B3BA 3RTWB 2I4CA 3TQLA 4GD5A 4YKJA 1N7XA 2REJA 3ZSFA 1IEJA 1JEUA 4EDPA 4G77A 3U8QA 4THIA 2DE4A 3FJMA 2ZNSA 3MC2A 3RGYA 5FTHA 5ICTA 1TWYA 2R9JA 2F97A 1IQ7A 4WEDA 4DE8A 3TTNA 4KFQA 5EHMA 2Q8JA 1HSLA 4U2RA 1EZOA 1N3WA 1CE2A 3S9MC 2NUVA 2FA7A 3IB2A 5TPAA 3T9XB 1FTMA 1SD3A 1Y3QA 2IEEA 4F3BA 5DVIA 1LB9A 3QUFA 1A54A 3KN7A 2O69A 2F7AA 3OSQA 3G3HA 4YMAA 5I2KB 2VOZA 3VVDA 2HZLA 1IUDA 3MZ1A 1TFAA 2LAOA 4DXBA 5AA1A 1S7YA 4YB7A 4IB2A 5ISUA 1UTBA 4M4GA 5CMBA 4R6HA 1R9LA 1NH7A 1N76A 3IO4A 5M2VA 2QS3A 3V83A 1M5DA 2FNCA 2O1LA 4RPNA 1N0TA 3EQ1A 5TP9B 2PVUA 3RY3A 1M5FA 4IO6A 4NE4A 2DVZA 2OWSA 4U1OA 5CM6A 1B4ZA 2FYIA 2F34A 4QFPA 4YB6A 4MH5A 1OLCA 3RPWA 1P1NA 4GL8A 3PD9A 2M8CA 2HZKA 5I59B 1IITA 3CSGA 1DTZA 3PPRA 1JVYA 4LP2B 3I6VA 3PPPA 1FW0A 1H45A 3FASA 3IO6A 3SERA 3TELA 4HCYA 4KPTA 4N6PA 1ATGA 3ODBA 4E0XA 3U93A 2QL3A 1A99A 5I57A 3HSTA 4WXJA 5HPQA 1LFGA 5F1QA 4JWYA 2OWTA 5JTYB 2Q88A 3Q29A 3K6XA 1I6AA 1QULA 1VFDA 2X26A 2Y7PA 2Y84A 4RYAA 2HAUA 2O51A 3O6HA 1RKMA 2NOOA 2Z8FA 4H6DA 4RK2A 1QUKA 5IAIA 3LSFB 2PBWA 1N3XA 4JB7A 3SEYA 1D9YA 2YJPA 3MVYA 3K4UA 1DPEA 1A8EA 3H7MA 3K6UA 1VFEA 3H4ZA 3PUZE 4H5FA 5I56A 3BBRA 5AA4A 1MH4A 2AIXA 1MY4A 1O64A 2ONKE 2QMWA 1USYE 1HSEA 1PEBA 5TPAB 1Q35A 1QKBA 3KSJA 1ELJA 1Y3NA 4LQ5A 3IORA 3C9HA 4ND9A 1BLFA 1VR5A 3OELA 5DVFA 4NF8B 3W9VA 2WKYA 2I0BA 3FGSA 5DEXA 3CFLA 1B1HA 3MWBA 2XD3A 2XXPA 3H03A 3LSLA 4OVJA 2V84A 3D4GA 4OYVA 2Q89A 4GIZA 4DZ1A 5I2NB 4F18A 5EHSA 4EF1A 4XXUA 5AA3A 3O66A 2V25A 2O1MA 2ESNA 2RCAA 4JSDA 4QRZA 3E9XA 3VLVA 4R2FA 2F36A 1LAXA 4OFOA 4GLIA 3MP1A 1TFDA 3RUMA 2HQ0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NF0A 2V93A 1R1NA 4IGRA 1YYZA 5H8HB 3DELB 1ZU0A 1VDWA 3TUSA 3H6VA 4N81A 1JNFA 3RN8A 3DP8A 5EQ8A 4ZEFA 2O68A 3QIMA 3FV1A 4DI4B 1YAEA 4XF5A 4EF2A 1M5BA 1SVXB 4NF5B 4P1EA 2H9BA 4JDFA 2ONSA 4OENA 4ZZAA 1UIVA 4G8MA 5I84A 4UABA 4KI0E 5IZ3B 1FTKA 5H8FA 2DXYA 4G68C 3EHUA 1EYJA 1J1NA 5I58A 3T9UA 2UVIA 3S9LC 3HHFA 3OEKA 1FBHA 4KYSA 3KGCA 1VE4A 1Q1KA 4IY5A 1N04A 3B50A 4N6DA 1A40A 5H8QB 4ESXA 1DOTA 3GYYA 2F78A 3T1BA 2Q9TA 3K02A 2R8TA 5KDTB 2IA4A 1UTHB 2HAVA 4R9GA 4NF4B 1MQGA 3JV9A 3PV0E 3TCHA 4PFUA 4RK9A 3EN3A 2P1SA 5I57B 2XWVA 2OK2A 1JW1A 3L6GA 1B3HA 1AL3A 4YKIA 1B5HA 1MXVA 2UVGA 3TQWA 1AMFA 1ANFA 1AH5A 2V3UA 4KXPA 4MLQA 3IB1A 3OO9A 3IOTA 1RYOA 2DDKA 4X04A 3TTRA 2VHAA 3S9EA 4C1UA 3PTYA 1EZPA 1Z7NE 2PFYA 4PDDA 1MY1A 1EZ9A 4F3GA 4WKMA 4X1DA 2PT1A 2KR0A 4KD5A 1INPA 5CC2A 1A7LA 3IOWA 4Z0IA 4ZEKA 2I3VA 4MLVA 3VDFA 4R2BA 2VGQA 4YAHX 4P11A 2HXWA 3FXQA 3RLFE 5IKBA 5CMCA 1PB9A 4OMBA 5FHNA 3O28A 1LGBC 3KZGA 3LUZA 4AS5A 2WYKA 2XX7A 3UIFA 3S4UA 4PE5B 1US5A 4PDHA 4DXCA 2Y7KA 4JVDA 2G29A 4OFJA 1FPKA 5H8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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