4MFIA

Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ugpb
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
SVKSGSGPIDFWSSHPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDDRWWFHFALSGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYNKAAWQQAGLPDRGPQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFGGAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSLAGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPTNTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGDRIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of Mycobacterium tuberculosis ATP-binding cassette transporter subunit UgpB reveals specificity for glycerophosphocholine
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding pr
total genus 147
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mfiA00
3ZSFA 4F1VA 4UACA 4KI0E 2R9JA 3BKIB 3PPPA 3R6UA 3UP9A 2DSFA 1S7YA 3O9PA 2BJJX 5CMCA 3H6WA 5I2NA 2QS4A 2O7IA 1ZLQA 3FJ7A 4KD5A 3T96B 1QJMA 4U21A 1B05A 4NWDA 4PQJA 4ESXA 2OLBA 4GVOA 2RKMA 4N6PA 1MG1A 3VVEA 1JW1A 3VVFA 3IOUA 4FECA 1B52A 5KCJB 4IO3A 1FTOA 5H8FA 2G93A 4R9FA 3M3LA 3R26A 4KQPA 5CI5A 3MQ9A 3Q27A 2NWJA 3MAMA 3U1OA 1MPCA 3W9WA 4OERA 1O63A 1MDQA 1PDAA 2RC9A 2XXPA 3HSTA 3MUQA 2GRVA 4WEDA 4GLIA 3H03A 1LLSA 3LSXA 5EHSA 5H8QB 4NF6A 5HM4B 2Z23A 3HN0A 3E3KA 1PB7A 4I1DA 1B7UA 3CFXA 2PVUA 3ODBA 2X7QA 2DE4A 2H5YA 4ZDMA 3VV5A 1OIBA 2VD2A 4GD5A 1FTMA 2ONRA 3OSRA 4TOZA 1H3DA 1H44A 3BFTA 2RCBA 3TDJA 2GH9A 5JEIA 3T9UA 1LB8A 4IO4A 3IX1A 4BDQA 1P1QA 3SESA 4I62A 3OD7A 2I49A 1P1OA 1FQDA 4YAHX 5AA2B 3FVGA 4N13A 2HAVA 3IOWA 4TLMB 4ELPA 1AMFA 1SW1A 4TLLB 3TCGA 4F3BA 4EQ7A 3OSQA 2VGQA 1B1XA 1MXVA 1B0LA 1VR5A 1IEJA 4C1TA 4ECFA 1Q1KA 4OMBA 5TPAB 2HEUA 2VOZA 3FJMA 2Y7WA 3U92A 1MXZA 4HS7A 1R6ZA 1UTHB 1QUIA 4H8IA 1DOTA 5J1DA 2I3WA 1MRPA 4QHQA 4KPTA 5I2KB 3CRBA 1B1HA 4GF8A 4EQ9A 4U2RA 1SYHA 4E0WA 1LCFA 1B7ZA 3N26A 1A54A 3PPRA 3N6UA 1LGBC 2O1LA 4I9DA 4NE4A 5HPQA 4EF2A 3EHSA 1LAHE 3SKPA 2H99A 3QAXA 3E9XA 1MQJA 4Q0CA 2O6AA 2Q2AA 2PT2A 1N7WA 1O7TA 2DOJA 3OO9A 3FASA 3K01A 5DT6A 1TFDA 1MPBA 4FEDA 1POY1 3OENA 1IXHA 4ZZAA 4ZE8A 4AB6A 4XKRA 1B3GA 5AA2D 4JWOA 2F7BA 3LR1A 4G4PA 4IY5A 5CM6A 4ZEDA 1MY2A 2D5WA 4XKPA 4F3GA 3MPKA 4FEBA 1QUKA 2ZYKA 5EYFA 4OETA 1Y3QA 2H9BA 3QUJA 4OYVA 4YKPA 2HZLA 2DXYA 3TUSA 4LZ8A 5I56B 3IL1B 2B65A 4UA8A 4POXA 1TT1A 3BBRA 1JEVA 5DVIA 2O7UA 1P1UA 2DXRA 4EDPA 4OXVA 2X7PA 5I57B 3QIMA 3HHFA 1JVXA 3I5OA 5AA2A 3IO6A 1FTJA 2ZNTA 3MJNA 1IIWA 1II5A 1XT8A 3PUWE 3S9NC 3H7MA 4KYDA 1URGA 2RF1A 4NMYA 5IKBA 3GXAA 5TPAA 2NUVA 5HBCA 3TYHA 4OFJA 2UXAA 4RK9A 3QYTA 4F19A 3DLNA 2ONKE 1UTHA 3MVWA 2Q89A 1VE4A 5ELVA 3ZS6A 3OXNA 4F2QA 1PB9A 4MFIA 4XTCQ 4BDOA 2ESNA 1I69A 1N84A 2QMWA 4X48A 5FTHA 1B58A 4WXJA 3PV0E 3PMVA 2O69A 4MLVA 4X1BA 2Y7IA 4YB5A 2FA7A 5H8FB 3KBRA 4OWDA 5M2VA 4F22A 3FGSA 3ILUB 1DPPA 1H76A 4MF3A 2PYYA 1LBCA 3D4GA 2A5TA 4OFLA 4JSDA 3TCHA 1A7LA 1NNFA 2F34A 1O64A 2GFEA 3PUXE 4F1YA 1ANFA 3V8XB 4ELOA 3U72A 2PT1A 4DIGA 4NF6B 4U4XA 4G8NA 1D3KA 3IJXB 3OELA 2QPQA 3U8QA 4LATA 1PBQA 1MY3A 1SQYA 1MM6A 4YKJA 4QSDA 3H4ZA 3FZVA 3H6TA 2REJA 4O3AA 3PD8A 1I6QA 3K1PA 3E4RA 4BDLA 2DVCA 3EPEA 3FVOA 3CG1A 5I56A 2E1SA 2HFBA 4R2BA 4X9TA 4H8JA 2ZNSA 1OLAA 3UIFA 3K1MA 3C35A 1USYH 1SI1A 5I57A 2Z8FA 1LCTA 3EHUA 4HCYA 1BLFA 3FD3A 4QFKA 4OQOA 1EZPA 4JB7A 1M5DA 1MM7A 2DWHA 2Z22A 1SI0A 3IOTA 4ONYA 3G3KA 3IO4A 4EF1A 1AL3A 5AA4B 2QS2A 3IORA 4RJZA 4PFUA 4U23A 3RN8A 4NWCA 4QFOA 4DE8A 1J1NA 4M4GA 4ZS9A 1R9QA 4F2OA 4MLQA 1EZ9A 1A99A 3ONMA 3W9VA 2F36A 2V25A 4IGTA 4R6YA 1URDA 4XKQA 2OWTA 4H1XA 4JDFA 3MZBA 3QXMA 3SEXA 3M8UA 4FIMA 2QL3A 1MS7A 4PE5B 5CMKA 2IEEA 2HCAA 4BDNA 4XXUA 1D9YA 3TCFA 1TXFA 4YU0A 3C4MA 1LAXA 2QRYA 2PBWA 4RNSA 3K4UA 3D4CA 2AYSA 2F78A 1FW0A 2V3TA 3PD9A 1MQIA 4C0RA 4GRKA 1MXYA 1Y1ZA 2DQVA 1ZIUA 2NXOA 3H3GA 3FATA 4BDMA 3OO8A 1BTJA 1T0KA 2V3UA 3QUFA 4H65A 1SW4A 5FHNA 1XOCA 1B5HA 5TU0A 3TZAA 3IOVA 4R9GA 4EXKA 3GBAA 2CZLA 1UIUA 4POWA 3N6TA 1JNFA 3AXFA 2Z8EA 1CB6A 1MH4A 2O84X 5K2YA 4PFTA 4IO2A 2V3QA 3MP8A 4JWYA 4H5GA 5TP9A 4BDRA 3O6IA 4G2ZA 4X1DA 5CC2A 3KOSA 1ELJA 4K3FA 3IK6B 3B6TA 2Q2CA 2YJPA 4ZEFA 4OEUA 3N94A 1B2HA 1B40A 3DELB 4ZEKA 4QF9A 4IO6A 2PMSA 2XXHA 5I59A 3VXBA 1IZ1A 3SEUA 2X26A 3G7WA 1MXUA 1WODA 1NMUA 2D3IA 1B4ZA 4HW8A 3MZ9A 3V5AA 1OVBA 4E0XA 1HSEA 4NF5B 3KFMA 3B6QA 5CBSA 4F3PA 3H06B 2P2AA 4LQ2A 1LB9A 2UVGA 4NF8A 4KHZE 2XX9A 1DTGA 3SERA 5AA4A 1B51A 1AH5A 3TODA 2XXWA 3VXCA 2I58A 4Q5TA 3WAFA 5L9MA 5DEXA 1S50A 4RY1A 2XX8A 4MBPA 2O1MA 2DS9A 2ZYOA 3G3HA 3L6GA 2I3VA 4JBZA 2I0BA 1RKMA 3K2DA 5DVFA 3O6GA 2YLNA 3CIJA 3UORA 3MPLA 1SBPA 3VLWA 4GFRA 4H0WA 2A5TB 2H4IA 3PUYE 2XHDA 4NTLA 1D4NA 3KZGA 2E0SA 3PUZE 5AA3A 3IB1A 4EQBA 4YB6A 3BFUA 3OO7A 4OZ9A 1L5TA 3T93B 3TELA 5H8NA 3PUVE 4G68C 4ZECA 2O51A 4KYEA 4YKKA 1XVXA 1ZJLA 3G3GA 2A5SA 4G77A 3FXQA 1JQFA 2F7CA 1Z7NE 4RPOA 3TPAA 1RYOA 3TTMA 3OOAA 1MY1A 1QW0A 4YICA 3Q25A 2UVHA 3CR9A 3SEYA 3CVGA 1RYXA 3CG3A 3QSLA 4PFWA 4N07A 3FJGA 1EU8A 4F18A 1KWHA 1PEBA 1Y1MA 2Q8JA 2DYXA 1NNPA 1FQFA 5AE4A 1IQ7A 4F29A 1LFHA 4Q8RA 3C9HA 2THIA 3MVZA 3PMWA 5BWJA 4LA9A 1LAGE 2XXTA 4NF5A 5ITOA 1IXIA 1Y3NA 4IO7A 5ICQA 2R6GE 3C33A 2AIXA 2ONSA 2I6EA 3HHGA 3O97A 1US4A 1OLCA 4GIZA 3MVYA 3KN7A 1Q35A 5LOMA 3VLVA 4PP0A 4QRZA 1VSOA 4H6DA 4IY6A 1B4HA 4DXBA 5A5XB 3K0VA 1B3HA 1SYIA 1JEUA 3T9HB 1MY0A 4P0IA 1GGGA 2I4BA 1QUJA 3FV1A 1GVCA 1OQGA 3KG2A 3C36A 4G8HA 3I3VA 4L17A 1Y4CA 3VDFA 3PGFA 1LAFE 4QFLA 5K2XA 4ZE9A 3QK6A 4JSOA 2DE3A 1NNKA 4P11A 2XD3A 3OEKA 1IITA 3VFJA 1LFGA 4LZ5A 3MW0A 1WVJA 1B0HA 3LUYA 1N76A 1N04A 1DPEA 1CE2A 1LSTA 2VP1A 1XVYA 2GHAA 5ISUA 3TEPA 2DWIA 1ZU0A 4FJPA 3RPWA 3PU5A 3RNNA 1XHYA 4PFYA 2KLFA 1Y3PA 2B3BA 2CMOA 3MWBA 2OK2A 4Z0IA 5KDTA 2R71A 5TP9B 3JV9A 1FCKA 3GLBA 1NNTA 3CSBA 3MZ1A 3S2VA 3EF7A 2LAOA 2H98A 3PMXA 2QMXA 3IJOB 4YB7A 3TMGA 3PPOA 4O3BA 1M5CA 3FXRA 2Y7PA 2W7YA 3RT6B 1FQBA 4G68B 1ZMGA 5I59B 3G3FA 4DXCA 2F97A 5I84A 5DYHA 1N3XA 2B3FA 3Q29A 2DWJA 3GBBA 3TTNA 1B5IA 1YPNA 1B7HA 2AL5A 2QS1A 2Z8DA 4DCYA 4I8CA 1P1NA 3S9EA 3CI8A 1Y20A 4NF8B 2ZNUA 1ATGA 1PBPA 2D21A 2IA4A 2UVJA 1YAEA 1A55A 3KGCA 4XKNA 2XXIA 1MQHA 1R1NA 3RTFB 1Y4TA 3M3FA 4LZ7A 4YKIA 4OFOA 3T9XB 1MPDA 3K6WA 5DEXB 2HQ0A 4O3CA 1MQGA 4RA1A 4ZZEA 4FORA 3RTWB 3OMBA 3T9VA 2F6PA 3LSFB 5A5XA 5JK4A 3RY3A 2RINA 3CFZA 3EN3A 1PC3A 2ZYMA 2F7AA 1LBBA 4ZEBA 1XS5A 1M5EA 4Q30B 1UTBA 1BP5A 1I6BA 1B6HA 1B9JA 2H25A 3IR1A 3KN8A 4U22A 3ZKKA 4R2FA 1MDP1 2DWAA 4R75A 4RK2A 3Q26A 3KSXA 3A3CA 1A8FA 5FTIA 3ZKLA 4P0GA 5H8NB 4WKMA 3IB0A 1HSJA 3O6HA 3EHTA 2VHAA 1AOVA 3O66A 5JTYA 2Q88A 3MC2A 1D9VA 3K6XA 1R9LA 2QS3A 5BUUA 2ANJA 1YTVA 3SDFA 3K00A 1ZKBA 3IB2A 2REGA 3S4UA 1M5FA 4XIGQ 2ALUA 5H8HA 2XXQA 2UYFA 4GQOA 3UGWA 4U1OA 3UA8A 2HAUA 1VFEA 3TQWA 3DM0A 1H45A 2I0CA 2F6GA 2RC8A 1OVTA 3G3IA 1JW4A 4RPNA 2P0SA 4DZ1A 4LQ5A 4G68A 5EHMA 2O68A 2PX1A 4F1UA 3TKDA 1P1WA 1POTA 1HSLA 1I6AA 3THIA 2XD2A 1B46A 1OQHA 1N7XA 2V84A 1ZBMA 4HTGA 1FQAA 1SDXA 1MQDA 1MY4A 4LP2B 1USYE 4KCCA 4OTEA 2NOOA 4IGRA 1N0TA 2XXXA 1IXCA 3Q28A 4ISUA 4QFPA 1A8EA 1NFTA 1DTZA 4ELRA 1B3FA 4KCDA 4AQ4A 2Q9TA 5B7DA 4R72A 3JYRA 5CRYA 1JETA 4Z7EA 2DE2A 4YZZA 4GOTA 3SEWA 3V83A 2RCAA 4EXLA 5I58B 1GTKA 3LC8A 1QVSA 1IUDA 4R6KA 4WEPA 3ILTB 3TTRA 1SVXB 3H6UA 4ESWA 1AIVA 5DVJA 5DTBA 1WDNA 3C31A 3OO6A 2FNCA 2VD3A 4DDDA 2F35A 3ECRA 1MH3A 4DXUA 4NF4B 1H43A 4G8MA 1FTKA 3UK4A 1NL5A 1TFAA 3MP1A 1OMPA 3MP6A 3CSGA 5KCJA 4KYSA 5AA1A 2P1SA 2M8CA 3V89B 2OCUA 1FQCA 4GL8A 3E13X 1QKAA 1NH7A 2G29A 1F9BA 4M1VA 4IB2A 3TFLA 3L6HA 3T66A 5IAIA 3HCQA 5L9OA 3VVDA 4C1UA 3SEVA 2YPNA 1DSNA 3S9MC 4R74A 2OJTA 1YCJA 4MH5A 5L8DA 2WKYA 5KDTB 3B6WA 4H5FA 2I48A 5H8QA 4U4SA 3O28A 2FYIA 1QKBA 3CFLA 4F39A 1ZTYA 1B32A 2RC7A 1N3WA 3T22A 3K02A 2ZXTA 4FAJA 4LUBA 2QSXA 3TQLA 3A3UA 1NKXA 4TQUQ 1SD3A 2ZYNA 3KEIA 4JWXA 3WAEA 1TWYA 4HCWA 1SW2A 4F3SA 3I6VA 2HZKA 3VLUA 5B70A 3OEMA 4RXLA 3F11A 1FQEA 3M3KA 2NVUB 2XX7A 3TAJA 2ABHA 1UQWA 3LSWA 3FIRA 2OBGA 5CBRA 1XC1A 2OZZA 1BIYA 3C32A 2HXWA 3MBPA 3HPIA 5F1QA 3HV1A 4LVQA 4GL0A 3DP4A 3FVKA 3KJTA 5CMBA 3USDA 3KJ7A 3PPNA 4PETA 3GZGA 1A40A 3FVNA 1QULA 1DMBA 4RYAA 3MVXA 5I58A 5I2KA 2AL4A 4ND9A 3JZJA 5I2NB 4OVJA 1UTBB 1URSA 4QSEA 4AB5A 3G3JA 5ICTA 1MXWA 4JXIA 1JVYA 1EH3A 4OESA 3O2AA 2UVIA 3HO7A 2XXRA 1GR2A 1JW5A 1B5JA 3IAZA 5L9SA 4H67A 1FTLA 3RGYA 4QSCA 4FE8A 5KZTA 3S9LC 3K1NA 3R7XA 4NF4A 4OENA 1Z7ME 4OEVA 5CMMA 2UYEA 5JTYB 2GHBA 1BKAA 1B3EA 3SETA 4DLDA 1EZOA 3FUZA 3RT8A 5H8SA 4YMAA 3KOTA 3C34A 3N5LA 4THIA 2DP8A 2DVZA 3FXUA 2Y7KA 4ZEIA 3H6VA 4R73A 2XXYA 2XXVA 2OWSA 3RLFE 3O29A 1MXXA 4LONB 3LSLA 4EUOA 5H8HB 4YMBA 4IO5A 3TTLA 2Y84A 3K6VA 4R6HA 4GWOA 1SW5A 3TTKA 3DP8A 3EQ1A 3U93A 1LFIA 2QJEA 1NH8A 1Y9UA 3LBSA 2ZMBA 2Y7RA 3K6UA 3PPQA 3RUMA 4GXSB 1GV8A 4KFQA 1UIVA 1VFDA 3B7DA 3P7IA 3UN6A 3A09A 4FATA 4GXAA 4BLAA 5FHMA 1S9TA 1US5A 2I4CA 1PB8A 4DCXA 3KSJA 4QFNA 3W15C 5FHOA 2F8DA 5ITPA 3KN3A 4ELQA 2V93A 3DP6A 3RQTA 3VE1B 4NEDA 4KR5A 4F31B 1IXGA 3FV2A 1B3LA 2F5XA 5F7VA 1P99A 3U94A 1M5BA 2XXUA 4OHNA 4U1ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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