4NF6B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and ppda
Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (5-8)AH2 (98-105)S1 (8-13)TVIa1 (16-19)O2 (44-63)TIV1 (17-20)TIV2 (25-30)AH1 (62-74)S4 (52-60)TIV3 (26-31)TII'1 (33-36)TIV4 (46-49)S3 (37-44)AH10 (271-280)AH9 (255-269)S7 (95-97)S5 (77-82)S6 (90-92)TVIII2 (106-109)TIV5 (86-89)TIV6 (91-94)S15 (240-245)O1 (113-115)S8 (110-111)S9 (116-117)TII1 (169-172)AH3 (119-123)TII3 (250-253)TIV11 (239-242)S10 (126-127)S13 (211-215)3H3 (236-238)O6 (229-284)TIV8 (130-133)S11 (132-141)TVIII3 (207-210)AH7 (197-206)TIV9 (141-144)TI2 (148-151)3H1 (157-159)TIV10 (160-163)AH5 (173-181)AH6 (183-189)3H2 (190-192)AH8 (216-224)TII2 (226-229)S14 (231-233)O3 (236-290)S16 (248-249)AH4 (152-155)S12 (166-167)Updating...
connected with : NaN
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein, receptor
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
total genus 84
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B02
3S9MC 3TTNA 3C32A 3MPLA 3BFTA 3IB2A 2UYEA 5TP9B 3A09A 4DCYA 1XS5A 5ITOA 2OWSA 3RT8A 3USDA 3FZVA 4GVOA 5FHOA 3R7XA 2I4BA 1Y9UA 4C1TA 2GHBA 2PBWA 4RXLA 5I57A 1N0TA 1FTLA 3O6HA 4YB7A 4YKKA 1A8FA 1FTMA 4BDMA 2XXYA 3SETA 1LFGA 1UTBA 3SEYA 3RN8A 2E0SA 2NOOA 3CFXA 1NKXA 2A5TA 1FCKA 3A3UA 1NNKA 4WEDA 3QXMA 2R9JA 1MY4A 3MC2A 3KOTA 3KN7A 1NH8A 5CBRA 5H8NA 1MH3A 2IEEA 4ZEIA 4BDNA 3MP1A 1YCJA 2NVUB 5L9MA 4G8NA 4ZE8A 2HXWA 1RYXA 3IO6A 1CB6A 1Q1KA 2Q88A 4HS7A 1GVCA 3MAMA 4Q8RA 3QIMA 4QFLA 3TAJA 2GRVA 4R6KA 1DMBA 4F3PA 4FATA 1SVXB 1SW4A 2XXVA 1CE2A 4OTEA 3RQTA 3QK6A 3I3VA 2P0SA 1AL3A 2Q8JA 3VVEA 2V3UA 2YPNA 1JEVA 3LSFB 4BLAA 3U72A 1OIBA 2F36A 3QYTA 5I57B 2XXPA 3MWBA 2ZYMA 4AQ4A 4ESXA 2I58A 2A5SA 3ZKLA 1LLSA 1B40A 1UTBB 2DS9A 1FQFA 1B6HA 5KZTA 4P0GA 5FHNA 1VE4A 4Z7EA 5L9OA 4RJZA 1LB9A 4U1ZA 5DVFA 4MLQA 2QPQA 4NWDA 2O7IA 3S9EA 1B3HA 2BJJX 5I58A 2E1SA 3ZKKA 3THIA 5FTHA 4FORA 3VLUA 4F29A 5K2XA 2AIXA 1B7UA 4IO5A 3EHUA 4X48A 3QUFA 4LUBA 3PPQA 2VHAA 3O29A 1A55A 2WKYA 4ZE9A 3VFJA 1B3EA 4QF9A 4ZEKA 2F7CA 1B7ZA 1Y3QA 3MZ9A 3CSBA 3MVXA 2DSFA 1LFIA 3C9HA 4KPTA 3N6UA 5AE4A 2UYFA 4MLVA 1KWHA 1XVYA 2H98A 1JW5A 3FD3A 3LR1A 2X7PA 2FA7A 4IY6A 1LAFE 1XOCA 3KG2A 1UIVA 1D9VA 5A5XA 4H8JA 4F1YA 4POWA 3C36A 1MM6A 2AYSA 3OEMA 4I1DA 2F6PA 4F22A 2H25A 4GOTA 4LP2B 4M4GA 1LSTA 2PVUA 2P1SA 3FVKA 3PPNA 4N13A 4YMAA 2QS4A 4JSDA 2ANJA 3K6UA 3FV1A 3S9LC 1S50A 2O68A 3LC8A 4DZ1A 4OETA 3FV2A 3HHGA 4GXSB 3CG3A 4YKJA 3TQLA 2XX9A 3FJ7A 2QRYA 1J1NA 2VP1A 2UXAA 3ECRA 5I56A 4GRKA 1R6ZA 5EYFA 1Z7NE 1MXXA 4BDQA 2DWAA 1B5JA 4GL0A 4NE4A 3MZ1A 3MVZA 4LVQA 4R72A 5ELVA 3PPOA 1FQDA 4LZ7A 2F35A 3OSRA 2OZZA 3OO9A 3KBRA 4WKMA 3UP9A 2Z8FA 2VOZA 3D4GA 4H0WA 1IUDA 1B5IA 5TU0A 3SEUA 3JZJA 1MXUA 2X7QA 1I6BA 4KYSA 5ICQA 4ZECA 4U22A 3PUZE 4Z0IA 3FXRA 2I3VA 4XIGQ 1B7HA 4HTGA 4EDPA 3PUVE 4GD5A 4R2BA 4G68A 4PETA 3F11A 1DPPA 1ZJLA 1ZMGA 4TQUQ 4NF4A 4IO2A 4OVJA 3RUMA 3EQ1A 1GV8A 2HEUA 5CMKA 5AA3A 5A5XB 4E0WA 1PDAA 3K2DA 4GLIA 1LCTA 1FTOA 4F18A 1FQEA 2DQVA 1B52A 5JEIA 3K6VA 3O28A 4LQ2A 1D9YA 4DLDA 2DWHA 2Z22A 4FAJA 4LA9A 1IXHA 4ELRA 3H06B 4FEDA 3EPEA 5H8SA 2Z23A 4JBZA 5I56B 2V84A 4IO6A 5JTYA 2I49A 3CIJA 4FIMA 4C1UA 1A8EA 5H8HA 4KCDA 2Q2AA 2NWJA 4DXBA 3G3KA 1EZ9A 3Q26A 5KDTA 3K01A 2XXWA 1NH7A 2ZNTA 1JEUA 2HFBA 1B4HA 4NF6A 2F8DA 3IAZA 4R2FA 3RNNA 2RC8A 3TMGA 3U93A 4DE8A 3WAFA 1FQCA 2RCBA 1SD3A 1DOTA 4JWOA 3DM0A 4ZS9A 4KR5A 2HZKA 1PC3A 3VXCA 1R1NA 4HCYA 2OBGA 5FTIA 1Y20A 1MPBA 1M5CA 1NMUA 3FASA 4Q5TA 3DP8A 2QJEA 2H9BA 4I62A 1MY2A 4LZ5A 3FGSA 3V89B 1MXYA 4QSEA 5JK4A 1OLAA 2I0BA 3B6QA 4OHNA 2NXOA 1D3KA 3IOWA 4FE8A 3B6TA 2HAVA 3T9VA 4KFQA 4MF3A 5DEXA 3KZGA 4TOZA 1ZLQA 1MY0A 5DYHA 1P1NA 4ZEFA 3MVYA 3UIFA 3ZS6A 4ZDMA 3OO6A 1USYH 1SYHA 3IJXB 1JQFA 2XD2A 4UACA 1QUKA 5JTYB 1B1HA 1URDA 3FXUA 3UN6A 5IAIA 5F1QA 2R71A 3N6TA 3KN3A 1F9BA 2D5WA 4QFOA 4QFKA 4XTCQ 3E13X 4NF6B 2DWIA 1Y1ZA 3DP6A 1XC1A 4DIGA 3FVOA 1MQDA 1FW0A 4O3BA 1UQWA 5I2KA 3DP4A 3O2AA 1M5FA 3UGWA 3MP8A 1B2HA 1BLFA 4XKRA 3N26A 4AB5A 4X9TA 4XKNA 2P2AA 5F7VA 2DVCA 1Y4TA 4Q0CA 3MBPA 4ZZEA 3SESA 3U94A 2OLBA 1QUJA 3RT6B 5CBSA 3M3KA 4WXJA 5I2NA 2ZYNA 4KD5A 3TDJA 3T22A 1US4A 3T96B 2HCAA 3HCQA 3HN0A 1SDXA 5DEXB 1Y3NA 1MS7A 2PMSA 3PUXE 4ZZAA 2ZXTA 1N7XA 2F5XA 4ND9A 1LAGE 1TFDA 4TLLB 1JVYA 4F3SA 3RPWA 4EXLA 5HM4B 4HW8A 3I6VA 1EH3A 3U92A 1O7TA 4IO7A 3TODA 2I3WA 2Y7KA 3VXBA 1PB9A 4YKPA 4TLMB 3VV5A 3IOUA 5I2KB 1IXGA 4LZ8A 3CVGA 2Y7PA 2UVHA 4H6DA 3OO7A 3SKPA 3G3FA 5L8DA 4RK9A 1Y3PA 3T9XB 1DPEA 1TWYA 3GBBA 2A5TB 3E9XA 1WODA 3RY3A 1B46A 4EQBA 1QUIA 1ATGA 4NTLA 4KYEA 4KHZE 1FTJA 2YLNA 3MZBA 3H6UA 1N7WA 4YU0A 1H44A 1XT8A 4OFJA 1I69A 1HSEA 2DWJA 3T66A 1DTGA 5H8NB 3FJGA 3LSXA 1RYOA 1ZTYA 5I2NB 1FQAA 1B3GA 4N07A 2DYXA 2DXRA 1LFHA 4F3BA 3EF7A 3FUZA 2F7AA 2XX8A 4ECFA 1B9JA 4G4PA 5TPAA 4RPNA 1FQBA 4KI0E 3L6GA 3UORA 2RF1A 3MJNA 1A7LA 2O7UA 5ISUA 1LGBC 1Q35A 3KGCA 3C31A 3N94A 2DE2A 1HSLA 3IB1A 4DCXA 5I84A 1USYE 1A54A 5CRYA 3MUQA 3M3LA 1AMFA 2ALUA 4OMBA 2RC9A 5L9SA 3IORA 3CG1A 1P1QA 3IB0A 2B3BA 4O3CA 3HO7A 3LSWA 1LAXA 1Y4CA 3PPPA 4PFUA 1A99A 4EUOA 1FTKA 1SI1A 4H5GA 3CR9A 4OERA 4ESWA 3K6XA 1SW1A 3H6WA 3VVFA 2AL5A 1WVJA 3IO4A 2I6EA 2O6AA 3FIRA 5AA2D 4FECA 1IZ1A 3KFMA 1LBBA 2D21A 4EQ9A 3MPKA 2GHAA 3EN3A 5I58B 3PPRA 4R6HA 3IL1B 4E0XA 4RY1A 3OENA 1SYIA 3H7MA 3K1NA 1JNFA 1R9LA 4U21A 1JVXA 2RINA 4ZEDA 3EHSA 4LATA 3R6UA 3SEVA 4H1XA 4BDRA 1NFTA 3TYHA 2V3QA 4HCWA 3OXNA 2XXXA 4RYAA 4F31B 4YB5A 2B65A 5H8FA 3MP6A 3GZGA 4F2OA 1MY1A 5DVIA 3MQ9A 4P11A 4WEPA 4ONYA 3CRBA 1H43A 3K6WA 3S2VA 1S7YA 1QVSA 3PMVA 4NF5A 1N84A 1L5TA 1POY1 1IITA 2VD3A 3PUYE 1B1XA 5HPQA 3TKDA 5AA4A 3C34A 4X1DA 4YMBA 1P1UA 1SBPA 4OYVA 1PBPA 1D4NA 2ONRA 2W7YA 4EF2A 4G2ZA 3M3FA 4PE5B 3PV0E 4F2QA 1B4ZA 1JW1A 2UVGA 2XXQA 2G29A 1R9QA 5DTBA 2Z8EA 4LONB 1AOVA 2ONSA 3TCHA 3HHFA 3KSXA 4R73A 4GFRA 1NNTA 3PMWA 2LAOA 3G3HA 3H6VA 2CZLA 3OELA 2O51A 3C4MA 3TPAA 1O63A 4GQOA 1OQGA 4OESA 3CFZA 5EHSA 1ELJA 2OCUA 3C35A 3O66A 5CMMA 4FEBA 5CMCA 3H6TA 5H8FB 3B7DA 2I0CA 3EHTA 3GXAA 4IY5A 3TFLA 1IEJA 3HV1A 4ISUA 4JB7A 4G68B 3TTMA 5AA2A 4F19A 1HSJA 4XKQA 1NNFA 4NF4B 1B3LA 3SEWA 1QKBA 2UVIA 4EQ7A 3K00A 1NL5A 2F78A 1ZBMA 4U4SA 3N5LA 3LBSA 4JWXA 3O97A 4EF1A 3G3JA 2R6GE 3WAEA 2DE4A 4OXVA 1MPDA 4I8CA 2CMOA 1MXZA 4K3FA 3CSGA 3SDFA 2RCAA 2XXRA 1Z7ME 3OEKA 2O84X 1MDP1 3UK4A 4F1UA 4IGRA 1B32A 3TUSA 3TZAA 4PFWA 4R9FA 3RTFB 4H65A 5H8HB 4KCCA 1N76A 5EHMA 3SERA 5KDTB 4OFLA 4L17A 2Y7WA 3TTKA 4LQ5A 3Q28A 3V83A 3VDFA 3VLVA 2Y84A 3E3KA 1URSA 5ITPA 1MQJA 1B05A 2THIA 3PUWE 3KJ7A 4ELOA 3A3CA 1H3DA 4NF8A 4JXIA 3KN8A 3LUYA 4PFTA 2ZYKA 3U8QA 1OVTA 3O6IA 4YZZA 1VFEA 4G68C 4G8MA 4JSOA 2DVZA 4R9GA 4GIZA 3Q25A 3FJMA 1NNPA 5AA2B 3IJOB 1A40A 4YAHX 2VGQA 1QJMA 1YTVA 3H4ZA 1UIUA 3QUJA 3MW0A 2FYIA 5LOMA 3BFUA 3Q29A 4RPOA 1I6QA 1S9TA 1SW2A 1MDQA 1MXVA 1PB7A 4QRZA 1JETA 3RLFE 1OLCA 4XXUA 1PBQA 2DP8A 2XXTA 3FVGA 4OENA 5J1DA 3FXQA 1URGA 2XXIA 1GTKA 3HPIA 3DLNA 4KQPA 2AL4A 4RNSA 2Q89A 4DDDA 1N04A 2GH9A 2DOJA 4R6YA 3K1MA 1TT1A 4MH5A 4PP0A 3G7WA 1UTHA 2M8CA 1SQYA 3H03A 1EU8A 3B6WA 3RGYA 1YAEA 1DTZA 2I4CA 2F7BA 2PT2A 1T0KA 4IO4A 2XXHA 3P7IA 1B0HA 3G3IA 2QL3A 5FHMA 4U4XA 1BP5A 3K02A 1DSNA 3QAXA 3D4CA 4NF8B 3CI8A 4RK2A 3TTLA 2Z8DA 3OOAA 1LBCA 2F34A 1MPCA 2G93A 4PFYA 2V25A 2HQ0A 3BBRA 2OWTA 1VR5A 3IK6B 4MBPA 1B0LA 4EXKA 1MM7A 2YJPA 4Q30B 4RA1A 2REJA 4YKIA 3U1OA 4QHQA 5H8QA 4GL8A 3V8XB 2OJTA 1M5EA 3OO8A 1RKMA 5CMBA 3TCGA 2KLFA 3FVNA 5M2VA 1PB8A 4XKPA 3I5OA 4G77A 3OMBA 4R75A 4M1VA 1LCFA 1VSOA 1AIVA 2RC7A 3K1PA 3CFLA 2QSXA 2DXYA 1BIYA 1GGGA 1EZPA 5CI5A 1OQHA 3BKIB 1ZKBA 3H3GA 1ZU0A 1UTHB 1QW0A 3W9VA 2ZNSA 1H45A 1MQGA 2V93A 3L6HA 3IOTA 5I59A 3T9HB 4GXAA 3DELB 2I48A 4OEVA 4QFNA 1B58A 4X1BA 4JDFA 4POXA 3G3GA 1US5A 3Q27A 3GLBA 3RTWB 3K0VA 4F1VA 3PMXA 3ILTB 4DXUA 3HSTA 5DVJA 2XHDA 3MVWA 4ELQA 2H5YA 4NEDA 2X26A 1TXFA 1SI0A 3VE1B 2O69A 3KSJA 3C33A 4FJPA 2Y7RA 4DXCA 3PD9A 4F3GA 4O3AA 1N3XA 5IKBA 1N3WA 3PU5A 2GFEA 3IR1A 3R26A 4H67A 5H8QB 2PYYA 1QULA 3TTRA 1IXIA 4NMYA 4QSCA 1P99A 5TPAB 4H8IA 1MQIA 3OD7A 3GBAA 1H76A 1M5DA 2F97A 2RKMA 3IX1A 3E4RA 1M5BA 3IOVA 3VLWA 5ICTA 1VFDA 3V5AA 1II5A 5HBCA 2ESNA 4YICA 1B51A 1MY3A 3LSLA 1ZIUA 5KCJA 3ONMA 3S4UA 1LAHE 2H4IA 3JYRA 3W9WA 2V3TA 1EZOA 3OSQA 3KJTA 4NWCA 4BDLA 4IB2A 5BUUA 3JV9A 2REGA 4OQOA 1MRPA 2D3IA 2HAUA 3VVDA 1O64A 3QSLA 1JW4A 1XVXA 5I59B 1P1OA 5K2YA 2Y7IA 1YPNA 4GWOA 2B3FA 3TELA 1SW5A 2QMXA 3K4UA 4THIA 4JWYA 2XX7A 2H99A 1MH4A 5BWJA 1XHYA 3PGFA 2ZMBA 1P1WA 4AB6A 1IQ7A 2IA4A 4N6PA 1PEBA 2O1MA 2ONKE 3O6GA 4OZ9A 3KEIA 1POTA 1LB8A 3UA8A 5TP9A 2QS1A 2QS2A 3TEPA 5CM6A 1MQHA 1OVBA 4QSDA 5AA1A 4C0RA 3T9UA 3O9PA 5B70A 2XXUA 4ELPA 4ZEBA 2FNCA 4OEUA 2PX1A 1QKAA 2VD2A 1BTJA 4PQJA 2O1LA 3AXFA 5B7DA 4F39A 3ODBA 2QS3A 1OMPA 1TFAA 1ANFA 3T93B 4IGTA 4G8HA 1GR2A 3ILUB 2UVJA 2Q9TA 1IXCA 4U2RA 3S9NC 4I9DA 3PD8A 3KOSA 4GF8A 3FATA 4QFPA 5KCJB 1IIWA 2QMWA 4KYDA 3TCFA 1Y1MA 1I6AA 3SEXA 2ZNUA 3W15C 1B3FA 3M8UA 2F6GA 1AH5A 5CC2A 4NF5B 4MFIA 4YB6A 1MXWA 2XD3A 4U1OA 2HZLA 2ZYOA 3TQWA 4OFOA 5DT6A 5AA4B 3ZSFA 1MG1A 4U23A 2Q2CA 4UA8A 2ABHA 2PT1A 1WDNA 2NUVA 4IO3A 4H5FA 4OWDA 1B5HA 1BKAA 4BDOA 2DE3A 2OK2A 4P0IA 4R74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DK4A 3S9MC 3TTNA 3C32A 3MPLA 3BFTA 3IB2A 2UYEA 5TP9B 3LV0A 3A09A 4DCYA 1XS5A 5EQAA 5ITOA 3PTYA 2OWSA 3RT8A 3USDA 3FZVA 4GVOA 5FHOA 3R7XA 2I4BA 1Y9UA 4C1TA 2GHBA 2PBWA 4HE2A 4RXLA 5I57A 1N0TA 1FTLA 3O6HA 4YB7A 4YKKA 1A8FA 4P8BA 1FTMA 4BDMA 2XXYA 3SETA 1LFGA 1UTBA 4DI4B 3SEYA 3RN8A 2E0SA 2NOOA 4LN5A 5I5PA 3CFXA 1NV1A 1NKXA 3NOHA 1EYJA 1KA1A 2A5TA 1FCKA 3A3UA 1NNKA 4WEDA 4N8YA 1FTAA 3QXMA 2R9JA 1MY4A 3MC2A 3KOTA 3KN7A 1LBWA 1NH8A 5CBRA 5H8NA 1MH3A 2IEEA 4ZEIA 4GWSA 2FIEA 4BDNA 3MP1A 1YCJA 2NVUB 5L9MA 4G8NA 4ZE8A 2HXWA 1RYXA 3IO6A 1CB6A 1Q1KA 2Q88A 4HS7A 2WBBA 4GX6A 1GVCA 3MAMA 4Q8RA 3RPLB 1YZ0A 3QIMA 4QFLA 3TAJA 2GRVA 4R6KA 1DMBA 4F3PA 4FATA 1SVXB 1SW4A 2XXVA 1CE2A 4OTEA 4IR8A 1YYZA 1FPDA 3RQTA 3QK6A 3I3VA 2P0SA 1AL3A 2CZHA 2Q8JA 3VVEA 2FBPA 2V3UA 2YPNA 1JEVA 3LSFB 4BLAA 3U72A 1OIBA 2F36A 3QYTA 4HXVA 5I57B 2XXPA 3MWBA 2ZYMA 4AQ4A 4ESXA 2I58A 2A5SA 3ZKLA 1LLSA 1B40A 1UTBB 2DS9A 5FBPA 1FQFA 1NV7A 1B6HA 5KZTA 4P0GA 4MNIA 5FHNA 1VE4A 4Z7EA 5L9OA 4RJZA 1LB9A 4U1ZA 5DVFA 4MLQA 2QPQA 4NWDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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