4NF8B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in peg2000mme
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
molecule tags Transport protein, receptor
source organism Rattus norvegicus
total genus 87
structure length 280
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8B02
4ELRA 5F1QA 4E0WA 3C31A 4GXSB 3W9WA 3E9XA 1JETA 3IJOB 3R7XA 4NEDA 4RPOA 1B52A 1MDQA 2XXRA 4PP0A 4EXKA 3OELA 3M3KA 2PYYA 2O7IA 2M8CA 2DP8A 2FYIA 1LLSA 5L8DA 4LA9A 3H7MA 4AB5A 5HBCA 4ZS9A 4BDQA 2UYEA 1JEVA 4OVJA 1B3EA 1ZBMA 3H3GA 3N5LA 2I0BA 5H8HB 1US5A 4ZEKA 3OEKA 2XD2A 2XXWA 3PPQA 1PB7A 4NMYA 3IO4A 4N6PA 2HFBA 1S7YA 4QSCA 3SEYA 1B6HA 1HSEA 1MQIA 2A5TA 3CFZA 4F2QA 1DTGA 3LSFB 2ZMBA 4Q30B 1LSTA 2CMOA 2Y7WA 5I84A 4IO4A 2DWAA 1WDNA 5I2KA 1B05A 2DS9A 1WVJA 3G3KA 3CG1A 3UGWA 1QUJA 3A09A 3H06B 4NWDA 4XXUA 1D4NA 4OERA 4R72A 3MP6A 1P99A 3FASA 3HHFA 2NUVA 5CMCA 2I58A 1B3GA 4F19A 3K02A 5ICQA 4GF8A 2Q9TA 2QS4A 5KZTA 3PD8A 5EHSA 1A7LA 1POTA 4Q5TA 4TOZA 1FTJA 2I3VA 4R75A 4XKRA 1FQEA 3RTWB 4OENA 1EZ9A 3PV0E 4ZEDA 4EF1A 3H6UA 3FXQA 4F39A 1LAFE 3MZ1A 3IR1A 1YAEA 3FV2A 3LSLA 4ZEIA 3SKPA 4WEDA 4DXCA 1SBPA 4POXA 2O69A 3H03A 4F22A 2Y7PA 4FATA 1Y9UA 1JW4A 2IEEA 1XOCA 2ALUA 4OMBA 3ZKLA 4DDDA 4FJPA 4ECFA 2DWIA 2DE2A 3TDJA 1B32A 2F36A 2PBWA 1RYXA 2BJJX 3EHTA 4IGRA 4N13A 5TPAA 2V3UA 4DCXA 2DQVA 5BWJA 1Y4TA 3H6TA 1O63A 3BKIB 1VFEA 3IL1B 2GH9A 3C34A 3WAFA 2H99A 3CSGA 2QS3A 2DVCA 1PB8A 1OVBA 3CRBA 5DT6A 4XKQA 4F3PA 4C1TA 4RA1A 4QFKA 2XXIA 3MQ9A 1RKMA 3HHGA 1L5TA 3KZGA 4QSEA 3TUSA 3PU5A 5CMKA 5AA2A 1UIVA 4L17A 1WODA 1OIBA 1B2HA 1FQAA 1BIYA 4FIMA 4MBPA 2F97A 3W9VA 1T0KA 1TFDA 3A3CA 3HV1A 3M3FA 4JSOA 2O7UA 1MXWA 2H9BA 4DLDA 4NF8A 2X7QA 1URSA 5H8QA 5JTYB 1B4ZA 1OQHA 3OXNA 1BTJA 3Q27A 3O6HA 4RY1A 1UIUA 4QRZA 3C4MA 2OLBA 3ZSFA 1MM7A 3DP6A 4ESWA 2F5XA 3K01A 1FCKA 4G8HA 1MM6A 3PD9A 1PDAA 3TCGA 1GV8A 3LR1A 3MWBA 4Z0IA 4TLMB 3KJTA 4LZ8A 4ZE9A 5H8FA 3VVDA 3SEWA 2HZKA 4UACA 3MPKA 1SVXB 4O3CA 3RT8A 3FGSA 4YKKA 3OSRA 1MXYA 3VV5A 3JZJA 4ELPA 4F2OA 3SEXA 4YMAA 4GQOA 3KJ7A 5KCJA 4KQPA 2O68A 4PFYA 2DXRA 4ELOA 3IK6B 5B70A 1LBCA 4NF4A 4GOTA 4ZZEA 2RCBA 4IGTA 1YCJA 2I49A 4BLAA 3B6QA 4P11A 3T93B 4KI0E 3UORA 3SEVA 3VLWA 2OWTA 3QK6A 2X7PA 4R73A 4PFTA 1R9QA 2VOZA 2I6EA 3FIRA 4KYSA 1FTLA 4OTEA 3K6XA 4JDFA 4FORA 1Z7ME 4R6HA 3T96B 2UXAA 4H67A 1IXGA 4F3SA 3O66A 5H8SA 4EUOA 1FQCA 4GL0A 1B3LA 4LZ5A 3VLVA 2PMSA 5DYHA 2VHAA 5CRYA 5HPQA 4BDNA 2HEUA 2A5TB 1Q35A 3IB2A 3U94A 3FV1A 4BDLA 3MP1A 5AA3A 4F29A 5I2KB 1P1OA 2B65A 4QHQA 4U1OA 1B0HA 4X1BA 4LQ5A 1SW1A 3PPPA 3TAJA 3KOSA 1US4A 2R9JA 4G77A 3F11A 3G3GA 3QYTA 4U22A 4I9DA 2ZYKA 5AA1A 1SYIA 3S9EA 2ZXTA 1QUIA 2O84X 5ITPA 1LCTA 3ILUB 4O3BA 2O1LA 4U23A 3N6TA 1DOTA 1NH8A 5I2NA 1URDA 4Z7EA 3G3FA 3MUQA 1NL5A 4G4PA 3TEPA 2F7CA 3GBBA 5CM6A 3HCQA 1UTHB 1PC3A 1LCFA 1MH3A 3S9NC 1P1NA 3FATA 3UK4A 4G68A 3N26A 1NKXA 1Z7NE 5JK4A 3IAZA 1N04A 1M5DA 4KFQA 2I4BA 1MXXA 3VXBA 5IKBA 4LVQA 1PEBA 5TU0A 5ITOA 3OO9A 4FECA 4C1UA 1XVXA 3KFMA 3CR9A 1NNFA 3VE1B 2XHDA 1H3DA 3V5AA 1R1NA 3S9LC 5I59A 2DYXA 1Q1KA 3EHUA 1MXVA 1IQ7A 1ANFA 2QMXA 4OFJA 3IB1A 4XTCQ 3WAEA 3DLNA 3VDFA 2R6GE 2RINA 4GFRA 5DVJA 3M8UA 4MLQA 1XHYA 2XXUA 4XIGQ 2XXVA 5AA2B 1LFHA 3V83A 3MW0A 1IZ1A 1TWYA 1N3XA 3EPEA 4GD5A 3QAXA 3VFJA 3TTLA 5L9OA 4QF9A 4NE4A 3ONMA 4EQ7A 1IIWA 4OFLA 4JB7A 2ZNTA 1XVYA 3MPLA 5DVFA 3UP9A 4R2BA 4C0RA 4ESXA 3OENA 4OFOA 2ANJA 4JWXA 2Y7KA 3TCHA 2PT2A 1B1HA 1NMUA 4EQ9A 3IOVA 4U4XA 4H5GA 1QKBA 2R71A 4BDMA 5ISUA 3PPRA 3KGCA 2DWJA 2PX1A 3LSWA 2DVZA 5I57A 1SD3A 2XXTA 3O97A 4DXBA 2F7AA 4E0XA 3FZVA 2Q2AA 2VD3A 1IXCA 2QMWA 1NH7A 4FAJA 1QULA 3HSTA 3PPNA 1USYH 3PGFA 2ZNUA 4MF3A 4ZDMA 2Q88A 3V89B 3OO6A 3LBSA 1B40A 2ZYNA 5CBRA 5H8NA 4RPNA 1B51A 2D21A 3PUXE 3MBPA 4GLIA 1Y1MA 1ZMGA 1XC1A 3KN3A 1LGBC 3U72A 4NF4B 3SDFA 4TLLB 3L6HA 3MAMA 1A55A 2XD3A 3G3HA 1TFAA 4F1VA 4QSDA 1MY2A 1J1NA 3PMXA 4I8CA 1H43A 4DE8A 3LUYA 1QKAA 2PVUA 5AE4A 3W15C 1USYE 3TTMA 4P0GA 1JEUA 1OLAA 2O51A 1ZLQA 1URGA 4FEDA 3V8XB 1O64A 4WKMA 3FJ7A 3K0VA 1MY3A 1I6AA 4QFOA 3L6GA 2IA4A 2E0SA 3TTKA 4LZ7A 1FQBA 5I58A 1UTBA 5A5XA 4X1DA 3RNNA 1MS7A 3CFLA 1ZTYA 2QSXA 4NF5A 3RLFE 3JV9A 5IAIA 2F78A 3CFXA 1VR5A 3IB0A 3G7WA 4OESA 3IOTA 1MQJA 1B5IA 5DVIA 3QUJA 2XX7A 4PETA 3RUMA 1MPCA 1R9LA 1N7XA 1OVTA 3RN8A 1B7ZA 2VGQA 3OD7A 1HSJA 1JNFA 3IOWA 4QFNA 4K3FA 1FQDA 3ZKKA 3H6WA 3DELB 4RYAA 5I56B 1MPBA 3MVZA 4G68B 2LAOA 2DE3A 3A3UA 3OO8A 4HCYA 3PMVA 3VVFA 2XX9A 3UN6A 1I6QA 4R74A 2VP1A 3E4RA 3OSQA 4F1YA 4RNSA 2X26A 5HM4B 3D4CA 2A5SA 3PPOA 3FVGA 4P0IA 4KR5A 5K2XA 1GGGA 2QJEA 3TPAA 3TZAA 2P1SA 5EYFA 3K6WA 3I3VA 1SYHA 5I59B 1DMBA 1LBBA 2B3FA 2AL5A 1P1QA 4X48A 4QFPA 4H8IA 3MVXA 4BDRA 2GRVA 3EF7A 2ZYMA 1AOVA 3QUFA 2B3BA 4R2FA 3VVEA 5K2YA 4UA8A 5CMBA 3GXAA 3PUYE 2ZNSA 4EF2A 4YU0A 4AB6A 2Z8DA 1PBPA 4NWCA 4OXVA 4FE8A 1P1WA 2RKMA 1AMFA 3AXFA 4MLVA 4ZZAA 1JQFA 1M5FA 2D5WA 1O7TA 3O9PA 1IXIA 4IB2A 2UVGA 4OWDA 3G3JA 2G93A 2DWHA 3U8QA 3KN8A 1YTVA 4OHNA 5ICTA 1JW5A 3RT6B 3D4GA 2Z8EA 1GR2A 2HQ0A 4O3AA 1GVCA 3P7IA 1LAGE 2ESNA 2Z22A 1H76A 2RCAA 2OWSA 1ZIUA 3RQTA 2GHBA 5I57B 4H5FA 1LB9A 2H5YA 3ECRA 3DP8A 1DPPA 2D3IA 1LFGA 4GXAA 3CIJA 3K1PA 3K1MA 1II5A 2O6AA 2KLFA 4HW8A 4R6KA 1XS5A 3O6IA 1D9YA 2Y7IA 4YICA 3FD3A 4R9GA 3TTNA 1ELJA 1OQGA 3EN3A 1MY4A 4H6DA 2UYFA 2FA7A 5TP9A 1S50A 3SESA 3EQ1A 5H8NB 2ONRA 2RC9A 3T9VA 5DTBA 2Q2CA 3MC2A 4EQBA 1MXZA 1VSOA 4NTLA 1IXHA 2ZYOA 3C9HA 1ATGA 1PBQA 2XX8A 3K6VA 5JEIA 5FHMA 2RC8A 5AA4A 4YKPA 2V3QA 4JXIA 2AL4A 1HSLA 4U4SA 5M2VA 3QSLA 1B5HA 3H4ZA 1SI1A 1MY0A 4PFUA 4YB6A 4H65A 1MXUA 1FTKA 5TPAB 1IUDA 4H8JA 1B46A 3JYRA 2HCAA 2Q89A 1M5EA 4DXUA 2PT1A 3TTRA 1Y3NA 2G29A 2H98A 3ZS6A 1FTMA 4G2ZA 4OZ9A 3N6UA 3RY3A 1BP5A 1B4HA 1B7UA 4LONB 3K4UA 5CMMA 2Z23A 4JWOA 5I58B 1UTBB 5A5XB 2QL3A 3C33A 1EZOA 2F6PA 2CZLA 4NF5B 4U2RA 3FJGA 4F18A 2F34A 4F3BA 3B7DA 3FJMA 3TCFA 1AL3A 3OEMA 3LC8A 2P0SA 2AYSA 3CG3A 1M5BA 2UVJA 1I6BA 2HAVA 4HS7A 1Y1ZA 2V84A 2H4IA 3FUZA 4PQJA 1LAXA 1MQHA 4NF8B 4JSDA 5H8QB 2THIA 3E3KA 5KDTA 5FHOA 4ND9A 1EH3A 5CBSA 1KWHA 1A99A 2W7YA 3M3LA 4N07A 2QPQA 1QVSA 2F6GA 4U21A 3GBAA 4NF6A 3RTFB 3R6UA 2Y7RA 2DXYA 4FEBA 1VE4A 5H8FB 3S4UA 3HO7A 2V3TA 4LQ2A 1N84A 2QS2A 3TYHA 2OK2A 4KCDA 3DM0A 3FVKA 3U93A 1JVYA 3FXRA 4U1ZA 4KCCA 3HPIA 1QW0A 4AQ4A 2REJA 4GIZA 5KCJB 3O2AA 1IEJA 3C35A 4RK2A 2DE4A 1OMPA 3PUWE 3CI8A 3E13X 1MQGA 5L9SA 5CI5A 2I48A 4X9TA 1ZJLA 3IOUA 3B6WA 3I5OA 4H1XA 4KHZE 1UTHA 3BFUA 3EHSA 2Y84A 3MZ9A 3PUVE 2ONSA 1A54A 5FTHA 3K1NA 3KSXA 4YKJA 1DSNA 1MQDA 2E1SA 1SI0A 5AA2D 1LAHE 4JWYA 1NFTA 2YLNA 2HAUA 1R6ZA 5LOMA 4YZZA 1EZPA 5ELVA 5DEXA 3SEUA 4OEUA 2FNCA 3KSJA 4G68C 3S2VA 4Q8RA 1FW0A 1CE2A 5BUUA 2OZZA 3N94A 4RJZA 1QJMA 1F9BA 4KYDA 4DZ1A 1N3WA 2NVUB 2F8DA 3KOTA 2XXQA 4YKIA 1H45A 3BFTA 2ABHA 3KG2A 4F3GA 3DP4A 1DPEA 1A8EA 4ZECA 1EU8A 1OLCA 1UQWA 3PMWA 4THIA 3KEIA 1P1UA 3CVGA 3BBRA 3K2DA 5TP9B 5H8HA 5CC2A 2YPNA 1D9VA 4YB7A 3O29A 2VD2A 3C32A 4OYVA 2F7BA 5B7DA 5I2NB 2P2AA 5FTIA 3GLBA 3PUZE 1B5JA 4R6YA 1POY1 1B3FA 3T9UA 3K6UA 4EDPA 4G8NA 2I4CA 3KBRA 2HXWA 3KN7A 3THIA 4LUBA 1FQFA 3H6VA 4ZEFA 4IO7A 3SETA 5AA4B 1BKAA 2GFEA 3VXCA 2H25A 1N0TA 3LSXA 4F31B 4KD5A 4LP2B 4IO3A 1CB6A 1D3KA 3TQLA 4IY5A 3IX1A 1IITA 2UVIA 1Y4CA 4ELQA 3VLUA 2XXYA 3OO7A 4PE5B 1JVXA 4GL8A 1SQYA 1BLFA 1MH4A 1VFDA 1B3HA 4XKPA 1H44A 2I0CA 2NXOA 3Q26A 4MH5A 4DCYA 1A40A 5FHNA 4GVOA 4IO2A 4POWA 4KYEA 3Q29A 2V25A 1DTZA 1AIVA 2I3WA 3Q25A 1S9TA 3MVWA 3CSBA 1SW2A 2QS1A 4TQUQ 4GRKA 2QRYA 1B0LA 4IY6A 4ZE8A 1N76A 2WKYA 3T66A 1LB8A 4LATA 4Q0CA 4WXJA 1FTOA 1MPDA 4HCWA 3K00A 3MP8A 3IORA 4HTGA 2F35A 2Z8FA 4IO6A 2UVHA 3T9HB 5F7VA 3TFLA 5KDTB 3G3IA 2NOOA 2OBGA 1SW4A 1A8FA 1B9JA 3IO6A 1SDXA 3S9MC 1GTKA 3MJNA 3O6GA 2V93A 2NWJA 3TODA 2OCUA 1YPNA 4KPTA 4NF6B 3TMGA 4BDOA 4MFIA 3I6VA 3ILTB 1I69A 4IO5A 1NNTA 4RK9A 2XXXA 4QFLA 2DSFA 4ONYA 4GWOA 3SERA 3OMBA 2DOJA 4I62A 2AIXA 2Q8JA 2YJPA 1TT1A 5J1DA 2ONKE 1B58A 4YMBA 3UA8A 1MRPA 3MVYA 1TXFA 1PB9A 3QXMA 4PFWA 3RGYA 1XT8A 3B6TA 4F1UA 1MG1A 2OJTA 5JTYA 3TELA 4ISUA 3C36A 3T9XB 4EXLA 2GHAA 4OEVA 1QUKA 1JW1A 1RYOA 1B1XA 1ZKBA 3IJXB 2RC7A 1NNPA 4M1VA 3T22A 4I1DA 4YB5A 1ZU0A 3O28A 4YAHX 1SW5A 3U92A 1Y20A 5I56A 4G8MA 3R26A 3TQWA 3RPWA 2XXHA 2O1MA 3FXUA 5EHMA 4OQOA 4DIGA 3ODBA 1NNKA 2HZLA 1Y3QA 3MZBA 4H0WA 3Q28A 3U1OA 1LFIA 1Y3PA 1MY1A 4ZEBA 4JBZA 3UIFA 1MDP1 4XKNA 3QIMA 2XXPA 4WEPA 3USDA 5DEXB 4RXLA 3HN0A 3GZGA 3OOAA 4M4GA 2RF1A 2REGA 3TKDA 5L9MA 1N7WA 1M5CA 1B7HA 4OETA 3FVNA 4R9FA 1AH5A 3FVOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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