4O8MA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein actinobacillus succinogenes 130z, target efi-510004, with bound l-galactonate
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
ETEIMVAYGNQPGEPIDKAMHFWADKVKEKSNGDIVFKLFPSSQLGSETEVLEQAKFGANIITISDYGALMDIVPDLGVINAPYISQSFEKKSKLLHSDWFKDLSDKLDQHDIHIIVPDVIYGTRHLLTKKPVTKPSDLKGMKVRVQHSRLFLQTINAMGGVPTPMSLSDVYPGLSEGIIDGLENPTVVLFGGKFFEVAKNLNLTAHTKHMSPFVAGTAFWNNLTPEQQKIIVDASREMVTYGGGLIEQAENEALENLKKAGVTVNDVDLPAFEASVADVISTGFPEWSPNLYKNVQEKLSQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus succinogenes
total genus 105
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4o8mA00
4PFBA 5CM6A 2XWOA 2VPOA 4LN5A 3GYYA 2HZKA 4P8BA 4MIJA 4PGNA 4N8GA 4OVSA 4OVQA 3B50A 4P9KA 4NG7A 4P3LA 4X04A 2CEYA 4PDDA 2ZZWA 4PC9A 4MNCA 4P1LA 2PFZA 4YZZA 2PFYA 5I7IA 4N4UA 4PF8A 2WYKA 2XWIA 4MMPA 4NF0A 4PFIA 4X8RA 4XEQA 4PE3A 4N17A 5IGAA 4N91A 4PAIA 4OA4A 2XWVA 4PDHA 4PF6A 2HZLA 4NQ8A 4PAKA 4MHFA 4MEVA 4PFRA 4P56A 2ZZVA 4N6KA 4MNPA 2HPGA 4NHBA 4PCDA 5IZZA 4NGUA 4O7MA 4O94A 2XXKA 3U65A 3FXBA 4NX1A 4OVRA 4PBHA 4XF5A 2VPNA 2CEXA 4YICA 2XA5A 4PBQA 4NAPA 4N6DA 4P47A 4O8MA 4P1EA 4N15A 4NN3A 4PGPA 4XFEA 4UABA 4PAFA 5I5PA 2XWKA 4MX6A 4MAGA 4OVTA 4PETA 2V4CA 4DI3D 5LTCA 5IM2A 4MNIA 4OANA 4N8YA 2WX9A 2ZZXA 4OVPA 4MCOA 4DI4B 2WYPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IL1B 3PMVA 4QHQA 3TODA 3IX1A 4JXIA 3FXQA 2GH9A 3I3VA 4N8GA 1TT1A 2OCUA 1UTHA 1SW2A 1FTKA 1MRPA 3DP8A 3ROJA 1FTLA 3OO7A 4YZZA 1LBCA 1SW1A 2WYKA 3D4GA 4G68C 1FTOA 1P1OA 2UYEA 3K6XA 1B7UA 2VT5A 3TZAA 1H76A 4KR5A 4TLMB 4H1XA 2HZLA 1N0TA 3HO7A 5JK4A 3E4RA 4C1TA 4PFRA 4H6DA 3TQWA 4OXVA 2ONRA 3O6IA 3FGSA 3PUZE 3OEMA 3RY3A 3RT6B 3FJGA 1QUKA 1POY1 2VD3A 4Q8RA 2RKMA 3R26A 4JWYA 1QKBA 3PUVE 1A55A 1XHYA 3B8BA 2H99A 1H45A 5EYHA 3N26A 4KYEA 3TTLA 4Q30B 2QRYA 2ZYOA 3G7WA 5FTIA 1KA0A 3SETA 4GBWA 5IZ3B 4DCYA 5ITPA 1IXGA 4GL8A 3KG2A 4AQ4A 2F5XA 3OMBA 2OX3A 4U23A 4F31B 1UIUA 4XKRA 4HE0A 2QSXA 1FPJA 2E1SA 3PUYE 5TP9A 1H3DA 1JNFA 1SI0A 4X1DA 4FIMA 2XXPA 1B6HA 2XWOA 4U21A 4GX6A 2QVRA 1DCUA 3KSJA 1INPA 1Z7ME 1NV6A 4PDDA 4QBAA 5H8FA 4GX3A 1OIBA 1POTA 3E3KA 1UTHB 4F3SA 3C36A 1AH5A 5AA1A 1IMFA 3LSFB 1EYJA 3KJ7A 4KPTA 5H8HB 2YJPA 3C35A 2P2AA 3K1PA 1H44A 4OFJA 3QIMA 3TYHA 2NVUB 2GFEA 3LBSA 1VFDA 1FBFA 1Y9UA 1NV1A 2FVZA 2XD3A 2PBWA 1M5CA 3K2DA 1Y3PA 4ECFA 3D4CA 1B3FA 4KYSA 2CZKA 2AYSA 3FXBA 3C32A 3U65A 4ZZEA 3UA8A 2CEXA 2DSFA 3H6UA 3MVZA 3T93B 2Y7IA 1CNQA 4OENA 4KCCA 2KQZA 1A7LA 1O63A 3OSRA 2D3IA 3T22A 2O1LA 4DXUA 3D1RA 3TTRA 1HSLA 1B51A 3PGFA 3K6UA 4NWDA 3S2VA 4H5GA 4IY6A 1NV0A 1B40A 4X48A 2PMSA 4QSDA 1FW0A 1MH4A 3UIFA 5CM6A 4OFOA 3O2AA 2FIEA 3K4UA 4YKKA 4OVSA 5CI5A 3G3IA 1MXVA 4G2ZA 2DXYA 1MDQA 3OO9A 3LSWA 2O51A 5H8NA 1DPEA 5AA4A 1EYIA 2PFZA 2QS3A 2B4LA 2X7PA 3K6WA 5TU0A 2PFYA 1FPLA 3G3KA 5L9SA 4IGRA 2XWIA 1URGA 3V89B 3B7DA 3IOWA 4WXJA 1FRPA 3IOUA 5IGAA 3VFJA 1XC1A 1H43A 1B5HA 5LDZA 3O6HA 3FV2A 2Z23A 4F18A 2I3WA 3TUSA 4PCDA 1A54A 3LUYA 4NEDA 3CFLA 1QJMA 1RYOA 1D3KA 5IAIA 4MH5A 3MJNA 5HM4B 3H03A 1N7XA 2XA5A 2I58A 3LUZA 4P47A 3FVGA 4IO3A 2UVJA 2PT2A 4O7IA 3R7XA 4JSOA 1NV7A 2IEEA 3MVXA 3K02A 4C1UA 1FBPA 2HCAA 1YYZA 5AA3A 1IIWA 4U4XA 4LP2B 2V4CA 1US4A 5EQ8A 3SDFA 3T1BA 1ZMGA 4WEPA 1LSTA 1B7HA 4HXVA 2Q8JA 1Q1KA 1B1XA 4I62A 3HHFA 1ZJLA 2WYPA 1PC3A 1PDAA 1MPBA 2YLNA 1AWBA 1IQ7A 2ZZWA 1QVSA 3FXUA 4FECA 5JTYA 2ESNA 2DQVA 1DSNA 4PQJA 5K2XA 2RCBA 4N4UA 4MBPA 5HBCA 4N13A 3EHTA 5J16A 2Q74A 4GWOA 3T9XB 5HPQA 5KZTA 2RINA 2Q2CA 1MY3A 4PF6A 1D9QA 3KN8A 4AS5A 2A5TA 3ONMA 1VR5A 3Q28A 4LATA 3SEXA 2HPGA 3KN7A 2I48A 5DEXA 2R8TA 3OOAA 3EHSA 5IKBA 3QYTA 3JV9A 3IAZA 3P7IA 4OVRA 3MZ1A 3WAEA 3SEVA 2RCAA 2UVHA 4Q5TA 4FEBA 1B3GA 4YB6A 4PBQA 3S9EA 4N6DA 4OEUA 3QMFA 3ODBA 1NNTA 1JVXA 4PAFA 2OK2A 3MP1A 3BBRA 2VOZA 1USYE 1FQCA 2ALUA 1B1HA 5H8SA 3E78A 4DDDA 1RDXA 3C34A 1R6ZA 2P1SA 2Z8DA 5IM2A 2CZHA 3VDFA 3IB1A 1MXWA 3A3CA 5K2YA 4OESA 2FHYA 1FQAA 2HAVA 2F36A 1PBQA 4GF8A 2ZXTA 4ND9A 2REGA 4QFOA 3PV0E 3LSLA 3BFTA 3FATA 4BDMA 2ZNTA 3CR9A 3FJ7A 1RKMA 3V8XB 4G68B 1DK4A 1GR2A 4PFTA 4PF8A 4OEVA 2OBGA 1A8FA 2R6GE 4NF0A 1S50A 5I84A 4XEQA 4N91A 1MXUA 2Q89A 3GXAA 5FHOA 1VE4A 1IMEA 3FUZA 4JWOA 1FTMA 5CMBA 3PPPA 2UXAA 4U22A 4F3GA 1SI1A 3RYDA 1KWHA 4XXUA 4NGUA 1MQGA 3MWBA 5A5LA 2B4MA 3W9WA 1R1NA 1LB8A 2H25A 3W9VA 2MKZA 2RC9A 1B52A 2XXKA 3SESA 3MSTA 4XF5A 4QRZA 1JW5A 2Y5LA 3S9NC 5KCJA 3OEKA 4C0RA 1QULA 4I1DA 4HE2A 1EZ9A 4O3AA 3IJXB 1B46A 4QFKA 3CG1A 4I3YA 2RC8A 4FATA 4R73A 1OMPA 2PCRA 1FPEA 1ELJA 1BIYA 5BUUA 4NF8A 3T9VA 1UTBA 1Y1MA 4HE1A 3QUJA 5I2KA 4OTEA 4IGTA 5EHMA 2HZKA 4PGNA 4X04A 3ILTB 2F35A 3FJMA 1NKXA 2UVGA 3VVFA 3TCFA 3TTMA 1TFDA 2VD2A 3E9XA 1I69A 2XXYA 3RT8A 1SQYA 1AMFA 3HFUA 3OSQA 3RPLB 4F2QA 1IMCA 1B9JA 1YZ0A 2VHAA 4Z0IA 3IFAA 1NL5A 1F9BA 3K0VA 1EU8A 3ISPA 1NNPA 2HXWA 4NHBA 1P1WA 5FHMA 5AA2D 1JETA 2F7BA 2DVZA 4LZ8A 3BKIB 4EXLA 4IR8A 5L8DA 2Z8FA 4KD5A 1LFGA 3ILUB 4GBVA 3O97A 5F24A 5I5PA 4EQ7A 3UK4A 5I58B 1M5BA 1I6BA 4F29A 4MAGA 1BKAA 4Q0CA 2VP1A 5EYFA 2WEFA 1YXIA 1RYXA 3M3FA 4U4SA 3E13X 4LVQA 2DOJA 4GIZA 4N8YA 3MQ9A 1JQFA 4R6HA 5ET7A 1SBPA 1Y4CA 1VFEA 4NF8B 3CRBA 4DI4B 1Y3NA 1A8EA 3Q29A 4FE8A 2I0CA 2V3QA 4LN5A 2XX8A 4YMBA 1WODA 2OLBA 5A5XB 1R9LA 4YAHX 1OQGA 1LBYA 4XTCQ 4EF2A 5CBRA 1Q35A 5I2NB 4QFPA 4JSDA 4MJOA 1O7TA 3MZBA 4GQOA 1FTAA 4PFIA 3C9HA 2QVVA 1NMUA 4Z7EA 1LB9A 4PDHA 4F39A 4EUOA 2F7AA 2ZYMA 4RK9A 4NF6A 2A5SA 5DT6A 2I0BA 3SZPA 5IZZA 1VDWA 2JJKA 4BLAA 1P1UA 1I6AA 3C4MA 3SEUA 4IO4A 2FYIA 4O3CA 4ELPA 4YB5A 4DIGA 1NV2A 4GL0A 1B4HA 3T9UA 1O64A 3RPWA 5DYHA 1OLAA 3ECRA 1TWYA 2I6EA 1A40A 4HS7A 4G61A 2XXIA 3WAFA 5ESYA 3L6GA 1ZTYA 2V84A 3FV1A 4PETA 4FAJA 1NUXA 1US5A 1GV8A 3S9LC 2OWSA 4ZZAA 3VLVA 1LBXA 4R9FA 2PYYA 3VLUA 4E0WA 4EXKA 3UP9A 3FBPA 4ELOA 4KYDA 1G0HA 3GYYA 1FJ9A 3L6HA 4LQ2A 2PT1A 2CEYA 2Z22A 4MF3A 4R74A 3G3JA 1FPDA 4MNCA 2O6AA 3OD7A 4LZ7A 2BJIA 3PD8A 2QVUA 3N94A 4NF4A 1XOCA 5TP9B 4MMPA 2XXUA 3GLBA 3FZVA 5I57A 4GFRA 3V5AA 4LQ5A 3H7MA 2AL4A 5ET5A 4I40A 2DWIA 3VV5A 4AS4A 4BDLA 4NMYA 1R9QA 2DWHA 4M1VA 3RLFE 4G77A 2NXOA 1PEBA 1NV3A 5H8FB 3KN3A 3PD9A 3SKPA 2DDKA 4H0WA 4TLLB 1IXHA 3DP6A 4O7MA 3K00A 4X1BA 4DCXA 3SERA 2HEUA 3A29A 5CBSA 3T96B 3H6TA 3G3FA 3TTKA 1FPKA 4N6PA 1Y4TA 3LV0A 1MY1A 4XKNA 4R6KA 2FBPA 1YPNA 3TAJA 2D5WA 3IB0A 3VVEA 1IMAA 1B05A 2V3UA 3RQTA 2GHBA 1SW5A 4IO7A 4YU0A 5ET6A 5B70A 4POXA 2ZYKA 1MY0A 3EKIA 3KGCA 1NNKA 2DWJA 4GWWA 2Y7RA 4UACA 1DPPA 2I4CA 2F34A 4I9DA 4OVPA 4MCOA 5ITOA 4BDQA 1LCFA 4OERA 2D21A 4RPNA 1N76A 3TTNA 2GQ1A 2R9JA 5TPAA 4N07A 4YMAA 4DXCA 5DVIA 1DTZA 2F78A 2Y5KA 3O29A 4NG7A 4P3LA 1FPGA 3IO6A 4NE4A 4QXDA 5FHNA 1QUJA 2RF1A 2ZMBA 3HCQA 4AB6A 1LGBC 2XXQA 4THIA 4NF4B 3C33A 2F3DA 4R9GA 2IA4A 1URSA 2XX9A 4IY5A 1M5EA 1LBVA 5I59A 1T0KA 5BWJA 5H8NB 3U8QA 5AA4B 2HQ0A 1MPDA 3EHUA 4ZEFA 4KXPA 2OWTA 1JP4A 3KEIA 4HTGA 4BDRA 2DE4A 4DXBA 4ELQA 2QS4A 5KDTA 3CFXA 2PX1A 4LUBA 2Y84A 3QXMA 2O84X 1YAEA 1NFTA 4RPOA 4KQPA 3RTWB 4K3FA 2NWJA 3ZKKA 4E0XA 1FSAA 5ICQA 3E79A 4OFLA 2CMOA 3IORA 4EF1A 4MNIA 3Q27A 4DLDA 1LCTA 1USYH 3SEYA 2ZZXA 2HAUA 3NOHA 4G8HA 1RDZA 3UGWA 2O69A 5F1QA 4QFNA 2O7UA 4YKPA 3TEPA 1Y20A 4L17A 3EQ1A 3RTFB 4P8BA 1AL3A 3B50A 5TPAB 1N3XA 2VGQA 3FD3A 4IO2A 3H6WA 4GWZA 2ZNUA 1LBWA 3GBBA 4ZECA 2X7QA 3KBRA 1G0IA 2E0SA 4F1VA 2QJEA 1QGXA 4GWYA 3MPKA 1ATGA 3F11A 4P0IA 1LEVA 4PFYA 1FBEA 5L9MA 1BLFA 3PPNA 1Y3QA 4OMBA 1J1NA 4N17A 1MQHA 4TQUQ 3HN0A 4OA4A 1II5A 4PAIA 3JZJA 3A3UA 1UIVA 1SD3A 4OVJA 1NI9A 4GWXA 5AA2A 5I59B 1XS5A 5JTYB 1YTVA 2YPNA 5I56A 5CRYA 3IK6B 4GX4A 3QSLA 4LZ5A 5H8QA 2VPNA 3IFCA 3JYRA 1MXYA 4U2RA 3CVGA 4R2BA 2HXRA 1EZOA 1MH3A 2A5TB 4XKPA 4OHNA 1FTJA 4AB5A 3PMXA 1KZ8A 2F6GA 1LAHE 1P99A 1EH3A 2ABHA 3OXNA 5CMKA 3CSBA 4YKJA 5DEXB 1FQDA 3KC1A 1LBBA 3UORA 1FQFA 2Z8EA 4RJZA 5ISUA 4ZE8A 1IITA 3CI8A 4LA9A 3AXFA 1NNFA 2VPOA 2LAOA 3QAXA 4RXLA 4MIJA 3BFUA 3U92A 1SYHA 4OVQA 3PTYA 3M3LA 1XVYA 1NV5A 2OJTA 3HSTA 3N5LA 2KLFA 4PC9A 2XD2A 4P11A 1FJ6A 2G93A 3HHGA 1SDXA 2I49A 2W7YA 4GLIA 4NF5A 3TFLA 1MXZA 3UN6A 2DYXA 4GWSA 5DTBA 1MQIA 3FVOA 4HCWA 5B7DA 1HSEA 4XKQA 4NTLA 3T66A 4I3EA 3LC8A 1FPIA 1N04A 4R6YA 1IMBA 1PB7A 1PBPA 4IO5A 1YCJA 4EQBA 2WBBA 4ZEDA 4N6KA 3DLNA 5IZ3A 2H5YA 4MNPA 5JEIA 1EYKA 1M5FA 3K6VA 2O68A 4P0GA 5AA2B 1WDNA 2AL5A 3PMWA 1K9YA 1GGGA 2XXXA 3ZSFA 3U93A 2ANJA 2XXWA 2PVUA 4NX1A 3ZKLA 2XXHA 3H3GA 2XHDA 1DTGA 1NH7A 3FASA 4KHZE 3RGYA 1FPBA 3H06B 4P1EA 5DVJA 4GD5A 3QK6A 5DW8A 3R6UA 3S4UA 5EYGA 2O7IA 3DELB 1ANFA 3LSXA 2XWKA 4ZS9A 3T9HB 4DI3D 1MQDA 4ZDMA 4G8NA 1AOVA 5L9OA 3QUFA 1SW4A 2WX9A 1SYIA 3MVYA 3TCGA 5T3JA 5KCJB 1PB9A 2RC7A 1IUDA 3VLWA 1OLCA 3RNNA 4BDNA 1MXXA 5H8HA 5DVFA 3HV1A 3PUXE 1FBCA 1IEJA 4P9KA 1MM6A 4RNSA 3U1OA 2B65A 4QF9A 3KSXA 3TMGA 4BDOA 5I7IA 1B0LA 2OWZA 1MM7A 1UTBB 2H4IA 1B0HA 4H67A 4NF5B 5I2KB 1OVBA 3MW0A 4MHFA 4FJPA 2CZIA 1MS7A 4R75A 3W15C 2V3TA 3MBPA 4PP0A 2DP8A 1HSJA 1BK4A 3EN3A 2ZNSA 2UYFA 4ESXA 3Q26A 2OZZA 4PBHA 2P0SA 2CZLA 2M8CA 4NAPA 4H5FA 4POWA 4NN3A 4XFEA 3MUQA 4GXSB 1S7YA 3FVNA 1B4ZA 4MX6A 3THIA 2HFBA 4FBPA 1FQBA 2QS1A 4KCDA 1QUIA 1B5IA 4ZEBA 1IZ1A 4OANA 4NWCA 4WKMA 3EF7A 1MQJA 1Y1ZA 3KOTA 4PFBA 3CHGA 2QPQA 4U1ZA 2THIA 2FNCA 4JWXA 1PB8A 3CIJA 2V25A 5EHSA 1SVXB 4ESWA 1JVYA 1MY2A 3CFZA 3PPRA 5LOMA 2QMXA 3VXCA 1OVTA 4H65A 4KI0E 1MY4A 5FBPA 4TOZA 1SPIA 3FIRA 1S9TA 4PE3A 1JEVA 1DMBA 3B6QA 4NQ8A 4MEVA 4F22A 1TXFA 1DOTA 3MAMA 2KR0A 2F6PA 4RA1A 1D4NA 4FORA 3BIHA 4FEDA 3G3HA 5CC2A 5EQ7A 3C31A 3MZ9A 2I3VA 2G29A 4HCYA 1LFIA 4ZEKA 4OWDA 3VE1B 5AE4A 4X9TA 4PFUA 4N15A 2B3FA 3IR1A 3EPEA 4UABA 4U1OA 1LBZA 1ZBMA 4NF6B 1LFHA 2Y7PA 4H46A 1CB6A 2I4BA 3KBZA 4G8MA 1ZU0A 4XIGQ 1GVCA 2QFLA 3OELA 1B5JA 3G3GA 3OENA 1JEUA 2Q8MA 2P3VA 1B3HA 4GOTA 4ZE9A 1D9VA 4JDFA 3IB2A 2HHMA 1XT8A 4R72A 1GTKA 4ZEIA 1N3WA 1XI6A 4OQOA 5ET8A 1B7ZA 1A99A 4ISUA 5FTHA 1FBHA 1WVJA 4JB7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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