4P0IA

Structure of the pbp noct
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
KSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASPKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4p0iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4p0iA02
2PVUA 1LAGE 4ZECA 4RPNA 3ZKKA 1CB6A 3PPOA 4M4GA 3KN8A 1P99A 4KYEA 1SYIA 4KR5A 3MAMA 2QL3A 3KGCA 4R6KA 4R9FA 3EHUA 1Y1MA 2FYIA 3A3UA 5I56A 3EHSA 2F36A 1MY2A 2XX9A 4OENA 2ABHA 3MPLA 3T96B 2QMWA 4PP0A 4ESWA 3TEPA 5ITPA 4JWOA 3V83A 3MVYA 3ONMA 4POXA 1PDAA 4EQ7A 4BDOA 3C36A 1P1NA 1UTHB 4LA9A 4QSEA 2XHDA 1OVBA 1MXWA 5B70A 3KSXA 1L5TA 5CI5A 3MUQA 3O2AA 3PGFA 1XC1A 2OWTA 2O7UA 3TQLA 5FHMA 3O9PA 4XKQA 1QW0A 3OD7A 3V89B 4IO4A 2RF1A 3EPEA 3RUMA 2DVZA 3IR1A 1D9VA 4YZZA 3MWBA 4YB7A 4BDNA 1LLSA 1Z7NE 2PBWA 3C34A 2XXHA 3TTLA 4MFIA 2XXRA 1I6BA 4H5GA 4NE4A 3UORA 4TQUQ 3QK6A 1MXVA 3U94A 2AYSA 4I8CA 3Q28A 1PBPA 3OSRA 2QSXA 2V84A 2QMXA 4LATA 2YLNA 2NXOA 2Y7IA 3HN0A 2Q88A 1N84A 2RCAA 2ZYKA 3CR9A 1LGBC 1OMPA 1B58A 2XD2A 4NF8A 4LP2B 3QXMA 3T22A 2F6PA 1O7TA 3T9XB 1B40A 3UN6A 1XS5A 1RKMA 3TTMA 4F29A 2ALUA 1NKXA 5KCJA 2XXVA 2P0SA 3USDA 2F6GA 2DE2A 3IAZA 1AOVA 3UK4A 1IIWA 3H6TA 2DXYA 3OO8A 4KCCA 5AA2D 1SVXB 2DE3A 4ZE9A 4OWDA 3GBBA 2ONSA 3HV1A 1JVYA 3K6XA 4OERA 3K00A 1MY0A 4YKIA 5I57A 3IJXB 1BTJA 2UVGA 3R7XA 1P1QA 3E13X 5A5XA 4GL8A 3O29A 1YAEA 1GR2A 1M5FA 1S7YA 3EF7A 4MF3A 4YMAA 2Z8EA 4IY5A 1NNKA 1JW1A 2O51A 3FUZA 5DEXA 4U21A 1PC3A 4LZ8A 2UVHA 1MXZA 3LSFB 5F7VA 1NH7A 1FTOA 3FXQA 1TXFA 4PQJA 1O64A 4G2ZA 4I62A 3H03A 4KCDA 4JBZA 4ZEKA 3CFLA 4U4SA 3GLBA 1B1HA 1JETA 3CFXA 2Z8DA 1JW4A 4AB6A 3PUXE 5L9OA 4EUOA 3S9NC 2GFEA 4X48A 5I2NA 4LZ5A 3IB2A 4GQOA 1Y1ZA 4EXKA 4YMBA 3K02A 4R75A 4Z0IA 1Q35A 4OESA 3KOSA 2F78A 1FW0A 3CG1A 3TCHA 1UIVA 4GF8A 1BP5A 4U23A 4ESXA 3MQ9A 2ESNA 3VXBA 1USYH 3THIA 3FVGA 2X26A 1NNPA 3TDJA 3FZVA 5CMBA 1UIUA 4F3SA 1MS7A 1RYXA 2VOZA 1QUJA 2ONRA 2DYXA 4ZDMA 4DCXA 4LZ7A 2XXXA 5EHMA 4NEDA 1P1WA 4XKPA 3KFMA 3N6UA 2AL4A 3FJ7A 1US5A 4WEDA 5L9MA 2F97A 2HZLA 5AA3A 5JK4A 1Z7ME 2I49A 2I4BA 1ZKBA 5K2YA 4OHNA 3O66A 3L6GA 1ZMGA 1MXUA 5EYFA 5M2VA 5JTYA 3FVNA 4KD5A 3GBAA 2Y7WA 1IEJA 1A55A 4HS7A 5F1QA 3LSXA 2XXIA 3O6IA 4NWDA 3KBRA 3K6WA 5DVFA 4R6HA 2HCAA 2DWHA 2V93A 1N3WA 4EQBA 4ELOA 4F19A 1MRPA 1A99A 4GFRA 4H67A 1NL5A 2DQVA 4FATA 1LAXA 1BKAA 5H8FA 3WAEA 4ZEIA 2H98A 3I3VA 3N26A 4JWYA 1JNFA 5CMMA 3H4ZA 4NF5A 3U72A 4X1DA 5ICTA 1ELJA 3U93A 2Y7RA 1URDA 1QKAA 5AA2A 4NF8B 1A7LA 2O69A 4OFJA 4IGRA 3VE1B 2DSFA 2QS2A 4L17A 3CIJA 1R6ZA 4FIMA 1LB8A 4QHQA 3I6VA 4JSDA 2V3QA 1F9BA 4YU0A 2QPQA 5I59A 3S4UA 1N76A 3G3GA 5DTBA 3S9EA 1D3KA 4PFTA 4QRZA 4KYDA 4R2BA 3RT8A 1QUIA 3G3JA 4NF6A 1EZPA 1FQAA 1ZJLA 3KJTA 1MQGA 4U1OA 3A3CA 4OXVA 4XIGQ 5H8SA 3KOTA 3PPPA 1WDNA 3TUSA 4QFKA 4P11A 4EDPA 4ECFA 1SI0A 1Y4TA 5I57B 1A8EA 1VR5A 5H8NB 2Q89A 2Y7KA 5A5XB 2QRYA 3IORA 3PPRA 3FIRA 4H65A 3IJOB 3Q27A 4ELRA 1IXIA 3N6TA 2DS9A 2V3TA 1B51A 5DEXB 5HM4B 3HSTA 1DOTA 3VFJA 1URSA 4KHZE 1LSTA 5L9SA 1NMUA 2CMOA 3FVKA 2H99A 3IK6B 1SW4A 3IOUA 3C9HA 3SEWA 2XXUA 4I1DA 3CSGA 1DSNA 3TZAA 2ZYNA 3SEXA 5H8HA 3M3FA 5J1DA 1R1NA 3RY3A 3VVDA 3OXNA 2QJEA 5I2NB 2VGQA 3RT6B 1LAHE 3T9HB 2DE4A 1FQEA 3K1PA 1FQDA 3FV1A 3PMXA 3UGWA 4F18A 1MDQA 4GOTA 3DP4A 5IAIA 4NWCA 3TCGA 2OK2A 3LBSA 2GHAA 3W9WA 1FQFA 3K1NA 1UTBB 4EF2A 3U92A 1EZOA 5K2XA 3PUWE 1MXXA 4OVJA 3G3FA 1B32A 2F7BA 4U4XA 3K6UA 4HCWA 4IO6A 4UACA 1MH4A 1SW2A 2NOOA 5I58A 3MVXA 4O3AA 1VSOA 4FAJA 4G68A 4G8HA 5CRYA 4Q30B 2QS1A 3OEKA 3U8QA 4LUBA 2Y84A 1UQWA 5EHSA 4QSDA 4GXSB 3RTFB 4R2FA 1QKBA 1BLFA 1MM6A 3S2VA 2H4IA 2HAUA 3MZBA 5JTYB 1M5EA 1AH5A 1HSLA 1SI1A 3TFLA 4H5FA 4IB2A 3K1MA 2RINA 3CSBA 4XKNA 2VD2A 3M3KA 4OTEA 4R9GA 1DTZA 3HHGA 4HTGA 5AE4A 1NFTA 3MP8A 4DXUA 4ZS9A 4OETA 3G3KA 4NF4A 4F31B 2HXWA 3IL1B 3OO9A 2OZZA 1DMBA 3T9VA 2REJA 4DLDA 4P0GA 4DCYA 2UYFA 3CG3A 3ODBA 2I0CA 1VFDA 4H8JA 2AIXA 5H8FB 5I2KA 4ND9A 2Q2AA 3E9XA 3HO7A 1H76A 1NNFA 1MY1A 2XD3A 2ZNUA 4DIGA 3EQ1A 4H6DA 1Q1KA 4NF5B 4G77A 4G68C 4QFNA 3G3HA 4GD5A 3LSWA 3TMGA 3BKIB 5AA2B 4N6PA 4X1BA 4RNSA 1MPCA 1N04A 2DVCA 2V3UA 2NVUB 4R73A 4KQPA 2E1SA 3O97A 3ZS6A 1ZIUA 4U22A 5TPAB 2R6GE 5JEIA 5AA1A 3QAXA 1SDXA 1POTA 4ZZEA 1GGGA 3IOWA 1PBQA 3B6QA 4NF6B 3SDFA 3W15C 1B3FA 4DXCA 1M5CA 2OJTA 1PB9A 5KDTB 2DWJA 3M3LA 3K01A 4RXLA 2DWIA 3DELB 1FTLA 5CMCA 4LQ5A 3IO4A 1ZBMA 4GLIA 2F8DA 1HSJA 2F34A 1B05A 3HHFA 4WXJA 1JEUA 3TELA 3Q25A 2RCBA 2Q8JA 3E3KA 4XXUA 4R6YA 4UA8A 4HW8A 4LQ2A 2Y7PA 3TAJA 3MBPA 3FJGA 3TKDA 2REGA 1AL3A 2GH9A 1BIYA 3TCFA 3TTRA 3N94A 3VLWA 2QS4A 2I3VA 1VE4A 4WEPA 3FASA 5ITOA 2Q2CA 1B6HA 4PE5B 4G8MA 1B2HA 3VXCA 5H8HB 1PEBA 2A5TA 5I56B 3RTWB 4FJPA 3BFTA 2P1SA 1LCFA 4C1UA 3DM0A 2RC8A 3K4UA 4E0XA 3U1OA 5CMKA 1DPEA 4KFQA 3RN8A 2Q9TA 3T93B 5BUUA 3FGSA 2WKYA 3VVEA 2DWAA 1LBBA 4GRKA 1URGA 4YICA 1B3HA 1ZU0A 2FA7A 3R26A 5BWJA 1POY1 2DP8A 3SERA 3IX1A 4QF9A 5DVIA 4RK2A 2ONKE 5FTHA 1MH3A 4JDFA 3KN7A 4ELPA 2FNCA 2H5YA 2ZYOA 3MZ1A 3MVWA 2XXPA 4OQOA 3IO6A 3E4RA 4JWXA 1MY3A 1JQFA 3H6WA 5I58B 2D21A 1JVXA 3OO7A 3SETA 2OCUA 4G68B 2O84X 3SESA 2Z23A 1YTVA 3FATA 2G93A 5FHNA 4FEDA 4THIA 1XT8A 2XXTA 4PETA 3W9VA 3IOVA 3D4CA 2DOJA 5DVJA 1MG1A 2M8CA 3D4GA 4RK9A 3TTNA 4O3BA 2E0SA 1SBPA 1JEVA 3HPIA 1WVJA 2HZKA 1XVXA 3AXFA 4LVQA 4H0WA 3O6GA 5KCJB 3IB0A 4TOZA 2F7AA 5ELVA 2I6EA 3DLNA 2W7YA 1LFHA 3CRBA 3Q26A 1MDP1 4JB7A 1B1XA 1DTGA 1N3XA 3RPWA 3H06B 3LC8A 5TU0A 2AL5A 3C33A 4O3CA 5I2KB 1O63A 4QSCA 3B7DA 1IQ7A 2GHBA 1RYOA 3VLUA 1S9TA 4GIZA 3S9MC 5CBRA 5FHOA 4OFLA 4DE8A 4ISUA 3CI8A 1B4ZA 2I48A 1P1OA 2UXAA 2THIA 3C31A 3RGYA 3TTKA 1IZ1A 4NTLA 4WKMA 1A8FA 4MH5A 1FQBA 5ISUA 2VP1A 4EQ9A 1A54A 2VHAA 2PT2A 2RKMA 4QFPA 3S9LC 1LB9A 5TP9A 4LONB 3OMBA 1AMFA 1JW5A 2XX8A 4YB6A 5AA4A 4E0WA 3RQTA 2R9JA 2OWSA 2O68A 1B4HA 1TT1A 1OQGA 2H9BA 4KI0E 3KG2A 1CE2A 3KN3A 4M1VA 4YKJA 1Y3NA 1LFIA 1P1UA 2D3IA 4HCYA 1TWYA 1B9JA 3VDFA 3PMWA 4OEUA 1SQYA 2GRVA 4G8NA 2IEEA 3B6TA 1I6AA 3V8XB 3MVZA 1M5DA 1Y9UA 3ILTB 2O1MA 1ZLQA 4BDMA 1B46A 3BFUA 1I69A 3VLVA 5DYHA 3MPKA 3LSLA 3MZ9A 4P0IA 1ANFA 3JYRA 1N7WA 1QUKA 4ZEBA 1M5BA 2A5TB 4POWA 4FECA 3MJNA 4X9TA 1H44A 4I9DA 3PU5A 1USYE 3SKPA 1B3LA 3KSJA 1TFDA 1LFGA 4OFOA 3OELA 3DP8A 3QIMA 3EN3A 3WAFA 2I3WA 3MP1A 4NMYA 4BDQA 4JSOA 5HBCA 4K3FA 1XOCA 5IKBA 4OMBA 4RJZA 1OVTA 4XTCQ 3PD8A 3QYTA 2O7IA 4BLAA 3TQWA 3QUFA 1NH8A 4DDDA 1I6QA 2PYYA 3CFZA 3C35A 4FORA 1IITA 1GVCA 2Z8FA 2Z22A 3KEIA 1B5JA 3R6UA 4IO5A 4ELQA 4AQ4A 1II5A 2IA4A 2RC9A 4ONYA 1OIBA 3ZKLA 4Z7EA 2VD3A 4KPTA 4F2QA 2RC7A 5DT6A 3T66A 1EU8A 2OLBA 1EH3A 3QSLA 4F2OA 4R74A 3OSQA 4GVOA 1XVYA 1QVSA 4GL0A 2ANJA 2F35A 3FVOA 1FTKA 4IO3A 5I84A 1D9YA 4IY6A 4Q0CA 1IXHA 3O28A 3QUJA 4U1ZA 3O6HA 1OLAA 1US4A 1H43A 1Y20A 1XHYA 2D5WA 2UVIA 4RA1A 3UIFA 2PMSA 2ZYMA 5B7DA 4RYAA 4ZE8A 1FTJA 3M8UA 1FQCA 5H8NA 1KWHA 4YB5A 5H8QA 3PD9A 4AB5A 4FEBA 4EF1A 1H3DA 5I59B 1B7HA 1MY4A 4PFWA 4F1VA 3JZJA 1IXGA 4FE8A 4YKKA 3H3GA 1YCJA 2DXRA 1LCTA 3G7WA 2UYEA 2HAVA 3FXUA 1MQDA 4ZZAA 4C0RA 1IUDA 2PX1A 1SD3A 2X7QA 4DXBA 1WODA 1PB8A 2V25A 2YJPA 3K6VA 4F22A 3FV2A 1MQJA 5FTIA 1H45A 1VFEA 3PMVA 3CVGA 1B7ZA 3Q29A 3DP6A 4IO7A 3GZGA 4U2RA 1UTHA 2ZNSA 1N0TA 3VV5A 2HQ0A 4JXIA 2YPNA 3OEMA 3TODA 3ECRA 4OEVA 3PUYE 2XXWA 5TP9B 1AIVA 2OBGA 2P2AA 3C4MA 3MW0A 5AA4B 4F1UA 1UTBA 3VVFA 1J1NA 2KLFA 4IGTA 2UVJA 4YAHX 4F1YA 3K2DA 2NWJA 3V5AA 2ZMBA 3GXAA 4PFYA 3H7MA 4C1TA 3EHTA 2BJJX 1R9QA 3RNNA 5LOMA 3UP9A 4F3BA 3HCQA 4OZ9A 1Y3QA 4GXAA 4TLMB 1B5IA 2H25A 5KZTA 4MLVA 2I58A 3C32A 3LR1A 4Q8RA 3FD3A 4H1XA 1LAFE 3N5LA 3PUVE 2O1LA 1R9LA 1MPDA 3PV0E 4N13A 1ATGA 3KJ7A 5ICQA 4DZ1A 1Y3PA 1Y4CA 3A09A 3MC2A 2O6AA 4ZEFA 1YPNA 4YKPA 2NUVA 4Q5TA 3KZGA 2X7PA 4GWOA 2QS3A 2I0BA 4PFUA 5L8DA 5CM6A 1B0LA 4R72A 3T9UA 4MBPA 1SYHA 2R71A 4N07A 1B52A 1MQIA 4XKRA 1QULA 3OO6A 3IB1A 1OLCA 4BDRA 3UA8A 4BDLA 4TLLB 1N7XA 1MPBA 2I4CA 3H6VA 3G3IA 1ZTYA 1TFAA 4H8IA 1A40A 1D4NA 5CBSA 2B65A 4F3PA 2A5SA 3H6UA 3TPAA 1IXCA 4EXLA 2XX7A 4NF4B 4ZEDA 3OOAA 3SEUA 3ZSFA 4F3GA 1MXYA 2XXQA 3JV9A 3TYHA 3SEVA 3I5OA 4F39A 1GV8A 3OENA 4QFOA 1B3GA 1MM7A 3FXRA 4RPOA 2XXYA 1MQHA 3ILUB 1B3EA 4QFLA 5TPAA 3PPNA 2B3FA 1B5HA 2HEUA 2F7CA 3SEYA 1SW5A 4IO2A 2CZLA 5HPQA 1QJMA 1B7UA 3P7IA 1S50A 4OYVA 1DPPA 1OQHA 1SW1A 4RY1A 1FTMA 5KDTA 1T0KA 2PT1A 1EZ9A 1LBCA 3F11A 3PPQA 5CC2A 5H8QB 3FJMA 3RLFE 3PUZE 4KYSA 3LUYA 1B0HA 1HSEA 2ZXTA 1FCKA 3B6WA 3L6HA 2HFBA 3MP6A 1PB7A 1NNTA 3BBRA 2B3BA 2F5XA 2LAOA 2G29A 1GTKA 3IOTA 4MLQA 4G4PA 3K0VA 2ZNTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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