4POXA

Structure of the pbp noct in complex with nopaline
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
DYKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 86
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4poxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4poxA02
3TELA 3QYTA 2E0SA 1TT1A 1PC3A 3FIRA 3EF7A 5TP9A 4BDOA 5LOMA 1CB6A 3ECRA 4UACA 3OENA 3Q25A 4IGTA 1B0LA 1IITA 2PT2A 2H5YA 4C0RA 2O69A 4OMBA 3KSJA 1LAHE 5ITPA 3GBBA 4QFLA 3E13X 2PX1A 4WEPA 2YPNA 2I6EA 2XXQA 2DOJA 4Q30B 5ICQA 3MP1A 3GBAA 5M2VA 5I57A 2QL3A 2NUVA 1II5A 3HCQA 1VSOA 3VLVA 4FIMA 4QFOA 2O1MA 3K6WA 2LAOA 2F36A 3RT6B 3VDFA 3PU5A 2V93A 3G3FA 3VFJA 1US5A 3IR1A 5CC2A 2ALUA 1N3WA 2Y7PA 1FQBA 1FQDA 3Q28A 3PPOA 2RINA 1JQFA 4LQ5A 5I2KA 1VFDA 1SW5A 5AA4A 2ZYNA 2GFEA 2F34A 3FVNA 5CI5A 2XXXA 2NOOA 4ZDMA 2RC9A 4PFWA 5KDTA 3SEYA 2OZZA 4DLDA 2FA7A 1NKXA 4G68A 3K1MA 3FD3A 4RK9A 1URDA 5EHMA 3MJNA 4DE8A 3K00A 1JEUA 3G3JA 4QSDA 3D4GA 4LVQA 1LSTA 4G8MA 1Y3NA 2XX7A 1MDP1 3K0VA 3IOVA 2Z8FA 2XXPA 3GLBA 4JBZA 1HSJA 3U94A 3MP8A 2M8CA 4KD5A 4QF9A 4U2RA 4ZECA 1PEBA 3OO8A 1ATGA 1NH8A 1B0HA 1M5FA 3PUYE 1LFHA 1XT8A 3CG1A 1B52A 3E4RA 2F97A 1SD3A 3QAXA 1I69A 4PFTA 3L6GA 2V3UA 1VR5A 4YMBA 2OWSA 3T9VA 1B2HA 4F31B 3EQ1A 4AQ4A 1Q35A 2FYIA 2XXRA 4ZE8A 1FCKA 2UVHA 4YU0A 4PP0A 1QVSA 5A5XA 3O6IA 5JTYA 4G4PA 4FEBA 5AA2D 1CE2A 1H45A 3MBPA 3FV1A 3FZVA 3V83A 2AL5A 1BKAA 1M5BA 2H25A 4LZ7A 4ECFA 1B51A 3AXFA 5H8QA 1RYOA 3DP6A 3MVWA 5CMKA 1OIBA 1YTVA 4RK2A 2RCAA 3TYHA 3QUJA 4OENA 4H6DA 3IO6A 1XVXA 4RXLA 3H03A 3VLUA 4XKPA 1ANFA 1YAEA 4R6YA 1DPPA 3ZS6A 1AOVA 2QMXA 2Q88A 4EXLA 5I59A 2P2AA 4DXCA 2F5XA 3RT8A 4QSCA 3FXRA 3G3IA 3EPEA 1XVYA 1QKBA 1B7HA 3JZJA 5EHSA 1UTBA 2A5SA 3DLNA 4KHZE 4U23A 3THIA 3IB0A 1O63A 1WVJA 4NF8B 3H3GA 5K2YA 4F1UA 3IORA 3H6VA 2RKMA 1B5HA 4G8HA 1PB7A 3WAEA 1IUDA 4XKQA 4X1BA 4F1YA 2Q89A 3FJMA 3T9UA 1MH3A 5AE4A 4JSOA 5H8FB 1UIUA 1VFEA 2I4CA 2WKYA 1B40A 4R73A 2PVUA 3Q27A 1B58A 1SW2A 3UN6A 1H3DA 3SEWA 3QK6A 3KJTA 4NF6B 4ZEFA 3KN8A 4LZ5A 2R71A 2RC7A 1EZ9A 3KJ7A 3ZKKA 1PBPA 4ISUA 1MXZA 5TU0A 3LSFB 4FECA 2F7CA 2I58A 4PFYA 5B7DA 2VOZA 3ZSFA 1FTMA 1LAFE 2O51A 4EF2A 1IXGA 4ZEBA 4QFPA 3TQWA 3FJGA 1N3XA 3TTRA 2Z23A 4F39A 1YPNA 2IEEA 2I3VA 4WXJA 4RY1A 2X7QA 3O97A 1B3GA 1Y9UA 4OERA 2QS1A 2HAVA 1JVYA 3I5OA 3U8QA 2REGA 4JWOA 1URSA 4LONB 1MPCA 4U4SA 2HXWA 1DSNA 3DP8A 4P0GA 5HM4B 4ELRA 5DVFA 3C31A 3OO9A 4DIGA 4AB5A 1SYIA 1B6HA 4NEDA 5L9SA 4PQJA 1XC1A 4U21A 4TOZA 4ZE9A 1A7LA 3ODBA 4IO3A 3T93B 1MY4A 1A8FA 5B70A 3GZGA 3UGWA 3HV1A 2H9BA 1UQWA 4YICA 3RTWB 4NF5B 4PETA 1LCFA 4F19A 3TAJA 1NFTA 3U72A 1A8EA 4K3FA 4FE8A 4ZEIA 2XXHA 1JETA 4FAJA 2QMWA 2ZNUA 2I48A 2QPQA 1SQYA 4Q5TA 4H8IA 4OEVA 4G2ZA 3FXQA 3TTKA 1OMPA 4GFRA 3FV2A 4GXAA 5DEXA 1D9VA 1B7ZA 5ITOA 4QSEA 3RGYA 3BFUA 4EDPA 5ICTA 5I56A 4LQ2A 4EQ9A 5HPQA 5CM6A 5CRYA 3CIJA 2DVZA 5BWJA 4U4XA 2DP8A 5FHOA 2DE2A 3SEXA 3K6VA 3VXBA 3W15C 1D3KA 1GR2A 3OSQA 2DXYA 4QRZA 3CG3A 4GD5A 1MXXA 3G3GA 1FQCA 3QSLA 2ONKE 5TPAB 3W9VA 1R9LA 3TTLA 3RQTA 2A5TB 4OEUA 1A40A 4P11A 4IY6A 4Q8RA 2R9JA 1MQJA 3MAMA 1OVTA 3QIMA 4IB2A 4HS7A 3EHSA 2OJTA 4YB5A 1FW0A 2Y7RA 1FTJA 2Q2CA 3BFTA 3LSWA 2NXOA 1HSLA 4XXUA 1VE4A 2QS3A 2XXUA 4I9DA 1B3HA 4R74A 5DYHA 5H8NB 4M4GA 2H4IA 2F35A 4G77A 3PMXA 4QFKA 2G29A 1I6QA 4OVJA 3S4UA 2Q9TA 4MLQA 4QFNA 2D5WA 2DXRA 5H8SA 3CSBA 3VLWA 4FATA 1A54A 2Q8JA 3RLFE 3LSLA 2QJEA 4R2FA 5FHNA 1MH4A 1SW4A 2QRYA 3F11A 3R6UA 1P1QA 4DCXA 4YKPA 2VD3A 3PUVE 4NWCA 4GLIA 2DS9A 3FJ7A 3C34A 3N6UA 4LUBA 1WDNA 4FEDA 3RNNA 4WKMA 3MVXA 3R7XA 2HEUA 4XIGQ 4BDQA 3EHTA 5KCJB 1EU8A 4IO7A 2XX9A 3HN0A 3HSTA 1GV8A 3PMWA 4DDDA 3K4UA 4YKJA 4YB6A 2R6GE 1M5EA 4EQ7A 4G8NA 3O66A 1QW0A 2DE4A 3FVGA 3MUQA 3ILUB 2YLNA 3RUMA 1LB8A 4N6PA 4NMYA 1IXIA 2DQVA 2IA4A 5DVJA 1QUIA 4TLMB 3E9XA 2O84X 1NNTA 4R9FA 2KLFA 3ONMA 3SESA 1H76A 1ZLQA 2I4BA 1SBPA 3I3VA 3LC8A 3CR9A 1AL3A 5I58B 4F3GA 1PB8A 3KOSA 5L8DA 1USYH 4H65A 2OLBA 4Z0IA 1B46A 2I0CA 4OZ9A 4F2OA 1MDQA 2H98A 3IJXB 3D4CA 1XS5A 1A99A 2PYYA 3LSXA 2OBGA 4C1TA 3IOTA 4JWXA 4POWA 1I6AA 3K01A 1MXUA 3N94A 1LFIA 3B6WA 3K1NA 1OLCA 3MP6A 1B7UA 3VVEA 4ZZEA 4H5GA 1ZIUA 3PMVA 3MVYA 1MM6A 1B32A 4JWYA 3A3CA 5A5XB 2UYEA 4YZZA 1ZU0A 1SDXA 4ELQA 1MY0A 1S7YA 4R6HA 4IY5A 4MFIA 2NVUB 4F1VA 3PPQA 1IEJA 3TTMA 4IGRA 3TFLA 2OK2A 3G3HA 1PB9A 2VP1A 4LZ8A 2BJJX 1S50A 3KZGA 2GRVA 2I0BA 4ONYA 3M3KA 2DWHA 2UVGA 3TUSA 1ZJLA 2O68A 1GVCA 2DWJA 4NWDA 2AL4A 4EQBA 1N7XA 3H06B 3I6VA 1BP5A 2I49A 2NWJA 4EUOA 3H6UA 4NF8A 3SEUA 4NE4A 1A55A 2RCBA 1B3FA 2GHAA 2UVIA 5ELVA 2D3IA 5CBRA 1B1HA 3O28A 3K2DA 1MQIA 1Y3QA 3TCHA 1DTZA 3R26A 3S2VA 3L6HA 3O6GA 4NF4B 1B05A 2OCUA 4QHQA 4FORA 4NTLA 2QS4A 4O3BA 3OO6A 1MY3A 1URGA 4RA1A 2XX8A 3U92A 4KYEA 3N26A 3ZKLA 4JDFA 4NF6A 4GXSB 1HSEA 5AA2B 3MPLA 3KG2A 1OLAA 3UK4A 3SETA 1UTHB 4LP2B 2Y7IA 3TDJA 1P1WA 1LAGE 2DWAA 4OETA 1Q1KA 3FVKA 4DZ1A 4MH5A 3FVOA 3T9HB 1UIVA 1Y3PA 4GWOA 3K6UA 1OQGA 3W9WA 1MQGA 2XHDA 1B3EA 1IXHA 4OXVA 1Y4TA 4KCCA 2X7PA 1MG1A 2V25A 4EF1A 5JK4A 1R6ZA 2P1SA 3OD7A 1DTGA 2Z8EA 2AIXA 4OTEA 2B3FA 2Z8DA 3S9NC 3FXUA 4M1VA 1LB9A 2ZYOA 3CRBA 4IO5A 3PPPA 4ELOA 3CFXA 4I8CA 3C32A 4UA8A 2FNCA 1JW4A 2O6AA 1OVBA 3V8XB 3H7MA 4XKNA 1MXVA 2PT1A 4NF5A 3RPWA 5H8HB 1WODA 4H8JA 4F18A 4WEDA 4H67A 4LA9A 1N0TA 2HZLA 5F7VA 3TZAA 4BDRA 5JEIA 2F7BA 2RF1A 4F3SA 3KN7A 1B1XA 3OSRA 3OEMA 1DPEA 2XXTA 2UXAA 5FTIA 2QSXA 5I2NB 2F7AA 2O7UA 1T0KA 5I84A 3C36A 1POY1 2UVJA 4R75A 3DELB 1TXFA 3RY3A 1QUJA 3LR1A 4ESXA 3PUZE 1OQHA 4YKKA 3UORA 1M5DA 3DM0A 3PD9A 4E0WA 3S9LC 1MPBA 2ZNSA 2PMSA 4C1UA 4BLAA 3V5AA 4IO2A 1PDAA 1MXYA 4HTGA 3HHGA 3FGSA 3K1PA 2XXYA 1MQHA 4RJZA 2F6GA 4YKIA 2VHAA 2I3WA 1YCJA 3EN3A 1N7WA 2QS2A 4YB7A 1J1NA 4O3CA 3TEPA 1QUKA 5TPAA 3CVGA 4OESA 2A5TA 4BDNA 4THIA 1LLSA 3C35A 1MPDA 2V3QA 3MZ9A 1MQDA 2ONSA 4L17A 1Z7ME 5CMMA 3TODA 5TP9B 3DP4A 5H8NA 1QJMA 3JYRA 2REJA 1B4HA 1AH5A 2DWIA 3MQ9A 3OEKA 5CBSA 4OHNA 1NNPA 4GVOA 3PPRA 3T66A 3JV9A 2CMOA 1JVXA 3PUXE 3G3KA 1LCTA 3H6TA 3IAZA 1I6BA 1ZMGA 4BDLA 2CZLA 5I57B 4AB6A 2DE3A 1BIYA 1B4ZA 4OFJA 4EXKA 1B5JA 1SI1A 3OO7A 1H43A 2HZKA 3K02A 4H5FA 4F3BA 1EH3A 1JW1A 5L9MA 4F3PA 1POTA 4OWDA 5F1QA 3KN3A 2XXIA 5DVIA 2B3BA 2VD2A 3CFZA 3UA8A 1SVXB 3O9PA 3MW0A 1TFDA 3RN8A 4U1ZA 3MVZA 3VVDA 5KCJA 4DXUA 1JW5A 3TPAA 3M3FA 3C4MA 1JEVA 1Y1ZA 1TFAA 5I2KB 3CI8A 5AA4B 3QXMA 1XOCA 2F6PA 1IXCA 2OWTA 3M3LA 1DMBA 4KR5A 3PV0E 4KYSA 4TQUQ 5KDTB 3O2AA 3SEVA 1MM7A 3SERA 4G68B 4U1OA 2E1SA 1RYXA 2ABHA 3SKPA 4ZZAA 1MY2A 3TTNA 1FQEA 4R6KA 4X48A 4U22A 3U93A 3LBSA 1MXWA 1P99A 4JXIA 1US4A 1D9YA 5I58A 4RPNA 3HO7A 1Y1MA 3H4ZA 1BLFA 4OFOA 1ZBMA 3MZ1A 1O64A 4HCWA 3E3KA 3IL1B 2H99A 3PPNA 4OQOA 1RKMA 4H0WA 1P1NA 1H44A 3MC2A 1LBBA 4N07A 4JB7A 5KZTA 4ESWA 3EHUA 5HBCA 3TCFA 3KFMA 2W7YA 3IK6B 2UYFA 4F2QA 3PUWE 3CSGA 4F22A 4FJPA 1SYHA 4G68C 3BKIB 3IOWA 1Y4CA 3N6TA 4ZEKA 4DXBA 3O29A 1USYE 1NNFA 4I62A 5ISUA 4GRKA 3T22A 3PGFA 2ZYMA 3A09A 5EYFA 3VE1B 1IIWA 3VVFA 5JTYB 1SI0A 1TWYA 4RPOA 3MWBA 5FTHA 3TQLA 4KI0E 3IB2A 4ZS9A 5H8QB 4X1DA 4ELPA 3MZBA 4JSDA 2Y7WA 3K6XA 5J1DA 3B6QA 3KBRA 3HPIA 4POXA 3G7WA 3H6WA 2GH9A 2HCAA 2X26A 4XTCQ 1N76A 4KYDA 4PE5B 2O7IA 1QULA 3U1OA 2RC8A 3ILTB 4R2BA 1P1OA 4NF4A 4MLVA 1ELJA 1KWHA 3IO4A 5I59B 1EZPA 3C33A 2G93A 3V89B 1XHYA 2HQ0A 5H8FA 4OYVA 1UTBB 1N84A 5DTBA 5AA2A 2DYXA 4LATA 3S9EA 4GOTA 1UTHA 1FQFA 2Y7KA 5CMCA 3RTFB 3Q29A 3B6TA 5DT6A 1B5IA 1MRPA 2ZMBA 1ZKBA 1BTJA 3GXAA 1LGBC 1D4NA 2ANJA 4Q0CA 2XD2A 4KFQA 4XKRA 4GIZA 2O1LA 3UIFA 4GF8A 2V3TA 3HHFA 2P0SA 1FTKA 2XXWA 1M5CA 1LFGA 5CMBA 3FUZA 2ZYKA 3OMBA 4F29A 2XD3A 2Z22A 5FHMA 4HW8A 1JNFA 4KQPA 1B3LA 4GL8A 3OELA 3A3UA 4IO6A 3LUYA 3VXCA 3M8UA 3UP9A 3T96B 4OFLA 1O7TA 4MF3A 4H1XA 1GTKA 4GQOA 3S9MC 3Q26A 1Y20A 5L9OA 4X9TA 1NL5A 4HCYA 3IB1A 3KSXA 4I1DA 4P0IA 5K2XA 3BBRA 1B9JA 2VGQA 3FATA 2GHBA 3IOUA 2HAUA 1NH7A 5H8HA 1FQAA 4R9GA 4MBPA 1IZ1A 1Z7NE 2AYSA 3USDA 3SDFA 2ZXTA 3N5LA 3QUFA 5BUUA 1LAXA 4GL0A 4ND9A 2ONRA 3MPKA 3IJOB 3B7DA 4KCDA 1QKAA 2F78A 1FTOA 2ESNA 2XXVA 3PD8A 4BDMA 2ZNTA 3OXNA 3O6HA 1FTLA 3CFLA 5IKBA 1LBCA 1S9TA 3OOAA 4Z7EA 1AIVA 5AA3A 4KPTA 5I2NA 3T9XB 2Y84A 2THIA 4YMAA 4E0XA 1NMUA 5AA1A 4N13A 4O3AA 2Q2AA 1MS7A 3IX1A 3TMGA 4R72A 3TCGA 3KOTA 3FASA 1SW1A 1ZTYA 4IO4A 2F8DA 3VV5A 1R9QA 2DVCA 3C9HA 2D21A 2HFBA 4RYAA 2B65A 1F9BA 2YJPA 5IAIA 4DCYA 1P1UA 1AMFA 5DEXB 1L5TA 4ZEDA 4TLLB 1NNKA 2V84A 3P7IA 4RNSA 1EZOA 3KGCA 1IQ7A 1DOTA 2DSFA 3TKDA 5I56B 3WAFA 4YAHX 1N04A 1GGGA 1R1NA 2PBWA 1PBQA 4PFUA 3KEIA 1MY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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