4PP0A

Structure of the pbp noct-m117n in complex with pyronopaline
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPNTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Agrobacterium uses a unique ligand-binding mode for trapping opines and acquiring a competitive advantage in the niche construction on plant host.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pp0A02
3B6TA 2QS4A 3G3JA 4ONYA 2X7PA 2I49A 2PX1A 1Y9UA 2DE3A 2OK2A 1B40A 4G77A 5DT6A 5ICQA 1B4HA 3MP1A 5I2KA 3T9HB 4GWOA 3FATA 1YAEA 1MXUA 3QIMA 4ZS9A 1QUKA 4QF9A 3VXBA 4MLVA 1FTKA 3O9PA 1H44A 1MXXA 1N0TA 4YICA 5F1QA 2REJA 4R2FA 1USYH 3SEWA 4TLMB 2UYEA 4G68B 3S9NC 3W9VA 4OTEA 3M3LA 4AB6A 4G8HA 3HHFA 2WKYA 1JEVA 4G68C 3EF7A 3UIFA 2NXOA 2O51A 4HTGA 1H43A 2M8CA 3FD3A 4DLDA 1KWHA 3KJ7A 4Z0IA 1L5TA 2O7IA 2HCAA 2QRYA 4HW8A 3IORA 4PFYA 5L9MA 4WEDA 3IO6A 1FTLA 3B7DA 4OFJA 2OJTA 1UTBB 4MBPA 3K2DA 2I4CA 5I2NB 2ZNUA 4F39A 4FATA 1GR2A 3VV5A 2VOZA 4YZZA 1GVCA 4R6YA 1LBCA 4PQJA 3ONMA 4OFOA 5H8HB 3JV9A 2ONRA 2XD3A 4DCYA 3K1PA 1SD3A 4DE8A 3W15C 4F1VA 3SETA 4X1DA 1QULA 3CSGA 3A3UA 2Q88A 3USDA 5A5XB 3OO9A 1Q35A 4F19A 2DWHA 1D3KA 4RPNA 4OMBA 3CRBA 5M2VA 4EQ9A 3TTNA 1P1UA 1B58A 1VFDA 4QRZA 2PMSA 3H4ZA 4KQPA 3VE1B 5JK4A 1MY1A 4F3BA 2DWJA 2Z23A 3C9HA 4FEBA 1B3LA 2H25A 4ZZEA 4OWDA 2Q9TA 4ESWA 2F97A 3KN3A 1ZU0A 1LAGE 1USYE 1WDNA 2NOOA 3SERA 1FTJA 3TQWA 5CM6A 3LSWA 4F3PA 5AA4A 5IAIA 2B65A 1PBPA 4N6PA 4OEUA 1TT1A 4XKRA 3CFXA 1NNKA 3OO6A 4ZEKA 3TEPA 4LZ7A 4NWCA 1US4A 5TP9A 1JQFA 3PV0E 1EZOA 3KSXA 2HAVA 2B3FA 2RINA 2YLNA 1MQHA 2I0CA 4IGRA 3A09A 1A54A 1XOCA 1GV8A 3QK6A 4P11A 1O7TA 3FVKA 1P1NA 4G2ZA 3U93A 3H03A 2QJEA 3TYHA 4NTLA 3K4UA 3BFUA 5AA2D 3ECRA 4AQ4A 4NF4A 1MS7A 2ZYKA 4MF3A 5FHNA 3HCQA 2Y7WA 1HSLA 4NF8A 2F7BA 4BDNA 3PD8A 2A5TA 3UK4A 4OQOA 1FQEA 4GXAA 2E0SA 2DP8A 2ANJA 1XVXA 4NWDA 4F22A 2R6GE 4MFIA 1QKAA 3M8UA 3PUWE 4DCXA 2PVUA 4ELOA 4DDDA 3K02A 3SEYA 3KN8A 2F78A 1DOTA 4JWXA 2F7AA 3IL1B 3K6XA 4H5FA 4YMBA 3IJXB 5CMKA 1NFTA 3L6GA 4PETA 1B9JA 1R6ZA 3S2VA 1TFAA 1B3FA 4OHNA 3VFJA 3MVWA 4GL0A 4GF8A 1Y4CA 4ZEDA 3FIRA 1PEBA 5KZTA 4KFQA 3EQ1A 2GHBA 5I59A 3O97A 3OSQA 3KOTA 3TODA 5J1DA 1Y1MA 3S9EA 4YAHX 4JXIA 3C32A 4QFLA 4F2OA 4NMYA 1TWYA 1H45A 1N76A 4LP2B 5L9SA 4IGTA 4YB5A 3TTRA 4R9GA 2VGQA 2DVZA 4ZECA 3CG3A 3VLUA 1LAXA 4TLLB 4R73A 1OLAA 2AIXA 4DXCA 3Q26A 3PUZE 3T9VA 3U1OA 4MH5A 3FVGA 1DTGA 1Y3NA 3GXAA 4RYAA 1PB7A 3VVEA 1SYIA 1H76A 3G7WA 2I3WA 4G68A 4YKIA 1PBQA 3ODBA 1B7UA 1DMBA 4ZZAA 3T9UA 3OXNA 2H5YA 2DE4A 3K0VA 2F36A 2G29A 3KN7A 4LVQA 2W7YA 2UVJA 1URDA 4JSOA 3RTFB 3EHUA 3IB2A 5L9OA 2NUVA 1FQBA 4OEVA 2RCAA 3O6HA 1ZTYA 4NF8B 3DP8A 4PP0A 3TCHA 2QSXA 3HV1A 4TQUQ 1BP5A 1S7YA 2V3TA 1ZJLA 3OMBA 1UTBA 1IITA 1B1HA 2XXPA 1D9YA 3JYRA 4H67A 1N7XA 1VSOA 2OZZA 3N26A 3B6WA 1B3EA 3IOUA 3S9MC 1QW0A 3GBAA 3IOTA 2I3VA 5H8HA 4OENA 4U1OA 5AA2B 2UXAA 1DSNA 5DVFA 5A5XA 3HPIA 3TDJA 1MY4A 3U94A 2AL4A 4GIZA 2XXQA 3UORA 1SW4A 4F1UA 2OWSA 4OVJA 1EH3A 1MQJA 1D4NA 1LAFE 3K6WA 1UTHB 1MY0A 3MUQA 2Y7PA 4RK9A 2ZNSA 3O6GA 4DIGA 3PMXA 1EZPA 3LSLA 4NE4A 2V3QA 3IOVA 2YPNA 2VD2A 4FORA 3TAJA 2QL3A 4C1UA 4YB7A 3U92A 3N94A 5KCJB 5KDTB 3FV2A 4KPTA 4ZE9A 4KHZE 3VVFA 1P99A 1A55A 1B5HA 4KCDA 3QAXA 4KI0E 2GFEA 4FECA 4FIMA 1XC1A 4EQ7A 3LSFB 4Q30B 1LSTA 3QXMA 4P0GA 3MC2A 3K6VA 2XXWA 4QFNA 1IEJA 3I3VA 3RLFE 4R2BA 2PBWA 5DVJA 3TTKA 2RKMA 3HO7A 5AA1A 1LAHE 2ALUA 1URSA 4K3FA 2HAUA 4XKQA 3T93B 1B05A 2I4BA 1P1WA 2UYFA 2ESNA 4YU0A 2AYSA 4XTCQ 1SW5A 3IAZA 1LGBC 5CI5A 2DQVA 2IA4A 1OIBA 3TMGA 2P2AA 5ITPA 4O3CA 4U1ZA 2DWAA 5EYFA 1MRPA 2Q2AA 4RK2A 1MPDA 1VE4A 2PT1A 3BBRA 4WEPA 3P7IA 1OQGA 5HM4B 1ZIUA 2O1LA 5FTIA 1B6HA 1TFDA 4KR5A 1SDXA 4DXUA 2Z8DA 4PFWA 3PU5A 1RKMA 1B0HA 4JWOA 3GZGA 3VLVA 1ELJA 1SW2A 2ABHA 2YJPA 2I0BA 4G8NA 2XXTA 3C36A 1AMFA 4G4PA 3BFTA 4RA1A 4BDLA 3TUSA 2Q8JA 1LB9A 1MG1A 4IO2A 2I58A 3TPAA 1JW1A 4DXBA 1M5BA 1FCKA 3MVYA 5CMCA 3FXQA 5CMBA 1NNFA 2PT2A 3FV1A 1FW0A 3H6WA 3K1MA 4YKKA 2DSFA 2GRVA 2PYYA 1MXYA 3CI8A 3WAEA 4QSEA 2RC9A 3MP6A 3MZ9A 1CE2A 2OCUA 1MXWA 4GFRA 3PUVE 4POXA 3QSLA 1P1OA 1B0LA 4BDMA 3TKDA 1LBBA 1TXFA 3WAFA 1AOVA 4QFKA 4KCCA 3PD9A 3Q29A 4F3GA 1AL3A 4NEDA 4QSCA 3FJ7A 3ZKLA 4GOTA 3HHGA 3KZGA 3L6HA 5HPQA 4GD5A 3DP4A 3RPWA 3S9LC 1IIWA 3O2AA 4XKPA 1OVBA 3Q28A 4RY1A 2XXYA 3CVGA 3SEUA 2Y7RA 2KLFA 4F2QA 4WKMA 2O69A 3KBRA 4LZ5A 3JZJA 3OD7A 2REGA 1MH4A 2XXRA 1NNTA 1NMUA 1D9VA 4E0WA 2ZMBA 3A3CA 1MXVA 4EF2A 3OENA 4LQ5A 5DTBA 1ANFA 3R6UA 3MP8A 3S4UA 3MPKA 3N6UA 2RC7A 3KG2A 3CIJA 1SI0A 3G3GA 1N04A 4GQOA 5AA2A 4KYDA 1F9BA 1P1QA 3CFZA 1YTVA 4YKJA 4DZ1A 3TELA 4ZDMA 1SVXB 3TTLA 3MZ1A 4R72A 1B46A 1B32A 4I1DA 1GTKA 1DPPA 1NH8A 5I58B 2VD3A 1IQ7A 1MH3A 3Q25A 3RNNA 2ONSA 1ZMGA 3FVNA 1LCTA 1UTHA 3THIA 4R9FA 3C31A 4RJZA 2DXRA 3KGCA 1Q1KA 3U72A 3OEKA 3FZVA 2NVUB 1IZ1A 1QUIA 5AA3A 1N3WA 1N84A 3RN8A 1IXGA 3OSRA 4Q0CA 1MM6A 4U4SA 2X26A 4HCYA 4R6HA 2UVHA 5AE4A 3KSJA 1IXIA 2DE2A 4BLAA 4QFOA 1BKAA 3G3HA 5KCJA 5KDTA 1Y4TA 3HN0A 3TCGA 4GLIA 4NF6B 3KFMA 1MM7A 1LB8A 1B5JA 5ICTA 2QMWA 1WODA 4L17A 3RT6B 5JTYB 4R75A 4FAJA 3O29A 5F7VA 2O6AA 5CBSA 2QPQA 3PPNA 4ELPA 5I57B 3G3IA 3F11A 3KJTA 2FNCA 4X9TA 5DYHA 3FGSA 3PMVA 4H65A 3MVZA 1SBPA 3TFLA 3CFLA 3I5OA 2QMXA 1B1XA 3C34A 3D4CA 4O3AA 3CR9A 1B3GA 1JW4A 2ZNTA 5H8FB 1NL5A 2RC8A 1J1NA 2DVCA 1MY2A 3T22A 3M3FA 3D4GA 4H1XA 3IX1A 5ISUA 2FYIA 3T9XB 1I6BA 3RQTA 4M1VA 5FHOA 2OLBA 4EXKA 2DS9A 4H8IA 3MVXA 3PPOA 4EUOA 3N5LA 3ZKKA 1N3XA 5DEXB 3VLWA 1N7WA 3FXRA 2OBGA 4KD5A 3B6QA 3IB1A 3QUJA 2A5SA 1HSEA 4ZEIA 3E9XA 4GRKA 4QFPA 1PDAA 3CG1A 3RTWB 3E3KA 3RT8A 1MQIA 3EHTA 1VR5A 4FE8A 3M3KA 5K2XA 2D5WA 1B51A 2GH9A 3DLNA 3Q27A 1PB9A 1NKXA 3ZS6A 3O6IA 4ESXA 1DTZA 3V83A 1A8FA 3ILUB 1GGGA 1S50A 1PB8A 3IJOB 1EU8A 1MXZA 3KOSA 5TU0A 3IOWA 3UN6A 2F6GA 1ZKBA 2H4IA 1Y20A 1POY1 3IB0A 4POWA 4HS7A 2XXXA 3GLBA 1QUJA 2F35A 3LR1A 1POTA 4Z7EA 4IB2A 1A40A 2XXHA 5TPAA 2Z22A 4LATA 1YPNA 4YKPA 3H3GA 4OETA 3O66A 3C33A 5EHSA 4XKNA 5ELVA 1FQDA 1I6QA 3R7XA 3E13X 3EPEA 1ZBMA 3VDFA 1B5IA 1OLCA 1OMPA 2DXYA 3FASA 5H8NB 1MPBA 1LCFA 2Y7IA 3H06B 4QSDA 2UVIA 3MPLA 1A7LA 1BTJA 3SESA 3UA8A 3AXFA 3PPPA 5LOMA 2VHAA 1II5A 2BJJX 2D3IA 3DELB 2O68A 1EZ9A 4LONB 4O3BA 5I84A 1Y1ZA 2DYXA 4YMAA 3HSTA 4RPOA 4JB7A 3H6VA 2CZLA 3PPQA 5ITOA 5EHMA 2ZYNA 4EXLA 1XT8A 4OZ9A 2HEUA 3RY3A 4R74A 4LQ2A 5H8QB 4F1YA 4BDRA 2Q2CA 3O28A 1Y3PA 4FEDA 1BLFA 3MJNA 1QJMA 2F5XA 1URGA 3IK6B 1QKBA 1UIUA 4NF5B 2OWTA 2XD2A 5I58A 5I56A 3VVDA 1I6AA 1MQGA 4U21A 2XX9A 1R9LA 1XVYA 3QUFA 3SDFA 2CMOA 4PFUA 2LAOA 2Y7KA 3V8XB 1B3HA 3EN3A 5FHMA 3IR1A 2XHDA 5I2KB 1LFGA 4I62A 2V84A 2XXIA 5DVIA 1T0KA 4OERA 2O1MA 4QHQA 2O7UA 3DM0A 4F18A 5TPAB 1XHYA 1B4ZA 1YCJA 2DWIA 2FA7A 2H9BA 4RNSA 4EDPA 3LSXA 4ZEBA 1JEUA 3U8QA 4NF6A 5B7DA 2Y84A 2GHAA 3PMWA 3R26A 5JTYA 4LZ8A 3H6TA 1UQWA 1IXHA 1S9TA 4IY6A 1HSJA 2HXWA 3T66A 2DOJA 3DP6A 5CMMA 3PPRA 4H8JA 1R1NA 1MPCA 5I57A 4FJPA 1SI1A 3QYTA 1JW5A 3BKIB 4X48A 2ZYOA 4C1TA 5JEIA 3H6UA 5CBRA 2RCBA 1FTMA 1CB6A 4F29A 4Q8RA 1Y3QA 1RYXA 1M5FA 3FXUA 3OO8A 3MQ9A 3K1NA 1ZLQA 4H0WA 4IO4A 5B70A 2THIA 2HFBA 3UP9A 5H8FA 2V93A 3OOAA 4P0IA 4LA9A 4BDQA 4LUBA 3VXCA 1IUDA 3LUYA 4BDOA 4I9DA 3OELA 4KYEA 2F6PA 3KEIA 1NNPA 4I8CA 4H5GA 3E4RA 2F34A 1AH5A 2UVGA 1M5DA 3PUXE 4PE5B 2ZXTA 3I6VA 4F31B 3K01A 3LBSA 4KYSA 2I6EA 4OYVA 1JVYA 5DEXA 4IO7A 2QS3A 2ONKE 1VFEA 4ELRA 1O63A 4R6KA 2IEEA 1ATGA 3C35A 4E0XA 4UACA 4EQBA 3LC8A 1BIYA 4ZEFA 4ISUA 4JBZA 1FQCA 5I56B 4PFTA 3FJGA 2H98A 3K6UA 5FTHA 4Q5TA 3OO7A 3FVOA 4RXLA 3ZSFA 2R9JA 3EHSA 3SEVA 1H3DA 4OFLA 3RUMA 2Q89A 1JVXA 1A99A 3RGYA 3ILTB 1I69A 1MQDA 3T96B 4AB5A 4U2RA 4N13A 3TTMA 4ELQA 4MLQA 2XXVA 4WXJA 2HZKA 4IO5A 3GBBA 4H6DA 1IXCA 4U22A 5AA4B 5CC2A 2R71A 3MZBA 3FUZA 2I48A 1B7ZA 2AL5A 4ECFA 4U23A 1JETA 4JDFA 4GXSB 5TP9B 4GL8A 1B52A 3H7MA 3TZAA 2VP1A 2RF1A 4M4GA 2P1SA 4OESA 4YB6A 1Z7ME 1FQAA 5K2YA 4IY5A 5IKBA 1FTOA 1A8EA 5HBCA 4N07A 2F7CA 1JNFA 2O84X 1B7HA 1SW1A 3UGWA 4G8MA 4ND9A 4HCWA 5H8NA 2G93A 4THIA 3TCFA 1OVTA 1LFHA 1WVJA 4X1BA 2H99A 3MBPA 3TQLA 1MDQA 4ZE8A 4IO6A 5L8DA 1OQHA 4NF4B 1R9QA 2QS2A 4OXVA 2QS1A 3C4MA 1QVSA 3CSBA 4F3SA 2A5TB 2HZLA 3SEXA 1SYHA 1MY3A 2F8DA 1AIVA 2D21A 1LLSA 1O64A 5I2NA 2XX8A 4EF1A 1B2HA 3IO4A 2E1SA 4GVOA 4IO3A 4JWYA 4C0RA 5BUUA 5BWJA 4XXUA 2V3UA 3N6TA 1UIVA 3OEMA 2XX7A 2XXUA 2Z8FA 5H8QA 3PGFA 1NH7A 2NWJA 2B3BA 2X7QA 3W9WA 3G3KA 1US5A 3MAMA 4XIGQ 5CRYA 4JSDA 1RYOA 1M5EA 1M5CA 1SQYA 3SKPA 2P0SA 3V5AA 5H8SA 2HQ0A 4U4XA 2Z8EA 3G3FA 1XS5A 3MWBA 4TOZA 2ZYMA 3V89B 3FJMA 3MW0A 4UA8A 2V25A 3K00A 4NF5A 1PC3A 1DPEA 1MDP1 1FQFA 3PUYE 1LFIA 1Z7NE 5I59B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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