4Q0CA

3.1 a resolution crystal structure of the b. pertussis bvgs periplasmic domain
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
SQELTLVGKAAVPDVEVALDGDDWRWLARKRVLTLGVYAPDIPPFDVTYGERYEGLTADYMAIIAHNLGMQAKVLRYPTREQALSALESGQIDLIGTVNGTDGRQQSLRLSVPYAADHPVIVMPIGARHVPASNLAGQRLAVDINYLPKETLARAYPQATLHYFPSSEQALAAVAYGQADVFIGDALTTSHLVSQSYFNDVRVVAPAHIATGGESFGVRADNTRLLRVVNAVLEAIPPSEHRSLIYRWGLGSSISLDFAHPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWRGSDGDPRTWYAYRNEIYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Virulence Regulation with Venus Flytrap Domains: Structure and Function of the Periplasmic Moiety of the Sensor-Kinase BvgS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Virulence sensor protein BvgS
molecule tags Transferase
source organism Bordetella pertussis
total genus 159
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA02
4JWYA 4NF5A 1S9TA 2B65A 1JQFA 1ZJLA 4XIGQ 3CG1A 3DLNA 1B32A 1LAGE 2DWJA 3O66A 3O29A 5FHOA 1ZMGA 3H6TA 3MP1A 5FTHA 4IGRA 4GWOA 2DS9A 4WEPA 1MXZA 3IO6A 5IAIA 4EF2A 3KOSA 2I48A 3V83A 4DXCA 4R2FA 1B52A 1ANFA 4MH5A 3SERA 2XX9A 5KCJA 5I59B 3MUQA 2OJTA 3TQLA 4FEBA 2DVZA 2Q9TA 4H6DA 4F29A 5I58A 1Y3QA 1SD3A 3FJGA 2R6GE 4XKNA 3MW0A 3W9VA 1M5DA 4FATA 3B6TA 1AMFA 2ALUA 4EQ9A 2QS1A 3MJNA 5HM4B 4PFWA 1J1NA 5CI5A 1LBCA 1OMPA 4LQ2A 2ABHA 4JSOA 2HAVA 3Q25A 1QUJA 4ZEKA 3U94A 2HEUA 3WAEA 1UTBA 3IOTA 3QAXA 4DLDA 1PBPA 4E0WA 4DZ1A 3LC8A 3O28A 2I3VA 2P0SA 2G29A 3MPLA 4PFUA 2ZNTA 1DTGA 3K6VA 3FJ7A 5ICTA 4JWXA 3PD8A 2YPNA 5CMCA 4NTLA 3TELA 3PPQA 4NWDA 3P7IA 1OQGA 3EPEA 2ZNSA 5CC2A 1B46A 4YZZA 2V84A 2GHBA 1MXXA 4F3BA 2ZYMA 2DWHA 1SVXB 5L8DA 2Z8DA 2NUVA 1EZ9A 4RA1A 4R72A 2IA4A 3R7XA 4MFIA 4YICA 2O69A 3B6QA 2UYFA 3LSXA 4THIA 3G3FA 2ZYOA 2O51A 4F3PA 2DSFA 2F7CA 3DP6A 5H8NA 1H43A 3THIA 2XX7A 2V3UA 4OEVA 3SDFA 2QL3A 2A5SA 3KSXA 2AIXA 3FD3A 2D5WA 3HN0A 5TP9B 5H8QB 1LB9A 4ESWA 1D3KA 3EHUA 1DTZA 4XKPA 3L6GA 1FTKA 1IXHA 1ATGA 1FQDA 4LVQA 5DVFA 4JWOA 3MP6A 3IK6B 4PFYA 4OERA 3OENA 4U1ZA 2HZKA 2W7YA 3QUFA 1YAEA 3FZVA 1PB8A 3FVGA 5BWJA 1H3DA 1L5TA 1OVTA 1BIYA 1H44A 3TUSA 3HV1A 3FJMA 3FV1A 3I3VA 4OXVA 4ONYA 2DYXA 1B5HA 1XT8A 2QMXA 4OFLA 5CMMA 3EHTA 4KQPA 1FTMA 1QKAA 1OQHA 3SEUA 2DXRA 5I2NB 4K3FA 1Y20A 4NMYA 2X7PA 4PFTA 3BKIB 3FXUA 2Q8JA 3C9HA 1XOCA 3LBSA 4RJZA 2RC7A 2Z8FA 1JVYA 3HCQA 2Y84A 3KEIA 5TPAB 4GL0A 4AQ4A 1EZOA 4KYSA 4ELQA 1MM6A 4ELPA 1XS5A 3KBRA 5H8FA 3MBPA 3TEPA 3SKPA 2UVHA 5DVJA 4IO3A 3N6TA 3VLUA 4LATA 4JSDA 2O7UA 4PE5B 4FAJA 2OBGA 3SEYA 4TQUQ 4DCXA 5CMBA 3MC2A 5AA2D 3OELA 2H5YA 4ZEIA 3FXRA 4QSCA 3H3GA 5I57B 2F6GA 4EQBA 4WXJA 4ELRA 1LSTA 5EHSA 3G3JA 4OWDA 2F97A 3PPPA 1BTJA 4RYAA 1HSLA 4QFNA 3ZKKA 3KJ7A 3TQWA 2HCAA 1FTOA 3CG3A 2HFBA 4U1OA 2F7BA 1VFDA 4YB6A 3IOWA 1R6ZA 1TFAA 4MLVA 3E4RA 4LP2B 3IAZA 4YU0A 1SW2A 1H76A 2F35A 2ZNUA 1MXWA 5L9OA 4NF8B 4Q5TA 4M1VA 1N7WA 1FQCA 2Z8EA 4FORA 1MQIA 4F19A 1MQHA 2H99A 4LZ5A 3S4UA 3W15C 1XC1A 1M5FA 2QJEA 1IUDA 4KI0E 2O68A 3QIMA 1B4ZA 4YKJA 3QYTA 3PD9A 4XKRA 3MAMA 3SETA 4WKMA 2I3WA 3E13X 3A09A 4GLIA 1GV8A 4OZ9A 1SQYA 4GD5A 3GLBA 4TLMB 2AL5A 3OD7A 3SESA 5DEXA 1AH5A 3S9LC 4XXUA 3EF7A 2VD3A 1IXCA 1LAXA 3QUJA 1POY1 4NF5B 2A5TA 3K0VA 3AXFA 2UYEA 1MH3A 5JTYB 4QFKA 3TAJA 4BDQA 1URGA 1QKBA 3FVOA 1DOTA 1M5CA 3T9XB 3PUXE 2XX8A 1PB9A 3LSLA 3V8XB 2LAOA 3C32A 1Y9UA 3W9WA 3DP8A 5AA4B 2RCAA 2F36A 3EN3A 3DM0A 3IB2A 1NFTA 2D21A 1LFHA 3M3LA 3O2AA 4DDDA 1OLCA 4EUOA 1JETA 3FASA 3TCGA 1B05A 3I5OA 3A3CA 3PMVA 4QHQA 4AB6A 1ZKBA 2Q2AA 4HTGA 4G4PA 2PT2A 3G7WA 3UN6A 4R9GA 3T9VA 4F31B 4EF1A 1OVBA 4IB2A 2P2AA 4ZE8A 2XXUA 4IY6A 3R6UA 1MQDA 1B1HA 1UTHA 2RINA 1WDNA 2WKYA 5TU0A 1Y1MA 2DP8A 4YB7A 1DMBA 4ZDMA 3MZ9A 3MVZA 4H5FA 1LFIA 5L9SA 4F3GA 2RKMA 1O7TA 4NF4B 2XXVA 3KG2A 4GXAA 4C1TA 1URSA 1SI0A 5AA1A 1R9QA 4MF3A 2OWTA 4NWCA 4OVJA 2I4CA 2CMOA 3VXCA 1MY4A 2DE2A 2F5XA 2QMWA 1UQWA 3TKDA 1MG1A 3RNNA 4MLQA 2NXOA 3USDA 3O97A 1A8EA 3VLVA 2V93A 1B40A 3TYHA 3GBBA 3G3HA 1JEVA 3OSQA 2BJJX 4FE8A 4YKPA 3GZGA 3G3KA 4IO6A 5L9MA 2ZYKA 3VLWA 3S9MC 2E0SA 2I6EA 1B5IA 3H4ZA 4G8MA 4F39A 1US5A 4ZEBA 1T0KA 4R73A 1PDAA 3MVWA 4GQOA 3MP8A 4H5GA 4FJPA 2H4IA 4QSEA 3K4UA 2OZZA 3MZBA 3VDFA 2QS2A 2OLBA 3K1NA 3TTKA 3VVDA 5AA2B 1P1QA 4IO7A 1USYE 5I84A 2Q89A 5CMKA 3IOUA 1KWHA 3TCFA 3U72A 4HCWA 3HPIA 1GR2A 2ZMBA 4U4SA 1IXIA 1XVYA 3IR1A 1I6AA 4IGTA 5DVIA 4E0XA 1IEJA 5CRYA 4KCCA 2QRYA 1N3WA 2DQVA 4LZ8A 3C31A 5ICQA 1NNFA 2F34A 2IEEA 3OOAA 1PC3A 2XHDA 1MY0A 1UIVA 1F9BA 1A55A 4BDRA 3I6VA 1O63A 4L17A 1MY1A 3K6XA 3LUYA 2REJA 1N04A 1Y3PA 1FQEA 1B4HA 1GTKA 2VP1A 4UACA 4GOTA 3K6UA 2PYYA 3PV0E 1SBPA 2FNCA 4ZZEA 3T22A 2XXPA 1HSJA 1LFGA 3KZGA 3U93A 2VGQA 3PUZE 4YMAA 3TTNA 5KDTA 3L6HA 2XXYA 1MY2A 4X9TA 1VR5A 1A8FA 3PPNA 4O3AA 1MH4A 1POTA 3IL1B 2DWIA 2AYSA 3FXQA 4QSDA 1I6BA 3T9HB 1P1NA 1FW0A 3IJOB 3S2VA 5H8FB 5A5XB 3U8QA 5CBSA 3CR9A 4DIGA 4WEDA 4OQOA 5I2KA 1VFEA 1O64A 2FYIA 2REGA 4NEDA 2XXWA 4RNSA 1N84A 1PB7A 2DOJA 1MRPA 1B3EA 4LQ5A 3ILUB 2O7IA 5I56A 2HXWA 3S9EA 1N76A 4G68C 3WAFA 4R6HA 4ZEFA 2OWSA 4OFJA 2XD2A 2P1SA 2XD3A 1PBQA 2F7AA 3UGWA 5EHMA 4YAHX 2DE3A 1LGBC 4EXLA 2PBWA 1Y3NA 1PEBA 2X7QA 1JEUA 5F7VA 3OXNA 4Q8RA 3KN3A 5EYFA 3FVKA 3TTLA 3BBRA 1FQBA 4H8IA 2I49A 4OFOA 3VXBA 1MS7A 3PMXA 5TP9A 1B3GA 4Q30B 1EU8A 4KCDA 1MM7A 1QULA 1QW0A 1M5BA 1DPEA 3RN8A 1R1NA 3OO6A 5DTBA 1Y1ZA 4XKQA 3HHFA 4I8CA 1B58A 1D9YA 5F1QA 3E3KA 1FQFA 4YB5A 2I0BA 1RYOA 4QFLA 5ITOA 3KJTA 4GFRA 3C35A 2CZLA 4R9FA 4OHNA 3PMWA 2O1MA 3PU5A 4X1BA 1N0TA 4H67A 2RC8A 4U23A 3CFZA 5B70A 3ECRA 5DEXB 4OTEA 4EDPA 3B6WA 1P1OA 2PVUA 4RXLA 3TTMA 1N7XA 2XXXA 3K6WA 4C0RA 2HQ0A 1DPPA 2A5TB 4ZEDA 2I58A 3N26A 5I2NA 1US4A 2HAUA 2M8CA 2XXTA 3ILTB 1LCTA 1MY3A 4PP0A 2UXAA 2ONRA 3U92A 3IX1A 4N6PA 3K2DA 4HW8A 3G3GA 2FA7A 1LAFE 1IITA 1NKXA 3DELB 5TPAA 3O6GA 2I4BA 2RF1A 3LSWA 1YCJA 2F78A 5DYHA 1M5EA 3TCHA 3N6UA 2Y7IA 1Q35A 3OEKA 3PPRA 3QXMA 5LOMA 1A7LA 4H1XA 4F22A 4G68A 2H98A 4R2BA 2V3TA 4Z7EA 2XXRA 4P0IA 3FIRA 1IQ7A 1MDQA 3O9PA 3MZ1A 3HSTA 3RQTA 4ECFA 3RUMA 3V89B 1MXUA 2DVCA 3HHGA 3TPAA 3PUYE 3MVXA 4LONB 3H6WA 5JEIA 3EHSA 4BDLA 3EQ1A 4HS7A 1I6QA 1D9VA 3T66A 4F2OA 4I9DA 3H6UA 5H8HA 4ZE9A 1AL3A 3C36A 3FUZA 3RLFE 3IB0A 3QK6A 2KLFA 4JDFA 4R6KA 3H03A 3LR1A 3VVFA 5KCJB 1JNFA 4NF6A 1TFDA 4PETA 1II5A 3TZAA 4GXSB 2O1LA 4BDMA 4OEUA 5I58B 1R9LA 4TLLB 3KOTA 2UVJA 4KYEA 2Q2CA 3B7DA 2RC9A 1A40A 4BDNA 3K1MA 4F3SA 2OK2A 1D4NA 3M3FA 1SW1A 3JZJA 3UA8A 4G8HA 1B3FA 3TODA 1JW1A 3D4GA 3RT8A 1Z7ME 1UTBB 5JTYA 5CM6A 1Z7NE 1B6HA 1QUKA 3HO7A 1I69A 1XVXA 4RK9A 3M8UA 4C1UA 5FHMA 2DE4A 1TWYA 3Q26A 5AA4A 3C4MA 4XTCQ 2Y7RA 2VOZA 4X48A 3T93B 5HBCA 2ANJA 3Q29A 3IO4A 1VE4A 2O6AA 1UIUA 4RPNA 5ISUA 4GIZA 1MPDA 2ZYNA 1MPCA 1B7HA 2V3QA 1HSEA 4I62A 1AOVA 1B7ZA 3ZSFA 4RPOA 2Y7PA 4OETA 4AB5A 3T96B 4H8JA 2ZXTA 3D4CA 2Z23A 3UK4A 1ZLQA 2ESNA 1EZPA 5B7DA 5HPQA 1GVCA 3RT6B 4IO5A 4KFQA 1SW4A 1IIWA 3M3KA 1MQGA 4ESXA 3KN7A 3PPOA 1XHYA 1LBBA 1NL5A 4H65A 3H6VA 4RK2A 4NF4A 2YLNA 4OESA 3CFXA 1SW5A 2XXIA 1AIVA 5H8NB 2B3BA 4GVOA 4IO4A 4GRKA 4FECA 1H45A 4HCYA 5CBRA 3K02A 4GF8A 2PMSA 3MQ9A 4JBZA 5I59A 5KDTB 1EH3A 2NOOA 4KYDA 1B3LA 3IORA 1NH8A 1NH7A 1B1XA 3GXAA 2E1SA 2Z22A 3UORA 4F1UA 2NWJA 5J1DA 4POXA 3H7MA 4ZS9A 4TOZA 2R9JA 1VSOA 2Q88A 4QFOA 1ZU0A 5I2KB 1FTLA 3K00A 3FATA 3K1PA 3KFMA 1MXYA 3C34A 1YPNA 3IB1A 1DSNA 4KPTA 1S7YA 1IZ1A 2GFEA 2NVUB 2QPQA 3E9XA 1NMUA 1USYH 1Q1KA 2G93A 3MVYA 4F1YA 5I56B 3BFUA 1B51A 4G8NA 3CIJA 2DWAA 2D3IA 4EXKA 1B0HA 2QS3A 3KSJA 5AA2A 1B9JA 1WVJA 1RYXA 1ZIUA 4FEDA 4M4GA 2GH9A 4JB7A 1Y4TA 3QSLA 4DXBA 1JVXA 3JV9A 2XXHA 2UVGA 4P11A 1QUIA 2OCUA 1MDP1 3S9NC 2VD2A 1LCFA 3OSRA 2VHAA 5ELVA 3FV2A 4IO2A 4F2QA 1Y4CA 3UIFA 2PX1A 1MXVA 3SEVA 4OMBA 3ODBA 4BDOA 5AA3A 4ZZAA 5IKBA 3V5AA 1LLSA 3OMBA 4Q0CA 1B2HA 3N5LA 3G3IA 5JK4A 2Y7WA 1NNPA 4O3BA 1MPBA 3IOVA 4PQJA 3IJXB 4MBPA 1B7UA 4YKIA 3TMGA 3KN8A 2GRVA 3C33A 3PGFA 4OYVA 4I1DA 5H8QA 5DT6A 3KGCA 2GHAA 1A54A 3SEXA 4O3CA 3VFJA 4G77A 4Z0IA 3OO8A 4U21A 3VE1B 2ONSA 3A3UA 3VV5A 1P1WA 5A5XA 2QS4A 4NE4A 1JW4A 5ITPA 1FCKA 2DXYA 1A99A 1CE2A 2F6PA 4ND9A 3K01A 1LB8A 2O84X 3FVNA 4F18A 4KR5A 1OLAA 4G68B 4QF9A 1LAHE 2Y7KA 3CSBA 3TFLA 3U1OA 1SYHA 4QFPA 4ZECA 3MWBA 5M2VA 3OEMA 1SDXA 3JYRA 3O6HA 2B3FA 2ONKE 1IXGA 4BLAA 3GBAA 4POWA 4FIMA 4N13A 3CVGA 4U2RA 5FHNA 2HZLA 2H9BA 1BLFA 4H0WA 1YTVA 2RCBA 4UA8A 3R26A 2R71A 1B0LA 3CRBA 3RY3A 3RPWA 4KD5A 2V25A 3OO7A 2AL4A 3T9UA 3ZKLA 5H8HB 4DXUA 1CB6A 5KZTA 4LA9A 3F11A 2H25A 3TTRA 4U22A 1B5JA 4NF6B 4N07A 1BP5A 1TT1A 4R74A 5BUUA 1BKAA 3ONMA 4ELOA 3UP9A 4QRZA 5FTIA 4IY5A 2F8DA 5I57A 3TDJA 3Q27A 2QSXA 2YJPA 5H8SA 2PT1A 1S50A 3VVEA 1SYIA 4ISUA 2THIA 4GL8A 3SEWA 4RY1A 4YMBA 1FQAA 3CI8A 4EQ7A 3MPKA 1UTHB 3CFLA 4DE8A 4R6YA 1P99A 2XXQA 4U4XA 4DCYA 5K2XA 1ELJA 3PUVE 4F1VA 2X26A 1TXFA 1NNTA 3ZS6A 3FGSA 1ZBMA 1GGGA 1B3HA 4NF8A 1FTJA 1URDA 3CSGA 4LUBA 1NNKA 4P0GA 4YKKA 3Q28A 4LZ7A 2I0CA 3RGYA 1N3XA 1SI1A 3RTFB 1MQJA 3RTWB 1QJMA 5K2YA 4R75A 4OENA 3BFTA 5AE4A 1RKMA 2UVIA 1OIBA 4KHZE 1P1UA 3OO9A 4G2ZA 1JW5A 3PUWE 4X1DA 4JXIA 3N94A 1WODA 3DP4A 3LSFB 1ZTYA 1QVSA 3H06B 3O6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JWYA 4NF5A 4I3YA 1S9TA 2B65A 1JQFA 1ZJLA 4XIGQ 3CG1A 1NV6A 3DLNA 1B32A 1LAGE 5IGAA 2DWJA 3O66A 3O29A 4O7IA 2WEFA 5FHOA 4GX3A 1ZMGA 3H6TA 3MP1A 5FTHA 1LBXA 1FBPA 4IGRA 4GWOA 2DS9A 4WEPA 1MXZA 3IO6A 5IAIA 4EF2A 3KOSA 3GYYA 2I48A 4NAPA 3V83A 1EYKA 1FPEA 4DXCA 4R2FA 1B52A 1ANFA 4MH5A 3SERA 4PBHA 2XX9A 5KCJA 5I59B 3MUQA 1IMBA 2OJTA 2R8TA 3TQLA 4FEBA 4JVIA 2DVZA 2Q9TA 4H6DA 4F29A 3IFAA 5I58A 1Y3QA 4MJOA 2PCRA 1SD3A 3FJGA 2ZZWA 2R6GE 4XKNA 3MW0A 3W9VA 1M5DA 4FATA 3B6TA 1AMFA 2ALUA 4EQ9A 2QS1A 1NV5A 3MJNA 5HM4B 3ISPA 4PFWA 1J1NA 5CI5A 2KR0A 1LBCA 1OMPA 2XWIA 4LQ2A 2ABHA 4JSOA 2HAVA 3Q25A 1QUJA 4AS5A 4ZEKA 3U94A 2HEUA 3WAEA 4GX6A 1UTBA 2DDKA 3IOTA 3QAXA 4DLDA 1PBPA 4E0WA 4DZ1A 1FPLA 3LC8A 3O28A 2I3VA 2P0SA 2G29A 3MPLA 4PFUA 1FSAA 2ZNTA 1DTGA 3K6VA 3FJ7A 5ICTA 4JWXA 3PD8A 2YPNA 5CMCA 4NTLA 3TELA 3PPQA 5ET6A 4NWDA 3P7IA 1OQGA 3EPEA 2ZNSA 5CC2A 1B46A 4YZZA 2V84A 2GHBA 1MXXA 4F3BA 2ZYMA 2DWHA 1SVXB 5L8DA 1NUYA 2Z8DA 1FBCA 2NUVA 1EZ9A 4PE3A 4HE2A 4RA1A 4R72A 2IA4A 2GQ1A 3R7XA 4MFIA 4YICA 2O69A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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