4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
5CI5A 3TCHA 3FV2A 4XTCQ 4H8JA 4POXA 1Q1KA 1JQFA 1MQHA 4I8CA 1USYH 3BFUA 4O3CA 2Q2CA 3QUJA 3JV9A 1MQIA 1N84A 4TQUQ 5I2KB 1B3HA 4IO7A 2DWHA 4NF4B 2RC7A 5I59A 2AIXA 1MQGA 2XX7A 1LCTA 4OETA 3BBRA 1D3KA 1DTZA 3EN3A 4KYSA 4F3PA 3WAFA 1NNPA 1ZJLA 2ZYKA 3KN3A 3KBRA 1SYIA 2GHAA 3IORA 4RPNA 1LAGE 2DQVA 2B3FA 2M8CA 2OZZA 3MW0A 3S9EA 4DXUA 1SW5A 5I2KA 2UYEA 4ELOA 1LAHE 4H0WA 4GWOA 2O7IA 4NF4A 2ZNTA 4G8MA 1LBBA 1BIYA 2IA4A 2I0BA 2AYSA 2F6PA 2E1SA 3D4CA 2G29A 3MZ1A 4XXUA 3UIFA 4U23A 4Q30B 3RQTA 3N5LA 3TKDA 2XX8A 1B58A 4OXVA 3USDA 3D4GA 4IY5A 2I6EA 3T9HB 3Q28A 4TOZA 3IK6B 1TFDA 3IOTA 4NF6B 1TXFA 4EQ9A 1A7LA 3CFLA 1LGBC 3IO4A 5CMMA 3MC2A 4YB6A 1I69A 1LSTA 3T22A 2DP8A 3K02A 5CM6A 4JSDA 4DXCA 4LUBA 2DSFA 3MVWA 2P0SA 4TLLB 5AA4B 1MDP1 3T9UA 4PE5B 1B2HA 3IOWA 1WODA 4NF6A 2GRVA 4PP0A 3C36A 3PGFA 5DTBA 4I1DA 5CMBA 3GZGA 2X26A 3KN8A 4JWXA 1WDNA 2H98A 3N94A 4FAJA 1B6HA 2ESNA 3KGCA 1D9VA 5AA4A 1JW5A 4ONYA 4LQ5A 1B52A 1POY1 3V8XB 4OTEA 1YCJA 3K6WA 1MRPA 3CSBA 2ABHA 3OO8A 4NF8B 4YKJA 2DVCA 4HCYA 1A99A 2V84A 1H3DA 4ZZEA 3AXFA 4OMBA 2ONKE 4QHQA 2F7AA 1ZMGA 4YMBA 1URGA 4RK2A 2A5SA 3ILTB 3MWBA 1OQGA 4DLDA 4EQBA 3OO6A 1QUJA 1MXWA 2REJA 4NF8A 1B7ZA 2FNCA 3K4UA 4LP2B 4XKQA 5DEXB 4OWDA 1FCKA 2QMWA 2UVJA 1M5BA 5FHNA 4PFWA 3Q29A 3LUYA 3MBPA 3TCFA 3H3GA 1HSEA 5CMCA 3O6HA 3IR1A 1N04A 5FHOA 1TFAA 2FYIA 2XXXA 1S7YA 2ZMBA 1Y20A 4BLAA 2VOZA 5DEXA 3FVKA 3H4ZA 3V5AA 4WXJA 1LAXA 2F34A 2ONSA 2CMOA 4O3BA 3IJXB 5FHMA 4EF1A 4FIMA 1CB6A 1URDA 2OLBA 4HTGA 1AL3A 4R2BA 1XVXA 3E4RA 3FASA 1VSOA 2Y7RA 2XXRA 3T93B 3L6HA 2F6GA 1GVCA 1NH8A 3K01A 1JETA 1WVJA 3QK6A 5HBCA 2Z8FA 3DP4A 4H5FA 2A5TB 5I2NB 3G3IA 4PETA 1NMUA 4MBPA 3Q27A 3VXCA 2F35A 1URSA 4ZEFA 4BDOA 3PPNA 5I84A 3SERA 2Z8EA 3T9VA 2A5TA 5I2NA 1MXZA 1MY3A 5A5XB 3EF7A 2W7YA 2P1SA 4H5GA 5CMKA 1A55A 2F8DA 1LB9A 1B7UA 1FTJA 3R7XA 1SW2A 1Y1ZA 3LSLA 5CC2A 1IIWA 2P2AA 3B7DA 3TCGA 4YB5A 1B05A 2BJJX 5A5XA 2F5XA 3I6VA 5KCJB 4QSCA 2ALUA 1PBPA 1S9TA 3ILUB 1H43A 4ZZAA 2I4BA 4F39A 2HQ0A 3VXBA 1IXIA 3PUZE 3TYHA 4U1OA 2XHDA 4YKKA 1DPPA 1NNKA 1MH3A 4LONB 3H6TA 2G93A 1P1UA 3EHTA 1D4NA 4ESWA 4QFKA 3SEUA 5KCJA 3MAMA 4C0RA 1NKXA 2XXYA 5M2VA 4R75A 3OELA 3FXQA 5AA1A 1MXVA 2YLNA 1II5A 4BDNA 5ELVA 1B40A 3IX1A 4AB5A 4RJZA 1GV8A 4P0IA 1FQEA 3IB0A 1OQHA 1SW4A 2B65A 1SQYA 4P11A 4R6HA 3C35A 3W9VA 2FA7A 2HXWA 1JEVA 3ZS6A 2XXPA 1Y4TA 2NOOA 3M3LA 3HHFA 4C1UA 4XKRA 2QJEA 1B1HA 4G4PA 3IJOB 3EPEA 5IAIA 1B51A 3KJ7A 4MLQA 1SVXB 3PUXE 4JBZA 5ISUA 3U93A 3G3FA 3V89B 1RYOA 5AA2B 3PD9A 4L17A 4F19A 2AL4A 1R9LA 1JEUA 2NWJA 5HM4B 1QUIA 2Y7PA 3CG3A 3F11A 1H45A 4JB7A 3RT6B 1B0LA 4OYVA 3SEWA 2I0CA 2IEEA 5K2XA 4GF8A 3QUFA 5TU0A 1H76A 2RC9A 4RXLA 3DLNA 2HAUA 2ZYMA 5AA2A 4KHZE 2NUVA 2Q2AA 1OMPA 3JZJA 2VD3A 3OSQA 4Q0CA 2F97A 2NVUB 3U94A 4GFRA 3OENA 3U8QA 4OHNA 3B6QA 4G68B 4GVOA 2DXYA 1XC1A 3FXUA 2LAOA 3OSRA 1OLAA 4IB2A 4R72A 4FATA 1SD3A 4NMYA 1SBPA 2ONRA 3THIA 5H8HB 3HV1A 5DVFA 3MJNA 2QS1A 3L6GA 4DCYA 1B4ZA 1FTLA 1UIVA 2I48A 2HCAA 5I57B 4ZECA 3K6VA 4G68A 2HAVA 4ZEKA 2CZLA 4QRZA 3IL1B 3FZVA 3GLBA 1N3WA 3QYTA 2ZXTA 4FJPA 2XD3A 2O1LA 3O28A 4POWA 1GGGA 3KEIA 3ODBA 3H7MA 5H8HA 4QSDA 4LZ8A 3TODA 1EU8A 1SYHA 4FECA 4KCCA 2OK2A 3OO7A 2D5WA 3PUYE 3U1OA 3TTMA 4M1VA 1MH4A 4R6YA 5I57A 4RNSA 1DTGA 4ZEIA 4H6DA 4LQ2A 4OENA 5EYFA 3W15C 4YZZA 2PT2A 3PU5A 4F3SA 3CRBA 3HHGA 2UVHA 2GFEA 3MP6A 4X9TA 3MPKA 1QKBA 1O64A 4RPOA 1ZTYA 3LSWA 4EF2A 3TQLA 4ELRA 4BDMA 2X7QA 4MH5A 4F1YA 4ISUA 3ECRA 3B6TA 4KFQA 3LSXA 5DT6A 2YJPA 2Q8JA 1IQ7A 3LR1A 2F78A 1UQWA 1N76A 1HSLA 3PMWA 1A8EA 1SW1A 2QS2A 4LA9A 5ITOA 3S4UA 1PB9A 3C32A 1FQBA 4AQ4A 2RF1A 5TP9B 1N7XA 3GBBA 2H4IA 2AL5A 1N3XA 4JDFA 5H8NB 3EHSA 4U22A 4U4XA 3EHUA 1ELJA 2Y84A 1R1NA 3HCQA 1FW0A 4ELPA 1B5IA 4KD5A 4LATA 4AB6A 3VLVA 3VVFA 5FTHA 5DVJA 2HEUA 4IGRA 4ESXA 4YMAA 4GD5A 1MY0A 1S50A 5TP9A 1F9BA 1XT8A 4PQJA 4ELQA 3MP8A 4H67A 2O1MA 2Z8DA 3GBAA 4OERA 3FIRA 5H8NA 5ICQA 3N6TA 4G68C 1ZIUA 2XXIA 1Z7ME 2I49A 3PMXA 5I58B 4FEBA 1XVYA 4ZEDA 1M5FA 1VR5A 1US4A 2ANJA 1B5JA 2V3UA 1KWHA 4R73A 3KSJA 3FVNA 1XOCA 1Y3QA 3RT8A 3KOTA 4YICA 5H8FB 2ZYNA 4IO4A 3Q25A 3VE1B 4N13A 1IEJA 2R6GE 5I58A 5AA2D 1VFEA 1FTOA 3RTWB 3DELB 4F3BA 4RY1A 2GHBA 1B3GA 3KG2A 1GR2A 3N26A 5H8FA 2XXVA 1MQJA 4OFOA 4X48A 3K2DA 5CBSA 1YAEA 4KCDA 4KI0E 3G3KA 4G8NA 3Q26A 3W9WA 3VDFA 4OVJA 3OD7A 4IGTA 4F1VA 1P1QA 2Q88A 1MQDA 3SEVA 4XKPA 4RA1A 1D9YA 5L8DA 4GXSB 4QSEA 3S9LC 4P0GA 2V25A 5I56B 1DOTA 1LFGA 3TTNA 3FJMA 1IXGA 3OXNA 1J1NA 3PV0E 4EXKA 2I4CA 4F2QA 3M3FA 2UYFA 1B3EA 4ZE9A 1UTHB 4YU0A 2Y7WA 5B7DA 1A40A 2KLFA 1MPCA 3S2VA 4DIGA 5I56A 1FQAA 3O6GA 1Y9UA 2H5YA 4DDDA 3KOSA 2QL3A 4I62A 3O2AA 1FTMA 1SI0A 2OJTA 1NFTA 1MY4A 3HO7A 3OO9A 4N6PA 3IB1A 2UVIA 5L9MA 3TUSA 2O51A 1UTHA 1P1WA 3PPQA 1B46A 4E0WA 1B1XA 4O3AA 4GQOA 3WAEA 1MY1A 1DPEA 3A3CA 3VVEA 1UIUA 3RTFB 1DMBA 2RCAA 3MQ9A 4KYDA 3N6UA 2HZLA 1B4HA 4G77A 4R74A 1LFIA 1RKMA 4QFNA 2QS3A 4X1BA 2GH9A 2O7UA 3BFTA 4PFUA 2NXOA 4PFTA 4M4GA 1ZKBA 3I3VA 1Y1MA 4H1XA 1FQFA 2PYYA 1FQCA 4QFLA 2DOJA 4IY6A 3KSXA 1M5EA 1SDXA 1PBQA 3CR9A 1MG1A 2RKMA 4I9DA 4F29A 2PMSA 1VFDA 3G3HA 3M3KA 1I6QA 4LZ7A 3C34A 4GRKA 1XS5A 3QIMA 2F7CA 3ZKKA 2RC8A 1P99A 3FV1A 4F1UA 4OZ9A 2UVGA 4F3GA 2THIA 4DXBA 2PT1A 4NE4A 2XXQA 1NL5A 4MFIA 4PFYA 4EXLA 3HN0A 3FUZA 1A54A 1B3LA 4DZ1A 1M5DA 2ZYOA 3A09A 1JW1A 2QSXA 3CFZA 5EHMA 3RLFE 1JW4A 4IO6A 1ATGA 1US5A 3O29A 3RPWA 3PUWE 1RYXA 4HS7A 4LVQA 3C33A 3FVGA 3CFXA 5BUUA 1JNFA 2PVUA 3VLUA 3FD3A 4U1ZA 2E0SA 3TELA 2O69A 3K6UA 2XX9A 3QAXA 3O9PA 3FATA 4YAHX 4IO3A 3E3KA 2WKYA 1Y3NA 5L9SA 1FTKA 1UTBB 1Q35A 3H6WA 1SI1A 2Z22A 1POTA 1QKAA 1ZBMA 3K6XA 2VD2A 4OQOA 3LSFB 4GL8A 2QS4A 1Y4CA 3JYRA 4WKMA 1B32A 1QJMA 1O7TA 4RYAA 1MXXA 1Y3PA 1NNTA 1AOVA 5JK4A 3TQWA 2V3QA 4RK9A 1MDQA 4EDPA 3C4MA 4OFJA 5F7VA 2REGA 2OBGA 3U72A 4IO5A 1UTBA 1Z7NE 4U4SA 1OVTA 2X7PA 2F7BA 4QF9A 3V83A 2DVZA 2XD2A 3H03A 3H06B 3CSGA 4OESA 4OEVA 4EQ7A 2UXAA 3TMGA 1FQDA 5K2YA 3UP9A 3KFMA 3LC8A 5LOMA 2ZNUA 1B3FA 3KJTA 2DWAA 2DYXA 3QXMA 1QVSA 5AA3A 4U2RA 4BDLA 1R9QA 3E9XA 3MVYA 5B70A 2ZNSA 3MVZA 2QRYA 2Q9TA 4JXIA 5F1QA 3TEPA 3MZBA 3SEYA 3ZKLA 4NF5B 1USYE 4F31B 3O66A 1TT1A 1L5TA 1GTKA 5AE4A 1M5CA 4R9GA 3TZAA 1JVYA 3C31A 2Z23A 3VLWA 5CBRA 1ANFA 5KDTB 3TFLA 1IXHA 3T66A 1NNFA 2PBWA 2DWJA 3O6IA 3S9NC 3MVXA 4R6KA 1P1NA 3G3JA 3BKIB 4GXAA 1MPDA 2RCBA 4NF5A 1B9JA 3EQ1A 3RN8A 2R9JA 3UORA 1N7WA 3SETA 4K3FA 3MUQA 4BDRA 4KQPA 2HZKA 1H44A 3KN7A 3TDJA 4R9FA 5KDTA 3G7WA 4FE8A 3SEXA 5J1DA 3PPRA 3OOAA 4ZEBA 2PX1A 1LFHA 4YB7A 3CIJA 3M8UA 2DE3A 1EZPA 1NH7A 4JSOA 1QW0A 4Q8RA 3KZGA 4OEUA 3FJ7A 4Z7EA 2XXHA 2B3BA 3FGSA 3LBSA 4YKIA 1PC3A 2DWIA 3E13X 1JVXA 3IOVA 2D21A 4QFOA 2HFBA 1IZ1A 3IAZA 2I58A 4XKNA 4KR5A 3MP1A 3MZ9A 1IXCA 1LCFA 4TLMB 3K1NA 4ECFA 4NTLA 2R71A 5FTIA 2YPNA 3DP6A 4MLVA 3OEKA 1DSNA 3O97A 5JTYB 3OMBA 5EHSA 5H8SA 4JWYA 1P1OA 3H6UA 3PPPA 1LB8A 1PB8A 2H99A 1AIVA 3QSLA 5ITPA 1LLSA 2QPQA 1VE4A 3UN6A 4E0XA 4ND9A 1MXUA 2V93A 1IUDA 2Q89A 4HCWA 3HSTA 1B5HA 4GLIA 5JTYA 1QUKA 1LAFE 2DE2A 2QMXA 1BKAA 4WEDA 3VV5A 2RINA 1MS7A 5JEIA 2Y7KA 1B0HA 4FEDA 4F2OA 3PUVE 3SKPA 5H8QB 4NWDA 1BTJA 3OEMA 5HPQA 1MY2A 2OWTA 3P7IA 1I6AA 3HPIA 3IB2A 3GXAA 3I5OA 3K1MA 4OFLA 1MM7A 3UA8A 1TWYA 2VGQA 1MM6A 2I3WA 2OWSA 3RY3A 4N07A 4BDQA 3FXRA 5H8QA 1AH5A 3TAJA 2OCUA 4Q5TA 4THIA 2D3IA 3TTRA 1O63A 4DCXA 1PEBA 3IOUA 2O68A 2F36A 1T0KA 1HSJA 3PPOA 4X1DA 2V3TA 3FJGA 3K1PA 3VFJA 3G3GA 3TTKA 1I6BA 3RGYA 4Z0IA 1YPNA 2O84X 3TPAA 4KYEA 1MPBA 5DVIA 4GOTA 4HW8A 3PMVA 3U92A 3C9HA 3H6VA 1R6ZA 4F22A 1MXYA 1BP5A 4EUOA 3CVGA 5IKBA 4H65A 1OLCA 4GIZA 4UA8A 2DS9A 2XXTA 5L9OA 4ZDMA 3B6WA 3IO6A 4UACA 4KPTA 5BWJA 3ZSFA 2H25A 3DP8A 2VHAA 1EZ9A 3S9MC 1B7HA 2VP1A 3R6UA 3T96B 3PD8A 1LBCA 4FORA 4XIGQ 3RNNA 1CE2A 2H9BA 4C1TA 2XXUA 4U21A 3K0VA 3CI8A 2DXRA 3SDFA 4H8IA 3SESA 4R2FA 3T9XB 3UGWA 3UK4A 5KZTA 5DYHA 2DE4A 4YKPA 2O6AA 4ZS9A 3K00A 4F18A 1A8FA 3FVOA 1YTVA 1OVBA 5TPAB 1PDAA 1OIBA 1EZOA 1ZU0A 3ONMA 3TTLA 3MPLA 4JWOA 4ZE8A 1N0TA 2XXWA 3R26A 4NWCA 1IITA 3DM0A 3VVDA 4G2ZA 2I3VA 5ICTA 1AMFA 3RUMA 4IO2A 1PB7A 4DE8A 2Y7IA 4MF3A 4LZ5A 1BLFA 4GL0A 5TPAA 1EH3A 5I59B 4WEPA 1XHYA 3CG1A 1ZLQA 3A3UA 5CRYA 1QULA 4NEDA 4QFPA 4G8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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