4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
4HW8A 3Q28A 3TQLA 4FEDA 1B1XA 2F6GA 1R1NA 1Y4CA 3T9VA 1D9YA 2Z8EA 1A54A 4U22A 1NNTA 1VE4A 1LFIA 1WVJA 4U4XA 5CMBA 5ITPA 2A5TB 2VHAA 1MY1A 1OVTA 3SEUA 3RTWB 4N13A 3USDA 3HSTA 3MWBA 5KCJA 1MH4A 3KOTA 2O51A 4EXLA 5HPQA 3K1MA 1H44A 5K2XA 2DE4A 2IEEA 3O28A 1MM6A 2QS4A 4KYSA 3DELB 4RNSA 4BDLA 1B3FA 3CSGA 4LVQA 1BKAA 1FQEA 2G93A 1Y1ZA 4DCYA 2GRVA 1SI1A 4Z0IA 3Q27A 1OIBA 2QS3A 5AA1A 3PMWA 4F31B 2F36A 4H0WA 1MPCA 4P0GA 5AA2D 3THIA 4H6DA 1TT1A 2PX1A 1B7HA 5CMKA 4ZE8A 5AA2A 2RF1A 1JVYA 1XC1A 3DLNA 3TAJA 1UTHA 3TZAA 4X48A 3TEPA 1YCJA 1OLAA 3IOWA 5HBCA 4C1TA 3L6HA 4FAJA 2PMSA 4OENA 3TYHA 2XXTA 2F7AA 4FORA 3PMVA 2VP1A 1N84A 2H5YA 4Q5TA 1XT8A 3FVGA 4PFYA 4NE4A 3T66A 4GF8A 1SI0A 3KSXA 1B3HA 4G2ZA 3O6HA 2BJJX 1SVXB 4QFNA 1JNFA 1KWHA 3MC2A 3B7DA 1S7YA 2FNCA 3O9PA 4OERA 1SW1A 5H8NB 3JZJA 1B40A 3IJXB 1SD3A 3S2VA 3E3KA 3S9LC 1MQIA 4XXUA 1B2HA 3OO8A 4YU0A 3PUZE 2UVGA 1ANFA 4X1BA 3K6VA 2XXHA 4IO5A 4F3SA 2F34A 4XTCQ 3FXRA 2Z22A 4EQ9A 3Q29A 1M5DA 4DXBA 4YB7A 1SW4A 2B65A 3LSWA 5CC2A 2DVCA 3G3IA 3ZKKA 3GLBA 4G68B 3CG1A 4XKPA 4ZS9A 3IJOB 4OXVA 2D21A 4GRKA 3PPNA 2REJA 1XOCA 1VFDA 3SEVA 3VLVA 4F2OA 2VOZA 1N7XA 1R9LA 2Y84A 3SEXA 2AIXA 5DT6A 5FHNA 2W7YA 4P11A 2I4CA 1B52A 4OFLA 3IOVA 2FYIA 2HXWA 3QXMA 2AYSA 4P0IA 4WKMA 1HSEA 4UA8A 1H43A 2V3QA 4ZZEA 4TLLB 5DEXA 2CMOA 3EF7A 4NWDA 4LZ7A 3LUYA 5LOMA 2RC8A 5DYHA 4G4PA 1YTVA 3S9MC 3OOAA 4ZEKA 3PUVE 1D3KA 2O69A 4KCCA 4ELPA 3RTFB 4KR5A 1TFAA 2QS1A 1N0TA 3G3GA 3TQWA 1GV8A 3RLFE 1ZBMA 2ZNUA 4YKJA 2ESNA 1ELJA 3KN7A 4DXCA 4U1OA 1DPEA 2Q9TA 4ELQA 3VFJA 5TPAB 3VE1B 3IO4A 3C4MA 3QUFA 2OLBA 3O66A 4U2RA 5DVFA 3VDFA 3D4CA 1A55A 5KZTA 3EPEA 1QKBA 2GH9A 2THIA 3VXBA 1H45A 2Z23A 3GXAA 1O63A 3TTNA 1FTLA 1B7ZA 4PQJA 2I0BA 3MPLA 3MP6A 4XKNA 1UTBB 1IXCA 1NNPA 4OYVA 2AL4A 1MXUA 5AA4B 4RPNA 1D9VA 1B0LA 3KN8A 3DP8A 4N07A 2IA4A 3FXUA 3GBAA 4RK2A 4FJPA 2AL5A 1A8EA 3FATA 5DTBA 4O3CA 1N3XA 4THIA 4ZEFA 3E13X 4PP0A 1MY0A 4QFOA 2F35A 2DE2A 4F3BA 4F18A 1TFDA 1DMBA 4BDQA 3ILUB 2XXWA 4F3PA 2VD3A 4TOZA 4MFIA 5EHSA 2Y7IA 2YJPA 3LSLA 4R73A 4OZ9A 4EDPA 1HSJA 2D3IA 2H98A 2DXYA 4YB6A 2XD2A 2Z8DA 3KOSA 4JXIA 3ZS6A 5M2VA 5A5XA 3HO7A 2Q8JA 4NTLA 3CI8A 3C36A 2ONSA 4LA9A 3C34A 3TMGA 1DPPA 4IO7A 4NMYA 1F9BA 4RXLA 1SYHA 3QSLA 2XXRA 5JTYB 4EUOA 2XXUA 1NKXA 5F7VA 5AA2B 5I2KA 4RPOA 3ODBA 4R9FA 3RY3A 1IEJA 3FD3A 2PYYA 4X9TA 4M4GA 4KFQA 4OWDA 1Q35A 3C9HA 1OLCA 4GWOA 2HAVA 3K1PA 2ZNSA 1J1NA 1B3GA 3MVXA 1CB6A 4GXSB 3H6TA 3SDFA 2UVJA 4M1VA 5CMMA 1B32A 3MVWA 3R26A 3EN3A 4FEBA 1AL3A 3TPAA 3PD8A 3C35A 2O1LA 2XXQA 4GOTA 1HSLA 3IOUA 4PFTA 3E4RA 3I3VA 2DWAA 1AMFA 5TP9A 2RKMA 4BLAA 4ZEDA 1USYE 5L9MA 1N04A 2HAUA 2NWJA 4LZ5A 5L9SA 4L17A 4DE8A 2QMWA 1LFHA 3PPQA 1USYH 4OQOA 3QUJA 4GFRA 3TCFA 1RYXA 4IB2A 2DWHA 1M5FA 1LFGA 1MXYA 4YMAA 3H4ZA 2XD3A 3N6UA 1A7LA 3K00A 3MPKA 2I0CA 1MQJA 3MZ1A 1GTKA 4AB6A 1QUJA 4RA1A 4I1DA 4R6YA 5J1DA 3FVOA 1IXGA 2XXYA 2X26A 2XX8A 3C33A 3LR1A 3PD9A 3A3CA 4OFOA 2DQVA 1NFTA 1JEVA 5ELVA 4JWXA 1URGA 3B6WA 3UN6A 4G8MA 2V84A 1Y4TA 4MF3A 3K0VA 2HZLA 1POTA 4RK9A 3K2DA 2X7QA 3QK6A 2YPNA 3OEMA 3HN0A 1URSA 2Q89A 4QSEA 2QL3A 4FE8A 1II5A 5L9OA 1ZJLA 1LCTA 3IB1A 4ONYA 4R9GA 3QIMA 3EQ1A 1EZPA 3CSBA 3RGYA 2O68A 3VLUA 2QPQA 4XKQA 2DWIA 1AIVA 1RYOA 2DSFA 4H5GA 4MLVA 1FTJA 3H7MA 1MQGA 2RCAA 2NVUB 2ZXTA 4F1UA 1QULA 4BDNA 2DE3A 1MDQA 1PBPA 4GL8A 4KYDA 4DXUA 3PGFA 3LBSA 2Q2CA 1DTZA 3VV5A 1B58A 1FQFA 2DXRA 3B6TA 3FGSA 4C0RA 1POY1 4ZE9A 1MY4A 4GIZA 5KDTA 3D4GA 2F8DA 5H8FA 1N76A 2GHAA 1GVCA 5I56A 4OMBA 5F1QA 3R6UA 1EZ9A 5EYFA 3RPWA 4E0XA 1MY2A 3MP1A 3CG3A 1IXIA 5H8QB 3K4UA 1B4HA 3OEKA 5H8HA 3TELA 3KSJA 3DP4A 3T9HB 3IO6A 3PPRA 4HS7A 3K01A 1Z7ME 5I58A 3VLWA 1WDNA 1GR2A 3TODA 3V89B 5I59A 1Z7NE 3OXNA 1O7TA 2YLNA 3SETA 1XHYA 4KHZE 2XXVA 1MDP1 1LAFE 3ILTB 4G8HA 1MPBA 4LONB 1Y9UA 1P1WA 2O6AA 5CM6A 4F3GA 3CVGA 1UIVA 1MPDA 2O7IA 5A5XB 4GL0A 3SEYA 3S4UA 3CR9A 4F1YA 2R9JA 1UIUA 3HV1A 5IKBA 4ZDMA 3RNNA 1PDAA 1IZ1A 1TXFA 2VGQA 1WODA 3K6UA 4YKKA 2PT2A 1ZKBA 3TCHA 1MXZA 1JEUA 1P1QA 1I69A 4RY1A 4HCWA 5I2KB 1SW5A 2O84X 1LB9A 3OO9A 1ATGA 2F97A 2Y7WA 2QSXA 5JEIA 1ZMGA 2QS2A 1QJMA 2UYEA 4MLQA 3G3FA 3W9WA 1JW4A 1NL5A 1B3LA 2OBGA 1A99A 4YB5A 1M5EA 3B6QA 5I57A 1BIYA 3RQTA 4I62A 4NF4A 2RC7A 1H76A 2PVUA 1ZIUA 3BFTA 1XS5A 2CZLA 3MVZA 4GXAA 5BUUA 4KD5A 5TP9B 3UA8A 1BLFA 3FXQA 1JW5A 4ESWA 4F19A 5FHOA 2I4BA 3IL1B 4ESXA 1PB7A 3FV1A 4ELOA 1R6ZA 3UGWA 4FECA 5H8SA 1MS7A 4AB5A 1VR5A 4F39A 1FQBA 2H99A 5FHMA 4MBPA 3PUXE 1H3DA 5AA3A 5DVIA 3RUMA 2H9BA 3PPOA 4POXA 3FUZA 2HCAA 2V25A 3TKDA 4QSCA 1ZU0A 5CBSA 5CI5A 4XIGQ 1LAGE 3KZGA 4X1DA 3SKPA 1B0HA 4OEVA 1URDA 3UP9A 3KGCA 2VD2A 1P1OA 2LAOA 2NXOA 1US4A 3MAMA 5H8NA 4HTGA 1MRPA 2R6GE 1N3WA 1BTJA 4PFUA 4HCYA 4LATA 3KN3A 5CMCA 1JETA 3MZ9A 3PUWE 4JSDA 3H6WA 4OHNA 5KCJB 4AQ4A 4DZ1A 2ONRA 1XVYA 2HFBA 2D5WA 3O6GA 3H06B 1P1NA 4IO3A 2F78A 1XVXA 3MJNA 2V93A 2B3FA 1ZTYA 2QMXA 3H6VA 1SDXA 3BBRA 3OSRA 1VFEA 4O3AA 3U93A 3PUYE 3QAXA 3FJGA 3FIRA 2NUVA 3BKIB 5ITOA 3KFMA 3HCQA 1NH7A 1IIWA 3C32A 4UACA 3T9XB 1FCKA 1UTHB 4O3BA 3H3GA 4MH5A 3W15C 3O97A 1MXXA 2DVZA 4NF5A 3V5AA 4KI0E 3T9UA 4U21A 4NWCA 1MY3A 3HHGA 5H8FB 2REGA 2H4IA 1LBBA 1LB8A 4R72A 5I56B 3ECRA 3IAZA 4IY6A 2V3UA 3R7XA 1OQHA 3FV2A 4DLDA 3MUQA 3TFLA 3JV9A 1LAHE 5H8HB 4WEPA 4PETA 2KLFA 4RJZA 3V8XB 3I6VA 1I6BA 3UK4A 4BDRA 1QW0A 2OWSA 5I58B 1GGGA 2P1SA 2H25A 4NF8A 2G29A 5I59B 3GBBA 3ZKLA 1YPNA 1B1HA 1UTBA 3PMXA 2WKYA 1OQGA 5AA4A 1SYIA 3E9XA 3TTLA 2Y7RA 4DIGA 4WXJA 4OEUA 1CE2A 4ZEIA 4YZZA 4NF6A 3LSXA 4ELRA 3CIJA 3MZBA 4K3FA 4IO4A 2P2AA 4ISUA 4BDMA 1P99A 3M8UA 1LCFA 1IXHA 3OO7A 5DEXB 4PFWA 1MQHA 1MG1A 2OK2A 3A09A 3OELA 3IR1A 3HPIA 4F22A 1A40A 5BWJA 3FJMA 1IITA 3WAEA 1RKMA 2Y7KA 3IK6B 4JWOA 5IAIA 3O2AA 2HEUA 5B70A 4EQ7A 4KYEA 5I57B 4YKPA 4R6KA 1JVXA 4NF4B 3GZGA 3MP8A 4JWYA 5ICQA 3Q25A 4I9DA 4H8JA 3U8QA 2XX9A 4H8IA 5I2NA 2GHBA 5CBRA 1Y1MA 4YICA 2F6PA 5L8DA 1SBPA 3N94A 1EU8A 4RYAA 5JTYA 1B46A 2I3WA 4IO6A 3RT6B 4F1VA 4IY5A 2QRYA 3U92A 4OTEA 2ZYKA 4QSDA 2HQ0A 3N5LA 1B5JA 4QFLA 3OO6A 3T93B 3K6WA 2FA7A 1EZOA 3K02A 1O64A 1B5HA 3FZVA 5CRYA 1FTKA 1ZLQA 1DSNA 4OESA 2R71A 4E0WA 1B4ZA 3M3FA 3SEWA 3FVNA 1NNKA 1Y3NA 1L5TA 1SW2A 1MXWA 1B05A 1AOVA 4G8NA 4H65A 2V3TA 2I58A 5AE4A 4QFPA 1PEBA 2NOOA 4R75A 2B3BA 2OWTA 3VVFA 1AH5A 4KQPA 4FATA 2UVIA 1TWYA 2DWJA 1LLSA 4LZ8A 1B7UA 3G3HA 3I5OA 4F29A 4Q0CA 1QVSA 2O1MA 3S9NC 1SQYA 4F2QA 3K1NA 1I6AA 1MQDA 5JK4A 4G68C 2DP8A 4FIMA 3FVKA 2ZNTA 3TCGA 3UORA 4JB7A 2ONKE 1MH3A 1Q1KA 3OD7A 2ZYNA 2ALUA 2ZMBA 2ZYMA 4U4SA 3H6UA 2F7BA 4OVJA 3M3LA 1Y20A 3EHSA 1NNFA 3U94A 3A3UA 3T96B 1D4NA 1MXVA 4ZECA 4R6HA 2Z8FA 4H1XA 2A5TA 3KBRA 1R9QA 2O7UA 4ECFA 2M8CA 2Q2AA 4EF2A 3KG2A 3IB0A 3KJTA 4NF5B 1B9JA 2UYFA 4XKRA 1S50A 1M5CA 1IUDA 2OZZA 4LUBA 2E0SA 1OVBA 3RT8A 1I6QA 3L6GA 3TTKA 2I3VA 1M5BA 1FTMA 4IO2A 1QUIA 3N26A 2ANJA 5FTIA 4U1ZA 3PU5A 1A8FA 3DP6A 1T0KA 1P1UA 3BFUA 3KJ7A 2F7CA 3O29A 1YAEA 3LC8A 4LP2B 4JSOA 4Z7EA 1Y3PA 2DOJA 3G3JA 1FQDA 1LBCA 1UQWA 3EHUA 4NF8B 4QFKA 1NH8A 2DYXA 3CFXA 4Q8RA 1NMUA 3MVYA 4N6PA 4GD5A 2UXAA 3MW0A 3CFLA 3WAFA 3K6XA 2I48A 3UIFA 3TUSA 2I49A 1PBQA 1VSOA 4DCXA 3O6IA 4GLIA 3F11A 4DDDA 3VVEA 5DVJA 2PT1A 4TQUQ 4TLMB 3MQ9A 4EF1A 1LAXA 3M3KA 4OETA 4G77A 1BP5A 2E1SA 4H67A 5H8QA 3MBPA 2DS9A 4NF6B 3IOTA 2XX7A 3DM0A 4LQ5A 4BDOA 1LGBC 3IX1A 3S9EA 3Q26A 2XXIA 4EXKA 4U23A 1PC3A 4I8CA 3PV0E 1IQ7A 3HHFA 2QJEA 1MM7A 3V83A 2ABHA 5K2YA 3TTRA 3FASA 2PBWA 1N7WA 5FTHA 5EHMA 1PB9A 1FTOA 3IB2A 2XXXA 3KEIA 3P7IA 4G68A 5B7DA 3H03A 3VVDA 2Y7PA 4Q30B 2I6EA 3TDJA 4ND9A 4GQOA 1Y3QA 2X7PA 4C1UA 2UVHA 1QKAA 4QRZA 2P0SA 4JBZA 4YAHX 2GFEA 3T22A 4YKIA 5I2NB 4ZZAA 3EHTA 3CRBA 1FW0A 1S9TA 3C31A 1QUKA 1EH3A 3JYRA 2RCBA 4OFJA 1JW1A 3G3KA 5ICTA 1B6HA 2HZKA 4IGTA 5KDTB 2Q88A 4R74A 3OSQA 4IGRA 2F5XA 1B51A 1B3EA 3QYTA 3ONMA 3U1OA 2OCUA 2OJTA 4KCDA 3W9VA 1B5IA 4WEDA 4YMBA 3FJ7A 3CFZA 2ZYOA 3OMBA 4GVOA 2XHDA 5TU0A 3U72A 3G7WA 4POWA 1LSTA 5ISUA 3TTMA 4NEDA 5TPAA 1DTGA 1OMPA 2RINA 1US5A 5HM4B 4H5FA 3IORA 4KPTA 3OENA 4R2BA 4QF9A 1FQAA 3LSFB 5I84A 4EQBA 1JQFA 1PB8A 4LQ2A 3N6TA 4QHQA 3PPPA 1DOTA 4PE5B 3VXCA 4JDFA 4R2FA 3AXFA 3ZSFA 3SESA 2XXPA 1FQCA 2RC9A 4ZEBA 2A5SA 3RN8A 3SERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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