4R6KA

Crystal structure of abc transporter substrate-binding protein yeso from bacillus subtilis, target efi-510761, an open conformation
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
EDVTLRIAWWGGQPRHDYTTKVIELYEKKNPHVHIEAEFANWDDYWKKLAPMSAAGQLPDVIQMDTAYLAQYGKKNQLEDLTPYTKDGTIDVSSIDENMLSGGKIDNKLYGFTLGVNVLSVIANEDLLKKAGVSINQENWTWEDYEKLAYDLQEKAGVYGSNGMHPPDIFFPYYLRTKGERFYKEDGTGLAYQDDQLFVDYFERQLRLVKAKTSPTPDESAQIKGMEDDFIVKGKSAITWNYSNQYLGFARLTDSPLSLYLPPEQMQEKALTLKPSMLFSIPKSSEHKKEAAKFINFFVNNEEANQLIKGERGVPVSDKVADAIKPKLNEEETNIVEYVETASKNISKADPPEPVGSAEVIKLLKDTSDQILYQKVSPEKAAKTFRKKANEILERN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of transporter Yeso from Bacillus subtilis, Target Efi-510761
rcsb
molecule keywords SOLUTE-BINDING PROTEIN
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
total genus 147
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6kA02
2AYSA 4RY1A 2QPQA 3MWBA 3A3CA 1MXYA 1H3DA 1AH5A 3EQ1A 1FQEA 4EQBA 1PB8A 4PP0A 1EZOA 4BDNA 3VFJA 4ESXA 1QW0A 3RNNA 1J1NA 3FZVA 5F1QA 2W7YA 4QFNA 3QUJA 2FYIA 1HSJA 4PFUA 2UXAA 4EUOA 2FA7A 1MXUA 1IEJA 3VV5A 4G2ZA 2ANJA 4F39A 2H4IA 5CMKA 1PBPA 1POTA 1Z7ME 2QSXA 3PUYE 4F29A 2V93A 3LSWA 4ONYA 4JSOA 1LCTA 1XT8A 2UYFA 3EHSA 3A09A 5CC2A 4I8CA 5AA2A 4XKRA 4LUBA 1DTZA 4G8NA 3K6UA 5IAIA 4ELOA 1HSEA 5FTHA 4ZDMA 4OQOA 4BDQA 3DELB 3QYTA 1B5JA 4AB5A 4DLDA 5I56B 3KJ7A 2RCAA 3T9VA 2R9JA 3N26A 2XD2A 3MVXA 1MY3A 4GIZA 5CMMA 2GHAA 3HPIA 5J1DA 1XVYA 3BFTA 3TTLA 4I9DA 1BIYA 3MZ1A 4OERA 3TTRA 4F2OA 3O6HA 1FTKA 3MVWA 2H25A 3LSFB 1FQBA 4NF4B 1GVCA 2AL5A 3B7DA 1OLCA 1PDAA 3TFLA 1OQHA 4R9FA 1TFDA 5IKBA 3UIFA 4QRZA 2HQ0A 4LQ5A 1I6QA 4G77A 4PE5B 3V8XB 2I4CA 2XX9A 4O3AA 4HW8A 5TPAA 5ICTA 1YAEA 2AIXA 2H9BA 4OENA 1XS5A 4EXKA 3VLWA 2F8DA 2LAOA 1MH4A 2D3IA 1FTOA 1WODA 1B5IA 2DE4A 1MS7A 4GRKA 3TAJA 3S9NC 4PFWA 1ELJA 4U4XA 4KCCA 2VHAA 5TP9A 3IOTA 3CRBA 1ZBMA 1VR5A 1MY1A 2ONSA 3UORA 4GLIA 1Y1MA 3U8QA 1SD3A 2A5TA 2YJPA 3VVEA 3N6UA 2H99A 4G8MA 1I69A 2DE2A 4ZECA 3VXCA 1SVXB 3SEXA 3OO6A 2F7AA 1Y3PA 4QHQA 2I4BA 1VFEA 1QUIA 4O3CA 4AQ4A 4E0XA 5L9SA 1TWYA 1AMFA 4MH5A 4NF5A 3RT8A 3O2AA 3HHFA 3HCQA 4MFIA 5M2VA 3EHUA 4OETA 4X1DA 4YAHX 4EF1A 1CB6A 1NNFA 4KYSA 1A40A 5DEXA 3TDJA 1GV8A 5A5XA 3SKPA 3HV1A 4DCXA 3H6VA 3PPPA 1YPNA 3KN8A 3TKDA 4GFRA 4JB7A 4RJZA 1LBBA 1SQYA 4H8IA 3MQ9A 1MQIA 3N6TA 3G3IA 3TTNA 3PMWA 1NH7A 5HM4B 1B3LA 1Y9UA 2F78A 2Y7PA 3G3KA 3KEIA 1A8FA 5H8HB 1US4A 1DSNA 3TPAA 3FVGA 5BWJA 3C4MA 4LONB 1PB9A 5BUUA 3CI8A 1P1OA 1QUKA 5I59B 1LBCA 1ZJLA 2PT2A 3SDFA 4F18A 3GLBA 3O29A 4ZEDA 1M5CA 3EF7A 3FD3A 3CFZA 3OEKA 4H67A 4ELPA 1B7UA 4LZ5A 4PFYA 2RC9A 3IAZA 2XXPA 5ITOA 2ZMBA 1US5A 1FTLA 4HTGA 5B70A 1OVBA 2F6PA 5AA4A 4E0WA 4OYVA 3TTMA 3H6UA 4NF8B 5B7DA 1IXIA 5DT6A 3OELA 4IO2A 1EH3A 5DEXB 3PD8A 3FGSA 5A5XB 3MP1A 3TTKA 3IOVA 3RT6B 1B4HA 1M5EA 3UK4A 2UVGA 2XX8A 4WEPA 2Z8DA 5JTYB 3S9EA 1JW1A 2PX1A 3P7IA 1ZLQA 1ATGA 1DTGA 3U1OA 4FATA 2QS3A 4U21A 3SERA 3H6WA 2HEUA 3IK6B 4QFOA 3VXBA 1POY1 4RNSA 4EQ9A 4GD5A 4F3BA 4LQ2A 3QAXA 1IXHA 2O1MA 5H8FA 3KJTA 4H0WA 4KHZE 4RA1A 2ZYKA 2DQVA 3CVGA 3O28A 1MH3A 3U72A 3FASA 2V84A 3O9PA 3RLFE 3FJMA 3ILUB 2OJTA 4KPTA 1MXWA 1MQHA 1B32A 2DWHA 2KLFA 2QL3A 3FXQA 1XVXA 3RGYA 3PMVA 1UTHA 3KGCA 4U23A 3SEYA 2UVHA 1GR2A 4HCYA 1N0TA 1SW4A 1O64A 4WXJA 5CMBA 5CRYA 3R6UA 3I5OA 1TFAA 3FATA 2H98A 4JWOA 3FV2A 2AL4A 3TELA 1SYIA 1MQJA 1VSOA 2Y7RA 4GF8A 4AB6A 2O7IA 4OHNA 4QFPA 1S9TA 3S2VA 4KYEA 1URSA 2DS9A 4I1DA 4EXLA 5I57B 1O63A 2Y84A 3CSBA 1I6BA 3LC8A 2V3TA 1URGA 2X7PA 3H03A 1M5FA 3KN7A 2XXYA 2ZNUA 4MLQA 2XXWA 3ILTB 4YKIA 1IIWA 2I6EA 3E13X 1LCFA 2XXRA 2I49A 4C1UA 3IJXB 4ND9A 3DP6A 5AE4A 1QJMA 1A55A 3FXUA 4R73A 3FXRA 4OEVA 3T96B 4LATA 4IO3A 4ZS9A 3TMGA 5H8NA 4ELQA 2I0CA 1PBQA 2OZZA 3PUWE 3T9HB 1USYH 4G68B 4DDDA 3GBAA 3N94A 1B3GA 5ICQA 4P0GA 4Q8RA 1BLFA 3I3VA 4XTCQ 2QMWA 4R72A 4YKKA 4UACA 4YU0A 1UIUA 4KD5A 4ZZEA 4HS7A 2GRVA 1AL3A 4YKJA 5K2XA 3U94A 2I0BA 1QKBA 5DVFA 1MDP1 5ELVA 5I2NA 1EZPA 5DTBA 3ODBA 1P1WA 1N76A 3JZJA 3LSLA 3V83A 2M8CA 5FTIA 3GBBA 4G4PA 3GZGA 1Y20A 4GOTA 5KCJA 1B05A 1SI1A 4DZ1A 1ZTYA 4IGTA 2QRYA 1FQDA 3Q28A 3K00A 3G3JA 4XXUA 1II5A 1ZU0A 2ZNSA 1MY2A 1DMBA 3OENA 3U93A 1LAFE 3K0VA 4ZEIA 1P1QA 1EZ9A 4OZ9A 2O1LA 1JNFA 3LR1A 1NMUA 1Z7NE 1N3XA 4FORA 5AA2B 1OVTA 4YB6A 3MJNA 2REJA 2OK2A 1JW4A 2OWSA 1FW0A 1UTBA 4ZZAA 2UYEA 2O84X 4POWA 3BKIB 5K2YA 5AA1A 2E1SA 4RPNA 2DP8A 1LLSA 3LSXA 3MP6A 5CM6A 1MPDA 3LBSA 1B3HA 4R2FA 1MXXA 3FV1A 1DPEA 2Y7KA 2RCBA 4YZZA 1B5HA 3PPQA 4BLAA 3IO4A 3C32A 3UGWA 1FQAA 2R6GE 5CI5A 1LFIA 3H4ZA 1JQFA 3MBPA 1MDQA 4C1TA 3MZ9A 4NMYA 1URDA 5H8QA 3K02A 1B3EA 4PQJA 1N04A 1N3WA 5L9MA 5CBRA 3K6XA 4PETA 5AA2D 1KWHA 4TQUQ 3O97A 1RYOA 1MG1A 1S7YA 3ONMA 4YB5A 4OXVA 3WAEA 2DVCA 5F7VA 4OFJA 4NWCA 3KFMA 3E3KA 2DWJA 2F7CA 3VE1B 2O6AA 3SEWA 1MM6A 4OMBA 4OWDA 2REGA 2R71A 1IITA 2DWAA 4IO5A 1TT1A 4N07A 5TPAB 4ZEKA 2HZLA 4R6KA 4F1YA 1A7LA 4OFLA 3M3LA 2XXXA 3K01A 5KDTA 1PC3A 1VFDA 2QMXA 3OO8A 3THIA 3R26A 5HBCA 2Q89A 3C36A 4JSDA 4ESWA 1IQ7A 1MPBA 5TP9B 3CG1A 1MY0A 3CG3A 1XOCA 4BDRA 4NWDA 2A5TB 4RPOA 2YLNA 3FVNA 3IORA 4FECA 3E9XA 3CR9A 3RY3A 3IB1A 2PT1A 1T0KA 5I58A 2RC7A 2A5SA 3TQWA 3MVZA 1A54A 3KSJA 4R2BA 3VVDA 2PBWA 1FTJA 3DLNA 2NVUB 3KZGA 3S9LC 4GXAA 4NF5B 1OIBA 3MPKA 4JWYA 1QULA 3PUVE 4LZ7A 2B3FA 1Y3QA 3MPLA 5AA3A 4ECFA 5I2KA 2BJJX 3FJ7A 4GL8A 4YICA 5ITPA 1CE2A 2NOOA 2I58A 3WAFA 1I6AA 1B4ZA 3IB0A 4P11A 2V3UA 4YMAA 2VGQA 3H6TA 3OMBA 4NF6A 3KSXA 4F31B 5L9OA 4IO4A 3TUSA 1TXFA 2VOZA 5FHMA 3G3HA 4FEBA 2Q8JA 1R9QA 3MAMA 2NXOA 4R75A 1SW2A 1LAGE 4GXSB 3FVOA 4F19A 1D9YA 4NEDA 3BFUA 3UN6A 5I84A 4OTEA 3RTWB 2ALUA 4LA9A 4FIMA 4QSCA 3B6WA 5DVIA 4ELRA 2G93A 2ZYNA 1SDXA 1AOVA 4PFTA 2ZYOA 2IEEA 3B6QA 3Q25A 1P1UA 4OESA 3PPRA 3HN0A 3T22A 4RK9A 1PB7A 2F6GA 2QS4A 4F1UA 3T93B 2VD3A 1P99A 1QKAA 4FEDA 1H44A 4M4GA 5AA4B 3OO9A 4BDMA 4HCWA 1QVSA 2B65A 1LAHE 1GGGA 2O51A 1OLAA 4GVOA 2O7UA 3H7MA 4X9TA 4KQPA 3TCGA 1D3KA 1R9LA 4R6YA 3MC2A 4TOZA 3L6GA 1B2HA 1SI0A 2G29A 4YB7A 4Q5TA 2P0SA 3MW0A 4I62A 3QUFA 5H8FB 1B9JA 3D4CA 4H65A 2Z8FA 3IB2A 1VE4A 1SYHA 4C0RA 3G7WA 1LGBC 5DYHA 2OWTA 4QSEA 2XHDA 4N6PA 3O6GA 4DIGA 4QFLA 4ZE9A 1Y1ZA 2HAVA 3TYHA 2NWJA 2F97A 4OVJA 4WKMA 2O68A 3DP4A 3RUMA 3BBRA 4OEUA 4DXUA 2DYXA 3MP8A 2DXRA 2QS2A 3G3GA 1UTHB 5I56A 1B52A 3CIJA 1M5BA 2VD2A 4XKQA 3KBRA 5TU0A 1JVXA 2OBGA 3EN3A 5KZTA 3IX1A 4IO7A 1B40A 1Q35A 4GQOA 3L6HA 4DXCA 2DXYA 4JBZA 3TCFA 4EQ7A 1FQFA 1H43A 3ZS6A 4IO6A 4NE4A 1B6HA 2PMSA 1DPPA 2Q9TA 3PD9A 3HO7A 3LUYA 4OFOA 2IA4A 3KOTA 3PMXA 2I3WA 4G68C 3K2DA 4H8JA 3R7XA 4NF4A 3D4GA 3N5LA 5FHOA 3FUZA 1BKAA 2Q88A 2Z8EA 1R1NA 4U22A 3C34A 2RF1A 4UA8A 1LSTA 3FJGA 1WVJA 4EDPA 2CMOA 3U92A 2HFBA 3VVFA 4ZEBA 3VDFA 3Q27A 5CBSA 1MXVA 3VLVA 5DVJA 1QUJA 2GHBA 4U1ZA 2HXWA 3C9HA 2ONRA 2D5WA 3OSRA 2QS1A 2X26A 3K1NA 3IR1A 2HAUA 1NNKA 1B7HA 1O7TA 1Y4TA 4Z0IA 4M1VA 2Q2CA 2F5XA 1Y4CA 3QIMA 2F35A 3DP8A 2DE3A 1WDNA 2DWIA 3KOSA 1L5TA 2FNCA 5H8NB 3S4UA 2OCUA 3OXNA 3SETA 1A8EA 3A3UA 1FTMA 4ZE8A 3JYRA 1OQGA 1B3FA 3GXAA 1A99A 2RKMA 3HSTA 3IOWA 2HCAA 4Q30B 1NFTA 3OO7A 4F1VA 3ZSFA 2HZKA 4FE8A 4X1BA 4H1XA 2E0SA 1B1HA 1P1NA 4K3FA 1IXGA 3USDA 3JV9A 4LVQA 2F36A 3I6VA 4U2RA 1D9VA 3K6VA 3CFXA 1HSLA 3PPOA 4O3BA 1YCJA 2Z23A 3AXFA 1GTKA 1B46A 2DOJA 3PU5A 5I2NB 5EYFA 3PGFA 2XXHA 1F9BA 1PEBA 3SESA 1MQGA 2P2AA 4LZ8A 3TQLA 1SW5A 1YTVA 3KG2A 4F22A 4YMBA 2RINA 5KCJB 1N7WA 4QFKA 3K1MA 1SW1A 1H45A 4KCDA 3O66A 2B3BA 2I48A 1XHYA 2Y7IA 3IO6A 1LAXA 3MUQA 4TLLB 2DSFA 3V5AA 5H8HA 5ISUA 5I59A 1MM7A 3MVYA 2WKYA 3W9WA 2NUVA 4ZEFA 3TCHA 2ABHA 1RKMA 4IB2A 1UTBB 3W15C 1N84A 1ZIUA 2V25A 1B58A 1LFHA 4Q0CA 1NNTA 4H5GA 2GH9A 1Q1KA 3PUZE 3PUXE 4H6DA 3T9UA 1NKXA 4FJPA 1JEUA 1B0LA 1M5DA 5JK4A 4THIA 4MF3A 4U1OA 4NF8A 4DE8A 1IUDA 4IY5A 2DVZA 3SEUA 2XX7A 3IL1B 3M8UA 5H8QB 3MZBA 4U4SA 1ZMGA 2GFEA 1MQDA 1N7XA 3M3FA 2D21A 5JTYA 3RQTA 1B1XA 4KR5A 2XXQA 3C35A 1B0HA 4XKNA 1ANFA 3UA8A 1MY4A 1JW5A 3RN8A 3G3FA 4G8HA 2H5YA 1H76A 2ZXTA 5EHSA 3QSLA 2UVJA 3O6IA 2Q2AA 4KI0E 3TODA 3B6TA 1Y3NA 2Z22A 3K4UA 1AIVA 5CMCA 5JEIA 3K1PA 4X48A 5KDTB 1ZKBA 4TLMB 2XXIA 3H06B 3RPWA 2XXTA 2X7QA 3OEMA 1UQWA 1UIVA 3IOUA 2YPNA 3Q26A 4JXIA 4N13A 1IXCA 3IJOB 3ECRA 1JVYA 3QK6A 2ZYMA 2P1SA 3PV0E 1D4NA 4DXBA 1NH8A 3ZKKA 2O69A 5H8SA 4JDFA 4RYAA 2ESNA 3OSQA 1JETA 3T66A 4DCYA 4MLVA 5HPQA 4GL0A 4EF2A 5I58B 1JEVA 1MRPA 1FCKA 1S50A 3CFLA 3RTFB 3F11A 1IZ1A 3SEVA 3Q29A 2ZNTA 4ISUA 3FVKA 1RYXA 2XXVA 1B51A 2VP1A 5I57A 2ONKE 4H5FA 2THIA 1LB9A 4QSDA 4IGRA 5I2KB 4WEDA 4R74A 1EU8A 3DM0A 3C31A 3K6WA 1USYE 2F7BA 1LB8A 3FIRA 4GWOA 3ZKLA 4F2QA 4BDLA 3T9XB 1SBPA 4YKPA 3V89B 3CSGA 4NF6B 4L17A 4P0IA 3S9MC 4XIGQ 2CZLA 3W9VA 4XKPA 4RXLA 4IY6A 3PPNA 2XXUA 1FQCA 4POXA 3TZAA 1BP5A 1MXZA 2I3VA 3C33A 3E4RA 1OMPA 2Y7WA 2PVUA 4FAJA 4LP2B 2V3QA 1B7ZA 4F3SA 2XD3A 2OLBA 3H3GA 2QJEA 3QXMA 5EHMA 4R9GA 4KYDA 4Z7EA 4KFQA 4BDOA 5LOMA 4RK2A 1BTJA 3OOAA 1NNPA 2RC8A 5FHNA 2UVIA 1XC1A 4G68A 1R6ZA 5L8DA 1DOTA 1MPCA 3HHGA 2PYYA 3M3KA 3TEPA 1LFGA 4R6HA 3OD7A 3VLUA 4NTLA 4MBPA 3KN3A 3EPEA 1NL5A 3UP9A 4QF9A 4F3GA 3EHTA 4F3PA 2F34A 4JWXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AYSA 4RY1A 4MEVA 5I3SA 2QPQA 1BK4A 3MWBA 3A3CA 1MXYA 1LBXA 1H3DA 1AH5A 3EQ1A 1FQEA 4MIJA 4EQBA 1PB8A 4PP0A 1EZOA 4BDNA 1IMBA 3VFJA 4ESXA 1QW0A 3RNNA 1J1NA 3FZVA 5F1QA 2W7YA 4MHFA 4QFNA 3QUJA 2FYIA 1HSJA 4PFUA 2UXAA 4EUOA 2FA7A 1NV0A 1MXUA 1IEJA 3VV5A 4G2ZA 2ANJA 4OVSA 4F39A 2H4IA 5CMKA 1PBPA 1POTA 1Z7ME 2QSXA 3PUYE 4IR8A 4F29A 2V93A 3LSWA 4ONYA 4JSOA 4GWZA 1LCTA 1XT8A 2UYFA 3EHSA 3A09A 5CC2A 4I8CA 5AA2A 4XKRA 4LUBA 4LN5A 1DTZA 4G8NA 3K6UA 4PF6A 5IAIA 4ELOA 1HSEA 4PBHA 5FTHA 4ZDMA 4PF8A 4OQOA 3A29A 2VPNA 5EQ9A 4BDQA 3DELB 3QYTA 1B5JA 2XA5A 4AB5A 4DLDA 4QBAA 5I56B 2Y5KA 3KJ7A 2RCAA 3T9VA 2R9JA 3N26A 2XD2A 3MVXA 1MY3A 4GIZA 5CMMA 2GHAA 3HPIA 5J1DA 1XVYA 3BFTA 3TTLA 3B8BA 4I9DA 1BIYA 3MZ1A 3MSTA 4OERA 3TTRA 5F24A 2F3DA 4F2OA 4O8MA 2QVUA 3O6HA 1FTKA 3MVWA 2H25A 2Y5LA 4PC9A 3LSFB 1FQBA 4NF4B 4NG7A 1GVCA 2AL5A 3B7DA 1OLCA 1FPLA 1FBGA 1PDAA 3TFLA 1OQHA 4R9FA 1TFDA 4HE0A 5IKBA 4XEQA 3UIFA 4QRZA 2HQ0A 4LQ5A 1I6QA 4O7IA 4G77A 4PE5B 1IMCA 3V8XB 2I4CA 2XX9A 4O3AA 4HW8A 5TPAA 5ICTA 1YAEA 2AIXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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