4R72A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (apo form)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
total genus 120
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r72A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r72A01
1OLAA 1D3KA 2HFBA 2ANJA 3U93A 1B58A 3C32A 4MH5A 4BDMA 2Y7RA 3V8XB 5ITPA 2ONRA 3CIJA 1QUKA 4OERA 1JEVA 4QFNA 1B1HA 1GV8A 1M5BA 5L9OA 2CMOA 2VD2A 1MQHA 3N26A 2UVIA 1QULA 3VVDA 4YICA 1QUIA 3SEVA 4WXJA 3R6UA 2ZNTA 4POWA 2Y7PA 4LZ5A 2QSXA 3AXFA 4X9TA 1N3XA 4EF2A 4EXLA 3VLVA 2R6GE 1HSLA 4RNSA 4BDNA 4H8IA 1XT8A 3A3UA 2ZNSA 4H6DA 1Y4TA 4ZE8A 1LAXA 1TFDA 1Y3PA 1ZU0A 2OWSA 4NF8B 4HCWA 2HZLA 3TFLA 4P0IA 3RY3A 3VE1B 4IB2A 3WAFA 3FASA 3T96B 4KYSA 3N6TA 1EZPA 3PPPA 3FVNA 1B4ZA 1B5JA 3IJXB 2HAVA 2VD3A 1R1NA 1Y4CA 3T93B 5ICQA 1ZMGA 3M3FA 3ZKKA 1JQFA 4QHQA 5I57A 2GHBA 1Q1KA 5I56B 3MPKA 3K6VA 2HAUA 1UTBB 2G93A 4G68A 4GQOA 5L9SA 4YAHX 1I6BA 4YMBA 1XVYA 4LP2B 1Y1MA 1QVSA 4O3AA 4U4XA 2AL4A 1PBQA 3O28A 1Y20A 2VOZA 2RC8A 2XXTA 4ZZAA 1FQEA 3OENA 1OVBA 4YB6A 3HSTA 1Z7ME 3MC2A 4ZS9A 1KWHA 3C33A 1HSJA 1XC1A 4GFRA 1N7WA 3L6GA 2NOOA 4G4PA 4IO3A 3N6UA 5L8DA 2FA7A 4R72A 2ESNA 2RF1A 3B6QA 4XKPA 1A8EA 5M2VA 2G29A 5JK4A 1O64A 5K2YA 1FQFA 3K1NA 3MZBA 1USYH 4IY6A 4WEPA 4Q30B 1MPDA 2R9JA 2ZYOA 3PUZE 3USDA 2X7QA 1RYXA 4G77A 1CB6A 1FTLA 3KSJA 1NL5A 2V84A 3HO7A 1Y1ZA 4ZDMA 4NF5B 1B3EA 3OEKA 2DE3A 4YKJA 1EH3A 3P7IA 4R75A 3UIFA 1DPPA 3PMWA 2DWJA 3DELB 4NEDA 4OETA 1B4HA 3LSLA 4ECFA 5CI5A 3E13X 3LUYA 4YKIA 3DLNA 1XVXA 1TWYA 5FTHA 3T9HB 2W7YA 2UYFA 4PETA 3W9VA 4LA9A 3PPQA 2DWAA 4H5FA 3IORA 2F7AA 2PX1A 2XX9A 1UIUA 1IQ7A 2O1MA 5DTBA 2O68A 5CC2A 5DYHA 3OO6A 5I58B 3S4UA 1AOVA 3Q29A 4OWDA 5I2NA 1M5FA 2H25A 4X1DA 2GHAA 3EPEA 2LAOA 2F6GA 3HN0A 4GIZA 3QSLA 1XOCA 4OENA 3G7WA 1PB8A 5F1QA 4R2BA 1ZLQA 1LFHA 1FQAA 2PT1A 1QUJA 1I6QA 4IO7A 3V89B 3FVOA 5I59B 1MXWA 1TXFA 4YZZA 4NTLA 4LQ2A 4U1OA 3VV5A 1NFTA 1RKMA 3CI8A 1JW1A 2ALUA 2QL3A 2Z23A 2P2AA 3ODBA 1DSNA 1LFIA 1MQDA 1IXIA 5A5XB 1MY1A 4GVOA 4XKRA 2CZLA 5HM4B 4ELOA 2DS9A 1R9QA 2V3UA 4R73A 4ZEFA 3L6HA 3DM0A 4GL0A 4MLVA 4OHNA 1R9LA 1EU8A 4AB5A 4F18A 1S9TA 3CFLA 3U94A 1AMFA 3QIMA 2X26A 5JEIA 1DPEA 3R7XA 4G2ZA 3E9XA 2E0SA 1PB9A 1M5EA 5CMBA 1URDA 3W15C 2OK2A 3K6XA 3S9MC 2RINA 2ZXTA 4O3BA 4GOTA 1URGA 4ONYA 4XXUA 3QXMA 3GBAA 2XXVA 2A5TB 3U8QA 5I57B 3K00A 2XHDA 1II5A 3THIA 1MQJA 4TLMB 4QSDA 3T9UA 1FTMA 3CG3A 1OIBA 1SW5A 3LC8A 3KGCA 4EUOA 1MG1A 4GXSB 2H5YA 3RGYA 3VFJA 1MM6A 3FUZA 2XX7A 5H8FB 4BDQA 4LVQA 4RPOA 1MXYA 4L17A 3S2VA 1A54A 5EYFA 2H98A 2XX8A 4PP0A 4HS7A 3OOAA 1M5CA 4F3BA 2H9BA 3TELA 1B7HA 3VVEA 3DP8A 2Q89A 4F31B 1B5HA 1FQCA 3TEPA 1UTHA 1PDAA 5TP9B 1O63A 2Z8EA 4DIGA 3KN8A 3BFTA 4KR5A 2XXRA 3CG1A 1DOTA 3OO9A 1BLFA 3M8UA 3K6UA 5KDTA 4JWYA 1JETA 3GLBA 3ILUB 4G8MA 1P1QA 5EHSA 1MXUA 4KQPA 4XKNA 5DVIA 3OSQA 5CRYA 5AA4A 1J1NA 4I62A 3FJMA 1FTJA 2Z8FA 1YPNA 4DE8A 3H6VA 4R9GA 3OXNA 2I48A 4ZEDA 5KCJA 3VDFA 1B3HA 3UK4A 1B7UA 3PUXE 4YB5A 3IO4A 1IXCA 3V83A 5AA2A 5I2KA 4MLQA 1NMUA 4NF6A 3K2DA 4PE5B 3G3FA 3OD7A 4JWXA 5H8SA 2ZYMA 5CMKA 1FCKA 4JBZA 1MDP1 2RC7A 4MFIA 1S7YA 4TQUQ 4FEDA 3M3LA 4FE8A 2I3WA 2REJA 2I3VA 4QFOA 1US5A 2RC9A 1B6HA 3K1MA 1JVYA 4YU0A 2Y7IA 1POY1 3IK6B 2PMSA 1ANFA 2OWTA 3RT6B 2HCAA 3FJGA 3B7DA 4F19A 1FQBA 3FIRA 3OSRA 4QF9A 4JB7A 1Y3QA 3FV1A 2XD2A 4OMBA 1SW2A 2I4BA 3MVYA 3IX1A 3FJ7A 4U4SA 4F29A 2XXIA 2Y7KA 5CMMA 2AIXA 4KHZE 3KFMA 1MXZA 2Z8DA 1M5DA 2O1LA 3PUWE 1P1NA 2OLBA 2UVHA 5B7DA 4UA8A 5B70A 4IO5A 4DLDA 2REGA 2M8CA 3O6IA 3C4MA 3KZGA 1PB7A 4U21A 3MVXA 4ELPA 4F3GA 3T9VA 3N5LA 2DQVA 3U92A 3EQ1A 3EN3A 1NNPA 1VR5A 3HHFA 3K6WA 3RT8A 2DSFA 1MDQA 2B65A 4IO4A 1OQGA 1SQYA 2OZZA 3TMGA 3H06B 3HCQA 4XKQA 2ZNUA 4H1XA 2I4CA 4QFPA 3K0VA 1NH8A 5CM6A 4I9DA 2UVGA 1F9BA 1B9JA 3UN6A 2THIA 1MXVA 5TU0A 1ZJLA 1B3LA 4R6YA 1ELJA 4KYDA 3O6GA 1NH7A 4PFUA 2F6PA 3EHSA 1B0LA 1H44A 1A55A 1OVTA 4F1VA 1LBBA 2F34A 1EZ9A 1N84A 4U23A 3FXRA 2R71A 2XXWA 1N3WA 3IO6A 2UVJA 1PC3A 3HPIA 3EF7A 1FTKA 2H99A 2V25A 2XXYA 3GBBA 4UACA 5ICTA 1EZOA 4R74A 3CFXA 2O7UA 1JVXA 1UTHB 3H6UA 2OJTA 1YTVA 4KI0E 3TTRA 1AIVA 3OELA 1N76A 4Z0IA 4GWOA 2DE2A 5KDTB 1B46A 4HCYA 3FGSA 3FXQA 3DP6A 5FHOA 3IB1A 4KCDA 4BDRA 4N13A 3Q26A 4LZ8A 4GXAA 1LAHE 4OFLA 3TCFA 2B3BA 5H8NA 3C34A 4EQBA 2F8DA 2YJPA 3Q28A 1IIWA 4ZECA 1GGGA 1AH5A 2F36A 3TKDA 1ATGA 5AA2B 5I2KB 2O84X 4PFTA 4NF6B 4DXUA 3SESA 3LSWA 2HXWA 2QMWA 5HBCA 4U1ZA 2P0SA 2DXRA 1YAEA 1D9YA 3I3VA 1MY2A 3M3KA 3O29A 3O97A 5J1DA 4G8HA 4MF3A 1UQWA 2ONKE 1NNKA 5DT6A 4LATA 4FORA 3RUMA 3RPWA 3PU5A 1JW5A 4ZZEA 1JW4A 2IA4A 3T66A 2GFEA 3MJNA 4WKMA 4OXVA 4O3CA 1WODA 4ELQA 4ND9A 4DCXA 1WVJA 4ZE9A 3SKPA 1OQHA 4GRKA 3MZ9A 4LONB 4E0XA 1MY3A 1LCFA 3KG2A 5L9MA 3LR1A 4F22A 3FATA 1P1WA 2D21A 5KZTA 1SI1A 4YKKA 2XXUA 1B0HA 3TTKA 4ELRA 3O6HA 5FHMA 2V3TA 3FD3A 1H76A 3CFZA 1ZTYA 2Y7WA 2XXHA 4THIA 3KSXA 4KD5A 4H65A 4PQJA 4QSCA 3K1PA 3H03A 2QS1A 2RCAA 4Q8RA 3F11A 2WKYA 3K4UA 2XD3A 1MH3A 1H45A 4EDPA 3ECRA 1LAGE 3C9HA 3QYTA 2D3IA 4G8NA 1LB9A 4G68B 3OO8A 3G3KA 3LSFB 2Y84A 3O66A 3E4RA 3C36A 2OBGA 4N6PA 3G3HA 4HW8A 1MQGA 4H0WA 1JEUA 2Q2CA 3PD9A 3CSBA 2ZYNA 3OMBA 4OEVA 2QJEA 3C31A 3VLUA 2NWJA 3T22A 2DVZA 1VFEA 1GVCA 4M4GA 4RJZA 4QSEA 5AE4A 5DEXA 2DOJA 4AB6A 4F3SA 3IOUA 4BDLA 1B3GA 1QKBA 4F1UA 4EXKA 3C35A 4AQ4A 3MW0A 4OTEA 3VXBA 2HZKA 3RNNA 3D4GA 1IUDA 3TQLA 1MXXA 2RKMA 4FEBA 1P99A 3LBSA 2F97A 2QS3A 1ZBMA 1OLCA 2D5WA 2DXYA 3TODA 3BBRA 2DWHA 1PEBA 2QPQA 3MZ1A 4Q0CA 3FVGA 2UYEA 5CBSA 5H8NB 2OCUA 5DVJA 4FJPA 4RYAA 1VSOA 2PT2A 4Q5TA 4U2RA 4JSOA 4NF4A 3IR1A 5F7VA 2KLFA 1FTOA 1DTGA 3MQ9A 4OVJA 4KYEA 3MP6A 1N04A 2QS4A 4JDFA 3IL1B 3MWBA 1QJMA 4C1UA 1QW0A 3KOTA 4RA1A 3TDJA 4YMAA 5I2NB 1S50A 2AYSA 2O51A 5FTIA 1JNFA 3U72A 1BTJA 1XS5A 4I1DA 3PGFA 2VP1A 4MBPA 5ISUA 4ESWA 1BIYA 1H43A 2UXAA 3BKIB 3CRBA 1US4A 3IJOB 3MBPA 2I49A 3TTLA 2PBWA 1IXHA 2XXQA 1Q35A 5I59A 3VVFA 5HPQA 4ISUA 4QRZA 4X48A 3V5AA 1N7XA 3PMVA 1LB8A 3IOTA 1MS7A 4XIGQ 1SW4A 3PUVE 3IOVA 3HV1A 1MPBA 3UORA 3IOWA 1BKAA 5A5XA 1SBPA 4R2FA 1LLSA 2FNCA 2F7CA 2XXXA 3G3JA 3RTWB 3KEIA 4K3FA 3KJ7A 2Q9TA 1IZ1A 1P1OA 5TPAA 2QS2A 3RTFB 3SETA 3OO7A 1B3FA 4ZEBA 4E0WA 1VFDA 2DE4A 2DYXA 4R6KA 3JZJA 1WDNA 1LGBC 5H8HA 4G68C 1L5TA 2QRYA 3K01A 4QFKA 4C0RA 4LQ5A 3ZSFA 1P1UA 1GR2A 3MVZA 1SI0A 1SYIA 4P0GA 4JSDA 1POTA 3ZKLA 1TT1A 3LSXA 1IITA 4RPNA 3VLWA 3BFUA 2H4IA 3UP9A 3RN8A 1TFAA 1R6ZA 2F7BA 3CVGA 2A5TA 3O9PA 1SVXB 1AL3A 1MRPA 4NMYA 2O7IA 3VXCA 4OEUA 1UIVA 3KN7A 3CR9A 1DMBA 1B32A 4KFQA 2I0CA 2Q2AA 4IGTA 4GF8A 1QKAA 1FW0A 3O2AA 1A40A 4JXIA 4BDOA 1N0TA 3PUYE 3FZVA 5H8FA 3TCHA 1NNTA 4RY1A 1B52A 3RQTA 3KOSA 2P1SA 5DEXB 4PFYA 4ZEIA 5IKBA 1ZIUA 3FV2A 3PD8A 3PPRA 4NE4A 1Y3NA 1NKXA 4IO2A 3UA8A 4RK9A 4ZEKA 1IEJA 4GL8A 4RK2A 1T0KA 2F78A 5AA2D 3TZAA 2Z22A 2ONSA 2DVCA 5TP9A 3JYRA 4FECA 4P11A 3E3KA 4POXA 2BJJX 2A5SA 5I84A 5JTYA 2Q88A 5AA4B 4BLAA 2DWIA 3JV9A 5BUUA 4F1YA 4OFJA 3B6WA 2X7PA 4IGRA 1B2HA 3T9XB 2VHAA 2NVUB 4TLLB 5KCJB 2V93A 4DDDA 4FATA 4JWOA 5CMCA 4NF4B 3U1OA 1FQDA 2I58A 5H8QA 3ONMA 4EQ9A 3N94A 2GH9A 1B1XA 1H3DA 2PYYA 3TYHA 1URSA 1LAFE 4DXCA 4Z7EA 3SEYA 4DZ1A 3IAZA 4WEDA 4ESXA 5LOMA 3PPNA 3B6TA 3GXAA 2NUVA 4FIMA 3G3GA 3IB0A 3FXUA 4FAJA 2V3QA 5ITOA 5DVFA 4H8JA 3SEXA 3ZS6A 3D4CA 3I6VA 3QUFA 3KJTA 3HHGA 3TTMA 1SDXA 3H6TA 4YKPA 5AA1A 2F5XA 2YPNA 4EF1A 1LSTA 1IXGA 3KN3A 2AL5A 4F3PA 3TQWA 4NWDA 4F39A 4KCCA 4QFLA 4OFOA 1B5IA 4EQ7A 4F2QA 4IO6A 3SEWA 2HEUA 2Q8JA 3PPOA 4N07A 1SW1A 3MAMA 1B05A 3MP1A 4XTCQ 4NF8A 4M1VA 4F2OA 5TPAB 1LFGA 4X1BA 5IAIA 5AA3A 3I5OA 3TUSA 4OZ9A 2DP8A 2VGQA 2O6AA 3H7MA 4NWCA 5H8HB 1HSEA 1ZKBA 1DTZA 1B51A 4YB7A 3MPLA 3WAEA 1MY4A 1XHYA 3ILTB 3EHTA 4DXBA 3FVKA 4GD5A 4OYVA 1D9VA 1LBCA 4H5GA 3PV0E 5I56A 2NXOA 2I0BA 1MH4A 4R9FA 1UTBA 2O69A 3MVWA 1B7ZA 3OEMA 1A99A 3UGWA 3TTNA 1LCTA 3QK6A 4PFWA 3S9NC 3IB2A 2ZMBA 2ABHA 4I8CA 3G3IA 1O7TA 4C1TA 3Q25A 4RXLA 3A3CA 5FHNA 1USYE 2E1SA 2PVUA 3S9EA 3Q27A 3MUQA 3PMXA 3GZGA 4H67A 1B40A 4LZ7A 3QAXA 3S9LC 3SDFA 1A8FA 1CE2A 1MPCA 4KPTA 3CSGA 4DCYA 4GLIA 1VE4A 3SEUA 1I6AA 3H3GA 5BWJA 5EHMA 3K02A 5ELVA 2RCBA 5K2XA 4HTGA 1RYOA 1PBPA 2F35A 4R6HA 2ZYKA 5JTYB 1BP5A 3KBRA 1MM7A 2GRVA 4OQOA 1OMPA 3MP8A 1Y9UA 4NF5A 1Z7NE 2QMXA 1SD3A 2YLNA 3TAJA 4TOZA 3H4ZA 2I6EA 3H6WA 1MQIA 1D4NA 1NNFA 3R26A 3TCGA 4OESA 1MY0A 2HQ0A 1A7LA 5H8QB 3DP4A 1I69A 2B3FA 3EHUA 3W9WA 1SYHA 3TPAA 3QUJA 2FYIA 4U22A 4LUBA 4IY5A 3A09A 1YCJA 5I58A 3RLFE 3SERA 5CBRA 1GTKA 2IEEA 2XXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OLAA 1D3KA 2HFBA 2ANJA 3U93A 1B58A 3C32A 4MH5A 1FBDA 4BDMA 1LBVA 2Y7RA 3V8XB 2ONRA 5ITPA 3CIJA 2B4LA 1QUKA 4OERA 1JEVA 4QFNA 1B1HA 1GV8A 1M5BA 5L9OA 2CMOA 2VD2A 5I5PA 1MQHA 4PC9A 3N26A 1RDXA 4NF0A 2UVIA 1QULA 3VVDA 1K9YA 4YICA 1QUIA 4PAKA 1G0HA 3SEVA 4WXJA 3R6UA 2ZNTA 4POWA 2Y7PA 4LZ5A 2QSXA 3AXFA 4X9TA 1N3XA 4EF2A 1SPIA 3B8BA 4EXLA 5ET7A 3VLVA 2R6GE 1HSLA 4GWUA 4RNSA 4BDNA 4H8IA 1XT8A 3A3UA 2ZNSA 4H6DA 1Y4TA 4ZE8A 1LAXA 5FBPA 1TFDA 1Y3PA 1ZU0A 2OWSA 4NF8B 4HCWA 2HZLA 3TFLA 4P0IA 3RY3A 3VE1B 4IB2A 3WAFA 3FASA 3T96B 4KYSA 3N6TA 1EZPA 3ISPA 3PPPA 4NQ8A 3FVNA 1B4ZA 1B5JA 3IJXB 2HAVA 5EQAA 2VD3A 4GWSA 4PFBA 1R1NA 4PGPA 3KC1A 2XWKA 1Y4CA 3T93B 5ICQA 1ZMGA 3M3FA 3ZKKA 1JQFA 4QHQA 5I57A 2GHBA 1Q1KA 5I56B 3MPKA 3K6VA 4XFEA 2HAUA 1UTBB 2G93A 4G68A 4GQOA 5L9SA 4YAHX 1I6BA 4I40A 4YMBA 4LN5A 1XVYA 4LP2B 1Y1MA 1QVSA 4O3AA 4U4XA 4MX6A 2AL4A 1PBQA 3O28A 1Y20A 2VOZA 2RC8A 2XXTA 4ZZAA 1FQEA 3OENA 1OVBA 4YB6A 3HSTA 3D1RA 1Z7ME 3MC2A 4ZS9A 1KWHA 3C33A 1HSJA 1XC1A 4GFRA 1N7WA 3L6GA 2NOOA 4G4PA 4IO3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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