4R73A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (endogenous glucose-6-phosphate and mannose-6-phosphate bound)
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
GSKGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
total genus 115
structure length 321
sequence length 321
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r73A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r73A01
3O28A 2ZYKA 4XKQA 5KDTB 5CBSA 2QPQA 1RYOA 5KDTA 4PETA 3TYHA 4ZEFA 4JWOA 5DTBA 3MVWA 2OBGA 1ZTYA 3W9WA 3S9NC 2DE3A 3MZBA 3ONMA 3VXBA 4OESA 4DXCA 4EXKA 4YAHX 4O3CA 3TQWA 1Y3QA 5I59B 4MH5A 2D3IA 3T66A 5I59A 4G4PA 5A5XB 1MH3A 3G3HA 4GL8A 1SW2A 3EHSA 5HPQA 3TKDA 4GF8A 2REJA 3C32A 2D5WA 4YZZA 4M1VA 2ONRA 4ZDMA 2HAUA 2Y7RA 1T0KA 2F97A 4IGTA 5L9OA 1LAHE 4IY6A 4RYAA 4TLMB 5ISUA 3H03A 2GHBA 5FHNA 2UYEA 1I6QA 4KYDA 3TTNA 1MPBA 3ZKKA 3V89B 4BDNA 3LSWA 5I58A 1I6BA 1B1HA 3RNNA 3B6QA 3TUSA 2I49A 2NOOA 3RT6B 2ZNTA 2AL4A 3FXUA 5DT6A 3GBAA 2F78A 1IITA 3BFUA 5B70A 3IAZA 3O97A 2IA4A 1SI1A 4BDMA 4I62A 2VOZA 4POXA 4N13A 4ZZEA 1II5A 1VFDA 3TTMA 2RC8A 2G93A 3MJNA 3FV1A 2O84X 5I2NB 4IO7A 3VVFA 3MUQA 2ONSA 3T9VA 1N76A 4LQ5A 3CFLA 4OQOA 3RUMA 2XD2A 4BDLA 1DPPA 1OLAA 3EHTA 4F18A 3RY3A 3ZS6A 4MLVA 1URSA 1JW4A 4XXUA 1FQDA 1HSEA 1I69A 1QKAA 4RK9A 4ZEDA 3N94A 4KYEA 1S9TA 1LGBC 1MQHA 3SKPA 3FVNA 2O1LA 3FATA 3PU5A 2DWAA 5CMKA 4WEDA 3IO4A 2R6GE 1US5A 4HW8A 3ILUB 2GRVA 3CIJA 4AQ4A 1DPEA 2XX8A 3FXRA 4H0WA 1B7ZA 4ZE8A 5I56B 4BLAA 4Q0CA 2XXHA 2DE4A 3K6VA 3PPOA 5I56A 4NTLA 4KI0E 3PMVA 1IQ7A 4WKMA 1B1XA 3TAJA 3OXNA 4LP2B 5HM4B 4DCYA 2DSFA 1MY3A 4FEBA 2ZNSA 1B3FA 3IB1A 5CMCA 5BUUA 5JEIA 1ZU0A 5TPAB 1MXWA 5TPAA 1LCTA 2V93A 4KCDA 5I2KB 4C1TA 3VVEA 3FD3A 3OSRA 4NEDA 5K2YA 3U92A 4HCWA 2RKMA 1H3DA 1MQIA 4KD5A 3TTRA 4IO6A 2Q2AA 2XXYA 2QRYA 2Q88A 3IR1A 1XVYA 2I4CA 2DVCA 3O2AA 4G8NA 3CRBA 4QRZA 2OLBA 4QSEA 3R7XA 4I8CA 3PD8A 5LOMA 1NMUA 4KR5A 3K6XA 2V84A 3G3GA 4LVQA 2DWJA 4F1YA 3D4GA 4O3AA 2DVZA 1QUJA 4QSDA 4ELQA 3IJOB 1D9VA 2XX9A 4F2OA 1MDP1 4AB6A 2ZMBA 3HO7A 4PFWA 2THIA 4EUOA 5HBCA 3K6UA 1SD3A 4F2QA 3O29A 3B7DA 4IO4A 1B4ZA 2R9JA 1LAGE 1PDAA 3RN8A 3UN6A 4X48A 3GZGA 3C4MA 4IB2A 5AA2D 3WAFA 3PUZE 4NF8B 3TMGA 1IXIA 5CC2A 4FATA 4NF8A 1BTJA 4GQOA 4LA9A 3OOAA 1L5TA 1P99A 1GTKA 3HCQA 1FTOA 1XS5A 2GH9A 3E9XA 4THIA 3QUJA 5L9MA 1UIVA 2PVUA 2H4IA 1EZ9A 3U8QA 3QAXA 1SBPA 1F9BA 1NH7A 1LB9A 3O9PA 3KSJA 2NWJA 2BJJX 2AIXA 4ND9A 1POY1 3Q28A 3IB2A 3JV9A 4EQBA 2PYYA 2UVJA 3TCGA 4F1VA 3PPQA 3H6UA 1MDQA 3VFJA 2QJEA 3HHGA 5H8FB 1JETA 3Q27A 4IO5A 4U23A 4MF3A 5H8FA 4YU0A 2F6GA 3K1PA 3A09A 2Y7KA 2Z8FA 3MP1A 1N0TA 1MM6A 4DDDA 3VV5A 4EF1A 1DTZA 1R1NA 1B05A 2XXTA 1UTHA 4Z0IA 4Z7EA 5KCJA 3VDFA 1TXFA 5I57B 4EF2A 1PBQA 4F3BA 5H8HB 3K00A 2H25A 3S9MC 3OD7A 5H8HA 3Q25A 2VGQA 1B5IA 3CVGA 4QFLA 4LQ2A 4G68B 3TDJA 2XXRA 3PMWA 3THIA 5L8DA 3K02A 5DVIA 4KCCA 1JW1A 3UIFA 4POWA 5K2XA 5TP9A 2RC9A 3U72A 1A8FA 1MQDA 1HSLA 2PX1A 2UVIA 1R9LA 1MM7A 3C36A 2Z22A 4OHNA 3FJ7A 4YKKA 4ZS9A 3M8UA 4ZZAA 3LR1A 1B2HA 4ISUA 4GRKA 3I5OA 2KLFA 1H45A 3C9HA 1FQAA 1B3LA 1LLSA 3KOSA 3JZJA 4GFRA 4X1BA 4YB5A 3O66A 4XIGQ 4JDFA 3KFMA 1P1NA 2RCAA 1JVXA 5FHOA 3HPIA 5M2VA 4G8MA 1XHYA 2XXUA 4QFKA 2D21A 4P11A 1OMPA 4YKPA 1GGGA 3OO7A 4Q5TA 4U4SA 2NUVA 2Y7PA 4ZECA 1LSTA 5AA2B 5AA1A 2LAOA 1JVYA 1BLFA 1FW0A 2F7BA 3KSXA 5AA2A 3SEVA 4FECA 5DEXB 4LUBA 3PUVE 4U22A 3W9VA 3CR9A 5DEXA 1N3WA 2DS9A 5AE4A 2ABHA 4RY1A 3IOVA 3CSBA 2DE2A 5EYFA 3MPKA 1LAFE 4YICA 4R9GA 5F1QA 1DOTA 1PB7A 4E0XA 4H6DA 4R73A 5ITOA 4U1OA 2X7QA 2GFEA 4LZ8A 1I6AA 5I58B 2O69A 1QKBA 4ONYA 4RXLA 4UA8A 3DP4A 4NF4A 3OMBA 3CI8A 2QS1A 3N6UA 1TT1A 1MPDA 1ZBMA 2E0SA 4Q8RA 3S2VA 3LC8A 2DWIA 3RQTA 2IEEA 3PD9A 4GVOA 1GR2A 3KEIA 1PEBA 1AIVA 1LBBA 1IXHA 1M5CA 2OK2A 2X26A 3EPEA 1SI0A 4YMBA 3TTKA 1LFGA 2R71A 5IAIA 5I84A 3UORA 2FYIA 4ELPA 3Q29A 4F1UA 4LZ7A 3KN8A 4UACA 2V25A 1B58A 1MXYA 4OEVA 2H9BA 3OO8A 1XT8A 4N07A 4GL0A 5KZTA 1UTBA 4OYVA 2YLNA 3IB0A 1D9YA 1ANFA 1Y3NA 2P0SA 3H6TA 3FXQA 2OJTA 3D4CA 1LBCA 3UA8A 2XXVA 3Q26A 3A3CA 3M3LA 5CMMA 2B65A 4EQ9A 2UXAA 1M5BA 3VXCA 1SYHA 2HCAA 3MVZA 2DWHA 3UK4A 3IOUA 1Z7ME 2DXRA 1IXGA 2OZZA 1MY1A 3G3IA 1US4A 1FQEA 5DYHA 3ZSFA 2I4BA 4TOZA 1N7WA 2O68A 5J1DA 4C0RA 3VVDA 2HZLA 4ZEIA 3DP6A 3IOWA 2ZYMA 1MG1A 2XXQA 2XXPA 3VLUA 3T9XB 4OMBA 2QS3A 4KPTA 4EQ7A 1B7HA 3FJGA 1P1QA 1B51A 3FVOA 1XOCA 2F35A 2A5TB 4DZ1A 3E4RA 3BKIB 2A5TA 2CMOA 1P1WA 1P1OA 3G3JA 3FUZA 1IEJA 5ELVA 4LONB 4Q30B 4QFOA 1PC3A 2O7UA 2VD3A 3U1OA 1N7XA 3TPAA 1Y1MA 4KFQA 2RC7A 3FJMA 4F3SA 1ZMGA 1YPNA 4R9FA 3H3GA 1ATGA 1D4NA 4FAJA 2VP1A 4PP0A 4KYSA 3SEUA 3I6VA 4QFPA 3WAEA 1B6HA 1ZJLA 3PGFA 4ESWA 4BDOA 1A54A 4ELRA 2Y7IA 1CB6A 1YAEA 3H06B 3C35A 1Q35A 3CFZA 3O6IA 1ZIUA 1IIWA 5H8QB 2QSXA 1OQHA 5DVFA 3TODA 5H8QA 1BKAA 4EDPA 2QMXA 1QULA 1B46A 4X9TA 4YKIA 3MVXA 3L6GA 3RT8A 1B4HA 4K3FA 4DXBA 1SDXA 3QK6A 3AXFA 4PFUA 3M3FA 1J1NA 3MC2A 5B7DA 1Z7NE 3MW0A 4ZEKA 1WVJA 3HV1A 2XXXA 3SEWA 2NVUB 2VD2A 1A99A 1B9JA 3FVGA 2O7IA 4GXSB 4NE4A 4WEPA 3N5LA 4OETA 1YCJA 2HAVA 4HCYA 4R2FA 1TFDA 3K2DA 5CMBA 4H5GA 3U94A 1RKMA 2RINA 3F11A 3GLBA 1AH5A 2Z8EA 2PMSA 1MRPA 1FTMA 4FJPA 4FIMA 1GV8A 1UTHB 3IK6B 2Y7WA 4GD5A 2ALUA 5KCJB 3H6WA 1LFIA 4F29A 1VSOA 4FORA 5EHSA 1A55A 3FASA 1Y3PA 3K6WA 3TFLA 3OELA 1S50A 1AOVA 1VE4A 4DXUA 3KGCA 3IL1B 1VR5A 1NL5A 1B32A 1B7UA 1DSNA 3PPPA 3USDA 1A8EA 1LCFA 4OFOA 3KJTA 4E0WA 5TP9B 4P0GA 4HS7A 1O7TA 4U4XA 3SDFA 5AA3A 5AA4B 1H44A 1PB8A 4OWDA 5CRYA 2H99A 2QL3A 5AA4A 1Y1ZA 3QUFA 4G68C 2ANJA 1LB8A 2DXYA 1O64A 3C33A 3T93B 3HSTA 1XVXA 3O6GA 3PUWE 4PFTA 4R74A 3H4ZA 1JNFA 1WDNA 2UYFA 1QUIA 3DM0A 4DIGA 2P2AA 4HTGA 4ZEBA 3OO6A 2GHAA 2NXOA 1LFHA 3KG2A 3E13X 3EN3A 3K1MA 4RJZA 2I6EA 1IZ1A 3K1NA 4NF5B 4YB6A 5FTHA 1JW5A 5H8SA 4NF5A 4U2RA 1R6ZA 1FCKA 4PFYA 2W7YA 4FE8A 5FTIA 3V8XB 1EH3A 3CG1A 3GXAA 3LSLA 2I3WA 5H8NB 2Z23A 3VLVA 1FTKA 2V3UA 2FNCA 1FQFA 5H8NA 1AMFA 4BDQA 1CE2A 2YJPA 3T9HB 5F7VA 5ICQA 3CFXA 3OO9A 4OENA 3B6TA 1QVSA 2I0BA 3P7IA 1DMBA 3ZKLA 3OENA 1UQWA 4PQJA 4OVJA 2DP8A 2WKYA 3TTLA 2DYXA 3QSLA 2PT1A 1NFTA 1A7LA 3U93A 4L17A 4JSDA 4M4GA 1OVBA 3N26A 1SW4A 4O3BA 2ZYNA 4MBPA 2Q2CA 3DP8A 2XHDA 1B3HA 3RTFB 3KBRA 1H76A 1MQJA 2H98A 5A5XA 4IGRA 4NF4B 2P1SA 4DLDA 4DE8A 3R6UA 5EHMA 5FHMA 1B5HA 4H1XA 3DLNA 3PUYE 3QIMA 1NKXA 4H67A 1M5EA 1ELJA 3V83A 1PBPA 2XD3A 1KWHA 3H7MA 1IUDA 1NNKA 3KJ7A 4XKPA 3TCHA 1Y9UA 4GOTA 1Y4CA 4H8IA 3PPRA 2AL5A 3KN3A 1SW1A 1ZLQA 3SESA 3FZVA 1NH8A 4JXIA 3W15C 1MS7A 1IXCA 1UTBB 1FQBA 1S7YA 4XKNA 1P1UA 5L9SA 1MPCA 2V3TA 1B5JA 4GXAA 4ZE9A 4LZ5A 4QFNA 5I2NA 3MPLA 1B0LA 2O51A 1MXZA 1DTGA 1QUKA 4FEDA 3FVKA 1TWYA 1XC1A 2G29A 3SERA 2ZYOA 3ECRA 1NNFA 1A40A 1M5FA 4ELOA 3MBPA 4QHQA 3TELA 3UGWA 4R6HA 2Y84A 4AB5A 2Q8JA 2OWSA 1URGA 4IO2A 3IX1A 2F5XA 2O6AA 3V5AA 2I0CA 5IKBA 4GLIA 1SVXB 4YMAA 3JYRA 3T22A 2XXIA 2PT2A 3B6WA 1BIYA 4F19A 2I48A 3L6HA 3R26A 1HSJA 2F8DA 2QMWA 1MXVA 4F3PA 3G3KA 2HZKA 1FQCA 3ILTB 2HQ0A 4WXJA 4YKJA 5CM6A 2Q9TA 3EHUA 3C34A 4RNSA 1AL3A 1UIUA 1VFEA 2ESNA 2B3BA 4H8JA 3TZAA 2HXWA 4KQPA 5ICTA 3MZ1A 4X1DA 2F36A 2HEUA 3MAMA 1B3GA 1B52A 3H6VA 4NMYA 5CI5A 4G2ZA 4KHZE 4JSOA 3UP9A 1MXUA 4F3GA 3OEKA 3CG3A 1B40A 1O63A 3LUYA 1USYE 3MVYA 4DCXA 4OFJA 2H5YA 4OTEA 1H43A 2FA7A 3K4UA 1MQGA 1OQGA 1Y20A 5I2KA 3E3KA 1SYIA 3K0VA 4TQUQ 1MXXA 3PV0E 1OVTA 1MY4A 2UVHA 3CSGA 4H65A 3SEXA 3OEMA 3FGSA 2XXWA 1NNTA 3QYTA 1QW0A 1EU8A 2I3VA 4G8HA 3MZ9A 4U21A 4RK2A 4EXLA 1RYXA 1N84A 4YB7A 2QS4A 2YPNA 4OXVA 4GIZA 2O1MA 3O6HA 4MLQA 4NWCA 1Q1KA 3MP6A 4IY5A 2X7PA 4NF6B 4F31B 1FTLA 5BWJA 3IO6A 4NF6A 1MH4A 3PUXE 5JTYB 2VHAA 3MP8A 4IO3A 4R75A 5JTYA 4ESXA 4R72A 1POTA 5CBRA 1PB9A 4C1UA 3MQ9A 3MWBA 2E1SA 4OEUA 2F6PA 1WODA 3T96B 2B3FA 4RA1A 3HHFA 3IJXB 3LSFB 1QJMA 4OFLA 1USYH 4R2BA 1NNPA 2DOJA 3EQ1A 5JK4A 4I1DA 3N6TA 3TCFA 4JWYA 3QXMA 4TLLB 1TFAA 3G3FA 3RTWB 1N04A 3G7WA 1LAXA 1URDA 1GVCA 3ODBA 3PPNA 4F39A 3KN7A 1OIBA 4G77A 4QSCA 2V3QA 2ZNUA 1SW5A 1B0HA 5ITPA 4QF9A 3RPWA 1EZOA 4R6KA 2RF1A 3C31A 1YTVA 2PBWA 4R6YA 4JB7A 3EF7A 4XTCQ 1B3EA 3RGYA 1Y4TA 2ZXTA 3RLFE 1M5DA 2UVGA 2AYSA 2Q89A 4ECFA 3SEYA 4GWOA 3SETA 4F22A 3DELB 4NWDA 3K01A 3VE1B 1JQFA 4H5FA 1ZKBA 3S9EA 3IOTA 3BFTA 1JEVA 2HFBA 2DQVA 3KZGA 1R9QA 3PMXA 1OLCA 4OZ9A 5I57A 1JEUA 4PE5B 3I3VA 5TU0A 1N3XA 3FV2A 4N6PA 4I9DA 1EZPA 1D3KA 2RCBA 4G68A 2I58A 3IORA 2ONKE 2F7AA 3M3KA 4OERA 3KOTA 4XKRA 3TQLA 3S9LC 3LSXA 4LATA 1SQYA 3A3UA 4JWXA 2REGA 4BDRA 2F7CA 2CZLA 2OWTA 2M8CA 3FIRA 4RPOA 2OCUA 1BP5A 3OSQA 4U1ZA 2QS2A 1MY0A 3TEPA 2Z8DA 1MY2A 3BBRA 4RPNA 3LBSA 3GBBA 4JBZA 4MFIA 3HN0A 1FTJA 5DVJA 3T9UA 3VLWA 2F34A 3S4UA 2A5SA 4P0IA 2XX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O28A 2ZYKA 4XKQA 5KDTB 5CBSA 2QPQA 4N17A 2HHMA 1RYOA 5KDTA 4PETA 3TYHA 4ZEFA 4JWOA 5DTBA 3MVWA 2OBGA 3D1RA 1ZTYA 3W9WA 3S9NC 1FBPA 2DE3A 3MZBA 3ONMA 3VXBA 4OESA 4DXCA 4MNCA 4EXKA 2XWOA 4YAHX 4O3CA 3TQWA 1Y3QA 1XI6A 4PAKA 5I59B 4MH5A 2D3IA 3T66A 5I59A 4G4PA 5A5XB 1MH3A 3G3HA 4GL8A 1YZ0A 1SW2A 2PFZA 3EHSA 5HPQA 3TKDA 4GF8A 4QXDA 3FBPA 2REJA 3C32A 3B50A 2D5WA 4YZZA 4M1VA 2ONRA 4ZDMA 2HAUA 2Y7RA 1T0KA 2F97A 4IGTA 5L9OA 1LAHE 4IY6A 4N91A 4RYAA 4TLMB 5ISUA 3H03A 2GHBA 4NG7A 5FHNA 2UYEA 1I6QA 4KYDA 4PGPA 3TTNA 1MPBA 3ZKKA 3V89B 4BDNA 1FBGA 3LSWA 5I58A 1I6BA 1B1HA 3RNNA 3B6QA 3TUSA 1DCUA 1RDYA 2I49A 2NOOA 3RT6B 2ZNTA 2AL4A 3FXUA 5DT6A 3GBAA 2F78A 1IITA 3BFUA 5B70A 3IAZA 3O97A 2IA4A 1SI1A 4BDMA 4I62A 1KZ8A 2VOZA 1IMBA 4POXA 4N13A 4ZZEA 1II5A 1VFDA 3TTMA 2RC8A 2G93A 3MJNA 3FV1A 2O84X 5I2NB 4IO7A 3VVFA 3MUQA 2ONSA 1K9ZA 1YXIA 3T9VA 1N76A 4LQ5A 3CFLA 2CZIA 4OQOA 3RUMA 2XD2A 3LV0A 4BDLA 1DPPA 1FPKA 1OLAA 3EHTA 4F18A 2WYKA 3RY3A 3ZS6A 4MLVA 1URSA 1JW4A 4XXUA 1FQDA 1HSEA 1I69A 4NGUA 1QKAA 4RK9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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