4R74A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous fructose-6-phosphate bound)
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
319
structure length
319
Chain Sequence
SKGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
total genus 119
structure length 319
sequence length 319
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r74A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r74A01
3SEXA 5I84A 4U1ZA 4XIGQ 3ODBA 5ISUA 1ZIUA 2XX7A 4LZ5A 1NNKA 2THIA 4EQBA 3QYTA 4KI0E 1SDXA 3K6VA 4N07A 1QKAA 4PFYA 3KSJA 2UVGA 3OSQA 2E1SA 5TP9B 3SESA 4EF1A 3DP8A 4QSCA 4OVJA 1POY1 3MW0A 2XXVA 1A40A 4ND9A 1EZOA 4FEBA 3E13X 4GXAA 3SERA 4G68B 2P0SA 1R9QA 4AB5A 1IUDA 2HFBA 2Y7KA 4O3CA 4QFLA 1NNFA 5JTYA 1D9YA 2OWSA 4GXSB 1I6AA 4U4SA 1EZ9A 3LR1A 1PC3A 3TCHA 2AIXA 4LATA 3RT6B 4FATA 2O84X 4X9TA 1UTBA 1BIYA 1GGGA 2QRYA 2H99A 1LAXA 4H6DA 4F22A 3T93B 2ANJA 1GTKA 3T96B 4ESWA 4X1DA 1GVCA 1XVXA 1S7YA 2I48A 1M5DA 1FCKA 2V93A 2HAUA 3B6TA 5H8FB 2R6GE 2PBWA 2VGQA 5CRYA 1SVXB 3T66A 1IXCA 2XX8A 1IIWA 3H4ZA 4C0RA 1LAGE 3E3KA 3IX1A 2ZMBA 4IB2A 1B46A 4KYSA 1SI0A 2Y7RA 1KWHA 1ANFA 2F7AA 5DEXA 3PMVA 3JZJA 1MY2A 3Q25A 3SDFA 4E0WA 4GOTA 3O97A 2HEUA 4P11A 4ZS9A 1B3HA 1D4NA 1AMFA 4I9DA 2H4IA 1Y1ZA 1MS7A 3K0VA 1MXZA 3RTFB 5H8HA 2D5WA 3CG3A 2G93A 3FASA 4I1DA 4O3AA 3H7MA 1FTLA 1EZPA 1OQGA 5HM4B 3IK6B 3OXNA 1Z7NE 3KOTA 5H8NA 3PU5A 4DCXA 3K1MA 5CMMA 1Z7ME 1MY0A 3BFUA 3TQLA 1QUJA 3U92A 3G3GA 3DLNA 3PUVE 1JQFA 2DOJA 4PQJA 5FHNA 3T9HB 2Z8FA 4MLVA 4NMYA 5JTYB 4UA8A 3R7XA 3UIFA 2XXRA 2QS4A 2UXAA 3TUSA 2H25A 1MG1A 1OLAA 3KJTA 3H6UA 1FQFA 4JDFA 1ELJA 4F19A 3T9VA 1UTBB 4FORA 5JEIA 1B58A 2Y7WA 3OO7A 3TCFA 4DLDA 2XD2A 4H8JA 4YKJA 2HXWA 3MP6A 5AA4A 3GBBA 3HHGA 1MDQA 3OO6A 4I62A 4F18A 1OIBA 1YCJA 3V5AA 1MXXA 1NNPA 2O51A 4JSOA 2DQVA 1Y1MA 4KPTA 1O63A 4GL8A 4Q0CA 1I6BA 3B7DA 5AE4A 3D4GA 3C32A 3FIRA 2I4BA 1SI1A 3TELA 1MDP1 4H8IA 4TOZA 4XKNA 4RJZA 1MPBA 4LVQA 3A3UA 1YPNA 5I2NA 1LCTA 5DEXB 1SYHA 5F7VA 4F3PA 1SW4A 4AB6A 4ZE8A 2QSXA 1T0KA 4QFNA 3IOTA 1MPCA 1LLSA 4PETA 3HSTA 3VVEA 1Y4CA 3MWBA 4NTLA 3N94A 1ZKBA 3T9UA 3JV9A 4X48A 3Q28A 3WAEA 1S9TA 4DXBA 3RGYA 3FJMA 5AA2A 1P1OA 4H5GA 3W15C 5H8HB 3LBSA 3Q29A 5EHSA 2ZNTA 3FVGA 1NL5A 4YMBA 4JWXA 1YTVA 1N76A 1DPEA 4Q5TA 3MPLA 4LONB 5H8NB 5KZTA 4O3BA 3PGFA 1IXIA 5I56B 2F7CA 1URSA 4QHQA 4RPOA 4F3BA 3FVOA 2ONRA 1M5EA 1LAHE 3IOWA 1B7ZA 1Y3QA 1PDAA 2XD3A 4G68C 1MY4A 3P7IA 2Q89A 1UIUA 1QW0A 4YMAA 3BFTA 1PB7A 2V25A 2XXTA 3TTNA 3I5OA 1MRPA 3SEWA 2UYFA 1IZ1A 3CFLA 4ECFA 4ZZAA 3C33A 1B4ZA 3QUFA 1B32A 3M3KA 4XTCQ 4LZ8A 2YLNA 3OSRA 4GF8A 4MLQA 4WEDA 4EQ9A 5ITOA 1NMUA 3QSLA 1MM7A 5AA4B 3OD7A 4FJPA 3VDFA 3EHTA 2O69A 4E0XA 1LBCA 2I49A 3BBRA 3SEYA 4GD5A 4YU0A 3VFJA 1JETA 3LC8A 1N3WA 4OTEA 4XKRA 4LQ5A 4RK2A 1AL3A 4Q8RA 4KCDA 1MQHA 1VE4A 5I2NB 1SYIA 5HPQA 3L6HA 4C1UA 1B3EA 1JEUA 2ZYKA 3MVZA 1HSLA 1PB8A 1R1NA 3W9WA 5I58A 3MP8A 2F5XA 3MVWA 3FATA 3PV0E 5AA2B 4GLIA 3TTMA 2DYXA 3IB2A 1A99A 5HBCA 3KSXA 2QS1A 3O9PA 2GH9A 4ONYA 1BKAA 3PPQA 2O68A 1DMBA 1CB6A 2DVCA 1OVBA 5FHMA 3LSXA 4RK9A 4TLLB 2A5SA 3O2AA 4F39A 1UQWA 1TFDA 5J1DA 3SEVA 4K3FA 1H45A 4ELOA 2F7BA 1TT1A 2YPNA 1DTZA 2YJPA 4MFIA 3HHFA 1JNFA 1H43A 2QMXA 3K1NA 5I2KA 3CSBA 2VOZA 1JW4A 4QSEA 2O1LA 3OO8A 4G77A 1MY1A 2PMSA 1YAEA 3OO9A 1B5IA 4FIMA 1JVYA 2H9BA 4XKPA 5M2VA 1LAFE 4OHNA 1LGBC 1WODA 1B05A 4AQ4A 4OFOA 1Y20A 3KOSA 5H8QA 2O7IA 1B3FA 2B3BA 3PPRA 4G8NA 2XXQA 5K2YA 1GV8A 2RKMA 3MZBA 4DDDA 2F34A 3R26A 5TPAA 3KEIA 2ONKE 4ISUA 5ELVA 3H6VA 5ITPA 4DXUA 3H06B 3B6WA 4ZEKA 4RXLA 4ZEBA 2X7QA 4U1OA 4ZEDA 1N84A 1Q1KA 1URDA 3PD8A 3OMBA 3E9XA 4JWOA 3KJ7A 2VP1A 2NOOA 1B7UA 3FD3A 1B2HA 3HO7A 5CC2A 2ESNA 4IO7A 4IO4A 3USDA 2X26A 2KLFA 3SETA 3M3FA 4R6KA 2DS9A 4F1YA 3G3KA 3W9VA 1PBQA 3PPOA 1F9BA 4JSDA 4X1BA 4KYEA 1I6QA 4YB7A 2P2AA 3M3LA 5I58B 5AA2D 2DE4A 3JYRA 4GRKA 4ZZEA 2FYIA 4ZEFA 1GR2A 3T22A 4KR5A 2Q9TA 3C35A 3N5LA 4G2ZA 2VD2A 1FQDA 2XHDA 5KCJA 1ATGA 3K00A 3CI8A 4YZZA 2Z22A 3TTKA 1RYXA 3IJXB 2OJTA 1POTA 3TFLA 1H76A 1OLCA 3U93A 2AL5A 1B3GA 3FJGA 3KZGA 1FTMA 3S9MC 1M5BA 4ZDMA 1RKMA 5IKBA 5CMBA 3CFXA 5I56A 5FTIA 4ESXA 1JVXA 1LSTA 2DXRA 2V84A 1XT8A 2F78A 4WXJA 4JXIA 3MJNA 1USYE 1ZMGA 5I2KB 1QULA 1QKBA 1B40A 4OWDA 2XX9A 4NWDA 4IO2A 3O6HA 3MVXA 3SEUA 2RINA 2PT1A 3EQ1A 1B5JA 5I59A 2D3IA 5H8QB 4G8HA 3VLUA 3CR9A 3N6TA 3AXFA 2DWAA 1A8EA 4PFWA 3MVYA 3L6GA 5TPAB 3TODA 3F11A 4PFUA 4WKMA 3G3FA 5L9MA 2PVUA 2ABHA 2UVHA 1N7WA 2UVJA 2NXOA 4M4GA 4FECA 4F2OA 2OLBA 1UTHA 1N7XA 3KN8A 3K6XA 1MY3A 1SBPA 4WEPA 4EDPA 1XOCA 1MQIA 3N26A 4GWOA 4U4XA 2Q2CA 3MPKA 4OFJA 3RNNA 1WDNA 3OEMA 3VVDA 2I58A 1EU8A 1IITA 2DWHA 1VR5A 1P1NA 3MC2A 4KHZE 3RTWB 1B52A 4FAJA 3UP9A 3U1OA 2I3VA 1PBPA 4TLMB 3MBPA 1MH3A 3O28A 3TTLA 4DIGA 3PUZE 1AH5A 4H67A 3FVNA 2DXYA 3TAJA 5DT6A 2E0SA 1QJMA 2Y7IA 3IO4A 1B1XA 4NWCA 4JBZA 3RN8A 2QS2A 4THIA 5KCJB 3TTRA 4BDOA 4F1UA 2ONSA 5A5XA 4ELPA 4EUOA 5LOMA 3QK6A 1NFTA 1B6HA 1I69A 4PE5B 1JEVA 3I6VA 3PPPA 3MZ1A 2D21A 2O7UA 4P0GA 1PEBA 2CMOA 1TXFA 3LSLA 1US4A 3K02A 4R2BA 4Q30B 4BDMA 4DZ1A 1USYH 4F31B 4Z0IA 2O6AA 2X7PA 4RPNA 1FTKA 1VFEA 1H44A 4YAHX 5IAIA 5I59B 1OMPA 3VE1B 2BJJX 3G7WA 4IO6A 3S9NC 3LSWA 3N6UA 3RQTA 2REJA 1LFIA 4RNSA 4ZEIA 3ZS6A 4BDLA 5CBSA 1VSOA 4ZE9A 2Y84A 2XXWA 1A7LA 3PD9A 1D3KA 1MPDA 3CFZA 1MQDA 1B7HA 1AIVA 2LAOA 1UTHB 2ZYOA 2XXYA 1B0LA 1TFAA 2NWJA 1B0HA 4MH5A 2VD3A 3U72A 1SW1A 2RCBA 2OZZA 4F3SA 1FTJA 2ZNSA 3CIJA 3LSFB 1QUKA 1MXUA 1XC1A 4F3GA 1QVSA 3K6UA 3U94A 3OEKA 1P1QA 3MUQA 2PX1A 2DVZA 4N6PA 1DPPA 1D9VA 1XHYA 1M5FA 1MXYA 1FQBA 3S9EA 5L8DA 2XXHA 3CRBA 5CMKA 3RT8A 2RF1A 3GZGA 3GXAA 4KCCA 4H65A 4MF3A 2GFEA 1Y3NA 2CZLA 2Q8JA 2DE3A 3ZSFA 5L9SA 4QFKA 3IR1A 1NKXA 2ZYNA 1A54A 4EQ7A 2RC7A 2PYYA 5EHMA 3HV1A 3PMXA 5A5XB 4ZECA 1N04A 1Y4TA 5K2XA 1SD3A 5L9OA 3PPNA 4DCYA 2A5TA 1BTJA 4GFRA 5KDTB 3IORA 4EXKA 1DTGA 4POXA 3O6IA 1XVYA 3UGWA 2IEEA 4EXLA 3FXQA 3G3HA 3KN3A 3UN6A 1IXHA 4R9GA 2DP8A 2Z8EA 3MQ9A 3EHUA 2QS3A 3V8XB 1BLFA 2XXUA 3VVFA 1A55A 3OENA 3UK4A 5ICTA 2ZXTA 2OCUA 2XXXA 3TPAA 2XXPA 3KG2A 4F1VA 1O64A 1EH3A 4NF8A 4R6YA 1FQCA 1Y3PA 4YKKA 3U8QA 1M5CA 3CVGA 4R72A 1BP5A 5I57A 1A8FA 1RYOA 4QSDA 2QPQA 4BDRA 3ILTB 4LQ2A 2AYSA 3FXUA 1NNTA 3S4UA 1LFHA 3SKPA 1JW5A 3GLBA 5ICQA 3C4MA 2GHAA 3FV2A 2R71A 1MXWA 1LCFA 4KYDA 1IQ7A 1P1UA 2DSFA 4LA9A 2HAVA 4N13A 1UIVA 2DE2A 1B9JA 4YB6A 2ALUA 3H6TA 3QUJA 3K4UA 1OQHA 4LUBA 3O6GA 4R2FA 2WKYA 4R9FA 2NVUB 3R6UA 2NUVA 4HW8A 4L17A 4HTGA 4QFOA 1SW2A 3ILUB 1B4HA 4LZ7A 3B6QA 1XS5A 4DXCA 3H03A 3UA8A 4U23A 1WVJA 4H0WA 5AA3A 4GQOA 5DVIA 3KBRA 3BKIB 3IOUA 4XKQA 2Z23A 1LFGA 1LB9A 1N3XA 3Q27A 1QUIA 3QAXA 4YKIA 4OENA 4R6HA 1P99A 4YICA 2QMWA 3IB1A 1FQEA 3FZVA 3S2VA 2I0BA 5EYFA 3EHSA 2F6PA 5DYHA 2B65A 4GL0A 2REGA 1HSJA 2A5TB 4U2RA 4YB5A 2Q88A 3LUYA 1B3LA 4KQPA 5B7DA 4NF5A 3K6WA 2ZNUA 3WAFA 3IL1B 2FNCA 4HCWA 4FEDA 4IO3A 1NH8A 3EPEA 3FXRA 1HSEA 4NF6A 2F97A 3O29A 3QIMA 5BUUA 1DOTA 3TYHA 3ECRA 2GHBA 1IEJA 1MQGA 1FTOA 4NF8B 3A09A 3TEPA 4GVOA 1VFDA 3QXMA 1ZLQA 4EF2A 2F36A 5B70A 4POWA 4RYAA 3MZ9A 1ZTYA 2B3FA 3TQWA 5I57B 1TWYA 4R73A 2UYEA 3THIA 4OFLA 4ELQA 1ZBMA 3Q26A 3CG1A 3RUMA 3T9XB 3IAZA 2M8CA 4H1XA 3KFMA 4Z7EA 1ZJLA 2AL4A 2F8DA 3PUWE 4HCYA 1MH4A 5TU0A 3KGCA 3M8UA 4OQOA 4OEVA 4R75A 1FQAA 1URGA 3O66A 4G8MA 4NF4A 3TDJA 4RY1A 2XXIA 1P1WA 2Z8DA 4QRZA 2Q2AA 3HCQA 4OERA 2H98A 2DWIA 4LP2B 3VXCA 4OZ9A 1AOVA 2IA4A 4UACA 2V3TA 1NH7A 4GIZA 5CM6A 2O1MA 4OXVA 1J1NA 2UVIA 1B5HA 4JWYA 1LB8A 3FUZA 3OOAA 2V3UA 5FTHA 4XXUA 4OYVA 2DWJA 2OBGA 3C9HA 4G4PA 3K1PA 4DE8A 1MM6A 4BDNA 3D4CA 3IJOB 3VXBA 4U21A 4JB7A 4P0IA 1MXVA 4IGRA 4OEUA 3TMGA 3IOVA 4MBPA 3GBAA 1L5TA 3UORA 3C36A 5CMCA 4OESA 3DM0A 4R74A 4IY6A 5FHOA 1Y9UA 1S50A 3KN7A 5CI5A 3EN3A 5DTBA 4C1TA 3PUYE 3RY3A 3FJ7A 3RPWA 5JK4A 3FVKA 2RCAA 2QJEA 4NF5B 2HZLA 1JW1A 4KD5A 5KDTA 2QL3A 5DVFA 4KFQA 5H8SA 2PT2A 1H3DA 4NF6B 3FGSA 1LBBA 4BLAA 4PP0A 3S9LC 2FA7A 2W7YA 1IXGA 3MP1A 3ZKLA 2OK2A 1SQYA 4FE8A 5TP9A 4RA1A 2H5YA 3I3VA 4TQUQ 4OETA 2OWTA 1R9LA 3H3GA 2HCAA 4U22A 2I0CA 4NE4A 3V89B 4G68A 1OVTA 4OMBA 5DVJA 3V83A 3TZAA 4IY5A 3VLWA 2GRVA 1FW0A 3MAMA 3C31A 3DP4A 4QFPA 3IO6A 1DSNA 4H5FA 1O7TA 2VHAA 4IO5A 5BWJA 3K01A 4NF4B 3OELA 3K2DA 3HN0A 3PMWA 2Y7PA 3G3JA 2F35A 3IB0A 2RC8A 4M1VA 3DP6A 4BDQA 3E4RA 2I3WA 1ZU0A 5AA1A 2RC9A 3EF7A 2HQ0A 2I4CA 2HZKA 4YKPA 3TKDA 4F2QA 1US5A 3RLFE 3HPIA 5H8FA 1MQJA 1N0TA 4NEDA 5CBRA 1PB9A 2I6EA 1R6ZA 3CSGA 5F1QA 3ONMA 2P1SA 4ELRA 1B1HA 2F6GA 4QF9A 1CE2A 1II5A 2V3QA 2R9JA 4I8CA 1Q35A 4PFTA 3G3IA 2ZYMA 3A3CA 3VV5A 1SW5A 4IGTA 3PUXE 3DELB 3FV1A 3VLVA 2G29A 3ZKKA 3H6WA 1B51A 3TCGA 4HS7A 4F29A 3C34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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