4R75A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous sedoheptulose-7-phosphate bound)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
total genus 117
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A01
4P11A 5I2NA 5AE4A 3FJ7A 5TPAA 2Q9TA 2ESNA 3TCGA 3OELA 2R71A 1D9YA 2DS9A 5J1DA 2NUVA 4H65A 3RY3A 3GLBA 4M4GA 5ICQA 5AA1A 2PT1A 1LCFA 4EXKA 1FQBA 5FHOA 3HN0A 1P1WA 1JETA 1GTKA 1B52A 5I57A 1B7ZA 4HW8A 2AL5A 3FXRA 2I4BA 4QFOA 4LONB 3FVKA 3PU5A 1MPCA 1M5FA 1M5BA 4QFPA 3KZGA 3R7XA 4ZEDA 3S2VA 1B0HA 3MZ9A 3OSQA 2XXQA 4ESWA 3AXFA 3USDA 2F35A 3OEKA 3O9PA 5H8FA 4LQ2A 5H8HA 1D4NA 3UIFA 1MRPA 1NH7A 1I69A 3N26A 1P99A 3ZKLA 4C0RA 4G4PA 4NTLA 5CMMA 4U1ZA 3FXQA 2AL4A 4GRKA 2GRVA 5EYFA 4JXIA 2E1SA 1F9BA 5KDTB 3FD3A 4IO4A 3CIJA 4F3BA 1FTLA 3D4GA 4R6KA 4PE5B 3IO4A 4U21A 1M5EA 1LLSA 4DE8A 4X9TA 2DVCA 1MXYA 5L9MA 4XIGQ 3PMXA 2X26A 4F1YA 3ONMA 4QFLA 1YAEA 2XXPA 1LSTA 3N6TA 4OMBA 1A40A 1FW0A 4C1UA 1B05A 1II5A 5ITPA 3K1PA 3S4UA 3DP4A 4RA1A 3VE1B 4TQUQ 1MDP1 2Q8JA 2RINA 1I6QA 4KR5A 4F3GA 1OMPA 2XXVA 4N07A 1TFAA 1US5A 2H25A 2UXAA 4Q8RA 4PFYA 3Q25A 4I1DA 4MH5A 4QFNA 4U4SA 3TDJA 3CVGA 3C32A 2Y7WA 2A5SA 4JSOA 3RLFE 4UACA 1CE2A 1A8FA 1SW2A 2H99A 5FTHA 3MZ1A 1XS5A 1N7WA 3KEIA 3MWBA 5I2KB 1MH3A 4Q5TA 2F7CA 1SVXB 3TZAA 3C33A 4G8MA 5I2NB 2DXRA 2A5TA 4ESXA 1A55A 4OFOA 1JEVA 3V5AA 1B3EA 5TP9A 1LB9A 4ZEFA 2DXYA 3LSWA 3HHFA 1VFEA 4IY6A 3IK6B 3FJGA 3PPQA 4YKPA 5I59A 4PFTA 4OFJA 2I3WA 3HPIA 3N5LA 1IZ1A 1MM7A 4EUOA 4XKQA 3G3JA 3SEXA 1P1UA 1R9LA 1SI0A 3MPKA 5DEXA 3IOTA 3V8XB 1DPEA 3TYHA 5CBRA 5I57B 3M8UA 1R9QA 4OESA 4WEPA 4G68C 4I62A 5AA3A 1IXGA 4R73A 4PETA 3BFTA 3MJNA 1IEJA 4POXA 2PBWA 2ONRA 1GVCA 4EQBA 4XXUA 5ELVA 1FTOA 4X48A 3PMVA 1VR5A 4BLAA 1JW1A 4Z0IA 4ELQA 4GFRA 1D9VA 5H8FB 5H8HB 1JW5A 3RUMA 3CG3A 1XC1A 2E0SA 5LOMA 2XXTA 4DCYA 3ZSFA 1ELJA 2O68A 2ZNSA 1YPNA 2RCAA 2UVJA 4FE8A 3N6UA 3MC2A 3T96B 1BTJA 4NF8A 4G77A 2QMXA 1LAHE 2NVUB 3PGFA 2DYXA 4GXSB 1USYH 4RYAA 1MXUA 4NF4A 1B3HA 2NXOA 1M5CA 4ELPA 5I56B 3OENA 1AMFA 1Y4TA 4RXLA 4NWCA 1B4ZA 4RK9A 3O28A 4NWDA 2PX1A 4F1UA 2QS3A 3GXAA 4DXCA 5A5XA 1MY1A 1Y1ZA 4XTCQ 1SW4A 3SEWA 2RKMA 1B9JA 1POTA 1XHYA 2H9BA 1IQ7A 2DP8A 3VLVA 3O2AA 4ZEIA 2XHDA 4G2ZA 2V3TA 2XXWA 4XKRA 1POY1 1M5DA 3Q28A 2QS1A 3L6GA 1NNTA 4H5FA 4IB2A 2Z8EA 3G3HA 2QJEA 4WEDA 2I3VA 4ELOA 4N6PA 2F7BA 1VSOA 1MM6A 5L9OA 4OWDA 3VFJA 1RKMA 4OHNA 5HM4B 1AIVA 1QUIA 1JVXA 2Q2AA 3SESA 3IJOB 3MVZA 2QS4A 1YTVA 4NF6A 1LAXA 1MXVA 2UYFA 1N76A 5CRYA 2Z8FA 5I59B 3ODBA 3PV0E 1RYOA 2GHBA 2Q89A 3L6HA 3KJ7A 1MY4A 1IUDA 4JSDA 4G68A 5DEXB 4GXAA 1ZTYA 3ILUB 5H8NB 1R6ZA 1PB9A 1P1OA 3IOWA 1JNFA 4EXLA 4PFWA 1QW0A 3BKIB 2F7AA 3JYRA 4BDQA 3O6IA 4C1TA 3FXUA 1JVYA 1HSEA 4M1VA 4JDFA 3VXBA 5FTIA 1Z7NE 1MQIA 1L5TA 2CZLA 2HQ0A 4F18A 5BWJA 3QUJA 1B5IA 1Y3NA 1UTHB 2F34A 4H0WA 2QL3A 1PB8A 1B7HA 3KBRA 5B7DA 1AOVA 3H6TA 3R26A 2IEEA 3FGSA 1A8EA 3U1OA 4H67A 4TOZA 3PPNA 2RC7A 3TODA 4YICA 4FJPA 3IR1A 2F36A 3IB2A 2V84A 2PYYA 4ONYA 1MQHA 2DE2A 2DQVA 4L17A 4IGRA 2D3IA 3UK4A 1BLFA 3W9VA 4KYDA 1RYXA 3EHUA 4ZZAA 2QSXA 3T9UA 3TCHA 4EF1A 4H8IA 4ELRA 4R6HA 3K6UA 1PDAA 1URDA 2VP1A 5A5XB 1OQHA 2VGQA 3MVXA 3IB0A 2XXYA 4JBZA 4QSCA 1B7UA 2YPNA 4KI0E 3RGYA 2ABHA 4FORA 3LC8A 1XVYA 2Q88A 1FQEA 4XKPA 1ZJLA 1ATGA 1WODA 3IOVA 3I3VA 4XKNA 4OQOA 2WKYA 2O6AA 3PD8A 4KYSA 4OTEA 5AA4A 1EZPA 1QKBA 1XT8A 2QS2A 5KCJB 3GZGA 3HO7A 1MDQA 1N0TA 1OIBA 2ZNTA 2B3FA 1O64A 3O6GA 5M2VA 4KD5A 4IY5A 4TLLB 5AA2D 4H6DA 3W15C 3KOSA 1QVSA 5K2YA 3PUVE 1IIWA 1B5HA 1DMBA 3H3GA 3VXCA 3IOUA 2XX8A 2M8CA 3SEUA 3MVYA 1B4HA 1NH8A 2F6PA 1O63A 2DSFA 3TELA 4ZEKA 1Q35A 4ZE9A 2OLBA 4G68B 3ECRA 1MQGA 1EZ9A 3ZKKA 2UVGA 3SKPA 1MQDA 4QRZA 3TFLA 2Z23A 1MG1A 4MLQA 5JTYA 1IITA 3K1NA 4GLIA 4NF5B 4F39A 2I4CA 3PPPA 2Q2CA 1DSNA 3RT8A 5ICTA 3U93A 1H3DA 3QSLA 1R1NA 4F3PA 1FQFA 2G93A 4JWYA 1EZOA 3VVFA 1FQDA 1NL5A 3S9MC 3PUYE 2O7UA 2FA7A 3OO6A 3KOTA 5IKBA 1UTBA 5H8QA 1NFTA 3E13X 3I5OA 1B1XA 4LP2B 4BDMA 3JZJA 1MXXA 2I49A 1LFIA 1DOTA 4GWOA 5DVIA 5I84A 2ALUA 2Y7IA 3OOAA 3TTKA 1Y1MA 5TPAB 4Q0CA 4FEBA 1URSA 2V93A 1D3KA 1USYE 3QUFA 4ZE8A 1B2HA 2ANJA 2HEUA 4RJZA 4EQ7A 4F29A 1PEBA 3D4CA 4RPNA 4GL8A 3UORA 4YZZA 5CMKA 2VD2A 3TAJA 4R2BA 2HAUA 3PMWA 3VVDA 4THIA 1LGBC 4G8NA 4FECA 1T0KA 3RNNA 4H8JA 1SBPA 2D5WA 2THIA 3BFUA 4FIMA 1QKAA 4LUBA 4RPOA 2I6EA 3U92A 3E3KA 3EN3A 1MH4A 3TPAA 4IO7A 2O1LA 4QFKA 4R75A 3B6WA 3SETA 5AA4B 3G7WA 4YKIA 4JB7A 3VV5A 4YKKA 2BJJX 4Z7EA 1LAGE 3FATA 2ZYKA 3OO8A 4YAHX 3M3KA 3G3GA 1HSLA 1N04A 3U72A 3TTMA 1BKAA 4OYVA 2QMWA 3H06B 4EQ9A 3EQ1A 1TXFA 1NNPA 1B51A 4FAJA 3O66A 1SD3A 4KPTA 5F1QA 3DLNA 4X1DA 3CR9A 1BIYA 2P1SA 2OWSA 3FUZA 3O97A 5ISUA 3UGWA 2PVUA 3TCFA 3F11A 5BUUA 4GF8A 1SI1A 4OENA 2DOJA 5TU0A 2HXWA 3I6VA 1LAFE 3MPLA 2W7YA 2PT2A 3FV2A 4QSDA 1WVJA 3FZVA 3VLUA 2LAOA 3FASA 3PUXE 3WAEA 5AA2A 3RTWB 2QRYA 4YKJA 2YLNA 5K2XA 5L8DA 4EDPA 3K01A 3S9LC 1TFDA 4LA9A 4YB5A 3H03A 2RF1A 2I58A 1UIVA 2R9JA 1GV8A 1UTBB 1AL3A 3Q26A 4O3AA 3UP9A 5H8QB 2O51A 4JWXA 4UA8A 2F97A 3V89B 4R72A 3C35A 4KCCA 4DIGA 1FQCA 3OO9A 3P7IA 1S7YA 2Z8DA 3C34A 4GVOA 3MUQA 4KQPA 1N84A 2A5TB 2DWAA 1OLCA 3OSRA 3Q27A 5TP9B 1KWHA 1PBPA 1O7TA 5KDTA 4OFLA 3C31A 1FTMA 1BP5A 5DYHA 2O7IA 2O1MA 3SEVA 1N3WA 3ZS6A 4RK2A 1B1HA 3A09A 4U4XA 1I6AA 2Y7PA 3QIMA 2AYSA 3FJMA 4BDLA 5B70A 1NNKA 1CB6A 4AQ4A 3T93B 2OWTA 3KSXA 4I8CA 4DLDA 2AIXA 1IXCA 1Z7ME 3H4ZA 2DWIA 1MXWA 1P1QA 3ILTB 1S50A 1Y9UA 2I48A 4AB5A 3DP6A 2I0CA 3IJXB 2B65A 5H8SA 3RN8A 4F31B 3G3IA 4JWOA 3R6UA 2OK2A 3K1MA 3LSLA 4MF3A 4GIZA 4F2OA 1SW5A 3C36A 4YMBA 2ONKE 3T9HB 3MW0A 1IXIA 2Z22A 4NF8B 3IB1A 3FVGA 3HV1A 4LVQA 1ZIUA 3PPOA 2ZYNA 5EHMA 3TMGA 4ND9A 4E0WA 4NF4B 1P1NA 3PUZE 2REJA 2D21A 4U1OA 4WXJA 2HFBA 3EF7A 2XXRA 3MP6A 3V83A 3W9WA 4IO6A 1OVTA 4LATA 1N3XA 2ZYMA 4K3FA 5CMBA 1PB7A 4F2QA 5FHNA 4IO3A 3DP8A 4KYEA 4QF9A 3FVOA 3MP8A 4FATA 1FTKA 3EPEA 1NNFA 3A3CA 4LZ8A 3CFXA 5CM6A 3SEYA 4H1XA 3SERA 4ISUA 5DTBA 3JV9A 5AA2B 1MS7A 2OBGA 4KCDA 3OEMA 5CI5A 3PD9A 4EF2A 3M3LA 2PMSA 3S9EA 4BDOA 2F6GA 1VE4A 4HTGA 4PP0A 4QHQA 1LFGA 4Q30B 3EHTA 2DE4A 2F5XA 4OVJA 1TWYA 2B3BA 3C4MA 2GFEA 3TTLA 1LCTA 3K4UA 1XOCA 3KN7A 4NMYA 3OXNA 4GOTA 4NF6B 3IX1A 3B6TA 3VLWA 4F1VA 4IGTA 1SYIA 1VFDA 1LFHA 4LZ5A 3CG1A 3THIA 2XXIA 3H6VA 1SW1A 5F7VA 5KZTA 5I56A 4R74A 5L9SA 3N94A 1LBCA 3UN6A 3GBBA 4OEVA 2XXXA 3H6UA 2G29A 1MPBA 2RC8A 4H5GA 4N13A 2P2AA 3RQTA 1UIUA 3FIRA 4NE4A 1B40A 3DM0A 1US4A 1H45A 4BDNA 1IXHA 4DZ1A 4QSEA 3KN8A 4YMAA 4O3BA 4LZ7A 4OERA 3HHGA 3H6WA 4DCXA 1ANFA 3IO6A 1JQFA 2V25A 3PUWE 4DDDA 2FYIA 3LR1A 3UA8A 1OLAA 4KFQA 1JEUA 2OCUA 1B3FA 4U2RA 1A54A 4OETA 1ZLQA 1A99A 2REGA 3FVNA 4OXVA 2UVIA 2XX9A 1B32A 3HSTA 3IL1B 3T66A 1Q1KA 3A3UA 3VVEA 2DWJA 4U23A 1SYHA 3K6VA 2F8DA 3KFMA 4R9GA 4F3SA 1MXZA 1B3LA 3CSGA 1B3GA 2F78A 2OJTA 1DPPA 1DTZA 3H7MA 4ZEBA 4I9DA 3RTFB 5I58A 1EH3A 3O6HA 4GD5A 2V3UA 2ONSA 3T9XB 4IO5A 3QK6A 1A7LA 2DWHA 2KLFA 1JW4A 1FQAA 1YCJA 1SQYA 4OEUA 5ITOA 5H8NA 2UYEA 1QUJA 1MY0A 4YB7A 3WAFA 4NEDA 4MLVA 4GQOA 2Y7KA 4YB6A 1QUKA 3G3FA 4F22A 1Y3PA 3FV1A 2ZMBA 4O3CA 3KG2A 3CSBA 3M3FA 3K6WA 4ZZEA 3HCQA 1MPDA 3IAZA 1I6BA 3TQWA 4R2FA 2QPQA 5JEIA 5JK4A 2HAVA 4RY1A 3KGCA 3PPRA 2H5YA 5CC2A 4P0GA 2VD3A 2NWJA 3TTNA 4DXBA 1B46A 5IAIA 2X7QA 2CMOA 1Y20A 3BBRA 4F19A 4LQ5A 2I0BA 1ZU0A 1UTHA 5HPQA 3MQ9A 3MP1A 1DTGA 1MY2A 3TTRA 4AB6A 4R9FA 5CBSA 5EHSA 4ECFA 4FEDA 4G8HA 2IA4A 1LBBA 3QYTA 1B0LA 1QJMA 2XXUA 1S9TA 4PQJA 1H76A 5DT6A 3VDFA 3MZBA 3QXMA 1XVXA 4YU0A 4U22A 4X1BA 5JTYB 3OO7A 4BDRA 1PBQA 3MAMA 3E9XA 2H4IA 3CFZA 1N7XA 2VHAA 1URGA 2NOOA 5HBCA 3U8QA 3U94A 2DVZA 1MQJA 3GBAA 4ZECA 4OZ9A 2Y84A 2RCBA 1B5JA 1GGGA 3MBPA 3RT6B 3CRBA 4RNSA 2XX7A 1GR2A 2XD2A 5KCJA 1FCKA 3T22A 2DE3A 2X7PA 2YJPA 2O84X 5CMCA 3EHSA 4MBPA 1NMUA 3KJTA 2HCAA 1ZKBA 4KHZE 2V3QA 1B6HA 3DELB 1H44A 1EU8A 2XD3A 4TLMB 4ZDMA 4MFIA 2ZNUA 1TT1A 3K00A 1HSJA 4HCWA 2FNCA 4ZS9A 3LBSA 4DXUA 3TUSA 1Y3QA 3RPWA 5I58B 4R6YA 3K2DA 3TKDA 2P0SA 2GHAA 3MVWA 3CI8A 5DVFA 1J1NA 1Y4CA 3CFLA 4PFUA 2ZXTA 3S9NC 1OQGA 3IORA 3LSXA 1H43A 2GH9A 3QAXA 1NKXA 2HZKA 4HCYA 1LB8A 1PC3A 3KSJA 4NF5A 3C9HA 2Y7RA 4P0IA 3E4RA 3TQLA 1ZMGA 3G3KA 3LSFB 4E0XA 4POWA 1MY3A 3Q29A 2XXHA 2ZYOA 3OD7A 2VOZA 1FTJA 3K6XA 5DVJA 1QULA 3OMBA 2O69A 2RC9A 4IO2A 3B7DA 2R6GE 3T9VA 2OZZA 3K0VA 5I2KA 1ZBMA 4GL0A 1AH5A 3TEPA 1WDNA 3SDFA 2HZLA 5FHMA 1UQWA 1OVBA 3LUYA 3KN3A 1B58A 3B6QA 2H98A 4WKMA 4HS7A 3K02A 3O29A 1SDXA 2UVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P11A 5I2NA 5AE4A 2XXKA 3FJ7A 5TPAA 2Q9TA 2ESNA 3TCGA 1EYKA 3OELA 4GWXA 2R71A 1D9YA 2DS9A 5J1DA 2NUVA 4H65A 3RY3A 3GLBA 4M4GA 5ICQA 1LBZA 1FPIA 1FBPA 5AA1A 2PT1A 4MEVA 1LCFA 4EXKA 1FQBA 1IMCA 5FHOA 4P3LA 3HN0A 1P1WA 1JETA 1GTKA 1B52A 5I57A 1B7ZA 1NV2A 4HW8A 2AL5A 3FXRA 2I4BA 4QFOA 4LONB 3FBPA 3FVKA 3PU5A 1MPCA 1M5FA 1M5BA 4QFPA 3KZGA 3R7XA 4ZEDA 3S2VA 1B0HA 3MZ9A 3OSQA 2XXQA 4ESWA 3AXFA 4AS4A 3USDA 2F35A 3OEKA 3O9PA 5H8FA 4LQ2A 5H8HA 3KC1A 1D4NA 3UIFA 1MRPA 1NH7A 1I69A 3N26A 2QFLA 1P99A 3ZKLA 4C0RA 4G4PA 4NTLA 5CMMA 4U1ZA 3FXQA 2AL4A 4GRKA 2GRVA 4OVSA 5EYFA 4JXIA 2E1SA 1F9BA 5KDTB 3FD3A 1FPEA 4IO4A 3CIJA 4F3BA 1FTLA 3D4GA 4R6KA 1VDWA 4PE5B 3IO4A 4U21A 1M5EA 1LLSA 2CEXA 1XI6A 4DE8A 4X9TA 2DVCA 1MXYA 5L9MA 4XIGQ 3PMXA 2X26A 4F1YA 3ONMA 4MMPA 4QFLA 1YAEA 2XXPA 1LSTA 3N6TA 2QVUA 4OMBA 1A40A 1FW0A 4C1UA 1B05A 1II5A 5ITPA 3K1PA 3S4UA 3DP4A 4RA1A 3VE1B 4TQUQ 4NHBA 1MDP1 2Q8JA 2RINA 1I6QA 4KR5A 4F3GA 1OMPA 2XXVA 4N07A 1TFAA 1US5A 2H25A 2UXAA 4Q8RA 4PFYA 3A29A 3Q25A 4I1DA 4MH5A 4QFNA 4U4SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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