4R9FA

Cpmnbp1 with mannobiose bound
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
KQVVLTLWYPWAGPDGDAVVSLAKEYSKTHPNVQIKAQMVSGAGIAATQGGGQGKFLSAVAAGNPPDLVLYWGQDALPGLADQGAIIPLDDYLKDVDTSKFFEAAYNAMKYKGKIYGLPEMVNVRVLFWNKDLFKQAGLDPNTPPKTIAELDQMAAKLTKTKNGTIEQMGFIPWIGQGVPHVMAGVFGTSLVDSNGNPILSPDKNPQLLNLLKWEVSYSDKYGAMNINKFIAGMSQNSSQANDPFVLGKVAMMISGEWQINANKQYNPKLNFGVGPIPQAPGGKPMPSLMDGNTWMIPKGSKHPQEAMDFIKWTMDPQRIADTADKVYNIAPIVEAAKIQKLNNDPYFKEVLNVAQKGSIYYTPAAKGMLSTETAANNAFQAAQYKKSTPEQALKNAQAEAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Biochemical Basis for Mannan Utilization by Caldanaerobius polysaccharolyticus Strain ATCC BAA-17.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MBP1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Caldanaerobius polysaccharolyticus
total genus 116
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r9fA01
4LZ7A 3FVNA 4G4PA 5ICQA 4DXBA 4R73A 1B58A 2AL5A 1UIUA 3E13X 4QFKA 5L9SA 3H3GA 5M2VA 1NNPA 3D4GA 4GOTA 4O3AA 1AL3A 1SBPA 4EXLA 4PP0A 2F5XA 3C9HA 1OLAA 3TCGA 4ESXA 2H25A 4FECA 2F6PA 4EXKA 2H98A 1I6QA 1GTKA 3FVKA 4AB5A 3CRBA 3T9VA 1B3EA 4PFTA 4DCXA 2E0SA 1R1NA 2O1LA 3OOAA 1B1HA 2IEEA 3IO4A 3R6UA 3VLUA 5JTYB 4GD5A 3TTMA 4DIGA 1B6HA 2QPQA 2G93A 3HN0A 1R6ZA 2GHAA 5I59B 2UVGA 2UYEA 5I2KA 4X9TA 1OVBA 1I69A 3BBRA 2V3QA 1P1OA 5AA2A 4C1UA 3S4UA 1WVJA 3RTFB 5TPAA 2RINA 3MVZA 1ZKBA 1GV8A 2PT2A 2Y7IA 2XXXA 4YB6A 2QRYA 5FTIA 5FTHA 4M1VA 4UA8A 3ILUB 2GFEA 2DE4A 4JSDA 3AXFA 2Q88A 3QUFA 3W9VA 4JB7A 1A7LA 4FEBA 3N26A 4KQPA 2XXIA 1TFDA 3UA8A 2PMSA 2F8DA 4DCYA 1SYHA 4XTCQ 5AA2D 4O3CA 1QULA 3IOVA 1H3DA 2ZNUA 3K6UA 4NF4A 3H4ZA 3MAMA 2YPNA 3TYHA 3HCQA 4OETA 4OFLA 1FTJA 3RT8A 3N94A 1MQGA 5BWJA 1JW4A 3PMVA 3UIFA 2XXUA 2XD3A 3IB0A 3VE1B 4PQJA 4XKNA 1Q35A 3PUZE 1PB7A 1S50A 2Y7KA 2DOJA 3KN7A 1FQAA 1FQBA 1H44A 1TXFA 1JNFA 3ZKKA 3QYTA 3MWBA 1UTBA 4U1ZA 3SESA 2YLNA 5I58B 1FQDA 1B05A 4I1DA 4H1XA 4F3BA 2D21A 3G3KA 1LLSA 3C36A 3PD9A 4U22A 2ZNSA 4ZS9A 3TMGA 1Z7ME 1DPPA 3GBBA 1MPBA 1A8FA 3IO6A 1URSA 1UIVA 5DYHA 2PVUA 1R9QA 4EDPA 1URGA 4MF3A 4ZEFA 4EQ7A 2NOOA 3H6TA 1EH3A 4HCWA 1MXYA 3KFMA 3FXRA 1FQFA 2NVUB 3DP6A 2QJEA 1B40A 4U4SA 3PUXE 3H6VA 4E0XA 1MM6A 4MFIA 2XXTA 4QSCA 1XVYA 3UK4A 3IOTA 1URDA 5AA4B 5DT6A 5F1QA 3MW0A 1WODA 4M4GA 1VE4A 5FHOA 1H43A 2I0CA 2OLBA 3FASA 4I62A 1UTBB 3IB1A 2F36A 3OO6A 4Q5TA 1S9TA 1ANFA 1SW5A 2UXAA 4JWYA 3FV2A 4R9FA 1LAXA 2XXWA 2H5YA 1B7ZA 2ZXTA 2GH9A 3WAFA 1RYXA 1N76A 1AH5A 4KYEA 4OTEA 1M5EA 3H7MA 2UYFA 2HZLA 3Q25A 2ZYMA 4QRZA 3OO9A 1MDQA 4YMAA 2OBGA 1B4HA 4C1TA 1MXUA 4G68C 4F22A 5L8DA 4OXVA 3MPKA 4ELPA 2I49A 1LCFA 2VD2A 3UP9A 2O68A 5CBSA 5H8QA 1B7UA 1D3KA 4TLLB 5AA3A 3R7XA 1QUJA 3E9XA 2R6GE 2V93A 4OENA 3G3HA 3O2AA 3GZGA 1LB8A 1F9BA 4PE5B 2VHAA 3LSWA 4R6YA 4H6DA 1I6BA 5KDTB 4G77A 1BLFA 1NNTA 1QUKA 2H4IA 4KYDA 3T9XB 2A5TB 5KZTA 5K2YA 2O7IA 3BKIB 2H9BA 3MQ9A 2F7BA 4IO2A 1HSEA 4K3FA 3U1OA 5BUUA 1AOVA 2REGA 4POWA 4IO7A 4BDRA 4F3PA 1D9VA 3K2DA 2F97A 1B32A 2HAUA 4MH5A 1B52A 1J1NA 4FORA 3QXMA 1XC1A 2B3FA 4FJPA 3U92A 1D9YA 3SERA 1Y3QA 2X7QA 3FIRA 2A5SA 2W7YA 1LFGA 3TQWA 1DMBA 3TCHA 4POXA 3ONMA 4OVJA 2QS1A 4UACA 2F78A 3DLNA 4AQ4A 1PC3A 2VD3A 2Y7RA 1MXWA 3QUJA 1N7XA 3FD3A 2F7CA 3UN6A 1QW0A 3M3FA 1N84A 2O1MA 1LB9A 1MXXA 4GFRA 4U2RA 1ELJA 5EHMA 4ZEIA 1GGGA 3U72A 5H8SA 2Y7PA 4U4XA 4ZZEA 3SEVA 2Q8JA 1H76A 3GXAA 5JTYA 1EZ9A 4H5FA 3EQ1A 1A99A 2DWHA 5TP9B 5I59A 3SEXA 2QL3A 2O7UA 1R9LA 1JW1A 1B3HA 3MUQA 2NXOA 2XXYA 1PBQA 4XKPA 1QKBA 1PBPA 2I3WA 1Y3NA 2Z8EA 4F19A 1S7YA 4OQOA 3PUWE 4GL8A 4F3GA 1USYH 4IY6A 4QHQA 1MQHA 4KFQA 4RK2A 1BIYA 4NF6B 3C32A 4P11A 2V25A 4NWDA 3RTWB 1B7HA 4R6KA 1MY1A 3BFUA 1JEUA 3PV0E 1JW5A 4OEUA 3K1PA 3D4CA 4F2QA 3O6HA 3MZBA 4OYVA 3MZ1A 4KR5A 1PDAA 3G7WA 1B3GA 2G29A 4H0WA 1Y9UA 3IX1A 4C0RA 4QFPA 3TAJA 1QJMA 3TELA 4KD5A 5I84A 3TZAA 3FVOA 3CFZA 4JWOA 4IO3A 1H45A 5F7VA 1SVXB 2HQ0A 3EN3A 4N13A 4TQUQ 4U21A 1IEJA 2DE3A 2Z8DA 5CMKA 3K1NA 5AE4A 5DVIA 4Q8RA 2DXYA 1B0LA 5ELVA 2DP8A 2DQVA 2CMOA 2Z8FA 1LBCA 4ELRA 3CFXA 1NFTA 2ZMBA 5I58A 3O97A 5CM6A 3HV1A 4Q30B 1DOTA 4FE8A 4IY5A 3RY3A 3C33A 3VDFA 3WAEA 4JSOA 3OSQA 1TWYA 1P99A 2HCAA 1JQFA 1EZOA 1N3XA 1LAHE 1MH4A 4YMBA 4U1OA 4YB7A 1Z7NE 4LZ5A 1EU8A 3QSLA 3VLVA 3QAXA 4F18A 3KN3A 1FTMA 3SDFA 1LFHA 1VR5A 4NEDA 2VGQA 2NUVA 4OMBA 3MZ9A 4R9GA 3LSLA 1VSOA 1ZJLA 4OWDA 1Y20A 2XX9A 3QIMA 1DTZA 1XT8A 1TFAA 5TU0A 5JEIA 3S9NC 4R72A 4H67A 3THIA 1GVCA 5AA4A 4BLAA 4WXJA 4X48A 3K00A 4QSDA 2I0BA 2F34A 3VXCA 5CC2A 5L9MA 1B46A 2RC8A 1SI0A 2DWAA 1CB6A 1MQDA 4F3SA 3E4RA 2XXPA 2HXWA 5DEXA 4H65A 3RGYA 2X7PA 5IKBA 2PYYA 2OCUA 1NKXA 1A55A 2F7AA 2GRVA 3MJNA 1GR2A 1B5JA 2DVZA 1ZU0A 1FQCA 3USDA 4E0WA 4IO4A 2QS2A 3O66A 3Q29A 3KEIA 1B51A 1N3WA 2QSXA 1XOCA 4H8JA 4R74A 3FZVA 1OQHA 4ZZAA 2DSFA 1A40A 5JK4A 1B9JA 3TDJA 3TTKA 1IXCA 3L6HA 3OO8A 3VV5A 1FTLA 3EF7A 4RA1A 2HEUA 1SDXA 3K4UA 3PPOA 3LC8A 1IIWA 1FQEA 5H8HB 3MC2A 3K6VA 3S9LC 2XX8A 4EQ9A 4G8NA 3EHSA 3RNNA 2ABHA 3TUSA 3HO7A 1MG1A 5ICTA 3LR1A 2RF1A 4RK9A 4YKPA 3U94A 4PFYA 3PPNA 3O29A 1OIBA 5KDTA 4NF8B 4L17A 3O9PA 4LVQA 1IQ7A 2A5TA 3O28A 4OERA 3HHFA 2UVJA 3SEUA 3H6WA 2XXRA 5DEXB 1BKAA 2OZZA 5I2NB 3C4MA 4YB5A 3CSGA 1OQGA 1US4A 3G3GA 1NH8A 3I6VA 1Y1MA 4MLVA 3KG2A 3OEMA 1M5BA 3IOUA 2YJPA 4KPTA 3SKPA 4YZZA 1BP5A 1NNKA 2HZKA 2OWTA 2XXHA 4F1UA 3PU5A 4KCCA 4DXCA 4G68B 3VLWA 5I56B 3A3UA 2RKMA 2DE2A 3CSBA 1LAFE 3TKDA 1AMFA 2Q2CA 4MBPA 3LSFB 1SD3A 4WEDA 1HSJA 4XXUA 4ZEKA 1I6AA 1MXVA 3VXBA 5KCJB 1SW4A 3TQLA 1ZLQA 1RYOA 3CIJA 3IB2A 4R2BA 3FJMA 3O6IA 2I48A 4F31B 1P1WA 3IORA 4F29A 3ODBA 1LGBC 1US5A 2P2AA 3O6GA 3OO7A 3JZJA 3ZKLA 4QFNA 4LQ2A 4YU0A 2DS9A 3IJOB 1M5CA 4GXSB 2XX7A 3B6TA 1P1UA 3B6WA 3KGCA 1MPCA 3E3KA 2B65A 4QF9A 3MP1A 3T9HB 5TP9A 3CR9A 4G8HA 2ONSA 4LUBA 3KN8A 1PB9A 3Q27A 3UORA 2O84X 3RPWA 3K0VA 1JEVA 3ZS6A 4DLDA 2P0SA 1Y4CA 2P1SA 3PPQA 4NF6A 1IXGA 5A5XB 2XXQA 3KZGA 4OEVA 1ZBMA 4LQ5A 4N6PA 3OELA 4BDNA 3H03A 3MBPA 3DM0A 3EHUA 3RUMA 3MVYA 2PT1A 1MH3A 2FYIA 3KJ7A 4OFJA 4TLMB 3PUVE 1TT1A 3TCFA 1IXIA 4BDLA 3V89B 3FJ7A 1OLCA 3C34A 4ZEBA 1VFEA 3TFLA 2QS4A 5K2XA 4U23A 4ECFA 4JXIA 3A3CA 5IAIA 4F2OA 1KWHA 2Q2AA 1MQIA 5ITOA 3H06B 3FVGA 2RCBA 1N04A 3HSTA 2D5WA 3RT6B 3V8XB 3IOWA 4OFOA 3VVFA 3DP8A 1PEBA 2ALUA 4O3BA 5I57B 1IUDA 2I4BA 1HSLA 4LONB 2D3IA 2I3VA 4HTGA 1OVTA 3CG1A 1N0TA 5DVFA 3CG3A 2ONRA 1O63A 3IAZA 3H6UA 4FAJA 3V5AA 5CI5A 4EQBA 2I6EA 1POY1 3EPEA 4ELQA 3T96B 2THIA 5FHNA 4YICA 1T0KA 1Y1ZA 1B4ZA 4DDDA 2NWJA 3UGWA 4DZ1A 4GIZA 3MP8A 3MVXA 4GF8A 1DTGA 3TTLA 3N6TA 4HW8A 1FTOA 4GXAA 4EF2A 4HCYA 4PFWA 1N7WA 3OXNA 4IGRA 4RXLA 3T22A 2KLFA 3JV9A 3MP6A 4EF1A 5H8NA 1NH7A 2Q9TA 5EHSA 2O6AA 1II5A 3K6WA 3FUZA 3FJGA 4RJZA 2VOZA 2FA7A 4NTLA 1SW2A 3TPAA 1JVYA 3TTNA 1UTHB 2DVCA 2O69A 4NMYA 3S9MC 4GL0A 1IITA 4KHZE 1SYIA 2ZYOA 2RC9A 4H8IA 4RPNA 5DTBA 3DP4A 5HM4B 4IO5A 3G3FA 5CMMA 5H8FA 1B0HA 1USYE 4IO6A 4X1DA 3OENA 1MS7A 3I5OA 4FATA 4XKQA 2UVIA 1LFIA 2H99A 2ZYKA 3TEPA 3CVGA 4JBZA 3IR1A 3F11A 4LZ8A 2ESNA 3RLFE 2CZLA 3KSXA 1FW0A 3U93A 4N07A 3C31A 5H8HA 1XVXA 2DYXA 3PD8A 1WDNA 2PX1A 4R6HA 5H8NB 5ISUA 2XXVA 2RC7A 4ESWA 2AYSA 4GWOA 4RY1A 4R2FA 2V3TA 2R9JA 2LAOA 2QS3A 4KCDA 3PMWA 1D4NA 4NE4A 5CRYA 4THIA 3N5LA 4NF8A 3OD7A 2AIXA 5I2KB 5EYFA 3CI8A 2Y84A 2Y7WA 2ZNTA 5AA2B 3N6UA 3FV1A 4Z0IA 1NL5A 1MM7A 1B3LA 4RPOA 5TPAB 4ZE8A 5I2NA 2XD2A 3Q28A 1ZIUA 3PPPA 3TODA 1QUIA 5H8FB 3DELB 5L9OA 1DSNA 1YAEA 2OWSA 4PFUA 3KJTA 3TTRA 1B1XA 1CE2A 3SEWA 4G68A 3FXQA 5CMCA 5I56A 3FGSA 3G3IA 3GBAA 1UQWA 4JDFA 2X26A 4FIMA 1JVXA 4YAHX 3VVDA 3C35A 4Q0CA 2BJJX 1O64A 3K02A 4QFLA 3OEKA 3CFLA 1P1QA 4GVOA 5AA1A 1LCTA 4OESA 1AIVA 3FXUA 4OHNA 4AB6A 1B2HA 2M8CA 3BFTA 4P0IA 3IL1B 4NF4B 3T93B 4JWXA 3KBRA 2IA4A 5KCJA 1QKAA 3PPRA 1SI1A 3SETA 2V3UA 1NMUA 4RYAA 2ANJA 1Y4TA 3VVEA 1POTA 4BDMA 2OK2A 1MPDA 3JYRA 4OZ9A 1IXHA 2QMXA 3PGFA 2REJA 3MVWA 3VFJA 2HAVA 2GHBA 3K1MA 3K01A 4NWCA 4ISUA 1EZPA 4GRKA 4TOZA 1LSTA 3T66A 4Z7EA 2ONKE 5HBCA 4F39A 4XIGQ 1PB8A 3R26A 2OJTA 2DWJA 4IGTA 2FNCA 3LUYA 4LATA 5LOMA 4X1BA 2DWIA 5HPQA 5B70A 4WKMA 1MY2A 3ZSFA 3ECRA 2VP1A 3I3VA 1MXZA 4ND9A 4YKKA 3P7IA 1XHYA 4DE8A 4DXUA 3T9UA 2XHDA 4GQOA 1DPEA 5ITPA 4XKRA 1YCJA 4MLQA 3IK6B 5A5XA 4ONYA 1YTVA 1YPNA 3KOSA 3M3LA 4G2ZA 2PBWA 3EHTA 4G8MA 1ZMGA 4ZECA 2AL4A 4I9DA 1ZTYA 2UVHA 3OSRA 1OMPA 2I4CA 1M5FA 3M8UA 3U8QA 4F1VA 4GLIA 1A54A 3FATA 4FEDA 3HPIA 3Q26A 5B7DA 2V84A 4H5GA 1MY0A 2F35A 2Q89A 2Z23A 3KSJA 1SW1A 5CMBA 3ILTB 1NNFA 1MRPA 2RCAA 2DXRA 3RN8A 3W15C 2HFBA 4ZDMA 3SEYA 4QSEA 1FCKA 3RQTA 5DVJA 1ATGA 1MY3A 3B6QA 4R75A 5I57A 4I8CA 1MDP1 2I58A 3IJXB 3QK6A 3M3KA 1BTJA 2E1SA 1Q1KA 4YKIA 1XS5A 3S2VA 1B3FA 3PUYE 1P1NA 4KI0E 5J1DA 1FTKA 2WKYA 1LBBA 2ZYNA 1MY4A 2QMWA 1M5DA 5H8QB 4NF5A 1A8EA 4WEPA 3K6XA 1B5HA 4LP2B 1L5TA 4F1YA 4LA9A 2B3BA 4HS7A 3L6GA 4KYSA 3LBSA 4QFOA 3PMXA 4ZEDA 1MQJA 1IZ1A 1VFDA 1Y3PA 4P0GA 5FHMA 5CBRA 4BDQA 2Z22A 1O7TA 4BDOA 1JETA 3MPLA 2O51A 3W9WA 3HHGA 4EUOA 3GLBA 3OMBA 4RNSA 4IB2A 1RKMA 3KOTA 1SQYA 4ZE9A 4PETA 3S9EA 1UTHA 4YKJA 3B7DA 3LSXA 3G3JA 1QVSA 2F6GA 2R71A 4ELOA 3V83A 3A09A 1B5IA 1LAGE 4NF5B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZ7A 3FVNA 4G4PA 5ICQA 4DXBA 4R73A 1B58A 2AL5A 1UIUA 3MYUA 3E13X 4QFKA 5L9SA 3H3GA 5M2VA 1IMEA 3E78A 5ET8A 1NNPA 3D4GA 4GOTA 4O3AA 1AL3A 1SBPA 4EXLA 4PP0A 3CHGA 2F5XA 1KZ8A 3C9HA 1OLAA 3TCGA 4ESXA 2H25A 4FECA 2F6PA 4EXKA 2H98A 1I6QA 1GTKA 3FVKA 4AB5A 3CRBA 4AS5A 1NUWA 3T9VA 1B3EA 4PFTA 4DCXA 2E0SA 1R1NA 1D9QA 2O1LA 3OOAA 1B1HA 4GWWA 2IEEA 3IO4A 3R6UA 3VLUA 5JTYB 4GD5A 3GYYA 3TTMA 4DIGA 1B6HA 2QPQA 2G93A 3HN0A 1YXIA 1R6ZA 2GHAA 5I59B 2UVGA 2UYEA 5I2KA 4X9TA 1OVBA 1I69A 5EQ9A 3BBRA 2V3QA 1P1OA 5AA2A 4C1UA 3S4UA 1WVJA 3RTFB 5TPAA 2RINA 3MVZA 1ZKBA 1GV8A 2PT2A 2Y7IA 2XXXA 4YB6A 2QRYA 5FTIA 5FTHA 1LBZA 1FJ9A 4M1VA 4UA8A 3ILUB 2GFEA 1NUYA 2DE4A 4JSDA 3AXFA 2Q88A 3QUFA 3W9VA 4JB7A 4MNIA 1A7LA 4FEBA 1IMCA 3N26A 2WEFA 4KQPA 4NAPA 2XXIA 5EQ8A 1RDYA 5ET5A 1TFDA 3UA8A 2PMSA 2F8DA 4DCYA 2XWIA 1SYHA 4XTCQ 5AA2D 4O3CA 1QULA 3IOVA 1H3DA 2ZNUA 3K6UA 4NF4A 3H4ZA 3MAMA 2YPNA 3RPLB 3TYHA 3HCQA 4OETA 4OFLA 1FTJA 4PFRA 3RT8A 3N94A 1MQGA 5BWJA 3RYDA 4GX4A 1JW4A 3PMVA 3UIFA 2XXUA 2XD3A 3IB0A 3VE1B 2QVUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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