4RJZA

Crystal structure of atu4361 sugar transporter from agrobacterium fabrum c58, target efi-510558, an open conformation
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
VTLTLWSLDRDIQPAPNLIKEFNALNNGIKIEYRQLQFDDVVSESMRAYSTGNAPDIIAIDNPNHAMFASRGAFLDVTDMIAKSDVIKTENYFPGPLKSVTWDGKYFGVPKATNTIALYYNKDLFKAAGLDAAKPPQTWDELVDAARKLTNPAKNVYGISFSAKANEEGTFQFLPWAQMAGATYKNINTDGAVKALETWKTLLDEKLASPDTLTRSQWDSTATFNAGNAAMAISGPWEIDRMLKDAKFDWGVTLLPVPTPDAPRSSAMGDYNWAIFSKTKHPAEAFKAIEFFASKDKDMFKNFGQLPARSDIPVPPTGNALKDEALKTFVEQLKYAQPRGPSPEWPKISKAIQDAIQGALSGQMTPKAALDQAAEKIKLVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Maltoside Transporter ATU4361 from Agrobacterium Fabrum, Target EFI-510558
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum
total genus 126
structure length 382
sequence length 382
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rjzA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rjzA02
3TTLA 4R72A 1TT1A 1I6QA 4HCYA 4YKPA 4IY5A 1Z7NE 4F1UA 1LAFE 3BBRA 4H5GA 3S9MC 1EH3A 1H43A 2ANJA 1M5BA 2UYFA 2DE4A 1FTLA 1Q35A 5CMMA 2I0BA 1SI0A 1N0TA 1JQFA 3PV0E 4PFYA 4ELRA 3TQLA 5H8QB 1WVJA 4LP2B 4KYEA 2X26A 4IGRA 4YMBA 4GRKA 3SEUA 3IOTA 3DP8A 1EZPA 4ZZAA 5IAIA 2RINA 3FD3A 4DDDA 1QVSA 1ZLQA 1B32A 5AA1A 1GVCA 1XS5A 3I3VA 2A5TA 2R9JA 4FEDA 2Q89A 2XXRA 2P0SA 2HEUA 4GQOA 3WAEA 1B5IA 4KD5A 4DXBA 4C1TA 3S2VA 3PD9A 1AMFA 2A5SA 3PUVE 3LSLA 1LFHA 3OELA 3K1MA 3PPOA 3CIJA 2CMOA 3K6VA 5I2NB 1URGA 3T9UA 1UTHB 5AA3A 3PUWE 3OO9A 1LAHE 3H6TA 1QUKA 1IXCA 4QFPA 4IO4A 3LUYA 3RN8A 3KOSA 1SYHA 4I62A 2ZXTA 1MQDA 3F11A 3IK6B 5JTYA 1ZTYA 1B46A 3JZJA 3MP6A 2F7BA 3H6UA 3MW0A 4YZZA 4XKPA 1R9QA 3Q27A 1H3DA 5I2KA 3MWBA 3VV5A 2VGQA 3O28A 2XXHA 3R26A 1TFAA 1UTHA 3LSFB 4EQ9A 5B70A 2M8CA 3QSLA 3QXMA 1SW2A 2V3QA 3HHGA 2QPQA 3E4RA 3MUQA 4X48A 2DS9A 2ONRA 2ALUA 1MY4A 3CSGA 4X1DA 2B3FA 1FW0A 1MXYA 3HN0A 1HSJA 2ZMBA 1VSOA 1QKBA 5L9SA 3EPEA 1B7UA 1YTVA 4OVJA 2PVUA 5K2YA 2ESNA 3HO7A 1MM7A 1R1NA 2H98A 4EQBA 1JETA 3M3LA 5DVJA 3K1NA 2D21A 2RC9A 1NH7A 3SESA 2ZYOA 3TDJA 4RXLA 4OQOA 3H6WA 2PX1A 4OESA 3HV1A 3G3JA 2DWAA 4RJZA 5AA4A 3RTFB 1QW0A 3MPLA 1LBCA 3W9VA 5CM6A 1GGGA 3E13X 4RK9A 4UACA 3LR1A 1ATGA 2HZKA 3JYRA 4OENA 3C33A 1P1WA 1USYH 3IOWA 3T22A 3TCGA 4WEPA 4GFRA 1B3EA 1MPBA 3HHFA 3K01A 4ZEIA 5I58A 1WDNA 3O6GA 1Y3NA 1Y1ZA 4MLQA 5FTHA 4ZEFA 3RY3A 4FATA 4R75A 4I1DA 4WKMA 4DE8A 4QSCA 2DOJA 4KPTA 1DTGA 1PB8A 3T93B 2RC8A 5KCJB 3M3KA 1JEVA 4NF6B 1B4HA 3KN8A 4F1YA 2GFEA 1XC1A 4AB5A 4OERA 1S9TA 2VHAA 3QIMA 5TU0A 3VVDA 1IITA 3FXRA 5KCJA 4U23A 3G7WA 4LATA 3VDFA 2GRVA 3T9VA 3TCHA 2Z22A 2R71A 4TLLB 5H8HB 1T0KA 3DP6A 3K02A 5TP9A 3IB1A 1LFGA 3EHUA 1SDXA 1R9LA 4G8NA 4YKKA 3MAMA 2AL4A 1MY0A 5FHOA 2I3WA 4HW8A 1II5A 3TTKA 4FIMA 4ZZEA 1B1HA 2QL3A 3MC2A 4KI0E 2G93A 4XKQA 3W15C 4F2OA 5H8HA 2Z23A 4X1BA 2DXRA 2D3IA 2ABHA 2QS2A 1BP5A 3SEVA 1B05A 4N6PA 2O1LA 1PBQA 4JDFA 2CZLA 4GXSB 1OLCA 2ONKE 3GLBA 1BTJA 5H8SA 3B6TA 4OEUA 3S9LC 4NE4A 3PGFA 4JWXA 1P1QA 3V5AA 3K1PA 3BFUA 4G68A 3SETA 1Y3QA 2F78A 5CMKA 3FUZA 2F7CA 1MQIA 4ZEDA 4DCYA 2IA4A 2HAVA 4H8JA 1FTMA 1OLAA 4F31B 3KBRA 2V3UA 3MVZA 3BKIB 5CC2A 4MBPA 4AB6A 3ILUB 4C0RA 2DWHA 1MDQA 1MM6A 1UQWA 2OLBA 3IB0A 2QS3A 2NXOA 1B1XA 5CBSA 3GBAA 3KN7A 1MPDA 2ZYNA 3CSBA 3CRBA 4ELOA 5I84A 3EQ1A 4Q8RA 2HQ0A 4KR5A 1US5A 1SW1A 3RPWA 1UTBB 2ZYMA 2RF1A 1DPEA 3VLUA 3KJ7A 1OQHA 1PEBA 1ZU0A 4TQUQ 3B7DA 1B40A 1OVTA 3K2DA 1LCTA 3C32A 3LBSA 1EZOA 1MXUA 3UK4A 4R73A 2XX7A 4OZ9A 5ICTA 1NNTA 3UIFA 1R6ZA 3EHTA 3TMGA 2O68A 3IO6A 1B3LA 2V93A 4OFOA 3VLVA 4NF5A 3TKDA 4R6YA 1I69A 5DT6A 2I48A 5A5XB 4OETA 3G3KA 3OENA 4R74A 3TAJA 5ELVA 2UVHA 3IORA 3DELB 2QSXA 3FGSA 5M2VA 3G3GA 3KOTA 4Q0CA 2VD3A 4ZE8A 2O1MA 5L9MA 3QUFA 4DXCA 2XX8A 4LQ2A 4ND9A 4H8IA 2Z8DA 3MZ1A 2PMSA 4TLMB 1NMUA 3OXNA 2HXWA 1B3HA 3K6UA 1LBBA 2O84X 3IX1A 3SDFA 3FV1A 4EQ7A 2I49A 3FXUA 4LVQA 4MF3A 1JW4A 3RNNA 4EUOA 5H8QA 5B7DA 3ILTB 2UXAA 3SKPA 1MXZA 4NEDA 3OO8A 3PUZE 3QAXA 4U21A 3MVWA 4G77A 1SBPA 1O63A 2XD3A 2DSFA 1BKAA 4I8CA 3VVFA 2XXXA 4GWOA 5F1QA 2OWTA 1LB8A 1WODA 3Q28A 4R6HA 1TFDA 3O2AA 4IGTA 4F22A 3H3GA 4BLAA 4XKNA 1LB9A 2UVIA 1JW5A 1LFIA 3TTNA 5I2NA 3E3KA 1RKMA 4KHZE 1KWHA 4RPNA 1B7HA 3CFZA 2Z8FA 2NWJA 1PBPA 2REGA 3O66A 4OMBA 4OFLA 3N5LA 2H25A 3W9WA 4QHQA 5DVIA 4O3CA 4BDQA 1ZJLA 5ISUA 4GIZA 1MH3A 5FHMA 2D5WA 3U93A 4FJPA 1N84A 2H4IA 3A3CA 2Q9TA 2AIXA 4F3PA 3K6WA 2QS1A 3SEWA 1SVXB 4LQ5A 4NTLA 3IOVA 4OHNA 4F1VA 1JNFA 1I6BA 4HS7A 4IO2A 3TYHA 4F18A 3OMBA 4BDNA 2V25A 3Q26A 1MXWA 3MVYA 2XHDA 1Z7ME 1FQFA 4KCCA 4LZ5A 4LA9A 3Q29A 3VFJA 4Z0IA 2PBWA 4GOTA 2HZLA 5H8NB 3ECRA 4IO7A 3MZBA 1B3FA 3PPQA 2THIA 2V84A 4NF4B 2REJA 4QFKA 2F8DA 5J1DA 3VXBA 3B6QA 4PE5B 1MS7A 2F7AA 2Z8EA 3V8XB 4HTGA 2DWIA 5KDTB 2O51A 1PB9A 5H8NA 1FTOA 4P0GA 4U22A 3RT6B 3QK6A 1LAGE 4JBZA 1NFTA 2QS4A 4ZDMA 2RCAA 5TPAB 3TELA 4H0WA 1SW5A 2OBGA 5DEXB 3C36A 4H6DA 4LONB 2O7IA 4MLVA 4WEDA 3MVXA 4EF1A 1URSA 2XXVA 1N76A 1ZIUA 2Y7KA 1FTKA 2I6EA 2ZNSA 1XT8A 5BWJA 3IR1A 3T96B 1US4A 4E0XA 1N3WA 1VR5A 3PU5A 4NF6A 4K3FA 1PB7A 1POY1 1SD3A 2F5XA 4ZEKA 1MPCA 4NF8B 2XXIA 1H45A 5K2XA 4L17A 1CE2A 1D9YA 1P1UA 5DTBA 5IKBA 4FECA 1JW1A 4H5FA 5EHSA 3V83A 3MPKA 3H7MA 5HPQA 1Y20A 3C9HA 1FQEA 4F3BA 4BDRA 1FQBA 1P1OA 2O69A 2VP1A 3N94A 5JEIA 5H8FB 4NF8A 4H65A 5ICQA 3RGYA 2RKMA 1EZ9A 3TTMA 4Q30B 5EYFA 3QYTA 2DWJA 1IIWA 1MY1A 3KSJA 2IEEA 4YICA 1N7WA 1IEJA 5JK4A 1B0HA 2DE2A 4ZEBA 3UORA 1MY2A 1ZKBA 1BLFA 4I9DA 4ONYA 4JSDA 3VE1B 4NWDA 4FAJA 3MP8A 2I58A 1IXIA 1B52A 3UP9A 3SERA 4GL8A 4POXA 4OFJA 5CI5A 2G29A 4GXAA 3IAZA 3R6UA 1NNFA 3PPPA 4YB6A 4ELQA 1XHYA 1A40A 3Q25A 4LZ8A 1B5HA 2YLNA 3ZKKA 2DVZA 2HAUA 1B58A 3BFTA 2UYEA 3FJMA 1M5CA 3FVNA 3I5OA 1JEUA 4ISUA 2O7UA 5EHMA 4PFWA 2ONSA 5BUUA 4F19A 3K4UA 3CG3A 1NKXA 1DSNA 1VFEA 2E1SA 1YCJA 3KFMA 3A3UA 4QRZA 1Y4CA 1CB6A 4QSEA 3FV2A 4GL0A 4YB7A 1SYIA 2Y7PA 4U2RA 4FEBA 4IO5A 3LSXA 4EXLA 2VD2A 4XXUA 3VVEA 3CFXA 1DTZA 1QKAA 3RLFE 1YAEA 1Q1KA 1NH8A 3IO4A 3D4GA 2PT2A 3IJXB 3KSXA 4RY1A 3KZGA 3N6TA 2I4CA 3M3FA 3CVGA 3C4MA 3QUJA 3SEYA 3KG2A 4X9TA 1NL5A 1UTBA 2GH9A 1B0LA 5AA2D 3OOAA 4ESWA 4U4SA 3L6GA 4N07A 4M1VA 1D4NA 1D9VA 1SQYA 3FIRA 3UA8A 1NNPA 2ZYKA 4ECFA 3H03A 2F34A 2YJPA 1B9JA 4ZE9A 3PMVA 3OSQA 4ZECA 4M4GA 4F2QA 1FQDA 2OK2A 4EF2A 3OSRA 1AOVA 1A55A 3PD8A 3RTWB 5AE4A 3THIA 5ITPA 1M5DA 4LZ7A 5LOMA 1Y3PA 2H99A 1O64A 2A5TB 4Z7EA 1ZMGA 4JWOA 2LAOA 3TZAA 3OO7A 2X7QA 1NNKA 3HCQA 1USYE 1VE4A 5A5XA 2RCBA 4U4XA 2GHAA 3OEMA 2Q8JA 4RYAA 4AQ4A 3U72A 2F6GA 4DZ1A 1Y9UA 3CR9A 3EF7A 2VOZA 3FVKA 4OXVA 1IZ1A 1JVYA 1AH5A 3K6XA 1TWYA 4ESXA 4G8MA 3GBBA 2O6AA 3RQTA 2XXYA 4KCDA 3G3FA 2XX9A 3MQ9A 5JTYB 2NVUB 2P1SA 1LCFA 2I0CA 3CFLA 1FQCA 3C31A 5I2KB 1XVYA 2OZZA 3IOUA 4UA8A 1OMPA 3G3IA 4R9FA 4RNSA 1B6HA 2Q2AA 1UIUA 4H1XA 1VFDA 2Q88A 2PYYA 2Y7WA 2DE3A 4R9GA 1ZBMA 2H5YA 3TPAA 1MG1A 3JV9A 2NUVA 1HSLA 3PPNA 2QJEA 3EN3A 3VLWA 4THIA 1RYXA 3FASA 3O97A 5HBCA 5I56B 4G68C 4RK2A 4YMAA 3G3HA 4PFUA 1IUDA 1B3GA 3L6HA 2QMXA 3T66A 5F7VA 5FHNA 1OQGA 3FVGA 4EDPA 4MH5A 3N26A 1BIYA 1B5JA 4JWYA 3N6UA 4XIGQ 3O9PA 4IY6A 3FXQA 4F29A 1B4ZA 1QUIA 2X7PA 3FJGA 5AA2B 3PUYE 5I56A 3OEKA 3ZSFA 3DP4A 1MXXA 3KEIA 5AA4B 2DVCA 1M5FA 1P99A 3DM0A 2OWSA 2RC7A 4O3BA 3WAFA 3GZGA 1N7XA 1D3KA 2Y7IA 1DPPA 4IO3A 3M8UA 4POWA 1ELJA 1A99A 2FYIA 1SI1A 5L8DA 5CMBA 4E0WA 1FCKA 3ODBA 1TXFA 5I58B 2XXQA 5AA2A 3FVOA 4H67A 1M5EA 1QJMA 4R6KA 3CG1A 4ELPA 1A8EA 2DYXA 4BDLA 3CI8A 3HPIA 1IXGA 4QSDA 3PPRA 3H06B 4FORA 3A09A 3ZKLA 4C1UA 1S7YA 2OJTA 1QULA 4F39A 4GF8A 2Q2CA 3KGCA 2KLFA 1POTA 4DLDA 4OTEA 4KQPA 2I4BA 3T9HB 2YPNA 1LLSA 1AL3A 1JVXA 4WXJA 4JB7A 3H6VA 4PFTA 3TEPA 3USDA 1O7TA 1F9BA 4NF4A 4QF9A 3MP1A 4FE8A 2B65A 1MRPA 3TCFA 4R2BA 4TOZA 1J1NA 3S4UA 2QMWA 2HFBA 3HSTA 1B51A 1FQAA 1DMBA 2XD2A 3VXCA 1URDA 4PETA 3V89B 2PT1A 5KDTA 3MBPA 4KYSA 4QFNA 3TQWA 1OVBA 4GVOA 4XTCQ 3DLNA 2XXWA 2F35A 2ZNUA 3IL1B 2FNCA 5TP9B 1LAXA 5ITOA 5TPAA 1MXVA 5DEXA 5KZTA 2QRYA 5L9OA 4YKJA 4Q5TA 2B3BA 3U92A 2HCAA 4F3SA 3UN6A 5DYHA 3FATA 1RYOA 3S9EA 1HSEA 1IQ7A 3PUXE 2Y7RA 4YKIA 3T9XB 2H9BA 4F3GA 3KJTA 1GR2A 1FTJA 3TTRA 4GLIA 1L5TA 4G8HA 4G2ZA 4P0IA 1QUJA 1OIBA 4JXIA 2DP8A 2V3TA 3C35A 4PP0A 3UGWA 5CBRA 4KFQA 1YPNA 2DXYA 1PC3A 1A7LA 2WKYA 2XXTA 4O3AA 1MDP1 3TUSA 5HM4B 3PMWA 3TFLA 3MJNA 4G68B 2DQVA 4EXKA 1EU8A 5DVFA 3OO6A 2BJJX 4MFIA 1P1NA 3ZS6A 4IB2A 1GTKA 5CMCA 1H76A 3KN3A 2R6GE 4ZS9A 2AL5A 1MY3A 3R7XA 2XXUA 4OYVA 5H8FA 1LSTA 4QFLA 2E0SA 4DXUA 4OEVA 3GXAA 4OWDA 5FTIA 1DOTA 3FJ7A 1PDAA 3ONMA 1I6AA 3LSWA 3O29A 4GD5A 2W7YA 3AXFA 3I6VA 1UIVA 2AYSA 3C34A 1A54A 1N3XA 3TODA 5I59B 2NOOA 3MZ9A 4RA1A 4U1ZA 3O6IA 1MQGA 2GHBA 4HCWA 2F36A 3U8QA 4NMYA 4YU0A 4P11A 3IJOB 2F97A 3S9NC 3LC8A 3U94A 2ZNTA 4IO6A 4R2FA 3H4ZA 4RPOA 1XOCA 4BDMA 1S50A 2UVGA 4LUBA 4N13A 3U1OA 1Y4TA 1N04A 5I59A 2F6PA 1B2HA 2OCUA 4U1OA 2P2AA 2UVJA 3IB2A 1MQJA 4DIGA 3RUMA 1LGBC 5I57B 4QFOA 2Y84A 2FA7A 4YB5A 1IXHA 3EHSA 3SEXA 1ANFA 4NF5B 3K00A 2XXPA 4DCXA 3O6HA 1SW4A 3FZVA 3P7IA 3B6WA 4JSOA 1H44A 3OD7A 4KYDA 4YAHX 2I3VA 1AIVA 1A8FA 4NWCA 3K0VA 1XVXA 3PMXA 1Y1MA 5CRYA 5I57A 4G4PA 1B7ZA 1MQHA 3RT8A 1MH4A 3D4CA 3E9XA 1GV8A 4XKRA 4BDOA 4PQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTLA 4R72A 1TT1A 1I6QA 4HCYA 4YKPA 5ESYA 4IY5A 1Z7NE 4F1UA 1LAFE 3BBRA 4H5GA 3S9MC 4N8GA 1EH3A 1H43A 2ANJA 1M5BA 2UYFA 2DE4A 1FTLA 1Q35A 5CMMA 2I0BA 1SI0A 1N0TA 1JQFA 3PV0E 4PFYA 4ELRA 3TQLA 5H8QB 2QVVA 1WVJA 2F3BA 4LP2B 4XFEA 1SPIA 4KYEA 2X26A 4IGRA 4YMBA 4GRKA 3SEUA 3IOTA 3DP8A 2HPGA 4ZZAA 1EZPA 5IAIA 2RINA 3FD3A 4DDDA 2CEYA 1QVSA 1ZLQA 4GWWA 4I3EA 1B32A 5AA1A 1GVCA 1XS5A 3I3VA 2A5TA 2R9JA 4FEDA 2Q89A 2XXRA 2P0SA 2HEUA 4GQOA 3WAEA 1B5IA 4KD5A 4DXBA 4XF5A 4C1TA 3S2VA 3PD9A 1AMFA 2A5SA 3PUVE 3LSLA 1LFHA 3OELA 3K1MA 3PPOA 3CIJA 1K9YA 2CMOA 4XEQA 3K6VA 5I2NB 1URGA 2BJIA 3T9UA 1UTHB 5AA3A 3PUWE 3OO9A 1LAHE 3H6TA 1QUKA 1IXCA 4QFPA 4IO4A 3LUYA 1G0HA 3RN8A 3KOSA 1SYHA 4I62A 2ZXTA 1MQDA 3F11A 3IK6B 5JTYA 1ZTYA 1FRPA 1RDZA 1B46A 3MSTA 3JZJA 4N4UA 3MP6A 2F7BA 3H6UA 3MW0A 4YZZA 4XKPA 4IR8A 1R9QA 3Q27A 1H3DA 5I2KA 3MWBA 3VV5A 2VGQA 3O28A 2XXHA 3R26A 5EQ8A 1TFAA 1UTHA 3LSFB 4EQ9A 5B70A 1DCUA 2M8CA 4H45A 3FBPA 3QSLA 3QXMA 1SW2A 3MUQA 2V3QA 2QPQA 3E4RA 3HHGA 4X48A 2DS9A 2ONRA 2ALUA 1MY4A 3CSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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