4RPNA

Pcpr inducer binding domain complex with pentachlorophenol
Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI8 (182-185)TIV1 (181-184)TI1 (91-94)TI2 (92-95)S1 (98-102)S2 (127-131)S3 (149-152)S4 (161-169)TII1 (158-161)AH2 (138-144)TI4 (154-157)AH1 (105-122)AH3 (188-193)S6 (196-199)3H1 (202-204)AH4 (207-218)TVIII1 (145-148)S5 (171-176)TI3 (123-126)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Sphingobium chlorophenolicum
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA02
1B6HA 5TP9A 4RXLA 2GH9A 4GOTA 3MP8A 2PYYA 3QUJA 4ESWA 2V3QA 3V83A 2DE4A 4QHQA 4IY5A 4ZEFA 5A5XA 5H8FA 5KCJB 4L17A 3UP9A 5TPAB 4XKQA 3SESA 2IA4A 4H1XA 3K02A 4RK9A 4RK2A 4JWYA 2PBWA 3K6WA 3B6WA 1A7LA 2DP8A 1MY2A 3PGFA 3GZGA 2D5WA 3U1OA 3U8QA 4GXSB 1WVJA 3WAFA 5M2VA 4ZE8A 1VFDA 2O51A 1B52A 4I62A 1UIVA 4EF2A 3PD8A 3PUXE 4ND9A 3KG2A 5I2NB 2ZYNA 5HPQA 1RKMA 3CFXA 4H67A 4NMYA 4EXLA 3H6UA 1NNFA 4GD5A 4FECA 3OELA 3OO7A 4ZS9A 1Z7NE 4ELOA 2HXWA 3VFJA 4X1BA 3TELA 4N13A 4EDPA 1NKXA 2ABHA 5AA4B 1M5BA 1FTLA 2F97A 4DDDA 3FV2A 3IB2A 3GLBA 3RPWA 4PFUA 3O66A 3MZ9A 2G93A 2UXAA 5LOMA 5KDTA 2ESNA 3IL1B 2KLFA 1AIVA 4OVJA 1N3XA 1MM7A 3U92A 2OLBA 4RPNA 3IR1A 3SEUA 1JW4A 1P1NA 4QSEA 1MXVA 1SQYA 3R26A 3FASA 1JNFA 2I4BA 2WKYA 4FEBA 1SYHA 4MFIA 1Y1MA 1USYH 3MJNA 2XXWA 3O2AA 3K2DA 4PQJA 4F3BA 1DOTA 3SEWA 3PUZE 1MQJA 3OO6A 2DYXA 5BUUA 2H4IA 4RJZA 3O29A 3IORA 1DMBA 1S9TA 1LAXA 3IOVA 3N5LA 4PE5B 3Q26A 4NF4B 2Y7WA 4OYVA 3OSQA 4ISUA 4NF5B 5I59B 1SW1A 2W7YA 5AA2A 4E0XA 4YAHX 3CVGA 1POY1 2F7BA 1FQCA 4TLMB 1URGA 4QFOA 2YJPA 4DCXA 4IO4A 4KYDA 5CI5A 1BKAA 3ZSFA 1B1XA 3OXNA 5CMKA 3PPQA 2H98A 1R9QA 5CRYA 3G3GA 3HN0A 3LUYA 4F3SA 4OMBA 3W9WA 4C1TA 4U4XA 3PUWE 3C32A 5IKBA 3DLNA 1AH5A 2ONKE 4QF9A 1Y1ZA 1PBPA 2D3IA 4U4SA 2ZNTA 3CG3A 3FUZA 4GL8A 1VE4A 4KD5A 2PX1A 3OEKA 2XXTA 4TLLB 2XX9A 3KN7A 1L5TA 1Y20A 3H6VA 5I56A 1MY4A 1LSTA 3DP6A 2Z8DA 2O6AA 1B7HA 1NNKA 1BLFA 4NF8A 1BTJA 5L9SA 1SW4A 3V5AA 3PPRA 1OIBA 3N26A 1Q1KA 1UTBB 3M3LA 1LFHA 2O1LA 4YB5A 4QSCA 4BDRA 3KSJA 4NWDA 4IO7A 4F2OA 1VSOA 4G2ZA 1ZLQA 2RCBA 1B40A 5KZTA 4P0GA 1RYOA 4DLDA 4JWOA 4KI0E 1XOCA 3PUVE 2OK2A 4EQ7A 3AXFA 4TOZA 1Q35A 1QVSA 4AB6A 1N7XA 2R9JA 5DTBA 3MVWA 2PVUA 3IB1A 1FTKA 3IK6B 1GTKA 4JDFA 3BKIB 4IGRA 5I58A 4F19A 4TQUQ 3MPLA 1I6BA 4XKNA 4GRKA 3FVKA 4XKPA 4LVQA 3USDA 3SETA 1IEJA 4JSDA 3K6VA 5JTYA 1M5CA 3MWBA 1MH3A 1IXIA 5I2KB 2O1MA 3PPOA 4RA1A 1USYE 4ZEKA 3DP4A 4KCCA 3KZGA 3OEMA 3R7XA 3EF7A 2DXYA 2XXIA 5FHMA 3VV5A 5K2XA 4DXUA 4I8CA 3CG1A 4G77A 3UGWA 4U1OA 4KCDA 1JVYA 3HCQA 1FQDA 1Y3QA 1MH4A 3FGSA 1NH8A 3V8XB 4X1DA 4R74A 1FCKA 2ALUA 3PD9A 3PMVA 3KJ7A 3MW0A 3SDFA 2UVHA 1MXUA 4WXJA 3CI8A 3C36A 5K2YA 1I69A 1MQIA 1FQFA 1SW2A 1HSJA 4F3GA 3G3KA 3UORA 4G68B 1NMUA 4GQOA 2R6GE 3K00A 2OJTA 2XD2A 1DSNA 2HAUA 3OD7A 5FTHA 4U21A 4Z7EA 3CIJA 1B4HA 2FA7A 2THIA 4GWOA 4EUOA 1YCJA 3TQWA 2O84X 4JSOA 3QYTA 1SI0A 4OFLA 2Y7IA 2UVGA 2RC9A 4XIGQ 4AB5A 1N76A 2HFBA 4LZ8A 1MXYA 5I2NA 5DEXB 2ANJA 4ONYA 1B3LA 2Y7RA 2DE2A 1H43A 3KOSA 3D4GA 3UN6A 4Z0IA 3FZVA 3FV1A 1MPCA 1UTHB 3HHGA 3TCGA 5ICQA 4F39A 1MDP1 4H0WA 5H8HA 2VP1A 3KEIA 2B65A 1TFDA 4Q30B 2Q2CA 2V3UA 3K6XA 3Q27A 3KN3A 1B32A 3EHTA 3EPEA 2XXPA 2Y84A 3M3FA 3SKPA 4FATA 1P1OA 3KFMA 5FHNA 4QSDA 4P0IA 3ODBA 4BDQA 4OETA 1B0HA 2LAOA 5H8QA 4QFKA 1B3GA 4FE8A 4IO6A 1UQWA 2AYSA 1MM6A 3RY3A 2Q89A 3OO9A 2GHAA 1SBPA 3KN8A 5I84A 3K0VA 1ELJA 1NH7A 3TUSA 3K1MA 2OZZA 3TTMA 3PU5A 4GVOA 1O7TA 4YB6A 1SVXB 2V93A 3IOTA 5CBRA 5I57A 2UYEA 3FVOA 3ILTB 5CMCA 3QIMA 4FAJA 3OOAA 2HAVA 1B3EA 3EHSA 2QSXA 2I3VA 2RC7A 2ZYMA 3A3UA 2VD2A 4MF3A 1LAHE 2DWJA 4R9GA 1FQEA 4WEDA 3JYRA 4U2RA 5H8FB 5A5XB 4G68C 3VDFA 4DIGA 3CR9A 4ELQA 3O6HA 4G8MA 2D21A 1F9BA 3U93A 3MPKA 4LQ2A 4H5GA 4BDOA 4H8JA 3MP1A 1II5A 1EZOA 3K4UA 4KHZE 3PMXA 4G8HA 1JW1A 1QUIA 3IJXB 1B0LA 4IO2A 3VXCA 2V25A 3PUYE 5CMMA 1RYXA 4NF6A 2I0BA 3DM0A 5EHMA 3FJMA 1EH3A 3O97A 4WEPA 2E0SA 2I49A 4O3CA 1OMPA 1M5DA 5AA2D 3CFLA 3MZ1A 1MDQA 2OBGA 1LGBC 2AL4A 3VE1B 2F36A 3LC8A 4DCYA 4E0WA 3PPNA 3N94A 3ONMA 1IIWA 3Q29A 5H8NA 4IO3A 1B5HA 3HHFA 4OFJA 3TPAA 4GIZA 3BFTA 3HSTA 5CM6A 3IX1A 4XXUA 1GVCA 1KWHA 2XXYA 1OLCA 3UIFA 1MS7A 1A99A 5KDTB 5EYFA 3S9EA 4OTEA 3H6TA 3LSFB 2PMSA 1HSEA 4MLQA 4LATA 1DPEA 4C1UA 1R6ZA 1EZPA 3H6WA 2DWHA 5FHOA 1SYIA 3I5OA 3SEXA 4ELRA 1Y3PA 4I9DA 5B7DA 4U22A 4P11A 3KBRA 3IOWA 3B6QA 3CSBA 1CB6A 4OQOA 1I6AA 3S9NC 3B7DA 4EQBA 1MY1A 1US4A 3HO7A 3K01A 3KSXA 3CFZA 2A5TA 5IAIA 3A3CA 3FXQA 3QUFA 3VVFA 4DZ1A 4X9TA 5CMBA 3N6TA 4POWA 2F7AA 4PFTA 3T9VA 3P7IA 1GV8A 4HTGA 2Z23A 2DQVA 2GFEA 2OWTA 1MQDA 1B5JA 1MXXA 3R6UA 4DXCA 3V89B 4KFQA 1HSLA 4YKJA 4OXVA 1B2HA 5DVIA 4BDLA 1VFEA 3Q25A 3H06B 1ZU0A 1MXZA 2Y7KA 3OMBA 2O68A 4ESXA 4R2FA 1LCTA 4JB7A 3S4UA 2DVCA 3LBSA 1R9LA 2V3TA 3TKDA 1AL3A 4OHNA 2GHBA 2RCAA 2ONRA 1P1UA 3ECRA 1NL5A 2ZYOA 4H65A 4UACA 2VHAA 4ZEBA 1B05A 3PMWA 3K1PA 2P2AA 1M5FA 1P1WA 3TCHA 3T93B 3MAMA 2HCAA 2XHDA 3G7WA 2RC8A 3L6HA 2Z8FA 3QXMA 1SW5A 5EHSA 1I6QA 2XXVA 3IJOB 5F1QA 4F1VA 3OSRA 4BDNA 3RUMA 1MY3A 4JXIA 4HCWA 2F34A 4F1YA 5HM4B 5TU0A 1AOVA 2I3WA 1MG1A 1LAGE 2DXRA 4MLVA 3RTWB 4PP0A 1NNTA 3VVEA 5ITOA 4G68A 1B7UA 4YZZA 3HPIA 1XC1A 3O9PA 4R75A 3FVGA 4ECFA 4RNSA 3TODA 3Q28A 4NF8B 3GBAA 4O3AA 3TTNA 2YLNA 3K6UA 4MBPA 2VOZA 1Y9UA 1XHYA 2NWJA 2ZNUA 4PETA 2I58A 4KR5A 3SEYA 3KJTA 1TXFA 1PB7A 1JEUA 1MPBA 3JZJA 3I6VA 3TTLA 5DT6A 2RF1A 1DTGA 1PEBA 2I0CA 3IO6A 4I1DA 1NFTA 4G4PA 3TTRA 5JK4A 4BLAA 3RQTA 3FJGA 4PFWA 4ZEDA 1Y3NA 3GBBA 3FJ7A 3M8UA 2UVIA 2BJJX 3RT8A 5I58B 5KCJA 4R6YA 5TPAA 1PB8A 1ZIUA 2PT2A 3EHUA 3T9XB 3IAZA 2HZKA 2ZXTA 3ZKKA 2H25A 2P1SA 5CBSA 1JEVA 4THIA 4GF8A 1URSA 5ELVA 5AA3A 4FORA 4OERA 4DE8A 3MZBA 1B3FA 4YU0A 5ICTA 3S9LC 5JTYB 4HW8A 3MBPA 4F2QA 1B58A 1ZKBA 2OCUA 4BDMA 3IO4A 1FTMA 2DOJA 1SI1A 3OENA 4OFOA 3TAJA 4JWXA 3RTFB 3DELB 1IQ7A 2O69A 2FYIA 1SD3A 1JW5A 2F6PA 1S7YA 1FTJA 3S9MC 3THIA 3HV1A 4F3PA 3IB0A 5HBCA 3FXRA 3O28A 1OVBA 4R6KA 2AL5A 4OESA 5AA4A 1VR5A 2O7IA 2H9BA 2HQ0A 2QS1A 5FTIA 1LBCA 1ATGA 3C34A 3VLUA 3OO8A 1GR2A 3H4ZA 1XVYA 1ZMGA 3UA8A 3UK4A 3TZAA 2PT1A 4GLIA 2X26A 1BIYA 1GGGA 2VGQA 1IXCA 1B3HA 2X7QA 4IY6A 3VXBA 1N0TA 2UYFA 2I4CA 4WKMA 3FXUA 2XXUA 2AIXA 4LQ5A 1WODA 3TDJA 4ZDMA 1UIUA 4LZ5A 4AQ4A 4IB2A 1BP5A 3W15C 1DPPA 2I6EA 1B46A 2RKMA 5H8SA 3TMGA 3E13X 4OZ9A 3MVXA 1R1NA 1FW0A 3MP6A 1OQGA 1O64A 4Q5TA 4F1UA 1QUJA 2Q2AA 3QK6A 1LFIA 1B7ZA 4YKPA 1PDAA 3D4CA 3PV0E 3G3JA 3TCFA 2NVUB 5TP9B 1Y4TA 2Y7PA 3G3IA 4GFRA 2HEUA 1SDXA 1QKAA 4R73A 3SEVA 4NF4A 4C0RA 2CZLA 3MC2A 5H8HB 4DXBA 1A55A 2H5YA 1M5EA 2XD3A 4NF5A 5I59A 5AE4A 3KGCA 4OEUA 4M1VA 4NWCA 4Q8RA 3LSXA 2XXHA 2V84A 1QKBA 1QUKA 4QFNA 4LONB 3K1NA 1LBBA 1A54A 1URDA 1TFAA 2Z22A 3RLFE 2ONSA 3E4RA 2Q9TA 5H8QB 1S50A 1LB8A 3M3KA 2Q8JA 3QSLA 4KYEA 4XKRA 4LZ7A 3T96B 1H44A 3H03A 1D9YA 4NTLA 1O63A 3MQ9A 3TYHA 4QRZA 3U94A 2XX7A 4RYAA 2A5SA 4POXA 4F31B 3H3GA 5L8DA 3JV9A 2G29A 4N07A 1QULA 2X7PA 1JQFA 1WDNA 4PFYA 4EQ9A 1OLAA 1A8FA 3L6GA 1QW0A 5I57B 2QS3A 1N84A 2QS4A 4H6DA 5CC2A 2OWSA 3RT6B 5DVFA 5BWJA 4ZEIA 2XXRA 3C9HA 4R9FA 2XXQA 4R72A 3LSWA 1ANFA 4F18A 2B3FA 1YTVA 3QAXA 2F35A 2Q88A 1LB9A 3N6UA 2ZYKA 2F5XA 2QRYA 4GXAA 1MXWA 1LLSA 1UTBA 2RINA 1LCFA 4QFLA 4NEDA 4RY1A 1B1HA 1FQAA 3KOTA 4IGTA 3I3VA 1LFGA 4R2BA 4ZZEA 3RNNA 5AA1A 2UVJA 1OVTA 1YPNA 1B51A 1XT8A 4R6HA 2H99A 1P1QA 1TWYA 4QFPA 2QJEA 2YPNA 4NF6B 1D4NA 3TQLA 3S2VA 2QL3A 3BFUA 4K3FA 1US5A 1YAEA 4UA8A 3VVDA 1D3KA 5DVJA 2DVZA 4YKIA 1POTA 1H3DA 2HZLA 3TEPA 3U72A 3TFLA 1MRPA 3MVZA 2E1SA 5J1DA 3MUQA 1CE2A 1EU8A 2ZNSA 2QMXA 5B70A 4FJPA 3VLVA 3A09A 3EQ1A 3O6IA 5H8NB 3FATA 2CMOA 5AA2B 3CRBA 1ZTYA 4KQPA 1XVXA 4FEDA 5I2KA 4F22A 4ZE9A 2DWAA 2F6GA 3RGYA 4XTCQ 4RPOA 2F8DA 3RN8A 5ISUA 3SERA 3T66A 4NE4A 4O3BA 1B5IA 3G3FA 3WAEA 4LP2B 3TTKA 1MQGA 2R71A 3ILUB 3LSLA 1MQHA 1XS5A 1B9JA 1T0KA 3EN3A 3PPPA 1Z7ME 4OWDA 2P0SA 2B3BA 4H5FA 4GL0A 4LA9A 2REGA 4YMAA 1IITA 2A5TB 1H76A 3F11A 4ELPA 1MY0A 4LUBA 1PC3A 2DE3A 3GXAA 3FD3A 4H8IA 4HCYA 2NOOA 4U1ZA 1B4ZA 3VLWA 5L9MA 2GRVA 2QMWA 1AMFA 2IEEA 3G3HA 3C35A 5I56B 1H45A 4F29A 3E9XA 3MVYA 1QJMA 1JETA 1Y4CA 2REJA 1MPDA 3C31A 2QS2A 4KPTA 4YB7A 1J1NA 4JBZA 3DP8A 1N3WA 1ZJLA 3FVNA 3T9HB 4Q0CA 1IUDA 1IZ1A 3T22A 1IXGA 2F7CA 3ZKLA 2ZMBA 2NUVA 3ZS6A 3C33A 2M8CA 5DEXA 2F78A 4OEVA 2XX8A 2Z8EA 1UTHA 3C4MA 3E3KA 4M4GA 5ITPA 4G8NA 4EXKA 3W9VA 3B6TA 1FQBA 5DYHA 2DWIA 4IO5A 4N6PA 1A40A 3IOUA 4YICA 3T9UA 1OQHA 5F7VA 2XXXA 1PBQA 4EF1A 4FIMA 3O6GA 1JVXA 1ZBMA 1P99A 1TT1A 1IXHA 1FTOA 1PB9A 5L9OA 1N7WA 4U23A 3H7MA 2VD3A 5JEIA 3BBRA 2QPQA 2DSFA 3CSGA 4MH5A 4OENA 1D9VA 4YMBA 4X48A 4KYSA 1EZ9A 2DS9A 1A8EA 3FIRA 2FNCA 3LR1A 1N04A 1NNPA 4YKKA 1DTZA 2I48A 2NXOA 4HS7A 1LAFE 2O7UA 4ZECA 4ZZAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B6HA 5TP9A 4RXLA 2GH9A 4GOTA 3MP8A 4XFEA 2PYYA 3QUJA 4ESWA 2CZIA 2V3QA 3V83A 2DE4A 4QHQA 4IY5A 2Y5LA 4ZEFA 5A5XA 5H8FA 5KCJB 4L17A 3UP9A 5TPAB 4XKQA 1Q9DA 3SESA 2IA4A 4H1XA 3K02A 4RK9A 4RK2A 4JWYA 2PBWA 3K6WA 3B6WA 1A7LA 2DP8A 1MY2A 3PGFA 4N8GA 4MIJA 3GZGA 2D5WA 3U1OA 3U8QA 4GXSB 1WVJA 3SZPA 3WAFA 5M2VA 1NUWA 4ZE8A 1VFDA 2O51A 1B52A 4I62A 1UIVA 4EF2A 3PD8A 3PUXE 1IMEA 4ND9A 3KG2A 1NUYA 5I2NB 2ZYNA 5HPQA 1RKMA 3CFXA 4H67A 4NMYA 3H6UA 4GD5A 1NNFA 4IR8A 4FECA 4EXLA 3OELA 4QBAA 3OO7A 4ZS9A 1Z7NE 4ELOA 1FPEA 2HXWA 3VFJA 2QVRA 4ZECA 4X1BA 3TELA 4N13A 4EDPA 1NKXA 2ABHA 5AA4B 1M5BA 1FTLA 4O7MA 2F97A 4DDDA 3FV2A 3IB2A 3GLBA 3RPWA 4PFUA 3O66A 5I5PA 3MZ9A 2G93A 2UXAA 5LOMA 5KDTA 2ESNA 3IL1B 2KLFA 1IMDA 1AIVA 4OVJA 1N3XA 1MM7A 3U92A 2PCRA 2OLBA 4DI3D 4RPNA 3IR1A 1FTAA 3SEUA 1JW4A 1P1NA 4QSEA 1MXVA 1SQYA 3R26A 3FASA 1JNFA 2I4BA 4PAIA 2WKYA 4FEBA 1K9ZA 1SYHA 4MFIA 1Y1MA 1USYH 3MJNA 2XXWA 3O2AA 5ET5A 3K2DA 4PQJA 4F3BA 1DOTA 3SEWA 3PUZE 1MQJA 3OO6A 2DYXA 5BUUA 2H4IA 4RJZA 3O29A 4I40A 4GBWA 3IORA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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