4RYAA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein avi_3567 from agrobacterium vitis s4, target efi-510645, with bound d-mannitol
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
AETLTIATVNNGDMIRMQKLTDDFTKKNPGIDVKWVTLEENVLRQKVTTDVATKGGQYDVMTIGIYEAPIWGKQGWLAPLDKLSADKDYDAADLLPPVRSGLTVDGKLYAAPFYAESSMVMYRKDLFEKAGLKMPEAPTWDFIKEAADKITDKSKEVYGICLRGKAGWGENIAFLSAMSNSFGARWFDEQWKPQFDQPEWKKTLQFYVDLMKKNGPPGASSNGFNENLALFQTGKCGMWIDATVAASFVTNPKESKVADQVGFALAPDNGLGKRGNWLWSWNLAIPAGSKKVEAAEKFIAWATSKDYLKLVAEKDGWANVPPGTRTSLYANADYQKAAPFAKMTLDSINSADPKHPTVKPVPYEGVQYVAIPEFQGIGTAVGQQFSAALAGQTTVDQALKTAQTLTEREMKKAGYPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Periplasmic Solute-Binding Protein Avi_3567 from Agrobacterium Vitis, Target Efi-510645
rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate binding protein (Sorbitol)
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium vitis s4
total genus 149
structure length 417
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA01
2AIXA 1MXVA 4OYVA 1PBPA 2I6EA 1J1NA 3TZAA 3FVKA 5I84A 1B4ZA 2Q2AA 3UGWA 4F1UA 1P1UA 5DEXA 4NF5A 4Z7EA 1MDQA 5I57A 3W9WA 4YKIA 3G3KA 3IL1B 3OXNA 1MPDA 1FCKA 3LC8A 4H67A 1ZMGA 4IGRA 1P1QA 5H8FA 4G68B 3W15C 1NH8A 4WEDA 2QRYA 1JW5A 2FNCA 4H5FA 3K6XA 2YJPA 5TPAA 2D3IA 3T66A 3CI8A 4R6YA 4X48A 4M1VA 1AL3A 5AA3A 4C1TA 4FE8A 2O69A 4F3GA 2F97A 3U92A 1B1HA 3PD8A 3GZGA 1LCTA 3RY3A 1H45A 1R9QA 2Q9TA 4Q30B 3RLFE 3R7XA 4OXVA 4OFOA 4OESA 5CRYA 1N3WA 1B7UA 4R6HA 3UK4A 4RPNA 3PPNA 5F1QA 4XXUA 2DOJA 4R74A 1EH3A 1XT8A 2UVJA 3RT6B 3DP4A 3G3IA 1Y3NA 2F6GA 1LAGE 5K2XA 4LONB 2XXIA 1XS5A 3KOSA 4F22A 3K2DA 3T9HB 4TLMB 2A5TA 3A3UA 4GF8A 3RTFB 4H6DA 1LFHA 3MVYA 2OLBA 1LFIA 4QSCA 2GRVA 4OEUA 2I0CA 3G3HA 5DYHA 3QUFA 2PBWA 2O84X 4LZ5A 2ZYKA 5HM4B 3TUSA 5TP9B 3T9UA 2Q2CA 4TOZA 4ZECA 3SESA 3S9LC 1A8FA 4OERA 1Y4TA 1CB6A 1FTJA 3MZBA 3H03A 4DCYA 4JSDA 2V93A 2VOZA 4HS7A 1AIVA 1FTMA 4KCCA 1FQAA 3B7DA 3TTNA 2ZYMA 1PEBA 4QSEA 1UQWA 2ONRA 3PPRA 3UN6A 4EF1A 3HHGA 3HO7A 3OEMA 4LQ5A 3MPLA 2RCAA 3KJTA 5DEXB 2DVCA 3KGCA 3M8UA 4KR5A 2QJEA 4JWXA 3R26A 1UIVA 2DP8A 3MZ1A 3LBSA 1MG1A 1D3KA 1SYHA 4X1DA 4OWDA 5H8FB 1B46A 3PPPA 4IO7A 4THIA 1XHYA 3WAEA 3TEPA 1HSEA 2DSFA 5I56B 3LR1A 1OLCA 2R6GE 1NNPA 1EZ9A 2V84A 3C9HA 4LVQA 2RCBA 3O6HA 3IO4A 1OQHA 4OTEA 4GXSB 4PP0A 2XD2A 3IB0A 3H6UA 4AB6A 4H0WA 1XOCA 5KCJA 5KDTA 4NE4A 5I58B 3KSXA 3N6TA 3FVNA 3OMBA 4NF4A 5ITOA 2HZKA 3MBPA 4MF3A 3C33A 2F35A 1B1XA 3CSGA 1XVYA 1IXCA 3HCQA 3RGYA 3ZSFA 2VD3A 4PE5B 3ILUB 3VVEA 4YKKA 1MPBA 4ZDMA 2YPNA 3TTRA 2DQVA 3OSRA 2A5TB 2E1SA 1FQCA 1NNTA 2DWIA 2UVGA 3TCGA 3MAMA 2ALUA 5CMCA 5I59A 1DMBA 5ISUA 3V5AA 1XC1A 1BIYA 1UTHB 3BFTA 4ZE9A 1D4NA 1LAFE 4Z0IA 3O9PA 1LAHE 4IO5A 4IO4A 3VLUA 4H1XA 2I3VA 2AL5A 4GLIA 1OQGA 4MLVA 3JYRA 3KFMA 1ZBMA 4ELRA 1VFEA 2DYXA 4POXA 5H8QA 4X9TA 3QUJA 4R6KA 1US5A 4R2BA 3PMWA 2B3FA 1RYOA 2HAVA 3FV1A 1A7LA 3USDA 2W7YA 2H99A 2M8CA 1MY3A 3DM0A 3EF7A 5AA2D 3G3JA 3MW0A 4ESXA 3EQ1A 3K01A 4F3SA 4WXJA 3LUYA 4C1UA 1IZ1A 1EU8A 1JVXA 1LAXA 1TFDA 3FJMA 3RQTA 4R73A 1HSJA 4IY6A 3A09A 3K0VA 1B52A 3H6VA 4H5GA 2OZZA 2O7IA 2PVUA 3IB1A 2DE3A 3O66A 1S9TA 4DXUA 3KBRA 1MQHA 3IOWA 2I4BA 3CFLA 3DP6A 4F2OA 3RNNA 1P99A 2UXAA 5DTBA 1Q35A 4YICA 4DLDA 2Y7KA 5KCJB 2Q8JA 4WEPA 5KDTB 4RA1A 2FA7A 2O6AA 2QMXA 1LBBA 4BDQA 4O3CA 3V8XB 3H7MA 3G3FA 1L5TA 4I9DA 3MVWA 4OVJA 1M5DA 4DDDA 3ZKLA 1TWYA 1TXFA 1I6AA 1MXZA 4KCDA 2VP1A 2F6PA 4GXAA 2HEUA 4QHQA 4GVOA 4RY1A 3RUMA 1NNFA 3ODBA 1WVJA 1PDAA 3RTWB 4I62A 3IX1A 1UTBB 3FXUA 3FIRA 3K6WA 3K6VA 4G68C 2VGQA 3MZ9A 3OO7A 4GOTA 2QS2A 5K2YA 3OO9A 3EHUA 4H8JA 4G4PA 1ZIUA 4FECA 4N6PA 3KN8A 5DVJA 1NFTA 1R1NA 4UA8A 3FVGA 3RN8A 2XXYA 3N94A 3GBBA 5L9OA 4K3FA 5H8QB 4NF8B 1QW0A 3CR9A 3T9VA 3PPOA 2H4IA 1S50A 2I49A 4GIZA 1US4A 2Y84A 1B58A 1P1WA 2DXYA 3S9MC 2FYIA 2Z8EA 1QUKA 3IOVA 2O7UA 4MFIA 3EHSA 4RNSA 5DT6A 1ELJA 4YB7A 4HTGA 2DE4A 2WKYA 3HPIA 5FHMA 2QS4A 5ELVA 3PD9A 1IXIA 3KG2A 2V3UA 2DWAA 1OMPA 4F39A 5JK4A 4XTCQ 5EHSA 4FJPA 3OSQA 1H44A 3DELB 4G8HA 4GRKA 4ONYA 1IXHA 4KYSA 3RT8A 3V83A 5FTHA 2Y7WA 4U1OA 1BP5A 4EF2A 5I56A 2Z23A 1LB9A 3MVXA 2O51A 3IORA 1JQFA 5J1DA 3ILTB 3C34A 4R2FA 4C0RA 3E4RA 4OZ9A 2NVUB 5AA1A 1DOTA 4U2RA 1S7YA 4OQOA 3M3FA 3EN3A 4ELQA 5I58A 4NMYA 5EHMA 3IK6B 1JW4A 1HSLA 1B51A 4RK2A 4QF9A 4ZEDA 2HXWA 1TT1A 4F1YA 4R9FA 4N13A 1PB8A 4LQ2A 4QFNA 4Q5TA 1ZJLA 2X26A 4TQUQ 3K6UA 1B40A 1R9LA 1I6QA 1M5BA 2AYSA 5CI5A 3EHTA 4LZ8A 1SDXA 4MLQA 1USYE 3E3KA 1A99A 1UTHA 1UIUA 4G77A 3MWBA 1Y3QA 2OWTA 1MDP1 2QPQA 4L17A 1LBCA 4NWDA 1N76A 3MVZA 2R9JA 2IEEA 3TCHA 3PUZE 3B6TA 2H25A 2ABHA 3VLWA 2AL4A 4U21A 1GTKA 4HCWA 3QXMA 3K1PA 1YPNA 5FTIA 2VD2A 4YB6A 5BWJA 3H6WA 2THIA 3OD7A 4M4GA 2R71A 1SI1A 4XKQA 2Q89A 3GBAA 1DPPA 2F7CA 4YMBA 1BTJA 2XX9A 2REGA 1D9VA 2XX8A 1MXWA 4DXCA 3TTKA 4GD5A 4P11A 4ELPA 3S4UA 4OFJA 4ZEBA 2V3TA 3Q25A 4YMAA 4YKJA 3D4CA 3HN0A 1Q1KA 4I8CA 4P0GA 5BUUA 2HAUA 3O29A 2XXWA 5H8SA 3QAXA 3DLNA 1H3DA 3I5OA 3U93A 5A5XB 5M2VA 3DP8A 3THIA 3FGSA 1MM7A 3B6QA 3CSBA 3TQWA 1NL5A 4DXBA 1MY4A 3IB2A 5JEIA 2XXHA 2XX7A 3N5LA 4ZZEA 3AXFA 2XXUA 3K00A 3VXBA 2XXQA 5L9MA 2YLNA 2V25A 4IGTA 2GHBA 3PV0E 4OEVA 3G3GA 4JB7A 3T9XB 3RPWA 4YZZA 3L6GA 4KYDA 5CMMA 3I6VA 2LAOA 3BKIB 5JTYB 4AB5A 1ZTYA 1UTBA 1SYIA 3IAZA 4KD5A 1O63A 3C36A 2ZYNA 3KN3A 2GHAA 1B3EA 3U8QA 1Y3PA 5DVIA 2PX1A 4R72A 1URGA 1EZOA 3FD3A 4U1ZA 3LSLA 2OBGA 4FATA 4G8NA 2Z8FA 4U4SA 3PUYE 3IOTA 1N04A 3M3KA 1QKAA 1MPCA 2VHAA 4YU0A 1H76A 4NF8A 5I2KA 5AA4B 2QMWA 1RYXA 2ZNSA 3OELA 3CG1A 4F19A 3O2AA 3UP9A 3FVOA 1FTOA 3FZVA 4KQPA 4O3AA 3GLBA 3BFUA 1B5HA 1N7XA 1PC3A 2ZMBA 4POWA 1O64A 1NH7A 4OETA 1B05A 1SI0A 4XKNA 3TFLA 3SERA 5CC2A 3KN7A 4JWOA 3C31A 2XXVA 2P2AA 4JBZA 4I1DA 4LA9A 3L6HA 2DS9A 1NMUA 5ICQA 5H8NB 1N84A 2D5WA 1B6HA 2OWSA 1JEUA 3G7WA 5IKBA 5L8DA 1N7WA 4YAHX 2DWJA 4NTLA 3S9NC 1DTZA 1B4HA 1MH4A 1O7TA 2UYFA 1OLAA 2I58A 2F7AA 4IO3A 1Y9UA 3OO8A 1MQIA 1PB9A 4ESWA 1B0HA 4MH5A 1YTVA 2RC9A 5ICTA 1B32A 5DVFA 3UIFA 3FASA 3Q26A 2XXRA 4NWCA 2F8DA 2UVHA 1SW4A 4LUBA 1ZLQA 3T93B 3CG3A 4LATA 2NWJA 1JEVA 3IOUA 3PUXE 3OENA 4GWOA 4N07A 3KSJA 3U1OA 4QFKA 2RC7A 5L9SA 2F7BA 3A3CA 3U72A 1B2HA 3VVDA 4EQ7A 1FQBA 3H6TA 3PPQA 1QKBA 1A55A 1Y1ZA 4EXKA 1MY0A 4DE8A 3SEUA 2O1MA 4GFRA 5H8HB 3N26A 1MXXA 1ZU0A 3CVGA 3S9EA 2NUVA 3T22A 1POTA 1IEJA 3M3LA 4JXIA 5AA2A 3H4ZA 3FV2A 3FJ7A 4FORA 1FQEA 2CMOA 3TQLA 1P1NA 4OMBA 1QULA 3Q27A 4KI0E 1I69A 3H06B 3T96B 3V89B 5I2KB 4DZ1A 5I2NA 4PFTA 3KZGA 4EQ9A 3MP8A 1ATGA 1Z7NE 3SETA 4E0XA 4BDNA 4IO2A 5B7DA 5F7VA 1MY2A 2Y7PA 2I4CA 2RINA 3ONMA 1SQYA 3UA8A 3MC2A 3MP1A 3TYHA 4E0WA 4F1VA 5CBSA 2F78A 2F34A 3IJXB 3VFJA 3CRBA 1URSA 3JZJA 1M5EA 3BBRA 5TU0A 3PMVA 1ZKBA 3UORA 4Q8RA 3D4GA 1D9YA 5CMBA 1VFDA 3N6UA 5EYFA 2V3QA 4ISUA 1JNFA 1AOVA 1B0LA 1Y1MA 3ZKKA 3P7IA 4LZ7A 4RK9A 4ZEKA 1IUDA 3VDFA 4EUOA 4JWYA 5A5XA 1B3FA 2G29A 4NF6B 3JV9A 1QJMA 4GQOA 3TMGA 3SEVA 1Z7ME 4H8IA 4BDRA 3VV5A 3OO6A 5AE4A 3MPKA 3IO6A 4QRZA 4FIMA 3C32A 2RKMA 4PQJA 1B3HA 1P1OA 1T0KA 1VSOA 1MRPA 1FTKA 2IA4A 5JTYA 1FTLA 4EXLA 1R6ZA 2ANJA 1QVSA 1VR5A 1URDA 2QS3A 1TFAA 1MH3A 2H98A 3QK6A 4YB5A 4JDFA 4OENA 3OEKA 3FJGA 3O28A 2F5XA 3C35A 1YAEA 1FQFA 3QSLA 3FXQA 4F18A 1SVXB 5AA2B 1A54A 3E13X 4ZEFA 3KJ7A 4Q0CA 2GFEA 1B5JA 1MXYA 1IQ7A 1SW5A 1B9JA 1BKAA 2O1LA 1JETA 4U22A 2QL3A 5AA4A 3VLVA 1WDNA 2PT2A 5I2NB 3K1NA 4BLAA 1QUJA 2ZYOA 4P0IA 4KPTA 1OVBA 1N0TA 1QUIA 3K1MA 2ZNTA 5KZTA 3OOAA 1SW1A 3PU5A 4ZEIA 1PB7A 1MS7A 2Z8DA 2Y7IA 3S2VA 4ZS9A 2PYYA 4XKRA 2E0SA 1FQDA 1RKMA 1NNKA 3TODA 3TCFA 5B70A 5H8NA 2HCAA 4FAJA 3O97A 3EPEA 2HZLA 1NKXA 3LSXA 4NF5B 4DIGA 2OJTA 3GXAA 5I57B 2ZXTA 2P1SA 1MY1A 1POY1 4HCYA 4WKMA 4G8MA 1VE4A 3C4MA 4MBPA 5LOMA 4U23A 3ECRA 1GGGA 1M5CA 5TPAB 3TKDA 4KYEA 4JSOA 1B7HA 2H9BA 4XKPA 1EZPA 4EQBA 3QYTA 3HHFA 1IITA 3TTLA 2DVZA 3F11A 2A5SA 1I6BA 1GVCA 4IB2A 1B3GA 3CFXA 4F3BA 5CM6A 1SBPA 4FEDA 1SW2A 1LFGA 3SKPA 3CFZA 2GH9A 3KOTA 2RC8A 3TAJA 1IXGA 3SEWA 1CE2A 2UVIA 1MQJA 2P0SA 1II5A 1DSNA 4RXLA 4F2QA 3PUVE 3SEYA 5H8HA 2UYEA 3LSWA 2XXPA 3QIMA 2OK2A 2H5YA 1H43A 2G93A 2CZLA 4IY5A 4RPOA 1A8EA 4PFWA 3TELA 1JW1A 3FATA 4PETA 4GL8A 1AH5A 3MJNA 4GL0A 2REJA 2ESNA 4QSDA 5HPQA 3K02A 1B3LA 4G2ZA 4NEDA 1F9BA 3MP6A 1FW0A 1DPEA 4ND9A 3SDFA 3PMXA 3H3GA 3TTMA 5FHOA 2QSXA 4HW8A 4BDLA 1WODA 4YKPA 1KWHA 1USYH 4KHZE 3U94A 2O68A 2I3WA 3TPAA 2NOOA 2X7QA 1AMFA 3IR1A 4UACA 4FEBA 2PT1A 2B65A 1B7ZA 3FUZA 3I3VA 5FHNA 3PGFA 4F31B 1LSTA 4F29A 4ZZAA 1SD3A 3MQ9A 1PBQA 4AQ4A 4KFQA 2HFBA 3W9VA 3VXCA 4QFLA 4R9GA 1XVXA 3IJOB 1JVYA 1IIWA 3HSTA 3TDJA 1LCFA 5HBCA 2ZNUA 3ZS6A 4QFOA 2XHDA 5IAIA 1GR2A 4G68A 1LLSA 1MQDA 3FXRA 4PFUA 4NF6A 2B3BA 1OIBA 2DWHA 2NXOA 2Z22A 1MXUA 1N3XA 3PUWE 4XIGQ 1Y4CA 3VVFA 4BDOA 2X7PA 4LP2B 2RF1A 4IO6A 1OVTA 1YCJA 5CMKA 4NF4B 4H65A 2ONSA 4X1BA 4OHNA 5CBRA 3VE1B 4BDMA 1GV8A 2F36A 1B5IA 2OCUA 2XXXA 1MM6A 4OFLA 3K4UA 1DTGA 2ONKE 1LB8A 2XXTA 3Q28A 2I0BA 1BLFA 3B6WA 4F3PA 4RYAA 3MUQA 3WAFA 3KEIA 5I59B 4O3BA 3R6UA 2Q88A 4PFYA 2DE2A 4ELOA 2HQ0A 4ECFA 1ANFA 2DXRA 4TLLB 4QFPA 5TP9A 4EDPA 3E9XA 3LSFB 2KLFA 4ZE8A 2I48A 1Y20A 2D21A 5ITPA 2QS1A 4DCXA 3SEXA 4U4XA 2Y7RA 3Q29A 1LGBC 4RJZA 3HV1A 2XD3A 1A40A 1MQGA 3O6GA 3O6IA 2PMSA 1M5FA 2BJJX 4R75A 3CIJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UABA 2AIXA 2Q74A 1MXVA 4X04A 4OYVA 1QGXA 4GWZA 1PBPA 4PBQA 2I6EA 4IR8A 1J1NA 3TZAA 2F3BA 2Y5LA 3FVKA 5I84A 1B4ZA 2Q2AA 4PAIA 3UGWA 1P1UA 4F1UA 5DEXA 4NF5A 4Z7EA 1MDQA 5I57A 3W9WA 4YKIA 3G3KA 3IL1B 3OXNA 1MPDA 1FCKA 3LC8A 4H67A 1ZMGA 4P1LA 4IGRA 1FBGA 1P1QA 5H8FA 4G68B 3W15C 1NH8A 4WEDA 4N15A 2QRYA 1JW5A 2FNCA 4H5FA 3K6XA 2YJPA 5TPAA 2D3IA 3T66A 3CI8A 4R6YA 4X48A 4M1VA 1AL3A 5AA3A 4C1TA 4FE8A 3RYDA 2O69A 4F3GA 2F97A 3U92A 1B1HA 3PD8A 3GZGA 1LCTA 3RY3A 1H45A 1R9QA 2Q9TA 4Q30B 3RLFE 3R7XA 4OXVA 4OFOA 4OESA 5CRYA 1N3WA 1B7UA 4R6HA 3UK4A 4RPNA 2FBPA 3PPNA 2VPNA 5F1QA 4XXUA 2DOJA 4R74A 1EH3A 1XT8A 2UVJA 3RT6B 3DP4A 3G3IA 1Y3NA 2F6GA 3ISPA 1LAGE 2QVRA 5K2XA 4LONB 2XXIA 1XS5A 3KOSA 1KA1A 4F22A 3K2DA 3T9HB 2CZKA 4TLMB 2A5TA 3A3UA 1FBFA 4GF8A 4O7IA 3RTFB 1RDYA 4H6DA 1LFHA 3MVYA 2OLBA 4NN3A 1LFIA 4QSCA 2GRVA 4OEUA 2I0CA 3G3HA 5DYHA 3QUFA 2PBWA 2O84X 4DI4B 4PGNA 4LZ5A 2ZYKA 5HM4B 3TUSA 5TP9B 3T9UA 2CEXA 2Q2CA 4TOZA 4ZECA 1CNQA 3SESA 3S9LC 1G0HA 1A8FA 1FTAA 4OERA 2XWKA 1Y4TA 2QVUA 1CB6A 2KR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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