4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Sphingomonas sp.
publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
molecule keywords AlgM1
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
4ECFA 4FIMA 1VR5A 5AA3A 2VD3A 3PU5A 4NTLA 1LFIA 5AA4B 1BIYA 4M4GA 4HTGA 4OYVA 4EXKA 3BFUA 4E0XA 2RC9A 1S9TA 1LLSA 4P11A 5H8HB 1P1NA 3RGYA 1AL3A 4DCXA 5CM6A 1NL5A 1SI1A 4OEUA 1ANFA 3PD8A 4F39A 3WAEA 3RPWA 1B1XA 3RLFE 4YICA 3UORA 4ONYA 3OENA 1OVTA 4ESXA 5DYHA 4BDRA 5H8SA 1PDAA 3JV9A 3G3FA 4O3CA 1B3LA 3O66A 4C1TA 3H4ZA 2RCAA 3IOWA 2QS4A 5BUUA 1L5TA 2B65A 2UYEA 2A5TA 1D9YA 4NE4A 4UA8A 4GQOA 1MY0A 3OELA 3ILUB 4LQ5A 4BDQA 1ZBMA 3ONMA 4ZEKA 1MM7A 3PPNA 3R7XA 1RYOA 4QRZA 4MLVA 5DVFA 2OCUA 2XX8A 3S9NC 5AA2A 2V3QA 4EF2A 2HEUA 3OOAA 1JETA 1USYH 3FJMA 1I6AA 5H8QA 4IO7A 3KFMA 2HAVA 1QJMA 2NVUB 4POXA 1B7ZA 3MQ9A 2QMXA 2V84A 3K6XA 4XTCQ 1ZKBA 3TPAA 1LCTA 3B6TA 1A54A 4IGTA 3K02A 2DP8A 4U4SA 1B51A 4ZEFA 5A5XB 2XHDA 2ESNA 2OLBA 3T9VA 1XC1A 3FV2A 4ELQA 4RK2A 3JZJA 1EH3A 2GH9A 3KN7A 3W9WA 3O9PA 2ZNUA 1OIBA 4RY1A 2DVZA 3R6UA 4TLMB 3ILTB 4NWDA 1AH5A 3IO6A 3UA8A 2ZNTA 1BLFA 1O7TA 2UVIA 3QIMA 2DYXA 1MXZA 1QUKA 3FZVA 3EHTA 3GLBA 4JWXA 4NF6A 2O84X 3LSWA 2Q2CA 3IOVA 3IJXB 1MS7A 4EF1A 2Y7IA 3OMBA 4I9DA 5CBSA 2F78A 2UVHA 2HCAA 2R71A 2FYIA 2AL5A 1B5IA 3Q25A 4XXUA 4F3PA 3MJNA 2I4BA 1Y4CA 4MF3A 3O6IA 3SEXA 5KCJA 1MQHA 1MRPA 5TP9B 3O28A 3VLUA 5HM4B 3BBRA 4KCDA 4LZ8A 2XXXA 2F6GA 2OJTA 4KHZE 3MAMA 2ZNSA 3G7WA 4NF5B 3K00A 3VVDA 1MPDA 3KN8A 1AMFA 2UXAA 4ND9A 4FE8A 3U1OA 2O6AA 3TAJA 3FVOA 4EUOA 2QJEA 3A09A 3VE1B 1LAXA 2F97A 2DXYA 1MPBA 2Y84A 5FHMA 1IXHA 1MM6A 4F2OA 1JEVA 4OVJA 5ICTA 2O69A 1H44A 3UIFA 3PPRA 2XXTA 1IQ7A 3LR1A 2F7AA 2DE3A 2GHAA 2D5WA 3K6VA 5H8NA 1B46A 1I6BA 1A8FA 1QVSA 4RK9A 3MVZA 4FECA 3VLWA 4QFLA 4OWDA 1MXVA 3PMWA 4BLAA 5HPQA 4G2ZA 3OEKA 3ZSFA 3O97A 5I59A 1H3DA 2H5YA 3N6UA 5FTIA 3QYTA 1Y3NA 3MUQA 4WEPA 5KDTA 1P1UA 3TTNA 3N94A 4X1DA 3IR1A 3GBAA 4R73A 5ITOA 3PUXE 4PFWA 3C32A 4R6HA 3Q26A 4KR5A 1QUIA 3LC8A 4PP0A 1PB8A 3HV1A 1US4A 4O3BA 5I2KB 3IAZA 2VP1A 3C4MA 3E13X 3H3GA 2DXRA 5I58A 3EHUA 4OFLA 1FTOA 4QSEA 3ZS6A 1MQIA 2H9BA 2Q89A 1MXWA 2HZLA 3GBBA 4C1UA 2XXVA 3EPEA 3RT6B 3IO4A 2D21A 4BDOA 4IO3A 3KJ7A 1B3EA 4WKMA 2F8DA 4DE8A 1N04A 4G77A 1RKMA 2F7BA 3MZBA 1LAHE 4R6YA 1R1NA 2NXOA 4JBZA 2I6EA 1IXGA 3C34A 1O63A 2X7PA 4JSOA 4ELRA 4DDDA 3PUVE 3K1MA 4NF8A 4U21A 4OHNA 1R6ZA 2ZYNA 4G4PA 4ZEBA 1A8EA 3DP8A 4GD5A 2O7UA 1OQGA 3MP8A 1EU8A 4N13A 4F19A 1AOVA 1YPNA 4I62A 5DTBA 4NEDA 2REGA 3S9MC 3KG2A 2I3VA 1LFHA 1M5EA 3HO7A 3CIJA 3K1PA 4PFYA 1HSLA 1QUJA 5I2NB 2WKYA 3TCGA 2I0BA 3DP4A 5CMMA 1CE2A 1MQJA 1LFGA 1P1OA 1PC3A 2IA4A 1B7HA 4IGRA 2Z22A 1B7UA 5DVIA 4XKNA 4F2QA 1TT1A 3MVWA 4H67A 4F22A 4G68C 3U92A 1B5HA 1ATGA 1SQYA 1DSNA 2ALUA 3QAXA 4KYDA 4PFUA 4X48A 4AQ4A 5F1QA 2XXWA 3TCFA 3QUFA 3CG3A 3FXQA 3SEUA 1LGBC 4O3AA 1NNTA 1ZMGA 1ZLQA 4IO6A 1OQHA 1UIUA 3KBRA 4JSDA 3KSXA 3OO8A 3MPKA 4FORA 2DWHA 5H8FB 2F35A 3PMXA 4FEBA 2XXUA 2XXPA 4QFKA 2F34A 1NNFA 3D4CA 4NF4B 4MFIA 4ZE8A 1SYHA 1B5JA 3CSGA 2RKMA 4R2FA 4JDFA 5AA4A 1PEBA 2RC7A 4BDMA 1VFDA 4X1BA 3H6TA 1M5CA 2OWTA 3K01A 2Q8JA 1SW4A 2DQVA 4M1VA 3TQWA 4FEDA 2G93A 4U23A 1VE4A 1OLCA 1DPPA 4DXUA 5H8HA 1LSTA 4IB2A 2P2AA 2ZYKA 1GGGA 2UVGA 1DOTA 1NNPA 2DWJA 5IKBA 3CFLA 1FQFA 2FNCA 1Q1KA 2DOJA 1POY1 3PV0E 2Z8FA 2GRVA 1MDP1 5I57B 2Y7PA 3CFXA 4F1YA 3AXFA 3CFZA 4RNSA 1MY1A 3FJ7A 4UACA 1N7XA 2RCBA 1J1NA 1N3WA 2I4CA 3U94A 5JTYB 3CVGA 3FD3A 2V3UA 3TTKA 3MZ1A 4LZ7A 2QS3A 4MLQA 1S7YA 1XOCA 2ONSA 4Q0CA 4ISUA 1MY3A 4RPOA 3OO6A 2DE2A 1H43A 1XHYA 1MY2A 4THIA 2ZYMA 1ZIUA 3K2DA 4P0IA 1H45A 1Y1MA 3IOTA 4HS7A 3K1NA 2M8CA 3PGFA 3SETA 3TKDA 4DZ1A 3OSRA 3FJGA 2HZKA 1IXCA 4H5FA 4YB6A 5DEXB 5A5XA 4F3GA 3K0VA 4EDPA 2XX7A 3F11A 3MP1A 3T9XB 2XXQA 3T22A 5L9MA 4K3FA 2OWSA 4TOZA 4X9TA 5ITPA 3D4GA 2H98A 4F18A 4OQOA 1MXXA 3P7IA 1OVBA 3Q29A 1SD3A 3QUJA 1IXIA 1UTBB 4DIGA 2QPQA 1MY4A 2QSXA 4POWA 1I69A 3KEIA 2QMWA 1B52A 1QULA 3FV1A 4R2BA 3EHSA 5AE4A 3EQ1A 1DTGA 3CSBA 3G3KA 2AIXA 2B3BA 3LSFB 4TLLB 3T9HB 2D3IA 4LP2B 4QSCA 1WVJA 3O29A 3U93A 3G3HA 4H0WA 4G68B 4YKPA 4R74A 3HCQA 1EZ9A 3VFJA 1USYE 1QKAA 4ZEIA 5CMKA 4KI0E 5K2XA 1B4HA 2G29A 2VGQA 5EHMA 5TP9A 5LOMA 2DE4A 2B3FA 4E0WA 4KYSA 3G3JA 2PYYA 4GL0A 3L6HA 1GR2A 4NF5A 3PMVA 4EQBA 4I1DA 4F29A 4HCWA 3S2VA 3CR9A 3K6WA 3TEPA 5HBCA 2Y7RA 2H99A 2RINA 4GXAA 1AIVA 3KOTA 4F1UA 3MBPA 2Y7KA 4YMAA 1JVXA 2OZZA 1ZJLA 3LUYA 3FGSA 4LQ2A 2Q88A 3FXRA 4RPNA 1MPCA 5B7DA 3E9XA 1PB9A 1JEUA 4H1XA 2REJA 1N84A 1S50A 3TDJA 3TQLA 3M3KA 1N76A 1NKXA 3UGWA 3LBSA 1B6HA 3DELB 2E1SA 2I58A 4F3SA 4GVOA 1LBBA 3WAFA 1YCJA 3W9VA 3HSTA 4LATA 2Q2AA 5TPAB 4Z7EA 3RUMA 4N07A 3S9EA 2ANJA 4IO4A 1NNKA 3T96B 1TWYA 1XS5A 4RJZA 1IZ1A 4EQ7A 1F9BA 4H65A 3O2AA 3ODBA 3FATA 2H25A 4JXIA 3H6UA 3ZKLA 2PVUA 5F7VA 2PMSA 4DCYA 5AA1A 4FAJA 3S4UA 2W7YA 3PPOA 1ZU0A 3R26A 1B40A 5JEIA 2CMOA 4LA9A 2O7IA 5K2YA 3FVGA 3KGCA 1M5BA 3QK6A 1KWHA 3OO7A 5I2KA 3LSXA 1Y1ZA 3A3CA 2QS2A 1IITA 4QFNA 2HQ0A 3QXMA 4ZZEA 3SEWA 1DMBA 3MPLA 3DLNA 3O6GA 4KYEA 5DVJA 1XVYA 3PUZE 1WODA 1T0KA 1WDNA 4KQPA 1MQDA 1B3GA 2PX1A 2V3TA 4ESWA 3H7MA 1FQDA 3VVEA 4Q5TA 5FHOA 2O51A 2UVJA 1ELJA 1JVYA 1PB7A 3FUZA 3USDA 2AL4A 5I56B 1LAGE 2IEEA 1B9JA 1O64A 3TMGA 3PD9A 3Q28A 4JWOA 1DPEA 3MVXA 2VD2A 4H8JA 4N6PA 3M8UA 3KOSA 1P99A 3T66A 4ZEDA 4U1OA 4YKJA 1A7LA 4F31B 2YLNA 4IO5A 3VV5A 3OO9A 3SERA 2X7QA 4XIGQ 1TFDA 1UTHB 4GIZA 4OESA 3TYHA 3FXUA 1IIWA 4JWYA 2RC8A 4FATA 4U4XA 3I6VA 2YJPA 2GFEA 1EZOA 2R6GE 3EN3A 4BDLA 1YTVA 2VOZA 2THIA 3EF7A 4GF8A 5CC2A 3A3UA 2XXIA 2Z8EA 2H4IA 2Z8DA 5B70A 3RY3A 4OEVA 5I2NA 4ELOA 2F36A 3BKIB 3RT8A 2ZYOA 1XVXA 3DP6A 4U1ZA 4Z0IA 2LAOA 4KCCA 3MC2A 4GRKA 3PUWE 4IY5A 3LSLA 1B32A 4R9GA 4GL8A 3RTWB 4OFJA 3RQTA 3ZKKA 1FQCA 3KZGA 2V25A 1Y3PA 2ZMBA 5KZTA 4ZS9A 1MQGA 5J1DA 2QL3A 1FTLA 1LB9A 1LCFA 2A5TB 3CI8A 3L6GA 5BWJA 3CRBA 3SEVA 1US5A 3OSQA 2UYFA 1SW1A 1SW2A 4WEDA 3T93B 3TZAA 2KLFA 3T9UA 5AA2B 1OMPA 4LZ5A 5CMCA 3TTLA 1N7WA 5H8FA 3OD7A 5H8QB 2NOOA 3OXNA 4NF4A 4F1VA 2X26A 1XT8A 4LVQA 1NH8A 4GLIA 3RTFB 4OERA 2Z23A 1B3HA 3HPIA 4EXLA 3SESA 3JYRA 3O6HA 2I48A 4LONB 1A40A 1PBQA 3IB0A 1B0LA 3B7DA 4ELPA 1HSJA 2DWIA 4L17A 1Y9UA 1B2HA 3BFTA 1MDQA 2OBGA 2OK2A 5FHNA 3TTMA 2DWAA 4TQUQ 4DLDA 3S9LC 4ZZAA 3SKPA 3UK4A 1M5DA 4KPTA 3B6QA 3Q27A 4NMYA 2RF1A 1FTMA 5I57A 2F7CA 2PT2A 4LUBA 2I0CA 4KD5A 3MP6A 5CI5A 1UQWA 4RXLA 4XKQA 1FCKA 1MXYA 1UIVA 3GZGA 3HHFA 1FQBA 2XD3A 1CB6A 5M2VA 5EYFA 4NF6B 2O1MA 3TUSA 2GHBA 4C0RA 1MG1A 1Y4TA 1FQAA 5JTYA 2XD2A 3H06B 3C33A 4F3BA 1B05A 4OZ9A 4U2RA 3M3LA 1A99A 2O68A 2HAUA 4Q30B 1MXUA 4QSDA 3GXAA 2FA7A 1BKAA 3I5OA 2XX9A 1BP5A 1FW0A 1IEJA 1DTZA 3VLVA 4MH5A 1FTJA 3V5AA 4HCYA 4RA1A 3ECRA 3IX1A 3VXBA 3M3FA 5KCJB 3IK6B 4G8NA 3B6WA 3E4RA 3TFLA 4H6DA 1RYXA 4KFQA 5DEXA 3H6VA 3VVFA 4PETA 1QKBA 3HHGA 2XXRA 4OFOA 1Z7NE 4IY6A 2F6PA 1SVXB 2E0SA 4MBPA 5FTHA 3IB2A 2BJJX 2HXWA 5ISUA 1LAFE 1UTBA 2Y7WA 1ZTYA 4OMBA 2VHAA 4R72A 3C36A 1YAEA 5ELVA 4XKRA 2R9JA 3MVYA 4AB5A 3VXCA 5AA2D 3TTRA 3V89B 5H8NB 2QRYA 3MW0A 3N6TA 1SBPA 1BTJA 4PQJA 2O1LA 3C35A 4G68A 1B0HA 3RNNA 2ONRA 3PUYE 1JQFA 2CZLA 3H6WA 5L9OA 4R75A 2YPNA 3N5LA 1N0TA 3QSLA 2PT1A 1JW4A 3G3IA 5I59B 3W15C 2ZXTA 3THIA 5L8DA 4ZECA 1PBPA 5KDTB 2ABHA 1FQEA 1URDA 4GOTA 1Z7ME 1VFEA 4QFPA 3K6UA 3PPQA 4GXSB 3RN8A 5TU0A 3U72A 1POTA 4ZE9A 1NFTA 5I84A 3KN3A 1B4ZA 1TFAA 4YU0A 4OETA 1LBCA 1GVCA 2DVCA 1A55A 1VSOA 4H8IA 5I58B 4JB7A 3H03A 1NH7A 3MWBA 3N26A 1URGA 4YB5A 4RYAA 4GFRA 5CMBA 1GV8A 1H76A 3IORA 1R9LA 3OEMA 5DT6A 1QW0A 3DM0A 1LB8A 2XXHA 1SW5A 4R9FA 1TXFA 4IO2A 1NMUA 2P0SA 5L9SA 1M5FA 1P1QA 2I3WA 2NWJA 3SEYA 5TPAA 1B58A 3SDFA 3FIRA 4YMBA 3IOUA 4QFOA 2A5SA 1MH4A 4HW8A 4FJPA 4P0GA 3KSJA 3I3VA 1B3FA 1D3KA 4I8CA 4NF8B 4Q8RA 3K4UA 2P1SA 3KJTA 5EHSA 1JW5A 4H5GA 1D9VA 3IJOB 3FVKA 5CRYA 2HFBA 3FVNA 5IAIA 3E3KA 1GTKA 2I49A 3VDFA 1MH3A 3UP9A 1JNFA 3TODA 4QF9A 4XKPA 1P1WA 2ONKE 1OLAA 3CG1A 3UN6A 1II5A 3V83A 2XXYA 1HSEA 4R6KA 4U22A 4WXJA 1Y3QA 1JW1A 1SYIA 1URSA 1SI0A 4OXVA 5JK4A 1EZPA 4G8MA 4G8HA 5ICQA 2DS9A 3TELA 2QS1A 1IUDA 2F5XA 4YZZA 1D4NA 3FASA 3PPPA 4YKKA 5CBRA 3MZ9A 4AB6A 2NUVA 4YB7A 1FTKA 4BDNA 2PBWA 4ZDMA 4OENA 1Y20A 5I56A 2V93A 4PE5B 4GWOA 3V8XB 2AYSA 4YAHX 4DXBA 1Q35A 4OTEA 4DXCA 3C9HA 1R9QA 4NWCA 3U8QA 3C31A 3HN0A 1I6QA 3IL1B 2DSFA 4EQ9A 1N3XA 1B1HA 1UTHA 4PFTA 3G3GA 4YKIA 1SDXA 2Q9TA 3IB1A 4QHQA 3TCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ECFA 4FIMA 1VR5A 5AA3A 2VD3A 2QVUA 3PU5A 4NTLA 1LFIA 5AA4B 1BIYA 4M4GA 4HTGA 4OYVA 4EXKA 3BFUA 4OANA 2Y5LA 4E0XA 2RC9A 1S9TA 1LLSA 4P11A 1IMEA 5H8HB 1P1NA 3RGYA 1AL3A 4PBHA 4DCXA 5CM6A 1NL5A 1SI1A 4OEUA 1ANFA 3PD8A 4F39A 3RPWA 3WAEA 1B1XA 3RLFE 4YICA 3UORA 2KR0A 4ONYA 1EYKA 3OENA 1OVTA 5T3JA 2P3VA 4ESXA 5DYHA 4BDRA 5H8SA 1PDAA 3JV9A 3G3FA 4MEVA 1B3LA 4O3CA 3O66A 4C1TA 3H4ZA 2RCAA 3IOWA 2QS4A 5BUUA 1L5TA 2B65A 2UYEA 2A5TA 1D9YA 4NE4A 4UA8A 4GQOA 1MY0A 3OELA 3ILUB 4LQ5A 4BDQA 1ZBMA 3ONMA 4ZEKA 1MM7A 3PPNA 3R7XA 1RYOA 4QRZA 4MLVA 2GQ1A 5DVFA 3SZPA 2OCUA 2XX8A 3S9NC 5AA2A 2V3QA 4EF2A 2HEUA 3OOAA 1JETA 1USYH 3FJMA 1I6AA 5H8QA 2XWKA 4IO7A 3KFMA 2HAVA 1QJMA 2NVUB 4POXA 1B7ZA 3MQ9A 4X04A 2QMXA 2V84A 3K6XA 4XTCQ 1ZKBA 4PAFA 4PE3A 3TPAA 1LCTA 3B6TA 1A54A 4IGTA 4NG7A 1DCUA 3K02A 2ZZVA 2DP8A 4U4SA 1B51A 4ZEFA 5A5XB 2PCRA 2XHDA 2WYKA 2ESNA 1FRPA 3E79A 2OLBA 4OVTA 3T9VA 1XC1A 3FV2A 4ELQA 4RK2A 3JZJA 2ZZXA 1EH3A 2GH9A 3KN7A 3W9WA 3KBZA 3O9PA 2ZNUA 1OIBA 4RY1A 2DVZA 3R6UA 4TLMB 3ILTB 4NWDA 1AH5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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