4XIGQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter determined through humid air and glue-coating method
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgM1
total genus 138
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xigQ02
1YTVA 2XD2A 2X7QA 3EN3A 4F3BA 1LBCA 4H8JA 2X7PA 2ONKE 2CMOA 3MW0A 3IK6B 1WDNA 2DE3A 3Q29A 1FQEA 1GR2A 1QKAA 3GBBA 4IO7A 3U72A 1LFHA 3WAFA 3H6TA 2QJEA 4YKKA 4XKQA 5TPAA 3U94A 4QFLA 3CIJA 3DP6A 3RGYA 4ZE9A 1FTLA 4OHNA 3FUZA 3MZ9A 4GLIA 4G8HA 2KLFA 2RINA 2IA4A 3USDA 4AB5A 3AXFA 2OLBA 4EF1A 4U2RA 4YB5A 2HZKA 3C4MA 2AL5A 4H6DA 3UGWA 3I5OA 2QPQA 1P1QA 3IOVA 4IO3A 4X48A 3V83A 4QHQA 5JK4A 3RTWB 4KCDA 3RT8A 1WVJA 4IO5A 4HTGA 4G68B 2XX8A 2ONSA 1D9YA 2DE4A 2XXIA 2F35A 4BDRA 2GFEA 5B7DA 2BJJX 4FEBA 3SEWA 3K6XA 4YMBA 2F7AA 4EUOA 3OD7A 1MH4A 2LAOA 3MZBA 1HSEA 1A40A 3U92A 3BFUA 3TAJA 1PEBA 4RK9A 3OSQA 2Y7RA 1AH5A 2W7YA 3SERA 3TYHA 3VXBA 4F22A 4OEVA 3PPPA 3SEVA 2V3QA 1SBPA 2VD3A 3OO7A 4NF8A 2FNCA 4GVOA 2O69A 1FW0A 4QFKA 3FASA 2AIXA 5DVIA 1NNFA 1MY4A 3EHTA 2HEUA 4OQOA 4FATA 5I57B 1MQHA 1B05A 4GQOA 1S50A 4QFPA 1PBQA 3H4ZA 1Y20A 3O28A 1H43A 1R9LA 2UVGA 1PB9A 1Z7NE 5TPAB 4N6PA 2O7UA 4BDMA 5A5XA 3O29A 1IIWA 5H8HA 3W9WA 3L6GA 2PX1A 4JSDA 3K4UA 2I4BA 2DYXA 4RA1A 4H8IA 1SYHA 4MLQA 4JSOA 3SEUA 4FAJA 2RCAA 3QXMA 4Q8RA 1SQYA 2QMWA 5CM6A 5AA1A 3S9EA 2NXOA 1GGGA 3O66A 3N26A 4ZEBA 1XT8A 3O97A 2DWIA 1AOVA 1B1HA 2XXWA 2QS3A 3K02A 1JEVA 3SESA 1QJMA 5CBSA 5I59A 2DWAA 2A5SA 3E3KA 5M2VA 1H3DA 4FJPA 1KWHA 2RCBA 3VDFA 3Q28A 5DEXB 3T96B 2OJTA 4AQ4A 3CG3A 1OMPA 3IB1A 4RJZA 3FD3A 1N7WA 3CFZA 4BDNA 1DTZA 2Q88A 3FVNA 1H45A 4X1BA 4ISUA 1N76A 4MFIA 2PT1A 3K1PA 3N6TA 1NMUA 3HV1A 1UTHA 2HCAA 5H8FB 1Y4TA 1NH7A 3IO4A 3FATA 4XKNA 3TPAA 4M4GA 2QRYA 4YKJA 3KOTA 3KBRA 1S7YA 3BKIB 3D4GA 3HO7A 2GRVA 4GWOA 3TELA 3VLWA 2ALUA 3O9PA 1AIVA 4F3SA 4NF5A 1N04A 2UYEA 4ELOA 1I6QA 4I62A 5K2YA 3T66A 1S9TA 2ZYKA 4EXKA 1ZJLA 2F8DA 1RKMA 3MZ1A 4NE4A 1J1NA 3UA8A 1UTBA 2Z22A 1YAEA 3EQ1A 4H65A 3A3UA 1LAFE 4NF6A 3PPRA 1XVYA 2RF1A 5IAIA 5HM4B 5FTIA 1SW4A 3KG2A 1MY0A 4OEUA 3RQTA 1N3XA 1CE2A 3V5AA 4N07A 1NNPA 3TTMA 3EHSA 1SW5A 3H3GA 4DZ1A 1OVBA 1N7XA 4PFYA 2V25A 1NKXA 3SKPA 3QYTA 4DIGA 4DCYA 1IQ7A 4ZEIA 2OWSA 1B6HA 3A3CA 5CBRA 2XXRA 2Z8EA 4DE8A 2VP1A 4WKMA 4G68C 3PUVE 3IORA 1IXGA 3VVDA 5KCJB 4HCYA 1I6AA 2F6PA 3KN8A 4E0XA 4O3AA 2OBGA 3E9XA 4BDQA 2Y7IA 3K1MA 3K6UA 4U23A 1GTKA 3UN6A 4EQBA 2XXPA 1ZBMA 2O6AA 5I59B 2Y7KA 1UIVA 3EF7A 1LFGA 4LQ5A 1FQAA 2XXHA 2I6EA 3GLBA 4X1DA 4H67A 2Z23A 1FTMA 3FVOA 3LSWA 4XIGQ 1MXUA 5EHMA 1GVCA 4F2QA 3R26A 5H8NB 3E4RA 1SD3A 2I49A 1IEJA 4F2OA 4R75A 4ZEKA 4WEPA 2DXYA 2CZLA 3F11A 3G3GA 5KDTA 5CMKA 4X9TA 3TFLA 3OMBA 3OELA 1I69A 4HW8A 1H44A 1URSA 2Y7PA 2XXVA 1Y4CA 3OEKA 3O6GA 1PBPA 1FQFA 4QRZA 3H7MA 3UORA 4WEDA 4R6YA 1MDQA 3S4UA 4G68A 4LQ2A 3T9VA 3ZS6A 1QW0A 4G8NA 1ZKBA 3PV0E 1FTKA 1MM7A 1PB8A 1SW1A 1SW2A 3RNNA 3D4CA 3K00A 1VR5A 4NF6B 3MVZA 1II5A 3W9VA 5K2XA 3C31A 2F97A 3DP8A 3PPQA 3N6UA 4EQ7A 1JNFA 3DP4A 1Q35A 4BLAA 3FVKA 4NWDA 1B9JA 4MH5A 1A8FA 2QL3A 4U1ZA 4MLVA 3TZAA 5LOMA 2ZYOA 5AA2B 3KEIA 2OCUA 3PU5A 4JWOA 4IGTA 3QIMA 5ICTA 2P1SA 5CRYA 4DCXA 2GHBA 3KZGA 4K3FA 4H1XA 1B46A 5ELVA 1BTJA 5I57A 3PMXA 2Q8JA 1D9VA 2UVJA 1VFDA 3JZJA 2O1LA 3IJXB 5I2NB 5HBCA 1F9BA 3TQWA 2GH9A 4TOZA 3B6WA 3KSXA 1LFIA 3TTNA 2F5XA 4XKRA 1M5DA 1ZLQA 4R9GA 1B4HA 3OO8A 5DYHA 4I8CA 4PFWA 4G2ZA 5CMBA 3UK4A 1NL5A 3FJGA 3IL1B 2OK2A 1AL3A 3VLUA 1OIBA 1XHYA 3VFJA 4QSDA 1DOTA 4GL8A 5BUUA 1B2HA 4F29A 5KDTB 2H98A 4ESXA 1N84A 4EF2A 4R2FA 5I2KB 1MXXA 2FYIA 1MY2A 4QFOA 1OLCA 1POY1 2V93A 1P1NA 4KCCA 3ONMA 3S9NC 3G3IA 2H4IA 1QVSA 2XX9A 3PUYE 1QULA 3IJOB 3IOTA 4LVQA 3R6UA 2DVZA 4ELPA 5DEXA 3TCGA 2ZYMA 3LSLA 3T93B 4AB6A 4OFJA 5TP9A 5AE4A 3GXAA 3H03A 4RPNA 4PP0A 1MRPA 5H8FA 2Q2CA 1M5FA 4U22A 2F34A 4F39A 2ZMBA 4IO4A 2A5TA 1XOCA 4GL0A 2GHAA 2HZLA 3HCQA 4LZ8A 1B4ZA 2G93A 1BKAA 3TEPA 4KPTA 2QS1A 4PQJA 1LCTA 3O6HA 4H5GA 5CC2A 1BIYA 3CFLA 3CRBA 4MBPA 1Y9UA 2VGQA 4G8MA 1ATGA 4OVJA 4I9DA 3FVGA 3R7XA 1MQIA 4H0WA 2ZYNA 2RC9A 2VD2A 4KFQA 1ZTYA 3SEYA 4POWA 3MC2A 4F31B 4KQPA 1LSTA 4ESWA 2I4CA 1BP5A 4R72A 2M8CA 3GZGA 4G4PA 4MF3A 2OZZA 4GXAA 3DLNA 3VVFA 4IY6A 4WXJA 2B3BA 2Q9TA 1XS5A 5KCJA 4H5FA 4OENA 2B3FA 1IXIA 1TFAA 1A55A 3C33A 2VOZA 2RC8A 1O64A 3PGFA 5ISUA 1D3KA 4FECA 1A8EA 4Q30B 3QSLA 4IY5A 1QUJA 2D5WA 4JBZA 1TWYA 3G3JA 4YMAA 2Y7WA 1PC3A 4OESA 4R6HA 3SETA 2I0BA 3IOWA 1MPBA 2PBWA 4PFTA 1MY3A 4U21A 1P99A 1HSLA 3IB2A 5TP9B 3MBPA 5H8NA 3CG1A 2P2AA 4IB2A 1B3FA 3FV1A 1B3EA 4DXBA 2DS9A 4JWYA 4O3BA 5FHMA 3HPIA 4ZZEA 4GD5A 3T9HB 1JQFA 1CB6A 2A5TB 3M3FA 4YKIA 3G3FA 2X26A 3PMVA 3G3KA 1I6BA 1B58A 4QFNA 3FZVA 4DDDA 4R6KA 3C35A 4C0RA 3ZKLA 3I3VA 5KZTA 5L9SA 3G7WA 3U93A 5ITOA 4PFUA 4GXSB 3ILUB 1GV8A 3MUQA 1B5IA 3K0VA 4HCWA 3OENA 1B0HA 3CSBA 2XHDA 3V8XB 1P1WA 2F36A 3OO9A 4ELRA 1LBBA 2DVCA 2O1MA 1SI0A 1B51A 5AA2A 5FTHA 2RKMA 1US5A 2XXQA 1MQDA 1FQCA 2E0SA 4LONB 3SDFA 1URDA 3MVYA 1RYOA 3Q26A 1EZ9A 1JVYA 1PDAA 5AA4B 4OFOA 3RPWA 4L17A 1JW4A 3S2VA 4P0GA 5I2NA 4TLLB 3Q25A 3TTKA 1JVXA 1XVXA 2P0SA 3Q27A 2DP8A 3VXCA 2QS4A 1L5TA 1LAGE 2ESNA 3HN0A 4F1VA 4NMYA 1LAHE 4DXCA 1EZPA 5I56B 2FA7A 2F7BA 5DVFA 1DPPA 4F1UA 4YKPA 1B7ZA 1AMFA 1NH8A 5I2KA 3IR1A 4F1YA 5H8SA 3PD9A 2V3TA 1URGA 1US4A 3RUMA 2DE2A 3LSFB 4EQ9A 4RXLA 3E13X 1USYH 5B70A 3FXQA 3VE1B 1MS7A 2DWJA 1Q1KA 4LATA 1B3GA 3T9UA 1IITA 4LA9A 4XKPA 3H6WA 3LSXA 3O2AA 3KN3A 5I84A 2F7CA 4R9FA 1LAXA 3OEMA 2O84X 3EHUA 2H25A 2XXUA 3A09A 4TLMB 1B7UA 3CR9A 1HSJA 3H6UA 1MXWA 1BLFA 2NVUB 1FCKA 3KFMA 3KGCA 3PPNA 4XTCQ 4Z7EA 5HPQA 2AYSA 1ELJA 2XXTA 4FEDA 2QSXA 2NUVA 4U4XA 2Y84A 3TTLA 2H5YA 4FIMA 1UQWA 5FHOA 3VVEA 4Q5TA 2VHAA 4ND9A 1MXVA 3OO6A 4FORA 5IKBA 3H6VA 4GOTA 4OTEA 5CMMA 4ELQA 3M3KA 1MY1A 2ZXTA 2XD3A 3RN8A 3MVWA 5DT6A 1JETA 3QAXA 2PMSA 4IGRA 3LUYA 3KJ7A 4U1OA 4OYVA 2DSFA 3JV9A 1N0TA 4TQUQ 1ZMGA 3PMWA 3TODA 1WODA 2O68A 1TT1A 2YPNA 3S9LC 4OMBA 1P1OA 2I48A 4R74A 3K01A 3WAEA 4LUBA 3B6TA 5DVJA 3G3HA 4GF8A 5JTYB 3TUSA 2UYFA 1QKBA 3SEXA 3K6WA 4QF9A 4BDLA 1M5BA 4RYAA 2ONRA 3MJNA 4NF4B 5I58B 1FQDA 3JYRA 4OFLA 2B65A 3C32A 1DSNA 5CI5A 3QUFA 2I0CA 1MQJA 1B40A 1MXYA 1B3HA 3MVXA 2REJA 1B0LA 3ILTB 2V84A 1FTOA 4ZE8A 3OXNA 3HHGA 5L8DA 3GBAA 3TCFA 3FXRA 4JXIA 5CMCA 4DLDA 1OLAA 4PETA 2YJPA 1SYIA 1B3LA 3CFXA 3EPEA 1NNKA 4G77A 1Y1ZA 4Z0IA 4R73A 2UVIA 1ANFA 5AA2D 4GIZA 3DM0A 5AA3A 2PT2A 1JW1A 4ZECA 4RNSA 1FQBA 2R71A 1EU8A 1LB9A 1USYE 1IZ1A 2D21A 1NFTA 4YAHX 1O63A 3N5LA 4F3GA 3HHFA 5EHSA 5L9OA 2R9JA 1FTJA 1MDP1 1QUIA 3BBRA 3IX1A 4YZZA 5FHNA 2UXAA 4NTLA 1IXHA 2DQVA 5L9MA 3H06B 3K2DA 4NEDA 3MAMA 4F18A 1B5HA 4KHZE 3B7DA 1SDXA 4M1VA 1LCFA 5ICQA 1DPEA 3OSRA 3VV5A 1B5JA 5AA4A 2HQ0A 1ZIUA 3VLVA 4ZEDA 3MP6A 4KI0E 4ECFA 5H8QA 4GRKA 1OVTA 5DTBA 4E0WA 1IUDA 2DOJA 4GFRA 1A54A 3C9HA 3LR1A 2Z8DA 1T0KA 4Q0CA 2YLNA 4KYEA 3FGSA 3ECRA 4POXA 4EDPA 1MXZA 4C1TA 2PVUA 3P7IA 3FIRA 4R2BA 3UIFA 3W15C 3U1OA 2DXRA 1MQGA 5I56A 2REGA 1SI1A 1EH3A 1QUKA 3MPKA 3RT6B 1XC1A 4LP2B 2D3IA 4XXUA 4ZEFA 1VSOA 2QMXA 4QSCA 1RYXA 4BDOA 4UACA 2H9BA 3C36A 3ZKKA 1B1XA 4YU0A 3DELB 4LZ7A 3PPOA 4NF8B 4O3CA 1Y3QA 4C1UA 2I3VA 1MPCA 4RPOA 4RK2A 4YICA 3IOUA 1LGBC 2NWJA 3ODBA 2Z8FA 4KYSA 1OQGA 4IO2A 2THIA 4NWCA 4HS7A 3M8UA 3MPLA 3HSTA 3TTRA 5EYFA 1JW5A 1A99A 1IXCA 4FE8A 3TCHA 3LC8A 1VFEA 3PUZE 2E1SA 1POTA 3V89B 1Y3NA 2I58A 1NNTA 2Q89A 3M3LA 4RY1A 1TXFA 5F7VA 2HAVA 2NOOA 5A5XB 2RC7A 2O7IA 5H8HB 4I1DA 3TMGA 3MQ9A 3K6VA 3CVGA 4OERA 3PUWE 1N3WA 1R9QA 3O6IA 1M5EA 2Q2AA 1JEUA 4KR5A 4OXVA 3S9MC 2O51A 4P0IA 3THIA 1R1NA 1H76A 3BFTA 5H8QB 4JB7A 2R6GE 2ABHA 4ZDMA 1MH3A 3I6VA 1P1UA 4EXLA 5TU0A 2HAUA 1B32A 5JEIA 4OZ9A 1Z7ME 2AL4A 2F6GA 4UA8A 3CI8A 3K1NA 1B52A 3L6HA 2I3WA 3TKDA 4YB6A 3MP8A 3RTFB 2ANJA 1UIUA 1YCJA 1B7HA 4ONYA 3OOAA 4JWXA 1SVXB 2HXWA 3C34A 5J1DA 4LZ5A 4U4SA 4JDFA 2H99A 2G29A 3U8QA 4OETA 3QUJA 2ZNSA 3KN7A 3KSJA 4ZZAA 3TQLA 5JTYA 2QS2A 1MM6A 2XXYA 1VE4A 3N94A 1DTGA 3CSGA 1LB8A 3MP1A 3ZSFA 1OQHA 1MG1A 1LLSA 1UTHB 2OWTA 4NF4A 5BWJA 1ZU0A 1PB7A 5I58A 3IAZA 3MWBA 3LBSA 4F19A 4YB7A 1R6ZA 4THIA 3FV2A 4P11A 1TFDA 2PYYA 1DMBA 3B6QA 4NF5B 3IO6A 4PE5B 1EZOA 5ITPA 3RLFE 2ZNTA 4QSEA 4OWDA 4IO6A 3RY3A 1UTBB 3FXUA 4N13A 1MPDA 3FJMA 4F3PA 2DWHA 3TDJA 1YPNA 2XXXA 4ZS9A 5F1QA 2HFBA 1D4NA 3QK6A 1Y1MA 3UP9A 2XX7A 1Y3PA 3KOSA 3T22A 2ZNUA 3PD8A 3IB0A 2V3UA 1O7TA 2IEEA 2F78A 1A7LA 2UVHA 3T9XB 4KYDA 1M5CA 2WKYA 4DXUA 3PUXE 3KJTA 3FJ7A 4KD5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTVA 2XD2A 2X7QA 2V4CA 3EN3A 4F3BA 4XFEA 1LBCA 4H8JA 2X7PA 2ONKE 2CMOA 2Q74A 3MW0A 3IK6B 1WDNA 2DE3A 3Q29A 1FQEA 1GR2A 5EQAA 1QKAA 2P3NA 3GBBA 4IO7A 3U72A 1LFHA 4PDDA 3WAFA 1FBCA 3H6TA 2QJEA 4YKKA 4XKQA 5TPAA 3U94A 4QFLA 3CIJA 3DP6A 3RGYA 2JJKA 4ZE9A 1LEVA 1FTLA 4P1EA 4OHNA 2PFYA 3FUZA 3MZ9A 4GLIA 4G8HA 2KLFA 2RINA 2IA4A 3USDA 4AB5A 3AXFA 2OLBA 4EF1A 4U2RA 4YB5A 2HZKA 2DDKA 3C4MA 2AL5A 4H6DA 3FBPA 4PF8A 3UGWA 3I5OA 2QPQA 1P1QA 2WBBA 5I5PA 3IOVA 4IO3A 4X48A 3V83A 4QHQA 5JK4A 1FPGA 3RTWB 4KCDA 4O7IA 3RT8A 1WVJA 4IO5A 4HTGA 4G68B 2XX8A 2ONSA 1D9YA 2DE4A 2XXIA 2FIEA 2F35A 5IZ1A 2F3BA 2XWVA 4BDRA 2GFEA 1FBFA 3D1RA 5B7DA 2BJJX 1IMFA 4FEBA 3SEWA 3K6XA 4YMBA 1NUWA 2F7AA 4EUOA 1FPKA 3OD7A 1MH4A 4PTKA 2LAOA 3MZBA 1HSEA 1A40A 1FPBA 4G61A 3U92A 3BFUA 3TAJA 1PEBA 4RK9A 3OSQA 2Y7RA 1AH5A 2W7YA 3SERA 3TYHA 3VXBA 4F22A 4OEVA 3PPPA 3SEVA 2V3QA 4PFRA 1SBPA 2VD3A 3OO7A 4NF8A 2FNCA 1SPIA 4GVOA 3RPLA 2O69A 2VT5A 1FW0A 4QFKA 3FASA 2AIXA 5DVIA 1NNFA 1MY4A 3EHTA 2HEUA 4OQOA 3CHGA 4FATA 5I57B 1MQHA 1B05A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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