4YAHX

Crystal structure of the methionine binding protein, metq
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DPNHIKVGVIVGAEQQVAEVAQKVAKDKYGLDVELVTFNDYVLPNEALSKGDIDANAFQHKPYLDQQLKDRGYKLVAVGNTFVYPIAGYSKKIKSLDELQDGSQVAVPNDPTNLGRSLLLLQKVGLIKLKDGVGLLPTVLDVVENPKNLKIVELEAPQLPRSLDDAQIALAVINTTYASQIGLTPAKDGIFVEDKESPYVNLIVTREDNKDAENVKKFVQAYQSDEVYEAANKVFNGGAVKGWLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The contribution of methionine to the stability of the Escherichia coli MetNIQ ABC transporter-substrate binding protein complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords D-methionine-binding lipoprotein MetQ
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 78
structure length 245
sequence length 245
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yahX01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yahX02
1US5A 3OO9A 4YZZA 1GR2A 5H8HA 3U1OA 3KGCA 4EF1A 4YKPA 2OCUA 2XXQA 4XKNA 2V3QA 3H6WA 1SW2A 1MRPA 4YU0A 1B7UA 1LAGE 2RINA 3LBSA 4JWYA 1BIYA 1M5BA 3A3CA 2O7IA 4ESWA 2PVUA 2X7PA 4Z0IA 3IOTA 1FCKA 4QHQA 1Z7NE 4EQ7A 4PETA 1MH4A 4GRKA 4IGTA 1FQEA 1II5A 3MP1A 2E1SA 3VDFA 3FJGA 2YPNA 3G3JA 1EZPA 5ICQA 4LONB 2RKMA 4WEPA 1B9JA 5B70A 1FTMA 5DYHA 2OBGA 2F7CA 1VFEA 5I59A 1ZTYA 1OIBA 5I56B 4NWCA 4ZEBA 3HV1A 1B46A 4X1BA 1B6HA 1O63A 4R6HA 3OENA 4PFTA 3O9PA 4F3GA 4E0XA 1MXYA 4H67A 5FTIA 4Q5TA 4IO3A 1ZU0A 1L5TA 3VVDA 3RN8A 4BDOA 2FA7A 1SD3A 1B3HA 3MC2A 3CFLA 3LR1A 5CBRA 2V93A 1MY3A 2H4IA 3H06B 1QUIA 1TWYA 3KSXA 3TKDA 3S4UA 4UA8A 1SYIA 2DYXA 1H44A 1RKMA 3O28A 1Y4TA 1B7ZA 3ZKKA 3PGFA 1PEBA 1XVYA 2F34A 4HCYA 3EN3A 3H6VA 1LBCA 4QFOA 4GQOA 1AIVA 1UIVA 1AOVA 3TPAA 2Z23A 4OZ9A 3DLNA 3CG1A 3TFLA 1QJMA 3O2AA 1Y9UA 1H76A 1OMPA 4NF6B 4RY1A 2XXVA 5M2VA 2DWAA 3K6VA 3B6WA 3KN8A 4XIGQ 3OO7A 4G68A 3PUYE 4OMBA 2F8DA 1B32A 3U94A 1P1OA 1OVTA 2PYYA 1B5JA 3UP9A 5I57A 3D4GA 4DDDA 1MQIA 5CMMA 4U1ZA 4QSEA 3MZ9A 4OFJA 1JEUA 3M3LA 3BFUA 3KFMA 1MXZA 4OFOA 4RJZA 2E0SA 1UTBB 3RTFB 4Q30B 4QFPA 3T9XB 4ISUA 3TEPA 3FASA 1NMUA 5AA2A 3DP8A 3R6UA 3OSQA 3K2DA 4ESXA 2XD2A 1QW0A 4THIA 4RYAA 4NF4A 4XTCQ 3HO7A 4H5FA 2HZLA 1LB9A 2QJEA 2DWIA 1USYE 4ECFA 2HXWA 4HCWA 1PC3A 1US4A 5AA4A 4DXCA 1MDQA 3EHUA 5I2KA 1N3XA 3OEMA 3ECRA 1MG1A 1PB8A 4YKJA 5F7VA 2ZNTA 3IJOB 4NF8B 1BKAA 3SEVA 1MY2A 3IR1A 1MQHA 4JXIA 4MF3A 1NH8A 1QUKA 1P99A 1R9LA 1NFTA 1HSJA 4F1VA 2UVHA 3K4UA 4OHNA 2O6AA 1MPDA 1B3LA 4OVJA 1AMFA 2QS1A 1B58A 2O68A 2Q2CA 3KBRA 1B05A 4QFLA 4GOTA 4U21A 3PUWE 3MPKA 4LZ8A 2XXHA 3BBRA 3DP4A 1FTKA 3IL1B 3TODA 1FTJA 4DCXA 4IO4A 3PMWA 4JSOA 1XS5A 2RF1A 1DTGA 2I4CA 4DLDA 2I6EA 2GH9A 1O7TA 3I3VA 2AL4A 3OO8A 3LUYA 3F11A 2XXXA 4C1UA 5DEXB 2DVCA 4GXSB 3VVEA 3CSGA 1MXVA 4R75A 4GF8A 4ZECA 1SQYA 2DQVA 4KQPA 2F35A 2OLBA 1PB9A 2DWJA 3H3GA 1XC1A 4FAJA 4BDQA 1FTLA 3H6UA 3PUXE 2QSXA 4R2FA 3P7IA 5L9MA 1SI0A 3ZS6A 1P1UA 4NMYA 3UGWA 4F19A 4BDLA 4PQJA 3G3HA 4FECA 3K00A 4H6DA 1YTVA 1MM7A 3QUFA 4EQBA 4U1OA 2O1MA 3K6XA 3SERA 1D9YA 1GTKA 5CMBA 5K2XA 3KN3A 4OTEA 2HAUA 2ZMBA 1EZ9A 2NVUB 3KG2A 5LOMA 4U4SA 4F39A 3M8UA 5TP9B 4Q0CA 4EQ9A 1R6ZA 5EHSA 3HHFA 4QFNA 2P2AA 1P1QA 1CE2A 3PPPA 2BJJX 4HTGA 1LLSA 1Y4CA 2B3FA 5CM6A 3WAFA 1B1XA 3T9UA 2W7YA 4X9TA 4WXJA 2Q8JA 1A8FA 4GD5A 4GFRA 3KZGA 5IAIA 5I2NB 3C35A 1CB6A 1MY4A 1SI1A 1I6AA 1B52A 5CC2A 3H6TA 2UYFA 4IY5A 4K3FA 1QKBA 1Q35A 3AXFA 5H8NA 3MUQA 2Q88A 1I6QA 1N84A 4YB5A 5DVFA 3HPIA 1LAFE 4XKRA 1UTHB 2GHAA 3GBAA 4NF5A 1OQHA 4ZZEA 1SW5A 1N04A 3DM0A 4JBZA 5TPAA 2HEUA 5KZTA 3OSRA 2M8CA 3HN0A 4R74A 1A99A 2Z22A 2I49A 2Q89A 1IXIA 4KFQA 4LATA 3RNNA 4LZ7A 3VLWA 4C0RA 1NNTA 3ILTB 4DXUA 3UK4A 3U92A 4I1DA 5JTYB 3TZAA 3RLFE 2HFBA 4QSDA 3PUZE 4AB6A 1VSOA 5A5XB 2UYEA 1AL3A 1B51A 1A55A 3FATA 4KYDA 1H3DA 3V5AA 3E9XA 5F1QA 2RC8A 1MQJA 5BUUA 4FEBA 4OETA 1MQDA 5HM4B 4F22A 2I3WA 4EUOA 4WKMA 4XKPA 4EF2A 4QSCA 3K6WA 4F31B 2D21A 3FZVA 4BDMA 5H8HB 1SVXB 4BLAA 1OLAA 4P11A 4H65A 3LSWA 1QKAA 4C1TA 3R26A 1JETA 3SEXA 4X1DA 2H25A 1JVXA 1MQGA 1BP5A 3MBPA 2F36A 3PUVE 3M3FA 1N3WA 2I58A 3K0VA 1GVCA 2AIXA 3MJNA 2RCBA 4ND9A 2LAOA 1IUDA 5TU0A 4LQ2A 4KYSA 4KYEA 3FXQA 4ELQA 1LGBC 1MXXA 2GFEA 4M1VA 3B7DA 4MLQA 1LBBA 4OWDA 3UIFA 2HAVA 4YMBA 1FTOA 4GLIA 1EU8A 3U93A 5I59B 1N7WA 3TAJA 3TDJA 3Q25A 3OD7A 3E13X 4NE4A 2ZXTA 3FJMA 2H99A 4YKIA 3Q29A 3SEWA 1ELJA 2ZYNA 1D4NA 3FD3A 3KJ7A 1GGGA 5DTBA 4ZEDA 2XX7A 3UN6A 3VXCA 4EXKA 4TLMB 3A3UA 2VGQA 2I48A 4GL8A 2RC7A 3IX1A 2Y7RA 1MDP1 3O66A 2XD3A 4R6KA 1ZJLA 3IO4A 1WDNA 3C4MA 2R71A 3N26A 5IKBA 1B3FA 1UQWA 3RT6B 1LFGA 1D3KA 1P1NA 1NL5A 2QMXA 1N7XA 2O1LA 2Y84A 5CBSA 1YCJA 2OK2A 1JEVA 3EQ1A 4NEDA 3OMBA 1DSNA 3B6TA 3HHGA 1URSA 1OQGA 1IITA 2ABHA 4R9FA 5ELVA 1UTBA 1YAEA 3TTNA 3I6VA 3JV9A 4HW8A 3SETA 3K1MA 1NNPA 2O7UA 3ILUB 3DELB 4JDFA 4EDPA 4HS7A 3PPRA 4G68B 2QS2A 4TLLB 3VV5A 3RT8A 3H03A 4PFUA 2IEEA 4YB7A 1FQCA 1B3GA 4LZ5A 5I57B 4OENA 4OEUA 3GBBA 2I0BA 4ZDMA 3VLVA 4KCCA 4UACA 2ZYOA 4GL0A 1LB8A 1HSEA 1ZBMA 3S9MC 3G3KA 1NNFA 1Z7ME 1TXFA 1ATGA 2F7BA 4AB5A 3LSFB 1TT1A 3QXMA 3VXBA 3LSXA 4U22A 4LA9A 3TQWA 4LP2B 2ZNUA 4N07A 1Q1KA 1JQFA 1MXWA 1S9TA 5I58B 3IB0A 4R9GA 2VD2A 3IORA 2Q2AA 2PMSA 2GHBA 4L17A 3T9VA 4DXBA 4F3BA 2V25A 4RNSA 2I4BA 4ONYA 5H8FB 4H5GA 3IB1A 2VP1A 2WKYA 3RGYA 1Y1MA 2V3TA 1DMBA 5I2KB 4FEDA 5I84A 4O3AA 3G3FA 2F78A 1N76A 1B40A 5ICTA 1ZLQA 2Z8EA 2NUVA 4U2RA 1FW0A 3W15C 1IIWA 2H5YA 1MPCA 2DP8A 4OXVA 3Q27A 3MPLA 3A09A 5AA3A 2H9BA 4N6PA 4G8NA 3SEUA 4FE8A 2A5TA 5L8DA 5KCJB 2X26A 1M5DA 2XX8A 4KI0E 3SKPA 3Q28A 3IO6A 3MP8A 3QSLA 2VOZA 5K2YA 2DVZA 3KN7A 4OERA 1RYOA 1DTZA 4RPOA 3R7XA 4F18A 1DPPA 1VR5A 3EPEA 5DT6A 4RXLA 3PMVA 4F2QA 3KOTA 3SDFA 3EHTA 1IZ1A 1FQAA 1JNFA 1IXCA 5FHMA 3PD8A 5TP9A 4PP0A 3IOVA 3SEYA 1I6BA 3CI8A 2B65A 1SYHA 4OESA 1LFIA 3CR9A 2B3BA 2YLNA 1TFDA 2X7QA 4ZEFA 5CMKA 2ANJA 3TTRA 3MZ1A 1JW1A 4MLVA 1B5IA 3N6TA 4IO7A 3K01A 3C9HA 1B3EA 1S7YA 2DXRA 2Z8DA 3IOUA 4N13A 4BDRA 4QRZA 5KDTB 5BWJA 5H8QA 3CSBA 4ZE9A 1QUJA 3W9VA 2F7AA 4JWXA 1R9QA 4Z7EA 3VVFA 1UTHA 3FJ7A 3T66A 3TCHA 1MH3A 4XXUA 3THIA 3KSJA 2OWSA 1MY0A 1XOCA 2DXYA 4ELPA 4YAHX 3S9EA 4P0IA 4ELRA 1Y3PA 3GZGA 4ELOA 1N0TA 3CG3A 5ITOA 2O84X 4F1YA 4R2BA 3FGSA 5FHNA 1GV8A 4MH5A 4OFLA 3IOWA 4Q8RA 4DIGA 1M5CA 1TFAA 3PPQA 2XXPA 3PPNA 3HSTA 4JB7A 3QIMA 3QUJA 1R1NA 3RY3A 4KHZE 4KPTA 2P1SA 4NF5B 1Y20A 3FVKA 1NKXA 4G68C 4H8IA 3FVNA 1A7LA 3C32A 1B0HA 4ZEIA 1VFDA 4NTLA 2I0CA 4MBPA 5TPAB 1XVXA 2CMOA 5J1DA 2RC9A 5AA2D 3TQLA 1PDAA 4FATA 3DP6A 1KWHA 3QAXA 4MFIA 4G8MA 2O69A 3W9WA 2Z8FA 2R9JA 4I8CA 4AQ4A 3PU5A 5B7DA 2FYIA 4IO2A 1B7HA 3C31A 1IEJA 2QS3A 3TUSA 3SESA 2NXOA 5I56A 4PFYA 3MVXA 1USYH 4I62A 5AA1A 3IB2A 3KOSA 1M5FA 4LQ5A 4H8JA 4LVQA 3H4ZA 2ONRA 3OEKA 1XHYA 4O3BA 2PT2A 2PBWA 4POXA 2YJPA 2UVGA 3VFJA 3ONMA 3K02A 4ZEKA 2V84A 4U23A 3S9NC 4GWOA 1O64A 2F6PA 4YB6A 1MM6A 4ZE8A 1LSTA 2HQ0A 4P0GA 5H8SA 5HBCA 3C34A 3OOAA 2VD3A 1J1NA 3N6UA 4G4PA 1T0KA 1FQDA 3MW0A 3MVWA 1ZKBA 5DVIA 3T9HB 3VE1B 4YMAA 5CMCA 2DE3A 1UIUA 2Y7PA 5HPQA 5ITPA 4OEVA 3G3GA 3U8QA 1OLCA 1URDA 2F5XA 4FJPA 1OVBA 4IY6A 3TELA 3Q26A 4PFWA 4X48A 2UXAA 2F6GA 3FXRA 2UVIA 2DOJA 2HZKA 2QPQA 3MP6A 1MPBA 4FORA 3C33A 3V89B 4GXAA 4YICA 3O97A 4NF6A 3PV0E 4PE5B 3EHSA 4FIMA 1MS7A 1EZOA 3G3IA 2A5SA 3BKIB 4LUBA 4U4XA 4KR5A 2PT1A 4RPNA 3V83A 3CIJA 3LSLA 3K6UA 3K1NA 1QVSA 1ZMGA 2ONKE 2ZNSA 4POWA 2XXYA 4O3CA 2QS4A 2AYSA 4F2OA 2IA4A 1M5EA 1WODA 1URGA 4KCDA 3N5LA 3U72A 1H45A 5AE4A 3C36A 5FHOA 1B2HA 4RK2A 1PB7A 1Y3NA 2D5WA 3TMGA 4KD5A 4ZS9A 1NNKA 2G93A 2HCAA 2XHDA 4R72A 1B0LA 3FV1A 2DE4A 3CVGA 3O29A 4DCYA 4G77A 3PMXA 5EHMA 1PBQA 3IK6B 3FXUA 4NWDA 1IQ7A 2UVJA 3MWBA 2H98A 1YPNA 3G7WA 4GIZA 3TTMA 4EXLA 1BLFA 2RCAA 3KEIA 1IXHA 1H43A 3FV2A 4NF8A 2I3VA 2D3IA 2ZYKA 3WAEA 4YKKA 3T22A 2FNCA 2THIA 5I58A 5AA2B 3E4RA 3EF7A 2DWHA 5L9SA 4NF4B 2PX1A 2QRYA 3ZSFA 5H8FA 3N94A 1LAHE 3V8XB 2Y7IA 2NOOA 2ONSA 2QMWA 2DSFA 5L9OA 1SDXA 1B4ZA 3TTKA 4F3PA 5AA4B 3M3KA 4G2ZA 3FIRA 1Y1ZA 3RQTA 2Y7WA 4M4GA 2Q9TA 1FQBA 4R6YA 5ISUA 3RUMA 3E3KA 5FTHA 5KCJA 3ZKLA 3TYHA 1I69A 3RPWA 4DZ1A 3TCFA 2ESNA 5DEXA 4F1UA 3CFZA 5EYFA 4R73A 3K1PA 1QULA 1FQFA 4IB2A 3GLBA 5DVJA 1LCFA 2KLFA 4H1XA 4IGRA 4DE8A 2AL5A 3FVOA 3L6GA 3T93B 2VHAA 3LC8A 3UORA 3QK6A 4OQOA 2XXWA 3JYRA 1B1HA 3O6IA 4F29A 1SW4A 3MVYA 4G8HA 3OELA 1SW1A 2A5TB 1MXUA 3IJXB 3QYTA 4OYVA 3T96B 2DE2A 1A54A 3O6HA 1B5HA 3FVGA 1POTA 3PPOA 4ZZAA 4F3SA 1B4HA 1MY1A 3BFTA 3L6HA 1DPEA 3H7MA 4QF9A 2REJA 1DOTA 2DS9A 1NH7A 2ZYMA 1LAXA 3MAMA 3S2VA 2Y7KA 3O6GA 2G29A 1IXGA 1A8EA 3PD9A 1P1WA 5I2NA 5KDTA 2XXIA 1LFHA 1A40A 4I9DA 3OXNA 4E0WA 3D4CA 4RA1A 2XXRA 2XXTA 4JWOA 3I5OA 3TTLA 3TCGA 1HSLA 4TOZA 2V3UA 3S9LC 3OO6A 3RTWB 3CRBA 4TQUQ 1RYXA 2P0SA 1BTJA 1D9VA 1ZIUA 1JW5A 4GVOA 1SBPA 1JW4A 2CZLA 3VLUA 3JZJA 3USDA 5CRYA 4H0WA 2O51A 2XX9A 5JEIA 3KJTA 3CFXA 4IO6A 3MZBA 3HCQA 3B6QA 5H8QB 1VE4A 2REGA 3FUZA 3UA8A 5JK4A 1JVYA 1S50A 1EH3A 1PBPA 3ODBA 2QL3A 5CI5A 5JTYA 3MQ9A 2XXUA 4JSDA 5H8NB 4XKQA 3MVZA 4WEDA 3GXAA 2NWJA 2OZZA 1F9BA 2OJTA 4QFKA 5A5XA 2ALUA 2OWTA 1ANFA 1XT8A 1LCTA 2R6GE 1WVJA 4BDNA 1AH5A 1Y3QA 4IO5A 3IAZA 4RK9A 1POY1 2GRVA 2F97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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