4YZZA

Crystal structure of a trap transporter solute binding protein (ipr025997) from bordetella bronchiseptica rb50 (bb0280, target efi-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NPTVRWRMSTSWPKSLDTIYGSADELCKRVGQLTDGKFEIRAFPGGELVPSAQNMDAVSNGTVECNHVLSTMYIGKNTALTFDTGLSFGLNARQHNAWIHYGGGLQQLRELYKKYNIVNHVCGNVGVQMGGWYRKEIKSTADLNGLNMRIGGIGGMVLSKLGVVPQQIPPGDIYPALEKGTIDAAEWIGPYDDEKLGFNKVAPYYYSPGWFEGSASITSMVNDKAWEALPPAYQAAFEAACGEQSMRMLANYDARNPLALRKLIAGGAKVSFFPKEVMDAVYKASQQLWTELSEKNPDFKAIYPGWKKFQEDEAGWFRVAENALDNYTFAAVARAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella bronchiseptica
publication title Crystal structure of a TRAP transporter solute binding protein (IPR025997) from Bordetella bronchiseptica RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site
rcsb
molecule keywords TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
total genus 133
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4yzzA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4yzzA01
3E4RA 3UIFA 2H99A 5KDTB 4LVQA 4KI0E 2RKMA 4NE4A 1P1OA 3EF7A 2FNCA 4BDNA 4ZECA 4NMYA 4U1ZA 4BDOA 1DSNA 5K2YA 1LCFA 3TTMA 1IITA 4TLMB 3HO7A 3K6WA 3IL1B 3L6HA 1FTJA 3EHSA 2OWTA 5ELVA 2VP1A 4M4GA 4BLAA 4YKIA 4OEUA 1JW1A 1MXVA 2UVHA 4NF8B 5A5XB 2IA4A 4PBHA 3Q25A 3K6VA 1B52A 2V25A 2ZMBA 4PFBA 3RY3A 3TPAA 4HCYA 1B7ZA 3VV5A 1N04A 5DTBA 1FQAA 3K2DA 4LN5A 3TKDA 4EDPA 4OFOA 4GLIA 3SETA 1AH5A 2O7UA 3T9HB 1LFIA 2I0BA 1N76A 4XIGQ 3H6TA 2Q9TA 3FUZA 4QHQA 4H6DA 1SD3A 1TFDA 3VVEA 2ZNTA 4N6DA 1B4ZA 4KQPA 2OBGA 2RCBA 4FEBA 4U21A 3LC8A 4PFWA 1IXGA 4GF8A 4PQJA 4MAGA 4KR5A 2F6GA 4KHZE 4PETA 3LUYA 3OO6A 4OETA 2R9JA 4RXLA 2F7CA 4EQ9A 3U92A 3LSFB 4PDHA 3FD3A 4P1LA 1RYOA 5JTYA 2B3BA 4R6KA 3T66A 4Z0IA 5CI5A 4G8HA 3KJTA 3E13X 1CE2A 3SEXA 4RK9A 4AB6A 3FATA 4EQBA 4IO4A 3DP8A 2OK2A 1GR2A 2Q8JA 1JEUA 4U23A 4UACA 3LSXA 3O6HA 2F6PA 1LFHA 4R6HA 5H8QB 3C31A 4C1UA 1FTMA 4OXVA 5AA2A 1MXWA 3LSLA 4POXA 3EHTA 2F34A 2XX9A 2XHDA 2PX1A 3G3HA 4ZEIA 1GVCA 4KD5A 5HM4B 1PDAA 1B05A 3PPOA 4PFRA 4EQ7A 2XXYA 3CG1A 3TFLA 1UIUA 4ZS9A 3KOSA 2ABHA 3KZGA 4P0IA 1HSEA 4IGRA 1KWHA 4MBPA 5JTYB 4OWDA 2QPQA 4JDFA 3FV2A 2R71A 3PUXE 1FTOA 2DOJA 3IO6A 3UN6A 4L17A 4WKMA 4OVRA 2QMXA 3LSWA 2A5SA 4ISUA 1A7LA 3M3KA 3BKIB 4PFTA 3M8UA 3OMBA 5JEIA 2NUVA 4FECA 4G77A 1OVTA 3P7IA 1GV8A 4H8JA 4GXSB 1UQWA 2Y7KA 3TUSA 1N7XA 3B6TA 1B32A 1NNTA 2M8CA 3HHFA 3G3KA 4P9KA 4TLLB 3U94A 2PMSA 4ONYA 3QSLA 1MH3A 1PB7A 4IY6A 4DXUA 1MQGA 1FQEA 2P2AA 1B40A 2AYSA 3C33A 4THIA 2QSXA 3MVZA 1SBPA 4IO6A 2Z8DA 2XA5A 3IJOB 3SEVA 2DWAA 2VHAA 4KCCA 2WYKA 2HEUA 1SQYA 1MPBA 1MQDA 4DCYA 3PUZE 1B58A 3S9EA 3U8QA 5I7IA 4G68C 4GXAA 5I56A 2GRVA 3GYYA 3QXMA 4ELQA 4G68A 4MNPA 1USYE 3K00A 3VLUA 3U93A 3FZVA 3ZKKA 1D9VA 2Y7WA 3IAZA 1DTGA 3K6UA 1QJMA 1AL3A 2UVJA 1NL5A 4KYDA 5L9OA 5IAIA 3OSQA 4G2ZA 1URGA 2CMOA 3TMGA 2GHAA 4EXLA 3SEWA 1B9JA 2Z8EA 4FJPA 4GVOA 3IOWA 4PFIA 1MQIA 3V89B 3RN8A 4DLDA 5KZTA 3E3KA 3OD7A 1MY2A 3CG3A 4F29A 4G4PA 1D9YA 3F11A 4PE5B 2V3UA 2HCAA 4R2BA 4OFJA 5DEXB 2I4CA 5FHNA 1SVXB 2XD3A 2QS2A 3MZ9A 2G93A 1QUJA 1II5A 2PVUA 4ND9A 3W9VA 4ZE9A 4QFNA 1UTHA 2DYXA 1GTKA 4PFYA 1N0TA 3PD8A 4QFOA 2ZNSA 3EQ1A 5I59A 3RUMA 3E9XA 3KEIA 4I8CA 2NVUB 4F39A 3TCHA 1B3HA 3FXRA 1USYH 3B7DA 3C4MA 2I49A 3MQ9A 2ONSA 5DYHA 4XFEA 2REGA 2P1SA 1O63A 1TFAA 2YJPA 1NNPA 1SI1A 4Q30B 1SYIA 5CBRA 1BKAA 4DXCA 1B0LA 5FHOA 1QUKA 4JSDA 4QFPA 1VFEA 5TPAA 2DWIA 4ELPA 4NX1A 3D4CA 1MM6A 1T0KA 3EN3A 2GFEA 3FJMA 3OOAA 2ONKE 4U22A 1QKAA 2FYIA 3IJXB 3I5OA 4OESA 5B7DA 1MH4A 4MNCA 1MDQA 3GXAA 4RY1A 2XXUA 4LA9A 4F22A 3HCQA 1UTHB 4F3PA 4N4UA 4EF1A 3KGCA 5I59B 3TELA 5TU0A 4MNIA 5FHMA 3DP6A 4Q8RA 1I69A 4ZZEA 4N6KA 4OVTA 4ZEFA 3RTWB 1SW2A 1XT8A 1FW0A 4R74A 4IO5A 4DI4B 2DVCA 2F8DA 4DE8A 2HXWA 4YAHX 2H5YA 4FATA 3OENA 3OO9A 3RT8A 3FVGA 5TPAB 4C1TA 2OLBA 4FAJA 4IB2A 5A5XA 3H4ZA 3BFTA 4X1DA 1N7WA 2R6GE 3FXUA 4K3FA 1XVYA 3RTFB 2HPGA 4ZEBA 1FQBA 1JETA 4GIZA 4JWYA 5BWJA 1JW4A 1IXCA 3RGYA 1ZBMA 1DOTA 1A54A 4F2QA 5KCJA 3MW0A 4ZDMA 3VXBA 2X7PA 3PUVE 4H5GA 2X26A 4O3CA 4DDDA 3O6IA 3DLNA 1Y3PA 4KCDA 3EHUA 4F19A 1OVBA 2DWJA 4H0WA 3UP9A 3PD9A 4P0GA 4PC9A 4F3SA 3KN8A 2XXPA 4N8GA 1Y4CA 4QFLA 1QUIA 4NF5A 4AQ4A 4GL8A 4OEVA 4YKPA 4NQ8A 3V8XB 3TYHA 4JWXA 2F5XA 5H8NB 3SKPA 4BDQA 1YCJA 1US4A 2F7AA 4DCXA 1MPDA 4PP0A 2O84X 4OTEA 2DWHA 3FXQA 4YB6A 1R6ZA 4OVSA 4EUOA 2THIA 4LZ7A 5KCJB 4OERA 1I6AA 3MVXA 5L9MA 5LOMA 2ANJA 4X04A 4N6PA 3ZKLA 4FORA 3ECRA 3S9NC 2I4BA 3FJGA 3N6UA 1JVXA 5H8QA 1OIBA 4XKRA 4IO2A 1WDNA 3O97A 3FGSA 3OELA 5IZZA 1IXHA 4F31B 3HV1A 4PBQA 2PT2A 3N5LA 4Z7EA 3HSTA 1MXZA 4QSEA 4NF5B 1ELJA 4P1EA 4IO3A 3T9VA 4POWA 5I58A 1OLCA 3OXNA 4MMPA 4YKKA 3M3FA 2D21A 4R73A 4X1BA 3N6TA 4PGPA 1R9LA 3IO4A 5FTIA 2E0SA 4GD5A 4JXIA 1JQFA 1DPPA 3PPPA 3G3GA 1EZOA 1ZMGA 3VLVA 1POTA 3Q29A 1TXFA 2IEEA 2AIXA 5HBCA 4E0WA 3Q26A 3HPIA 2F7BA 3KJ7A 4N07A 2PFZA 4EXKA 2UVIA 2B3FA 3TQWA 1PB9A 2Z8FA 1MXUA 1B51A 1AMFA 3ZSFA 1M5DA 4XKPA 3RNNA 3GBAA 3CIJA 3MVYA 5IKBA 1XOCA 2ZYNA 1QW0A 3KBRA 5I58B 4F18A 4WEPA 1NNKA 3N26A 3O28A 1B5JA 1SW1A 1H76A 3IB0A 2I3WA 3USDA 3CSBA 1NFTA 1EZPA 3TEPA 1I6QA 2PYYA 4F1YA 3SDFA 1MY4A 4RA1A 4XXUA 3CVGA 3SEYA 4XEQA 1Y1MA 3FASA 3THIA 2QS4A 3TTNA 1M5EA 5CMBA 4I9DA 4ECFA 1LGBC 3UA8A 2QMWA 1LFGA 3GLBA 4YMBA 3QAXA 4ELOA 4QSCA 1VE4A 3R6UA 2FA7A 4PGNA 3RQTA 3MZ1A 2HZKA 2Y84A 2I58A 3U72A 4NN3A 3O6GA 1A99A 3BFUA 2HZLA 1MQHA 3H6UA 3IR1A 3MUQA 1Y3NA 3LBSA 2CEYA 3PMWA 4P56A 5I57B 4LQ2A 4MX6A 1GGGA 5LTCA 3TDJA 5L8DA 1D4NA 4UA8A 2DQVA 1FQDA 1BP5A 4FEDA 4LZ8A 2QRYA 1ZLQA 3GZGA 4FIMA 1OQHA 1HSJA 5DEXA 5CMCA 1R9QA 5AA4B 3TTLA 1ZIUA 2DE2A 1MRPA 1B2HA 4WXJA 1XHYA 4DI3D 1S50A 4N8YA 2I6EA 1PEBA 2V3TA 1XVXA 1LB8A 1D3KA 4G8NA 5IM2A 4GL0A 1LB9A 4ZE8A 5FTHA 1NMUA 3C36A 1SDXA 3N94A 1FCKA 3OO7A 5DVFA 1MPCA 3QUFA 1DTZA 2XWKA 3I3VA 1LAHE 1B7UA 4RYAA 1IIWA 4YZZA 3QYTA 4PDDA 4R2FA 4O7MA 4O8MA 1RKMA 2XX7A 1BIYA 4F3GA 1A8EA 1EU8A 2F35A 2RF1A 5EYFA 2I3VA 5M2VA 2OJTA 4R75A 3S4UA 2QS3A 2VOZA 4NGUA 4N13A 4IY5A 1Q35A 2YLNA 4R9FA 4MLQA 5ITOA 2RC8A 5H8FB 1JVYA 3V5AA 4GFRA 2DSFA 4G8MA 4MHFA 1PC3A 3O9PA 5ISUA 1LSTA 4JBZA 4NTLA 3MP1A 5ITPA 2A5TA 5AA1A 2PT1A 4NWCA 3JYRA 5K2XA 1B6HA 5I2NB 2ESNA 1MY0A 3UORA 5CC2A 2DVZA 2CZLA 3UGWA 1JEVA 1MS7A 1JW5A 4YMAA 3A3UA 3PGFA 5BUUA 4U2RA 4F2OA 2O1LA 4AB5A 4F3BA 1EZ9A 3D4GA 3L6GA 2RC7A 1ZU0A 1IZ1A 4PAIA 3ILUB 4I1DA 3R26A 2XXVA 4HCWA 4DZ1A 1H44A 4P47A 4IGTA 2DE3A 3TODA 4OZ9A 3RLFE 1ATGA 3RPWA 4RPOA 1B5HA 1WVJA 2XXXA 1LAFE 2XWVA 4TQUQ 4KFQA 2RCAA 1O64A 3OEMA 4LP2B 1MXXA 2UYFA 1Q1KA 2VD2A 2A5TB 3U65A 3K1NA 3G7WA 2HAUA 4WEDA 1L5TA 1ZJLA 1MXYA 3MC2A 1S7YA 2Q88A 3K1MA 2XX8A 4I62A 5H8NA 3KSXA 3KOTA 2REJA 4OVPA 4NF4B 2QJEA 4NF0A 3PUYE 3K1PA 4QF9A 1P99A 2DE4A 3TCFA 5IGAA 1MY1A 4PAKA 4PFUA 4ELRA 3FV1A 4DXBA 1IXIA 5AE4A 3K02A 1MDP1 1Y1ZA 1N3XA 4H67A 3G3JA 3M3LA 3IOVA 3V83A 1B3LA 2H98A 3O29A 2V84A 1B3EA 2H4IA 1H3DA 1QULA 4ESXA 4Q0CA 5H8HB 2UYEA 2F36A 1VFDA 3C34A 3IK6B 2DXRA 4ZEKA 1ZTYA 5B70A 3TCGA 1O7TA 2BJJX 5F7VA 3DELB 1XC1A 1B4HA 2PBWA 3FXBA 5EHSA 2O68A 1Y20A 4PCDA 1BTJA 4HW8A 4LONB 5CM6A 2NWJA 1M5CA 2G29A 2UVGA 3K4UA 3R7XA 5I2KB 2RINA 4MFIA 1NNFA 2WX9A 3H06B 4RK2A 4MEVA 2ZZXA 1FTKA 1IEJA 4H5FA 4JB7A 4PE3A 2D3IA 1AIVA 3ODBA 2E1SA 3O66A 4H1XA 5I84A 3LR1A 3CR9A 3KSJA 4PF8A 3QIMA 1M5BA 3B6WA 3KN3A 4NHBA 4KYSA 1B1XA 2V4CA 3B6QA 4OHNA 2GH9A 1FQFA 3MPLA 1UTBB 3FVOA 3Q28A 3T9XB 4HS7A 3C35A 1M5FA 4MLVA 3HN0A 1UIVA 1B3FA 4LZ5A 2XXQA 3UK4A 1RYXA 4OMBA 3ONMA 2VPOA 2RC9A 3VE1B 2ZYKA 4O3AA 2Q89A 2AL5A 3VDFA 2AL4A 3K01A 1J1NA 4FE8A 1US5A 3G3FA 1H45A 4OYVA 2HAVA 3W15C 3H6VA 1DMBA 4O3BA 3TTRA 3SESA 2P0SA 4P3LA 3CFXA 4M1VA 4X48A 5L9SA 1MM7A 4P11A 1JNFA 3H6WA 4NF6A 2YPNA 3JV9A 5AA2D 4R72A 2O69A 2O51A 1SW4A 1I6BA 2H9BA 5J1DA 2XXHA 3S9MC 4KPTA 3KN7A 3VFJA 4XKQA 2HFBA 5F1QA 4MIJA 3A09A 3IB1A 2H25A 2Y7RA 4BDRA 4YU0A 4EF2A 4P8BA 2Q2AA 1F9BA 2V3QA 4N91A 2Q2CA 2X7QA 2W7YA 1Y4TA 3PV0E 2VGQA 1VSOA 5AA3A 1BLFA 1VR5A 1PB8A 4GOTA 3PMXA 3IX1A 4MCOA 4O94A 5HPQA 1LBCA 1HSLA 4N15A 3CSGA 3TTKA 5I57A 4NEDA 1YTVA 5CBSA 4NWDA 3MP8A 1QKBA 3Q27A 4MH5A 3ILTB 4NF6B 3DP4A 1QVSA 1ANFA 4PF6A 1LAXA 3TZAA 3RT6B 2XXRA 1LAGE 1PBQA 3CRBA 2OCUA 2XXKA 5AA4A 4HTGA 3KFMA 3T96B 4E0XA 3IOUA 1P1QA 3SERA 2VPNA 4QSDA 4F1VA 1N3WA 3EPEA 4QRZA 2Y7IA 4F1UA 3CI8A 3S2VA 4MF3A 4GRKA 1WODA 1FTLA 3A3CA 1NH8A 1POY1 3QK6A 1SI0A 3T93B 1LCTA 5AA2B 3IB2A 5CRYA 2ZZWA 4ESWA 4U4XA 2NXOA 2I48A 4GWOA 1IQ7A 2CEXA 3MBPA 4ZEDA 3MPKA 4R9GA 4TOZA 4OQOA 3I6VA 3BBRA 3S9LC 3VLWA 3GBBA 3PU5A 2O7IA 5H8SA 3T22A 3PPQA 3VVFA 5TP9A 3JZJA 5DVIA 3U1OA 3H3GA 3C32A 1Z7ME 4N17A 3PMVA 4Q5TA 2DP8A 2GHBA 2ZZVA 5CMKA 4LATA 1YPNA 2XD2A 4NG7A 4YICA 3MZBA 5H8FA 4IO7A 4OFLA 4R6YA 2PFYA 1OLAA 2XXIA 2VD3A 4OA4A 4BDLA 4XTCQ 1B1HA 1P1UA 3K0VA 4BDMA 1AOVA 4NAPA 3SEUA 4JSOA 4KYEA 5I2NA 4YB5A 1URDA 1B5IA 1R1NA 3T9UA 2ONRA 2NOOA 1SYHA 3WAEA 1TWYA 3OEKA 1TT1A 1Y3QA 3FVKA 5TP9B 2DXYA 2XXTA 3DM0A 1MQJA 3KG2A 4JWOA 2F78A 3WAFA 1SW5A 3FJ7A 1B7HA 2O6AA 3MP6A 1S9TA 3OSRA 1LLSA 2Z23A 3PPRA 2D5WA 3FIRA 4YKJA 2XXWA 1FQCA 3IOTA 4QFKA 1H43A 5EHMA 1A8FA 1B0HA 3TQLA 5I56B 2KLFA 4OANA 3MWBA 1A55A 2QS1A 4G68B 2HQ0A 2ALUA 4LUBA 4H8IA 4ZZAA 1OMPA 3K6XA 2ZXTA 4PAFA 1B3GA 4X9TA 1A40A 3MAMA 4RJZA 3G3IA 1NH7A 3PUWE 4NF4A 4OVJA 1CB6A 3W9WA 2WYPA 2XWOA 2Y7PA 3IORA 4LQ5A 2ZYOA 4UABA 1MG1A 4GQOA 1YAEA 2OZZA 2O1MA 1DPEA 1ZKBA 3C9HA 2QL3A 1EH3A 3PPNA 1OQGA 4YB7A 1URSA 1LBBA 3QUJA 5KDTA 1P1WA 2UXAA 2F97A 1B46A 1XS5A 4U1OA 5H8HA 1Z7NE 3MJNA 3AXFA 4OENA 5ICQA 4RPNA 1Y9UA 1P1NA 5I5PA 2B65A 3H03A 4RNSA 3TAJA 3VVDA 5ICTA 3H7MA 3VXCA 2I0CA 4OVQA 5I2KA 1N84A 4DIGA 4U4SA 4XKNA 4X8RA 3HHGA 5CMMA 2V93A 4XF5A 3MVWA 2XWIA 1PBPA 5DT6A 4C0RA 1IUDA 3FVNA 3OO8A 1NKXA 1MY3A 5JK4A 4H65A 4NF8A 3ZS6A 2LAOA 3O2AA 2ZYMA 2DS9A 2Z22A 3CFZA 3CFLA 5DVJA 2WKYA 2ZNUA 2OWSA 3B50A 1UTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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