4ZZEA

Raffinose and panose binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04, bound with panose
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
384
structure length
377
Chain Sequence
QVTLDFFQFKAEAADWFKQAAQEFEKENPDIRININDLRTRFVKDRVPDVITFNGDYSFGTFAASGVFHDFTDDPLVSELNEGMVNIAKNLVQTSDPAKKRLYGLPFAGNASGYIYNKDLFRKVGLDPDNPPQTWDEFIAMLKKFRDAGINPVQATLADAWTTQAPLASLAGTLVPESEYAALKSGDTTFKQIWTEPIEKEIELFKYADSEKGVTYQQGTQNFAKGTAAIIPLGTYAIPQITMVNKDIDLGFAQMPATNDASKQILTAGDDVILTMGANSRHKEQSMRFIRFLMSKKQLENYADAQSAITPLKETYFGNKALEPVRPFFESNRVADFCDHYIPSSINIGGYLQSAIMSGNVNQFIDSMQNEWNKVQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An ATP Binding Cassette Transporter Mediates the Uptake of alpha-(1,6)-Linked Dietary Oligosaccharides in Bifidobacterium and Correlates with Competitive Growth on These Substrates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar binding protein of ABC transporter system
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis
total genus 134
structure length 377
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zzeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zzeA02
2O84X 1ATGA 4WEDA 5CI5A 4F39A 1B7HA 4GL8A 4R2FA 3MQ9A 1LSTA 3QXMA 2DE2A 3PMWA 4PFYA 2ONKE 1DPEA 1YCJA 3OOAA 2QS2A 3BBRA 4DCXA 5ICTA 4H5FA 3LR1A 4F29A 1NNPA 1A8FA 1I6BA 1POTA 2IA4A 3MWBA 4ELPA 1SYIA 2ONRA 3U94A 5ISUA 3C32A 2D5WA 3K6WA 2REGA 3DLNA 1QULA 1SQYA 3EF7A 1FW0A 4TQUQ 2AL5A 1NH7A 1FTOA 4Q8RA 1B3EA 1RYXA 4BDQA 4RYAA 4I9DA 4POWA 4ZEBA 3MP6A 2DS9A 3THIA 1BLFA 2X7QA 5HM4B 4KCDA 1PBQA 4NTLA 2VP1A 4IO2A 5BWJA 2OJTA 4DXUA 1H44A 2G29A 2XD2A 4NMYA 4BLAA 3MJNA 3IR1A 5FTIA 3V89B 1JEUA 1Z7NE 1B1HA 5CMKA 4RY1A 3M3LA 4UACA 1OQHA 2F5XA 3KJ7A 2DP8A 1ELJA 2I48A 3TODA 2QJEA 5FHOA 3MBPA 2REJA 3T9HB 2XXIA 4R9FA 3KN7A 1A99A 4X1BA 4U23A 3T9UA 3FXRA 1Y4TA 2HAUA 4P0GA 2QL3A 1DSNA 3C35A 1MH4A 3QK6A 4ZECA 1UIVA 3U1OA 1MY3A 4XXUA 3VE1B 3B6TA 3RY3A 5AA2B 1EU8A 2I3WA 4M4GA 3LUYA 3SESA 4GFRA 2YPNA 3VVFA 2Z8EA 5F7VA 2RC7A 2VD3A 1MQGA 4G2ZA 1P99A 3G3IA 3IJXB 2O69A 2KLFA 1YAEA 2VGQA 4EF2A 4PFUA 3ZKLA 3RPWA 3T93B 2O1MA 4NF8A 2H4IA 5LOMA 2Y7WA 1IXHA 4LP2B 4R6YA 3TCGA 2UVHA 3K6VA 4OWDA 1MQJA 1A8EA 1EH3A 2HQ0A 1D9YA 2DVZA 4RXLA 4HW8A 3LSFB 2P2AA 1Y1MA 2HXWA 4RJZA 3N6TA 5I57A 2DE4A 4F3GA 1B4HA 1B40A 4YU0A 3LBSA 4YKPA 3OXNA 2BJJX 2PBWA 3O9PA 4JSOA 4FECA 5H8HA 5TPAB 4H0WA 4WKMA 3K01A 1IUDA 5H8SA 1MXWA 1EZOA 5J1DA 4F3BA 4BDNA 2DWJA 1LFHA 1B58A 3IORA 3TDJA 1B5HA 1J1NA 1B3GA 1QUJA 4U1ZA 3M8UA 3IO4A 3H6VA 4IY5A 4MBPA 5DEXA 5A5XA 3KFMA 3G3FA 4JXIA 4DZ1A 3LSLA 3L6HA 3KG2A 4MFIA 1LLSA 1Q1KA 3TTKA 4X48A 4NF8B 4OVJA 2HZLA 3U72A 3KOSA 3MZ9A 3O29A 3BFUA 4LZ8A 2GHBA 4DDDA 1CB6A 5I57B 4QF9A 2ALUA 2V93A 1MM6A 3HPIA 5L9OA 3TUSA 4U4XA 3MUQA 4F1UA 2DXRA 4HTGA 3FIRA 4EUOA 5H8HB 4KR5A 1ZTYA 2IEEA 4DE8A 4IO3A 3FV1A 4QRZA 2FNCA 4G77A 3P7IA 3KZGA 1NNKA 4XKRA 5ITPA 4RA1A 3C33A 2XXVA 3O2AA 2Y84A 4LZ5A 1FTKA 3RQTA 4C1TA 4PFTA 4IY6A 4YMAA 3FXQA 4OZ9A 2DWIA 3RN8A 1M5FA 3VFJA 2F97A 4R75A 1LAFE 3R26A 1ZIUA 2O7UA 5I58B 3PPPA 5DYHA 3MC2A 2UVJA 4H67A 2ZYOA 4XIGQ 1ZJLA 4H65A 5B7DA 4WEPA 3VXBA 3U92A 3SEWA 4GIZA 5CBSA 2P0SA 3SERA 3TQWA 2DOJA 4LONB 3EN3A 1S9TA 3MZBA 3O6IA 4BDRA 1QVSA 3TELA 1JW1A 3CG3A 1SW5A 1BTJA 4R73A 3PUZE 1MY1A 4JWOA 4R72A 3TYHA 1XHYA 1B5JA 3H3GA 4QFLA 2AIXA 3K6UA 3K2DA 4YB7A 3UA8A 4E0WA 2ZNUA 2ZNSA 4AB6A 1MDQA 1M5CA 5I56A 3KSJA 2GHAA 3TKDA 5CBRA 3FVGA 3B6QA 4U2RA 4FATA 4JWXA 2R9JA 1GVCA 1KWHA 3FVKA 1MXUA 1MH3A 2ZXTA 5CM6A 3U93A 3IL1B 1POY1 3UGWA 2HCAA 2OZZA 4G8MA 4EXKA 4GVOA 1IXIA 1WODA 2UYEA 4IO4A 4ZS9A 2NOOA 2A5TA 4N13A 3O66A 4EQ7A 1AOVA 1LAXA 3N6UA 2Z8FA 4OTEA 2VOZA 2H99A 3QYTA 4TLLB 1D9VA 4GF8A 4O3AA 4H8IA 5TP9A 3DP6A 1GR2A 1B3LA 1FTJA 3G7WA 1JETA 2QS1A 2F34A 2AYSA 4IO6A 4ZZEA 4QSEA 3W15C 4ISUA 1DTGA 2DXYA 3S9NC 4POXA 1RKMA 5I84A 3CFZA 3T9VA 3MZ1A 1F9BA 1TXFA 4ZZAA 4TOZA 2ZYKA 5IKBA 2QS3A 1O63A 1UTHA 2PX1A 2THIA 3CIJA 1P1OA 2B65A 4OFOA 3TFLA 4NF6A 1AH5A 1MXXA 2XD3A 3MVWA 4OMBA 1LAHE 5H8FA 3H4ZA 4MH5A 2RCBA 4X9TA 5ELVA 4H8JA 1BIYA 5KDTA 3KOTA 3KJTA 4YAHX 1N04A 5H8NA 4THIA 5I2KB 2ZMBA 3JV9A 4LATA 3W9WA 1MS7A 4G8NA 1MPDA 1B6HA 3RUMA 3G3JA 4ZDMA 3K02A 3KN8A 4F2QA 2O6AA 1MQIA 4C0RA 3K6XA 1UTHB 5KCJA 3H6WA 3OEMA 4FORA 1VFEA 4YMBA 3C36A 3H7MA 4NF6B 3N5LA 3VLVA 4ZEIA 4G68A 3R6UA 1JQFA 2DWAA 1MG1A 4ZEKA 2YLNA 1LGBC 4HS7A 4LA9A 2R6GE 1II5A 5AA1A 3A09A 5KDTB 4MLVA 4RK2A 4ONYA 1R6ZA 2XXTA 3FJMA 4F31B 3G3HA 1GGGA 2FYIA 3VVEA 3PPQA 2XXYA 1AMFA 2YJPA 3ILUB 1B51A 4R6KA 3CG1A 1OQGA 2RKMA 4QHQA 2QPQA 1N76A 3V5AA 4F22A 3VVDA 3H6TA 4ZEDA 1P1NA 3IX1A 2I58A 2O68A 3MVXA 2XX9A 1B3HA 2RC8A 3S4UA 1GTKA 1Y3PA 1OMPA 4JDFA 1B0HA 1FQBA 5KCJB 3Q25A 5F1QA 5AA4A 3KGCA 4QFOA 3TTRA 3RTWB 3PD9A 1MM7A 2Q9TA 4HCYA 3TTLA 1O64A 2XX8A 2PT2A 2ZYMA 2AL4A 2F78A 2GH9A 1QKAA 1SI0A 3LSXA 4ELRA 1JVXA 1USYH 1NMUA 2B3FA 2QMXA 4OYVA 4GWOA 3TTMA 3IJOB 5K2YA 2W7YA 2F35A 4P11A 4ESXA 4NF4A 3OSQA 2F7AA 3TCHA 4O3BA 3IOUA 1M5DA 1NFTA 4H1XA 2CMOA 2V3UA 4HCWA 1URDA 2Z23A 2E0SA 1US4A 4OETA 2A5SA 1IXGA 3O97A 1MXYA 3UN6A 3SKPA 5DVFA 1O7TA 1BKAA 3CI8A 1I6AA 3PU5A 4GXAA 1NNTA 3HN0A 1PB9A 3PUWE 5AA4B 3HCQA 2F7CA 1FQDA 1H45A 3UIFA 4LQ2A 3VXCA 4KD5A 1IZ1A 3KBRA 1XOCA 3S9LC 3T66A 3FZVA 2OCUA 3K00A 3V8XB 3O28A 1NL5A 2F6PA 2XXQA 2H98A 3TMGA 3GLBA 3IAZA 3MW0A 4NEDA 1VFDA 1B5IA 3FVNA 1PB8A 4XKPA 4XTCQ 2OWTA 4DXBA 4FEDA 2RINA 4ESWA 2NVUB 5HBCA 2B3BA 4DCYA 3WAEA 4KQPA 3QAXA 3G3GA 1B0LA 5CMMA 1MQDA 2UXAA 4BDLA 3I5OA 4RPOA 4OXVA 1MY0A 4ZE8A 3ZSFA 3QSLA 4OEUA 3JZJA 3MVYA 2GRVA 1R1NA 5EYFA 3K1NA 4JB7A 3PUVE 3TTNA 4QSCA 1SYHA 4ELQA 3DELB 5DEXB 5A5XB 4QFPA 4FE8A 3DM0A 2XXXA 3OSRA 2OBGA 1EZPA 2ONSA 2UVGA 4IGTA 1URSA 5JK4A 1H3DA 1N0TA 5KZTA 5HPQA 5DTBA 2E1SA 2OLBA 3E3KA 2XXPA 4ZE9A 1R9QA 2I0CA 4PE5B 1DMBA 4EF1A 3SEUA 4FAJA 3QUFA 4XKQA 4L17A 2P1SA 3IOWA 1PBPA 4P0IA 1OLCA 3PD8A 1VSOA 2Y7PA 1B05A 1VR5A 1JW5A 2DSFA 3LC8A 1UTBA 1M5BA 3T96B 4KI0E 4F1YA 3KN3A 3RLFE 1I69A 2PT1A 5AA2D 2H9BA 3PPNA 2HFBA 2OK2A 4Q0CA 3E4RA 5L9MA 2HAVA 5EHMA 3RNNA 3HHFA 4YKKA 4JBZA 2Z22A 3CSBA 3GBBA 2ANJA 4YB5A 1FQEA 2HZKA 1ZLQA 2Y7IA 4PP0A 3FGSA 3BFTA 3IK6B 1MXVA 1AL3A 3E13X 2Q89A 1MDP1 1SD3A 3A3CA 1LBBA 4DXCA 4YZZA 1ZKBA 1Z7ME 1Q35A 3OMBA 1TFDA 5CMBA 4RK9A 5FHNA 1Y3NA 4MF3A 3OO8A 1Y3QA 3MPKA 1MY4A 1VE4A 3TQLA 1MXZA 4Z7EA 4EDPA 2I0BA 1LAGE 1Y20A 2H5YA 2O1LA 2FA7A 3IB1A 3H03A 4EQ9A 1DPPA 3MVZA 1FCKA 1HSLA 4GL0A 3BKIB 3C4MA 5I56B 3USDA 4LQ5A 1N3XA 3EHUA 3QIMA 4Q30B 4AB5A 4TLMB 1A54A 2QRYA 4FEBA 3IOTA 5FHMA 3G3KA 1QW0A 5DT6A 4F18A 3OEKA 2A5TB 1N7XA 1XT8A 4PFWA 1SW1A 1URGA 3MP8A 1TWYA 4GQOA 1B46A 1MPCA 2QMWA 3M3KA 3LSWA 3ECRA 1B1XA 1IIWA 1XVXA 4N07A 5IAIA 5TP9B 4C1UA 2I6EA 3DP8A 1A40A 1QUIA 3T9XB 5DVIA 4I1DA 4IGRA 3Q26A 3IB2A 1EZ9A 1AIVA 4R9GA 3FASA 3M3FA 3AXFA 3MAMA 1JEVA 5CC2A 1PDAA 3OO7A 3FJ7A 1LCFA 2ZNTA 3FV2A 1B32A 1GV8A 2ABHA 3SEXA 4LZ7A 3H06B 1B4ZA 4GXSB 1PC3A 3VLWA 1QJMA 5L9SA 2QSXA 4ELOA 3OO6A 4R6HA 1N84A 3K0VA 4IB2A 1R9LA 3KSXA 4LUBA 3Q29A 3Q28A 5H8FB 1YPNA 4DLDA 5EHSA 5AA2A 2D3IA 5ITOA 1CE2A 4FIMA 3F11A 4ECFA 1MQHA 1SW2A 4JSDA 3K1PA 3VDFA 3GZGA 4ND9A 3ONMA 4R74A 5ICQA 4NWDA 4R2BA 5H8NB 3UP9A 2F6GA 3MPLA 2R71A 1IEJA 3E9XA 4GLIA 4AQ4A 4OQOA 4ZEFA 1LB8A 3CSGA 2Q88A 2Q2AA 1XVYA 3IO6A 1DOTA 4BDMA 2I4CA 1RYOA 3S2VA 3ZS6A 1P1UA 4BDOA 1B3FA 1DTZA 3VV5A 2V3TA 3C9HA 1JVYA 3RTFB 3D4GA 3TPAA 1OVBA 1A7LA 3D4CA 2DVCA 5TPAA 1Y1ZA 2RCAA 2Y7KA 1HSEA 4H6DA 3L6GA 4G68B 4OFLA 3CVGA 2Z8DA 5M2VA 3PPOA 1N3WA 1SDXA 1LB9A 3GXAA 5FTHA 3IOVA 3VLUA 2Q2CA 1NNFA 1H43A 1HSJA 1B9JA 4I8CA 3N94A 2DE3A 5K2XA 4E0XA 1TFAA 4YKJA 2V3QA 1S7YA 3TEPA 4KCCA 4NF5A 1B7ZA 3FD3A 1PEBA 1MY2A 2X7PA 3I3VA 3RT6B 4G68C 2DQVA 1BP5A 3W9VA 5CRYA 1Y4CA 3T22A 3O6GA 4PETA 3EQ1A 1QKBA 1ZU0A 2Y7RA 5AE4A 4Q5TA 2RF1A 5JTYA 2HEUA 1FQCA 2XX7A 1LFGA 3I6VA 3RT8A 3PUXE 4RNSA 3V83A 1JNFA 3K1MA 2I4BA 1A55A 4Z0IA 3FJGA 3PUYE 3R7XA 1MRPA 3IB0A 4GRKA 2OWSA 4G8HA 4KYDA 4X1DA 4MLQA 2ZYNA 1Y9UA 3OELA 2DWHA 3A3UA 1SI1A 3GBAA 4H5GA 3FUZA 5JEIA 2O7IA 1ZMGA 1B52A 1OLAA 2RC9A 1M5EA 2XXHA 3EPEA 4NF5B 3HO7A 1UIUA 4YB6A 3KEIA 5I58A 4NF4B 2VHAA 3OO9A 3CRBA 1NH8A 1ZBMA 3OENA 5DVJA 4XKNA 3QUJA 3HV1A 3HSTA 3ZKKA 2LAOA 3ILTB 4YKIA 2I49A 3ODBA 4KYEA 4U4SA 4GOTA 4LVQA 4I62A 2XXWA 2F7BA 5JTYB 2F8DA 2M8CA 1N7WA 3TZAA 4RPNA 2UVIA 4NWCA 2CZLA 1WDNA 4F1VA 3RGYA 5I59A 2V84A 1SBPA 5L8DA 4OEVA 1SW4A 1IITA 3EHSA 3S9EA 1S50A 3C31A 5I2NA 3OD7A 4N6PA 4PQJA 4QSDA 4M1VA 2NXOA 4NE4A 1XC1A 3TAJA 3TCFA 3SEYA 4G4PA 3HHGA 1ANFA 2XXUA 3O6HA 2PYYA 4F3SA 3C34A 1P1WA 4QFKA 4OENA 4DIGA 2I3VA 3FVOA 1D4NA 1LFIA 5H8QA 2Q8JA 3K4UA 1USYE 2GFEA 3U8QA 3SDFA 4JWYA 3JYRA 5AA3A 2PMSA 1LBCA 4KFQA 1XS5A 3B7DA 1SVXB 1B7UA 3UORA 1YTVA 4GD5A 1D3KA 1FQAA 1L5TA 1WVJA 3PPRA 4U22A 4OERA 2H25A 4OHNA 3SEVA 5I59B 3PGFA 4F2OA 5I2NB 2F36A 4IO5A 3S9MC 1IQ7A 3CFLA 4WXJA 3MP1A 3B6WA 1PB7A 4OESA 4F19A 2QS4A 2D21A 3FXUA 1IXCA 3UK4A 4IO7A 3SETA 2XHDA 4U21A 4OFJA 2VD2A 5TU0A 1FTLA 4KHZE 1MPBA 1I6QA 4O3CA 2NUVA 5H8QB 4UA8A 4KPTA 3H6UA 4U1OA 5I2KA 4QFNA 1T0KA 1H76A 2ESNA 4EXLA 1LCTA 4EQBA 3Q27A 3EHTA 2DYXA 2PVUA 3PMXA 3CFXA 3N26A 1UTBB 3DP4A 2NWJA 5CMCA 3PV0E 1QUKA 1JW4A 2G93A 3CR9A 1OVTA 2V25A 4KYSA 4K3FA 3WAFA 2XXRA 2O51A 1OIBA 3FATA 4FJPA 1US5A 1NKXA 1TT1A 1B2HA 5B70A 1FTMA 5BUUA 2X26A 1FQFA 4F3PA 3PMVA 4YICA 1P1QA 2WKYA 2UYFA 1UQWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RPLB 2O84X 1ATGA 4WEDA 5CI5A 3GYYA 1B7HA 4GL8A 4F39A 4R2FA 3MQ9A 1LSTA 3QXMA 2DE2A 3PMWA 4PFYA 2ONKE 1DPEA 1YCJA 3OOAA 2QS2A 3BBRA 1VDWA 4DCXA 5ICTA 4H5FA 3LR1A 4F29A 1DK4A 1NNPA 1A8FA 1I6BA 1POTA 2IA4A 3MWBA 4ELPA 1SYIA 4MMPA 2ONRA 3U94A 5ISUA 3C32A 2D5WA 3K6WA 5ET5A 2REGA 3DLNA 1QULA 1SQYA 2F3DA 2P3VA 4O7IA 3EF7A 4PE3A 1FW0A 4TQUQ 2AL5A 2XXKA 1NH7A 1FTOA 2WBDA 4Q8RA 1B3EA 4PAKA 1RYXA 4BDQA 4RYAA 4I9DA 3IFAA 4POWA 5EYGA 4ZEBA 3MP6A 2DS9A 2R8TA 3THIA 1BLFA 2X7QA 4GWSA 5HM4B 1NI9A 4KCDA 1PBQA 4NTLA 2VP1A 4IO2A 5BWJA 2OJTA 4DXUA 1H44A 3BIGA 2G29A 4GX4A 4GX3A 2XD2A 4NMYA 4BLAA 3MJNA 3IR1A 5FTIA 1NUYA 3V89B 1JEUA 1Z7NE 1B1HA 5CMKA 4RY1A 3M3LA 4UACA 2BJIA 1OQHA 2F5XA 3KJ7A 2DP8A 4PF6A 1ELJA 4PFRA 2I48A 3TODA 2QJEA 5FHOA 3MBPA 2REJA 3T9HB 2XXIA 4R9FA 3KN7A 1A99A 4PAIA 4X1BA 4U23A 4P56A 3T9UA 3FXRA 1Y4TA 2HAUA 4P0GA 2QL3A 1DSNA 3C35A 1MH4A 3QK6A 5IZ3A 4ZECA 4HE0A 1UIVA 3U1OA 2CZIA 2VPNA 1MY3A 4XXUA 3VE1B 3B6TA 3RY3A 5AA2B 1EU8A 2I3WA 4M4GA 3LUYA 3SESA 4GFRA 2YPNA 2FIXA 3VVFA 1G0IA 2Z8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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