4AB6A

Regulatory domain structure of nmb2055 (metr), c103s c106s mutant, a lysr family regulator from n. meningitidis
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
215
structure length
214
Chain Sequence
AGELRIAVESHTSFDWLMPAMGEFRPMWPQVELDIVSGQADPVGLLLQHRADLAIVSEAEKQNGISFQPLFAYEMVGICAPDHPLAAKNVWTAEDFIGETLITYPVPDEMLDLPKKILIPKNINPPRRHSELTIAIIQLVASRRGIAALPYWTVMPYLEKGYVVHRQITADGLQSKLYAAIRTEDTDKSYLNNFCQIIRERGFADLPGLSELEP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
publication title Structure of the Regulatory Domain of the Lysr Family Regulator Nmb2055 (Metr-Like Protein) from Neisseria Meningitidis
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 53
structure length 214
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab6A02
2ZYMA 2ONKE 3UIFA 2RCAA 1IXGA 1I6QA 3IL1B 4JDFA 2I58A 2O84X 3ZS6A 4FIMA 3D4CA 3R6UA 4YB5A 1B58A 3PPRA 3N5LA 5FHOA 3W9VA 3E9XA 3V89B 1POY1 4Z0IA 4HW8A 1POTA 3F11A 2A5TB 1BIYA 3OSRA 4U22A 4L17A 4WKMA 2QS3A 4H8JA 3G3GA 3ZKLA 2OWTA 2OJTA 4QFLA 4G4PA 1SYIA 4ZZAA 5FTHA 5CMMA 4R9FA 3TCGA 2O1LA 5L9SA 4R6HA 3GBAA 2I49A 4H5FA 1B2HA 2QPQA 4HCWA 3GZGA 3HCQA 1JW1A 1QUKA 3EPEA 4PFYA 5J1DA 4I9DA 2ONRA 3TCHA 4JWYA 4ESXA 5AA2B 2ALUA 2UYEA 4TLLB 3IB2A 2DQVA 1OQHA 4YMBA 4F2QA 5JTYB 4G8NA 1YCJA 1CE2A 2ZMBA 5KZTA 5F1QA 3ILTB 3MZBA 5BWJA 3WAFA 4PFWA 3MP6A 1MPBA 1JETA 3M3KA 1FTOA 1UIVA 3SEWA 1TT1A 5CBSA 4GWOA 3OELA 3CI8A 1SYHA 1FTMA 4R9GA 1NNKA 2DWIA 4ZECA 3PUXE 1MXVA 4G68C 4YKJA 1NNPA 4YICA 3TDJA 3H6UA 3QSLA 5EYFA 1NH8A 1PB8A 3MVXA 2THIA 5L9OA 4HS7A 1SVXB 3O6IA 1VR5A 5ITPA 4GD5A 4R73A 2H99A 2CMOA 1IUDA 4FORA 1VSOA 3PUYE 1VFEA 1A40A 2P0SA 2VD3A 3IOWA 1A8FA 4F39A 3VDFA 2RKMA 1ZBMA 4IO3A 1XVYA 4ONYA 4ZE8A 3K1NA 1D9VA 2ZYNA 3PPOA 4OENA 1LAGE 4RYAA 4ISUA 2DP8A 4NEDA 5A5XA 4GF8A 5DEXA 5H8NA 1B05A 2DS9A 1EH3A 1B40A 1J1NA 1XOCA 2XX9A 3HSTA 3I6VA 2R6GE 5H8FA 1HSJA 3L6GA 3KOTA 3VLWA 1O63A 1USYH 3CVGA 2RC8A 3V83A 3G3JA 3U92A 3E4RA 4KYSA 3TODA 4JXIA 2R71A 3K0VA 4OEVA 1T0KA 2VD2A 3IO6A 2LAOA 3CIJA 4OTEA 3E13X 4RK2A 3UA8A 3Q26A 1B7ZA 1D3KA 4U21A 1URGA 2XXYA 3C35A 4THIA 4I62A 1DPEA 3TTKA 1YTVA 3C34A 1LB8A 4Q5TA 4H5GA 2GHAA 2B3BA 3QUJA 3K01A 4I1DA 1S9TA 3SEXA 5TP9B 1N3WA 4BDRA 2I4BA 4R6KA 3KSJA 4K3FA 2O68A 2YPNA 1CB6A 3N26A 3QK6A 2PT1A 5ISUA 5TU0A 4Q8RA 1JVYA 1VFDA 5A5XB 1MY2A 2ZNSA 5DEXB 1XHYA 5H8NB 1MDQA 1MPCA 2DVZA 2H9BA 3HV1A 3SKPA 5BUUA 2F36A 2V25A 1ELJA 3M3LA 3MPKA 5I59A 1F9BA 2Y7IA 3ZKKA 4ESWA 5FHNA 4F19A 2P2AA 2XD2A 4QSDA 1H3DA 3IAZA 4GLIA 4OZ9A 5I58B 4WEPA 1EZ9A 3PU5A 4U1OA 1Y1MA 1SQYA 1AL3A 2QS1A 3LSXA 4QFKA 1Y20A 1MH4A 1Q1KA 1MXYA 1EU8A 1SI0A 3R7XA 2PYYA 1B3HA 4XIGQ 2REJA 2E0SA 4JB7A 3G7WA 3T93B 1JW4A 2Z22A 3MJNA 4R74A 1JW5A 3FVKA 4NF6B 1B3LA 3JZJA 2REGA 2XXQA 1QULA 4EQ9A 1II5A 4XTCQ 1L5TA 1B7HA 1RYOA 3MVZA 1LFIA 3H6TA 1SW1A 3QYTA 4BDLA 4OFOA 3RNNA 3CSBA 3OOAA 4IO4A 4OETA 4DCYA 1BP5A 3L6HA 4FJPA 1P1OA 3A3UA 1OMPA 2A5SA 4XKPA 3OO9A 2ONSA 3T9HB 5I84A 4LA9A 2O6AA 2F34A 3VVEA 1TXFA 5DTBA 4OFLA 5F7VA 1NL5A 1P1UA 1JEVA 4LZ7A 1Y3QA 3PD8A 4R72A 2CZLA 4NWDA 2QSXA 1NH7A 1IXCA 1N0TA 1IIWA 2XXRA 5L9MA 1URSA 1M5CA 2V93A 4LVQA 3T9XB 3S9EA 3B6TA 5CM6A 2KLFA 1OQGA 1I69A 3FXQA 4ZDMA 2V3TA 2Q2AA 2X7PA 3IB1A 1ZIUA 3FZVA 4F31B 5TPAA 4F1VA 2ZNUA 1PB7A 1OVTA 3O29A 1ZMGA 1H76A 2F7BA 3H3GA 4TQUQ 1B4ZA 2GRVA 4O3BA 2PMSA 3T9VA 2OLBA 3FGSA 4DZ1A 3B6QA 4G68B 1FCKA 3FJ7A 3RQTA 4PETA 5CRYA 2UVHA 4GIZA 4NE4A 2OK2A 1R9LA 3HO7A 4KFQA 2V3UA 3RUMA 2UVGA 2XXWA 5IKBA 4ZEIA 2DE2A 2NXOA 1BKAA 1SI1A 1S7YA 3VVDA 4RNSA 1IXHA 3OXNA 4KYDA 3O28A 4FEBA 2R9JA 3PUZE 4QF9A 4R75A 2VHAA 3SETA 3SERA 3IX1A 2VOZA 1A99A 5M2VA 4LZ5A 4KCCA 1ATGA 3Q25A 2Y7PA 3H7MA 3V5AA 1SBPA 3HHGA 1MQDA 4KHZE 1O64A 4C0RA 1AIVA 3TQWA 4OYVA 3MVWA 2D3IA 4U4SA 2XHDA 4GL8A 4KR5A 1B0LA 4N13A 4EF1A 4F3PA 1Z7NE 3G3HA 3PV0E 5L8DA 4OVJA 1LAFE 5TPAB 1LBBA 3GXAA 4IO2A 1GVCA 2V84A 4PE5B 3K6XA 4DLDA 2F35A 3OEMA 1P1WA 1MXXA 4DXBA 5ICQA 4XKQA 5EHSA 3CSGA 1QW0A 3AXFA 2B65A 1B9JA 4I8CA 3MAMA 1GGGA 1WVJA 3KN3A 1JVXA 3RGYA 4MLVA 3SEUA 3CFLA 4EXLA 4GOTA 3PPNA 4FECA 3CRBA 3FJGA 1FQCA 2E1SA 4GFRA 5CMKA 3MUQA 3S9LC 1QKBA 3OD7A 1LFHA 4EXKA 2G93A 1PEBA 2Y84A 4H67A 1USYE 4JSDA 2ZNTA 1N76A 4P0IA 1D9YA 4XXUA 3PD9A 3VXBA 1B6HA 4RK9A 1FQFA 1UTHA 3HPIA 3K6WA 2XXTA 3CFXA 3ONMA 5ELVA 2UVIA 2Z8FA 1AMFA 2I0CA 2D5WA 2Q2CA 3GBBA 3LR1A 3ZSFA 1ZJLA 1FQEA 4E0WA 1B32A 4IO6A 3A09A 1DOTA 2PBWA 2Z8DA 3C4MA 3TTLA 1B1XA 1B5JA 4U23A 3CR9A 4R2FA 4H0WA 1R1NA 4WXJA 3CG1A 3K4UA 4GRKA 3O66A 3IO4A 3UGWA 4MF3A 3MC2A 1N04A 5B7DA 2ESNA 1MY0A 3OMBA 4F22A 4ND9A 2XX8A 3T22A 2PT2A 1AOVA 1DTGA 3JV9A 4FEDA 3UK4A 4LZ8A 1JQFA 3EHUA 4QHQA 4UACA 4JSOA 1LB9A 1MM6A 1B52A 2DWAA 3UN6A 5AE4A 1QKAA 2O7UA 4ZS9A 3QIMA 3RY3A 4RPOA 3U93A 3DM0A 3TPAA 3R26A 3VVFA 3IOUA 4AQ4A 2XXXA 5LOMA 3SEYA 4DCXA 3H06B 3V8XB 5ICTA 3TUSA 4F1UA 4MBPA 1B1HA 1MPDA 2XXUA 2ZYOA 3DELB 3IK6B 3K1PA 5AA2D 1XT8A 4OEUA 1M5DA 3EHTA 4EDPA 2I6EA 3M3FA 5I57A 3EF7A 1TWYA 1URDA 3S2VA 3GLBA 3LC8A 3U94A 4FATA 3PUVE 4F18A 1HSLA 5I56A 4RXLA 2XXVA 3BBRA 5H8FB 4YAHX 3USDA 3QXMA 5KCJA 4IY5A 3KFMA 2AYSA 4POXA 1S50A 1XVXA 1MH3A 1LCTA 2HXWA 3KJTA 3IJXB 4NF5A 4XKNA 4RA1A 3KBRA 1B3EA 2Y7KA 2AIXA 3W15C 3C31A 4LP2B 2G29A 2OWSA 1UTBA 3C32A 4C1TA 3ILUB 3MVYA 2YLNA 2NVUB 3MW0A 3S9NC 3IORA 3MQ9A 4X9TA 5KDTA 4BDMA 3TTNA 1EZPA 4YB7A 1H45A 1A8EA 3OO8A 3CFZA 1MRPA 3E3KA 3TCFA 4X1DA 3TAJA 3QUFA 4LQ5A 3W9WA 4QFPA 1N7XA 3VXCA 1GV8A 1US4A 3OO6A 1US5A 1Y1ZA 1A7LA 3MZ1A 4RJZA 1MQIA 1SW2A 4LQ2A 4U4XA 4M1VA 4OXVA 4O3AA 4X1BA 3S9MC 1LAHE 3TEPA 5DVFA 3K00A 2OBGA 4OWDA 2QRYA 1O7TA 4G77A 2IA4A 4OESA 4Q30B 4OQOA 5I59B 2GH9A 3BFTA 4MH5A 3TTRA 1UQWA 2ANJA 5JEIA 1WODA 5HBCA 1SDXA 4QSEA 1NFTA 2DVCA 2XXIA 2DE4A 5EHMA 2WKYA 3KOSA 2O1MA 2XD3A 2F7AA 4NTLA 4HTGA 4YU0A 4F29A 2RF1A 5AA3A 5KDTB 4EQ7A 2O69A 1FTLA 5I2KA 4MFIA 1Q35A 2M8CA 1Y4CA 1MY3A 4IO5A 3K6VA 1M5FA 5FHMA 2NOOA 1QUJA 2DOJA 4ECFA 3I5OA 4F3GA 3UP9A 3H6VA 3RLFE 1RKMA 4GVOA 4QFNA 1MDP1 2H25A 2UYFA 2ZYKA 2H5YA 4NMYA 2YJPA 5DVIA 3C33A 3IOTA 4IGRA 4ELRA 3JYRA 1QJMA 2Z8EA 1FTJA 1I6BA 2RC7A 1N7WA 3ECRA 3HHFA 4YMAA 4DXCA 3TMGA 2I3VA 3DP8A 1OLCA 4IO7A 1A55A 5AA1A 3O6GA 3LSFB 4KCDA 3MPLA 1HSEA 4KYEA 2XX7A 3IR1A 5DVJA 3KSXA 1BTJA 1A54A 1ZKBA 3TYHA 3U72A 4NF4A 2XXPA 1Y4TA 2QMWA 1KWHA 3BFUA 5I2KB 4RY1A 1UIUA 4ZE9A 2F97A 4JWOA 4BDNA 1GR2A 3MP8A 4OHNA 4G2ZA 1VE4A 2F6GA 4R2BA 1R9QA 3K6UA 1M5BA 1TFDA 1P99A 1SW5A 3T9UA 4YZZA 1MXZA 2F78A 4AB5A 3PPQA 4DE8A 4C1UA 3TQLA 3FVNA 2I0BA 3O97A 3Q29A 4ZEBA 4LUBA 3MZ9A 4XKRA 2DXYA 3B7DA 2HZLA 3OENA 1OVBA 3S4UA 3B6WA 2UXAA 4ZEFA 2Q8JA 4AB6A 4IB2A 3T96B 1FTKA 1JNFA 3ODBA 4FAJA 2O7IA 2HAVA 2DWJA 2DSFA 4Z7EA 2Q9TA 4PFTA 2I4CA 4ELOA 4ZEKA 1IXIA 1LSTA 2PX1A 5CMBA 3FUZA 4ZEDA 2FYIA 4RPNA 3G3KA 1AH5A 1Y9UA 1MXUA 5CI5A 1LBCA 1BLFA 1DSNA 1ZTYA 2O51A 2UVJA 4NF4B 2Q89A 4LATA 2Y7RA 3SEVA 2NWJA 1B5IA 2I48A 3H4ZA 2RC9A 4PP0A 4YB6A 1H44A 1LGBC 1B0HA 1MY1A 1XS5A 2QMXA 4QSCA 2HAUA 2D21A 3LSLA 4E0XA 3H6WA 3N6TA 1MQGA 2F5XA 4DXUA 3SESA 2H98A 4NF8A 3IB0A 1PC3A 3N6UA 4U2RA 3FASA 4TLMB 3A3CA 3VLUA 5TP9A 4PQJA 3G3IA 1Y3PA 5HPQA 3H03A 1M5EA 1PBPA 4BDQA 2DWHA 4IY6A 2X26A 3KZGA 3MP1A 3TFLA 4YKKA 1IEJA 5DYHA 1NNTA 3LBSA 1DPPA 2V3QA 4EUOA 4JWXA 3OO7A 2PVUA 3O2AA 4OERA 1DMBA 1MXWA 1PDAA 1NNFA 1MY4A 4KQPA 3KN8A 2AL4A 1YPNA 2F7CA 4F3BA 1SW4A 4R6YA 1MM7A 5H8QA 4OFJA 3P7IA 3O9PA 1ZU0A 1MS7A 3VLVA 3K1MA 4EF2A 3DP4A 3VFJA 2FA7A 2QL3A 1UTHB 2W7YA 4POWA 3WAEA 5I58A 2B3FA 3O6HA 2HFBA 3SDFA 3FV1A 1OLAA 3C9HA 4KPTA 5K2XA 2I3WA 1RYXA 5H8SA 4O3CA 1YAEA 3KJ7A 4NF8B 3KN7A 1WDNA 3G3FA 3FJMA 3FVGA 3KG2A 3TELA 2X7QA 5AA4A 1MG1A 2Q88A 1Z7ME 3FATA 4NF6A 1MQJA 3DP6A 3OEKA 4GL0A 3THIA 3PUWE 5HM4B 1H43A 4UA8A 4TOZA 5K2YA 3TTMA 1QVSA 1ZLQA 3EN3A 4EQBA 3CG3A 5CBRA 3K2DA 5I2NA 3EQ1A 4G8HA 3RT8A 4LONB 1OIBA 1B4HA 2OZZA 4DDDA 1TFAA 4Q0CA 3M8UA 4M4GA 1NKXA 3I3VA 4P11A 3Q27A 4N6PA 5H8QB 4G8MA 5ITOA 1SD3A 1B51A 5IAIA 4U1ZA 1GTKA 1FQBA 5CMCA 4GXSB 1N3XA 3U1OA 5B70A 2F8DA 1FW0A 4F3SA 4IGTA 4GXAA 3TKDA 4H8IA 4F1YA 2OCUA 2DYXA 1P1NA 3FXUA 4GQOA 4MLQA 1FQAA 5DT6A 3RTFB 5H8HA 1NMUA 1QUIA 4N07A 3RTWB 3LUYA 1PB9A 2Y7WA 2ZXTA 5I57B 1LAXA 5AA4B 1XC1A 4JBZA 4DIGA 1EZOA 3PMVA 4X48A 4YKIA 2BJJX 3LSWA 2QS2A 2F6PA 4BLAA 3Q28A 1Y3NA 3DLNA 3IOVA 3RPWA 5I56B 4KD5A 3D4GA 1B5HA 3FVOA 4PFUA 1LLSA 2DE3A 1ANFA 4G68A 3FIRA 3QAXA 5KCJB 3IJOB 2QJEA 1MQHA 3KGCA 2XXHA 5I2NB 4NF5B 3HN0A 1PBQA 2ABHA 4H1XA 1UTBB 1P1QA 5CC2A 1R6ZA 2HQ0A 4QFOA 2H4IA 3PGFA 4NWCA 2DXRA 4HCYA 2QS4A 1B3FA 3FV2A 3UORA 4ELPA 3PMXA 4P0GA 2P1SA 1I6AA 2HCAA 3C36A 1DTZA 2NUVA 4H65A 3MBPA 4H6DA 3FXRA 3PMWA 2IEEA 3U8QA 4OMBA 3N94A 1IZ1A 5JK4A 5FTIA 3BKIB 2FNCA 3KEIA 2A5TA 2GFEA 1B7UA 5H8HB 3FD3A 3T66A 3VV5A 1FQDA 2HZKA 4ZZEA 3RN8A 3K02A 1JEUA 2HEUA 2VP1A 3OSQA 2Z23A 1IQ7A 1N84A 1LFGA 1B3GA 2RCBA 4ELQA 2AL5A 1IITA 4YKPA 3TZAA 1B46A 4QRZA 4FE8A 3VE1B 3PPPA 5AA2A 3RT6B 3MWBA 2RINA 4F2OA 2VGQA 1D4NA 3EHSA 4KI0E 4WEDA 1LCFA 2GHBA 4BDOA 5JTYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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