4AQ4A

Substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpb from escherichia coli
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
418
structure length
418
Chain Sequence
GSHMVTTIPFWHSMEGELGKEVDSLAQRFNAENPDYKIVPTYKGNYEQNLSAGIAAFRTGNAPAILQVYEVGTATMMASKAIKPVYDVFKEAGIQFDESQFVPTVSGYYSDSKTGHLLSQPFNSSTPVLYYNKDAFKKAGLDPEQPPKTWQDLADYAAKLKASGMKCGYASGWQGWIQLENFSAWNGLPFASKNNGFDGTDAVLEFNKPEQVKHIAMLEEMNKKGDFSYVGRKDESTEKFYNGDCAMTTASSGSLANIREYAKFNYGVGMMPYDADAKDAPQNAIIGGASLWVMQGKDKETYTGVAKFLDFLAKPENAAEWHQKTGYLPITKAAYDLTREQGFYEKNPGADTATRQMLNKPPLPFTKGLRLGNMPQIRVIVDEELESVWTGKKTPQQALDTAVERGNQLLRRFEKSTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Diester-binding protein
molecule keywords SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB
publication title Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 169
structure length 418
sequence length 418
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A02
2DVCA 2Z8DA 1LFHA 4F1UA 1JVXA 1IITA 3CRBA 1XVXA 4WEDA 3ILTB 4H8JA 3FJ7A 5A5XB 4O3AA 3KN7A 3OO7A 4FECA 5H8HA 4Q30B 1WVJA 1II5A 3KEIA 1Q35A 3HN0A 4GQOA 2I0CA 2F6PA 3KSJA 3N94A 2FNCA 3HPIA 4H0WA 1N04A 4X9TA 4KPTA 3T22A 3IAZA 4ZEFA 1KWHA 1B3LA 1M5FA 3UGWA 1JW1A 4QHQA 1SVXB 3C31A 2XXPA 3EF7A 4O3CA 2XXYA 3O66A 3FVGA 3C36A 1NNTA 3V89B 4NTLA 5EHSA 2PX1A 4THIA 1IXGA 1M5BA 1B1XA 2Y7RA 3BFTA 3USDA 5JTYB 3OXNA 2H99A 2H4IA 1XHYA 1P1NA 5CI5A 3SEXA 4IY6A 1A99A 5KDTB 4RK2A 1NH7A 4R2BA 3O9PA 1MY1A 1JEUA 2F7AA 4BDMA 3IORA 3MWBA 4AQ4A 3R7XA 1YTVA 1B7HA 4ZECA 3TQWA 4PFWA 2NWJA 1Y9UA 1YCJA 1MQDA 3TTLA 1Z7NE 3MPKA 3S9EA 1DPPA 2DE4A 4XKNA 1AL3A 2DP8A 3QK6A 3SETA 4LATA 3T9HB 2HAUA 3N5LA 2ONRA 1ZLQA 3I3VA 3KOTA 2D3IA 3PMWA 1MPDA 2XXHA 3RT8A 2I0BA 3UK4A 4H65A 1IZ1A 4I62A 3TUSA 1R9QA 3K6WA 2O51A 5HPQA 3K2DA 4BDNA 3T9UA 4LQ5A 4QF9A 3RLFE 3E9XA 3KSXA 1D9YA 1NMUA 5I57A 3UN6A 3H6WA 3QUFA 3M8UA 2H5YA 4MFIA 4NF4A 4H5GA 3D4GA 4KYSA 3RT6B 2I3WA 4R6KA 4OTEA 3FVNA 3MPLA 1FTOA 3RGYA 2OK2A 2VGQA 1CB6A 3CFXA 5H8FB 5L8DA 2HCAA 4KCDA 2XHDA 3ECRA 1MDQA 3EHTA 2QSXA 3CR9A 3GZGA 5I58B 3N26A 4F2OA 3O6GA 1GR2A 1ZU0A 2O68A 2QS3A 4GL8A 1N3XA 1B52A 1DOTA 4PE5B 5LOMA 3KJ7A 3TDJA 3K6UA 2ABHA 2F7BA 4G8NA 2V3TA 3B7DA 3H06B 4GL0A 4LP2B 3HHFA 4GIZA 1XVYA 3VLVA 1PB7A 1RYXA 4LUBA 3SEYA 1MXYA 4OVJA 1FTLA 2OZZA 4ELQA 2HQ0A 3FZVA 1O64A 4F22A 4XXUA 1HSLA 3DLNA 4GWOA 3TEPA 2H25A 1T0KA 4OESA 3RTFB 2H98A 4OQOA 2R9JA 5H8QB 5BUUA 3VVDA 3VVFA 5A5XA 3I6VA 4OHNA 2RC8A 1LGBC 3B6TA 3FUZA 3OENA 1H76A 1FQFA 1B7UA 2AL4A 4F3SA 4E0XA 4GVOA 1UIVA 3FXQA 1NL5A 4JWXA 1LAFE 2V84A 4JXIA 4IGTA 5HBCA 4YKIA 3VLWA 1I69A 2RC9A 3VFJA 3TFLA 3MVXA 4F3PA 1VFDA 1FTKA 1HSEA 4XKRA 1M5DA 2XXXA 3MBPA 3MVYA 3RTWB 5ELVA 4PFYA 4KI0E 3TZAA 5KZTA 4GXAA 1M5CA 2AL5A 4U4XA 4Q8RA 3SEUA 5JTYA 2I3VA 5AA1A 3K1NA 5TPAA 1FCKA 1QUJA 2UVHA 3OO9A 4OFJA 5KDTA 5KCJB 2F34A 1WDNA 1ATGA 2XXTA 3MVWA 4PQJA 3H3GA 4G77A 2F6GA 1LCFA 4QFLA 1LAHE 2Y7PA 4N13A 2B65A 4GXSB 4RXLA 3C32A 3U72A 1B4ZA 1OQGA 4G68A 3QAXA 2DWAA 3DM0A 4R6YA 2ZXTA 4BDLA 3TODA 1SW5A 3PPPA 3K1PA 4QSEA 3BBRA 3HSTA 3TYHA 4BDRA 3TTNA 1D3KA 1H44A 3FXUA 2XX9A 2DVZA 4M1VA 4OXVA 1MY2A 4RPOA 4EQBA 3IL1B 1MXWA 4ESWA 1ANFA 3LC8A 2Q9TA 3T9XB 4IO4A 1MM6A 3PMXA 3IB2A 2I6EA 5DEXB 1SYHA 2FA7A 2XX7A 3EHSA 1OLCA 5M2VA 1B3EA 4G8HA 3CG1A 1TXFA 2AYSA 3EQ1A 3K6VA 1NNKA 1N84A 4YKJA 3LR1A 2O7IA 2XXVA 4TLMB 5AE4A 3IB1A 1P1OA 4NE4A 3TAJA 1Y3NA 1DSNA 1B7ZA 1A54A 2V93A 5F1QA 1B3FA 3H6VA 2XXIA 1R1NA 1OMPA 4MH5A 5EHMA 3IO6A 3CSGA 2QPQA 4R2FA 1FQBA 5DYHA 3UORA 5JK4A 3SDFA 2DE3A 2REGA 5DVIA 2CMOA 3W15C 2OWTA 1B4HA 2G93A 3MQ9A 1B0HA 2XX8A 1MQGA 5I2KB 2DXRA 5H8QA 3TCFA 4U4SA 4ZS9A 2RCBA 3H4ZA 4U1ZA 3LSWA 1MQHA 4KFQA 1BKAA 1LBCA 4EQ9A 4KQPA 3MW0A 4IO7A 4ZEBA 1Y1MA 2Y7WA 4OZ9A 3U94A 2XXWA 3OELA 3KZGA 4YMBA 2O1MA 4IB2A 1OVBA 4NF5B 2ZNTA 3PMVA 4EQ7A 3PPNA 3OSQA 1N76A 1JETA 2UYEA 4F19A 2HXWA 2UXAA 4FATA 3U1OA 4ZDMA 3H7MA 3SERA 3LSFB 4NEDA 4TQUQ 3LUYA 2D5WA 5AA4B 4R73A 3R6UA 2B3FA 1GVCA 4ELRA 2E0SA 2VP1A 3FV2A 2DWHA 4G68C 3CIJA 4HS7A 4F18A 3RPWA 1ZTYA 3ZSFA 4NMYA 3IJOB 1EZOA 3E3KA 1SDXA 4R72A 3CG3A 4R6HA 4PP0A 4F3GA 3RUMA 4BLAA 3OO8A 2F97A 4YZZA 2GRVA 5JEIA 4ONYA 2IA4A 1UTHB 3E4RA 3TELA 2G29A 2Z8EA 1S9TA 3A3UA 4YB7A 2Q88A 1QUIA 4OEUA 5I2NA 1URDA 4KR5A 4C1UA 1MG1A 3KBRA 4F1VA 4OFLA 4GRKA 1JQFA 2ZYMA 3UA8A 3R26A 3O28A 1ZMGA 1B5HA 3FJMA 3EN3A 4NF6B 1MS7A 1XT8A 4U2RA 1RYOA 2Q2AA 5K2YA 2I58A 4HW8A 2P0SA 3VVEA 3E13X 1QW0A 3S9MC 1D9VA 3OMBA 3TKDA 1OQHA 3IJXB 4MLQA 1IXHA 1SW2A 2IEEA 3QUJA 4EF2A 2R71A 4G8MA 5CM6A 2F7CA 4BDQA 1OVTA 1N7WA 1WODA 5TP9A 4OEVA 3L6HA 4ND9A 4POXA 4ZZEA 3W9VA 2O69A 1POTA 4NWDA 5ICTA 3MUQA 1UTBB 1N7XA 1MXXA 2X7QA 4F1YA 2Y7IA 1NKXA 4OWDA 1S50A 3THIA 1AH5A 3TPAA 3U93A 3KG2A 3MP6A 2Q89A 4HCWA 1IXCA 4WKMA 3VE1B 1B1HA 1N3WA 1Y20A 2F8DA 5H8SA 1ZKBA 4GOTA 1B05A 2Y7KA 3W9WA 1US4A 1XOCA 4IO5A 1H43A 3CFLA 3QSLA 3JYRA 2OLBA 3SKPA 3Q28A 4JSDA 3MZBA 4X1BA 1TWYA 5I2KA 2UVIA 2ZNUA 4DIGA 3G7WA 2ZYOA 2VD3A 4X1DA 3H03A 5CRYA 3OO6A 2M8CA 5F7VA 5HM4B 1AMFA 3DELB 1QKAA 5AA3A 3IOUA 5CMBA 3A3CA 2E1SA 1DMBA 2DSFA 2NOOA 3MZ1A 1PB9A 1Y3PA 3SEWA 4QSDA 5I56A 2Q2CA 2YJPA 3P7IA 1LFGA 2QS2A 1I6BA 4YB6A 1B6HA 3EHUA 2DQVA 2UVGA 4IO6A 3V83A 4MLVA 5TU0A 3GXAA 5AA4A 3C9HA 3MP1A 2PT1A 4QFKA 1QVSA 4P0IA 1MPBA 1CE2A 4IO2A 3SEVA 3H6TA 3WAEA 4ELOA 4Q0CA 4F2QA 5FHMA 1B51A 3L6GA 2QRYA 3Q29A 3PGFA 4FIMA 1FQCA 4GD5A 1FTMA 3LBSA 3IOVA 1US5A 5ICQA 1IXIA 1URGA 2B3BA 3K6XA 4F3BA 2HFBA 5H8HB 4H5FA 2HZKA 4DXCA 1BTJA 3HCQA 4C1TA 3VLUA 3BFUA 4ZE9A 2Z8FA 1USYH 3DP8A 1JNFA 1B3HA 5CMMA 3PUZE 4LA9A 1LSTA 4NF6A 3U8QA 3GBAA 2RF1A 3S9LC 5DVFA 3FVOA 3G3HA 2DWIA 4UACA 5CMKA 4DXBA 4LVQA 5DVJA 3PPQA 4ESXA 5ITPA 1Y4CA 1MH4A 1XS5A 2QS4A 2F78A 2QJEA 2O6AA 3JZJA 4FORA 3IOWA 2XD2A 1PDAA 1UTBA 3KGCA 1EZPA 5FHNA 2A5SA 3C33A 4F29A 4L17A 4JWYA 1Y1ZA 4N07A 2F36A 3BKIB 3T66A 2OBGA 2ONKE 3T93B 1A8EA 2BJJX 4YICA 2Y84A 3CFZA 5AA2D 3TCHA 4TOZA 2DE2A 4RK9A 2W7YA 5H8FA 4QSCA 4FJPA 4ZEIA 5I58A 4OYVA 4C0RA 4DE8A 3FV1A 1TT1A 5H8NB 3LSLA 1NFTA 2THIA 1VSOA 4H8IA 1JVYA 1BLFA 3O29A 2P2AA 1ZIUA 5CMCA 1URSA 3T96B 1B46A 4MF3A 5CBRA 4ELPA 1HSJA 4YB5A 4X48A 3QYTA 1NNFA 4JSOA 1PB8A 5I57B 3TTMA 3C35A 1USYE 4NF4B 2XXRA 1MY3A 2ZMBA 2Z23A 1EU8A 1SQYA 3ZKLA 4FAJA 2V25A 2DWJA 3OOAA 4DXUA 3A09A 1MH3A 3S4UA 4RY1A 4H1XA 3PPOA 1JEVA 3FVKA 5CC2A 2LAOA 3K1MA 3PUXE 2X26A 4WEPA 1B40A 1YPNA 3FD3A 2PMSA 1Y4TA 4P11A 3IX1A 4ECFA 2XXQA 3O6IA 4NF8B 3PD8A 3C34A 1LAXA 2XD3A 3Q26A 3SESA 3MVZA 3PV0E 3O97A 4GFRA 4LZ7A 1B32A 4O3BA 2HZLA 2PT2A 4MBPA 2V3QA 4XIGQ 4YKKA 1VR5A 2OCUA 1I6QA 1D4NA 3OEKA 1YAEA 1F9BA 1LLSA 3MAMA 5KCJA 4LONB 4WXJA 5AA2B 3KN3A 2NUVA 4G2ZA 4AB5A 3RQTA 2ZYKA 1FQDA 1SI0A 1NNPA 3CVGA 4IO3A 1MY4A 1FQAA 2R6GE 4JDFA 2O1LA 4QFPA 4ZEDA 3B6QA 3U92A 3IK6B 4XKPA 4I8CA 1TFDA 1N0TA 3MZ9A 5K2XA 2RC7A 4EXKA 2DS9A 2I49A 3PU5A 4R9FA 1UIUA 1PBQA 1SBPA 2CZLA 3RY3A 5TPAB 1ZJLA 1LFIA 2RINA 3H6UA 4KD5A 3TTRA 4IY5A 3MP8A 2RKMA 1MXZA 3HO7A 1IEJA 4P0GA 2ZNSA 4M4GA 4ZE8A 3V8XB 2QS1A 5DEXA 5B7DA 3TCGA 4KYEA 2I48A 2REJA 4XKQA 5DT6A 4PFTA 4UA8A 1O63A 4JB7A 2NVUB 1MDP1 4EDPA 4G68B 1RKMA 5H8NA 3JV9A 4OERA 1EH3A 3PUYE 1FW0A 1SD3A 2WKYA 1QUKA 2GHAA 1DTZA 2F35A 4LZ8A 4E0WA 1XC1A 1A7LA 4FEDA 2ESNA 3UIFA 2ANJA 1NH8A 4OENA 3F11A 1LBBA 4YU0A 1QKBA 4GLIA 1Q1KA 1LCTA 4OETA 3MC2A 2YLNA 3GBBA 1GTKA 4R74A 3FXRA 3ZKKA 5FTIA 3V5AA 1B5JA 4Q5TA 3DP6A 3ILUB 4Z7EA 4U1OA 3PD9A 4IGRA 3WAFA 3GLBA 2KLFA 3G3FA 2F5XA 4FE8A 2QL3A 2VD2A 3FASA 1A8FA 4NF5A 2OJTA 3PUWE 4EXLA 4DCXA 1MRPA 4NF8A 1Z7ME 4RPNA 1VE4A 4RYAA 2ZYNA 4H6DA 2PYYA 3TMGA 4POWA 2ALUA 2QMXA 1DTGA 3EPEA 3N6TA 2GHBA 5IKBA 3G3KA 3KJTA 1S7YA 4EF1A 2A5TB 1IIWA 5FTHA 3PPRA 3VXCA 1ELJA 4EUOA 1A55A 1QULA 3K4UA 5L9OA 3KFMA 5L9SA 3B6WA 1P99A 3O6HA 1JW5A 4JBZA 4I1DA 5AA2A 1MXUA 3Q25A 3VV5A 3T9VA 3M3LA 4R75A 2GFEA 3KOSA 3RNNA 3FGSA 4ZZAA 5FHOA 3VDFA 4LQ2A 3VXBA 1DPEA 1SW4A 5I59B 3TTKA 4NWCA 4RA1A 2H9BA 2FYIA 4DCYA 4U22A 2D21A 1UTHA 2V3UA 1EZ9A 1R6ZA 2O7UA 1A40A 2X7PA 1L5TA 4H67A 5I84A 4Z0IA 3K0VA 3FIRA 4AB6A 3G3GA 4OMBA 3ZS6A 4U23A 3TQLA 1B0LA 1MY0A 4KHZE 1SI1A 4YKPA 1B2HA 2PVUA 4JWOA 4RJZA 4KCCA 3OEMA 2PBWA 4DDDA 1R9LA 2HEUA 1AOVA 5EYFA 1PC3A 1ZBMA 1GV8A 4F31B 2DXYA 3RN8A 3M3FA 1LAGE 4QRZA 1B9JA 1B5IA 2RCAA 4LZ5A 3IR1A 4HTGA 5CBSA 4K3FA 3KN8A 1LB9A 1LB8A 2AIXA 2I4BA 3PUVE 5I2NB 3O2AA 3G3IA 3FJGA 2UYFA 4OFOA 2GH9A 2DOJA 4YMAA 1SW1A 4PFUA 4XTCQ 3N6UA 1BP5A 4QFNA 4QFOA 1AIVA 4FEBA 1I6AA 3ODBA 1J1NA 3S9NC 3M3KA 3K01A 1P1WA 3QIMA 5L9MA 4R9GA 3I5OA 1UQWA 3LSXA 1PBPA 4YAHX 4BDOA 3FATA 1VFEA 5IAIA 3S2VA 2HAVA 2O84X 3HHGA 1MQJA 3OD7A 1MQIA 3UP9A 5TP9B 2Z22A 1QJMA 1MXVA 2VOZA 2Q8JA 2QMWA 3OSRA 4N6PA 2OWSA 3MJNA 5DTBA 1PEBA 4ZEKA 5J1DA 4RNSA 1P1UA 4I9DA 4PETA 5ITOA 3ONMA 5BWJA 2P1SA 1POY1 1H45A 4G4PA 1M5EA 1MPCA 2NXOA 3K00A 2ONSA 4HCYA 1FTJA 2I4CA 1FQEA 1JW4A 1Y3QA 3CSBA 3D4CA 3G3JA 3QXMA 2A5TA 1P1QA 3IO4A 5B70A 1OIBA 4TLLB 2UVJA 1IQ7A 2DYXA 4F39A 5ISUA 3AXFA 3C4MA 4KYDA 4DLDA 3Q27A 2YPNA 1O7TA 1TFAA 1H3DA 2XXUA 4ISUA 1SYIA 1B3GA 1B58A 1GGGA 4U21A 3IB0A 3IOTA 4GF8A 3K02A 1IUDA 4DZ1A 3DP4A 1BIYA 3CI8A 1MM7A 1OLAA 5I56B 3HV1A 5I59A 2VHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPLA 2DVCA 2Z8DA 1LFHA 4NG7A 4F1UA 1JVXA 1IITA 3CRBA 1XVXA 4WEDA 3ILTB 4H8JA 3FJ7A 4NHBA 5A5XB 4O3AA 3KN7A 3OO7A 4FECA 5H8HA 4Q30B 1WVJA 1II5A 3KEIA 4P1LA 2CEXA 1Q35A 2KQZA 3HN0A 4GQOA 2I0CA 2F6PA 3KSJA 3N94A 2FNCA 3HPIA 4H0WA 1N04A 4X9TA 4KPTA 3T22A 3IAZA 4PAFA 4G61A 4ZEFA 1KWHA 1B3LA 1M5FA 3UGWA 1JW1A 4QHQA 1SVXB 4N6KA 2WX9A 3C31A 4O7IA 1NUXA 2FVZA 2XXPA 3EF7A 4O3CA 2XXYA 3O66A 3FVGA 5ET5A 3C36A 1NNTA 3V89B 4N81A 4NTLA 5EHSA 2PX1A 4THIA 1IXGA 1M5BA 1B1XA 2Y7RA 3BFTA 3E78A 5JTYB 3USDA 3OXNA 2FHYA 2H99A 1FJ6A 2H4IA 1XHYA 1P1NA 5CI5A 3SEXA 4IY6A 1A99A 3E79A 5IZ3B 5KDTB 4RK2A 1NH7A 4R2BA 1EYJA 3O9PA 1MY1A 1JEUA 1FBEA 2F7AA 4BDMA 1XI6A 3IORA 3MWBA 4AQ4A 3R7XA 1NV5A 1YTVA 1B7HA 4ZECA 3TQWA 4PFWA 2NWJA 1Y9UA 1YCJA 1G0IA 1MQDA 3TTLA 1Z7NE 3MPKA 3S9EA 1DPPA 2DE4A 1FBPA 4XKNA 1AL3A 2DP8A 3QK6A 3SETA 4LATA 3T9HB 2XWVA 2HAUA 5T3JA 3N5LA 2ONRA 1ZLQA 3I3VA 3KOTA 1YZ0A 2D3IA 3PMWA 1MPDA 2XXHA 3RT8A 2I0BA 3UK4A 4H65A 1IZ1A 4I62A 3TUSA 1R9QA 3K6WA 2O51A 5HPQA 3K2DA 4BDNA 3T9UA 4LQ5A 4QF9A 3RLFE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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