4BDLA

Crystal structure of the gluk2 k531a lbd dimer in complex with glutamate
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
RSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSAPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
total genus 81
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdlA02
3L6HA 2ONKE 5TP9B 3PPPA 2H4IA 1PC3A 3K6WA 1N3XA 4YAHX 3ONMA 3OENA 4F1UA 2XD3A 4RYAA 4QHQA 4GF8A 4QF9A 2PBWA 5KDTA 4OVJA 1JNFA 2XXRA 4R9GA 4ZEDA 4GOTA 4BDNA 1GTKA 1DSNA 5ISUA 3PMXA 4IO6A 5K2YA 1O63A 3QSLA 3TYHA 3MPLA 1Y3NA 4NE4A 3FIRA 3H03A 1B58A 4YB6A 2O69A 3KOTA 4GVOA 2ZNTA 2Y7RA 2I58A 4R2BA 1T0KA 3MWBA 2XXXA 1LFHA 4DXUA 3N26A 4RJZA 1QVSA 4UA8A 3ZKLA 2ESNA 3IOVA 3MP1A 1B52A 1IXIA 1SI1A 1M5BA 1XVXA 1B3LA 1B3FA 4IY5A 1B05A 1QW0A 1YTVA 3DP4A 3DP6A 2XXTA 3OSQA 3OSRA 3K4UA 3S2VA 4NTLA 2FA7A 1B7UA 4FEDA 3SDFA 2UVGA 1Y20A 1XT8A 1VR5A 5CI5A 1LCTA 4PFYA 4NF4B 3M3KA 1KWHA 2HFBA 3G3FA 3U72A 4XKNA 1MXZA 4OFOA 4ZEKA 2QS4A 2O68A 1MQIA 2I3VA 4TLLB 2Q89A 1OLAA 4EQBA 3K6VA 4F19A 3PUXE 3M3FA 4ELPA 3IOUA 2RCAA 4KD5A 1IIWA 2QS1A 4JWYA 1Y4CA 2GHAA 4P0GA 2CMOA 3G7WA 4OZ9A 5I58B 4OESA 1Y3PA 1A40A 3JYRA 4OENA 1BKAA 3GZGA 1MH3A 1NL5A 3LSWA 1FQAA 1MQGA 3H6VA 1R6ZA 3L6GA 2F36A 1USYE 4ECFA 1B4ZA 1TWYA 3VVEA 4KCCA 5I57B 1Y4TA 2W7YA 1GR2A 2NWJA 4QFNA 5H8FA 3W9WA 3TQWA 3Q27A 4C1TA 3M8UA 3V83A 1I69A 3O28A 4GXSB 1QKBA 1NMUA 2RF1A 3G3IA 4LZ8A 1EU8A 2DQVA 4F2QA 4ISUA 3USDA 5CMKA 1OQHA 2PMSA 4POWA 1ZKBA 1FQEA 3E9XA 4QFLA 3I3VA 5H8HB 1EH3A 3WAEA 1N7WA 3DELB 3MPKA 2GH9A 3O9PA 4O3CA 1JVYA 5DVIA 3VVFA 3FV2A 4LA9A 4FATA 3CIJA 1JW4A 4IO5A 5TU0A 3KBRA 3IOWA 4KI0E 3H3GA 1XVYA 2IA4A 4L17A 4R2FA 4RPNA 3UA8A 1SQYA 4DDDA 4OXVA 1RYOA 5CRYA 3OELA 4NF5A 4U4SA 3MQ9A 3QIMA 4JWOA 3T9HB 3UORA 1J1NA 3SETA 2ZYOA 1OVBA 1BP5A 3C31A 5CMMA 1ZIUA 1TFDA 3K6UA 1HSLA 3K2DA 4EQ7A 1SW5A 2UXAA 2P1SA 4DZ1A 5FTIA 3TUSA 2B65A 3RT8A 3O6HA 3EHUA 1N76A 1AOVA 5AA1A 4F3GA 1M5DA 1POTA 1SD3A 4NF6A 3W9VA 1PEBA 4EDPA 1CE2A 4G77A 1DPEA 1YPNA 4KCDA 4F39A 1ZBMA 3S9NC 2H99A 2DVZA 3R6UA 3S9MC 3K02A 3LSFB 3R26A 4XXUA 4G68B 4LVQA 1US5A 2DP8A 1M5EA 3UK4A 1IXCA 3FATA 4BDQA 4XKPA 4QFKA 4OWDA 1WVJA 1D4NA 1N7XA 2VP1A 1NNTA 5H8NB 4IB2A 3W15C 4PFTA 3TFLA 3MC2A 2DWIA 4OTEA 4YICA 1OVTA 3FVGA 3G3HA 2XXYA 1ATGA 4LP2B 4PE5B 1WODA 3HHGA 3TMGA 2I4BA 3SESA 1US4A 1QJMA 4NF8A 1RKMA 2I48A 2DWAA 4JSDA 4I9DA 3OD7A 1S9TA 4H5FA 2F7BA 1Y1ZA 1SVXB 1LFGA 3TEPA 3RPWA 1P1QA 3N94A 4KR5A 4RK9A 4GD5A 2H25A 5FHNA 1P1NA 4YKIA 1H3DA 4Q0CA 3DM0A 1HSJA 4TLMB 3H6TA 3TCFA 4ZS9A 1O7TA 4EF2A 4H1XA 2LAOA 3UN6A 3KZGA 3VVDA 3FD3A 4I8CA 2YPNA 3LBSA 4PFUA 1MDQA 4FIMA 3OMBA 2V84A 5H8SA 2F7AA 4JWXA 3S4UA 1JW5A 2PX1A 3HN0A 2DE4A 3PPOA 4I1DA 3AXFA 2I4CA 1B1XA 1LCFA 1B3EA 3PGFA 3KJ7A 5AA4A 5ITOA 3B6TA 4H8IA 3O97A 4BDMA 3FVOA 1B5IA 1MXVA 1UTBA 3H6UA 3MVYA 5KZTA 4KYDA 1MH4A 2DWJA 3RGYA 4R75A 4ELRA 2R6GE 5DEXB 2RKMA 4JDFA 4LUBA 1D9VA 1SDXA 2OZZA 2RINA 3FJGA 3EF7A 3IO6A 2XXUA 3IB2A 3ZS6A 4E0WA 3CI8A 2OBGA 4XKRA 4JXIA 1S7YA 4YZZA 3MZ1A 5KCJB 5CM6A 3FV1A 4F3SA 1FQCA 2V3UA 2H5YA 2HCAA 3K01A 2Z23A 2AIXA 4P0IA 1Z7NE 1UTHA 5IKBA 5LOMA 2O1LA 1PB8A 2R71A 5KDTB 1MPCA 1MRPA 1UIVA 4IO3A 3PUVE 3IJXB 3M3LA 1B46A 2QS3A 2O6AA 2D5WA 3IORA 1MY2A 5BWJA 4UACA 1PBQA 2O84X 1CB6A 3OO8A 1LBBA 5ICTA 4KHZE 1MXWA 3PMWA 2ALUA 2OWTA 4ZEFA 3CG1A 1JVXA 3KSJA 2F35A 1JW1A 1GGGA 1Y1MA 2VHAA 3I5OA 1R1NA 2NOOA 4IO7A 2PVUA 4YMAA 1YCJA 4KPTA 2FNCA 2P2AA 1DPPA 3QK6A 4NWDA 4GLIA 4BDOA 5H8QA 1NH7A 1R9LA 3LUYA 1YAEA 4H8JA 5I56A 1QUJA 3O66A 1WDNA 4TQUQ 3Q25A 3CFLA 4HS7A 1PB9A 2HZKA 1LB8A 4O3AA 2A5TA 1Y3QA 4PP0A 3FUZA 4QRZA 4IGTA 2ABHA 3FGSA 3DLNA 3I6VA 2X26A 2QRYA 4DCYA 5EHSA 3LR1A 2F6PA 1B40A 1N04A 3O29A 3TKDA 4Q8RA 4H5GA 3IB1A 3C36A 5FHMA 2DXYA 5HM4B 4ZE9A 2P0SA 2XXQA 1XS5A 2RCBA 4C0RA 4R6YA 1B7HA 3V8XB 1B7ZA 1A8FA 3PPRA 4H65A 4LATA 3SERA 1LFIA 4DLDA 2B3BA 4DE8A 5DYHA 2PT1A 1URSA 2E0SA 1JQFA 5DVFA 2A5SA 3GLBA 1B4HA 3QXMA 4EUOA 4MLVA 1LAXA 4DCXA 4F31B 5A5XA 3GXAA 2Z8DA 5TPAA 4MLQA 4EF1A 3PPNA 1H43A 1AMFA 4ZECA 4N6PA 2XXHA 2ANJA 1LBCA 1UQWA 3MAMA 1MDP1 4YMBA 1URDA 3CR9A 1A55A 3BBRA 3MVWA 5H8FB 1P99A 4U2RA 3RQTA 1BTJA 4M1VA 3U94A 4R73A 3RT6B 3H4ZA 1B5JA 3UIFA 4PQJA 3HSTA 5FTHA 1NH8A 1VFDA 4QSCA 4ELOA 4NWCA 4MH5A 5B7DA 1TXFA 3RNNA 3B6WA 4FORA 1D9YA 2DE2A 4NEDA 4ZE8A 1RYXA 1NKXA 5JTYA 3PMVA 3O2AA 3PD9A 2HEUA 1FCKA 2F7CA 3RN8A 3HPIA 2XX7A 4P11A 2I0CA 4OHNA 2ONSA 3RY3A 3T96B 3HO7A 1TFAA 3OEKA 4NF5B 5K2XA 3TTNA 4F3BA 2ZYKA 4YU0A 4MFIA 1EZOA 1MPBA 1B2HA 4THIA 4LQ2A 1NNKA 3ODBA 1MY4A 3T9UA 1DTGA 3N6TA 3TTKA 2F97A 3B6QA 3HV1A 3H06B 2Q8JA 1MXYA 5L9MA 1B51A 4G68C 2QPQA 4U22A 3EN3A 2OCUA 3SEYA 3FVKA 3EQ1A 2HXWA 4HW8A 2GRVA 1LGBC 1FTMA 5ICQA 4FAJA 4RY1A 4HCYA 4BDLA 3A3CA 4DXCA 1GVCA 1OMPA 3OOAA 4XKQA 2QMXA 4GQOA 3OEMA 3OO6A 4Q5TA 4IY6A 3MW0A 4NF6B 3T66A 1ZMGA 4ZEBA 3UP9A 2B3FA 5ELVA 2V3QA 2Y7KA 4N13A 3EHSA 1L5TA 3F11A 3KOSA 3SKPA 3IJOB 1PDAA 4TOZA 4OEUA 3TPAA 3MP8A 4AB6A 1I6QA 1MG1A 3CG3A 2XXWA 2Z22A 4NMYA 5J1DA 3IR1A 4F2OA 3CSGA 1IUDA 3PV0E 1QUIA 4U4XA 2ZXTA 3Q29A 2REJA 4ONYA 5ITPA 1MXUA 2UYFA 5B70A 3RUMA 2YJPA 1ZU0A 5I59A 1DOTA 2G93A 1NNFA 2F6GA 2XX8A 3KN8A 1S50A 1SI0A 2WKYA 4G8MA 3TTMA 3ZKKA 3SEUA 2AYSA 3SEVA 5CBRA 4IO4A 4KYEA 4NF8B 3H6WA 4EXLA 2QJEA 5I2NA 3VE1B 3RTWB 3C4MA 1DMBA 2DVCA 1MY3A 4GIZA 1OQGA 3OO7A 4OETA 2Z8EA 3TTRA 2Y84A 3V89B 1IXGA 2D3IA 1FTJA 2ZNSA 3VXBA 3IOTA 3U93A 2BJJX 1IITA 4E0XA 1FTOA 1QULA 4RA1A 4PFWA 3BFUA 3D4GA 1ZLQA 3E3KA 1JETA 5M2VA 3CRBA 3MVZA 3TCHA 4M4GA 5HPQA 3IAZA 1JEUA 4OEVA 5I2KA 3GBAA 3S9EA 1OLCA 3TAJA 3FXUA 1LAFE 1D3KA 4QFPA 3VLWA 1LLSA 2UVHA 4EXKA 5AA4B 1MY1A 3MP6A 2NUVA 3TZAA 3OO9A 4U1ZA 1UTBB 1GV8A 2YLNA 1MM6A 3GBBA 3T9VA 3U8QA 3BFTA 2RC9A 4U23A 1H76A 3KGCA 3KSXA 1Z7ME 3ZSFA 4FE8A 2O7IA 3C9HA 2D21A 1HSEA 3PUZE 3Q28A 1MQJA 3C35A 4FJPA 3KN3A 4QFOA 1B9JA 2ZNUA 1ZJLA 2NVUB 3E4RA 2HZLA 3KFMA 2RC8A 3K1NA 1FTLA 2M8CA 3A09A 5L8DA 4AB5A 1UTHB 4BLAA 3C32A 4KYSA 3ILTB 3VLVA 3SEXA 2XXVA 3KEIA 2X7PA 2VOZA 1AIVA 2V93A 3O6GA 2Y7IA 1P1OA 1B3GA 1TT1A 1B1HA 5FHOA 3PU5A 3FXRA 4PETA 1ZTYA 3C34A 1SYHA 4OYVA 3V5AA 1H44A 2Q2CA 4R9FA 3K6XA 4U1OA 2R9JA 2HAVA 2X7QA 2OLBA 4NF4A 4ZZAA 2I49A 4F1YA 1EZ9A 3T22A 3FJ7A 3TDJA 2THIA 2FYIA 3PUYE 1VE4A 1B5HA 3JZJA 2QS2A 2I3WA 4X48A 3C33A 3G3JA 3KN7A 5I84A 1MQDA 1FW0A 3ILUB 4OFJA 5H8QB 4F1VA 1F9BA 4FECA 4QSDA 3DP8A 5I56B 2CZLA 4H0WA 4K3FA 2Q2AA 5I58A 5CMBA 3P7IA 3N6UA 2E1SA 3R7XA 2A5TB 3QUFA 2DYXA 3O6IA 4IO2A 4G8NA 2DE3A 3VDFA 5L9SA 1A8EA 4HCWA 3MBPA 4ZZEA 3U92A 5AA2D 5L9OA 1DTZA 1UIUA 5CBSA 1MPDA 3H7MA 3TQLA 1IZ1A 4YB7A 1POY1 4OERA 4ESXA 5I57A 3VV5A 4R6KA 1LB9A 4X1BA 1FQDA 1O64A 5AA3A 3N5LA 3THIA 4LZ7A 5JK4A 3CFZA 4F22A 1B0HA 3EPEA 2F8DA 4X1DA 1XC1A 2H9BA 1B6HA 3LSXA 2XXPA 2REGA 2XD2A 1ANFA 3HHFA 4RPOA 3EHTA 1SYIA 4C1UA 1XHYA 1A99A 1LSTA 4YKJA 2Q9TA 5H8HA 1IQ7A 4XTCQ 4LZ5A 5A5XB 5TPAB 4H6DA 4GL0A 4F3PA 1QKAA 3ECRA 4LONB 3MZBA 2O1MA 2XX9A 5CMCA 2DSFA 3LSLA 3T93B 3FVNA 2XHDA 4O3BA 3CVGA 2ZMBA 2H98A 4Z7EA 4HTGA 3K00A 3KG2A 5F7VA 1AL3A 2O51A 3FJMA 1NFTA 2IEEA 2UVJA 2QSXA 4R72A 1USYH 3RTFB 3VLUA 5HBCA 3VFJA 4U21A 1MY0A 1R9QA 4X9TA 1LAGE 1P1WA 2UYEA 4ZDMA 4KQPA 4DXBA 2F78A 1I6BA 5AA2A 4LQ5A 2XXIA 1MS7A 2AL5A 2UVIA 5EHMA 1ELJA 3B7DA 5JTYB 2V25A 4YB5A 1VSOA 2F5XA 3IO4A 2O7UA 3G3KA 3CSBA 3K1MA 4Q30B 1P1UA 3IX1A 1FQFA 5AA2B 1FTKA 4OQOA 4AQ4A 2OJTA 4DIGA 3K0VA 4F18A 2GHBA 3S9LC 2DWHA 3IL1B 4Z0IA 4KFQA 1N0TA 1I6AA 1M5FA 3KJTA 2I0BA 3A3UA 5DTBA 1MXXA 4MBPA 2Q88A 4G8HA 4G68A 4MF3A 5BUUA 1Q35A 2V3TA 1II5A 3QYTA 1OIBA 2HAUA 3PD8A 4WXJA 1QUKA 1N3WA 4F29A 3JV9A 1N84A 2VGQA 2Y7PA 3CFXA 5EYFA 2RC7A 3MUQA 5H8NA 4G2ZA 3PUWE 5DT6A 4ZEIA 2I6EA 4ESWA 4GRKA 3FZVA 1BLFA 4GL8A 2KLFA 1IXHA 4QSEA 1Q1KA 2DS9A 3BKIB 3IK6B 2OWSA 3WAFA 2HQ0A 5AE4A 4OMBA 2Y7WA 1SW2A 1XOCA 5F1QA 4GFRA 1AH5A 4N07A 3TTLA 4R6HA 1MQHA 4WEDA 2NXOA 4GXAA 4EQ9A 1SW4A 5DVJA 2AL4A 1IEJA 4IGRA 2OK2A 1JEVA 4RXLA 1SBPA 1A54A 1FQBA 1URGA 3D4CA 3TODA 4H67A 1MM7A 5I59B 3K1PA 2F34A 4POXA 4OFLA 3TCGA 4JB7A 3QAXA 1B3HA 2PYYA 3QUJA 1M5CA 4JSOA 1LAHE 4YKKA 5CC2A 3OXNA 2DOJA 4RNSA 4XIGQ 3MVXA 1B32A 3MJNA 5I2NB 1A7LA 2ZYNA 4RK2A 4JBZA 2QMWA 5JEIA 1EZPA 3MZ9A 3PPQA 4G4PA 4FEBA 3U1OA 3VXCA 3Q26A 4YKPA 2DXRA 3LC8A 2G29A 1NNPA 1VFEA 4GWOA 3G3GA 2VD3A 1H45A 2Z8FA 4I62A 2QL3A 1B0LA 5IAIA 5DEXA 3FASA 3FXQA 1BIYA 3UGWA 5I2KB 4BDRA 3T9XB 4ELQA 3TELA 1Y9UA 5TP9A 2ONRA 2VD2A 3RLFE 4R74A 5KCJA 3E13X 1SW1A 2PT2A 4ND9A 1PB7A 3IB0A 2GFEA 3SEWA 4WKMA 1PBPA 3HCQA 2ZYMA 4WEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1MQGA 3H6VA 1R6ZA 3L6GA 2F36A 1USYE 4ECFA 1B4ZA 1TWYA 3VVEA 4KCCA 5I57B 1Y4TA 2W7YA 1GR2A 4O94A 2NWJA 1KA0A 4QFNA 5H8FA 3KC1A 3W9WA 3TQWA 3Q27A 4C1TA 3M8UA 3V83A 1I69A 3O28A 4GXSB 1QKBA 1NMUA 2RF1A 3G3IA 4LZ8A 1EU8A 2DQVA 4F2QA 4ISUA 3USDA 4PC9A 5CMKA 1OQHA 2PMSA 4POWA 1ZKBA 1FQEA 4P3LA 3E9XA 4QFLA 5EQ9A 3I3VA 3T1BA 5H8HB 1EH3A 3WAEA 1N7WA 3DELB 3MPKA 2GH9A 3O9PA 1LBYA 4O3CA 1JVYA 5DVIA 3VVFA 2FHYA 3FV2A 4LA9A 4FATA 3CIJA 1FBCA 4NQ8A 1JW4A 4IO5A 1NV6A 5TU0A 3KBRA 3IOWA 4KI0E 3H3GA 1XVYA 2IA4A 4L17A 4R2FA 4RPNA 3UA8A 1SQYA 4DDDA 4OXVA 1RYOA 5CRYA 3OELA 4NF5A 4U4SA 4X04A 3MQ9A 5I7IA 3QIMA 4JWOA 3T9HB 3UORA 1J1NA 3SETA 2ZYOA 1OVBA 1BP5A 3C31A 1NV2A 5CMMA 4NGUA 1ZIUA 1TFDA 3K6UA 1HSLA 3K2DA 4EQ7A 1NI9A 1SW5A 2UXAA 2P1SA 4DZ1A 5FTIA 3TUSA 1G0IA 2B65A 2CZKA 3RT8A 3O6HA 3EHUA 1N76A 1AOVA 1YYZA 2XWVA 5AA1A 4F3GA 1FRPA 1M5DA 1POTA 1SD3A 3MYUA 4NF6A 2VPOA 3W9VA 1PEBA 4EDPA 1CE2A 2PFZA 4G77A 1DPEA 1YPNA 4OVPA 4KCDA 4F39A 1ZBMA 2WBDA 3S9NC 2H99A 2DVZA 3R6UA 3S9MC 3K02A 3LSFB 4I3YA 3R26A 4XXUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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