4BDNA

Crystal structure of the gluk2 k531a-t779g lbd dimer in complex with glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
254
structure length
250
Chain Sequence
RSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSAPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKIGIAILQLQEEGKLHMMKEKWWC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
publication title Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 250
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdnA02
1NH8A 3K00A 2DWJA 2PT1A 3RQTA 3SEYA 3O6HA 1OLAA 2XXTA 4LZ7A 4F1YA 1ZBMA 3R7XA 3KN7A 3FV1A 4RK9A 3N94A 5L9MA 4QSEA 2F7CA 5H8QB 3TDJA 1WVJA 2F36A 1NL5A 1Y3PA 4WKMA 1L5TA 1SW5A 1ZKBA 1PBPA 3G3FA 1I6AA 4G68B 2UVIA 4OHNA 2D21A 3RTFB 3OOAA 5HM4B 1JVXA 2V25A 2THIA 2UXAA 1MG1A 1S9TA 3S9LC 1B3EA 5KCJB 2H5YA 4I62A 1XT8A 1S50A 3GZGA 3IB2A 1OIBA 2A5SA 5H8QA 2DOJA 3ECRA 3VVDA 3O9PA 4C1UA 1ZIUA 3V83A 4JB7A 1IXIA 4G68A 2UYFA 1N7XA 4DDDA 3FVGA 3C4MA 4LQ5A 1A8EA 5KCJA 1XVYA 5DTBA 3PPPA 3V8XB 1M5EA 4OMBA 4ONYA 2XXXA 3MPKA 1HSEA 4TLMB 4IO3A 2DS9A 3O66A 3CVGA 2F6PA 1LFGA 3KEIA 1D9YA 3KG2A 2ZNTA 1MPDA 4EDPA 4TQUQ 3W9WA 3PU5A 4GL8A 1SI0A 1WDNA 1N04A 4AQ4A 2DWHA 3QUJA 5F1QA 2FYIA 1Y1ZA 1XHYA 1I6QA 1YAEA 4FORA 4H6DA 2QS3A 4U1ZA 3PPNA 2HZKA 1US4A 3ILTB 1B6HA 1XC1A 1FQDA 2Z8DA 2O6AA 1B5IA 1TXFA 3P7IA 4F18A 3G3HA 3VFJA 2Q88A 2QPQA 1FTLA 3A09A 1A55A 3IJXB 2PBWA 1VE4A 3C31A 3KSXA 4U4XA 4U21A 4G8NA 1MQDA 3EQ1A 2OBGA 4JXIA 3DP6A 4LUBA 4C0RA 1AOVA 1Y3QA 1NMUA 4PE5B 4HTGA 4WEPA 5H8HB 4U23A 3ZKLA 4PP0A 1OLCA 3GLBA 4PFUA 4BDQA 1A7LA 4ZEDA 1A99A 1B2HA 3FVNA 3MP8A 1HSLA 1UQWA 4X9TA 4LATA 1YTVA 3FZVA 4DXCA 2CZLA 3K6WA 3QAXA 1I6BA 4ZE8A 5H8HA 3MP6A 2X26A 3MZ9A 4ELOA 3GBBA 1MDQA 1R1NA 1SI1A 4DCYA 2UYEA 1P1UA 3A3UA 4E0WA 1ZTYA 3TAJA 3CSBA 5TPAB 1ANFA 1H43A 1R6ZA 1EZPA 3JYRA 1H3DA 4R9FA 3G3JA 1ZU0A 4QHQA 2NOOA 2DVCA 4U1OA 4OTEA 4R9GA 2NXOA 3C33A 2I49A 4ZECA 3V89B 4G4PA 5JTYB 4ZEKA 1MM7A 2Y7KA 5DYHA 4OEUA 5TPAA 1AMFA 2CMOA 3MP1A 3CI8A 1IUDA 3K6UA 2IA4A 2HXWA 4OZ9A 2AIXA 4RYAA 2VOZA 4KYSA 3T93B 2PX1A 2AYSA 1B1XA 1JEUA 4H1XA 5AE4A 4BDMA 5JTYA 1P1OA 3FUZA 4OERA 3S9MC 3IO6A 3PUYE 1T0KA 2H4IA 2QMWA 4L17A 1VR5A 4NF5B 1QKBA 4XKPA 4M4GA 4H5GA 4QFLA 3V5AA 1NH7A 1DOTA 5I58B 3C34A 1ATGA 2QSXA 3KBRA 1B7HA 1USYE 2RKMA 3RN8A 1FTJA 1LFIA 3T96B 5JEIA 2QMXA 1BKAA 4OFJA 4KCDA 1DSNA 4FJPA 3T9VA 3S9NC 3CG3A 2O7UA 3UIFA 1LAGE 4IO7A 4NF5A 2I3VA 3SEUA 4KFQA 2V3QA 5H8NB 3KGCA 3TELA 4F19A 5I58A 3MWBA 4RNSA 3ODBA 1LAXA 1N84A 1O63A 1FCKA 1P1QA 4OXVA 3K6XA 3TTLA 2BJJX 2PVUA 3BBRA 4LP2B 5L9OA 1IXCA 1MY2A 4RXLA 2E0SA 5LOMA 3OSQA 1KWHA 3RTWB 5H8NA 1MY0A 4O3AA 5I56B 3IR1A 4IB2A 3U8QA 4GVOA 3PUVE 1PEBA 2VHAA 2DSFA 5K2YA 4H8IA 5DVIA 1GVCA 4ZZEA 4F39A 3E4RA 4Q5TA 4YB5A 4I9DA 4AB6A 3DM0A 4H67A 4QRZA 3L6GA 3O2AA 1XOCA 5L8DA 3RY3A 2XXRA 2H9BA 2ONRA 4EF2A 2FA7A 4LVQA 3PD8A 2O1MA 4JWYA 1QUIA 4ELPA 3RPWA 2DWIA 4KPTA 4FE8A 5BWJA 4LONB 2O51A 4YZZA 1M5DA 3EHTA 3C35A 2ESNA 2R6GE 5EHMA 4I1DA 4F22A 4HW8A 4EQ9A 4NTLA 5CC2A 1JW5A 1MH3A 4ND9A 3TCGA 3SEWA 5AA3A 3TTNA 2W7YA 2Q89A 4YICA 4F3BA 2RCBA 2RINA 4I8CA 4POXA 1FQEA 3OO8A 4YKJA 4UA8A 4NMYA 4KYDA 4IO2A 2HCAA 3T9UA 4ISUA 3IJOB 1JNFA 1SW4A 5FTHA 2DVZA 4YB6A 2RC8A 2PT2A 3N6UA 4F3GA 4JBZA 2DP8A 5EYFA 2HAUA 2F7BA 2VD2A 3OO7A 4OVJA 1P1WA 4GOTA 3C9HA 2F6GA 3PMWA 4R6HA 2F35A 3MVXA 4QSDA 1II5A 3USDA 4U4SA 3IOWA 4N07A 3U93A 2D3IA 5TU0A 2VD3A 2B65A 4F2OA 3RGYA 1B3GA 3QYTA 3CR9A 1LCTA 3RT8A 1MXYA 3IOTA 4HCYA 4OENA 2QS4A 2QJEA 1CE2A 3MVWA 4G68C 1OVTA 2REJA 3WAFA 1POY1 3HN0A 3I6VA 2ALUA 1FQBA 2HQ0A 1RYOA 4TLLB 3SESA 5DVFA 4YAHX 4RPNA 2Z8EA 1Y20A 1F9BA 4R74A 1LFHA 3QXMA 3FJ7A 3FJMA 5M2VA 3HPIA 4R6KA 2F8DA 1WODA 2F97A 1SQYA 4JSOA 1I69A 4RPOA 4H65A 1B40A 2I58A 5CBRA 4MBPA 2XXUA 4G2ZA 5B7DA 4IO4A 1P99A 1SD3A 1FQFA 2F5XA 4QFPA 2OWTA 1VFDA 2NVUB 1QUJA 1IZ1A 1B46A 5I84A 3W9VA 2V93A 3VVFA 4XTCQ 3T9XB 1Y1MA 4K3FA 2QRYA 4F3SA 4P11A 1SYIA 1IIWA 1A40A 3K1PA 5AA4B 3Q26A 1LGBC 1MQIA 3TEPA 3UK4A 2I0CA 1MXXA 2XD3A 2RC9A 2F78A 2O7IA 4F1UA 1Z7ME 2LAOA 2HFBA 3PUZE 4ZDMA 3D4GA 3KN3A 2OZZA 3LBSA 3CSGA 3DP4A 3IB0A 5AA4A 3TMGA 5EHSA 1RYXA 4DLDA 1B05A 3OO6A 4F1VA 1IXGA 1P1NA 4U22A 3N26A 3N6TA 3BKIB 1B0HA 3FJGA 3QSLA 4GXSB 3FATA 2XHDA 3H3GA 4THIA 1Y4TA 2XXIA 3G3IA 3PD9A 3UORA 4YKKA 1MDP1 3M3KA 4EQBA 3OMBA 4ZS9A 2OK2A 2ONSA 3K01A 3O6IA 4R2FA 2WKYA 1O7TA 3R6UA 3WAEA 4GLIA 4OWDA 3QK6A 4O3BA 4P0GA 2GFEA 3MVZA 4ECFA 1SW2A 4WXJA 3TPAA 4IGRA 2OCUA 2ANJA 4ZZAA 4KHZE 1MXZA 3OXNA 2V84A 3S9EA 4YMBA 3I5OA 1B4HA 1MM6A 3U1OA 5JK4A 3K6VA 1ZLQA 4H0WA 1MQJA 1MPCA 2RF1A 2O1LA 3KOSA 3K4UA 4G8HA 1QKAA 4EQ7A 3CFXA 2V3UA 3U94A 4ZEFA 1Q35A 1OQGA 2AL4A 3KSJA 1BLFA 2FNCA 2NWJA 5KZTA 5I59B 4QSCA 1TFAA 1FQAA 3LSXA 1B3HA 3IOUA 1M5BA 3GBAA 4G77A 3FASA 3JZJA 3MW0A 1QULA 1FW0A 3B6QA 2Z22A 1EZOA 4IGTA 3I3VA 2XXVA 1US5A 5I59A 3DLNA 5CMMA 1NNKA 4ZE9A 3DELB 3MPLA 2I48A 2RCAA 4ESWA 1JQFA 4IO5A 4H5FA 4UACA 3OD7A 3PPOA 5L9SA 5DVJA 1QW0A 5FHMA 3IX1A 1UTBB 1LAFE 1GV8A 5ELVA 1OMPA 2NUVA 4KQPA 1MXWA 5ITOA 2ZNSA 4Z0IA 4KD5A 1URSA 1MXUA 3M8UA 3RNNA 4BLAA 4XKRA 4NF4B 1MQGA 2OWSA 5FTIA 1N7WA 1O64A 3H4ZA 4HCWA 1UTBA 4NE4A 3E9XA 1LBCA 5DT6A 1QVSA 1XS5A 3PPRA 1IITA 1FQCA 3D4CA 3C32A 2X7PA 3SETA 4N6PA 3BFUA 2G93A 1B3FA 1MH4A 4KI0E 4GFRA 4GXAA 3E13X 2VGQA 1FTMA 1UIUA 1YPNA 3K2DA 3H7MA 4NF4A 3MUQA 4F29A 2ZYNA 3IOVA 3MZ1A 1RKMA 5KDTB 3U72A 1UIVA 3IK6B 5CBSA 1MXVA 2OLBA 5ITPA 5J1DA 3CFZA 2ZYOA 2ZMBA 5K2XA 1XVXA 3KJTA 2I6EA 3H6VA 4Q8RA 3SKPA 4POWA 3SERA 1LCFA 3PV0E 3N5LA 5KDTA 1N0TA 3Q27A 4PFWA 3EPEA 3FXQA 2PYYA 2Z23A 1TT1A 1MY1A 3HV1A 3Q29A 4MH5A 5FHOA 3PPQA 3LSLA 3VE1B 1BTJA 4WEDA 4YB7A 2IEEA 3TTKA 3E3KA 3UP9A 4YKIA 2R9JA 1LAHE 2YPNA 1M5CA 2YLNA 4Q0CA 1DPPA 3H03A 1QUKA 3TFLA 3LC8A 3VVEA 3H6WA 3HO7A 2Q2CA 4QFKA 4HS7A 4RY1A 1Y3NA 1MRPA 2DQVA 3BFTA 3OEKA 2RC7A 3H6TA 5F7VA 1D4NA 2XXPA 5ICTA 5CI5A 4DE8A 1SW1A 3B7DA 2VP1A 2XXWA 5H8FB 3ILUB 3HCQA 1ZJLA 1ZMGA 2V3TA 2XD2A 1EZ9A 3IAZA 3PMVA 1M5FA 1B7UA 5IAIA 5I2NB 4C1TA 3KN8A 4FIMA 3O6GA 4M1VA 1Y4CA 2QS1A 3KOTA 3MZBA 3K0VA 2O68A 5AA1A 4EF1A 3W15C 3RUMA 1ELJA 5H8FA 4KR5A 1AL3A 1IEJA 3HHFA 3K02A 2UVGA 3VDFA 1H45A 1MPBA 3TYHA 2GH9A 3THIA 2Z8FA 3PUXE 5I2NA 2H99A 3Q28A 4P0IA 3FXUA 3G3KA 2HZLA 3IORA 4AB5A 1DPEA 3H6UA 1FTOA 3EHUA 2Y7RA 3UN6A 3LSWA 1JW1A 3S4UA 1B3LA 2I0BA 4BDLA 1NFTA 1HSJA 2XXHA 3MQ9A 3OSRA 3OENA 4GF8A 3O28A 2A5TB 4X48A 5HPQA 1QJMA 2GRVA 4R2BA 1SBPA 3HSTA 2E1SA 1B58A 3OEMA 1LB9A 1PBQA 4MLVA 4FATA 4XKNA 2PMSA 1NNPA 1JEVA 4QFOA 3O97A 2ZYKA 4OETA 5TP9B 2B3FA 2O84X 1PDAA 3TZAA 2DE2A 5CMBA 4OYVA 2A5TA 3UGWA 3U92A 3EF7A 5A5XB 1B5HA 3CG1A 5AA2D 3S2VA 2I4CA 1B52A 1GTKA 3FV2A 4DXBA 4FAJA 3MC2A 3ZKKA 4BDNA 4GL0A 5ICQA 1PB7A 3TTRA 1FTKA 1PB8A 4LA9A 3ZS6A 3TQWA 5TP9A 3G7WA 1B9JA 1S7YA 3TQLA 1UTHB 3FVOA 4F31B 5A5XA 1OVBA 2KLFA 5IKBA 1B51A 1USYH 2Q9TA 4RA1A 3SEVA 5BUUA 4NF8B 4OESA 2GHBA 2P0SA 3IB1A 3VLVA 3OO9A 1SYHA 1UTHA 4JSDA 1GR2A 1YCJA 3TCFA 3MAMA 1A54A 3TTMA 1PC3A 5CRYA 4X1BA 3HHGA 4FEBA 4YMAA 2HAVA 1NNTA 4NF8A 5AA2B 4IO6A 1OQHA 3CFLA 3VLWA 3T22A 3RLFE 5B70A 4OFOA 3VLUA 3TUSA 3F11A 2QS2A 3IO4A 1B7ZA 4IY5A 2QL3A 4JWXA 3K1NA 2REGA 3KZGA 4GWOA 3MBPA 4JDFA 4R75A 4EXKA 2XXQA 5AA2A 4ZEBA 4RK2A 1CB6A 3UA8A 3K1MA 3TCHA 3KFMA 2F34A 3FXRA 4ELRA 4BDOA 1POTA 1JVYA 1LBBA 2DE3A 4OFLA 4DZ1A 4RJZA 3LUYA 3IL1B 1JW4A 3T9HB 2XX8A 4QFNA 4GIZA 3FGSA 4PQJA 1SDXA 2Y7WA 4ELQA 3CRBA 3KJ7A 4GQOA 2DXYA 3ZSFA 2Q8JA 2P2AA 1Z7NE 1VSOA 3SEXA 1BP5A 3TKDA 1DTGA 4R6YA 1BIYA 1NNFA 2XX9A 3MVYA 4GRKA 3QUFA 5FHNA 4E0XA 5H8SA 3VXCA 1DTZA 2Q2AA 4G8MA 2I3WA 5CM6A 1R9QA 1PB9A 1DMBA 1MY3A 3VXBA 4NF6B 1B0LA 1SVXB 3T66A 2UVJA 1R9LA 4DCXA 4Z7EA 2UVHA 4KCCA 1B1HA 4PFTA 5I2KB 1MY4A 2ABHA 4FEDA 1LSTA 2R71A 3QIMA 4YKPA 2Y84A 2GHAA 4FECA 4JWOA 1B4ZA 3AXFA 1MS7A 4O3CA 2ONKE 4ESXA 1B5JA 4LZ5A 5HBCA 1EH3A 2HEUA 4NF6A 1N3XA 2XX7A 5DEXB 1B32A 4OQOA 2XXYA 4DIGA 3CIJA 5I2KA 1MQHA 3C36A 4LQ2A 2G29A 2M8CA 3FIRA 5CMCA 3SDFA 3Q25A 3FD3A 4DXUA 3B6TA 3M3FA 1Y9UA 1EU8A 2D5WA 2DE4A 3JV9A 1GGGA 1URGA 3TODA 4NWCA 2F7AA 3B6WA 2X7QA 2DWAA 4LZ8A 4R72A 5DEXA 4PFYA 5I57B 3M3LA 4MFIA 3FVKA 2Y7IA 3G3GA 4N13A 2O69A 1VFEA 1D9VA 4EXLA 1JETA 4TOZA 2AL5A 4YU0A 3LSFB 1N76A 3RT6B 1IXHA 4XXUA 2H25A 1AH5A 2YJPA 4H8JA 4Q30B 1A8FA 3O29A 4MF3A 1TWYA 1LB8A 5I56A 3L6HA 3PGFA 3VV5A 1URDA 1H44A 5I57A 3LR1A 4NWDA 3A3CA 4GD5A 3DP8A 5ISUA 4MLQA 1TFDA 1N3WA 3ONMA 4NEDA 2DXRA 2Y7PA 4OEVA 2B3BA 2P1SA 1IQ7A 3R26A 1H76A 4BDRA 3GXAA 3EN3A 3H06B 5CMKA 2H98A 2OJTA 4X1DA 3OELA 3PUWE 3EHSA 4XKQA 4PETA 4F2QA 4U2RA 2ZYMA 3MJNA 2DYXA 1Q1KA 4ZEIA 4KYEA 1AIVA 1J1NA 4EUOA 4IY6A 2ZXTA 1D3KA 3PMXA 4F3PA 4QF9A 1LLSA 2ZNUA 4R73A 2I4BA 4XIGQ 1NKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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