4BDQA

Crystal structure of the gluk2 r775a lbd dimer in complex with glutamate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
253
structure length
250
Chain Sequence
SLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYADKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
publication title Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 250
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdqA02
2Q2AA 4DXBA 3KGCA 3RT8A 1I6AA 1SW4A 1SBPA 3MJNA 2P2AA 4JSDA 4P0IA 5BWJA 1B0HA 3PD9A 4ND9A 4JBZA 3S4UA 3ZSFA 1EZOA 3G3FA 5K2XA 1B3HA 3VLUA 5JEIA 3VLVA 1TFDA 3JV9A 2QS2A 1JVXA 4LATA 4LP2B 4XKRA 1MPBA 4FEBA 2Q9TA 1S7YA 4Q0CA 2NUVA 3GZGA 4PP0A 3ZKKA 3B7DA 3KBRA 1LB8A 3K0VA 4F2OA 4MBPA 5KCJB 1GV8A 4GL8A 1FQBA 2P0SA 5A5XB 2E0SA 2GHBA 5H8FB 4FATA 4NF8A 3FGSA 3PUZE 3VLWA 3MVZA 3EHUA 4YKJA 5F7VA 4FORA 2I4BA 2O84X 1FTOA 3LBSA 3EHSA 1IITA 3T93B 2Y7WA 1B58A 4HTGA 2DQVA 3CSGA 3MC2A 1MPCA 4PFTA 1SI1A 4QSDA 2XX7A 2BJJX 4IB2A 3C36A 1NKXA 1ZKBA 2HQ0A 4XIGQ 2OJTA 5L9OA 2I58A 4GOTA 2PBWA 4H5GA 4F3PA 2XXRA 1ANFA 3MPKA 4GLIA 5ITOA 5CBSA 1SYIA 2OWSA 4JSOA 4OETA 3N94A 2RC8A 1FQCA 3K4UA 5I59A 3VE1B 2PX1A 5CRYA 4TLLB 3MZ9A 2Q89A 2F6PA 3O2AA 2AIXA 4EF1A 4LQ2A 4R9GA 2XXPA 4ESWA 2H98A 4RY1A 4JWXA 3ZKLA 1LCFA 1LFGA 2UVHA 3G7WA 3CVGA 5JTYB 5AE4A 3FJGA 2DXYA 3CSBA 2DOJA 4NWDA 4U1OA 4OZ9A 2O7IA 4KI0E 2ANJA 1GGGA 4NTLA 1MY1A 2WKYA 3TZAA 1PBPA 2F97A 1DPPA 2DSFA 4JDFA 1HSJA 3USDA 4DCXA 2B3BA 2Y84A 2O6AA 4U4SA 2F34A 2ZYKA 2KLFA 3O29A 1QKBA 2F36A 2X26A 2XX9A 4WKMA 3KG2A 4U23A 3E3KA 3TUSA 4G77A 4R74A 1DTZA 3TMGA 4PFWA 2RC7A 4FAJA 1VR5A 5L9MA 4R6HA 3N26A 4ZDMA 3OD7A 1WDNA 3TTLA 5CMKA 1MRPA 4R6YA 1HSEA 5I2KB 1BP5A 5BUUA 2UYEA 3W15C 4NE4A 3TTNA 1QVSA 3FZVA 4P0GA 1YAEA 2GHAA 3EF7A 3PUXE 2XXYA 3SETA 2GRVA 2UXAA 2HZKA 4ZZEA 1DTGA 5I2NB 1T0KA 2W7YA 3TPAA 4AB5A 3KN3A 4LUBA 2Y7PA 1NNTA 3MQ9A 4KFQA 5DEXB 4RJZA 1XC1A 3VDFA 5HBCA 1URSA 1GVCA 2I48A 4H1XA 2YLNA 4HS7A 2Y7RA 1NNPA 3O66A 3O6IA 3W9WA 1RYOA 4U21A 1YCJA 4XKNA 1MPDA 2I4CA 3PV0E 5EHMA 4Q30B 1II5A 1MQGA 3OSRA 3T96B 1PEBA 2YJPA 3BFUA 1PBQA 1EU8A 4QSEA 4X1BA 3FXUA 4NWCA 1OLAA 3B6QA 1MXYA 3TQLA 3HPIA 4GFRA 2AL5A 1MQDA 3LSWA 4EUOA 4R73A 4ONYA 4ZZAA 4KR5A 2QSXA 1PB7A 3HSTA 2V3UA 5I56B 1B5HA 1QUIA 3BKIB 3IAZA 4BLAA 1UIVA 2REJA 1Y9UA 4HCWA 1DOTA 1FTJA 4WEPA 3IK6B 1A54A 4OFOA 3U92A 1N0TA 1LBBA 3GBBA 5FTHA 1R9QA 3C35A 2ONRA 2Q8JA 3EPEA 2R6GE 1MXZA 1Y20A 4RNSA 4ZECA 1LBCA 3DP6A 3UA8A 3VVDA 5KDTB 1GR2A 3MZ1A 1O7TA 1J1NA 1AL3A 2QRYA 1DMBA 2RCBA 3OO6A 3U1OA 3UORA 3BFTA 4EQ7A 3M3KA 3FIRA 4YICA 1MDQA 3FASA 1MY0A 3FD3A 2H4IA 5B7DA 3RY3A 3PUVE 4R9FA 2ZYNA 2Z23A 1Y3PA 4QRZA 1BTJA 1LGBC 1B51A 1Z7ME 2RKMA 2GH9A 5TP9B 3T66A 4THIA 4OMBA 5ISUA 2ESNA 1JETA 4YU0A 1SW1A 3T9VA 1LAHE 3DM0A 2D5WA 1VSOA 2VD3A 1B1XA 3QSLA 1MY4A 3CFLA 4E0XA 3OO8A 3QXMA 3H6TA 2RF1A 2DS9A 5L9SA 1P1NA 3PUYE 3PD8A 2Z22A 3OXNA 4H8IA 3TKDA 3SEUA 2NOOA 3RPWA 2VP1A 3PU5A 3U8QA 1O64A 4BDQA 4OESA 1SW5A 4EXKA 1D9YA 4ECFA 3LR1A 1M5BA 3K00A 2G29A 2DWHA 3C31A 5HM4B 4GD5A 4NF6A 2B3FA 1P1WA 4UA8A 1S9TA 5H8NA 3O28A 3SKPA 1FTKA 3OELA 1FQEA 4G68A 4IO2A 4Z7EA 4PETA 1JEUA 2XXXA 2XXQA 2AL4A 1ZLQA 4BDOA 5J1DA 1SQYA 3CIJA 4DXCA 2QPQA 3IB1A 2XXVA 1MY3A 4C0RA 4F18A 3TAJA 3TTKA 2A5SA 1XOCA 2DWJA 3O6GA 1P1QA 3C32A 3MZBA 3KFMA 4QFKA 3QK6A 2V25A 1B0LA 1BLFA 3G3GA 2UVJA 3SERA 3RLFE 4F22A 1B7HA 1UTHB 2X7PA 5FHOA 4KYSA 4I1DA 4IY6A 4JB7A 1USYE 4Q5TA 1PDAA 4F1UA 2IEEA 1UTBB 1MQHA 4OEUA 2OWTA 5H8QA 2F6GA 1I6BA 1PB8A 3TTRA 3PPPA 2E1SA 2H25A 1P1OA 3V83A 2O69A 3QIMA 2I3VA 4YB7A 5I59B 3MAMA 3SESA 5K2YA 2Z8EA 4R75A 3KN7A 1MH4A 4ZEKA 5AA4A 2Y7IA 4UACA 4JXIA 3ILTB 1MQIA 3PMXA 1P1UA 3UGWA 2PMSA 2ZYOA 3IOTA 5DVJA 1R9LA 2XXTA 2O7UA 1B4ZA 4O3CA 3MP6A 4X9TA 4I62A 2Z8FA 2F7BA 4MF3A 5KCJA 1IQ7A 4MFIA 3G3KA 5A5XA 4WEDA 3Q27A 4DCYA 3TDJA 4WXJA 2ONKE 2Q2CA 3A09A 4NMYA 3W9VA 4RK2A 3CG1A 3CR9A 4R2BA 5JK4A 1B4HA 2NXOA 4F29A 2HEUA 3EHTA 1XVXA 3Q28A 3PMWA 2FYIA 3N6TA 4GVOA 1MH3A 2I0CA 1M5CA 4OEVA 3KSJA 5H8SA 3M3LA 2OCUA 1B3GA 5L8DA 1XT8A 4EQ9A 3KSXA 2OLBA 4G4PA 4F3SA 1IIWA 1SD3A 2PYYA 3RN8A 3S9LC 5AA3A 3QAXA 4KCDA 4PE5B 3FATA 1D9VA 3U72A 2HCAA 1LAXA 4RK9A 2XX8A 5H8HA 3TTMA 2PVUA 3VV5A 4E0WA 3C4MA 3MWBA 5CI5A 4GL0A 4NF5A 3O97A 1IXGA 1USYH 1AOVA 4TQUQ 4XXUA 5ICTA 1CB6A 3T9HB 3PUWE 3KJTA 3TCHA 1OQGA 5LOMA 2M8CA 1B05A 1IZ1A 1Z7NE 1URDA 3T22A 4F31B 1MM7A 4C1TA 2QMXA 2QS3A 3PMVA 2XD2A 1OMPA 2UYFA 1YTVA 1B1HA 3T9UA 2V3TA 1LLSA 5FHNA 4AB6A 1MXUA 4JWOA 2YPNA 3I3VA 1DSNA 4RPOA 5I2KA 3FV2A 2A5TA 1NNKA 1ELJA 1URGA 3FUZA 2XD3A 3H6VA 3RQTA 2ZNUA 1B40A 4XTCQ 3FXQA 4NF4A 4H65A 1VE4A 2HZLA 3R7XA 2QS1A 5KZTA 1IXIA 5I2NA 3THIA 1M5DA 4Q8RA 4QFNA 1EH3A 3N5LA 4G2ZA 2CMOA 2QL3A 3UP9A 5DEXA 3OO9A 1Y1ZA 1H76A 4QFPA 1B3LA 1PB9A 4QHQA 4ZEFA 2AYSA 3FJMA 1ZIUA 2OK2A 5AA2D 4I8CA 3KOSA 4RPNA 4POXA 2R9JA 3GXAA 2DP8A 1MXWA 5AA2B 2I3WA 3ZS6A 4ZEDA 1LFHA 4BDNA 3FXRA 4H8JA 4F39A 3TYHA 3PPOA 3V8XB 3CI8A 3G3HA 1B46A 3ILUB 1M5EA 3PPNA 3D4CA 4QF9A 1B32A 3B6WA 3HV1A 3S9NC 3DP4A 3TQWA 3OMBA 3SEXA 5ITPA 1IXCA 4DDDA 4R72A 1FCKA 5CBRA 5I56A 1JW1A 4O3BA 4ELOA 2DE3A 3CFXA 1N7WA 3H7MA 2O68A 1RYXA 2PT1A 1JNFA 3IL1B 3S9MC 1PC3A 3OEMA 1M5FA 3RT6B 4H6DA 4EQBA 3TEPA 3WAFA 1VFEA 1Q1KA 3MPLA 4YKPA 1Y3NA 4O3AA 4ZE9A 1QW0A 1NH7A 2ALUA 5TPAA 4F3BA 3OO7A 4G8HA 2QJEA 1TFAA 2O51A 2O1MA 2P1SA 1SYHA 4LZ8A 1N3XA 3CFZA 5KDTA 4NF6B 4X1DA 3MVWA 5H8NB 1ZMGA 1R1NA 3K2DA 1JW5A 4RA1A 2UVIA 3MVYA 2FA7A 4ZE8A 4BDMA 3PPQA 1B5IA 2THIA 2I49A 3SDFA 4NEDA 1H43A 3MUQA 2HXWA 1B2HA 4OXVA 3SEYA 4RYAA 4F3GA 3D4GA 4PFUA 1XVYA 2H9BA 1ZTYA 4KHZE 3RGYA 2RC9A 3FJ7A 4XKPA 2GFEA 3L6HA 1LFIA 3E13X 3SEWA 1MY2A 4U22A 3H6WA 4GIZA 3M8UA 4L17A 4ELPA 2RINA 4U4XA 3P7IA 2DVZA 4G68C 4M4GA 4DXUA 2ZNSA 2ZYMA 5CMCA 2F78A 1TWYA 3LSFB 2V93A 2V84A 2HFBA 3MP1A 3MW0A 4YAHX 1FQAA 1XHYA 3HCQA 1BIYA 4IGTA 1MDP1 1O63A 4GXAA 1JEVA 4H67A 3PPRA 3C33A 3HHGA 1XS5A 4NF8B 1H3DA 5I58A 3K6UA 1SVXB 3BBRA 4F1VA 4YKIA 2CZLA 2ZXTA 1NMUA 5EHSA 4DIGA 1N76A 1POY1 4GXSB 1LB9A 5I57A 1FW0A 2F5XA 4ZS9A 5AA4B 2ABHA 1ZU0A 3U93A 4KPTA 2PT2A 4KYEA 2HAUA 2G93A 4EXLA 4YB5A 4ESXA 2FNCA 4FIMA 1B9JA 4YKKA 5AA1A 4GRKA 3B6TA 3IJOB 3IJXB 5CMBA 5DT6A 1SI0A 4OVJA 4MLQA 2D3IA 1IUDA 4PQJA 1I69A 3EN3A 4IO3A 3MVXA 2R71A 1QJMA 3S9EA 3OSQA 3OENA 4BDRA 1A40A 3ONMA 2VOZA 3Q29A 4EDPA 4BDLA 1UTHA 4RXLA 3SEVA 5CC2A 4OHNA 3OOAA 4QFOA 5DYHA 1FTLA 4MLVA 4QSCA 5DTBA 1UTBA 3GLBA 3O9PA 2B65A 1N04A 5H8FA 1B3EA 2XXHA 3DELB 3N6UA 4MH5A 4LZ5A 2XXIA 3ODBA 3LSXA 3K6WA 1EZ9A 1EZPA 5H8HB 4OFLA 4NF5B 5HPQA 3VVFA 2DYXA 1R6ZA 1Y4CA 1TXFA 2F7CA 3DP8A 4QFLA 1H44A 4ISUA 2X7QA 1Y1MA 4N07A 1SW2A 1KWHA 4OENA 3LSLA 3IO6A 3JZJA 1FTMA 3RNNA 3FVNA 1N84A 4KYDA 3QUJA 2DWIA 1MS7A 4DE8A 1QKAA 3M3FA 1NL5A 2DWAA 4F2QA 2I0BA 1Y4TA 5M2VA 2I6EA 3KN8A 1Q35A 1AH5A 4OYVA 3TCFA 4IO4A 5JTYA 2O1LA 1WODA 3EQ1A 3KJ7A 1JVYA 1QUJA 4AQ4A 4IO7A 4DZ1A 3RUMA 4LQ5A 2A5TB 4YZZA 1US5A 1POTA 2VGQA 3U94A 2DE4A 4U1ZA 4I9DA 3C34A 4F19A 4ZEIA 1UQWA 1OIBA 3ECRA 3Q26A 4NF4B 2H5YA 4IO5A 3AXFA 1JQFA 5EYFA 1OLCA 4GF8A 4ZEBA 5B70A 1IXHA 4EF2A 5DVFA 5DVIA 2REGA 2VD2A 4P11A 4PFYA 4TLMB 4LONB 1LAFE 4M1VA 1NNFA 1CE2A 3QUFA 3RTWB 4HW8A 3UIFA 3V89B 1ZJLA 3PGFA 1A55A 3IORA 4OFJA 3HHFA 2Z8DA 3JYRA 3R6UA 1OQHA 1B3FA 3A3CA 3CRBA 4K3FA 3QYTA 3IOVA 2Y7KA 3VFJA 3MBPA 3UK4A 2D21A 1FQDA 1LCTA 1B7UA 1US4A 3LC8A 2XXUA 3E4RA 5ICQA 2F35A 3IR1A 4POWA 1ZBMA 4YB6A 2ZMBA 1MQJA 2F7AA 3H03A 4LZ7A 3H06B 5IAIA 3TFLA 4F1YA 4HCYA 1MXVA 3H4ZA 3H3GA 4R6KA 3IOWA 2ZNTA 4N6PA 3IX1A 3K1PA 1A8EA 1UIUA 3V5AA 1MM6A 4R2FA 3TELA 3LUYA 4FECA 1TT1A 3K1MA 4DLDA 2F8DA 3MP8A 3IOUA 3L6GA 4YMAA 3UN6A 3FVGA 3FV1A 3Q25A 1SDXA 4LVQA 1A8FA 5ELVA 5FHMA 2XHDA 1OVBA 4LA9A 5TPAB 3K1NA 3O6HA 1VFDA 3HO7A 1ATGA 3K6VA 1NFTA 1OVTA 5CM6A 3FVKA 1Y3QA 2DE2A 3TCGA 3I5OA 1MXXA 1RKMA 3A3UA 5CMMA 4Z0IA 1S50A 1HSLA 1P99A 2NWJA 2UVGA 2DXRA 2QMWA 2LAOA 1L5TA 1N7XA 2NVUB 3RTFB 4KD5A 2H99A 2Q88A 2QS4A 1BKAA 1AMFA 4C1UA 1D4NA 3S2VA 3HN0A 1A99A 1WVJA 3G3JA 5AA2A 1FQFA 2IA4A 3WAEA 3F11A 1B5JA 3H6UA 4ELRA 4G8MA 1MG1A 4OQOA 2OBGA 2VHAA 4IO6A 2ONSA 3C9HA 1A7LA 4H0WA 2OZZA 4OWDA 3GBAA 4U2RA 1QULA 4IGRA 4G68B 3VXCA 5F1QA 1IEJA 3IB0A 4GQOA 2HAVA 1N3WA 2DVCA 3IO4A 3CG3A 3VVEA 1GTKA 4X48A 4H5FA 3DLNA 2XXWA 1NH8A 4XKQA 3IB2A 3VXBA 3K01A 1YPNA 4FJPA 4KQPA 4OTEA 5I84A 4FE8A 1QUKA 3R26A 3T9XB 4N13A 3K02A 1LSTA 4KCCA 4TOZA 1AIVA 5IKBA 4JWYA 3KZGA 1B6HA 3OEKA 5I58B 4G8NA 2RCAA 5TP9A 3G3IA 3K6XA 2V3QA 1DPEA 4IY5A 3TODA 1F9BA 5TU0A 1I6QA 4ELQA 3FVOA 5I57B 3I6VA 3KEIA 5FTIA 4GWOA 1JW4A 4YMBA 4OERA 1H45A 1LAGE 4FEDA 1B7ZA 1D3KA 1B52A 5H8QB 3KOTA 3E9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2DXYA 2WX9A 3CSBA 2DOJA 4NWDA 4U1OA 3A29A 4OZ9A 1FBEA 2O7IA 4KI0E 2ANJA 1GGGA 4NTLA 1MY1A 2WKYA 3TZAA 1PBPA 1INPA 2F97A 4PFRA 1DPPA 2DSFA 4JDFA 1IMAA 1HSJA 3USDA 4MNCA 4DCXA 2BJIA 2B3BA 2VT5A 2Y84A 2O6AA 4U4SA 2F34A 2ZYKA 5DW8A 2KLFA 3O29A 1QKBA 2F36A 2X26A 2XX9A 4WKMA 3KG2A 4U23A 3E3KA 3TUSA 4G77A 4R74A 5ET7A 1DTZA 3TMGA 4PFWA 2RC7A 4FAJA 2MKZA 5I5PA 1VR5A 5L9MA 4R6HA 3N26A 4ZDMA 3OD7A 4PDHA 1WDNA 1KZ8A 3TTLA 5CMKA 1MRPA 4R6YA 1HSEA 5I2KB 3CHGA 4N8GA 1BP5A 5BUUA 2UYEA 3W15C 4NE4A 3TTNA 1QVSA 3FZVA 4P0GA 1YAEA 2GHAA 3EF7A 3PUXE 2XXYA 3SETA 2GRVA 4NG7A 4N15A 3EKIA 2UXAA 2HZKA 4ZZEA 1DTGA 5I2NB 2P3VA 1T0KA 3E79A 2W7YA 3TPAA 4OVRA 1NUWA 4AB5A 3KN3A 4LUBA 2Y7PA 3SZPA 1NNTA 3MQ9A 4KFQA 3MYUA 5DEXB 4RJZA 1XC1A 3VDFA 5HBCA 1URSA 1GVCA 2I48A 4H1XA 2YLNA 4HS7A 2Y7RA 4PTKA 1NNPA 3O66A 3O6IA 3W9WA 1RYOA 4U21A 1YCJA 4XKNA 1MPDA 2I4CA 3PV0E 4H45A 5EHMA 4Q30B 5ET6A 1II5A 4N91A 4OA4A 5I3SA 1FPKA 1MQGA 3OSRA 3T96B 1PEBA 2YJPA 3BFUA 4X04A 1PBQA 5EQ8A 1EU8A 4QSEA 4PFIA 1RDXA 4X1BA 1FJ6A 3FXUA 4NWCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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