4C1TA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with arabinoxylotriose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis
molecule keywords SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
total genus 132
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1tA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1tA02
1BKAA 2YJPA 2XXRA 1FQAA 4U1ZA 3VVEA 5L9SA 3RQTA 3QUFA 1N76A 2ONSA 5CBRA 4F19A 3DP4A 2ZMBA 4NMYA 1P1UA 1QUJA 4FECA 1LB8A 1JVXA 1AL3A 4TLLB 4THIA 4JWOA 2XXHA 1OLCA 1MXYA 3V89B 3T96B 4PFWA 2AYSA 1LBCA 4GL8A 4OERA 3T66A 4IY5A 4M1VA 4F1YA 5CMCA 4KYEA 5I2KB 1XVXA 3G3JA 4NF6B 1HSLA 1UTHB 4YICA 4JDFA 4Q0CA 2Q89A 5K2YA 1TT1A 1B52A 4ZE9A 5I56B 3IOVA 1QVSA 3T9XB 4QFOA 4YKKA 2XXTA 1URSA 2HEUA 3EPEA 4NEDA 1XT8A 1B2HA 1B5HA 4NWDA 4YU0A 5AE4A 4H0WA 4R6YA 3FZVA 4M4GA 2Z23A 4GF8A 1M5CA 2V3QA 2VOZA 3SEXA 1LCFA 1FTJA 1M5FA 3TPAA 2YLNA 2F97A 4R74A 4U21A 5KCJA 3RUMA 2QMWA 1B3EA 1SVXB 1AMFA 3OXNA 1LGBC 3MAMA 3PMVA 3PV0E 1I6AA 2HQ0A 2R9JA 4KYDA 4OESA 3FVNA 3PPQA 4G68B 4GXSB 3GBBA 5H8HB 3IB0A 3C35A 5AA2A 1QUIA 1QKBA 3ZSFA 3RPWA 1YPNA 3VVFA 2I3VA 3K01A 4OFLA 3Q27A 3TAJA 3FXQA 1H45A 2XXPA 4NF5B 4OYVA 1YTVA 4RY1A 1URGA 1US4A 1OIBA 3FXRA 1MM7A 3ECRA 4YZZA 2NXOA 1SW2A 3TTMA 4KQPA 1FW0A 1JNFA 3SERA 4H6DA 2I0CA 3W9WA 1NL5A 3A3CA 4R6KA 1LLSA 2IEEA 1EZPA 4ONYA 4G2ZA 2R71A 4AQ4A 3W9VA 4H65A 3RNNA 4IB2A 1LCTA 3D4CA 4ELRA 3LSWA 4BDNA 3V83A 4G8HA 5TPAB 2OWSA 3ILTB 4L17A 2OBGA 3OEMA 3QK6A 3H4ZA 2F7CA 4HTGA 2ZYKA 2Y7WA 3N94A 1MQIA 1EU8A 4XKQA 2RCAA 4F1VA 2VHAA 1XC1A 1B3HA 3IOTA 4PFTA 4R9FA 1DTZA 2R6GE 2IA4A 1ZTYA 1Q1KA 1MRPA 3CIJA 2V93A 1MPBA 3FVGA 1LFIA 1SW1A 3RN8A 2UXAA 3K6UA 1ZBMA 1SD3A 1NNFA 3G3IA 4ESWA 1B0LA 1HSJA 3EHSA 1B7UA 4G77A 2HAUA 3PMXA 4ZEIA 2RC7A 1H44A 5I57A 3TFLA 2H99A 1I6QA 1A54A 2HFBA 3PMWA 1MXZA 2F8DA 3FJMA 2OWTA 2ZYNA 2XX8A 3TQLA 1US5A 3IL1B 3OO6A 4IO5A 4F3PA 3IJOB 1USYH 1I6BA 4LZ5A 3EHTA 4U4SA 5ICTA 1B40A 4O3BA 2G29A 4U22A 4DLDA 3TELA 1OVBA 4ZEDA 5I84A 3RY3A 3S2VA 3Q25A 4BDQA 4ZZAA 1FQBA 1ZLQA 4NTLA 3VLWA 3PD9A 3SESA 4TLMB 1QULA 4F31B 2Q9TA 1MY1A 4N6PA 3K0VA 1CB6A 4RXLA 1Y3PA 3TCFA 2XX9A 1BP5A 1QKAA 1EZ9A 3R6UA 2OLBA 4AB6A 2F6PA 2REGA 1FQDA 4OMBA 3RGYA 2P0SA 4Q8RA 5B7DA 4OETA 5F7VA 1B32A 1AIVA 4WEPA 1MQGA 3MVYA 3LSLA 1A8FA 1OQHA 3RLFE 1MDQA 1TXFA 3BFUA 3QIMA 2O7IA 2DVZA 4RK2A 2QS2A 2WKYA 3MP8A 2X26A 2V84A 4P0IA 4YMAA 5IKBA 3OSRA 1P1QA 5CMMA 3USDA 1VSOA 2QS4A 3V5AA 1S50A 3RT6B 1NMUA 5H8QA 4F18A 1B51A 1JEUA 1QJMA 3SEWA 4GXAA 1N3WA 1A99A 2THIA 2I0BA 2BJJX 4KYSA 2XD2A 4ZS9A 1RYXA 5DYHA 1IIWA 2PVUA 3EHUA 2XHDA 4C1TA 3K4UA 2AL5A 1H76A 4YAHX 2QJEA 1Y9UA 1Y4CA 4HW8A 3HHGA 3U1OA 1JW1A 1MS7A 1A7LA 1LB9A 4YB5A 1B3LA 1O63A 1XVYA 3IORA 5DVJA 5I59B 4IGRA 3UK4A 3GXAA 3FVOA 2H5YA 2Y7IA 2Z22A 2HZLA 1Y4TA 1J1NA 2DYXA 1IXIA 2O1MA 2Y7RA 1MXUA 5J1DA 3UGWA 2LAOA 3UP9A 1MXVA 4JSDA 2RKMA 2I3WA 4FORA 3M3FA 1PB8A 1II5A 3MPLA 3MZ1A 4GIZA 4R6HA 1YCJA 5TU0A 5KZTA 4LVQA 1POTA 2Z8EA 3LSFB 5ITPA 4F29A 5FHOA 3K6XA 5CRYA 3HN0A 2Z8FA 3BKIB 3B6WA 4RYAA 4XXUA 3I6VA 4XTCQ 1N04A 2V25A 4OENA 4MF3A 1B9JA 5I2KA 4FIMA 1N84A 2HCAA 4NF6A 4MBPA 2B3BA 1UTHA 2I48A 4EQ9A 2I49A 3CSGA 3CI8A 2UYEA 4LATA 4YMBA 5I56A 3OELA 2O69A 1WVJA 4E0XA 4QHQA 3CRBA 3Q26A 1UTBB 4POXA 4IO3A 4PFYA 4QFKA 4RPNA 3HO7A 2DWAA 3UN6A 1O7TA 3G7WA 2I6EA 2XXWA 2UYFA 4EQ7A 3VLUA 4Q5TA 3VXCA 4FJPA 3PU5A 4H5FA 4O3AA 1P99A 4U1OA 1ZIUA 1UIUA 3A09A 4RJZA 3S9MC 4IO2A 4G68A 4ZEBA 1GGGA 3FASA 5H8HA 2PT1A 4NF4B 3QSLA 1B0HA 4NE4A 1IITA 1VFDA 5M2VA 1D3KA 3VFJA 2I4CA 2V3TA 4YB6A 1OLAA 3V8XB 1F9BA 1DPPA 4NF5A 1N7XA 4PE5B 1SBPA 3H6WA 1MPDA 2O51A 3KN8A 3RTWB 2D5WA 2DWJA 5ISUA 3PUWE 1R1NA 2XXXA 3MZ9A 3FATA 1B4HA 4ESXA 5CBSA 1B58A 3BFTA 4DCYA 1T0KA 1B5IA 2F6GA 2XXVA 3LR1A 4KD5A 1HSEA 4IGTA 1Y1MA 5L8DA 1FTLA 3C33A 5ITOA 2Y84A 4N13A 5TPAA 1MY2A 3U92A 4C0RA 3MVXA 3O66A 1Q35A 4GOTA 3OD7A 1POY1 3C32A 1DMBA 2ALUA 1FQFA 2F36A 1SI1A 3IK6B 1WDNA 4U2RA 3IJXB 3KJ7A 3GZGA 4GL0A 3T9UA 2ONRA 4OTEA 1DSNA 2H98A 3HPIA 5DEXB 1MY3A 4DIGA 4ELOA 3LSXA 1JW4A 4ZZEA 1USYE 3C9HA 2D21A 3C36A 1M5EA 3OO8A 2RC9A 4BDOA 3O9PA 3G3GA 3E13X 3MW0A 3VLVA 3PPRA 3PPNA 2O6AA 4I62A 4QFLA 4ELQA 4WEDA 2HXWA 3IB1A 1PEBA 3OSQA 4I8CA 4NWCA 3CFLA 4F2QA 1LAGE 4F1UA 3EN3A 2B65A 2PYYA 1OMPA 3S9LC 4OEVA 4F3BA 4F39A 3S9NC 1H3DA 3ODBA 5JEIA 3VV5A 2PT2A 1B05A 3MWBA 3ZKLA 3TTLA 4OHNA 4I9DA 4QFPA 2GRVA 3JV9A 3UORA 3KN7A 1MY0A 4JWXA 1MG1A 1BIYA 1IXGA 2XXIA 4UA8A 3K1NA 1FCKA 2DXYA 4FE8A 4RK9A 3PUVE 2CMOA 3H6VA 1LSTA 5CM6A 1SI0A 4ZE8A 5BWJA 4O3CA 5L9OA 2NVUB 3TODA 5AA4B 2F78A 1N7WA 4ECFA 3SEVA 3TZAA 3KZGA 4P0GA 4F2OA 3DELB 1JEVA 1IQ7A 2RF1A 1LAFE 2P2AA 1BTJA 3N6UA 3ZKKA 1LFHA 1OVTA 1PDAA 1O64A 3H3GA 2DWHA 1Z7ME 3QXMA 1JETA 3DLNA 2ESNA 1PC3A 3IAZA 4EF2A 5TP9B 4NF8B 2ANJA 1CE2A 1VR5A 3K02A 5JTYB 1B7HA 4X48A 4YKPA 3IX1A 5JK4A 1MPCA 3F11A 4DXBA 4R73A 4BDRA 1QUKA 3D4GA 4R72A 1PB9A 4X1DA 3MVZA 3O97A 3GBAA 1NH7A 2F7BA 4POWA 1B1XA 4DXCA 2A5TB 2O84X 4YKIA 1I69A 1MXWA 3S9EA 4EDPA 5KDTB 3OENA 1IZ1A 2D3IA 4RA1A 4LONB 4GWOA 3GLBA 4OZ9A 4OWDA 4Q30B 3TTKA 3G3HA 2F34A 2E0SA 1FQEA 4TOZA 1H43A 1IXCA 3KJTA 2DE3A 3QYTA 1B46A 5I59A 4U4XA 3B6QA 1LAXA 4H8IA 4KCDA 3MPKA 5IAIA 3TUSA 2O68A 2AL4A 2UVGA 5DT6A 1ZKBA 4H67A 5AA3A 4HCYA 2FNCA 2GH9A 3T9HB 3FJ7A 3CR9A 1JQFA 2B3FA 2OJTA 4QSCA 5HBCA 3TTNA 5H8NB 4GVOA 1XS5A 4DDDA 3VXBA 2DP8A 2ZYMA 5H8FB 3LUYA 3RTFB 4K3FA 1JVYA 5I58B 1BLFA 2XXQA 1B6HA 1MH3A 4OFOA 3OMBA 1EH3A 1ATGA 2RINA 1ZMGA 4LQ2A 3MC2A 4MLVA 3U94A 1PB7A 4G4PA 1GVCA 3TTRA 3FD3A 3TEPA 2YPNA 3U8QA 5DVIA 4WXJA 1WODA 3KOTA 3TKDA 4OFJA 2DSFA 3L6GA 2Y7KA 3CFZA 2NWJA 2PBWA 4KPTA 5EYFA 4LQ5A 1URDA 4PFUA 4JBZA 4JXIA 1NNPA 1Y1ZA 4BDLA 4F3GA 3W15C 4YKJA 3PPOA 1LBBA 4MLQA 3C31A 1Y20A 2HAVA 2GFEA 4DCXA 2OK2A 3MJNA 2RCBA 2ZXTA 4EQBA 2ZNUA 1MXXA 3KSJA 4Z7EA 1UTBA 2VGQA 3FGSA 4E0WA 4QSDA 3LBSA 5I2NB 4YB7A 2M8CA 3IO6A 2X7QA 3E9XA 4QFNA 5DVFA 2QS3A 2VD2A 1TWYA 1MH4A 5FHNA 1Z7NE 3K6VA 2A5SA 1MQHA 4GQOA 3H06B 2XXYA 3K2DA 1RYOA 3DM0A 4GFRA 3Q29A 3IR1A 3SETA 3KGCA 3PGFA 1RKMA 1MQDA 2G93A 1B5JA 1ZU0A 2UVJA 3I3VA 2PMSA 5FHMA 1SW4A 1EZOA 4IY6A 4NF4A 2FYIA 1PBPA 1B4ZA 1R9LA 2QS1A 2ONKE 1L5TA 1B3FA 1VE4A 4GLIA 3MQ9A 1XOCA 3K00A 4OVJA 5EHSA 3R26A 1R9QA 4N07A 2XX7A 3O28A 1UIVA 1B1HA 4XIGQ 4RPOA 4F22A 3I5OA 1LFGA 4EUOA 2Q8JA 1NNKA 3PUYE 3CG3A 2DVCA 4FATA 4XKRA 1UQWA 3IOUA 4ZEFA 2RC8A 3M8UA 3KOSA 1A55A 2UVIA 1NH8A 2REJA 2I4BA 4JB7A 3O6IA 3TMGA 5B70A 2W7YA 3WAFA 1S9TA 1Y3QA 2X7PA 3EQ1A 4ZECA 4OQOA 3FUZA 3T22A 1SYIA 5CMKA 3TYHA 5HPQA 4X1BA 3N26A 1ZJLA 4LA9A 4H1XA 2Q88A 4OXVA 3BBRA 3VDFA 2P1SA 5CMBA 4AB5A 2KLFA 1FTOA 2QSXA 2XD3A 4G8NA 5KCJB 1S7YA 5CC2A 3FV1A 3PPPA 2O7UA 2V3UA 1YAEA 3KG2A 3IB2A 2VD3A 5H8SA 4JWYA 3SEUA 5AA2B 5DEXA 4MH5A 3O29A 3IOWA 4XKPA 4EXKA 2CZLA 3OEKA 2DE4A 3G3FA 3CSBA 3N6TA 3FJGA 1MDP1 2F35A 3UIFA 2PX1A 1R6ZA 4QF9A 1M5BA 4LZ7A 2GHAA 3H03A 1JW5A 1GTKA 1ELJA 3T93B 4G68C 1SYHA 3S4UA 5F1QA 5BUUA 3LC8A 2QRYA 1GR2A 3A3UA 4KFQA 4JSOA 3K1MA 3MP6A 3HCQA 1XHYA 2XXUA 4HCWA 1D4NA 3H6UA 3TCGA 4LUBA 2QL3A 3MBPA 1QW0A 3SDFA 1FTMA 4H5GA 3PD8A 5AA4A 3E3KA 3IO4A 3C34A 4P11A 4BDMA 3KEIA 1SW5A 2OZZA 4IO4A 3WAEA 2VP1A 5ICQA 3VE1B 4PP0A 4GRKA 4RNSA 1AH5A 5A5XA 4BLAA 1N3XA 1SDXA 4HS7A 2NOOA 2H25A 4KHZE 4ND9A 5I57B 5TP9A 4NF8A 1M5DA 1FQCA 4R2BA 3UA8A 4KI0E 2DWIA 2NUVA 2ABHA 4GD5A 5JTYA 5A5XB 3M3KA 1IXHA 1P1OA 2Q2AA 3FXUA 3R7XA 3KFMA 3HV1A 5DTBA 4H8JA 4QSEA 4PQJA 3VVDA 3DP6A 4FEBA 3O2AA 3ILUB 2DOJA 2A5TA 2UVHA 3K6WA 3FV2A 4ISUA 4X9TA 1N0TA 5KDTA 3O6HA 3MP1A 3TDJA 3AXFA 4MFIA 4LZ8A 1MM6A 3KSXA 3G3KA 4ZEKA 3CFXA 4R75A 3HHFA 1P1WA 3O6GA 3B7DA 3DP8A 1MQJA 5EHMA 1TFAA 4TQUQ 1PBQA 2Y7PA 4Z0IA 4XKNA 1SQYA 3ZS6A 3H7MA 2FA7A 2O1LA 3CVGA 2AIXA 4KCCA 4IO7A 1NFTA 3E4RA 5HM4B 4LP2B 5CI5A 1P1NA 5AA2D 3FIRA 1IEJA 1A40A 3M3LA 5FTIA 4ELPA 4R2FA 1MY4A 4PETA 3L6HA 3P7IA 5H8NA 5LOMA 2QMXA 4DZ1A 3TCHA 4UACA 3JZJA 5AA1A 3H6TA 2ZYOA 1OQGA 3EF7A 3MZBA 5H8FA 1D9VA 5L9MA 1FTKA 2E1SA 3ONMA 2Q2CA 2Z8DA 3U72A 5I58A 3CG1A 1DOTA 4EF1A 1A8EA 4DXUA 5H8QB 2H4IA 4DE8A 4I1DA 4C1UA 1B3GA 1B7ZA 3QAXA 1IUDA 3FVKA 3PUZE 3QUJA 4R9GA 1NNTA 3PUXE 1VFEA 3OO9A 1DTGA 3TQWA 3U93A 5FTHA 3HSTA 2GHBA 2DXRA 4U23A 3MVWA 2DE2A 1Y3NA 3KBRA 2HZKA 2OCUA 2DQVA 3Q28A 2F7AA 3SEYA 1NKXA 4EXLA 3K1PA 2F5XA 4FAJA 3KN3A 3N5LA 1AOVA 4WKMA 4IO6A 4G8MA 3JYRA 2I58A 5ELVA 3THIA 5K2XA 3RT8A 1LAHE 4ZDMA 1TFDA 2DS9A 5I2NA 1ANFA 3OOAA 4QRZA 4KR5A 4OEUA 2H9BA 3C4MA 1D9YA 1KWHA 3SKPA 3B6TA 3T9VA 2QPQA 3MUQA 1DPEA 4F3SA 4FEDA 2ZNTA 2ZNSA 1GV8A 3OO7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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