4C1UA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with arabinoxylobiose
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule keywords SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
total genus 137
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1uA02
1IIWA 5H8NB 4MF3A 3UORA 3PU5A 2DOJA 3U92A 3MWBA 3VLUA 4TOZA 1Y4TA 4ZS9A 3RY3A 4F29A 4TLMB 3N6UA 1N7XA 3OSRA 1MY0A 4QHQA 5AE4A 4GWOA 3TODA 2X7PA 2CMOA 2NXOA 2UVIA 4GRKA 2YPNA 3IOVA 2UVJA 3B6QA 1MDP1 5I57B 3MC2A 1QUJA 2R9JA 3FJMA 4RPNA 1NNPA 1MXUA 3T22A 3VE1B 2PBWA 1US5A 3C35A 1II5A 3UP9A 5KCJB 3LR1A 3TKDA 4F3SA 1LBBA 3TCHA 2UVHA 3T9HB 2DE4A 1NKXA 3I5OA 4Z0IA 2YLNA 1BKAA 4ISUA 4HS7A 3C31A 2A5TA 3HHGA 2F6GA 1DPEA 4NF6A 5ITPA 5H8NA 4UA8A 2RCBA 1MXZA 1SW2A 4KD5A 2HEUA 1P99A 1FQDA 1R9LA 1IUDA 5H8QB 1MQDA 1SW5A 1URSA 4F3BA 3LSLA 4E0WA 3QIMA 3N5LA 3FXQA 2O69A 3VLWA 3C36A 3QK6A 1B51A 5TU0A 5L9MA 4KHZE 3V5AA 3H6TA 1LAXA 3USDA 1FTJA 1A7LA 4IO5A 4BDQA 3GXAA 4ZE9A 4H5FA 3PMWA 3ONMA 3H4ZA 4R75A 4YKIA 3K4UA 3G3FA 3Q27A 1IXIA 3RTFB 1VR5A 2NVUB 3ZKKA 3K00A 1OQHA 2Y7KA 4WKMA 3DP4A 2QS3A 1S9TA 4GOTA 3IB1A 1YAEA 1Q1KA 2XXYA 1A40A 5AA2A 3G3HA 1QW0A 2DE3A 2RKMA 4G8NA 5I2NB 3PPRA 1H45A 4O3CA 5HPQA 1EZ9A 3FGSA 2O6AA 4OESA 3RT8A 4JBZA 4NF8A 3O29A 1B3FA 4XIGQ 3BFTA 1D9YA 5K2YA 1B3EA 2ZMBA 2I58A 3KG2A 1WDNA 1M5CA 3O66A 4MBPA 3A3CA 1NNKA 1H3DA 2V25A 3TFLA 1O63A 2QPQA 4RXLA 3SEYA 1M5EA 1P1WA 4OEVA 2NOOA 1B32A 4RYAA 5BUUA 4PFUA 3SEUA 1RYXA 2B3BA 4R73A 2VD3A 4QF9A 1H43A 5ELVA 5FTIA 3N94A 3O28A 3L6HA 4YMAA 5I2NA 5K2XA 1UTHB 3A09A 1MXYA 2Z8FA 4OERA 2OLBA 3T96B 2HAVA 1M5FA 4RA1A 4R6YA 2FA7A 3TCGA 4FAJA 3D4CA 1R9QA 1ZTYA 3TTKA 3VLVA 2VGQA 2ZNTA 4H5GA 3K2DA 2YJPA 3IAZA 4F2OA 1P1OA 4F1YA 2ABHA 5H8SA 2LAOA 2DS9A 1SI1A 1B4HA 1AL3A 1UTBB 3Q29A 2R6GE 4H8JA 4YMBA 5I2KB 3O97A 4OETA 3OEKA 2ZYMA 4KFQA 4HCWA 1DMBA 1A8EA 1NNFA 3K1NA 4OTEA 3GZGA 4LQ5A 4JSOA 2F7CA 4KI0E 5IKBA 3PUZE 1XHYA 1LFHA 4GXAA 2DSFA 1B7ZA 1YCJA 4F39A 4XKQA 4LVQA 1Q35A 5FTHA 3O6GA 1PB8A 3O2AA 3VXCA 1SYHA 3MJNA 1LGBC 4KCCA 2PMSA 3KJ7A 2HFBA 4F3GA 1B5JA 1UTBA 2AYSA 1FQCA 2QRYA 3M3KA 2D5WA 3BKIB 2P0SA 2HZKA 4ZEDA 3SEVA 4NTLA 5DEXB 4GVOA 4QFLA 1B3GA 1MDQA 4GIZA 3FJGA 3TAJA 1B7HA 4RK9A 2V3UA 3C34A 3A3UA 4WXJA 1YTVA 2H98A 2R71A 4QSDA 1TT1A 3ZKLA 4Q8RA 2X7QA 4BDNA 4KCDA 4ZZAA 1B5HA 3MZBA 1LBCA 1MY2A 4F1VA 5H8FB 1VFEA 4QFPA 5FHNA 1WODA 1N84A 3IB2A 4M1VA 3EN3A 2RINA 3SDFA 1B3LA 4ZEFA 3FJ7A 4EQ7A 1CE2A 4HTGA 4YAHX 2O68A 1YPNA 2XXXA 1B0LA 4U21A 1SI0A 1B1HA 2VD2A 1MQJA 4NWDA 3ILUB 2DWJA 2O1MA 3QAXA 4MLQA 2DVCA 4R9FA 4IO7A 4ESXA 5DYHA 2Z22A 1FQBA 3O6HA 1OVBA 1NL5A 4G68B 4DXCA 4ND9A 4DCYA 1MY3A 2DE2A 2F6PA 4AB6A 4LUBA 3TCFA 4QFOA 3I3VA 3LBSA 2DXYA 2HXWA 3OEMA 1URDA 2ESNA 3CFLA 2REJA 4FEBA 2RC8A 3SETA 2XXQA 4KYEA 2FNCA 3P7IA 1LLSA 4DZ1A 3N26A 3PUYE 5A5XA 5HBCA 2NUVA 4H67A 5L8DA 4R2BA 3U94A 4NE4A 1MS7A 3HHFA 1Y1MA 3M8UA 4YU0A 3R6UA 1FTLA 1XOCA 5CMBA 4AB5A 2REGA 4ZEBA 1SQYA 3ZS6A 2E0SA 3OELA 4F19A 2F8DA 2UYEA 3OO9A 3CSGA 3FZVA 4OFOA 1DPPA 4YB7A 1LB9A 3FXUA 1Y3NA 2OCUA 3OO7A 1B52A 3KN7A 4TLLB 4H1XA 5EYFA 4I62A 1B58A 1NH8A 5CMMA 5F7VA 1ZJLA 4LZ7A 2AL5A 3PD9A 3DP6A 1ELJA 5L9OA 3OSQA 4BDOA 4KQPA 3PMVA 4GLIA 3S9EA 1N7WA 3S9MC 2I48A 1P1QA 1JETA 5I56A 4OWDA 4POWA 1QKAA 4PP0A 4F22A 1UQWA 3TELA 4WEDA 3RQTA 4F1UA 1M5DA 4BDRA 1QUKA 3KBRA 3MQ9A 2GH9A 3OD7A 1AOVA 2V93A 4IGTA 1FQAA 4PETA 4IB2A 1MPBA 2ALUA 3KOSA 3DELB 4IO6A 4PFWA 3PMXA 3KEIA 1GR2A 2H25A 2Y7PA 5I57A 4EQBA 2F5XA 4UACA 1S50A 4XXUA 3M3LA 2Q9TA 3FASA 2XXRA 1MXWA 4BLAA 1SBPA 1Y3PA 2BJJX 4KPTA 5KCJA 3IO4A 4P11A 3K6UA 3L6GA 1BP5A 1FTOA 3G3GA 4QSCA 4LQ2A 2H4IA 3O9PA 4FJPA 4THIA 4JB7A 1MY1A 3OO8A 3QUFA 1EZOA 2M8CA 4F18A 2O84X 4HCYA 4IO2A 1D4NA 1JW1A 1JEUA 4QRZA 3T9UA 4K3FA 4QFKA 2ZXTA 3E13X 4XTCQ 4BDLA 5H8QA 4OQOA 1FQEA 2RC7A 1OLCA 3R26A 5BWJA 4POXA 3KN3A 3Q25A 1MY4A 2Q8JA 3D4GA 4U4SA 2KLFA 2AIXA 3CR9A 4NWCA 4R6KA 1I69A 4F31B 4LZ5A 4OFLA 5M2VA 3OENA 5EHMA 3EF7A 2QSXA 4ZEKA 1PEBA 2CZLA 4U2RA 4Q30B 3JZJA 2THIA 4EQ9A 4G2ZA 3GBAA 4LONB 3K1PA 3DP8A 1HSJA 4N13A 2QS4A 3K6VA 3HPIA 4JWYA 1URGA 4MH5A 3FUZA 5TP9B 5FHMA 3MBPA 3EPEA 2FYIA 1JNFA 2XXTA 4PFYA 2OBGA 4LZ8A 1S7YA 2RF1A 4H6DA 1QULA 5F1QA 4OFJA 4GD5A 3FVNA 1XT8A 3MP6A 3VVEA 4ELOA 1T0KA 4X48A 1SW1A 3FATA 4R9GA 3K1MA 4E0XA 1B1XA 3CRBA 4GQOA 2DWIA 1LAFE 3TTRA 3MP8A 1O7TA 4M4GA 4DE8A 5CI5A 1SDXA 1VSOA 4XKPA 2G29A 3JYRA 1B6HA 1L5TA 3H7MA 5DVJA 3VVDA 2P1SA 3UIFA 4EUOA 2F78A 3RT6B 4EXLA 2QJEA 2IA4A 3LSXA 4R72A 1LCFA 2UYFA 1OQGA 4FATA 4H65A 2UXAA 1Y9UA 1UTHA 2Y84A 5CM6A 4ZECA 4KYSA 3IL1B 2ZYOA 3PV0E 4MLVA 3MZ1A 5AA4B 2DYXA 2OZZA 3K0VA 3KZGA 3TTNA 3QYTA 3TQWA 1A54A 1ZMGA 2Q2CA 4YKJA 2V3QA 2V84A 3FVOA 2XHDA 1LSTA 3MVWA 3BBRA 4H8IA 1RKMA 4YZZA 3MAMA 1ZIUA 5DT6A 5EHSA 1XVXA 3KSJA 4ZDMA 2XXHA 1MG1A 3S4UA 3T9VA 5H8HB 4IY5A 4R74A 1LFIA 3LC8A 4FE8A 2O7IA 4QFNA 3KFMA 1JW4A 1OVTA 1HSLA 1JW5A 3W9VA 4ZEIA 5JTYB 2ONRA 5I2KA 2IEEA 1EH3A 4FEDA 4NF4B 3Q26A 4JWXA 1B3HA 1SYIA 3SEWA 4C1UA 4KR5A 3H03A 4IO3A 3PPQA 1B9JA 3TMGA 4TQUQ 1OIBA 5JEIA 3IR1A 5AA1A 1B0HA 3U1OA 3IK6B 4N07A 3OO6A 4YKPA 2Y7WA 4ESWA 4F3PA 2WKYA 5IAIA 3JV9A 1A8FA 5I58B 3KOTA 1SD3A 1PBPA 3OXNA 3T9XB 1BIYA 2XX9A 4OYVA 2V3TA 3HN0A 2OK2A 3PUVE 3V8XB 2DXRA 3IB0A 3UK4A 1US4A 1I6AA 3N6TA 2OWSA 3R7XA 3S9LC 2PX1A 1MRPA 3PUWE 1JEVA 1ZBMA 4GXSB 5DTBA 3THIA 2PVUA 3BFUA 4MFIA 3T66A 1TFAA 4NF4A 3SKPA 2XD2A 2O51A 1A55A 4NF5B 2ONKE 5DEXA 2ZYNA 1QKBA 5CMKA 3RN8A 3LSWA 2O1LA 1H44A 1UIUA 2F97A 4X9TA 1VFDA 3EHUA 1DSNA 3PD8A 1USYE 3ECRA 5I58A 2XXWA 5H8FA 4I8CA 3OMBA 4Q5TA 1OLAA 3RUMA 1Y4CA 2QL3A 2DP8A 4OENA 1M5BA 5I59B 5KZTA 4O3BA 4EDPA 4DLDA 4ZZEA 1I6QA 3MVYA 3VFJA 3CIJA 1D9VA 3E9XA 2DQVA 2GHBA 2Q2AA 4XKRA 3HV1A 3TTLA 4ZE8A 3MPLA 2A5TB 3FV1A 4LA9A 2Q89A 4NF6B 3WAFA 4NF5A 2P2AA 3SERA 3G3KA 2F36A 4OVJA 4GL8A 1R6ZA 1MXXA 2B65A 3B6WA 4OXVA 3CG1A 3PPOA 4G68A 3EHSA 4R2FA 1AH5A 3RTWB 3TPAA 5J1DA 4I1DA 2Q88A 3TQLA 5KDTB 1MM7A 3MVXA 4IGRA 3E3KA 3RGYA 2E1SA 2RCAA 2PT2A 3FXRA 2QMWA 4OHNA 1N3WA 4X1BA 3G3JA 3H6VA 3UN6A 2QMXA 2Z23A 5I59A 2XXIA 4PE5B 4AQ4A 5ITOA 2ANJA 4RY1A 2OJTA 1NFTA 2X26A 3KN8A 1LFGA 3VV5A 3O6IA 1KWHA 5JK4A 3FV2A 4JXIA 4ECFA 4P0GA 2HCAA 2A5SA 2I3VA 3WAEA 3HSTA 3K6WA 3K6XA 2GFEA 4YB5A 1AIVA 4G8HA 2VOZA 1F9BA 3M3FA 1GGGA 1FTKA 3IJOB 1JVXA 3TYHA 3ILTB 4L17A 5AA2B 4NMYA 4YICA 4U1OA 2VHAA 5KDTA 3U8QA 5L9SA 1MH3A 2XXVA 3E4RA 2F35A 4HW8A 3G7WA 2I0CA 4FECA 2F7AA 1Z7NE 4OZ9A 4NF8B 3FD3A 2GRVA 2PT1A 3RLFE 5AA2D 1UIVA 1JQFA 3HO7A 1LB8A 2XXUA 2AL4A 1IITA 3FIRA 3RPWA 1DTZA 3MZ9A 4U22A 3UA8A 3IO6A 3AXFA 2ZNUA 4JWOA 3CFZA 5TPAB 4ELPA 4Q0CA 3CI8A 3S9NC 1P1NA 3HCQA 1B2HA 3G3IA 1Z7ME 4YKKA 4IY6A 1B40A 1LCTA 5CMCA 5CC2A 3B6TA 1Y20A 1IXCA 1QUIA 3ODBA 4XKNA 3UGWA 1FTMA 4U23A 2H9BA 2D21A 3IOWA 4Z7EA 4ELRA 3V89B 1I6BA 3CG3A 5FHOA 2OWTA 2F7BA 2DVZA 5ISUA 4DDDA 4LP2B 2DWAA 4PFTA 3IOUA 1MPCA 2D3IA 3IORA 1ATGA 5CBSA 2I4BA 3DLNA 1O64A 3KJTA 5HM4B 3T93B 3KGCA 4R6HA 1EU8A 5TPAA 3C4MA 5B70A 1TWYA 1XC1A 1MQGA 1PB7A 1TXFA 1GVCA 1PBQA 1RYOA 2QS2A 3C9HA 5DVFA 1B4ZA 1WVJA 1PC3A 4IO4A 2ZNSA 3DM0A 3K01A 4JSDA 3H3GA 5CRYA 1P1UA 4RNSA 1CB6A 2ONSA 3QUJA 3I6VA 3SEXA 2HAUA 1MPDA 4JDFA 4YB6A 1BTJA 4I9DA 3TZAA 3S2VA 2DWHA 4DCXA 3RNNA 3FVGA 4GF8A 1XS5A 5TP9A 1D3KA 2I3WA 1GTKA 1VE4A 1NNTA 5CBRA 3W15C 2G93A 4U1ZA 3TTMA 1POY1 4FIMA 2H99A 4U4XA 3TEPA 3IJXB 3MW0A 1NMUA 4O3AA 5LOMA 3LSFB 4KYDA 2RC9A 1DOTA 3GBBA 4DXBA 1FW0A 4BDMA 3C32A 4DXUA 1XVYA 1LAGE 1N0TA 4LATA 2F34A 1MM6A 3PUXE 2XX7A 3QXMA 1SVXB 3MVZA 4QSEA 4OMBA 4OEUA 1POTA 3EHTA 4G68C 1Y3QA 1DTGA 1IQ7A 3VDFA 1MXVA 1LAHE 2W7YA 1N3XA 3EQ1A 2HZLA 1N04A 4ONYA 3PPNA 4N6PA 4GFRA 1A99A 5AA4A 3SESA 3IOTA 1GV8A 1SW4A 1IEJA 3VVFA 3OOAA 2Z8EA 3B7DA 1USYH 3CSBA 4P0IA 4G8MA 2B3FA 4G77A 2XD3A 1IXHA 1ZU0A 1PB9A 3H06B 1ANFA 2PYYA 3FVKA 1N76A 2VP1A 3LUYA 4DIGA 1FQFA 1B7UA 4RK2A 2GHAA 3F11A 4RJZA 5DVIA 4G4PA 5I84A 3C33A 3H6UA 5H8HA 3CFXA 4WEPA 1Y1ZA 4X1DA 3VXBA 4PQJA 5AA3A 3MPKA 1R1NA 3H6WA 3IX1A 2UVGA 5JTYA 5A5XB 4EXKA 2NWJA 1PDAA 1JVYA 3PPPA 3Q28A 2I49A 1HSEA 1TFDA 3W9WA 4F2QA 2HQ0A 1MQIA 2Y7IA 1FCKA 1MQHA 5ICTA 1EZPA 4EF2A 4FORA 2O7UA 4GL0A 1BLFA 3TUSA 3CVGA 1H76A 1QJMA 3V83A 2Z8DA 2ZYKA 4C1TA 4EF1A 4ELQA 2Y7RA 1AMFA 1IZ1A 2H5YA 1OMPA 3GLBA 3U93A 5B7DA 1ZLQA 3K02A 3ZSFA 2QS1A 1IXGA 1B05A 1ZKBA 1QVSA 2I0BA 2XX8A 2I6EA 4C0RA 1J1NA 3PGFA 3QSLA 1B46A 3KSXA 2I4CA 5ICQA 1B5IA 2XXPA 4RPOA 3TDJA 4H0WA 3MP1A 1MH4A 1NH7A 3MUQA 5I56B 3U72A 4NEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IIWA 1FPEA 5H8NB 4MF3A 3UORA 3PU5A 3RPLA 2DOJA 3U92A 3MWBA 3VLUA 4TOZA 1Y4TA 4ZS9A 3RY3A 4F29A 4TLMB 3N6UA 1KA0A 1N7XA 3OSRA 1MY0A 4QHQA 5AE4A 1FPIA 4GWOA 3TODA 2X7PA 2CMOA 2P3VA 2NXOA 2UVIA 1FBCA 4GRKA 2YPNA 3IOVA 2UVJA 3B6QA 1MDP1 1SPIA 5I57B 3MC2A 1QUJA 2R9JA 3FJMA 4RPNA 1NNPA 1MXUA 3T22A 4AS4A 3VE1B 4MAGA 2PBWA 1VDWA 1US5A 3C35A 1II5A 3UP9A 5KCJB 3LR1A 3TKDA 4F3SA 1LBBA 3TCHA 2UVHA 3T9HB 2DE4A 1NKXA 3I5OA 4Z0IA 2YLNA 1BKAA 4X04A 4ISUA 4HS7A 3C31A 2A5TA 3HHGA 2F6GA 1DPEA 4NF6A 5ITPA 5H8NA 4UA8A 2RCBA 1MXZA 1SW2A 4PGPA 2Q74A 4KD5A 2HEUA 1P99A 1FQDA 1R9LA 1IUDA 4O94A 5H8QB 1MQDA 1SW5A 1URSA 4F3BA 3LSLA 4E0WA 3QIMA 3N5LA 3FXQA 2O69A 3VLWA 1FPKA 3C36A 3QK6A 4PTKA 1B51A 5TU0A 5L9MA 4KHZE 3V5AA 2ZZWA 3H6TA 1LAXA 3USDA 4PAKA 1FTJA 1A7LA 4IO5A 4BDQA 3GXAA 4ZE9A 1NV2A 4H5FA 3PMWA 3ONMA 3H4ZA 4R75A 1FBDA 4YKIA 3K4UA 3G3FA 4GWUA 3Q27A 1IXIA 3RTFB 1VR5A 2NVUB 3ZKKA 3K00A 1OQHA 2Y7KA 4WKMA 3DP4A 2QS3A 4MNCA 1S9TA 4GOTA 3IB1A 1YAEA 1Q1KA 2XXYA 1A40A 5AA2A 3G3HA 1QW0A 2DE3A 2RKMA 4G8NA 5I2NB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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