4DDDA

Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
SLNREYILIGTGSMTGVYYPIGGSICRFIASDYGKDNKIICSISSTTGSVYNLNSIRYSNMDISIVQSDLEYYAYNGLGFYEKMLPMDNLRMLASLHKEYLTIVVKKSSNISVIDDIKGKRVNIGSPGTGVRVAMLKLLGEKGWTKKDFSVMAELKSSEQAQALCDNKIDVMVDVIGHPNASIQEASATCDIKFIPLDDRLIDDLHAKYPYYQKDIISGGLYNDSPDIQTVSVKASLVTTTELSNDLAYKIVKSIATHLRELRSITGALKTLTVQDMAKSSITPMHDGAERYYKEIGAIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
rcsb
molecule keywords Immunogenic protein
molecule tags Immune system
source organism Ehrlichia chaffeensis
total genus 100
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16868 NMT1_3 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA01
2Y7KA 4LZ8A 2Q2AA 3TUSA 1WODA 4FORA 5CMKA 1Y3QA 3L6HA 2QMXA 3U72A 1TFDA 1UTBB 4ZZEA 1B4ZA 2Y7PA 1EU8A 2P1SA 1VE4A 3O2AA 4ZEBA 1MQIA 3BFUA 4AB6A 1TXFA 3RLFE 5AA4B 1A7LA 3B6WA 4GIZA 2P0SA 3IK6B 3KEIA 5L9SA 2Z8DA 5TP9A 2R71A 3T9UA 2H4IA 2ZYOA 4R9GA 4KYEA 3G3FA 2RINA 3T9XB 1POY1 3LUYA 3PUZE 1MM6A 2YPNA 2I4CA 1SDXA 3CFZA 1MY3A 3MVXA 1NNFA 1B5JA 4M4GA 5FTIA 4QHQA 3EHTA 1B3HA 3MZ1A 3I5OA 2Q89A 2HQ0A 3QSLA 1IXGA 3O29A 3S9EA 5CC2A 3TCGA 3TTNA 4YZZA 2UXAA 2DWHA 4PQJA 5AA2A 3E4RA 4LQ5A 3FVOA 2Q2CA 4GRKA 3FVNA 2NXOA 5H8NA 1B1HA 2PT2A 3K0VA 4GF8A 1GTKA 4H1XA 4OEVA 4EXKA 3MPKA 3TFLA 2HAUA 3PUVE 3SEWA 1WDNA 4QFKA 3JV9A 4YB6A 1H3DA 3EPEA 1TT1A 3TELA 1S9TA 2G29A 1OMPA 1UTHA 1Y4TA 1ZU0A 4U22A 3HHFA 5ICTA 5DVJA 1P99A 3N94A 1FW0A 3LSWA 3K00A 5I59B 1LGBC 3KSXA 4F39A 4U4SA 1A8FA 4JBZA 4BDQA 2HAVA 2O69A 1Y1MA 2ZNTA 5I57A 1N76A 2UYEA 5I58A 1LFHA 3SEVA 4G8HA 2UVJA 3T9VA 1NNKA 4G68A 3VLWA 2ALUA 3T66A 2VOZA 3PPPA 3E9XA 4DXBA 4YB7A 5KCJB 4F29A 3HCQA 2RF1A 3MVWA 4HCYA 4BLAA 2ZXTA 4GVOA 3I3VA 1B3EA 4OESA 5DT6A 4H5GA 1NL5A 2GHAA 3OOAA 3FIRA 4FAJA 1Y3NA 3H6TA 4JWYA 1AOVA 4NMYA 2F8DA 5HPQA 4EF1A 3FV1A 5BWJA 2F6GA 3PPRA 4KI0E 4IO4A 3FGSA 3U92A 4F3SA 3M3FA 1TWYA 3FATA 5ELVA 1IXHA 5FHNA 3DM0A 3M3LA 3Q25A 4NE4A 4WXJA 5F1QA 3K1NA 1FTMA 4R6YA 2XX8A 3OD7A 2PMSA 4H6DA 5H8HA 3RT6B 1QUIA 4ISUA 3CR9A 3OENA 1P1QA 2VD3A 1ZJLA 2V93A 5AA2D 1JQFA 4GQOA 1R6ZA 1H45A 3FZVA 3RT8A 5DTBA 3UORA 2F7AA 1SQYA 2RCAA 4JDFA 3IOWA 2VD2A 4P0GA 3K1MA 1R1NA 1MXXA 4F18A 3PPOA 4OEUA 4RNSA 3K6VA 1IXIA 4MLQA 3ILUB 4EQ7A 3PD9A 3MC2A 4ELRA 1JETA 3TYHA 3KJTA 3N6UA 3F11A 5B7DA 2I3WA 2DE2A 3Q28A 3RN8A 3H4ZA 1WVJA 3G3HA 3VVFA 1NH8A 1MM7A 1HSLA 3KG2A 2YLNA 2F78A 1I6AA 2A5TB 4GWOA 2REGA 4WEDA 5DVFA 1B0HA 3ODBA 3QUJA 4NF4B 3U93A 1XT8A 5L9MA 4KYDA 3PUXE 1ATGA 1SYHA 3H6WA 3FUZA 1OQHA 1JW5A 3OELA 4JWOA 5I56A 2REJA 3KGCA 3TDJA 2IEEA 1MXZA 4L17A 4R6HA 4OFLA 1JEUA 3QXMA 2H9BA 1SBPA 1SD3A 2Q88A 5FHMA 1P1WA 1EZ9A 1N3WA 4H65A 4MBPA 3EN3A 4YKJA 3S4UA 4R74A 4R2BA 4BDOA 3KN8A 5AA1A 3KBRA 3O6GA 5CMMA 2O84X 3K6XA 3ILTB 4OFJA 3IB2A 1FQAA 2XXYA 3VXCA 3KOTA 1ZKBA 4KHZE 2AL4A 2DWIA 3LBSA 5KDTA 4FEBA 1LBBA 1B5HA 4F22A 4KYSA 1BKAA 1UQWA 2DWAA 3G7WA 4MF3A 1H76A 2GFEA 2QPQA 4GL8A 2QJEA 3HN0A 2QS2A 4DXUA 3C35A 1UTBA 3QYTA 3UN6A 1USYE 5AA4A 4ZECA 1N04A 4U1ZA 2HZKA 4FATA 2I48A 2NWJA 1IEJA 1US5A 1FQFA 3SEUA 3MPLA 1B7ZA 3IORA 4ZEKA 4UACA 3SEXA 3G3KA 3PGFA 2OLBA 1M5DA 4RK2A 3KZGA 1IXCA 4X1BA 3U94A 2XXQA 2UVGA 5I2NB 2O51A 4ZEDA 1QUJA 3OO6A 4ZDMA 1D3KA 5DEXB 1AMFA 1A99A 3ECRA 5JTYB 4IO7A 3EHUA 2I0CA 1A8EA 2QS3A 3R7XA 2GHBA 1SW5A 4ZE9A 1FTLA 5HBCA 1B5IA 2H25A 1Y1ZA 1LAFE 5FHOA 4RYAA 4IB2A 3DP8A 2VGQA 4XXUA 4FEDA 5A5XB 4O3CA 1Y4CA 4YMBA 1B9JA 2ZNUA 1FTJA 1NH7A 2X7PA 4DDDA 4OENA 1MDQA 3TAJA 5TPAA 4ZEIA 3FXRA 2DXRA 1MXVA 1YTVA 2D3IA 3O9PA 3V89B 3C33A 3QAXA 4G2ZA 2AIXA 4XKQA 4EDPA 2W7YA 2ONRA 4U4XA 3C31A 4YKPA 3P7IA 3K6WA 2GRVA 2OJTA 1B3GA 3TODA 5JEIA 4WEPA 3H7MA 3VLVA 2GH9A 5AE4A 2XXVA 1MY2A 3IAZA 3OEMA 5JK4A 2DQVA 1MQGA 4ESXA 3TCFA 4THIA 3GZGA 1BP5A 2XX9A 3IL1B 1MH4A 4P0IA 5H8QB 2A5SA 1VR5A 1B40A 5CBSA 4LZ7A 4DLDA 4FJPA 4XTCQ 4TOZA 3K1PA 1FQDA 4F2OA 1EZPA 3SERA 1Y3PA 1JW4A 3WAEA 3CFLA 3UIFA 1QULA 4OQOA 1IUDA 1US4A 3UK4A 5I2KB 1PB8A 1GV8A 3W15C 1URDA 2O6AA 2QSXA 4R72A 1QKAA 3S9LC 1MXWA 4AQ4A 5LOMA 1OVTA 1DPEA 3K02A 3PMWA 4KD5A 3G3GA 4LONB 1YCJA 3K6UA 3MW0A 4KQPA 3G3IA 5B70A 2DP8A 2XHDA 2AL5A 2NVUB 4Q30B 4O3BA 1LSTA 1PEBA 1O7TA 4POXA 1FQEA 1URSA 4IGTA 1FTKA 4R6KA 3RUMA 3G3JA 1QJMA 1MS7A 3PV0E 1B58A 4GFRA 3H6UA 3MVZA 4F19A 5EHMA 1QUKA 3MQ9A 4YAHX 4HW8A 3T22A 3MVYA 1URGA 3FXUA 3I6VA 1B46A 1DSNA 3EF7A 4R2FA 1A54A 4IO3A 3C32A 3PUWE 2DYXA 2QRYA 3CIJA 3KSJA 1LCTA 5FTHA 1J1NA 3UA8A 1MQHA 4PFUA 1IQ7A 4R9FA 5AA2B 1FCKA 2ABHA 2A5TA 3PPQA 1B32A 3OSQA 4DE8A 3MJNA 4IY6A 4U2RA 3U8QA 3KFMA 1R9QA 3KN7A 2V25A 2R9JA 5K2YA 3FJMA 4XKPA 4G68C 4NF4A 3UP9A 1BIYA 1R9LA 4QF9A 3S2VA 3LR1A 3C34A 4PFWA 1Y20A 2THIA 5DVIA 4RPOA 4PP0A 1PBQA 4I8CA 3TEPA 1LBCA 3VVEA 1D9VA 3TCHA 1UTHB 1B05A 4F1UA 4OWDA 1JW1A 1IIWA 1LB8A 1FQCA 4WKMA 3TMGA 2O1MA 3V83A 1RKMA 3TTKA 3MP6A 3OO9A 2FNCA 4MFIA 5I57B 2QS4A 2DVCA 3RPWA 3CVGA 1MQDA 4F3PA 1IZ1A 4GLIA 1AIVA 4H8JA 4F3BA 4NF8B 1M5EA 3HSTA 3N26A 1OLCA 4NF5B 3HHGA 1N84A 4FIMA 4TLLB 3VFJA 4H67A 2DXYA 4Q8RA 4PFYA 4DZ1A 5BUUA 1XHYA 1QKBA 1HSEA 1USYH 4NF6A 1B51A 3H3GA 4N07A 4JXIA 4YB5A 3T9HB 4NWDA 2XXIA 3TPAA 2I6EA 1B3FA 1P1NA 4K3FA 4KFQA 4GXAA 4JSDA 2ESNA 4U21A 2UVHA 1N7XA 2LAOA 1XOCA 1II5A 4OERA 5TU0A 4RA1A 2BJJX 2YJPA 2V3TA 3GXAA 2OBGA 3DELB 3S9MC 4OVJA 4G8MA 5H8HB 3ZKKA 3B6TA 4LATA 1POTA 2F35A 4ESWA 3QK6A 1I6QA 3T93B 2DSFA 1NKXA 5IAIA 4Z0IA 4U23A 4DCXA 4ND9A 4RXLA 2P2AA 3CG3A 3IOVA 4JSOA 3HO7A 1B7UA 2Y7RA 5IKBA 4P11A 3THIA 3MP1A 1RYXA 4X48A 5HM4B 2PBWA 4M1VA 3DP6A 1N7WA 5CM6A 1BTJA 2O7UA 5A5XA 2G93A 4GXSB 5CMBA 1Z7NE 3LC8A 1NNPA 1O63A 1AL3A 1D4NA 4RJZA 1H43A 3FJ7A 2UYFA 2RC8A 2Q9TA 3C4MA 3B7DA 3KN3A 1LCFA 3QIMA 2Z23A 3ONMA 1GVCA 1B6HA 5AA3A 4JWXA 3USDA 3S9NC 2XX7A 4XIGQ 3BBRA 4IO2A 2XXPA 3PMXA 2HCAA 3EQ1A 5I56B 4TQUQ 1MPBA 1EH3A 5H8FB 4U1OA 2D5WA 4NWCA 4ELQA 1GR2A 1QVSA 4Z7EA 2ZYNA 2I3VA 3FASA 1M5FA 3PD8A 2B3FA 1VFDA 1DMBA 3OXNA 4N13A 4KPTA 3PU5A 4HTGA 3TZAA 3M8UA 1QW0A 4I1DA 4MH5A 1P1UA 3OSRA 1BLFA 3D4CA 4PFTA 2ANJA 3DLNA 1VSOA 1S7YA 3R26A 1XS5A 1PB9A 2HZLA 4O3AA 1M5BA 3IO6A 2DS9A 2XXRA 5I59A 3E3KA 1MY4A 1LFGA 3IX1A 4G8NA 3VE1B 2V3QA 2QS1A 2F36A 1JNFA 3O97A 4E0XA 4OFOA 1I6BA 2OZZA 1I69A 3TQLA 5KCJA 1Y9UA 1MRPA 3BFTA 4EUOA 4I9DA 1JEVA 2F6PA 1ANFA 4OHNA 1ZBMA 2CZLA 5ITOA 4GOTA 5H8SA 1UIUA 3WAFA 1P1OA 1FQBA 4LUBA 4RPNA 4ZE8A 4EXLA 3JZJA 3O6IA 3SETA 3KOSA 3MP8A 4F2QA 1MQJA 3CG1A 2V84A 3LSXA 5K2XA 4E0WA 5ICQA 4KCDA 3CFXA 3GBBA 5CI5A 1Q1KA 1B4HA 3FD3A 3FV2A 3IO4A 1T0KA 1RYOA 2E0SA 3C9HA 5KZTA 2ZYMA 3PMVA 1SYIA 3U1OA 2D21A 3L6GA 4DIGA 2OK2A 1Z7ME 2X26A 5CMCA 1OVBA 4C1UA 3K4UA 4YU0A 4DCYA 1MDP1 5J1DA 1LAGE 4IY5A 1O64A 2IA4A 3VXBA 1FTOA 2F97A 3FVKA 2HEUA 2OCUA 4Q5TA 5TPAB 1H44A 4N6PA 3IJXB 3ZS6A 3V8XB 3RTFB 3DP4A 1EZOA 3CI8A 2I49A 4QSDA 2HXWA 1SI0A 3IB0A 2CMOA 4ELOA 1CB6A 3IR1A 1VFEA 5TP9B 1MPDA 2NOOA 3HV1A 2ZNSA 3OMBA 4RY1A 2I0BA 1A55A 4MLVA 5F7VA 4Q0CA 2F7BA 3CRBA 1CE2A 4X9TA 5I84A 4NF8A 5L8DA 1MY0A 2R6GE 1B2HA 1XC1A 4NF5A 3MWBA 3IB1A 3SDFA 2ONSA 5EYFA 4H5FA 3ZSFA 3FXQA 1N3XA 2ZYKA 2F5XA 4HS7A 2Z8FA 1MXUA 1OIBA 4F3GA 3BKIB 3GBAA 4HCWA 3T96B 4I62A 1SW2A 4F1YA 4RK9A 4OXVA 4FE8A 5H8NB 2XXXA 1D9YA 2QMWA 1ELJA 1PB7A 4KCCA 3O28A 1LFIA 4QFNA 3SKPA 3OO7A 4OTEA 4F1VA 3B6QA 3N6TA 2OWTA 1PDAA 1AH5A 2X7QA 1ZMGA 1SW4A 4EF2A 4LVQA 2FA7A 3FVGA 1IITA 1A40A 3HPIA 3MZ9A 1PC3A 1GGGA 3H06B 4QFPA 4GL0A 4OZ9A 1MG1A 4PE5B 1SW1A 4C1TA 1OLAA 4BDNA 4LQ2A 2Y7WA 2NUVA 2RCBA 3TKDA 2KLFA 1YPNA 1M5CA 2PX1A 5I58B 4G77A 2F7CA 1DTGA 1ZIUA 4R73A 1LB9A 4G68B 2Z8EA 5ISUA 4IGRA 2V3UA 3D4GA 3VDFA 1YAEA 4ZEFA 3V5AA 1NFTA 2QL3A 3Q27A 2PT1A 4LZ5A 2ZMBA 2XD2A 3RQTA 3MUQA 1TFAA 1N0TA 3VV5A 3RY3A 4OETA 1JVYA 4QSEA 2I58A 5CRYA 4GD5A 5EHSA 3W9WA 3TTRA 3ZKLA 2B65A 4TLMB 4OYVA 1B7HA 2PYYA 4QFLA 2WKYA 3PPNA 4ZS9A 1B52A 4IO6A 4KR5A 2O7IA 4EQ9A 1SVXB 3C36A 4R75A 3RGYA 3GLBA 3TTMA 1ZTYA 4ELPA 4BDRA 2B3BA 4BDLA 3IOUA 4BDMA 1MY1A 1UIVA 4NTLA 4YKIA 3A3CA 3SESA 2XXUA 1LAXA 4XKRA 4F31B 2VHAA 1B0LA 2OWSA 5I2NA 1XVXA 5DYHA 3Q26A 5DEXA 4PETA 3EHSA 5ITPA 3MAMA 2XXHA 5JTYA 2H99A 3LSLA 4C0RA 3TTLA 3K2DA 5CBRA 5H8FA 2H5YA 2DOJA 1DTZA 4YICA 3SEYA 4XKNA 1JVXA 3OEKA 1KWHA 3TQWA 2O68A 1Q35A 2F34A 4X1DA 3A3UA 1NNTA 2E1SA 3PUYE 5L9OA 5M2VA 1MPCA 2Q8JA 3RNNA 1MH3A 2XD3A 2RC7A 3CSBA 4OMBA 4LA9A 1XVYA 4AB5A 4ONYA 4FECA 1LLSA 3W9VA 2PVUA 4YMAA 4JB7A 3CSGA 4LP2B 3M3KA 2Y7IA 3IJOB 2UVIA 3JYRA 2RC9A 2Y84A 3AXFA 2HFBA 4NF6B 2ONKE 3QUFA 4UA8A 1B1XA 3VVDA 1DOTA 2VP1A 3R6UA 3MZBA 1OQGA 1S50A 1MXYA 4DXCA 1SI1A 3KJ7A 2DVZA 1F9BA 3Q29A 4QSCA 2M8CA 3RTWB 3UGWA 1HSJA 5H8QA 2Z22A 4IO5A 1DPPA 4ZZAA 1ZLQA 4EQBA 4POWA 4YKKA 2FYIA 3H6VA 4G4PA 4H8IA 3A09A 1LAHE 3MBPA 3E13X 2AYSA 2RKMA 4QFOA 2I4BA 2DWJA 3O66A 1NMUA 3O6HA 3K01A 4QRZA 4NEDA 3OO8A 3FJGA 2DE4A 2O1LA 2XXWA 4H0WA 5I2KA 1PBPA 3IOTA 2DE3A 2H98A 3VLUA 2XXTA 3LSFB 1B3LA 5KDTB 3N5LA 1L5TA 3H03A 4ECFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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