4DDDA

Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
SLNREYILIGTGSMTGVYYPIGGSICRFIASDYGKDNKIICSISSTTGSVYNLNSIRYSNMDISIVQSDLEYYAYNGLGFYEKMLPMDNLRMLASLHKEYLTIVVKKSSNISVIDDIKGKRVNIGSPGTGVRVAMLKLLGEKGWTKKDFSVMAELKSSEQAQALCDNKIDVMVDVIGHPNASIQEASATCDIKFIPLDDRLIDDLHAKYPYYQKDIISGGLYNDSPDIQTVSVKASLVTTTELSNDLAYKIVKSIATHLRELRSITGALKTLTVQDMAKSSITPMHDGAERYYKEIGAIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system
molecule keywords Immunogenic protein
publication title Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
rcsb
source organism Ehrlichia chaffeensis
total genus 100
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16868 NMT1_3 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA01
5I84A 1POY1 1SI1A 2Y7PA 2F78A 4I9DA 4OFJA 1LB8A 1SD3A 3ZSFA 4BDRA 1XC1A 4GL0A 4LP2B 2HAVA 3IOVA 3KEIA 5CBRA 1ZTYA 2I3WA 1MG1A 1B52A 1SW4A 4EXLA 4G8HA 1DPPA 1O7TA 3GBAA 2PX1A 3CG3A 4H65A 4X48A 1ZKBA 4GXAA 3RY3A 1MS7A 2NUVA 1A54A 3VLUA 3VVFA 3H6VA 3TCFA 4JDFA 1OIBA 1D9YA 3FJ7A 1N3WA 4Q30B 4DXBA 3TKDA 2VP1A 2YJPA 3KOSA 3L6HA 4RA1A 1M5EA 1DPEA 2V25A 4NF5B 4KCDA 2B3FA 3B6QA 3FVNA 3G3IA 4DCXA 3CRBA 2QS1A 2I3VA 1H3DA 1JW5A 3KZGA 1OLCA 3UA8A 3RUMA 4P11A 3M8UA 5HBCA 3TQLA 4DCYA 3QSLA 1B1XA 3QUFA 4G68B 1S50A 2I4CA 4YAHX 2FYIA 1MM7A 2F97A 3E4RA 4OEUA 3IOTA 1AL3A 1YPNA 1B05A 1N0TA 4OYVA 4GQOA 2QL3A 4ELRA 1B9JA 3IB0A 4LQ5A 3OOAA 3SDFA 1P1OA 4F2QA 1B4HA 1Z7ME 1FCKA 1LFIA 2XX8A 2XXVA 4F3PA 4ZS9A 4X9TA 3SEUA 4FORA 5AA4B 1UTBB 4HS7A 4DLDA 4KR5A 5H8FA 2O1LA 5AA2D 4QFLA 1B3HA 1R9QA 3OO9A 4UA8A 5DTBA 3L6GA 5DVFA 1XT8A 3CSBA 4F1YA 4OERA 4IB2A 1D4NA 4U21A 4R74A 5TU0A 3IB2A 1ANFA 1GV8A 1M5BA 5I56B 3RTWB 1JEUA 2FA7A 3LSWA 3KSXA 4ECFA 2ALUA 5KCJA 5L9SA 3EQ1A 3PPPA 3FGSA 3KOTA 5AA2B 4RPOA 4BDNA 3KGCA 3PU5A 3MVWA 5I2NB 2XD3A 1MQGA 2OBGA 1ZU0A 1EZOA 4NF4A 3K6WA 4F22A 3T9XB 4IO4A 2NXOA 3I6VA 4GRKA 4WEDA 4FEDA 3SEWA 4JXIA 4O3BA 3PPNA 3B7DA 2REGA 4E0WA 4XKNA 4NF8B 3FJMA 2QS3A 4XIGQ 3SERA 1LAGE 5IKBA 5H8NA 4QSCA 1NMUA 1B46A 2QS2A 3O6HA 1FTMA 4RYAA 5ELVA 2O69A 3I3VA 1LFGA 3UGWA 2HZKA 3MVYA 2DOJA 4F3SA 4FIMA 1XHYA 2XXHA 1N7WA 3LBSA 2RC8A 2PT2A 1SI0A 1NL5A 2XXQA 3MJNA 2NVUB 2PVUA 4UACA 2F34A 1I6AA 3K6XA 5DVJA 1QUIA 3U72A 4JSOA 4L17A 3JZJA 4OMBA 2REJA 5H8FB 4LUBA 1FQBA 4YB5A 1TFDA 3KN3A 2I6EA 5I57B 4X1BA 2ZXTA 1S9TA 3O6GA 3T9HB 1Y9UA 4QFNA 2F6PA 2PT1A 3C33A 2DE3A 3FIRA 4YICA 5B7DA 3USDA 2DXRA 2VGQA 4PFWA 3T9VA 4YU0A 1A55A 3UORA 3ZS6A 3QAXA 3TDJA 2Y7KA 1LGBC 1EZ9A 4C1TA 2ZMBA 4LQ2A 1OLAA 2HZLA 1EU8A 2PBWA 4EQ9A 4LZ8A 4IO5A 3QXMA 1M5FA 1XOCA 5IAIA 4IO7A 1JEVA 2CMOA 2DE2A 2XHDA 1II5A 5JTYB 2H5YA 5DEXA 4KQPA 3LSLA 3IOWA 3S9NC 1N7XA 2H99A 5DYHA 3IOUA 1DTZA 1USYE 1MRPA 4EQ7A 1AOVA 1H43A 3MAMA 4GIZA 3FXRA 5K2XA 4EF1A 3G3KA 2YLNA 2DWJA 4RK2A 2BJJX 4PFYA 3TODA 1NNFA 1SDXA 1B7ZA 1J1NA 5TPAA 4M4GA 1EH3A 2HCAA 3TTKA 5EHSA 4GL8A 5I59A 3N94A 2O1MA 3TTMA 3VVDA 1URGA 4NTLA 3MP8A 4Q8RA 2G29A 1Y4TA 3K6VA 3E3KA 4U2RA 3DP8A 4FECA 3H6WA 3THIA 1IIWA 1QUJA 2PMSA 2Q2CA 1MY2A 5CMCA 1PB8A 1T0KA 1Y20A 4QHQA 5AA3A 4XKPA 3AXFA 3BFUA 2AL4A 2A5TB 2F36A 5L8DA 3IL1B 5ITOA 2V3TA 1QVSA 4ZEKA 2DXYA 4NWCA 5KDTA 1FTOA 3KJ7A 4LZ5A 1PBQA 1OQHA 3VV5A 1A99A 1UTHA 5A5XA 3CFZA 2QJEA 2NWJA 3CG1A 4F39A 1Q35A 1IUDA 4GD5A 4EF2A 3TTLA 2O6AA 2DWAA 4KCCA 2OJTA 3A09A 2DQVA 1Y3QA 4Z7EA 4KYDA 1MPCA 3ILTB 4G8MA 1MH4A 2ONKE 2RCBA 1B6HA 1LB9A 1NNTA 3IO6A 2RC9A 1WDNA 3FXUA 3TTRA 5M2VA 5ISUA 1GR2A 3R6UA 3TUSA 3MVZA 3IX1A 1NNPA 4HCWA 2XXYA 5I58B 3QK6A 5TPAB 2UYEA 2ESNA 3Q26A 4ELQA 5I59B 1SVXB 4PQJA 4YKKA 5I2KB 2XX7A 5CRYA 3RTFB 3LUYA 4YB6A 1B32A 1B7UA 3KG2A 2P0SA 1JVYA 1BIYA 1SBPA 4H8IA 3IR1A 2O7IA 1B3LA 3P7IA 4KFQA 3S9EA 4OXVA 4XXUA 1PB7A 3LSXA 4FE8A 3S9MC 1JNFA 3ZKKA 3D4GA 4F3GA 4F3BA 5KDTB 3UIFA 2GFEA 1MPBA 5B70A 5ICTA 4NF6A 1MXWA 1LCFA 1NH7A 4OWDA 1ELJA 2E0SA 5CC2A 3MZBA 3I5OA 1UTHB 1B0LA 3U94A 3MWBA 3T66A 2FNCA 4R9GA 4YKPA 2Z23A 1D9VA 3O29A 1IXIA 2PYYA 2XD2A 5H8QA 1ZBMA 3SKPA 1FQAA 5CBSA 1LLSA 5AE4A 2DWHA 1B3GA 3B6TA 1XVYA 4ESWA 3BKIB 3PMXA 1LAFE 4LONB 4P0GA 2XX9A 2H9BA 1LAHE 4TOZA 3K1NA 1OMPA 2Q2AA 4Q5TA 4ONYA 1BP5A 1FTKA 4WXJA 3V83A 5L9OA 2OCUA 1NKXA 4ISUA 2R9JA 1SYHA 1LAXA 4R2BA 1URSA 3RT8A 3K02A 1L5TA 3H4ZA 1HSEA 3HSTA 2G93A 1CB6A 1B51A 4R73A 3ONMA 3KFMA 4WEPA 4OFOA 3TFLA 5HPQA 4F1VA 2ABHA 4H8JA 4I1DA 5F1QA 4F29A 3EF7A 2I49A 2B3BA 3ECRA 3SEVA 2DE4A 4U1ZA 3FVKA 4JWOA 4WKMA 1MH3A 4U23A 3OENA 1Y1MA 4QFOA 3VDFA 4Q0CA 4KPTA 1AIVA 3MC2A 2B65A 4RY1A 3TMGA 1QKBA 4DXUA 4PE5B 1TT1A 1F9BA 3KJTA 3E13X 1MQHA 2HQ0A 3PUZE 3TQWA 3K1MA 4HTGA 1SQYA 3T96B 4FAJA 4HCYA 1R1NA 4GWOA 1WODA 4BDQA 4ZDMA 3PGFA 3VFJA 3IK6B 3S4UA 4JBZA 3TEPA 5AA1A 1IXHA 1B2HA 3UK4A 4R9FA 2F7AA 3LC8A 4YMBA 1QJMA 2VD2A 5JK4A 3K00A 1ZIUA 2Q89A 4E0XA 3GLBA 1BKAA 3OSRA 1FTJA 4X1DA 3PPRA 3WAEA 2GRVA 1P1NA 2XXTA 4XKQA 1B3FA 3KN8A 3MW0A 4OETA 1MXXA 2XXPA 1IXCA 2NOOA 3O97A 5H8HA 1MXZA 4GVOA 2Y7RA 3DELB 1UIVA 3W9VA 3PUYE 5KCJB 2H98A 4EDPA 4G4PA 3A3CA 3V89B 3VXCA 4U22A 4QSDA 3H3GA 3CI8A 4NF4B 4QFKA 5F7VA 4R6YA 1LBCA 3MUQA 3PD8A 3SEYA 4NMYA 2ZNSA 2WKYA 4POWA 3RLFE 2Z8DA 1D3KA 3EHUA 4OZ9A 4M1VA 3CVGA 3A3UA 4R6KA 2QSXA 1B0HA 1N76A 5H8NB 2V84A 4C0RA 1ZMGA 1MXYA 4OTEA 3CR9A 2D5WA 4O3AA 5K2YA 1DOTA 2A5SA 3B6WA 4GOTA 2GHAA 2D3IA 4TQUQ 4ZEFA 4RJZA 3PPOA 5CMBA 1I6QA 3C32A 3VVEA 2Y84A 3TTNA 3G3JA 1UIUA 3RPWA 3VXBA 3FVOA 2DVCA 4GFRA 2Q9TA 3O2AA 1FQDA 3MZ1A 2F7CA 3C4MA 1DMBA 2V93A 1AH5A 2ZNTA 2XXWA 4HW8A 4ELPA 2QPQA 2XXXA 3MVXA 4C1UA 1MXUA 3C34A 4EQBA 2DS9A 3U1OA 4OQOA 4QSEA 5EYFA 1NH8A 2Y7WA 1H45A 4BLAA 4QF9A 3IORA 3OO6A 3GZGA 3FV2A 4RPNA 3RT6B 3BBRA 4DXCA 2DVZA 4MLVA 1A8FA 1TWYA 1SW2A 1Z7NE 2F35A 3IJXB 1Q1KA 2OLBA 4F2OA 3UP9A 4YMAA 3SETA 4IO6A 5CMKA 4NF5A 4MFIA 2HAUA 2DSFA 4N13A 2AL5A 4TLMB 3OXNA 3E9XA 4U4SA 5DEXB 5H8SA 1CE2A 1OQGA 3BFTA 1B7HA 4KYEA 2QS4A 3OO8A 2XXIA 2UVJA 3TCGA 1ZLQA 1S7YA 3Q28A 3DM0A 3C9HA 4G68A 1DSNA 5FHOA 4IY5A 5BUUA 3G3GA 4H1XA 3HHGA 4R72A 4N07A 2Y7IA 1FQFA 3K1PA 1TXFA 4FJPA 1I69A 3V8XB 4BDOA 2YPNA 5CM6A 1B5IA 4BDMA 2XXRA 1JW1A 4XKRA 1MY4A 2LAOA 3T93B 1NFTA 1BTJA 1XVXA 1LBBA 5ITPA 3C31A 1RKMA 2R71A 4MH5A 5AA4A 4QRZA 1UTBA 4GXSB 3GXAA 1YCJA 3PMVA 1IZ1A 4H5FA 5LOMA 1MY3A 5KZTA 1IITA 3N6TA 2F6GA 3O6IA 1B5HA 3R7XA 4EXKA 1MQDA 1R9LA 2UYFA 2I48A 4ZECA 1B4ZA 2X26A 2GHBA 4H5GA 2ZNUA 5I56A 1P1WA 4OHNA 3PD9A 3C36A 3H6UA 5AA2A 4IO2A 1XS5A 5I2NA 4G68C 3MP1A 1WVJA 5HM4B 3PV0E 3ZKLA 4IGRA 3U92A 2RINA 5A5XB 3TYHA 3T22A 3U8QA 3U93A 3H7MA 3CIJA 3H06B 4YKJA 1JVXA 1VR5A 2VOZA 4N6PA 1VFDA 1OVBA 3FXQA 4DIGA 2GH9A 2I0CA 4NF8A 3TELA 1US5A 1EZPA 3DP6A 2HEUA 2R6GE 2D21A 4H0WA 2KLFA 1MY0A 5TP9A 2I58A 1VE4A 4YKIA 1QKAA 4QFPA 1H44A 2RC7A 3ILUB 3M3KA 1Y3PA 3IO4A 2F7BA 1P1UA 1B58A 4P0IA 2THIA 4R6HA 2HXWA 1B1HA 3O9PA 2W7YA 4R2FA 4U4XA 5BWJA 4FEBA 5FHMA 4LA9A 4NWDA 4OVJA 3H6TA 4LATA 3HO7A 4F19A 5ICQA 2H25A 2O7UA 2QRYA 2ZYMA 3HPIA 2F8DA 2RF1A 5DT6A 5I57A 4ZZAA 4RK9A 3IB1A 3VLVA 1MQJA 3OEMA 3O28A 3GBBA 2UVHA 1P99A 3RN8A 3OO7A 3FD3A 1B5JA 3MZ9A 2ZYKA 3N26A 4EUOA 3MPLA 4ELOA 3FATA 2ONRA 1UQWA 3KBRA 4H67A 3RNNA 2Z8EA 2UVIA 1QULA 3CFXA 3UN6A 4RXLA 5CI5A 2I0BA 4NF6B 4IY6A 5JEIA 3O66A 5FTHA 3F11A 4RNSA 2O68A 2ZYOA 5L9MA 2AIXA 1PDAA 1RYXA 1IQ7A 4MF3A 5JTYA 3FV1A 5FHNA 1NNKA 3EHSA 1POTA 4AB5A 1N84A 5DVIA 2XXUA 2F5XA 5H8QB 1LFHA 4O3CA 3QUJA 3M3FA 3TCHA 1R6ZA 1FTLA 4KI0E 5TP9B 2X7QA 4XTCQ 2VHAA 4LVQA 2Z22A 2E1SA 4GF8A 3TZAA 3Q29A 1PBPA 4I62A 1Y1ZA 4NE4A 2HFBA 1HSJA 4G8NA 3H03A 3MP6A 2ONSA 3S2VA 1SW1A 4KD5A 2QMXA 4IGTA 4JSDA 1MXVA 1A8EA 1I6BA 3PMWA 3FUZA 4OENA 4KYSA 2I4BA 3D4CA 3QYTA 2CZLA 4IO3A 4PETA 2DWIA 1YAEA 3LR1A 4KHZE 1LSTA 1HSLA 1URDA 4JWYA 3EN3A 3R26A 2X7PA 1PC3A 3FJGA 3SESA 3KN7A 3N5LA 1ZJLA 1VSOA 3K6UA 5EHMA 2M8CA 2OZZA 1SW5A 4ND9A 3IJOB 3V5AA 2A5TA 4NEDA 3TPAA 1Y4CA 1IXGA 4ZZEA 4BDLA 4PP0A 2OWTA 1OVTA 3OEKA 3EPEA 4F1UA 4OESA 1M5DA 1MY1A 1M5CA 1N3XA 2UXAA 1MPDA 2V3UA 3KSJA 4DDDA 2VD3A 3OELA 1O64A 4ZEIA 1FQCA 1AMFA 1TFAA 3MBPA 1O63A 1JQFA 1H76A 4THIA 3W9WA 4JB7A 3M3LA 2DP8A 2P1SA 2H4IA 3QIMA 3S9LC 4YZZA 3W15C 1RYOA 4PFUA 3ODBA 1FQEA 4F31B 3JV9A 2OWSA 3N6UA 1ATGA 3SEXA 1MDQA 2AYSA 3PUVE 1FW0A 3Q27A 4DZ1A 1A40A 2Q88A 3K2DA 4Z0IA 3PPQA 1A7LA 4F18A 1JETA 3EHTA 4DE8A 2ANJA 2O84X 1YTVA 3K01A 1DTGA 2IA4A 5I58A 3FZVA 4G2ZA 1GVCA 2UVGA 1JW4A 4TLLB 1US4A 3IAZA 5H8HB 5I2KA 2RCAA 4MLQA 4U1OA 3LSFB 3HCQA 2ZYNA 1USYH 2O51A 5FTIA 3CFLA 4ZE8A 3PUXE 3DLNA 3G7WA 3OSQA 2Z8FA 3FVGA 4I8CA 3OD7A 1KWHA 1MQIA 3HHFA 4GLIA 3T9UA 4POXA 3RGYA 4PFTA 3TAJA 2IEEA 1B40A 3HN0A 3PUWE 3K4UA 3JYRA 3WAFA 4JWXA 4K3FA 3Q25A 3HV1A 4MBPA 1VFEA 4YB7A 4OFLA 4LZ7A 3K0VA 1IEJA 3G3HA 4G77A 4AB6A 1MDP1 2OK2A 2P2AA 4AQ4A 2DYXA 3G3FA 2QMWA 1MM6A 1PEBA 1LCTA 3VE1B 4ZE9A 1SYIA 3DP4A 1Y3NA 3RQTA 1PB9A 2RKMA 4ZEDA 1BLFA 4ESXA 3MPKA 3C35A 1B3EA 3VLWA 5CMMA 1GGGA 1QUKA 1QW0A 2Q8JA 4ZEBA 1GTKA 4FATA 3OMBA 4R75A 2V3QA 5J1DA 1P1QA 1N04A 4OEVA 3CSGA 3FASA 4H6DA 3MQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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