4DIGA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with n-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with N-acetylmuramyl l-alanyl d-isoglutamine at 1.8 A Resolution
rcsb
total genus 115
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4digA02
3KN3A 2XXYA 3CFZA 3FVGA 5BUUA 5HBCA 5KCJB 2UYEA 4DXUA 4YB6A 5CC2A 3V8XB 2XX9A 2QMWA 3MBPA 2OZZA 3KOSA 4RA1A 3TTLA 3IOVA 3TODA 1YAEA 2OJTA 1OLAA 2DE3A 2YPNA 1MQHA 4OTEA 1Y20A 3PD9A 4U1ZA 3FXUA 5I56B 3QUJA 4N07A 1OLCA 4LQ2A 3VLVA 4YKKA 1ANFA 4WEPA 1AMFA 5BWJA 1RYOA 2Y84A 2F6PA 3OD7A 2ALUA 3JZJA 5J1DA 1OVBA 3K6UA 3FV1A 5FHNA 4U4SA 2PMSA 3QIMA 5JTYB 2DVCA 1BKAA 4WXJA 1LAXA 1JW5A 2DXRA 2OBGA 2WKYA 4C1TA 2QPQA 3LSLA 1QKAA 1B4HA 3FIRA 5KDTA 4E0XA 4QFOA 1B51A 2XXHA 3V89B 5B7DA 1MXZA 5I2NA 3MQ9A 2OLBA 2HFBA 1JQFA 5I58B 2ZNTA 2R9JA 4TQUQ 3OMBA 1URGA 3MVZA 5CBSA 3EQ1A 3LBSA 3K00A 3DELB 4Q30B 4QSEA 3I6VA 2Q88A 1FW0A 3MJNA 4R72A 3SKPA 4H5FA 3M3LA 3MP8A 1B2HA 2R6GE 3H03A 3TEPA 3ECRA 2UVGA 4P11A 3BKIB 5AA2D 2F5XA 4OYVA 2HCAA 4ELRA 2RINA 4P0GA 4G4PA 3K6XA 3FXRA 4TOZA 3VDFA 4GVOA 3RY3A 5KZTA 3T96B 4RJZA 1ELJA 3T22A 3R6UA 5EYFA 1FTKA 5ITOA 1J1NA 1QUKA 2XHDA 2Y7IA 4ELQA 3FJGA 4DCYA 2Y7PA 4F1YA 1NH8A 1IZ1A 3T9HB 1XVXA 4R6KA 1MG1A 4I8CA 4GLIA 4YU0A 1MY0A 2DS9A 1YTVA 2Z8EA 1IXHA 4GL8A 2HZKA 2PYYA 1AL3A 3B6WA 5TU0A 4H1XA 1VE4A 5TPAB 2H98A 1BP5A 1UIVA 4RNSA 3O97A 1QVSA 4EXKA 1XT8A 4H6DA 1WODA 4KD5A 2VD3A 1I69A 1Y3QA 2H9BA 1VFEA 5DT6A 2NUVA 2THIA 1SQYA 4GXSB 4QRZA 3IK6B 5I84A 3RTFB 3FD3A 4MBPA 3K4UA 4H67A 1Y1MA 3OEMA 3EHTA 3HN0A 4MLQA 4GF8A 5DVFA 1KWHA 2VGQA 1CB6A 4MH5A 5DVJA 3HPIA 3A3UA 1H44A 1DPEA 1II5A 2I48A 4OHNA 4GIZA 2V84A 1LLSA 3OO9A 1PBPA 1NNKA 2A5SA 4FIMA 2F8DA 1MXWA 1RKMA 3Q26A 1TFAA 1R9QA 3TCHA 4IB2A 1H45A 4GXAA 2O7UA 1I6AA 1B46A 2O1MA 3RT6B 1B7UA 1D9YA 2ZYMA 4QFPA 4RYAA 3JYRA 1XOCA 4ESXA 3VV5A 2F36A 4ZE8A 3UGWA 2DE2A 4ELPA 4G68A 4X9TA 4LA9A 1FQEA 1POY1 4U2RA 3C4MA 3B6TA 2P1SA 5I2KB 3H3GA 1LB8A 1H43A 3ILUB 2AYSA 1XS5A 4F2QA 2D3IA 3KJTA 2QS1A 2CZLA 2RF1A 1EZPA 1A54A 1SW1A 3I3VA 4XKRA 2REJA 1MQDA 1IQ7A 1QKBA 2Q2AA 2R71A 3ZS6A 2NXOA 3H6UA 3PUVE 2ONRA 2F7AA 4QSCA 5FHMA 4ONYA 1FQBA 3O6IA 1LFGA 5CMCA 3IJXB 5ICTA 3QYTA 4F29A 5AA1A 4Z7EA 4OETA 3TYHA 3D4CA 4XTCQ 5I59B 1DPPA 2FA7A 1SW2A 5I57A 4QFNA 3PUYE 2PX1A 1Y4TA 4X1BA 1B9JA 4JB7A 5H8HA 2XXRA 3H6VA 3R26A 3T9UA 3S9MC 1TXFA 3F11A 4XXUA 5FHOA 1Y3NA 4LZ5A 4LQ5A 1S9TA 2D5WA 1NFTA 4R75A 5A5XA 2XD2A 1PDAA 4H0WA 1FTOA 3OO7A 4BDOA 3TELA 3CFLA 1UTBB 4N13A 1FQFA 3DLNA 1QUJA 3MPKA 1B5JA 5JEIA 3K6WA 2H4IA 3UN6A 1D9VA 4KYDA 2XXIA 3OOAA 4IO5A 4ZEKA 3KFMA 2Q8JA 3G7WA 4LONB 2Z22A 2DWJA 3CG3A 4G2ZA 4XKQA 3VFJA 1R6ZA 3PMWA 1AIVA 4R2FA 1TT1A 3THIA 4R74A 4RK2A 2PT2A 3GXAA 1R1NA 3IORA 4LZ8A 1EH3A 4G8MA 3MP6A 1ZLQA 4G68B 3RGYA 3EHSA 3OEKA 4POXA 1MXXA 2PT1A 2V25A 4NTLA 4HW8A 4FECA 1IXIA 2ZNSA 1B3HA 5F1QA 1M5CA 3CFXA 4PFWA 3O66A 3IB2A 2ONKE 1P1OA 1OQHA 1FTMA 3VVEA 3U93A 3OXNA 1B3FA 3WAEA 1AH5A 1S50A 1Y4CA 3VXBA 1B4ZA 3K1MA 1MDQA 2I4BA 4R9GA 4C0RA 3G3FA 4F3GA 4C1UA 2LAOA 1XHYA 4IY5A 1USYH 2E0SA 3G3HA 3MPLA 4Q0CA 3OSRA 4WKMA 4FEBA 4G8NA 2ZNUA 2OCUA 1LAGE 4JSOA 1N76A 4OESA 4G68C 3FJ7A 2ZYOA 2XXTA 1N04A 4FATA 3CR9A 1F9BA 3T9XB 1NH7A 1NNTA 4MFIA 1MQGA 2QS4A 3E9XA 5AA4B 2QMXA 5H8HB 2NVUB 5FTHA 1IEJA 2A5TB 1MS7A 4LUBA 4F31B 3V83A 5DVIA 4YAHX 4PP0A 2I49A 3PUWE 1IITA 1JNFA 1MPDA 1D4NA 1LBBA 4O3AA 1SW5A 2QSXA 1LB9A 5TP9A 3RNNA 4F3SA 4F1UA 1QW0A 2HXWA 1MH4A 2DVZA 1ZU0A 4H5GA 3T93B 1B3EA 1N7XA 1H3DA 3DM0A 5F7VA 4NE4A 4QF9A 5IKBA 1SD3A 4ZEIA 2NOOA 4ZDMA 2W7YA 4G77A 4F3BA 2O51A 1IXGA 2X26A 2UVJA 3MWBA 4QHQA 5CM6A 1HSLA 1MM7A 4YMAA 3SEWA 1AOVA 3TTKA 1SYIA 1Q35A 4NMYA 3VLWA 5ELVA 1SI0A 1MRPA 3TCFA 5M2VA 3MZ1A 3USDA 1ZMGA 4F19A 1GGGA 2P0SA 1URDA 3IO6A 4OERA 3TPAA 3FVKA 3OO6A 4I9DA 4OEVA 2QRYA 2HQ0A 2Y7WA 4DZ1A 3SEVA 1LCFA 3UK4A 1QJMA 2HEUA 1FQCA 1EZOA 3L6GA 3N5LA 5AE4A 1OQGA 1O7TA 5DEXA 3U8QA 1JVYA 1D3KA 1PBQA 2V3QA 1O64A 2GHAA 4KHZE 3O9PA 2B3FA 4NEDA 3KJ7A 4QFKA 3PD8A 2H5YA 4KCDA 5K2YA 2I4CA 1I6QA 3KEIA 4NF8A 1SW4A 2FYIA 3ZSFA 2X7QA 2UYFA 3KGCA 4E0WA 3DP6A 4YB7A 5HPQA 2I3WA 3JV9A 5DYHA 3K0VA 5KDTB 5L9SA 3TKDA 3Q29A 3TQLA 1QULA 3FUZA 2Q89A 2QS3A 2I0BA 4GD5A 1CE2A 1BTJA 1R9LA 2E1SA 2XX7A 1M5BA 5I2NB 4KFQA 4ESWA 5ITPA 2NWJA 2ONSA 4ND9A 4R6HA 1LFIA 3W9WA 3EF7A 4NF5A 1B3GA 2VD2A 4MLVA 5H8QA 3TDJA 1JW1A 3BBRA 1A55A 1VFDA 2I58A 4PE5B 3S9EA 4JXIA 5AA2A 2ABHA 4KCCA 4IO6A 3CG1A 5H8NA 2BJJX 3M8UA 3MVWA 1MDP1 2F7BA 4FE8A 1IUDA 1S7YA 1P1QA 2KLFA 3PPQA 4NF6A 2GH9A 2XD3A 2DWHA 3QUFA 2DYXA 4QFLA 4JWYA 3UP9A 1M5EA 5K2XA 3WAFA 1DMBA 1MY2A 3E3KA 4KYEA 4F2OA 3MZBA 3K1PA 1UTHA 4DIGA 2B65A 3LR1A 1VSOA 4U23A 4X1DA 4JWOA 3E4RA 4DE8A 3SEYA 4F3PA 2G29A 3S4UA 3DP8A 1MH3A 5IAIA 1UIUA 1B0LA 3TFLA 1GVCA 3P7IA 3S9LC 4KR5A 1ZTYA 5ISUA 1US5A 1B6HA 3C9HA 4DDDA 2F7CA 4PFYA 4OWDA 1NMUA 3ODBA 3M3KA 1URSA 1QUIA 5L9OA 1NKXA 4KI0E 3GBAA 1SYHA 4NWCA 3PPPA 3SEUA 3PMVA 5DEXB 3MC2A 3H4ZA 5JTYA 5EHSA 4ZEDA 4BDLA 4H65A 1LBCA 4YKJA 1ZIUA 2B3BA 1EU8A 2DWIA 3TTMA 3G3JA 1JEUA 4RY1A 2XXQA 3UA8A 1OVTA 1YPNA 4BDNA 3KOTA 2Z8FA 1HSEA 2F6GA 5CRYA 3B7DA 1MQJA 3W9VA 1DTZA 2UVHA 4RPOA 3FV2A 2I0CA 3MW0A 1UQWA 1N7WA 2ANJA 1A8EA 1NNPA 5I58A 4WEDA 2AL5A 3B6QA 1L5TA 4ZZAA 3IJOB 2XXXA 3FXQA 4YKPA 3HV1A 3FVOA 3K6VA 4LVQA 1EZ9A 3IOUA 2V3UA 4NF5B 3C32A 3IX1A 3M3FA 1OMPA 3KZGA 3U94A 1JEVA 2ZYKA 3CRBA 4PQJA 2Y7RA 4IO3A 3O6GA 3SETA 3KBRA 1I6BA 3N94A 4Q5TA 3QK6A 4THIA 3IL1B 3TUSA 2HAVA 4Q8RA 4IY6A 3L6HA 3FVNA 2QL3A 1PC3A 2M8CA 2V93A 3VVFA 3SERA 2GFEA 2HZLA 3AXFA 1FQAA 1B40A 4U4XA 2DQVA 4HCYA 4IO4A 1B7ZA 3H06B 4OENA 4P0IA 1T0KA 4K3FA 3SEXA 2OK2A 2V3TA 4F1VA 2O68A 1MXUA 3ZKKA 2QJEA 1FTJA 2ZYNA 1SDXA 1Q1KA 4OXVA 4XKPA 2H99A 3C33A 2DP8A 4YICA 3CVGA 4OQOA 2VOZA 3C36A 1IIWA 5TPAA 1B3LA 1B1XA 4U1OA 1WDNA 1WVJA 3MVXA 4FAJA 2Z23A 1B0HA 4OFJA 3HHGA 4O3CA 3V5AA 3OO8A 1M5DA 4OFLA 3BFUA 2XXWA 3RUMA 3OSQA 1MPCA 1JW4A 4KYSA 4ZE9A 1GTKA 3O28A 3PUXE 3H6TA 2ESNA 2XXVA 5FTIA 3GZGA 4H8IA 1BIYA 4HS7A 2QS2A 4R2BA 4XIGQ 1B52A 5I57B 4POWA 4OFOA 4AB5A 1LAHE 3R7XA 5AA3A 1PB8A 4MF3A 2FNCA 3N6UA 4R73A 2AL4A 2D21A 4DXBA 3TTRA 3SDFA 1JETA 1FCKA 1SVXB 4PFUA 1LFHA 3ONMA 5A5XB 3Q25A 3KN8A 4BDQA 2DE4A 3T9VA 5H8FA 3GLBA 3PGFA 4ZEBA 3ZKLA 3OELA 4FEDA 1VR5A 1FQDA 4UACA 4EQ9A 1Z7NE 2O1LA 2H25A 1M5FA 5CI5A 2UVIA 4QSDA 2ZMBA 2O69A 3PPOA 4GRKA 2F97A 1B5HA 1Y1ZA 4R6YA 2Z8DA 2UXAA 2RC8A 4AQ4A 1MXYA 3PPNA 3ILTB 3PMXA 4F22A 1B7HA 4AB6A 1PB7A 3IR1A 3IOTA 3HO7A 3G3IA 4YMBA 3U72A 4RXLA 3G3KA 3RN8A 3K1NA 4ZS9A 4M4GA 1A7LA 1Z7ME 4BDMA 4IGTA 2REGA 4YZZA 3CSBA 4M1VA 2IEEA 4RPNA 1RYXA 1ZJLA 4EF2A 3G3GA 5I2KA 2VHAA 3MAMA 4UA8A 4ZECA 3TAJA 5L8DA 3HCQA 3IB0A 4GQOA 4LP2B 3MUQA 3QSLA 3HHFA 1MY4A 3MZ9A 3IOWA 3K01A 2RC7A 2CMOA 3KN7A 2XX8A 1DOTA 3U1OA 1POTA 4EXLA 3KSJA 2DOJA 3MVYA 4EQBA 2XXPA 3HSTA 1LCTA 3U92A 3MP1A 3N6TA 2RC9A 3QAXA 3C35A 2GRVA 2G93A 4OVJA 3KSXA 2YJPA 5I59A 5EHMA 4IO2A 2F35A 4N6PA 4XKNA 4BLAA 1N84A 4EUOA 1P1WA 4U21A 4JWXA 3KG2A 3Q27A 2F78A 3VLUA 1MPBA 2Q2CA 2DWAA 2YLNA 5HM4B 1B1HA 3FGSA 2Y7KA 5ICQA 1N0TA 4X48A 1ZKBA 1TFDA 1TWYA 1A99A 4I1DA 5H8SA 4DCXA 2PVUA 3O29A 4F18A 2ZXTA 1B32A 4YB5A 5DTBA 4JSDA 5CMKA 1NL5A 3LUYA 3TZAA 3IAZA 1UTBA 2P2AA 4ZEFA 4NF4A 1B05A 1A40A 4FJPA 3FASA 2Q9TA 1N3XA 2IA4A 3A09A 5TP9B 5H8FB 4ELOA 3W15C 1MM6A 4KPTA 1XVYA 2O6AA 2GHBA 4RK9A 3EN3A 3K2DA 3TMGA 1MXVA 1LSTA 2RKMA 4GWOA 1YCJA 3FJMA 2F34A 2VP1A 4O3BA 4R9FA 5CMBA 2AIXA 3H6WA 2XXUA 3EHUA 4Z0IA 2HAUA 1DSNA 3LSFB 3H7MA 5LOMA 5KCJA 3SESA 1JVXA 3VXCA 1MY1A 4GOTA 1HSJA 1SBPA 1PEBA 4JBZA 1GR2A 1USYE 3QXMA 3UIFA 3PU5A 4DLDA 3S2VA 3CIJA 2RCBA 1H76A 2DSFA 3FZVA 1DTGA 4EDPA 1BLFA 5I56A 1B58A 4ZZEA 3TCGA 3TQWA 4PFTA 3PUZE 3RQTA 1P1NA 2I6EA 4G8HA 3I5OA 4BDRA 4H8JA 4HCWA 4OMBA 3E13X 3IO4A 3A3CA 4NWDA 4GFRA 3C31A 4PETA 1NNFA 3LSWA 3UORA 1XC1A 3LC8A 3LSXA 4NF8B 2I3VA 3GBBA 1LGBC 1ZBMA 1OIBA 3C34A 4EQ7A 3IB1A 5CBRA 4I62A 5B70A 3Q28A 3D4GA 3PPRA 4EF1A 1Y9UA 5AA4A 2DXYA 4FORA 1Y3PA 4L17A 4U22A 3S9NC 2A5TA 1P99A 4F39A 3VVDA 3O2AA 4TLLB 1A8FA 1B5IA 4IO7A 3RT8A 3CSGA 3DP4A 2O7IA 4LZ7A 4NF4B 5H8QB 4YKIA 4LATA 2OWSA 5L9MA 1O63A 2O84X 3FATA 3T66A 1US4A 4HTGA 2OWTA 2X7PA 2PBWA 5AA2B 3PV0E 4OZ9A 5H8NB 4OEUA 4DXCA 3OENA 3RTWB 1P1UA 4NF6B 3RPWA 1MQIA 4GL0A 1N3WA 3K02A 3VE1B 1MY3A 2RCAA 4ISUA 4JDFA 1LAFE 3O6HA 3BFTA 4KQPA 1GV8A 1ATGA 5JK4A 3N26A 1IXCA 4ECFA 1UTHB 1PB9A 4TLMB 4IGRA 3RLFE 1SI1A 3EPEA 5CMMA 1FTLA 3TTNA 3CI8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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