4DLDA

Crystal structure of the gluk1 ligand-binding domain (s1s2) in complex with the antagonist (s)-2-amino-3-(2-(2-carboxyethyl)-5-chloro-4-nitrophenyl)propionic acid at 2.0 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
NRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and pharmacological characterization of phenylalanine-based AMPA receptor antagonists at kainate receptors
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 80
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dldA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dldA02
3TDJA 3GBAA 4HS7A 3R7XA 1Y3QA 4F3SA 4RYAA 2Y7IA 4R6KA 1LFGA 3QK6A 4JSDA 4TQUQ 3TTNA 3L6GA 4OMBA 1EZOA 1URSA 4GRKA 1ZJLA 2I4BA 3IJXB 3RN8A 4RNSA 1M5DA 3HV1A 1N7XA 3THIA 2VOZA 3S9NC 2HEUA 5CMCA 3M3LA 4ELPA 1IUDA 4I1DA 2UVGA 3O28A 1N04A 3CG1A 2O68A 2H25A 4E0WA 2Y7WA 1R9QA 2XXXA 4LUBA 4IO2A 4R9GA 3O2AA 3UK4A 4LATA 3OENA 5KDTA 4YAHX 3IORA 1NFTA 1Z7ME 4C1UA 3MUQA 4FIMA 1Y9UA 1OLCA 1XT8A 5AA2B 2F5XA 1N7WA 4QFOA 5LOMA 4IB2A 1D3KA 1TWYA 3EHUA 2QSXA 5I58A 3IB2A 2Q88A 4F3BA 5TP9A 4PFUA 4NMYA 3I5OA 4MLVA 5CI5A 4OEUA 4PE5B 4POXA 3V8XB 5AA3A 3O6HA 3MP8A 2AIXA 3BFTA 1QJMA 1B4HA 4NF6A 4JB7A 2RCBA 1B2HA 2I49A 5B70A 3C32A 1JETA 4ISUA 2R9JA 1RKMA 1Z7NE 4U1ZA 3PUZE 1YAEA 2V3QA 1MM7A 1R6ZA 4FEBA 4H5GA 3O29A 2CMOA 5KZTA 1NH7A 1JW4A 1NH8A 3ECRA 3FJMA 2Q8JA 1DMBA 1LCTA 1RYXA 4R2FA 1B1XA 3SEXA 4OTEA 1JVXA 3PD8A 2A5SA 4UACA 1YTVA 2F6GA 2P0SA 4NWDA 1I6AA 2RINA 2Y7KA 4IY6A 4JWXA 4ZZEA 2O84X 4IO3A 1B3GA 4LP2B 1SQYA 2FNCA 4EF2A 3MWBA 3FV1A 3MPKA 1ZLQA 2IA4A 4NEDA 2QMWA 2Y7PA 3U1OA 4M1VA 3H03A 4Q8RA 3UORA 3TFLA 4EQ7A 1UTBA 5DEXA 5CBRA 2QRYA 3CIJA 2ONKE 1A55A 3I3VA 1XS5A 2XXQA 1URGA 1LB8A 2O7UA 3CG3A 3F11A 4X9TA 4RA1A 2OZZA 3E13X 5I56A 5J1DA 3BBRA 3WAFA 4NF4A 2V25A 3IO6A 3KOSA 4BDMA 4OESA 4G8NA 4RPOA 3FASA 3VFJA 3PU5A 3BKIB 5FHNA 1O7TA 3Q25A 4BDRA 3CR9A 2O1LA 4PFTA 3QUJA 3H3GA 2NOOA 1AL3A 3VDFA 1D9VA 2O6AA 4DDDA 2WKYA 1LSTA 1SW1A 2DQVA 4QHQA 5DYHA 4MLQA 3VVFA 3VXCA 4U1OA 3T9HB 4G68B 2M8CA 4NTLA 4GLIA 1VSOA 3FJGA 1CE2A 4ELRA 1M5EA 3U93A 3MVYA 1ZKBA 5AA4B 2XD3A 1IZ1A 4OERA 4GIZA 4ECFA 5H8NA 4YZZA 1USYE 1N3XA 1GR2A 4F3GA 2REJA 3CSBA 5H8QA 1MY0A 1Q35A 2DWIA 3GZGA 1ANFA 4I62A 4P0IA 4TLLB 2Q2CA 3MVZA 1P1OA 4WEDA 4YMAA 3FUZA 4KQPA 2I0CA 1LBCA 1F9BA 5I84A 3CFZA 4PETA 4GOTA 3S4UA 4IO6A 4U22A 1SYHA 5HBCA 3MP6A 4BDOA 5FTHA 2GFEA 2ZNUA 2THIA 1TFAA 1XC1A 4U2RA 5I59B 3U92A 1AH5A 2RKMA 4JDFA 3KEIA 1LAHE 3N26A 1US5A 3PPNA 2QS2A 2A5TB 5B7DA 1B9JA 2V3TA 1ZIUA 4TOZA 3OO6A 3C4MA 3W9WA 4O3CA 4HW8A 4BDLA 5I57B 2DXRA 4IGTA 2ZMBA 3I6VA 4OENA 3H6VA 1B4ZA 3KJTA 1B5JA 4I8CA 2XXPA 4MFIA 2E1SA 1XHYA 3O6IA 3FVKA 2XXVA 3UIFA 1P1WA 3K00A 5TPAA 3DELB 3MBPA 2H99A 1MY4A 2F7BA 4ESXA 3QUFA 3KGCA 3G3KA 5DVIA 1B5IA 2DWHA 2X26A 3SEYA 3D4GA 2ZYNA 3RT8A 5ITPA 3MAMA 5F1QA 4F2OA 2DVCA 4ONYA 1B7UA 1MRPA 4WXJA 1I6QA 1Y20A 1MDQA 3FXUA 5HM4B 2DE4A 3E4RA 2XXUA 4IY5A 1O63A 3FXQA 3K01A 4HCWA 3K1NA 2FYIA 3K1MA 4GFRA 4EXKA 1A40A 1KWHA 1FQBA 4NF5A 1B52A 2F7AA 4QRZA 3OELA 3E3KA 4AQ4A 3O9PA 1SW4A 4JWYA 3H6TA 5I58B 3GXAA 3T22A 5EHMA 4NF8A 5TP9B 2RF1A 3LSXA 1QW0A 1SVXB 3VXBA 1N0TA 4Z0IA 3OXNA 3G3JA 4LZ7A 2OLBA 3B6WA 3GLBA 4K3FA 2GH9A 3H7MA 3CRBA 1IXHA 3ILTB 2H4IA 4ZECA 2R71A 1GTKA 3O97A 4KI0E 2I4CA 4G2ZA 1R9LA 4EQBA 4GQOA 3DLNA 3DP8A 3N5LA 1EZ9A 3KJ7A 2F7CA 3C35A 3PV0E 3T9VA 1L5TA 4EF1A 1MQJA 4YB6A 3IOWA 1A8FA 3TUSA 2Q9TA 3HHFA 1SYIA 1SI0A 2Q2AA 1UIUA 3PPRA 1A7LA 3T9XB 4PP0A 3Q28A 2ONRA 3L6HA 4LZ8A 1N3WA 3ILUB 5CMMA 2ABHA 2I0BA 4R9FA 3UGWA 1QKBA 4F2QA 2XHDA 1BKAA 3PPOA 4LQ2A 4H0WA 3K6UA 2O1MA 1NNPA 2HXWA 4G8HA 4ZEDA 1WDNA 1NKXA 5M2VA 5ICTA 1LAFE 3N6TA 1MQHA 1Y1MA 1IIWA 1B05A 2ALUA 3U72A 3A09A 5JK4A 1S9TA 2GHBA 3SEWA 4POWA 4OWDA 2VHAA 2X7QA 1LLSA 4F1UA 4GL8A 2ONSA 1S7YA 1LGBC 2NVUB 3FATA 3IB0A 4L17A 1EZPA 3V83A 1B3EA 5CBSA 1Y4CA 1IQ7A 3PUYE 1SDXA 1DPEA 4RY1A 3K02A 1JNFA 5TU0A 1MH4A 3MJNA 4FATA 1B0LA 1B51A 1B32A 3G3FA 3QYTA 3EHTA 1D9YA 3IOUA 1B7ZA 4KFQA 2OJTA 1CB6A 4GD5A 3D4CA 2Z8FA 4WEPA 3S2VA 3PUXE 3ZKKA 4UA8A 1Y4TA 3TTKA 4U23A 5AA2A 3PUVE 4N6PA 5IKBA 5AA2D 3RLFE 1MXYA 1GGGA 5CMBA 3FVGA 2RC8A 4YMBA 2PYYA 4BDQA 2DVZA 4MF3A 3TEPA 1VFEA 3MPLA 4JXIA 3ODBA 4ZE9A 3OD7A 1MXWA 1WVJA 1OVBA 2QS3A 2BJJX 2Z8DA 5ITOA 4GXSB 4N13A 1ZTYA 5DT6A 3MW0A 1GVCA 4H8IA 4H5FA 3VV5A 5ELVA 2Y84A 2V84A 4YKJA 3VLWA 4PFWA 3H6WA 3B6TA 2I3WA 1NMUA 1MQGA 4GL0A 4DXUA 4U4SA 5EYFA 4RK2A 4U21A 3TTLA 4IO4A 3C34A 1DTZA 3LBSA 3LUYA 2D21A 3TCGA 4QFNA 1NNKA 5CMKA 3PD9A 1ZU0A 2IEEA 1S50A 3N94A 1OQHA 2VGQA 4GVOA 2DXYA 2HZKA 3IX1A 5L9OA 1VR5A 2O69A 1XOCA 1MPCA 1FTLA 1P1UA 1UTHB 3PGFA 2DP8A 5H8QB 1B46A 4DXBA 2XXTA 2DE3A 4XIGQ 1MQDA 3G3IA 4ZS9A 2ANJA 1DSNA 2HCAA 2NXOA 2AL5A 2Z23A 3W9VA 3FV2A 1FQFA 2P1SA 4XXUA 3RT6B 4H67A 2F6PA 2QL3A 3OO7A 2F78A 1ATGA 3E9XA 3H4ZA 1PB7A 2F97A 1IITA 4R6HA 3IOVA 1R1NA 3CVGA 1WODA 4ZEIA 4KHZE 2OWTA 1B7HA 2XXRA 4QFPA 3B6QA 2UYEA 5A5XB 5H8HB 3UP9A 4ZEKA 2GHAA 2H9BA 1QUJA 4Q0CA 3OO8A 4RK9A 3FIRA 5I2KA 3FJ7A 2QMXA 4R72A 3M3FA 2RC9A 3LSLA 4ND9A 3GBBA 3H6UA 2OCUA 2YPNA 3UN6A 4OZ9A 5TPAB 1M5FA 4QSEA 3DM0A 3O66A 2XX9A 2G29A 3VVEA 3MP1A 1YCJA 4YKPA 3AXFA 4KCDA 3CSGA 1TXFA 3FD3A 4OQOA 3SEVA 3VVDA 4MBPA 3HCQA 1M5BA 1URDA 2QS1A 4H6DA 4LZ5A 3MVXA 2HAUA 1MY1A 3KSXA 3IR1A 3TCFA 4OETA 3RNNA 3JYRA 1B3FA 3R26A 3KSJA 1MXZA 1A8EA 4RJZA 1VFDA 4EQ9A 3IB1A 4G68A 3CFXA 3A3CA 3OEMA 3V89B 4JWOA 4ZEBA 3RGYA 5L8DA 3S9EA 3RQTA 4F22A 1SBPA 3FVOA 5I2NB 3DP4A 4F3PA 4GXAA 1LFIA 4NF5B 3JV9A 4QFKA 2F35A 3IJOB 3C36A 4XKNA 3WAEA 3T93B 4FEDA 3PMVA 1XVYA 4BDNA 1A54A 1NL5A 1P99A 2F36A 4KYEA 4DCYA 2DSFA 1AMFA 5KCJA 3PMWA 5ICQA 4R74A 3W15C 3TTRA 1Y3PA 2UXAA 1B1HA 4H1XA 5AA1A 3MQ9A 2LAOA 2VD3A 3B7DA 2VP1A 4WKMA 2QJEA 4ELQA 1VE4A 3CFLA 4H65A 2B3BA 3C31A 3SDFA 3TELA 3TYHA 3BFUA 1MDP1 4GF8A 5KDTB 3ZSFA 1H45A 1LBBA 1PEBA 2XD2A 2RC7A 1H43A 4YB7A 3KBRA 1FQAA 2Z22A 4P11A 4E0XA 2H98A 5DVFA 3K6VA 2XXWA 4IO5A 1SW5A 2DOJA 4JBZA 2QPQA 2YJPA 4BLAA 4G4PA 1IXGA 4DZ1A 1DOTA 4QSDA 3FGSA 1MPDA 3EHSA 3VLUA 4X48A 4F18A 4G8MA 1MY2A 2HFBA 4EDPA 4M4GA 2RCAA 1ZBMA 5H8FA 3KN7A 2DWAA 3TMGA 3MZ9A 4XKPA 4NF6B 3A3UA 5EHSA 3FXRA 3TQWA 5HPQA 3C33A 3MC2A 1FTJA 3KG2A 3KN3A 2H5YA 3PPQA 4R2BA 2XXHA 4F1YA 2B3FA 1XVXA 4C1TA 2HAVA 3EPEA 3FVNA 3T96B 1YPNA 5FHOA 5JTYA 1PBQA 3LSFB 4FECA 3U8QA 1JEVA 1JEUA 4R75A 4DIGA 4LVQA 1POY1 2PX1A 1FQCA 1HSJA 3RUMA 3DP6A 2W7YA 3RPWA 1H3DA 4OFOA 2V3UA 1HSLA 1MG1A 1FQEA 5FHMA 4NWCA 1D4NA 3P7IA 2XXYA 1QULA 3QIMA 3OSQA 3QAXA 4F29A 4FORA 3QSLA 1UQWA 1OMPA 3KOTA 2XX8A 2GRVA 3HO7A 1B58A 3Q26A 3LSWA 2DWJA 4GWOA 4KR5A 2AL4A 1B3HA 3M3KA 2HZLA 1UTBB 4KYSA 1B40A 5DEXB 3TPAA 3IOTA 4KPTA 2I6EA 5K2XA 3UA8A 4IO7A 4H8JA 1MQIA 3ONMA 4Q5TA 4MH5A 4O3BA 3SERA 2KLFA 2NWJA 1DPPA 3VLVA 5K2YA 5I56B 4IGRA 2Y7RA 4OEVA 1MS7A 2AYSA 4YB5A 2FA7A 4XTCQ 2Z8EA 4NF4B 2PBWA 4EXLA 1SW2A 1QUIA 3G7WA 4OHNA 2PT2A 3PUWE 2ZXTA 5ISUA 3HPIA 3MZBA 5DVJA 2X7PA 1PB8A 1OLAA 4XKRA 3K6WA 3T66A 3T9UA 4RXLA 2ZNTA 1M5CA 2NUVA 1IXIA 2D5WA 1B3LA 1LFHA 3OEKA 1UIVA 3SETA 3LR1A 5CRYA 1RYOA 1TFDA 1EH3A 1JW1A 1Y1ZA 3TCHA 3JZJA 3IAZA 1PBPA 3QXMA 4LQ5A 1PC3A 4THIA 2F8DA 2UYFA 1N84A 2PMSA 5H8NB 4ZE8A 1O64A 3RY3A 3TODA 2ZYOA 1H44A 1AIVA 5I2KB 4XKQA 2ZYMA 3TZAA 1T0KA 1SI1A 3TQLA 2V93A 3R6UA 1ZMGA 3G3GA 3K6XA 4G77A 1JVYA 4O3AA 4ELOA 1BLFA 4YU0A 3SEUA 5CM6A 3VE1B 4TLMB 1BIYA 3OMBA 3K4UA 1EU8A 1OIBA 2OK2A 3MZ1A 4F31B 2Q89A 1POTA 4ZZAA 1JQFA 2ZNSA 1NNFA 4X1BA 1I6BA 4PQJA 3OSRA 1AOVA 1US4A 1LCFA 3SKPA 4P0GA 3ZKLA 2HQ0A 4F1VA 3K2DA 4FJPA 4AB5A 3C9HA 2OBGA 3EF7A 1SD3A 3SESA 1USYH 1P1NA 3O6GA 4ZDMA 2DYXA 1PDAA 1IEJA 3OO9A 1OQGA 5BWJA 4F19A 4EUOA 1HSEA 1QUKA 3IL1B 2QS4A 2ESNA 4HCYA 1B5HA 4JSOA 2XX7A 3HN0A 1P1QA 2ZYKA 3K1PA 1J1NA 3EQ1A 3MVWA 1FCKA 1Y3NA 3CI8A 1MM6A 2I3VA 1UTHA 1FTMA 4AB6A 4I9DA 4YICA 1QKAA 1QVSA 3Q29A 4G68C 1B6HA 5CC2A 1II5A 3V5AA 5L9MA 2OWSA 4OFJA 2XXIA 2O51A 3G3HA 3KFMA 4C0RA 2D3IA 4DE8A 3FZVA 3TKDA 3ZS6A 5JEIA 2O7IA 1MPBA 4Q30B 5KCJB 2I48A 2DS9A 3U94A 1OVTA 3K0VA 1FQDA 1I69A 2REGA 4FE8A 1BP5A 3S9LC 5IAIA 5H8SA 4R6YA 2P2AA 4KCCA 1LAGE 5A5XA 5H8HA 1GV8A 3TTMA 5L9SA 1MH3A 3M8UA 3EN3A 4U4XA 5AA4A 1LB9A 1IXCA 4QFLA 4ZEFA 1FTOA 4FAJA 4DLDA 3PMXA 2PT1A 1Q1KA 4F39A 4ESWA 2I58A 1TT1A 4X1DA 2CZLA 4PFYA 4RPNA 3TAJA 4OYVA 1BTJA 2G93A 4Z7EA 5BUUA 4NF8B 5F7VA 2F34A 4R73A 4HTGA 1JW5A 1MY3A 2UVHA 1B0HA 4YKIA 1ELJA 4QSCA 2E0SA 4QF9A 4DCXA 5AE4A 3Q27A 4KYDA 3USDA 1MXXA 2UVJA 4YKKA 4OXVA 5H8FB 2PVUA 5I59A 1MXVA 2VD2A 1MXUA 3KN8A 3PPPA 1H76A 1FTKA 2B65A 1PB9A 3RTFB 4DXCA 3IK6B 3RTWB 2A5TA 5DTBA 4NE4A 3H06B 1DTGA 1FW0A 4LONB 4OFLA 5I57A 1LAXA 1NNTA 2UVIA 3LC8A 3IO4A 4N07A 4OVJA 3S9MC 3HHGA 3HSTA 3N6UA 2YLNA 3OOAA 1A99A 5I2NA 5FTIA 3KZGA 5JTYB 4LA9A 2DE2A 4KD5A 1N76A 2R6GE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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