4E0XA

Crystal structure of the kainate receptor gluk1 ligand-binding domain in complex with kainate in the absence of glycerol
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Kainate induces various domain closures in AMPA and kainate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 82
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4e0xA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4e0xA02
1IXHA 2QJEA 1LAXA 2VGQA 4MFIA 1QUIA 4KYDA 3E9XA 1SI1A 4BDNA 3LSLA 1N7WA 2V3TA 4U1OA 4O3BA 4G2ZA 2RCBA 3FJMA 5JEIA 2KLFA 1TFAA 4FECA 5KZTA 3PV0E 4OZ9A 3FIRA 4YU0A 4EF2A 3MVXA 1A55A 5J1DA 4I8CA 5HM4B 2ZXTA 2DE2A 3O6GA 1MY3A 4XKQA 1MXUA 4QF9A 1MXVA 4AQ4A 4DXCA 3CFLA 4U22A 1B51A 1EZ9A 1LB9A 4NF6B 3RGYA 3C35A 3CSBA 3IO4A 3TTLA 4XKPA 1M5DA 4WEDA 2XXHA 3M3LA 3MWBA 1S7YA 1SI0A 3O9PA 3K0VA 3DLNA 5I2NA 3S9NC 4DDDA 1B46A 1SYHA 4H8IA 1Y1MA 1Y20A 1D9VA 4FE8A 4KI0E 4RYAA 2V3QA 1L5TA 3ONMA 5CI5A 1NL5A 3JZJA 1EH3A 5ITPA 3VLWA 1AH5A 1O64A 4OEUA 4Z7EA 2RC8A 4ELQA 4Q30B 1LSTA 3IOUA 1H44A 4NWCA 1H45A 1N04A 2CMOA 3KEIA 5TP9B 3OO9A 1II5A 3IOVA 4NMYA 5LOMA 1ZU0A 2RCAA 1FW0A 5H8FA 4ZEBA 4ZS9A 2DWJA 5I56A 5EYFA 1JETA 3H6UA 1VE4A 3HN0A 1FQDA 1N76A 3TAJA 3UIFA 4F3PA 2Y7WA 4R73A 3PPQA 4JBZA 3KN3A 2I6EA 4FIMA 1Y3NA 4DE8A 1HSEA 1IZ1A 1VSOA 3KOSA 2P2AA 1B3GA 3BFUA 4P0GA 2ZYKA 1GTKA 2QS3A 4IO7A 1B0HA 3SEUA 3C31A 4H67A 1YTVA 4M4GA 3K1PA 2A5TA 3U1OA 4MLQA 1XC1A 2DWIA 4H5GA 4LA9A 4GXSB 1QUJA 1ZKBA 5TPAA 4QRZA 3SERA 4F29A 4EDPA 4ELRA 3FXRA 2XD3A 3IAZA 3TUSA 5B7DA 4OHNA 3I3VA 3R26A 2F78A 4X1DA 4EXLA 5AA2A 4M1VA 1UTBA 3CG1A 3QXMA 4F3GA 4NF4A 4ZECA 3O28A 5I59A 1DTGA 3MVYA 2HAVA 3D4CA 4OFJA 2Z8EA 3R7XA 3MPLA 4PQJA 5KDTA 4YICA 4YZZA 1QKBA 3ZKKA 4MF3A 2D3IA 4FEBA 1DPEA 3N94A 1A8FA 1ANFA 3IB2A 3F11A 5DTBA 5AA4A 4RK9A 5H8NA 4DIGA 3PD8A 1BKAA 3MVWA 4R6YA 1I6QA 1P1UA 2HXWA 1NMUA 4ZEFA 4OFOA 3SEVA 4ZZEA 3FVNA 1B3HA 2AL5A 1Z7ME 1P1OA 1XVXA 3K1NA 3P7IA 4IY5A 4H1XA 2D21A 3Q29A 3AXFA 2I3VA 4U21A 4H5FA 4F1VA 1MQJA 3CFXA 1GGGA 4LZ7A 1NNKA 4OWDA 3IK6B 1LB8A 2HZLA 5B70A 2XXVA 3ZS6A 4C0RA 4ZZAA 5ICTA 3EHSA 1MY1A 3K1MA 2Q8JA 3C36A 3K2DA 3M3KA 2PYYA 1EU8A 3MW0A 3KG2A 4F1YA 3OMBA 2OZZA 3IB1A 2O7IA 3K6VA 4MH5A 2Z8FA 4RK2A 1B0LA 4WKMA 4DZ1A 1VFDA 2HZKA 1B5HA 4JSDA 4KQPA 3U94A 1B4ZA 2IA4A 2OBGA 2E1SA 2F6GA 2XXTA 3DELB 2VD2A 2DXRA 4KD5A 3ZSFA 1YAEA 3UA8A 1LAHE 2DP8A 4QSDA 1R9LA 1JVYA 5F1QA 3EF7A 1QULA 1UIVA 3IOTA 3FV2A 4RXLA 1TWYA 1MY0A 3N26A 2ABHA 4NF5A 3IX1A 5FTHA 4G8NA 1SYIA 4G68B 3G3JA 2NXOA 3FGSA 1IIWA 4F3SA 3TQWA 5CM6A 3TTRA 3PU5A 5L8DA 1TFDA 1QKAA 4F19A 3QAXA 3V8XB 2FYIA 4XKRA 1SQYA 5A5XA 3UP9A 1US4A 5F7VA 3CIJA 3VFJA 4F39A 1SVXB 1MQHA 3LSXA 3OEMA 3T96B 2QS4A 1Y3QA 2OCUA 1LBCA 1NH7A 3IR1A 2H99A 5AE4A 1EZPA 3MPKA 5ICQA 1A7LA 1MH4A 1MXYA 4HCYA 1QVSA 2OLBA 4MBPA 4ZEDA 4IY6A 4KCDA 1I69A 1ZLQA 3N6TA 4LVQA 3KOTA 3MUQA 3U72A 2I49A 1B5JA 2I4BA 1R9QA 2QMXA 5ELVA 4QHQA 3PUZE 5CMKA 4C1TA 1SD3A 4OEVA 2DVZA 5I84A 4EQ7A 3G3GA 3I5OA 1LLSA 1CE2A 2W7YA 3RUMA 3MBPA 4YKKA 4YB5A 4HCWA 2P1SA 3TODA 3OELA 2BJJX 4LQ2A 3V89B 2I48A 1FCKA 4P0IA 3KBRA 4JSOA 5HBCA 4F31B 4R74A 4PP0A 4Z0IA 5K2XA 3OO8A 2XXWA 2XXIA 1M5EA 3TFLA 1A8EA 3DP6A 2UYEA 4O3CA 5CRYA 4PETA 4GVOA 3S2VA 2ANJA 3N5LA 2IEEA 4LZ5A 5DT6A 1DOTA 2F36A 4G8MA 3RT6B 2F8DA 2OK2A 4EF1A 3DP8A 3MZ9A 2XD2A 4F3BA 3RPWA 5CBSA 1IUDA 4JWOA 1IITA 5IAIA 1DMBA 2NOOA 1AIVA 1B52A 3T66A 1N0TA 1LGBC 2HCAA 2XXQA 1D4NA 2Q2CA 4POWA 2QRYA 1POY1 1ATGA 3B6TA 4LQ5A 4OETA 2R71A 2Q88A 3C9HA 3VVEA 2REJA 3S9MC 4EXKA 3RTWB 1SW4A 2B65A 3MC2A 4FEDA 3TZAA 1I6BA 2F7AA 4ONYA 3PMWA 3CG3A 5I58A 1ZJLA 1ZMGA 3SESA 3HO7A 5AA2D 4GXAA 2F35A 2I0CA 3H7MA 1M5FA 1LBBA 1MS7A 4YMBA 4PFWA 4ZEKA 2ZMBA 4BDRA 1GR2A 4LP2B 4QSEA 3GBAA 2VHAA 3TEPA 3PPOA 3TTMA 4NEDA 4OVJA 1XT8A 3G3HA 3S4UA 3UN6A 2DXYA 3N6UA 2O7UA 4I62A 1ZBMA 1R6ZA 4WXJA 3FJGA 2UVGA 4F1UA 2XX8A 3CFZA 1NNFA 3MP8A 3RN8A 3GZGA 2FA7A 3GLBA 3HHFA 2XHDA 3PUVE 3RT8A 4RJZA 2F6PA 3H06B 2NUVA 4QSCA 1GV8A 1PB7A 4OYVA 2B3FA 1BLFA 1MXXA 3VVDA 1MRPA 3EHTA 2YPNA 4JB7A 5KCJB 3SEYA 3VE1B 1XHYA 1FQCA 1OQHA 1SBPA 1UTHB 4X48A 4F22A 3FD3A 2XXPA 4QFOA 2RKMA 3OENA 1JEUA 1P1NA 3U92A 2DE3A 3BBRA 3TCHA 1RKMA 3VXBA 2H98A 2ALUA 4ECFA 4KFQA 3KSJA 4OMBA 1UIUA 1RYOA 4PE5B 2O84X 5DVFA 1B2HA 5H8QB 1B7HA 5DYHA 1B32A 3TMGA 2QMWA 4R9GA 1VR5A 3BKIB 4GL0A 4YKIA 3IL1B 3Q28A 1N3WA 1IQ7A 3HPIA 5CMBA 5EHMA 2H9BA 4NWDA 1SW2A 3E4RA 3FVOA 3IB0A 4IO4A 4KHZE 4LZ8A 3VV5A 1VFEA 2Y84A 4GF8A 5H8FB 3O2AA 2Y7PA 1MPDA 1Y4CA 1OIBA 4R6KA 2AIXA 3FASA 3QUFA 4OTEA 3L6HA 1T0KA 3T9VA 5HPQA 1MDP1 1TT1A 2CZLA 3L6GA 3LSFB 3E13X 2LAOA 1A40A 5FHOA 4N13A 3MP1A 2DWAA 2Z23A 4U23A 1P99A 3R6UA 5JK4A 4G68A 4QFNA 3QSLA 4DXBA 4GLIA 3IORA 4F18A 5I57B 1NFTA 3KZGA 1FTMA 3W15C 1JNFA 3TELA 2O1MA 3SKPA 1B4HA 2NWJA 4N6PA 3VXCA 3C32A 4E0XA 1QUKA 2GFEA 1PBPA 1URSA 3G3FA 2V84A 1OLAA 4WEPA 4U4XA 2RC7A 5I59B 4YMAA 1B3LA 2ZNTA 5DVJA 3H03A 1USYE 1YCJA 1SDXA 2QS2A 5I2KA 1MPBA 5DEXB 5JTYA 5KDTB 5AA1A 4R2FA 1AMFA 4R75A 4XXUA 3K6UA 2GRVA 3GXAA 2YJPA 2ONKE 4ZEIA 3V5AA 1JW5A 3TTNA 1QW0A 1S50A 4HTGA 4DXUA 4POXA 2THIA 2I3WA 3PD9A 1NNTA 2V3UA 2Q9TA 4PFTA 2PMSA 1LAFE 5L9MA 2UVIA 1NKXA 4BDOA 1PB9A 1A99A 4JWYA 1FQFA 3ECRA 3T9HB 1LCFA 3FZVA 2WKYA 3EN3A 2GH9A 4YAHX 4FATA 5BWJA 3K00A 4KR5A 5IKBA 5CBRA 1JVXA 3A3UA 4JWXA 3D4GA 2VP1A 3CRBA 4IB2A 4X1BA 3TKDA 1MQGA 1MXWA 1UQWA 4YKJA 1MH3A 2I58A 1EZOA 1URGA 2H5YA 2PT2A 5FHNA 3ODBA 1B1HA 4QFKA 2GHBA 1Q35A 1MQDA 2ZYNA 3IJXB 2DQVA 1OVBA 3KFMA 1IXCA 1B58A 3FVKA 3IOWA 1QJMA 1LFGA 2PT1A 2Z8DA 1B6HA 4TQUQ 4IO2A 3W9VA 2ONRA 1IEJA 3EHUA 2O6AA 2UVHA 4L17A 2HQ0A 3PUXE 1B9JA 3Q27A 4OFLA 2UXAA 4IGTA 3QK6A 4FORA 4YKPA 4ESXA 4X9TA 1GVCA 1KWHA 4NF6A 2Q2AA 3H4ZA 4NF5B 4RY1A 2HFBA 4NF8B 1Y1ZA 4DCYA 2QL3A 3EPEA 2XXYA 4LONB 4TLLB 1PBQA 2XXUA 2RINA 4JXIA 4RPNA 2F7BA 1OLCA 2F34A 1DTZA 3KSXA 3RLFE 1HSLA 3A3CA 3U8QA 5CMMA 4DCXA 1YPNA 3OSRA 4NE4A 4BDMA 5A5XB 4C1UA 3C33A 4GQOA 1OMPA 2NVUB 5L9SA 2X7PA 3UK4A 1F9BA 3UORA 4OESA 2B3BA 1J1NA 2F97A 5BUUA 5TP9A 4I9DA 3S9LC 3KGCA 3KJTA 4HS7A 3QUJA 2ONSA 1ELJA 4XTCQ 1ZTYA 3B7DA 5FTIA 2O68A 4OERA 3OEKA 2REGA 2M8CA 4LATA 3TQLA 3B6QA 5TU0A 1N7XA 4QFPA 3RNNA 3QIMA 4UACA 1DSNA 4KYEA 1M5CA 2F5XA 4ZE8A 1Y9UA 2XX7A 3C34A 1MG1A 2DYXA 3PPRA 4H65A 5KCJA 2PX1A 4R6HA 4R9FA 3HV1A 1Y3PA 3FV1A 4R2BA 1UTHA 1O7TA 2XXRA 3SDFA 1Z7NE 4OENA 2ZNUA 3RQTA 3FVGA 4H6DA 1H76A 3ZKLA 3T9XB 4U2RA 4EQ9A 5H8HB 3MZ1A 3TTKA 1NNPA 3TYHA 3LSWA 2RF1A 4GWOA 5L9OA 3VVFA 4H8JA 3W9WA 1LCTA 3IO6A 5H8QA 4N07A 1PEBA 3T22A 4YB7A 2H25A 2XX9A 5AA3A 1SW5A 2DS9A 3CSGA 3FUZA 4U1ZA 3HSTA 1D9YA 1RYXA 4BLAA 1XS5A 1H43A 3K4UA 2PVUA 1OQGA 2DWHA 3I6VA 1MY2A 1B3FA 4IO3A 3OD7A 4ESWA 1URDA 2VOZA 2VD3A 1Y4TA 3Q25A 3PUWE 5FHMA 3G7WA 3DM0A 4LUBA 2FNCA 3USDA 3PMVA 2GHAA 3H6VA 1JW1A 1FTOA 3WAFA 1TXFA 3G3KA 2ZNSA 1B5IA 1M5BA 3QYTA 2Y7KA 3UGWA 2AL4A 5I57A 1PDAA 5I2NB 5I58B 3OO7A 5EHSA 3K6WA 3LUYA 1IXIA 3K02A 3T93B 2I4CA 3SEWA 3PPNA 4I1DA 3SETA 3VLVA 1MM7A 3MJNA 1HSJA 1IXGA 4IO6A 4G77A 4P11A 5DVIA 1PB8A 1FQEA 3OO6A 3KN8A 4PFYA 1I6AA 1B05A 1AL3A 3SEXA 1B7UA 4EUOA 2UVJA 4FJPA 2Y7IA 4G8HA 1WODA 1JEVA 5CMCA 2QPQA 5I56B 3MQ9A 2DVCA 2G93A 5DEXA 3BFTA 3MP6A 3MZBA 1N84A 4Q0CA 2QS1A 3TDJA 3GBBA 2E0SA 3DP4A 3LBSA 3FATA 4ISUA 4O3AA 1FTJA 2DSFA 3V83A 1BP5A 3ILTB 2ESNA 3OSQA 4DLDA 2Y7RA 3G3IA 4GIZA 4XKNA 2A5TB 2QSXA 2OJTA 3PPPA 2V93A 3RTFB 5H8SA 1MXZA 1Q1KA 4ZE9A 4Q5TA 5TPAB 4RA1A 2P0SA 3WAEA 4XIGQ 3K01A 1DPPA 3ILUB 3PGFA 5CC2A 3TCFA 4JDFA 2O51A 4BDLA 5AA2B 4Q8RA 1UTBB 4YB6A 1NH8A 2X7QA 3S9EA 2OWTA 1MM6A 4GOTA 4NF4B 3K6XA 4PFUA 2Q89A 2X26A 3T9UA 1FQAA 2HAUA 3O66A 4U4SA 1BTJA 3HCQA 5K2YA 2R6GE 1D3KA 1LFIA 3JV9A 5AA4B 3PMXA 5H8NB 1OVTA 4GD5A 4GL8A 3JYRA 4GFRA 5M2VA 3VLUA 4MLVA 3OOAA 4ZDMA 3KJ7A 3KN7A 4IO5A 4GRKA 2OWSA 3M3FA 1B3EA 3FJ7A 3OXNA 4IGRA 3PUYE 4E0WA 2ZYMA 1R1NA 2XXXA 2O69A 4F2QA 4KCCA 1US5A 2I0BA 1XOCA 4OXVA 3MAMA 4RNSA 4TOZA 4F2OA 4NF8A 3VDFA 2D5WA 3THIA 3TPAA 1LFHA 3C4MA 4BDQA 3RY3A 3MVZA 3IJOB 5ITOA 2O1LA 2UYFA 1N3XA 1JW4A 1WDNA 3CR9A 2PBWA 4FAJA 3H6TA 1MQIA 4EQBA 1H3DA 2DE4A 4ND9A 4QFLA 2F7CA 3H3GA 4H0WA 4RPOA 3CI8A 3O6IA 1PC3A 3HHGA 4KYSA 5ISUA 2HEUA 4G4PA 4THIA 4ELPA 2DOJA 4NTLA 3EQ1A 1FTKA 4AB6A 3O97A 1A54A 1JQFA 5I2KB 1MY4A 1POTA 5JTYB 2V25A 2Z22A 4K3FA 3H6WA 2AYSA 1B7ZA 1WVJA 1B40A 1O63A 3FXQA 3E3KA 1FTLA 3M8UA 1B1XA 4AB5A 4R72A 1P1QA 4HW8A 2G29A 3TCGA 2RC9A 4KPTA 4ELOA 1CB6A 3FXUA 1SW1A 3B6WA 2A5SA 5H8HA 3LC8A 2ZYOA 1MDQA 1FQBA 1XVYA 1MPCA 1P1WA 3O6HA 4OQOA 4TLMB 1ZIUA 3O29A 1AOVA 4UA8A 2R9JA 2YLNA 3LR1A 1BIYA 1USYH 1LAGE 1S9TA 3U93A 3Q26A 3CVGA 2H4IA 3A09A 4G68C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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