4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule tags Methionine-binding protein
source organism Enterococcus faecalis
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
1NNTA 2Z23A 4NE4A 3HO7A 3E13X 1A8FA 3H06B 3FD3A 1LGBC 1VSOA 2UVHA 1B5HA 2YPNA 1JETA 4R6HA 1NH8A 3MW0A 3G3FA 4U2RA 2O84X 4Q30B 4OERA 3V83A 1QKAA 4IGRA 3VE1B 3IJXB 4OQOA 3ILTB 4DXUA 3K1MA 1ELJA 1SQYA 3LBSA 2XX9A 3SEUA 1JNFA 1TFDA 5FTHA 3K0VA 3Q26A 2PVUA 3ILUB 4U1ZA 2Q8JA 3Q25A 2GFEA 3PD9A 1EZ9A 3RN8A 1QVSA 3WAEA 1I6AA 2IEEA 2P1SA 2RCBA 3B7DA 4H0WA 3GXAA 3N94A 5I2NA 1LSTA 4N6PA 3KN7A 1LLSA 2ZNTA 4JB7A 4NF6B 3KSJA 3QYTA 2E1SA 3K6XA 3O9PA 3C32A 1PC3A 2ABHA 4MBPA 5IAIA 4AQ4A 2ZYMA 4WXJA 4X1DA 1GTKA 4PETA 3TKDA 1A7LA 2XHDA 3TMGA 3A3CA 3W15C 4FATA 3OEKA 5FHOA 1UTBB 5F1QA 4OEUA 1SYHA 4H6DA 1B32A 5H8NB 1KWHA 1A99A 1B5IA 1PB9A 2GRVA 2Y84A 4YMBA 4FAJA 2F6GA 1Z7NE 4JWOA 1D3KA 1R6ZA 4DDDA 2OWTA 4ZZEA 3H6VA 3E3KA 4EXLA 5CRYA 3BBRA 4L17A 4NWDA 4IB2A 1LAHE 3MVZA 2THIA 4LZ7A 1LFIA 5ICTA 3PMWA 1MXXA 2V84A 1BKAA 4X1BA 3VLWA 4JXIA 3TEPA 4DIGA 2H25A 4R72A 2ZXTA 2ANJA 4QRZA 2ZYOA 1XT8A 4K3FA 4JSDA 3I3VA 4BLAA 3D4CA 1MY3A 3CSGA 1MH3A 1JEVA 3C35A 2O6AA 1NNFA 1ZU0A 4OVJA 3VDFA 4G68B 4YB5A 1M5EA 1JQFA 1BTJA 1TT1A 4GLIA 2Q2CA 2REGA 4M1VA 3FVNA 3C36A 3N5LA 1SDXA 3R6UA 1JEUA 4RPNA 4C1TA 1SYIA 3IJOB 2H4IA 4YMAA 3TTRA 2V93A 3G3IA 4R9GA 2ESNA 4TOZA 3GBBA 3M3KA 4IO6A 3T66A 4F1YA 4P0IA 3ZSFA 1HSLA 1ZLQA 2UXAA 3V89B 1WVJA 2DYXA 1R9LA 4KYSA 4GL8A 3VVFA 2I3VA 1M5BA 1LB9A 5H8FB 2O1LA 4NF6A 4HCYA 1S7YA 2DVCA 3KSXA 4NMYA 1US5A 1FTKA 3IK6B 5EYFA 3W9VA 1B6HA 1B3HA 4IO3A 2QSXA 1XOCA 4OZ9A 4PQJA 1FQFA 1LCTA 3I6VA 1MY0A 3T96B 4YZZA 3ZKKA 1URSA 4RYAA 2X26A 1PB7A 3RGYA 4YB7A 3TCFA 1UTBA 3TUSA 1XS5A 1SI1A 2XXYA 4QHQA 5H8NA 4JSOA 3IO4A 4WKMA 3SEYA 4E0XA 2QMWA 2V25A 1GGGA 3LC8A 4RXLA 4XKPA 1MPBA 1SW5A 1FQDA 2QMXA 4KFQA 4IY5A 2Q89A 3W9WA 2F35A 1B4ZA 2Y7IA 5DVIA 3C34A 3SEXA 5B7DA 4H8JA 4LP2B 2UVIA 3TDJA 4U4SA 2Z8EA 1B3GA 3H6UA 4KCCA 5CMBA 4MLQA 2OBGA 4JBZA 1ZMGA 3H6TA 1MM7A 2ALUA 1MXYA 3KBRA 1Z7ME 1BP5A 4XXUA 3PD8A 1N0TA 3JYRA 5CMMA 3RY3A 1P1UA 2YJPA 5K2XA 1DPEA 1URDA 5CMKA 3IB0A 2QJEA 2O68A 2ZNUA 3MQ9A 3MJNA 4KPTA 1M5CA 3FJGA 4G68A 1B0LA 4EDPA 1HSEA 1QKBA 4YICA 1P1OA 3U1OA 4DXBA 1I69A 2ONSA 3LSFB 3L6HA 1MM6A 3UN6A 2RCAA 4ELQA 2QPQA 1ZIUA 3B6QA 4AB6A 1EZOA 1T0KA 3H3GA 5H8QB 1A55A 1OVTA 1JW5A 3O2AA 2WKYA 1B7ZA 2XX7A 4IO7A 4DE8A 4HW8A 1NH7A 1N7XA 4EF2A 3FXUA 5H8FA 4R74A 5AA3A 1HSJA 1JW1A 3A3UA 3FVOA 3QXMA 4RA1A 3RQTA 4H67A 4GF8A 2I6EA 2OJTA 4PFTA 2NVUB 3KG2A 4KYDA 4LONB 3FATA 2Z22A 2B3FA 4F1VA 3HCQA 3IAZA 3IR1A 2AL5A 4ZEFA 1J1NA 5AE4A 3CIJA 4H65A 3FUZA 3H7MA 4UACA 3SKPA 2UYEA 3DM0A 4I1DA 1B2HA 3U93A 1NKXA 5JEIA 5DVFA 4RNSA 1A40A 1H44A 1M5FA 3TTMA 3KOSA 4IO4A 1SBPA 1YPNA 2OLBA 2AYSA 3TYHA 4IO2A 4H1XA 1JVXA 2PT2A 3MZ9A 4OHNA 2A5TA 4ESWA 1Y3NA 1N04A 2X7QA 3IOUA 4O3AA 1Y3QA 3L6GA 4GOTA 1F9BA 3UP9A 1OLCA 1SD3A 4F31B 3R26A 5KCJB 3CFLA 4BDLA 3CI8A 5TPAA 1IITA 3OELA 5LOMA 4JDFA 4POWA 1EZPA 1US4A 1MXWA 3IB1A 1MQJA 4LATA 1UIVA 2DWHA 4P11A 1O64A 1B46A 3TODA 3VXBA 3KGCA 4LZ8A 2H99A 1FTLA 5ELVA 1O63A 2XXIA 1NFTA 2V3QA 1IXHA 3SESA 5HM4B 4Z7EA 4DCYA 4MFIA 3PUZE 4TLLB 4QSEA 3K1PA 3DP4A 4ISUA 3FVGA 5I2KB 5I59B 4ONYA 5H8QA 4Q8RA 4ZEKA 5L8DA 4ZZAA 2W7YA 4PP0A 4PFUA 5ICQA 5A5XB 4UA8A 1R9QA 3QUFA 3MP8A 5ITOA 2F97A 4FEDA 1B7UA 4E0WA 3UIFA 3CFZA 3IB2A 4G68C 1IZ1A 5J1DA 1MPDA 4GQOA 5FHMA 2G93A 3AXFA 4POXA 4Q5TA 1DTGA 1RKMA 4G8NA 2YLNA 1MG1A 4I8CA 2B3BA 5B70A 3EN3A 2O51A 3K2DA 2XXHA 1NNPA 3OD7A 2DOJA 1H3DA 4RY1A 4M4GA 3U94A 4OMBA 4X9TA 1POY1 4F2OA 3DP8A 1JVYA 4MF3A 3KJ7A 2Y7RA 3PPOA 4G77A 4OENA 1MY4A 4H5FA 4OFLA 4PFWA 1II5A 4C1UA 3QK6A 3VVDA 3OOAA 3TTLA 5AA2B 5I84A 3OSQA 2Q9TA 3HHGA 4X48A 3OXNA 4KYEA 1OVBA 2I4BA 3G3HA 2XXTA 1B7HA 3PV0E 5F7VA 1XC1A 1BLFA 2XD2A 2RC8A 2ZNSA 4BDQA 1IQ7A 5DEXB 2REJA 2HCAA 4Z0IA 2PMSA 4ZE8A 5KCJA 1Y1ZA 3EHSA 2RF1A 1B1HA 2P0SA 1AMFA 3CRBA 2RC7A 4PFYA 3VLVA 2Y7PA 3HHFA 4XKQA 3D4GA 1Q35A 1H43A 2DXRA 1YCJA 3T9XB 3KN8A 1OIBA 1AH5A 3PUYE 4DXCA 3ONMA 1PEBA 4R9FA 3RPWA 5AA2D 2DQVA 3RT8A 3PU5A 5JTYB 4RPOA 4EQ9A 4ZS9A 2Y7KA 5H8HB 3CFXA 3Q29A 1B3LA 3MVYA 2BJJX 4GXSB 4OESA 1N76A 4RK2A 2D21A 4LA9A 4JWYA 3FXRA 2GH9A 1Y9UA 1B4HA 1B3EA 5I2KA 2DE3A 5I59A 4DLDA 3H4ZA 1MY2A 2DWAA 4F2QA 3RT6B 3IORA 5A5XA 4XIGQ 4ZDMA 1LBBA 2I49A 4KD5A 4THIA 1B52A 3ZS6A 1Y4CA 4XTCQ 2HEUA 4F3SA 3PGFA 4QFKA 1DOTA 2DWIA 1TXFA 2NWJA 4TLMB 3PUWE 4HS7A 1LAXA 1ANFA 1XVXA 3Q27A 3A09A 1B1XA 2LAOA 3C31A 1GV8A 3HV1A 1QUIA 3ZKLA 1OQGA 2VD2A 1LBCA 5K2YA 2Z8FA 3PPQA 3FV2A 1B0HA 2DWJA 1B51A 2H98A 5KDTB 2XX8A 3H6WA 3IOWA 5L9OA 4RK9A 2QL3A 2V3TA 3IOVA 1EH3A 3EHUA 3U72A 1FQCA 4QFOA 3TQLA 3S4UA 2A5TB 3UK4A 5AA2A 3RUMA 3OEMA 3PMVA 1UQWA 4R73A 3MPLA 3TCGA 3V8XB 3MP1A 1FTJA 1ZTYA 1QJMA 3GZGA 1H76A 4GIZA 2PX1A 1I6BA 3HSTA 5TPAB 2HQ0A 2DSFA 4NEDA 1FQBA 5DEXA 1QW0A 5DVJA 4U22A 1PBPA 3O66A 4QFNA 3TCHA 3DLNA 1A54A 4F3PA 1QUJA 4QSDA 3DELB 3K00A 3QAXA 3OSRA 4NF5B 4MH5A 1POTA 3BKIB 2XXWA 5M2VA 3TQWA 1B3FA 3MC2A 4H8IA 2OZZA 2M8CA 1Y20A 1GR2A 1D4NA 5JTYA 2I58A 3T9UA 3S9NC 2AL4A 5H8HA 3EPEA 2RC9A 3DP6A 4H5GA 1Y1MA 4G4PA 1P1QA 1IUDA 5H8SA 4JWXA 2IA4A 1VFEA 3OO7A 4YU0A 1QUKA 1Y3PA 3U92A 3SEVA 4GFRA 4YB6A 1BIYA 1N3XA 5CC2A 5TP9B 4EF1A 3USDA 1LCFA 3LSWA 4IY6A 1P1WA 5EHMA 1B05A 3SETA 4FE8A 5AA4B 1WDNA 2XXQA 5HBCA 2I4CA 4ZEIA 4ZEBA 4NF4B 4R6KA 2F7BA 1Q1KA 4G8HA 1SW1A 1O7TA 1MQDA 5FHNA 2O1MA 3V5AA 5CI5A 2NUVA 3MVWA 3FZVA 2V3UA 3UGWA 2D3IA 4XKRA 1CE2A 2QRYA 3MBPA 3N6UA 3ODBA 1YAEA 3FV1A 1SW2A 3IO6A 5I56B 5KDTA 2PYYA 1MRPA 3VVEA 3TPAA 3FVKA 3K01A 1IIWA 2HXWA 4BDOA 3F11A 4WEDA 3KZGA 4AB5A 5DYHA 4N13A 1A8EA 1PBQA 3WAFA 5FTIA 4KR5A 1SW4A 4GD5A 3TTNA 4YAHX 2RKMA 3MVXA 5CM6A 3C33A 4QSCA 3M8UA 3MWBA 3LSLA 3GBAA 1SVXB 3KFMA 4NF5A 3TZAA 1MXUA 3M3LA 2I0CA 2A5SA 3MZ1A 3PPRA 3PUXE 4NF8B 2R71A 3K4UA 2F7AA 4I9DA 2F36A 4DCXA 2D5WA 3FJ7A 4KCDA 3TELA 3P7IA 2O7IA 2OK2A 1B58A 4F29A 3QIMA 4YKIA 2E0SA 4U21A 1PDAA 1VE4A 2R6GE 1M5DA 4EXKA 2B65A 4U23A 4PE5B 2AIXA 5ISUA 1DPPA 3VXCA 4QF9A 2DS9A 2QS1A 1MH4A 1TWYA 3RTWB 1MQGA 4ECFA 3SEWA 2KLFA 3C4MA 4GXAA 3H03A 3RNNA 3T22A 2VP1A 5TP9A 3RLFE 2F7CA 4LVQA 3G3KA 4FORA 4R75A 5CBRA 2H9BA 2XD3A 4IO5A 4U4XA 5AA4A 1S9TA 3LSXA 2F8DA 3B6WA 3G7WA 4NF4A 5DTBA 4R6YA 1ZBMA 2HZLA 4WEPA 2DE2A 4YKPA 1B9JA 2ZYKA 4OETA 3S9EA 3QUJA 5KZTA 1D9YA 3RTFB 3PPNA 4NTLA 1OMPA 3R7XA 4NWCA 2CZLA 2FA7A 1IXGA 1R1NA 5CBSA 5I56A 2OCUA 1DSNA 5IKBA 2Q88A 2QS4A 1CB6A 4KQPA 3E4RA 3K02A 3GLBA 4BDMA 2F78A 5BWJA 4F39A 3CG1A 2NXOA 3OO6A 2XXVA 2DE4A 1B40A 3OMBA 4O3CA 2PBWA 4F3GA 2HAVA 2O7UA 4OWDA 1MDP1 3UORA 1USYH 3CVGA 4LUBA 3FGSA 1UIUA 3SERA 2I3WA 1UTHB 1P99A 3N6TA 4OTEA 4R2FA 2F6PA 1EU8A 1LAFE 3ECRA 1URGA 4TQUQ 1RYOA 3EF7A 4NF8A 3U8QA 5ITPA 3B6TA 4G8MA 4IGTA 1N84A 2Z8DA 4ELOA 3JZJA 4ZEDA 2O69A 2I48A 5DT6A 5L9MA 3MPKA 1L5TA 4F18A 2ZYNA 4OEVA 2ONRA 3PPPA 4HTGA 4DZ1A 2NOOA 3KN3A 1IXIA 4OFOA 2UYFA 3Q28A 1GVCA 4QFLA 1DTZA 2PT1A 2RINA 3OENA 4YKKA 4KI0E 2GHBA 1XVYA 4QFPA 3FIRA 1OQHA 4GWOA 4ESXA 4ELPA 1N3WA 1OLAA 3OO9A 4ND9A 1IXCA 4ELRA 3EHTA 3BFUA 4Q0CA 3HN0A 1H45A 3M3FA 4BDRA 4LQ5A 4ZE9A 1MPCA 1YTVA 1LAGE 5I57B 3LR1A 3MUQA 3K1NA 3T9HB 3SDFA 3E9XA 4BDNA 4KHZE 4GL0A 3S2VA 4OXVA 2CMOA 2FYIA 2QS3A 4I62A 1IEJA 4N07A 3C9HA 3O6IA 4MLVA 1NNKA 3LUYA 3FASA 4P0GA 4OYVA 1FQEA 2VHAA 4C0RA 4YKJA 3O6GA 3THIA 4FEBA 3HPIA 4F19A 1MXZA 1LFGA 1TFAA 3CG3A 5I58B 1D9VA 1NMUA 4EQ7A 1MQHA 2H5YA 1P1NA 1ZKBA 1MQIA 1VR5A 2I0BA 3IL1B 3MZBA 3QSLA 3OO8A 4U1OA 2DXYA 4F1UA 3K6VA 1B5JA 3TTKA 3BFTA 5HPQA 1QULA 5AA1A 2XXRA 3O97A 3O28A 2VGQA 2XXUA 5TU0A 4FJPA 4F22A 3K6WA 3EQ1A 3N26A 2UVJA 4HCWA 4XKNA 3T9VA 1UTHA 3K6UA 3MAMA 3IX1A 3TAJA 4F3BA 5EHSA 1FTOA 4FIMA 1AOVA 1LFHA 3KOTA 1FQAA 1I6QA 1DMBA 2VOZA 2Y7WA 4OFJA 1AIVA 3VFJA 1MY1A 2VD3A 2Q2AA 1RYXA 5CMCA 3TFLA 4LZ5A 3O29A 2HZKA 4GRKA 1FTMA 2HAUA 5I2NB 1NL5A 1JW4A 1FCKA 3S9MC 1ATGA 3KJTA 1WODA 3PMXA 3S9LC 2ONKE 1LB8A 3MP6A 1PB8A 2UVGA 5L9SA 3CSBA 4FECA 5I57A 2X7PA 2DP8A 1MDQA 4RJZA 5JK4A 3FJMA 4EQBA 4EUOA 3VLUA 1VFDA 2G29A 3UA8A 4O3BA 3KEIA 3FXQA 4GVOA 3JV9A 2OWSA 2XXPA 2GHAA 1N7WA 4G2ZA 3G3JA 2HFBA 1MS7A 3T93B 2F34A 3O6HA 2QS2A 2FNCA 2ZMBA 1SI0A 4R2BA 1MXVA 2XXXA 4ZECA 2R9JA 2F5XA 5I58A 3G3GA 3IOTA 1S50A 3I5OA 3CR9A 3VV5A 5BUUA 3PUVE 1XHYA 1ZJLA 4LQ2A 2DVZA 2P2AA 1USYE 1AL3A 1FW0A 1Y4TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NNTA 2Z23A 4NE4A 2Y5KA 3HO7A 3E13X 1A8FA 3H06B 3FD3A 1LGBC 1VSOA 2UVHA 1B5HA 4N8YA 2YPNA 2MKZA 1JETA 4R6HA 2F3DA 1NH8A 3MW0A 3G3FA 1IMAA 4U2RA 4PE3A 4P3LA 2O84X 4P56A 4Q30B 4OERA 3V83A 1QKAA 4IGRA 4OVSA 4O8MA 3VE1B 3IJXB 4OQOA 3ILTB 4DXUA 2XWVA 3K1MA 1ELJA 1SQYA 3LBSA 2XX9A 3SEUA 1JNFA 1TFDA 5FTHA 3K0VA 3Q26A 2PVUA 3ILUB 4U1ZA 2Q8JA 3Q25A 2GFEA 3PD9A 1EZ9A 2FBPA 3RN8A 1QVSA 2FVZA 3WAEA 4HE0A 1I6AA 2IEEA 4O7MA 2P1SA 2RCBA 3B7DA 4H0WA 3GXAA 3N94A 5I2NA 1LSTA 4N6PA 3KN7A 1LLSA 2ZNTA 4JB7A 3T1BA 1G0HA 4N15A 4HXVA 4NF6B 3KSJA 3QYTA 2E1SA 3K6XA 3O9PA 4MNIA 3C32A 4P1LA 1PC3A 1FBDA 2ABHA 1NUYA 4MBPA 5IAIA 4AQ4A 2ZYMA 4WXJA 4X1DA 1GTKA 4PETA 3TKDA 1A7LA 2XHDA 2XA5A 2QVRA 3TMGA 5I3SA 2B4MA 3BIGA 3A3CA 3W15C 4FATA 3OEKA 5FHOA 1UTBB 5F1QA 1LBVA 3ROJA 4OEUA 1SYHA 4H6DA 4QXDA 1B32A 5H8NB 1KWHA 1A99A 1B5IA 1PB9A 4GX4A 2GRVA 2Y84A 4YMBA 3HFUA 4FAJA 2F6GA 1Z7NE 4JWOA 1NUWA 1D3KA 1R6ZA 4DDDA 2OWTA 4ZZEA 3H6VA 3E3KA 4EXLA 5CRYA 3BBRA 4L17A 4NWDA 4IB2A 1LAHE 3MVZA 4XFEA 2THIA 4LZ7A 1LFIA 5ICTA 3PMWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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