4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
source organism Enterococcus faecalis
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
1MRPA 3BKIB 3PGFA 4M4GA 3TAJA 4AB5A 3OD7A 3CFZA 3LBSA 4QSDA 1B46A 2E0SA 1F9BA 1JETA 2DXYA 3M3KA 3CSGA 3RN8A 4ISUA 5H8QB 1DTGA 1GR2A 5H8HA 2F78A 3PMWA 1N3WA 2ONKE 4U1OA 1ZJLA 2UYEA 3JYRA 4AB6A 4QFLA 4JDFA 3F11A 3FUZA 4ECFA 3Q29A 1B9JA 4DXUA 4U1ZA 4XKRA 2HCAA 4GFRA 4PFTA 1A8FA 3MQ9A 4JB7A 3OO7A 3KFMA 2UVJA 3G3FA 1QKBA 4F3SA 5KDTB 4OENA 3CG3A 1MM6A 1IITA 1WODA 4H5FA 4RY1A 4M1VA 3MVZA 3GZGA 1B0HA 2B65A 3T9VA 1NMUA 3EQ1A 1VSOA 1URDA 3K4UA 2G29A 3K6WA 4R75A 3IO6A 1WDNA 4FE8A 3CFXA 2I6EA 4Z0IA 1B1HA 1JEUA 4EDPA 2RC7A 4XIGQ 3TZAA 2GHAA 2GH9A 3CIJA 1PB7A 1US5A 2I4BA 4OEVA 5CI5A 5FTHA 3IL1B 3H6WA 3SEVA 1RYOA 3VV5A 1MQJA 4P0IA 3KZGA 5H8NB 2PMSA 1MY1A 3K02A 1NFTA 1SW1A 4ZZEA 2AL4A 4C1UA 1MH4A 5FTIA 2D5WA 3ODBA 4I8CA 2KLFA 2F8DA 2F5XA 1I6AA 4IO3A 2XXQA 4ESWA 3FJMA 3S9LC 2GFEA 1USYE 5ICTA 2H98A 3K2DA 4GXAA 3IOUA 4IY6A 1DPEA 3R7XA 4GQOA 1P1QA 3TODA 1GV8A 4Z7EA 2Q89A 4PETA 2RINA 2RCBA 1JVXA 3H6TA 2VD2A 3IORA 5EHMA 3RPWA 4QHQA 1EZ9A 4YKIA 3KG2A 2DWJA 2XX9A 2XXHA 3CG1A 4LUBA 4YICA 1PDAA 4X1DA 5TU0A 2H9BA 1GGGA 1UIVA 1D3KA 2GHBA 1Y20A 3B6TA 4NWCA 1D9VA 3CVGA 1L5TA 2XXPA 1IZ1A 1N84A 4XKPA 2PT2A 2GRVA 2DQVA 4YMBA 2UXAA 3KN7A 4OWDA 2F36A 4AQ4A 4FEBA 3KJTA 1B2HA 4NMYA 4LZ5A 2HFBA 4R6YA 3PUXE 5TPAB 4IY5A 4XKQA 3MZ9A 4F18A 1B05A 4ONYA 4XKNA 3O2AA 3I3VA 4GLIA 1ZMGA 2Y7KA 1EZPA 2V3QA 2ZMBA 3B6QA 2QL3A 4OEUA 5EYFA 3ILTB 3LSWA 2H4IA 4LQ2A 4F3BA 3EHTA 3G3KA 4I62A 4HCYA 2ZNSA 3OMBA 1MDP1 1VFEA 2XX7A 4KYEA 4YKKA 4EQ9A 3VXCA 3MAMA 5JTYB 3O6HA 3FXUA 4PFYA 3I6VA 1YPNA 2OK2A 1OVBA 2I3VA 1IUDA 1UTBB 4BDLA 3HHGA 3KJ7A 5CMBA 1PB9A 4G77A 3E13X 4NEDA 5H8FA 5K2XA 4YZZA 3LSFB 3PMVA 2Z22A 4YAHX 1MY0A 2QMXA 3SESA 1FTOA 5L9OA 2NXOA 3T9UA 1XVYA 2QPQA 3PPQA 3UIFA 4O3CA 4NF8B 1PBPA 1BKAA 5CRYA 3GBAA 1ANFA 3UK4A 2H5YA 3BFUA 1XT8A 2HZKA 1MPCA 3U94A 3OO8A 1OLAA 1OQHA 3M3FA 2BJJX 4ESXA 4R2FA 3MP1A 4WEPA 3T9XB 2HXWA 3MWBA 4GRKA 5JTYA 1MM7A 4NF6A 2XX8A 4IO7A 1IXIA 3TQLA 4YMAA 4U4XA 4LVQA 3PU5A 5DT6A 3T66A 5HM4B 1Q1KA 3EF7A 3W9WA 4F2QA 5I2NB 3FJGA 1UTHB 3SETA 3FVGA 2Y7PA 3K6UA 3H6VA 4NF8A 3ZS6A 4H0WA 3O66A 2V3UA 1US4A 2ALUA 1HSEA 2P1SA 4F3GA 5CMMA 3LR1A 1DTZA 4FIMA 2F6PA 1LAFE 2VP1A 4LZ7A 5HBCA 4F1YA 1FQBA 4O3AA 2OWSA 3KBRA 4JBZA 2DE3A 3RY3A 2F34A 2DWIA 2ONSA 2NVUB 1TFDA 2V93A 3TELA 1MXYA 2X7PA 1AMFA 4JWXA 2W7YA 1M5CA 2M8CA 3O6GA 3ZKKA 3DP8A 4JXIA 2XXWA 1B40A 2RC8A 3C35A 1SI1A 5H8HB 2Z8EA 2I3WA 3IB1A 3TTNA 1I6QA 5ISUA 4DCXA 4F3PA 3VFJA 1TT1A 4X1BA 1M5EA 3TKDA 3M3LA 4BDMA 4ZECA 3IJOB 2I0CA 3WAFA 1B3EA 2O68A 3DP6A 4LA9A 2DSFA 2A5TA 1MY3A 4YU0A 2QS3A 1Y3PA 1ZIUA 1LCFA 3QSLA 1XVXA 1NNTA 1SDXA 3U92A 1H43A 4R72A 4OMBA 4FORA 3HHFA 3Q28A 4OETA 4NWDA 2X26A 4H1XA 1P1UA 3K0VA 4QRZA 1VE4A 2RC9A 2VD3A 4NE4A 4XTCQ 4EXKA 3MPKA 4OFLA 5JK4A 4ZE8A 1MH3A 4OFOA 3RLFE 3O9PA 2DVCA 3C4MA 1FQAA 2Q8JA 4OTEA 1RYXA 1N0TA 4H6DA 1B4HA 2ESNA 1S9TA 1N04A 2DE4A 1SI0A 3FJ7A 4EQBA 4F31B 1NNPA 2DVZA 1QUIA 2YPNA 3R26A 3GBBA 3OO6A 4GF8A 1DOTA 1PC3A 2OJTA 4POXA 2RCAA 1Y3QA 1YAEA 4WEDA 3MP6A 3U8QA 1N76A 4PE5B 3V5AA 3TCHA 4IB2A 3FATA 1R1NA 4C0RA 2YJPA 4G68A 1B7UA 3THIA 4GL8A 3QXMA 3IO4A 2ZYKA 4G2ZA 1FTMA 1VR5A 4GXSB 3TQWA 3S9EA 2A5SA 4U21A 2Y7WA 3CI8A 3FGSA 1O64A 3MZ1A 4OERA 5DVFA 2XXTA 1FTLA 3MBPA 4F39A 5ITPA 5CBSA 3PPNA 3PUVE 3OELA 1OMPA 3KSXA 5I58A 2DE2A 3TTLA 1I6BA 2Y7RA 5CMCA 1USYH 3TFLA 3IJXB 2DS9A 2D3IA 3B6WA 1A8EA 5JEIA 3O6IA 4DDDA 1XS5A 4ZEKA 3VLVA 3RUMA 4HW8A 1QUKA 3K01A 4DLDA 4G8NA 3GLBA 3VXBA 3EHUA 3VE1B 3IOWA 1O7TA 2QRYA 2NOOA 1SW4A 3ONMA 3FVNA 3LSLA 3KGCA 4NF5B 3T22A 1LFHA 3K1NA 1JW1A 3SEXA 4PQJA 3Q26A 4WKMA 1QKAA 4H8IA 2V3TA 4DCYA 3Q27A 3CSBA 1B58A 3BFTA 3RGYA 1A99A 4R73A 2E1SA 4I1DA 2I0BA 3MUQA 4YB7A 5F7VA 5FHOA 3SDFA 1MQDA 3O97A 5ITOA 4DZ1A 3KN8A 4U4SA 4OVJA 4FEDA 1ZU0A 4E0XA 4BDOA 1IXGA 4MLQA 3CR9A 5DVIA 1Z7NE 2Q9TA 1MS7A 1XHYA 3VLUA 1R6ZA 4U23A 1QVSA 4QF9A 2LAOA 4C1TA 4P11A 5AA4A 4NF5A 4NF4A 3G3HA 5L9MA 3S2VA 3RQTA 2F7BA 3PD9A 1IXHA 1NNKA 3MW0A 4UACA 1MXZA 2R6GE 2ZXTA 5AA2A 3LSXA 4Q8RA 4DIGA 2OCUA 1YCJA 1B52A 4KCCA 3A09A 5H8FB 2D21A 1OLCA 3FVKA 3H7MA 4YB6A 4R9FA 2Y84A 1P99A 3HCQA 4H67A 3S9MC 3R6UA 2F35A 1NNFA 3QUJA 3HO7A 1R9LA 1BP5A 4GD5A 1B6HA 3IB2A 1AOVA 2XD2A 1ZLQA 1RKMA 1GTKA 4X48A 3FIRA 4TQUQ 1LAHE 3CRBA 4LZ8A 1HSJA 2PVUA 3VDFA 3B7DA 4NF6B 1EZOA 4KYDA 1S50A 2ZYMA 3IOTA 5F1QA 2F7AA 1LLSA 3QYTA 2Q88A 4HTGA 2B3BA 2FNCA 1B3FA 2O69A 3QIMA 3C31A 2AYSA 4JWOA 4F19A 4ND9A 5FHNA 4E0WA 3V8XB 3MC2A 1PB8A 3RT6B 1MPBA 4MLVA 3TTMA 1XC1A 2DXRA 3E4RA 1D9YA 3IAZA 4N13A 2VHAA 4K3FA 4JSDA 1BTJA 2O1LA 4ELOA 1DMBA 5CC2A 3K00A 1SW2A 3DLNA 2O1MA 4MF3A 3TUSA 3I5OA 3K6VA 4KYSA 2VOZA 4F1VA 1I69A 4RNSA 1EU8A 5AE4A 1AL3A 5LOMA 3MVWA 2O84X 2XXXA 4F22A 1SW5A 2PT1A 3KSJA 1TWYA 3N94A 4P0GA 1H44A 1Y4CA 4H5GA 1ZKBA 2F6GA 3HPIA 4THIA 3QAXA 5L8DA 4ZS9A 1XOCA 4PFUA 4BLAA 1MQHA 1UQWA 3M8UA 3USDA 4LONB 1R9QA 2XXYA 1KWHA 5I56B 4QSCA 3A3CA 5M2VA 3FD3A 2QSXA 3FASA 4IO5A 3WAEA 5CM6A 1A55A 1BLFA 1TXFA 5BUUA 1H45A 3TMGA 1ZTYA 3MJNA 4EF1A 2A5TB 4U22A 2Z8FA 4OFJA 4IO6A 2X7QA 3PPPA 3PMXA 4KCDA 4R2BA 5DEXB 4MBPA 3MVYA 3C9HA 3G3JA 2AIXA 4N6PA 5TP9A 4JWYA 3DELB 3TEPA 3PPOA 4ZEIA 3KOSA 4GL0A 2RF1A 1LBCA 3SKPA 5DTBA 3IX1A 2IEEA 4EXLA 1S7YA 5I56A 3H6UA 2P0SA 3FZVA 2G93A 2Y7IA 1JVYA 3TPAA 2NUVA 3SEYA 3RTFB 1ELJA 1FW0A 3OXNA 3HSTA 1MQIA 3FVOA 3U93A 5I2KA 1N7XA 1MXXA 5ELVA 2THIA 5A5XA 2HQ0A 2ZNTA 4FAJA 2QMWA 4IGRA 4RYAA 4FECA 1Y1ZA 4OZ9A 4DXCA 1LGBC 4KR5A 3KOTA 3ECRA 5DEXA 1P1OA 3SEWA 3IOVA 1M5FA 2XXVA 5I59A 2REJA 2Z8DA 3HN0A 1QULA 4HS7A 3L6GA 1LSTA 2Z23A 2I4CA 4KI0E 1B5JA 3TCFA 2Q2CA 4G68B 1FQDA 4BDNA 3PV0E 4G8MA 4BDRA 2YLNA 4G68C 1MQGA 3U72A 4ZDMA 3K1MA 2O7UA 3BBRA 2AL5A 4OQOA 3K6XA 1A54A 3RTWB 5I58B 3ZSFA 1NKXA 1SBPA 4EQ7A 1B32A 1IXCA 2XHDA 5KCJA 3T96B 4OESA 4ELQA 5K2YA 1N3XA 2OLBA 4X9TA 1SD3A 3VVEA 3H03A 5CMKA 5IKBA 4GOTA 1JNFA 4KFQA 2CMOA 2Q2AA 1Y9UA 1FCKA 4QSEA 2UVIA 5H8QA 2DWHA 1B3LA 3HV1A 3OO9A 2O7IA 1POY1 1CB6A 5FHMA 3UA8A 3T9HB 3V89B 3O28A 4R74A 5B7DA 2REGA 4RPOA 5CBRA 3MPLA 5AA3A 2ZNUA 3KEIA 3N5LA 1P1WA 2XD3A 5L9SA 3JZJA 5I84A 3E3KA 1PBQA 1LFGA 1PEBA 2ZYOA 2O51A 1OIBA 4LATA 3DM0A 4EUOA 2ONRA 5J1DA 1IQ7A 3FXRA 3SEUA 4YB5A 3S4UA 1AH5A 1JEVA 5I57B 4F2OA 5KDTA 2XXUA 3MVXA 4R6HA 2HAVA 4ELRA 1B1XA 4Q30B 2R71A 3PPRA 2P2AA 4NTLA 4BDQA 4POWA 4LP2B 2HZLA 4ZE9A 3V83A 4GVOA 4ZEFA 3MZBA 5AA4B 1M5BA 4NF4B 4YKPA 1B0LA 1MXWA 3TTKA 3GXAA 2I49A 3K1PA 3FV2A 1Y3NA 4RXLA 3VLWA 4OYVA 4G8HA 1SYHA 4U2RA 3VVDA 5AA2B 1FTJA 1H3DA 1IIWA 3C34A 4PP0A 5HPQA 5AA2D 5EHSA 4ZEBA 3OENA 1QJMA 4KD5A 3D4GA 5I57A 3O29A 5H8NA 2H25A 2ZYNA 3TCGA 1NH8A 1M5DA 1OVTA 1B5HA 3L6HA 2F7CA 4F29A 1B7ZA 3D4CA 4GWOA 3TYHA 1FTKA 3UP9A 2UYFA 4FJPA 5DYHA 1D4NA 3LUYA 1WVJA 4UA8A 1MY4A 1FQFA 2VGQA 5IAIA 4KPTA 2H99A 4JSOA 1B4ZA 1B51A 4I9DA 3PUYE 1GVCA 5AA1A 2QJEA 3QK6A 1P1NA 5ICQA 1EH3A 4LQ5A 4RK9A 2HAUA 2B3FA 3EPEA 1T0KA 1II5A 3C33A 3UORA 4G4PA 4TLLB 4QFPA 2QS4A 3H3GA 1Y4TA 5KZTA 2RKMA 3C32A 1LFIA 2PX1A 1URSA 1POTA 2DOJA 4QFOA 4DXBA 3EHSA 1LB9A 4R9GA 1LB8A 3PUZE 1SQYA 5DVJA 1J1NA 4F1UA 1FQCA 4RK2A 1AIVA 3RT8A 4XXUA 1O63A 2DYXA 1B7HA 1MPDA 3G3GA 3Q25A 2UVHA 2I48A 2QS1A 2FA7A 1LBBA 5TPAA 3N6UA 1QW0A 4RJZA 1OQGA 3OSRA 2XXIA 3DP4A 5B70A 1JQFA 2XXRA 1MG1A 1N7WA 2DWAA 3IR1A 3LC8A 4YKJA 4RA1A 2R9JA 4L17A 3TTRA 1FQEA 3UGWA 3IB0A 4KHZE 4MH5A 4TOZA 1H76A 4Q5TA 3T93B 3OEMA 1Y1MA 2ANJA 1LAXA 3FXQA 3QUFA 2QS2A 4R6KA 3CFLA 3RNNA 4WXJA 4ZEDA 2OBGA 1LAGE 1TFAA 4IGTA 1MXUA 1UTBA 3E9XA 4N07A 1JW4A 3SERA 1QUJA 3N26A 5TP9B 4EF2A 3IK6B 4FATA 2ABHA 1ATGA 2PBWA 1BIYA 2WKYA 1A40A 2HEUA 2FYIA 1Q35A 4QFNA 3ILUB 2PYYA 4OXVA 1MDQA 3EN3A 3H4ZA 4H65A 3S9NC 1UIUA 3OSQA 3U1OA 5H8SA 3OOAA 4RPNA 1Z7ME 1NL5A 5I2KB 4ELPA 3ZKLA 4DE8A 2OZZA 3KN3A 2OWTA 5A5XB 4Q0CA 3PD8A 1NH7A 2I58A 1HSLA 3PUWE 4PFWA 4QFKA 1A7LA 1MXVA 3G3IA 4O3BA 5I59B 4HCWA 1YTVA 5BWJA 1VFDA 3UN6A 3W9VA 1MY2A 3VVFA 2O6AA 1SYIA 1CE2A 5I2NA 1B5IA 1UTHA 1ZBMA 2CZLA 3N6TA 4MFIA 1LCTA 3W15C 3FV1A 3JV9A 1JW5A 4KQPA 2V25A 3A3UA 2F97A 3H06B 1IEJA 3C36A 3TDJA 3G7WA 3MP8A 2IA4A 1SVXB 2NWJA 4IO2A 4ZZAA 1DSNA 4H8JA 4IO4A 2DP8A 4GIZA 1URGA 3P7IA 1DPPA 1B3HA 2V84A 4OHNA 3OEKA 3AXFA 5KCJB 1B3GA 2UVGA 4TLMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MRPA 3BKIB 3PGFA 3QMFA 4M4GA 3TAJA 3A29A 4AB5A 3OD7A 3NOHA 3CFZA 3LBSA 4QSDA 1B46A 2E0SA 1JETA 1F9BA 2DXYA 3M3KA 3CSGA 3RN8A 4ISUA 4NAPA 5H8QB 2Q8MA 1DTGA 1GR2A 5EQ9A 5H8HA 2F78A 3PMWA 1N3WA 2ONKE 4U1OA 1DK4A 1ZJLA 2UYEA 3JYRA 4AB6A 4QFLA 4JDFA 3F11A 3FUZA 4ECFA 3Q29A 3T1BA 1B9JA 4DXUA 4U1ZA 4XKRA 2PFZA 2HCAA 4GFRA 1NV7A 4PFTA 1A8FA 3SZPA 3MQ9A 4JB7A 1LBZA 3OO7A 3KFMA 2UVJA 3G3FA 1QKBA 4F3SA 5KDTB 4OENA 3CG3A 1MM6A 1IITA 1WODA 4H5FA 4RY1A 4M1VA 3MVZA 3GZGA 1B0HA 2B65A 3T9VA 1NMUA 3EQ1A 1VSOA 1URDA 3K4UA 1EYKA 2G29A 4GWYA 3K6WA 4R75A 3IO6A 1WDNA 4FE8A 3CFXA 2I6EA 4Z0IA 1B1HA 1JEUA 4EDPA 2RC7A 4XIGQ 3TZAA 2GHAA 2GH9A 3CIJA 1PB7A 1US5A 2I4BA 4MMPA 4OEVA 5CI5A 5FTHA 3IL1B 3H6WA 3SEVA 1RYOA 3ROJA 3VV5A 1MQJA 4P0IA 3KZGA 5H8NB 3D1RA 2PMSA 1MY1A 3K02A 1NFTA 1SW1A 4ZZEA 2P3VA 2AL4A 4C1UA 1MH4A 4XF5A 5FTIA 2D5WA 3ODBA 4I8CA 2KLFA 5DW8A 4MHFA 2F8DA 2F5XA 1I6AA 4IO3A 2HHMA 2XXQA 4ESWA 5FBPA 3FJMA 3S9LC 2GFEA 1USYE 5ICTA 4OA4A 4P8BA 2H98A 3K2DA 4GXAA 3IOUA 4IY6A 1DPEA 3R7XA 4GQOA 1P1QA 3TODA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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