4ELPA

Ferric binding protein in apo form 2
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
TLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Metal transport
molecule keywords Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
publication title Crystal structure of ferric binding protein A
rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 109
structure length 308
sequence length 308
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4elpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4elpA02
1QVSA 1AIVA 4UACA 2O1MA 2XX7A 4U4XA 3CG1A 3OEMA 2YJPA 5HM4B 4QFPA 1B0HA 3K1PA 3PD8A 3IOVA 1JW5A 4IB2A 3U92A 1IEJA 4P0IA 3O97A 3S2VA 3N26A 3HCQA 3T96B 1BTJA 3MC2A 3FV1A 4N6PA 2QSXA 4K3FA 1MG1A 3ZSFA 1T0KA 4QSDA 3FVOA 5H8QB 1MY4A 4P0GA 3HPIA 2NOOA 4AQ4A 4KD5A 4LZ7A 4KHZE 1SI0A 3WAFA 4PFWA 3C31A 3FJMA 1OMPA 4N13A 1KWHA 3S9MC 3GZGA 3V89B 2HXWA 2O7UA 5CMCA 1MDQA 2PYYA 3B6TA 3TZAA 3IB0A 3N6UA 4YAHX 4AB5A 3EPEA 1NNTA 4NF5A 4ELOA 3RT6B 1YCJA 1OIBA 2XX8A 4G68C 1B0LA 1DSNA 2Z8FA 2DWIA 3W9WA 3EN3A 4OERA 3MW0A 4DCYA 3VE1B 2FYIA 4WXJA 4NF8B 3PV0E 1HSJA 3OEKA 3SDFA 3Q29A 2NUVA 3TTNA 3Q25A 3DP6A 5I56B 4EQ9A 3I5OA 2V84A 3K01A 3V8XB 1FQEA 4ONYA 4BDOA 5CMBA 3PGFA 2QS2A 3JZJA 4KPTA 5M2VA 4JWOA 2I58A 5A5XB 4ECFA 3TMGA 4JSDA 3HSTA 4H65A 4IO7A 1YAEA 5ITPA 1N3WA 3MBPA 3MVYA 5DEXB 1SW1A 1PDAA 1B3LA 3QSLA 1Y9UA 3MWBA 4IO4A 3FJ7A 4PP0A 1ELJA 4DCXA 3FV2A 4EQ7A 4PQJA 4LQ5A 1IXGA 1FTJA 1QKBA 2UVGA 4FEDA 4GXSB 3VVEA 5KZTA 2XXQA 4FJPA 3VV5A 3IO6A 4XKRA 1JVYA 5H8FB 5IKBA 4F39A 2QMXA 3UK4A 2DWHA 2Q2CA 3C34A 3KZGA 2P2AA 1JETA 3HHGA 1B51A 3THIA 1XVYA 2I3WA 4L17A 4N07A 4MLVA 4TLMB 3TELA 2DS9A 4LZ5A 2A5TB 3OO9A 1A8EA 2X7QA 1ANFA 1M5BA 1FTMA 3OO6A 2OLBA 2DVCA 3ILTB 2REJA 1B1HA 2E0SA 1I6AA 2HZLA 4GRKA 2XX9A 3UP9A 3TQWA 5B7DA 2GFEA 2ESNA 3DP8A 4GD5A 2H98A 1SYIA 1MQIA 2QS4A 4ZE8A 3IOWA 1DMBA 4QFLA 2ALUA 5CMMA 1P1OA 4G68A 1PC3A 4R2FA 2NXOA 1SW2A 3Q28A 3H3GA 3K2DA 1OQHA 1LGBC 3MP8A 3PPPA 4LUBA 4OHNA 4YKJA 1JNFA 2XXTA 4ELRA 2ZYMA 5CBSA 2IA4A 3MVXA 1RKMA 1SDXA 4KYDA 1ZU0A 1FQBA 3H4ZA 3IJOB 3RGYA 1MRPA 3G3JA 1DPPA 4OFJA 1AL3A 2RC8A 3UGWA 4RK9A 2RC7A 3RN8A 1XC1A 3ONMA 1USYH 4ZE9A 1O63A 4RY1A 4HW8A 1P1NA 2A5TA 3CFLA 5CMKA 1QUIA 5ITOA 1Q1KA 3FVNA 4R6YA 3KG2A 4JSOA 1UTHA 1PBQA 5I58A 4OFOA 3TCGA 1IUDA 2O1LA 3JYRA 3UORA 4O3BA 3E9XA 3R26A 5H8NA 3RTWB 4NF4B 5H8HA 4IO6A 4KQPA 1J1NA 4FEBA 1R6ZA 4LA9A 2ZNTA 4LVQA 4X1BA 1S50A 2R9JA 2XXWA 4R72A 3TUSA 2HCAA 1XT8A 3OD7A 2Q89A 4QFNA 4YB6A 1AMFA 4ZZEA 4YMAA 5KCJB 3SETA 3SEXA 4YU0A 3OSQA 2A5SA 3MPKA 4F3GA 1Q35A 2P1SA 1Y3QA 4BDLA 2VP1A 3E4RA 4FECA 3VFJA 4OETA 3CIJA 4X9TA 3T22A 4H8JA 1B05A 2PT2A 4U1ZA 2B3BA 4OEVA 1US5A 2F34A 2PX1A 3KN8A 3LBSA 3MVZA 2V3UA 1P1WA 5ISUA 3T9XB 3FXUA 1B3HA 2X7PA 4LONB 1B7HA 3MAMA 4DDDA 2Z8DA 1IITA 1BP5A 3S4UA 2Z22A 3RTFB 3SEYA 4DXCA 4QF9A 3VVDA 4BDQA 3K6UA 1SI1A 4M4GA 4WEDA 2PMSA 5HPQA 4PETA 3QXMA 3CG3A 2ONKE 2ZXTA 1MXWA 5KCJA 1FCKA 4ESWA 1GTKA 3K6XA 3RY3A 1SYHA 2VD2A 1MM6A 3S9LC 3OOAA 1R9QA 3IAZA 1XVXA 2KLFA 1RYOA 2X26A 1OLAA 1N3XA 4IGRA 4FORA 1XOCA 4R75A 1BLFA 4OEUA 1XHYA 3MZ9A 5TP9A 1ZTYA 3GBAA 5AA2A 4JB7A 3RNNA 2R71A 2OBGA 5L9MA 3B6QA 3QAXA 4ELQA 3H6VA 3QYTA 3LR1A 1TFAA 4H0WA 2H25A 1B46A 3R6UA 2D5WA 3H06B 3IK6B 4GFRA 4NF5B 2CZLA 1FTKA 1YTVA 1JW4A 3CVGA 1USYE 2ZYNA 1I6BA 2O7IA 4XIGQ 2PBWA 4IY5A 2XXIA 2FNCA 1B6HA 1M5FA 1A54A 3C36A 5CRYA 3MP6A 3UA8A 3OO8A 3QIMA 2XXPA 5DYHA 4HS7A 3ZKLA 3T66A 2RKMA 5EYFA 1L5TA 4I9DA 4KCCA 4NF6B 1VFEA 1P99A 3PU5A 2QPQA 2M8CA 1Y3NA 4C1TA 4H5FA 2Y7IA 1FQDA 1VFDA 1SVXB 5I2KA 2OZZA 2XXXA 3MPLA 1R1NA 1LB9A 4XKNA 5FTIA 5K2YA 2I4CA 4RK2A 3OO7A 5AE4A 4EXLA 5AA4B 3TFLA 4EUOA 4O3AA 4F2QA 1NH7A 4OTEA 4TLLB 3FASA 3A3UA 2F36A 1JEUA 3TTLA 3BBRA 3LUYA 5HBCA 3TTKA 3OENA 4XKQA 5EHMA 4IO2A 2F7CA 2HAVA 3KJTA 4RJZA 4PFUA 5TPAA 1MS7A 4HTGA 2DVZA 1D4NA 3BKIB 4G8MA 4F2OA 2BJJX 2F7AA 5JTYA 4ZEBA 4KCDA 4NF6A 4XTCQ 3H03A 4ISUA 5H8SA 1MQGA 2DQVA 3FUZA 1ATGA 4GIZA 5AA1A 3EHSA 3T93B 1H45A 5CM6A 4G68B 5ICTA 2O69A 4ESXA 5AA4A 5ICQA 2QS1A 3G3IA 3MQ9A 4U23A 3VLVA 3U94A 2V3TA 5CC2A 2REGA 3SEVA 1MH3A 2DP8A 1A8FA 3SESA 3SKPA 3FXQA 4IO3A 1NKXA 2XXRA 1NMUA 1VR5A 4QFKA 3W15C 3SERA 4DE8A 1N0TA 1S7YA 3ODBA 1WDNA 1UTHB 3LSFB 4JDFA 3VXCA 1B52A 5I58B 3T9UA 1Y1ZA 3KSJA 3K00A 1MY3A 5B70A 1MY1A 4ND9A 2XXVA 2Y7PA 1MPCA 4H1XA 2OWTA 4OYVA 1B5JA 5H8NB 1II5A 4DXBA 1URDA 1Y1MA 3E3KA 4EF1A 5H8HB 3ILUB 4FIMA 4C1UA 1LFGA 5BUUA 4C0RA 2OK2A 1ZKBA 5FTHA 3G7WA 4JWXA 4R9GA 3OSRA 1LSTA 1TWYA 3PUYE 4ZECA 4QSEA 4EXKA 4I8CA 4JXIA 4OFLA 4R2BA 4F3BA 2I49A 1MQJA 1AOVA 2CMOA 1LAXA 1JQFA 2HZKA 2H4IA 3JV9A 4R74A 1H3DA 2DWAA 4ZZAA 3A09A 5I2NA 3EQ1A 4X1DA 1SQYA 1N04A 2OWSA 2O68A 3U8QA 3KEIA 3T9VA 1CB6A 4NWDA 3PPRA 3TODA 3MZBA 2O6AA 4G8HA 2B65A 2VHAA 5EHSA 2HEUA 1EZ9A 1FQFA 3USDA 4OESA 2XHDA 1H43A 1QULA 1UTBA 2UXAA 3C4MA 1ZIUA 3N6TA 3VXBA 3MP1A 2UVJA 4NE4A 3RLFE 2G93A 2XD3A 3CSBA 4ZEDA 5AA3A 1B40A 3IOUA 4OVJA 1SD3A 4QFOA 3FVKA 2ZNUA 3LSXA 1FQAA 2VD3A 1MXUA 3MJNA 3RQTA 1MQDA 1NH8A 2ANJA 3LSWA 1DTGA 5LOMA 3VLUA 4ZEIA 3PUVE 3IJXB 2AL4A 1GV8A 3U72A 1WODA 4DIGA 3RPWA 1ZMGA 1NFTA 4GLIA 5DTBA 2ZMBA 1OVBA 3FJGA 4F29A 2DXYA 1TT1A 3U93A 4H8IA 2RINA 1UQWA 3CFXA 3I3VA 4H6DA 5TP9B 5AA2B 2IEEA 4Q0CA 4POWA 3OXNA 2RC9A 1EH3A 3VDFA 3K6WA 3O6GA 2I0BA 3VVFA 3PPQA 1Y20A 1IXIA 2O51A 1A7LA 3QUFA 3V83A 4Z7EA 5DVJA 2GHBA 2D3IA 1QUJA 2PT1A 3KBRA 4F3SA 3O66A 2ABHA 1B5IA 2RCBA 1QKAA 1B58A 1Y4TA 5L9SA 3KOTA 4F19A 2FA7A 1N7WA 2UYFA 3A3CA 2LAOA 3TKDA 3SEWA 3AXFA 5DVIA 4OXVA 5F7VA 3KGCA 4YKIA 1P1UA 4AB6A 4RPNA 1FQCA 1MXYA 1Z7NE 2F78A 4EDPA 5FHOA 5DVFA 3HHFA 3HV1A 5I2KB 2XXUA 3PUXE 1MY2A 3MVWA 3PMVA 2DOJA 3K1NA 1P1QA 4GVOA 1NNFA 2H99A 5FHMA 2F6PA 2Q88A 1N7XA 1IXHA 5KDTA 1A55A 1R9LA 3UIFA 2DWJA 2QRYA 4H5GA 4LATA 4FAJA 1MXVA 1US4A 3H6WA 1MQHA 1PB8A 2XXYA 4QHQA 2V93A 1NNPA 2V3QA 1I6QA 4ZEFA 4IGTA 3K0VA 1MXZA 5TPAB 4JWYA 3EHTA 1MDP1 3I6VA 4RYAA 1NL5A 1B3GA 1WVJA 4OQOA 5JTYB 3KN7A 3DLNA 2DE2A 3TPAA 2F97A 3IORA 1ZBMA 3O29A 4E0WA 4R6KA 1ZJLA 1LBBA 4ELPA 3CSGA 4OWDA 1B5HA 2ZYKA 1NNKA 4R6HA 1VE4A 4O3CA 3TYHA 1URSA 2OCUA 4JBZA 3LC8A 4P11A 3ECRA 1EZPA 3OMBA 3TCFA 1LCTA 1URGA 2UYEA 3DP4A 4ZDMA 1LFHA 2XD2A 3O9PA 5AA2D 2F6GA 3M3FA 4GWOA 3KN3A 1FTOA 4G8NA 2DE4A 4G2ZA 1N76A 3DM0A 2NVUB 4WEPA 3TTRA 3IOTA 1OQGA 2ONRA 1UIVA 3B6WA 3E13X 2E1SA 1B32A 3GXAA 2ZNSA 1H76A 1B2HA 4LP2B 1OVTA 1B7UA 5BWJA 4MFIA 4KYSA 1Z7ME 4GF8A 3WAEA 1LB8A 3QUJA 3QK6A 4YKPA 4M1VA 1B9JA 4OZ9A 3TEPA 5K2XA 3PD9A 4RXLA 4IO5A 3VLWA 1HSEA 4FE8A 2AIXA 5L9OA 2Z8EA 1JVXA 3TAJA 4KFQA 2P0SA 2H9BA 2AL5A 1F9BA 3EHUA 4I1DA 5H8QA 1IIWA 3IB2A 3PUWE 3O6IA 2I0CA 2Q2AA 3FXRA 3KFMA 3H6UA 4H67A 4Q5TA 4NMYA 1UIUA 4BDRA 3KSXA 1S9TA 1IQ7A 1BIYA 3FZVA 5CBRA 2PVUA 3TQLA 2D21A 3R7XA 3U1OA 1FTLA 1SW4A 2Y7WA 3KOSA 1GVCA 4UA8A 1DOTA 3LSLA 3ZKKA 1LFIA 4HCYA 5I2NB 4NF8A 1N84A 5J1DA 3UN6A 3PMXA 4QRZA 4KYEA 2GH9A 2NWJA 5JEIA 3CRBA 3GLBA 3M8UA 5I56A 3K1MA 4KR5A 1D3KA 1QJMA 3O2AA 2QS3A 1QUKA 1B3FA 4MH5A 1LAHE 3PPNA 2DSFA 2Z23A 3RUMA 1LBCA 3MUQA 4F22A 3ZS6A 4OENA 1POTA 1UTBB 3P7IA 5A5XA 4YMBA 4F3PA 3PUZE 2YPNA 1LCFA 1IZ1A 5DT6A 4OMBA 4NTLA 3CFZA 1A40A 2RCAA 4Z0IA 3FGSA 4LZ8A 5DEXA 5I59B 3N5LA 1RYXA 1IXCA 2HQ0A 3Q26A 3TTMA 3FD3A 4BDNA 1JEVA 3D4GA 3GBBA 4THIA 1B3EA 4POXA 1LAGE 1MM7A 4FATA 3OELA 2VOZA 2I48A 4XXUA 4RNSA 5H8FA 4LQ2A 1H44A 3HO7A 4G4PA 4DXUA 4PFTA 5I57B 1PEBA 3G3KA 1I69A 3SEUA 3FATA 4WKMA 5F1QA 2DE3A 3L6HA 2QMWA 3F11A 4TQUQ 3H7MA 2UVIA 1QW0A 4NEDA 3TDJA 4GL8A 2AYSA 4U2RA 4GQOA 2I6EA 1Y4CA 1HSLA 4HCWA 3C9HA 4XKPA 2XXHA 3TCHA 2Q9TA 1Y3PA 5ELVA 2R6GE 4F18A 3BFUA 1B4HA 1D9VA 4DLDA 3D4CA 2I4BA 2F8DA 1GR2A 1M5DA 3G3FA 1JW1A 1PB9A 3K02A 1MPBA 2GHAA 4BLAA 1B1XA 5I59A 3G3GA 4EQBA 2Y84A 1EU8A 4F1YA 3M3KA 5L8DA 4Q30B 4MLQA 4R73A 4YB5A 1TFDA 4MF3A 1D9YA 4ZEKA 2VGQA 4RPOA 2GRVA 3PMWA 3DELB 3Q27A 3EF7A 4G77A 2HAUA 1OLCA 3K4UA 4F31B 1TXFA 3S9NC 5I57A 4RA1A 4I62A 2QJEA 4NWCA 2Y7RA 3M3LA 1BKAA 3IO4A 2HFBA 4PFYA 4YKKA 2F7BA 4TOZA 5FHNA 4F1VA 2THIA 5CI5A 2V25A 1AH5A 2Q8JA 5TU0A 4R9FA 2RF1A 5KDTB 4F1UA 3IB1A 3C32A 1EZOA 1MY0A 2YLNA 3IL1B 4NF4A 4U21A 3S9EA 2Y7KA 1O7TA 4GL0A 2G29A 2QL3A 5JK4A 3V5AA 3FVGA 4U22A 1O64A 1MH4A 4YB7A 2OJTA 3G3HA 1CE2A 3HN0A 3KJ7A 4U1OA 3B7DA 2DXRA 1POY1 3PPOA 2F35A 1DTZA 3O28A 5I84A 3IR1A 1B7ZA 4Q8RA 4KI0E 3H6TA 3CI8A 4GXAA 3K6VA 1M5EA 1B4ZA 4GOTA 2F5XA 2W7YA 4YICA 3O6HA 1PB7A 1XS5A 5IAIA 2B3FA 3T9HB 2O84X 2ONSA 3L6GA 3N94A 1LLSA 1MPDA 3C33A 4PE5B 4YZZA 2H5YA 1M5CA 2WKYA 3C35A 3CR9A 4EF2A 1SW5A 2ZYOA 1MXXA 1YPNA 3IX1A 1DPEA 3BFTA 3MZ1A 1LAFE 3RT8A 4DZ1A 4U4SA 2DYXA 1FW0A 1A99A 2UVHA 1VSOA 1SBPA 4ZS9A 1GGGA 1PBPA 4X48A 4QSCA 4IY6A 4MBPA 3W9VA 1ZLQA 3FIRA 4BDMA 4E0XA 2I3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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