4EQ7A

Structure of atu4243-gaba receptor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
NDLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
total genus 98
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A01
4H8JA 2F34A 2DVZA 3IO4A 1A40A 2AL4A 2B65A 4LZ8A 1QKBA 5I57B 1UTBB 4YKKA 4LONB 3WAFA 4YKIA 5CC2A 4GVOA 4OZ9A 2DWIA 4E0WA 3C4MA 1B1HA 2O7UA 2D3IA 2I3VA 3AXFA 4I9DA 5HM4B 1DMBA 5I56A 5IKBA 1ZBMA 1A8FA 4ELPA 5K2XA 3A3UA 4Q30B 3K00A 1EZPA 4E0XA 1Q1KA 4LUBA 1S50A 2B3FA 2DWJA 3C33A 2REJA 4GLIA 1MM7A 1MY4A 2H5YA 2BJJX 3BFUA 1T0KA 1WVJA 5DEXB 4BDLA 4X1DA 1IQ7A 2PMSA 2VP1A 4EXLA 3EPEA 3FXRA 3DELB 2XXHA 1NKXA 4PETA 4KYEA 2AYSA 4NMYA 4OTEA 3B6WA 4GXSB 5FHOA 2X26A 2ZXTA 3CIJA 1B4ZA 2VHAA 5H8SA 3ZS6A 3ZKKA 1ZMGA 4X48A 4MLVA 5BWJA 1RYXA 1UIVA 4F22A 4OENA 1VR5A 2D5WA 5CRYA 4HW8A 3K02A 3TEPA 1US5A 3U94A 2XD2A 3IOUA 2AL5A 1MQIA 2QS2A 3N94A 3QYTA 3EHUA 1Y1ZA 3QIMA 2DWAA 1BIYA 2P1SA 1CE2A 1VE4A 3MQ9A 3KOTA 1POY1 1B52A 2ZYMA 3L6HA 4GQOA 2QMWA 4ZEBA 1QVSA 2GH9A 3KG2A 3RQTA 2G29A 4M1VA 4U1OA 4KYDA 4BDMA 2QSXA 3M3LA 3OEMA 1B3HA 2HAVA 4OFLA 1GTKA 4EDPA 3CR9A 4QF9A 4DCXA 2YPNA 3C32A 2ZNTA 1VFDA 1B1XA 1H43A 4KQPA 1IXCA 4U21A 1MDQA 3OSQA 1D3KA 4KCDA 2XXWA 3V89B 3FJGA 3ONMA 5EHSA 1Y20A 5CBRA 3QUJA 2V93A 2OZZA 5EHMA 2OWTA 3RTWB 4C1UA 2XX8A 2Z23A 5BUUA 3RN8A 3FV2A 3S4UA 3N6UA 2Y7PA 5HBCA 3CSBA 3LSFB 1A99A 4ECFA 3VLVA 3S9LC 1MQJA 3FVGA 3H7MA 1N84A 5FHNA 1LFHA 1MXVA 2M8CA 3LBSA 1A55A 2X7PA 4P11A 4U1ZA 3TTRA 4RPNA 4Q8RA 2HAUA 3I5OA 4NF5A 3JYRA 4G2ZA 2O51A 1A54A 1FQCA 1JW1A 4RY1A 1OIBA 3GLBA 3O66A 3FATA 3N26A 3TTKA 1D9VA 2DXRA 1RKMA 4O3BA 2ZYOA 3SEUA 1R9QA 1ANFA 3QAXA 4BDRA 2DP8A 3SETA 4NEDA 3S9NC 4LQ5A 3O9PA 5H8QA 2Z8DA 4JB7A 2RC8A 2UXAA 4IO2A 5DVJA 3U72A 4AB5A 3SDFA 3GXAA 3KSJA 3SEYA 5AA3A 1B58A 4IO4A 4EXKA 3VFJA 3H6TA 1GVCA 1LB8A 5A5XA 3OO7A 1FQDA 4F1UA 3SEXA 4DXCA 5CI5A 1FQEA 3T9VA 2YLNA 5DTBA 4OYVA 2RINA 4H65A 1SVXB 4EQ7A 1MXYA 2I3WA 4F3BA 1B3GA 3FVKA 4GL0A 4AQ4A 1LAXA 2F6GA 3R6UA 2DVCA 3Q28A 1B0LA 1NNTA 3CG3A 5AA4B 3FXUA 2O68A 1URDA 2Q9TA 3HCQA 1XT8A 4DE8A 1I6BA 3K2DA 1R1NA 1SQYA 1JEUA 4NWDA 2A5TB 1MS7A 5F7VA 1Q35A 4PQJA 4G68C 1JW5A 5EYFA 4ZEKA 3KSXA 1YPNA 1MXUA 5H8HB 4JBZA 1UTHB 2Q88A 1Z7ME 4R72A 1OLCA 4G68B 3K1PA 2P2AA 4NF6A 4FATA 4ZZEA 1P1OA 2ONKE 3KBRA 1MRPA 3HN0A 1EZOA 1KWHA 1ZIUA 1DPEA 4NF8B 2Y7WA 4F3PA 1FCKA 1JVXA 1I69A 4FJPA 2O84X 2RCAA 4M4GA 3FVOA 3LSLA 1B40A 1P1UA 1P1NA 1LBCA 3OSRA 3TFLA 5AA1A 4BDNA 4ND9A 1VSOA 3TPAA 3VLWA 3OMBA 2HCAA 4YMBA 4N6PA 1SD3A 3K6XA 3MUQA 3FJMA 2E1SA 2OWSA 4NF8A 3OELA 1OMPA 4F3GA 5KCJB 3V5AA 4R6YA 2I49A 4JWXA 1DTZA 2QS4A 2PVUA 4FE8A 4U2RA 4ZE9A 4GFRA 3PUYE 4YU0A 2RCBA 3MPLA 2V25A 2ZYKA 3V8XB 2O1MA 3KGCA 3VXBA 2WKYA 1GR2A 5FTHA 1ELJA 2ONRA 1N76A 5L8DA 4ELQA 2UYEA 1O64A 1SI1A 2NWJA 1OVTA 1IXIA 4ZS9A 2HFBA 4QSEA 4JWYA 4ZE8A 1O63A 1ZJLA 4IY5A 1II5A 2UYFA 4THIA 3K01A 3V83A 2GFEA 4LQ2A 3CSGA 4G8NA 3TTNA 1AMFA 3GBBA 3LUYA 4GWOA 1F9BA 4FAJA 4MH5A 5LOMA 2I48A 3JV9A 4FEDA 4IB2A 2REGA 3O29A 5CMBA 4WEPA 3A3CA 1PB8A 1JQFA 2V3UA 3RT6B 3GZGA 2UVGA 5I57A 1UTBA 2RKMA 1MY1A 2OCUA 3OD7A 5B7DA 1MQGA 3IOWA 3S9EA 1NNKA 3RLFE 5CM6A 3SKPA 1FW0A 3L6GA 2DWHA 5I59B 1MQDA 3E9XA 2KLFA 1EZ9A 1XHYA 3K4UA 2P0SA 4KHZE 1AOVA 3TCHA 4MFIA 2O69A 1MXZA 3U93A 4OWDA 3KN7A 1O7TA 1DSNA 3G3KA 1H44A 4R2FA 5DEXA 4OVJA 1PEBA 5L9SA 2ZYNA 1I6QA 3ODBA 1LBBA 5KZTA 3O97A 2NOOA 3E4RA 2Q2CA 1FQFA 4EF2A 1B0HA 2ZNUA 1NH7A 1QW0A 3K6VA 2DQVA 3VDFA 2IEEA 2PYYA 1JW4A 2W7YA 4LP2B 3B6QA 2D21A 3SESA 5L9OA 2QS3A 1QUJA 4X9TA 1Y1MA 2I4CA 5I2KB 3N5LA 3PUWE 3A09A 3RY3A 2F36A 2PBWA 1HSJA 3DLNA 3C35A 4HTGA 3FV1A 3UGWA 4R75A 1BLFA 3TQLA 2IA4A 5JTYB 4JSDA 4H5GA 1FTMA 1B46A 3TTMA 1Y3PA 4LZ7A 3WAEA 2I6EA 5I2NB 1GGGA 4ZDMA 4U4XA 5DYHA 1JNFA 3MC2A 3IK6B 3H6UA 3H6VA 3FJ7A 1N04A 3O2AA 4C1TA 2R71A 1B5JA 1JEVA 3T9XB 2HEUA 1SW2A 1Y9UA 2HXWA 1M5DA 3MWBA 4ZEDA 3MPKA 4NF4B 3LSXA 4EQBA 1UQWA 1SW1A 3ECRA 3G3IA 1N3WA 3M3KA 3IB2A 3SERA 5I2NA 3PUXE 2XXIA 4PFYA 5K2YA 1L5TA 4YICA 3IB1A 3EHTA 3LC8A 3DP6A 3R26A 1TFAA 3PMXA 2ALUA 1P99A 2FNCA 2YJPA 4PFUA 4XKRA 3CFLA 4YB6A 3VV5A 2OBGA 3BFTA 5H8NB 2UVIA 1S7YA 4TLMB 1B3FA 3OXNA 4QFKA 4QFPA 1MH3A 4LZ5A 3MW0A 2XXXA 2O6AA 4F2QA 4QSDA 1TWYA 4F3SA 4HCWA 5FTIA 1MDP1 3IX1A 3OO9A 3DM0A 4DXBA 3TELA 4R9FA 1DTGA 4QHQA 4YB7A 4L17A 4JSOA 3S9MC 1MXXA 4YB5A 3UN6A 3HO7A 1Y4TA 5H8FB 3FGSA 1WODA 1USYH 4GRKA 3MVXA 4DXUA 4XKQA 2DE2A 1LAFE 1PDAA 4ZZAA 4IGTA 1FQAA 2ZMBA 4EQ9A 4I1DA 1RYOA 1XVYA 3GBAA 4LA9A 4RK9A 4XTCQ 1MPCA 3CG1A 4OFJA 4I8CA 1M5BA 2Y7KA 5L9MA 4RK2A 4ZEIA 5AA2B 1NMUA 3P7IA 3G3GA 1B4HA 3DP8A 2QRYA 3MZ9A 3H6WA 4DLDA 3MZBA 1I6AA 1IEJA 4PE5B 3VE1B 4UA8A 5CMMA 1P1QA 1A7LA 1SYHA 2H4IA 4IO6A 3KEIA 3TODA 2QPQA 3MVYA 3G3HA 1IZ1A 3UK4A 4QFNA 1SBPA 1B5HA 3MVZA 3PPPA 2XHDA 3CFZA 3ILTB 5AA4A 1M5EA 1SW4A 3B6TA 1BTJA 3TYHA 3KOSA 2A5TA 1B3LA 4DDDA 2RF1A 4QFLA 2X7QA 1YCJA 3B7DA 3TMGA 3PPNA 1XS5A 4Q0CA 1IIWA 4BDQA 5H8HA 4RPOA 1SW5A 1UTHA 2DE3A 3ILUB 4OFOA 4G68A 3SEWA 4QSCA 3RTFB 1D4NA 3M8UA 1SI0A 4F18A 3QK6A 2XX9A 4KI0E 3RUMA 4LATA 2GHBA 3T66A 2CZLA 1Y3NA 4F31B 5TP9B 4FEBA 4ZEFA 5ITPA 4NWCA 4RXLA 1EH3A 2Z22A 4IO3A 3FASA 2DSFA 3MZ1A 4F29A 1M5CA 4PFWA 3E13X 4ZECA 4OMBA 3G3FA 1LCFA 4TQUQ 1SDXA 3FIRA 3T96B 3IAZA 3E3KA 5B70A 2OJTA 3OOAA 2HZLA 1FTKA 4XIGQ 3TDJA 1NFTA 2G93A 3HV1A 5KCJA 5TP9A 2XXYA 3K0VA 1LGBC 4G8MA 3CI8A 1SYIA 2LAOA 3PPRA 4KCCA 1B6HA 4YMAA 5I58B 3USDA 4O3AA 4QRZA 2NVUB 2F8DA 2Y7RA 4R73A 1ZU0A 1PB9A 3TQWA 5AA2D 1N7WA 2FA7A 5ICQA 3CVGA 4IO5A 2V3TA 2VD3A 4DZ1A 3PV0E 5DT6A 1US4A 4GIZA 1MPDA 1USYE 4UACA 1JVYA 1DPPA 1QJMA 4KYSA 1MG1A 1OQHA 1VFEA 2DE4A 5M2VA 4HS7A 4WKMA 4ELOA 4O3CA 3UA8A 4R9GA 2O1LA 3I6VA 2I4BA 3T93B 1B3EA 3UP9A 5I58A 3OO6A 3UORA 2F78A 3FD3A 1M5FA 2HQ0A 1B7UA 4H0WA 4IGRA 1B32A 3PU5A 2OLBA 1OLAA 1PBPA 1P1WA 1A8EA 2THIA 1HSEA 1UIUA 3FVNA 3QUFA 3U1OA 1S9TA 3TAJA 4NTLA 2XXRA 3W9WA 3HHGA 3KN8A 5KDTB 1IUDA 2GRVA 3M3FA 4IO7A 1B5IA 3KJ7A 3IJXB 3BBRA 4R2BA 1XVXA 4Q5TA 1B2HA 4Z7EA 3IJOB 3Q25A 4Z0IA 2RC7A 3EF7A 3I3VA 1QKAA 2F97A 4H67A 1N3XA 3Q26A 5AE4A 4KPTA 4BDOA 5J1DA 2PT2A 2PX1A 5F1QA 4F19A 4MLQA 1MY3A 4YKPA 5I59A 3MP1A 3OO8A 3TUSA 4R74A 5KDTA 1N0TA 1PC3A 2H25A 4LVQA 4P0GA 5ICTA 3T9HB 1LAHE 2B3BA 1FTOA 3PD8A 2V3QA 4U23A 2I58A 1BP5A 5CMKA 3VXCA 4WXJA 4X1BA 2I0CA 1URSA 1IXGA 4OHNA 3H4ZA 2R6GE 4DCYA 3ZKLA 3IR1A 3VVFA 2F35A 3CFXA 2UVJA 3RGYA 3IORA 2O7IA 3W15C 1NNFA 2QJEA 4G77A 5I84A 1N7XA 2QL3A 4H5FA 1B7ZA 4QFOA 1ATGA 3THIA 1NH8A 2ZNSA 4G8HA 1YAEA 1Z7NE 2XD3A 4IY6A 4NE4A 5I2KA 3O28A 3MJNA 4OESA 3EN3A 1PBQA 3SEVA 2Z8FA 5HPQA 4RA1A 3K1MA 4R6HA 4I62A 1YTVA 2Y7IA 5JTYA 2ESNA 3QXMA 3T9UA 3C34A 3PUZE 4OEVA 1B05A 3FZVA 4POWA 4NF5B 2XXVA 1TT1A 2F7BA 4ELRA 3MP8A 2VD2A 2DS9A 4OEUA 4HCYA 2F7AA 3IO6A 3CRBA 2F7CA 3ZSFA 4GL8A 2F6PA 3PPOA 4NF4A 5DVIA 3O6HA 3K6WA 2XX7A 1B51A 2QMXA 3MP6A 2R9JA 3O6GA 2OK2A 4OQOA 2RC9A 1FTJA 5H8QB 3F11A 4XKNA 2Q89A 3D4CA 5IAIA 2DOJA 3TKDA 3KJTA 1LFGA 3K1NA 3IB0A 4H8IA 4AB6A 2DYXA 3HHFA 4C0RA 1B9JA 4ESWA 2GHAA 5A5XB 2F5XA 4F2OA 5DVFA 5ITOA 3DP4A 3IL1B 2I0BA 3RPWA 5H8NA 1JETA 4GF8A 3RT8A 3R7XA 1TFDA 3MAMA 1XOCA 2ONSA 2XXQA 4H1XA 1WDNA 2NUVA 2Y84A 1MQHA 4DIGA 1LAGE 4GD5A 3TCGA 1H45A 4YKJA 3C31A 3PD9A 3PMWA 3EHSA 4R6KA 2H98A 4RYAA 5FHMA 3W9VA 5ISUA 3KZGA 3S2VA 4JWOA 3U92A 1QULA 1MM6A 4JDFA 2UVHA 1FQBA 1OQGA 3G3JA 4EF1A 5TPAB 1IITA 3FXQA 4MBPA 1GV8A 1URGA 3IOTA 2VGQA 5H8FA 3PPQA 4MF3A 1CB6A 1R9LA 3H03A 2E0SA 4YAHX 5ELVA 4N07A 4H6DA 3VVDA 4F1VA 1H76A 4P0IA 3TCFA 4NF6B 1LLSA 3HPIA 1LSTA 3D4GA 3VLUA 2HZKA 4KD5A 2DXYA 4POXA 3VVEA 4XXUA 1Y3QA 3O6IA 2H99A 2ABHA 2XXTA 5TPAA 1ZTYA 1PB7A 4KR5A 3PMVA 1MPBA 5AA2A 2ANJA 1XC1A 3LSWA 4K3FA 1MY0A 3RNNA 2VOZA 1AL3A 2Q2AA 1QUKA 3MBPA 1Y4CA 2CMOA 3N6TA 3OENA 4TOZA 4BLAA 1POTA 5TU0A 3K6UA 3C36A 3HSTA 1R6ZA 4N13A 3H3GA 1HSLA 1MXWA 2H9BA 1TXFA 1EU8A 2NXOA 1LFIA 3H06B 4PFTA 4KFQA 4XKPA 3LR1A 4TLLB 3Q29A 4GOTA 4RJZA 3C9HA 5CBSA 3T22A 4FECA 4G4PA 3FUZA 2Q8JA 1B7HA 3OEKA 2QS1A 2A5SA 1LCTA 4RNSA 2V84A 3MVWA 4F39A 4OXVA 3BKIB 1MY2A 1ZKBA 3JZJA 4YZZA 4WEDA 3PGFA 2Z8EA 2PT1A 4U4SA 1MH4A 3TTLA 4OETA 4GXAA 2XXPA 3TZAA 1ZLQA 1AIVA 4F1YA 1DOTA 3UIFA 2AIXA 1NNPA 3KFMA 5JK4A 3QSLA 2FYIA 1AH5A 4PP0A 4EUOA 4ONYA 3KN3A 1FTLA 1D9YA 1J1NA 1NL5A 3PUVE 1OVBA 1LB9A 3G7WA 4U22A 4FORA 5JEIA 1IXHA 3IOVA 5I56B 1H3DA 4FIMA 5CMCA 3Q27A 1BKAA 3U8QA 4ISUA 1QUIA 2XXUA 4OERA 4ESXA 3EQ1A 4JXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8JA 1K9ZA 2DVZA 2F34A 3IO4A 1A40A 2AL4A 2F3DA 2B65A 3BIHA 4LZ8A 4NG7A 1QKBA 5I57B 1UTBB 4YKKA 4LONB 3WAFA 4NHBA 4YKIA 5CC2A 4GVOA 4OZ9A 2DWIA 4E0WA 3C4MA 1B1HA 2O7UA 2D3IA 2I3VA 3AXFA 2VT5A 3D1RA 4I9DA 5HM4B 5FBPA 1DMBA 1FJ9A 5I56A 5IKBA 3E79A 1ZBMA 1A8FA 4ELPA 5K2XA 3A3UA 4Q30B 3K00A 1EZPA 4E0XA 1Q1KA 4LUBA 4PCDA 1S50A 2B3FA 2DWJA 4OVTA 3C33A 2REJA 4GLIA 1MM7A 1MY4A 2H5YA 2BJJX 3BFUA 1T0KA 4GWWA 1WVJA 4I40A 5DEXB 2GQ1A 4BDLA 4X1DA 1AWBA 1IQ7A 2PMSA 2VP1A 4EXLA 3EPEA 3FXRA 3DELB 2XXHA 1NKXA 4OVRA 4PETA 4KYEA 2AYSA 4NMYA 4OTEA 3B6WA 4GXSB 5FHOA 1NV3A 3KC1A 4MX6A 2X26A 2ZXTA 3CIJA 1B4ZA 2VHAA 5H8SA 3ZS6A 3ZKKA 1ZMGA 4X48A 4MLVA 1G0IA 5BWJA 2WEFA 5T3JA 1RYXA 1UIVA 4F22A 4OENA 1VR5A 2D5WA 5CRYA 4HW8A 3K02A 3TEPA 1US5A 1NV6A 3U94A 2XD2A 3IOUA 2AL5A 1MQIA 2QS2A 3N94A 3QYTA 1YZ0A 4N91A 3EHUA 1Y1ZA 3QIMA 2DWAA 1BIYA 2P1SA 1CE2A 2ZZWA 1EYJA 1VE4A 3MQ9A 1FBGA 3KOTA 1POY1 1B52A 2ZYMA 3L6HA 4GQOA 2QMWA 4ZEBA 1QVSA 2GH9A 3KG2A 1FPFA 2OWZA 3RQTA 2G29A 4GWZA 1YXIA 4M1VA 4MHFA 4U1OA 2Y5KA 4KYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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