4EQBA

1.5 angstrom crystal structure of spermidine/putrescine abc transporter substrate-binding protein potd from streptococcus pneumoniae strain canada mdr_19a in complex with calcium and hepes
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
SQKLVIYNWGDYIDPELLTQFTEETGIQVQYETFDSNEAMYTKIKQGGTTYDIAIPSEYMINKMKDEDLLVPLDYSKIEGIENIGPEFLNQSFDPGNKFSIPYFWGTLGIVYNETMVDEAPEHWDDLWKLEYKNSIMLFDGAREVLGLGLNSLGYSLNSKDPQQLEETVDKLYKLTPNIKAIVADEMKGYMIQNNVAIGVTFSGEASQMLEKNENLRYVVPTEASNLWFDNMVIPKTVKNQDSAYAFINFMLKPENALQNAEYVGYSTPNLPAKELLPEETKEDKAFYPDVETMKHLEVYEKFDHKWTGKYSDLFLQFKMYRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Spermidine/putrescine ABC superfamily ATP binding cassette t
publication title 1.5 Angstrom Crystal Structure of Spermidine/Putrescine ABC Transporter Substrate-Binding Protein from Streptococcus pneumoniae strain Canada MDR_19A in Complex with Calcium and HEPES.
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tch8431
total genus 130
structure length 323
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eqbA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eqbA01
2B3BA 4IY6A 4LA9A 2H98A 3M8UA 5A5XA 3LSXA 4Q5TA 4QHQA 3UN6A 2H5YA 3O6GA 3E4RA 2F5XA 2UVGA 3OOAA 3VV5A 2DWHA 2DVCA 1SBPA 5I59B 2OJTA 2HCAA 4G8HA 4ZEKA 4XTCQ 4OQOA 3EF7A 2ZNUA 3PMXA 4BDOA 2VOZA 4G68A 1FTJA 1M5BA 2HQ0A 1B1HA 2E1SA 1MDQA 3IK6B 3MVWA 1Y4CA 3KSXA 2ZYNA 1NFTA 4RA1A 1MH4A 4QFOA 3BKIB 3K4UA 3IORA 5DYHA 2Q8JA 4GFRA 1B32A 4RK9A 2QRYA 1OLCA 4POWA 1XVYA 2DWIA 4GF8A 1BLFA 2Y7IA 4JDFA 1US4A 4IO5A 3CG3A 4GWOA 3B6WA 4U1ZA 3IX1A 2VGQA 3S2VA 3ODBA 3CR9A 1Q1KA 3TTMA 2P0SA 1MQHA 3VXBA 4MBPA 1R9QA 2FYIA 1EZ9A 5ELVA 1MDP1 2XHDA 5AA2B 3HHFA 3QUJA 4K3FA 3MP1A 3TTNA 4L17A 2DP8A 5H8QB 3ZKLA 2XXUA 1USYE 4EF2A 2O1LA 5L9MA 5FTIA 1UQWA 3EHSA 3TQLA 1LGBC 1IQ7A 3KSJA 4DCXA 3QXMA 3G7WA 5H8HB 1O63A 3CVGA 2QMWA 4GOTA 1LBCA 1P1UA 1XC1A 1MPDA 2XXWA 4G4PA 4PFUA 4LZ8A 4QF9A 1UTHB 1B3GA 4F2QA 3H6VA 3OSRA 1M5FA 4O3BA 2F6PA 5AA1A 4DZ1A 4FIMA 3FGSA 1QUKA 3SDFA 4HCWA 4OFOA 3KJTA 5CM6A 4NF5B 3VLVA 5I57A 1TFAA 4NTLA 2A5TA 2OK2A 4PFYA 3IOUA 5I2KB 3TCHA 3LBSA 4LVQA 3A3UA 1IXCA 2UVJA 4QSCA 4LP2B 5HBCA 4DCYA 2F7BA 5DVJA 3K2DA 3IOTA 4AB5A 4JSOA 3N5LA 3S9LC 2FNCA 2RCAA 1D9YA 2BJJX 1OMPA 1IEJA 4Q0CA 4FECA 1L5TA 1MXUA 2DVZA 1M5CA 3MP6A 5I2NA 2O84X 3UK4A 4GIZA 2PMSA 3R6UA 5I58B 3QIMA 4M4GA 4ELOA 3LC8A 3FXQA 2PVUA 1MY4A 4RYAA 2F8DA 3MW0A 4G68C 1QVSA 1B51A 5KDTA 3OEKA 2D5WA 3PMWA 4X1BA 5CMCA 4LUBA 1B0HA 3TFLA 2F78A 3O6IA 4HW8A 3H6TA 5DT6A 2AYSA 1SD3A 3MAMA 3S4UA 4GRKA 3T96B 1N76A 4QSDA 3VDFA 2F7AA 3PV0E 1YTVA 1H76A 2QMXA 4OWDA 5H8NA 3TDJA 5CBSA 2UVIA 3H6UA 1I6BA 2I58A 4H65A 5CC2A 2IA4A 5ITPA 4MH5A 3M3FA 4C1TA 3T9VA 3BFUA 1EU8A 3U94A 1MRPA 2Y7PA 1SW1A 3MZ1A 1S50A 1TXFA 3ZS6A 1DPEA 2XXHA 2HFBA 3C4MA 4OVJA 2ABHA 3MVZA 3FASA 2ALUA 3E3KA 4X1DA 1MQJA 4G2ZA 2GH9A 4LZ7A 4ZEIA 1LSTA 2DQVA 4N13A 3LUYA 1PDAA 4R74A 3S9MC 4U2RA 3PPQA 2AL5A 1OQGA 4NMYA 2DXRA 3PUVE 2Q88A 1N7XA 3P7IA 3BBRA 3IOVA 2DE2A 3T9UA 1LCFA 4OEVA 4FAJA 2D3IA 1B9JA 1NNKA 1TWYA 1BIYA 3JV9A 1PBQA 1I6AA 5DTBA 4YB6A 1Y3NA 4ZE8A 2OBGA 4XKQA 1XVXA 1GV8A 1FW0A 2ZNTA 1VFEA 5DEXB 1M5DA 4DDDA 2GRVA 3VVEA 3WAFA 3G3HA 4FE8A 4XIGQ 3HN0A 3V83A 3VE1B 1MH3A 3I5OA 3KN3A 2O6AA 3TODA 5CBRA 1EH3A 3PGFA 1LFGA 1FCKA 1SW2A 3K00A 4OYVA 2D21A 1A99A 1Q35A 1B2HA 4R6HA 1USYH 2AL4A 4DIGA 3OMBA 2ZYMA 2F34A 1P1QA 3JYRA 2XX8A 4LONB 1B5HA 3K02A 3MUQA 2UXAA 4ZEDA 2I48A 3MVXA 4ZS9A 3MJNA 3IJOB 5FHNA 3O66A 5TU0A 4JSDA 5ICTA 2DYXA 3TPAA 1DOTA 1VR5A 3D4CA 3KG2A 4IY5A 2XXYA 4RJZA 1IZ1A 3D4GA 4FORA 3QUFA 4WKMA 3U72A 1UIUA 1LFHA 2DE3A 2CZLA 4FEDA 4NF4A 1FTKA 1JEVA 1GTKA 3F11A 1SYHA 4NWCA 3I3VA 4Q30B 2NOOA 3IB0A 4P0IA 1PB7A 5EHSA 4QFNA 3K1PA 2DE4A 3RGYA 2ESNA 4TLMB 4RNSA 5EHMA 1LFIA 3GLBA 4U23A 4EQ7A 1ATGA 3G3GA 5TPAB 5KZTA 4NF6B 1ZTYA 1IXHA 1NNPA 4KHZE 2WKYA 4NF8B 3ZKKA 5TP9A 1B58A 1IXGA 1D4NA 1DMBA 1XOCA 3USDA 2O51A 4DXBA 1CE2A 3ECRA 1ZIUA 1Y3QA 2OWTA 2W7YA 1PBPA 2O7IA 1XT8A 5FHMA 3CFLA 4FEBA 2XX9A 3RT6B 3C35A 4ZZAA 3KN7A 1MY3A 3G3IA 4OZ9A 3IJXB 4KPTA 3GBAA 1SYIA 3TTRA 4R2BA 3C32A 5I56B 3R7XA 5EYFA 5H8FB 4IO4A 4DE8A 2QS2A 3PMVA 3U1OA 1B3HA 4GLIA 3H03A 3TZAA 4KI0E 2PT2A 4MLVA 1A40A 1MG1A 1DTGA 4O3AA 5B70A 3SERA 4NWDA 1F9BA 1MXXA 1H3DA 2QSXA 3W15C 4YAHX 4F3SA 4F18A 3VFJA 1Y3PA 2I49A 3T93B 3K1MA 3HPIA 3DLNA 3EQ1A 2CMOA 1B52A 1J1NA 3WAEA 5KCJB 1LBBA 4KCCA 3CFXA 4KYDA 1Y1ZA 2R6GE 3LR1A 5I59A 4NE4A 4E0WA 3SEWA 1B4ZA 1AMFA 2Q2CA 1SI1A 1HSLA 3FATA 1B46A 2ZNSA 2F35A 5H8SA 1OIBA 1B7ZA 2KLFA 4R73A 2V93A 2XXQA 1MY1A 3RPWA 2OCUA 4LQ2A 3PPPA 3IR1A 2RC7A 1LCTA 3MPLA 1PB8A 2Y7RA 1ZU0A 2VHAA 4GL8A 2DWAA 5JTYB 2RKMA 1URDA 4P11A 2XXTA 4BDNA 3MC2A 3MP8A 4JB7A 2V3QA 4KYEA 1ANFA 4M1VA 3QYTA 2ONSA 1MY0A 2Z23A 4U1OA 4FJPA 1EZOA 2I4CA 4U4SA 1MY2A 3IOWA 1LAFE 4H8IA 5IKBA 1LLSA 4OTEA 3AXFA 5HPQA 2PYYA 4RK2A 3KOTA 3FJGA 2YLNA 1I6QA 4AQ4A 2HAUA 5AA2A 2F36A 5ICQA 1B7HA 3THIA 3K6VA 3OSQA 4WXJA 1FQEA 1N3XA 2V3UA 4EQ9A 3PD9A 4KCDA 2F6GA 1JNFA 3BFTA 3KEIA 2XXPA 2V25A 4I8CA 5H8HA 3C9HA 1TT1A 1I69A 3TKDA 4JBZA 1Y4TA 1NNFA 2R71A 4YKKA 3N6TA 3C34A 3G3JA 3FZVA 2ZYKA 3RTFB 1UTHA 2NVUB 2REJA 3UIFA 3TAJA 4ZZEA 1MM7A 1URSA 1M5EA 4NF5A 1MQIA 2RF1A 2UVHA 3CG1A 3N26A 5I2KA 3B6TA 4XXUA 2HZLA 4GQOA 3TUSA 2QS4A 1B05A 1JETA 4F1UA 1OLAA 3C36A 3E13X 1II5A 1IXIA 2B65A 2DXYA 4R6KA 3K6WA 2ZXTA 1MQDA 1P1WA 1B7UA 3UA8A 4ESWA 3ILTB 1QUIA 4YKPA 1QKAA 3FJ7A 4ZE9A 1B3FA 1MXZA 2DWJA 3RN8A 5I58A 2HXWA 1ELJA 4EXLA 1SW4A 4N07A 1O64A 4ZECA 1IUDA 3KGCA 1B4HA 4R75A 1JEUA 2XXIA 2P1SA 4I1DA 2PBWA 4PP0A 3RQTA 4YKJA 2V84A 4C1UA 3V8XB 2ZMBA 4OFJA 4PETA 3VVDA 5DVFA 3FD3A 3KN8A 2ZYOA 4NEDA 3L6HA 3HSTA 4ZEFA 5AA4B 3W9VA 4ONYA 4QFLA 4RPNA 1IIWA 3IO4A 4ZDMA 3SEUA 1MM6A 2YJPA 2V3TA 1GR2A 1FQCA 2RC8A 1MXYA 4HS7A 1GVCA 3MWBA 4KD5A 3T9XB 3ILUB 1JW4A 4ELRA 2XXRA 3O6HA 4GD5A 3RLFE 4I9DA 1UTBB 3TQWA 4ESXA 3HCQA 3S9NC 1POTA 3TCFA 2Q9TA 1ZLQA 3G3KA 3TELA 1AL3A 3KFMA 4ECFA 4UACA 4F3GA 3A09A 4LATA 5AA3A 4PFTA 4X48A 5FTHA 1Y20A 2DOJA 3V89B 3TYHA 4GL0A 2O7UA 2GHAA 4H1XA 2I6EA 1SVXB 4QFKA 1YCJA 1SI0A 1NMUA 5F7VA 2Y84A 1QJMA 1O7TA 1VE4A 1DPPA 5ITOA 3KZGA 2F97A 3RNNA 3EN3A 4H0WA 3ONMA 1FQBA 3JZJA 1JVYA 3IL1B 3VLUA 2E0SA 4JWOA 2Z22A 1H44A 3PPNA 2QL3A 1GGGA 2ANJA 5B7DA 2NWJA 3FV2A 3OO9A 4JXIA 3N94A 5BUUA 1RYXA 1US5A 1B40A 1NKXA 4GXSB 1D9VA 4EF1A 1AOVA 4EDPA 1R6ZA 5A5XB 1LAXA 2Z8FA 1B0LA 4KYSA 5L8DA 5HM4B 1VSOA 4JWYA 4OENA 5K2YA 1XHYA 5JEIA 4R2FA 3TMGA 2Q2AA 4RXLA 1POY1 4PFWA 2P2AA 3OXNA 5L9OA 5CI5A 2GHBA 3H4ZA 4G8MA 4TLLB 4KFQA 2G93A 4G68B 1FQDA 3R26A 2VP1A 3U92A 2PX1A 4IGTA 5AA2D 4R9FA 4ELQA 3SEVA 3Q25A 3RTWB 4Z0IA 3OD7A 3V5AA 1D3KA 3K6UA 2AIXA 5TPAA 2I3WA 2I4BA 4OEUA 1NH8A 5M2VA 3QK6A 4NF6A 4R72A 3KBRA 3U93A 1YAEA 4NF8A 3MVYA 3TCGA 3TTKA 4OETA 2FA7A 1WODA 1WVJA 4YMBA 2R9JA 4QFPA 3LSWA 3HV1A 1RYOA 3K6XA 2RC9A 4WEPA 1JW1A 2UYEA 2UYFA 1YPNA 3SKPA 3FVGA 3OEMA 4MLQA 1FQFA 3O28A 3Q27A 3OO6A 4YMAA 4YU0A 1OVBA 1B6HA 1FTOA 3PPOA 1N7WA 4GXAA 2NXOA 3FXRA 1TFDA 3EHTA 2H4IA 4FATA 4QRZA 5I56A 4WEDA 5H8FA 2OLBA 3Q29A 3UGWA 2IEEA 2X7QA 4OESA 2Z8EA 2HZKA 4BDQA 4THIA 5LOMA 3MPKA 1MXVA 2M8CA 5I57B 4Q8RA 2H9BA 2A5TB 1QULA 4YB7A 3VVFA 4ZEBA 4BDLA 1S7YA 2LAOA 4JWXA 4LQ5A 2ONKE 4ELPA 4DXUA 3PU5A 5BWJA 2Y7WA 1JQFA 1A54A 3CFZA 3W9WA 3IO6A 4OFLA 3GBBA 4F29A 3O97A 2ONRA 1N84A 4YB5A 5KCJA 4TQUQ 1N3WA 2HAVA 3LSLA 3O9PA 1MXWA 2O69A 1Z7NE 1OQHA 5I2NB 3SESA 5CRYA 1B1XA 5F1QA 1P1NA 3SETA 5H8QA 3MBPA 3SEYA 2O1MA 3EPEA 4OMBA 1N0TA 1KWHA 3N6UA 3CSGA 5KDTB 4PE5B 3FXUA 1R1NA 4KQPA 1URGA 1QUJA 4EUOA 1VFDA 5AE4A 4AB6A 5JTYA 2DSFA 1HSEA 2THIA 2OZZA 2XXVA 1ZMGA 1SW5A 4E0XA 2Q89A 3PUYE 4H6DA 3FJMA 1H43A 1BKAA 1SQYA 2X26A 3FVOA 5H8NB 4G8NA 1QW0A 4U21A 4IGRA 3C31A 2XXXA 4IO6A 1LAGE 2QPQA 4GVOA 1PC3A 3H06B 1FTMA 1P99A 4F1YA 2QS3A 4C0RA 3FV1A 4F3PA 2RINA 3H3GA 1UIVA 4TOZA 4F2OA 1S9TA 3GXAA 4H8JA 4U4XA 4MF3A 2O68A 3DP8A 4F3BA 5L9SA 2QS1A 2G29A 4EQBA 4YICA 2PT1A 4EXKA 5JK4A 1MS7A 3A3CA 3OENA 2QJEA 3H6WA 4KR5A 1NH7A 3DP6A 3MZ9A 4G77A 3UORA 4OHNA 3M3LA 2H99A 2I3VA 4BDMA 4POXA 5DVIA 3U8QA 4DXCA 4HCYA 4QSEA 3K0VA 1SDXA 4IO2A 4XKPA 3C33A 1DTZA 3IB1A 3OELA 3DP4A 3UP9A 4P0GA 3PUZE 1B5IA 1P1OA 3DM0A 3IAZA 3I6VA 1B3LA 3PUWE 2NUVA 3OO7A 2REGA 1PEBA 2I0BA 3QAXA 3E9XA 4OERA 4XKNA 4RPOA 3B7DA 1EZPA 4F22A 1A8FA 1R9LA 3DELB 3L6GA 3FVNA 3T9HB 1XS5A 4PQJA 2B3FA 1B5JA 1PB9A 4F19A 2H25A 1Z7ME 1JVXA 4LZ5A 1LB8A 1A8EA 3GZGA 5CMBA 4U22A 3RT8A 2Z8DA 1H45A 3S9EA 1MPCA 1Y1MA 3FIRA 3CRBA 2HEUA 3LSFB 5CMMA 2XD3A 1LAHE 4IO3A 4MFIA 1HSJA 4N6PA 1FTLA 4NF4B 5IAIA 3B6QA 1B3EA 3T66A 1JW5A 1BP5A 3CIJA 3OO8A 3RY3A 3SEXA 2RCBA 5J1DA 4YZZA 4RY1A 4F39A 2I0CA 2VD3A 5DEXA 5AA4A 4X9TA 3RUMA 4R9GA 3K1NA 3MQ9A 3VLWA 3M3KA 5ISUA 4HTGA 1CB6A 3IB2A 2VD2A 3K01A 1IITA 2DS9A 1OVTA 4IB2A 3PD8A 4YKIA 3KOSA 5K2XA 1MQGA 4IO7A 1MPBA 1RKMA 5I84A 5CMKA 4UA8A 4F1VA 1ZKBA 3O2AA 5TP9B 1LB9A 1UTBA 3PPRA 1A55A 4I62A 3FUZA 4DLDA 3EHUA 4H5FA 3TEPA 2F7CA 2X7PA 1WDNA 5FHOA 3ZSFA 1T0KA 3QSLA 2Y7KA 1ZJLA 3MZBA 1NL5A 1QKBA 2YPNA 3HO7A 2XX7A 3KJ7A 4Z7EA 4R6YA 2A5SA 3VXCA 3H7MA 3TTLA 3Q28A 1BTJA 1A7LA 3Q26A 4O3CA 4XKRA 1FQAA 4ND9A 3O29A 1NNTA 3G3FA 1N04A 1Y9UA 1AIVA 1AH5A 4H5GA 4BLAA 1DSNA 3HHGA 3T22A 4BDRA 3PUXE 4OXVA 3CSBA 4ISUA 2OWSA 4H67A 2XD2A 3CI8A 4F31B 1ZBMA 2GFEA 3FVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B3BA 4IY6A 2F3BA 4LA9A 2H98A 3M8UA 5A5XA 3LSXA 4Q5TA 2PCRA 4QHQA 3UN6A 2H5YA 3O6GA 3E4RA 2F5XA 2UVGA 3OOAA 3VV5A 2DWHA 2DVCA 1SBPA 5I59B 3ISPA 2OJTA 2HCAA 4G8HA 4ZEKA 4XTCQ 4OQOA 3EF7A 2ZNUA 3PMXA 4BDOA 2VOZA 4G68A 1FTJA 1M5BA 2HQ0A 1B1HA 4P1LA 2E1SA 1MDQA 3IK6B 3MVWA 1Y4CA 3KSXA 2ZYNA 1NFTA 4RA1A 1MH4A 5LDZA 4QFOA 3BKIB 4MAGA 3K4UA 3IORA 4P47A 5DYHA 2Q8JA 4GFRA 4PC9A 1B32A 4I3YA 4RK9A 2QRYA 1OLCA 4POWA 1XVYA 2DWIA 4GF8A 2PFYA 1BLFA 2Y7IA 4JDFA 1US4A 4IO5A 1FBDA 3CG3A 4GWOA 3B6WA 4U1ZA 3IX1A 2VGQA 3S2VA 3ODBA 3QMFA 3CR9A 1Q1KA 3TTMA 2P0SA 1MQHA 3VXBA 4MBPA 1INPA 1R9QA 2FYIA 1EZ9A 5ELVA 1MDP1 2XHDA 2P3NA 5AA2B 2P3VA 3HHFA 3QUJA 4K3FA 3MP1A 4HE0A 3TTNA 4L17A 2DP8A 5H8QB 4JVCA 3ZKLA 3LV0A 2XXUA 1USYE 4EF2A 1AWBA 2O1LA 5L9MA 5FTIA 1UQWA 3EHSA 3TQLA 1LGBC 1IQ7A 3KSJA 4DCXA 3QXMA 3G7WA 5H8HB 2Q8MA 1O63A 3CVGA 2QMWA 1LEVA 4GOTA 4N17A 1LBCA 5FBPA 4PDDA 1P1UA 1XC1A 1MPDA 4OVPA 2XXWA 4G4PA 4X8RA 4PFUA 3KBZA 4LZ8A 4QF9A 1UTHB 1B3GA 4F2QA 1CNQA 3H6VA 3OSRA 1M5FA 4O3BA 5DW8A 3RPLA 2F6PA 5AA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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