4EUOA

Structure of atu4243-gaba sensor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 114
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4euoA01
4OYVA 3LBSA 3FJ7A 2P1SA 3DELB 3OO6A 1Q35A 2VD2A 3FVNA 3FVKA 3W9WA 3CFXA 4R73A 5AA3A 3U93A 4U1ZA 3LSLA 4XKPA 3MP8A 3FJMA 2O7UA 2ZYNA 4O3CA 3TAJA 2HAVA 5I58A 3T96B 2D5WA 5AA4A 3CI8A 3PMVA 2OWTA 1B52A 1FQDA 1MY4A 4ELQA 4NF6B 1BTJA 1UTHA 1Y4CA 2QJEA 5I58B 3CSBA 2OLBA 3IJXB 2I3WA 1OQGA 1IEJA 2R71A 2VP1A 1GGGA 4BDNA 4H67A 1N04A 5H8QB 3A3CA 1ANFA 4YB6A 3T93B 3PPQA 5H8NA 1MXYA 1I6BA 3HCQA 2V84A 3TDJA 2D3IA 2X26A 4R6HA 1FQCA 3OSQA 3V8XB 2YLNA 5I57A 5TP9A 4YB5A 3VVFA 5H8NB 4G8HA 1SDXA 1PBQA 4KFQA 4F18A 5I57B 5TP9B 1S50A 3H6TA 2I3VA 3H3GA 2M8CA 1TXFA 1JETA 1WVJA 4U4XA 3LSWA 3O6IA 3HSTA 4GFRA 1RKMA 2RKMA 3RTWB 3SEVA 4EXKA 5B70A 1AH5A 3TCGA 3MP6A 2DWJA 4EXLA 4F3SA 2GHAA 4NF4B 3PUXE 1XT8A 1MM7A 4F2OA 1LB9A 5FTHA 1UQWA 5DVIA 4GOTA 3FGSA 3D4CA 3OEKA 3FZVA 3QSLA 3PPNA 3ZKKA 5A5XB 3A3UA 3KEIA 1QVSA 4F3BA 1WDNA 4LZ5A 1SYHA 5HM4B 1NL5A 2Y7IA 4ESXA 5KCJB 4YU0A 1B3EA 2QMWA 1A55A 3OO9A 2ABHA 2RC9A 2O68A 1JW5A 1NNPA 1GV8A 2H5YA 2Y7WA 1JW1A 4TQUQ 1LFGA 4JDFA 3MWBA 4C1UA 3UP9A 1A7LA 3FJGA 3VE1B 3KSXA 3V5AA 2ONKE 1US5A 1RYXA 2F34A 3IJOB 3QUJA 4FEBA 1HSJA 1VE4A 4KD5A 4QF9A 1N3WA 2P2AA 5FHOA 2ZYOA 2B65A 1P1OA 1ZKBA 2B3BA 2UYFA 3B6WA 3QAXA 3RN8A 2H98A 1QULA 4ONYA 4P0IA 2ZMBA 2XX8A 4OERA 3CSGA 1DOTA 4LP2B 4G4PA 4R2FA 5IKBA 1H45A 2QMXA 2AL4A 3VLUA 4H0WA 1FQAA 2PVUA 5CMCA 4ZZAA 4QFNA 3OD7A 3T9UA 5I59A 5L9OA 1I6QA 1XVXA 3QIMA 1MXWA 4H5FA 3KG2A 1AIVA 4O3BA 1YCJA 3LUYA 4X1BA 3RLFE 3TQWA 4OVJA 2GHBA 1LAFE 4KPTA 3U94A 4POXA 1QUIA 3FV2A 3I6VA 1L5TA 1PBPA 3O66A 2QS3A 3MJNA 1P1NA 3Q29A 1Y1ZA 1N84A 3UGWA 4NTLA 4KI0E 3IOTA 2HEUA 4JWXA 4LA9A 2O6AA 4ELRA 4TLMB 3USDA 2CZLA 4IGRA 2G93A 4F19A 4ZZEA 4ZE8A 1MM6A 4KHZE 2XXRA 2X7PA 1A40A 3ILTB 2F35A 2Q2AA 1POY1 5KDTB 2ALUA 2AYSA 3E4RA 3EHUA 1IXIA 1MQDA 1II5A 4QSCA 4MLVA 1MPCA 1CE2A 2DXYA 4LATA 3QK6A 3VLWA 3HO7A 4FJPA 3DP4A 1ZLQA 4ZEDA 3OOAA 1H76A 4IO3A 2Z8FA 3PPPA 4EUOA 3FV1A 2Y84A 3S4UA 1MS7A 4F1YA 1PB7A 4JSDA 2DWIA 4RY1A 4GIZA 3R7XA 3KBRA 1NH8A 3QYTA 3S9EA 3Q28A 5H8SA 1LSTA 4MLQA 1NNFA 4OESA 1GTKA 4BDLA 2XXQA 2Q8JA 1JNFA 3IB1A 1Y1MA 4YZZA 5CC2A 2F36A 5EHMA 1LBCA 4JB7A 3PUVE 4FIMA 4ZEIA 1IXHA 3RPWA 1B5HA 1MDP1 1IXGA 4RNSA 4GRKA 4JWOA 1MH3A 2RF1A 3C35A 2Z22A 1VSOA 4EQ9A 4H8JA 1M5CA 5CMMA 5HPQA 5BUUA 1ELJA 2RC8A 3RGYA 4ZE9A 5CRYA 3UK4A 3O28A 3HN0A 4R74A 3MZ1A 4QFPA 2F7BA 2Y7PA 3PPOA 2O69A 2V3TA 4PP0A 3Q25A 4OFJA 4I8CA 3G3IA 2XXUA 4QSEA 1IZ1A 4IO4A 3JYRA 1JEVA 4GLIA 1BKAA 3TTLA 3MVZA 2I58A 1RYOA 3FIRA 1A8FA 4YAHX 3FD3A 4HS7A 5IAIA 1P1UA 3G3HA 2VOZA 1MQGA 4R6YA 1PC3A 1FTOA 3EN3A 2ONRA 3WAFA 4WEDA 4OZ9A 4F31B 4GF8A 5AA2D 1MXUA 4N13A 5J1DA 3SERA 4FEDA 3C32A 4PFYA 2RCBA 3QXMA 4NF6A 1XS5A 1Y3QA 3MW0A 1LAXA 3K6WA 4MBPA 1I69A 2OJTA 2ZNTA 3H7MA 4C0RA 1DMBA 3C36A 4YB7A 2OCUA 3HHGA 2O51A 4F3PA 3SEUA 5H8QA 2UVHA 1LAGE 2AL5A 4AB5A 3KN7A 5ITPA 2B3FA 4KR5A 1AOVA 2UVIA 4H8IA 2REGA 3TZAA 3W15C 3VXCA 1NFTA 1O64A 3BFTA 1ZTYA 2UVJA 2O1MA 3MP1A 3PD9A 2QS2A 3IX1A 3VLVA 2XXVA 2GRVA 1B32A 4IY6A 3C31A 4DXCA 4U23A 3EQ1A 4DDDA 4ZEBA 4YKJA 3DLNA 3TQLA 4H1XA 2UVGA 4H6DA 4NF4A 3H6VA 4EQBA 1NH7A 3LSFB 5JTYB 4Z0IA 4M4GA 1OVBA 1M5EA 1FTKA 1MPDA 3ILUB 3MZBA 3CRBA 5A5XA 1JW4A 3K6UA 4HW8A 2ZNUA 2ZXTA 2XD2A 4PFWA 1N7WA 2IA4A 4LUBA 4IO7A 5CBRA 3MBPA 1SW1A 3PU5A 5L8DA 4LVQA 2DE2A 1MH4A 2NVUB 3EF7A 5K2YA 5I56B 3IOVA 5KCJA 1MY1A 4QFKA 3C34A 3L6GA 4WXJA 4RYAA 4BDQA 3CIJA 4PFTA 2HZKA 3MC2A 2ANJA 3M3KA 3K1MA 2VHAA 3AXFA 2XHDA 1EZOA 1S9TA 4EF2A 4OHNA 1B5IA 2QRYA 2REJA 1D3KA 3UN6A 5FHNA 1EZ9A 1LB8A 1B4HA 4PQJA 3K02A 1LAHE 4N07A 3SESA 2ZYMA 4BDMA 1YAEA 4XKQA 4XXUA 5I84A 2Z8EA 3C9HA 3PGFA 4ND9A 3DP8A 1EZPA 5DEXA 4U4SA 4PETA 4KYDA 5EYFA 3C33A 4M1VA 1TWYA 4YICA 1UIUA 3OXNA 5DEXB 4X48A 4LONB 2QSXA 4ZDMA 4H65A 5H8HA 1FQEA 3RNNA 1PB9A 3GXAA 4BLAA 4ECFA 3N6UA 3M8UA 4QRZA 4U21A 5FTIA 2D21A 2I4CA 1SW5A 4R6KA 5H8HB 2UYEA 3U92A 3IL1B 4GVOA 3Q27A 4GXAA 3OELA 1NNKA 3E9XA 1B9JA 4ELPA 4WKMA 5AA2A 4ISUA 1Y3NA 5ICTA 2ZNSA 3S2VA 3PMWA 1QKBA 1FQBA 2OWSA 5AA2B 1B3GA 3EHSA 2I0CA 5M2VA 4G68C 1MXXA 2PBWA 1B05A 3TTMA 2H9BA 3ZSFA 3LSXA 1A8EA 4P0GA 3SETA 1MPBA 3FXUA 3G3KA 1SI1A 3R26A 4N6PA 3P7IA 2V25A 4DCXA 4HCYA 3LC8A 5KDTA 4GL0A 4NE4A 3TMGA 3K1NA 3RTFB 4I1DA 3WAEA 3PD8A 4LQ5A 1A54A 3ONMA 3H06B 4NWCA 1Z7ME 4DE8A 1B4ZA 2Q89A 2NUVA 3H03A 3KN8A 3N26A 2UXAA 1LFIA 2F7AA 5DVJA 3O6GA 3A09A 5I2NB 2BJJX 3BFUA 4OENA 3N5LA 4DLDA 1OLAA 2YJPA 1Q1KA 4R75A 1NNTA 2OZZA 2VGQA 2O1LA 4GL8A 1URDA 4POWA 1ATGA 4HTGA 1M5DA 4QSDA 1BIYA 2PT1A 1VR5A 1IQ7A 1KWHA 1HSEA 2P0SA 1OIBA 4XTCQ 4G68A 4QHQA 5FHMA 1MY2A 2VD3A 3OSRA 1H44A 3TCFA 3JV9A 2HCAA 4F29A 4G68B 1SW4A 3V89B 5I2KB 1D4NA 4U22A 2DYXA 5DVFA 3OO8A 1YTVA 2V93A 3QUFA 5HBCA 1MY3A 4TOZA 4I62A 1B1XA 3TTKA 1B3FA 1SYIA 4U1OA 5ELVA 4X1DA 1UIVA 4L17A 4HCWA 1YPNA 2XXWA 4OEVA 4IB2A 1TT1A 2XXXA 4O3AA 4DCYA 4AQ4A 4EDPA 2Y7RA 5CBSA 3B6QA 2DS9A 3HV1A 4UACA 3O9PA 3K1PA 3D4GA 3T9HB 2PX1A 2A5SA 5TU0A 4YMAA 4RA1A 3UA8A 3OO7A 4I9DA 4Q8RA 5B7DA 3IB2A 3PPRA 1M5BA 2O84X 1FQFA 1AL3A 1AMFA 3MVXA 4Q5TA 3VVDA 3TYHA 3K6VA 4R72A 1MXZA 2NWJA 1Y20A 4G8NA 4FATA 3O97A 1NMUA 1XHYA 4K3FA 1LBBA 2QS1A 2W7YA 3O6HA 2XXPA 3FVOA 1UTBB 5CMBA 3OEMA 2THIA 3SKPA 1QJMA 3N94A 3E3KA 2DVZA 3MVWA 4G2ZA 1Y3PA 1XOCA 2DQVA 1N0TA 2XX9A 1VFDA 3VVEA 3S9LC 2Y7KA 5ISUA 1SQYA 3CR9A 1SD3A 5H8FB 4MFIA 4E0XA 2FA7A 1DPPA 1R9QA 1BP5A 4XKNA 2DSFA 3GLBA 4LQ2A 1FTJA 1MQIA 3ODBA 3TCHA 1N76A 2QS4A 1JQFA 2WKYA 3S9MC 2G29A 4IO2A 2I49A 1H3DA 1R9LA 3H6WA 1R1NA 2F7CA 3UIFA 1B3HA 2NOOA 1EU8A 5DT6A 2OBGA 3N6TA 3RY3A 4QFLA 3KZGA 3B6TA 3T9XB 2V3QA 3T22A 1J1NA 1P1QA 4NF8A 2Z8DA 1JVYA 3K2DA 5AA4B 1TFAA 5AA1A 2HXWA 3SEYA 4THIA 4KCCA 1FTMA 1UTHB 1BLFA 3F11A 2X7QA 1ZBMA 1F9BA 4NF8B 3IAZA 3K00A 1MRPA 4C1TA 3FATA 3PUZE 5JTYA 4RK2A 3KSJA 2R9JA 4GD5A 2H25A 3RT6B 2OK2A 2RCAA 1NKXA 3U8QA 3FXQA 2GH9A 1JEUA 4R9FA 3VFJA 3TKDA 4JXIA 2XX7A 1MXVA 4F2QA 4JWYA 5L9SA 3THIA 2DE3A 5ITOA 5I56A 3H6UA 1OMPA 1B46A 4BDRA 4G77A 4Q30B 5CMKA 3TELA 3V83A 4IGTA 4TLLB 4ZEKA 2I0BA 3H4ZA 4JBZA 2YPNA 3GBAA 2I6EA 3VXBA 2LAOA 3UORA 1POTA 3IB0A 1PEBA 4R9GA 1GVCA 3HHFA 3VV5A 1ZJLA 2FYIA 2H99A 4Z7EA 3I3VA 3M3LA 2E1SA 3BKIB 2HZLA 3O2AA 4U2RA 4EQ7A 3MZ9A 3G3FA 3K0VA 4UA8A 2XXIA 5F1QA 1M5FA 1USYE 3B7DA 4OXVA 2HAUA 4NMYA 4OQOA 2Q9TA 3IO4A 1B5JA 3OENA 4P11A 1B7HA 3OMBA 4F1VA 1JVXA 4ZEFA 3IK6B 1OLCA 1ZIUA 4F3GA 1B40A 1LCTA 1MG1A 1H43A 1PDAA 1WODA 4F1UA 4ESWA 5BWJA 2PYYA 3FXRA 3GZGA 1LGBC 2DWHA 2XXTA 4BDOA 1T0KA 3EPEA 2F97A 1P1WA 1MY0A 2ESNA 3MQ9A 3IOUA 1DTGA 3KOSA 3JZJA 2RC7A 2A5TA 5AE4A 5K2XA 3TTNA 2GFEA 1QUJA 3SEXA 1P99A 2F6GA 1B2HA 1B0LA 2XXYA 1URGA 4JSOA 2I4BA 1TFDA 3G3JA 1DSNA 1D9VA 3E13X 3K01A 1HSLA 1B58A 1A99A 2A5TB 1SBPA 3KGCA 3C4MA 4GXSB 2XD3A 2AIXA 2HQ0A 1GR2A 5ICQA 4ZS9A 3IORA 3IO6A 3Q26A 1IIWA 4EF1A 2DE4A 2Z23A 4NEDA 4FORA 3PUWE 3KJTA 2FNCA 4YKPA 3G7WA 4LZ8A 4XKRA 3L6HA 3TODA 1I6AA 1R6ZA 1D9YA 3MVYA 3TFLA 5I59B 4MH5A 1XVYA 4ELOA 2IEEA 3CVGA 5LOMA 5L9MA 4IO6A 2H4IA 4RK9A 1SI0A 3MPKA 3VDFA 4RPOA 1US4A 3W9VA 3TEPA 3ECRA 3KN3A 3ZS6A 1LFHA 4F39A 3U72A 2I48A 4E0WA 3BBRA 1N3XA 4KCDA 4XIGQ 1Y9UA 3DP6A 5DYHA 3TPAA 5I2NA 1Z7NE 4RPNA 4KQPA 3GBBA 2Q2CA 2DVCA 1QUKA 4DXBA 4OETA 1FW0A 3K6XA 2ZYKA 4OEUA 3HPIA 2F6PA 1IUDA 3EHTA 1O63A 2HFBA 1SW2A 4F22A 2DOJA 4R2BA 3TUSA 3PV0E 3IR1A 4X9TA 1OVTA 1DPEA 2PMSA 2RINA 2F8DA 2O7IA 2QPQA 3KJ7A 3I5OA 5KZTA 2PT2A 4YKIA 4RXLA 5JEIA 1O7TA 1B1HA 4OMBA 3U1OA 4NF5A 1MDQA 1DTZA 1N7XA 2DWAA 1IXCA 4ZECA 3LR1A 2F5XA 4YKKA 1EH3A 5I2KA 4DZ1A 2NXOA 4MF3A 3FVGA 3CG1A 3T9VA 4NF5B 4WEPA 3IOWA 1B7UA 5CM6A 1B6HA 4OFOA 4FECA 5JK4A 3MUQA 3RT8A 4KYEA 4PFUA 2XXHA 5EHSA 3K4UA 3SDFA 2DXRA 4G8MA 4GWOA 4Q0CA 2QL3A 1ZU0A 1CB6A 4IO5A 1VFEA 1FTLA 5F7VA 3CFLA 3MPLA 3S9NC 1PB8A 1SVXB 3PMXA 4YMBA 3O29A 1QW0A 2KLFA 4QFOA 1OQHA 1FCKA 4NWDA 4OFLA 2ONSA 1IITA 3FUZA 3KFMA 4OTEA 3MAMA 1Y4TA 1B3LA 4FE8A 3TTRA 3DM0A 3G3GA 3SEWA 1LLSA 1LCFA 3RQTA 2Q88A 1URSA 1MQJA 1USYH 3KOTA 4LZ7A 2V3UA 3M3FA 1QKAA 4OWDA 2F78A 4IY5A 2CMOA 1B7ZA 1B51A 3FASA 1XC1A 4DXUA 4RJZA 1B0HA 3ZKLA 3CG3A 1UTBA 4KYSA 5DTBA 5TPAA 4PE5B 4FAJA 1MQHA 4H5GA 3RUMA 4AB6A 1ZMGA 5CI5A 2R6GE 4GQOA 1S7YA 3R6UA 3PUYE 3CFZA 5TPAB 4DIGA 3T66A 5H8FA 2E0SA 2DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OYVA 3LBSA 3FJ7A 2P1SA 3DELB 3OO6A 4JVDA 1Q35A 2VD2A 3FVNA 3FVKA 1KA1A 3W9WA 3CFXA 4R73A 3RPLB 5AA3A 3U93A 4U1ZA 3LSLA 4XKPA 3MP8A 3FJMA 2O7UA 2ZYNA 4O3CA 3TAJA 2HAVA 1NUYA 5I58A 3T96B 4OVPA 2FVZA 2D5WA 4PGNA 5AA4A 3CI8A 2KR0A 3PMVA 2OWTA 1B52A 1FQDA 4KXPA 4NAPA 1MY4A 4ELQA 1FPKA 4NF6B 1BTJA 1UTHA 1Y4CA 3A29A 2QJEA 1FPEA 5I58B 3MSTA 4MAGA 3CSBA 2OLBA 3IJXB 2I3WA 4I40A 1FJ9A 1OQGA 1IEJA 2R71A 2VP1A 4UABA 1GGGA 1NUZA 4BDNA 2DDKA 4H67A 1N04A 5H8QB 3A3CA 1ANFA 4YB6A 3T93B 4MHFA 3PPQA 5H8NA 1MXYA 1I6BA 3HCQA 2V84A 3TDJA 2D3IA 2X26A 4R6HA 1LEVA 1FQCA 3OSQA 3V8XB 2YLNA 5I57A 5TP9A 1K9ZA 4YB5A 3RYDA 3VVFA 1EYJA 5H8NB 4G8HA 1SDXA 1PBQA 4NN3A 4KFQA 4F18A 5I57B 5TP9B 1S50A 4PAKA 3H6TA 2I3VA 4N8GA 3H3GA 2M8CA 1TXFA 1JETA 1WVJA 4U4XA 3LSWA 3O6IA 3HSTA 4GFRA 1RKMA 2RKMA 3RTWB 3SEVA 4EXKA 5B70A 1AH5A 3TCGA 1NUWA 3MP6A 2DWJA 4EXLA 2XWOA 4F3SA 2GHAA 5DW8A 4NF4B 3PUXE 4PCDA 4DI3D 1XT8A 1MM7A 4F2OA 1LB9A 5FTHA 1UQWA 5DVIA 4GOTA 3FGSA 3D4CA 3OEKA 3FZVA 3QSLA 1NI9A 3PPNA 3ZKKA 5A5XB 2QVVA 3A3UA 3KEIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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