4EXLA

Crystal structure of phosphate abc transporter, periplasmic phosphate-binding protein psts 1 (pbp1) from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
GESITAVGSTALQPLVEVAADEFGTIHVGKTVNVQGGGSGTGLSQVQSGAVDIGNSDVFAEEKDGIDASALVDHKVAVAGLALIVNKEVDVDNLTTEQLRQIFIGEVTNWKEVGGKDLPISVINRAAGSGSRATFDTVIMEGQSAMQSQEQDSNGAVKSIVSKSPGAISYLSLTYIDDSVKSMKLNGYDLSPENISSNNWPLWSYEHMYTLGQPNELAAEFLNFVLSDETQEGIVKGLKYIPIKEMKVEKDAAGTVTVLEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Phosphate-binding protein pstS 1
publication title Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 84
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4exlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4exlA02
3MVXA 3S2VA 4L17A 2X7QA 3PPPA 1MY3A 1H45A 2O68A 4FIMA 3FVNA 3IL1B 1TFDA 3VE1B 2FNCA 3T9VA 3UN6A 2IA4A 4KPTA 1LFIA 3O97A 4U23A 5EHSA 3MP6A 3BBRA 3KJ7A 3KOTA 2QMWA 4Q5TA 3FJMA 4HCWA 3VXCA 4G68C 2YPNA 4GQOA 1POTA 3GBBA 4U4SA 1A54A 1Y1MA 4R74A 2XX9A 2LAOA 4YU0A 1SW2A 4LZ5A 3A09A 3U92A 5KDTB 1IZ1A 4XKRA 3T9XB 1FW0A 2RCAA 3O9PA 4OQOA 1FQAA 1B05A 1QUJA 1Y3NA 3R6UA 4JSOA 2Z8EA 1RYXA 4POWA 5AA1A 4QSEA 4YMAA 4G8NA 1DPEA 1B3FA 4GWOA 1BP5A 3RUMA 2XXPA 3MP8A 2DWIA 4F1UA 2DSFA 2OWTA 2Z8FA 4F3PA 2O7UA 5I56B 4C0RA 1P99A 2H99A 3IAZA 1A8EA 1SYHA 4GOTA 5ISUA 2NVUB 4GIZA 4DIGA 4RK2A 4PFYA 5JTYA 5CMMA 3VLUA 3E4RA 1N76A 4THIA 1M5CA 2R71A 3PV0E 1B51A 3U8QA 1URGA 4GVOA 4IB2A 4YZZA 1S9TA 4LVQA 3U1OA 3KSXA 1LB9A 1P1OA 1P1UA 3N6UA 4F39A 4G2ZA 1F9BA 1NKXA 1PB8A 2P2AA 3TTNA 5H8SA 4LA9A 3QSLA 1ZBMA 3C35A 3S9NC 5H8NB 4QFNA 4X1DA 2DXYA 1TFAA 4IO3A 3LBSA 1P1NA 3PPOA 1UTHA 2NOOA 2PBWA 5H8QB 4KHZE 2B3FA 1JEVA 3TMGA 3FUZA 2WKYA 3R26A 4F1VA 3TODA 2Q88A 4WXJA 4RXLA 5EYFA 2Y7PA 1EU8A 3FJGA 4OMBA 2XXTA 4U1ZA 4MLVA 4EQ9A 1SBPA 3SKPA 4DE8A 3TPAA 1QW0A 3RT8A 4K3FA 4I8CA 2DVZA 2UVHA 1PB9A 5TU0A 4ZE8A 1Y3QA 2ONKE 1I6BA 1I69A 3KFMA 3LSWA 3MZBA 1S50A 3FVOA 4U4XA 4NF8A 5I84A 1FTOA 5KZTA 2RC9A 5H8HA 4F2OA 4IY6A 3USDA 3M3LA 1LB8A 1PB7A 4C1UA 2D3IA 3A3UA 2XX7A 1SW4A 1UIUA 2QRYA 4ELPA 1R9LA 3SEVA 1MM6A 2RINA 4IO5A 5I58B 1N3WA 1KWHA 4QFLA 3UORA 4N13A 3C32A 1BTJA 4ESXA 5JEIA 1TXFA 1VSOA 2X26A 1A99A 2P0SA 4BDQA 1PDAA 2QMXA 1B7UA 2PVUA 3KZGA 1ZMGA 3KGCA 3RQTA 3CR9A 2ZNUA 4LONB 1POY1 3H6UA 3FZVA 4ZEKA 2V84A 3I5OA 1QULA 5JTYB 3B6TA 4HTGA 4RK9A 5DYHA 4NF4A 2GFEA 4EQ7A 3U72A 3Q29A 3MVWA 3OXNA 4OENA 3IOWA 1TWYA 1XC1A 2H98A 4ZE9A 3RN8A 4KR5A 1IXIA 3IJXB 3V83A 4KYDA 3U94A 4GFRA 3IOTA 1FQFA 1LBCA 3G3GA 5I2KB 1UTHB 3DP4A 3K6UA 5ICQA 4NE4A 3S9MC 3BFUA 2DWAA 3MPKA 4AB5A 4G8MA 2Q9TA 3DP8A 2NUVA 1P1QA 1D3KA 3HSTA 3IK6B 1B3EA 2FA7A 3MVZA 1B4ZA 3EHUA 2F7CA 3O6GA 1MXZA 3C31A 3TTLA 2ZXTA 1B5HA 2ZYOA 1MQGA 1B3LA 4RJZA 4QFKA 4JWXA 1ANFA 1OIBA 2AL5A 3IB1A 3KN8A 4DCXA 4F3BA 1XS5A 4Z7EA 3EHTA 1IEJA 1R9QA 3RTFB 4R2FA 2DYXA 5KDTA 5CRYA 1QKBA 1QVSA 1MM7A 3ODBA 4JDFA 2AYSA 4ZEIA 2ZNSA 4FJPA 1MPBA 4KQPA 5H8HB 3VV5A 1WVJA 3KN7A 1JVYA 4HW8A 4POXA 1LSTA 4H1XA 3LR1A 4EUOA 2F34A 3PD8A 1B1XA 5FHNA 3PMVA 5L9MA 4JBZA 1M5EA 3CRBA 4IO6A 2Q89A 4ELRA 3TEPA 2ZMBA 3CIJA 5IAIA 3MVYA 3M3FA 2OBGA 1IXGA 3I3VA 2G93A 2HXWA 4YAHX 3E9XA 3K1PA 3RNNA 2XXHA 2UVIA 1RYOA 4NF4B 1S7YA 3B7DA 4P11A 3MP1A 3DLNA 4EXLA 1PC3A 3G3FA 4ELQA 1MQJA 5FTHA 2O7IA 1USYH 3CFXA 3CFLA 5LOMA 1SI1A 4NF5A 4JSDA 3MBPA 3E3KA 3SEXA 1N84A 4BDOA 4OWDA 2Z8DA 1LAGE 1DTZA 1LBBA 1USYE 2B65A 3CFZA 4OETA 4YKIA 3VLVA 5FHMA 1MG1A 4DXUA 4IGRA 3IORA 1JEUA 4DXCA 3MQ9A 1IXHA 1XVXA 4Z0IA 1ZIUA 3H3GA 4KI0E 3SETA 3IB2A 2Q2CA 1NNKA 2NWJA 3TZAA 5A5XA 1VFEA 4I9DA 1B1HA 3L6HA 4BDRA 3FV2A 1MY1A 4AQ4A 1MXWA 2FYIA 2OK2A 3FVGA 5ELVA 2PT1A 3O6HA 4M1VA 3KJTA 1JW5A 3FVKA 3GLBA 1SD3A 5FHOA 4YICA 3H4ZA 2O1LA 4JWYA 3C9HA 1MQDA 4JB7A 5CMKA 2H4IA 4XKNA 5F1QA 3TQLA 4GL0A 3FXQA 4NMYA 3CG1A 5I58A 3MWBA 3K2DA 4FEBA 3T96B 1Q1KA 3TAJA 4PETA 3K02A 4EQBA 2F78A 2XXRA 4H0WA 5I59A 3EHSA 1BLFA 1Y1ZA 5TPAB 4UACA 1YCJA 4O3BA 4M4GA 2IEEA 1FQDA 1L5TA 1Z7ME 1MY2A 1B2HA 3Q25A 3FJ7A 4I1DA 1XT8A 4QSCA 1RKMA 2BJJX 1Y4TA 4H8JA 4I62A 3R7XA 5AE4A 3ILTB 1OVBA 3S4UA 1MH3A 1EZOA 1MXUA 5DT6A 1N04A 3JZJA 3PD9A 1YAEA 4YKJA 1FTLA 2VOZA 5F7VA 1NMUA 1CE2A 4PP0A 3UA8A 1YPNA 1LGBC 4G4PA 4U21A 3ZKLA 4NF5B 5I2KA 2V3UA 3MW0A 1B5IA 4F2QA 1HSEA 1MDQA 4YB7A 1JW1A 4FAJA 2R9JA 3FD3A 5DEXA 3S9EA 3U93A 1HSLA 3M3KA 1M5DA 2QL3A 3RY3A 4OYVA 4OTEA 4YKKA 1NH7A 1OLAA 4X1BA 4ELOA 1MY4A 1FQEA 2PT2A 5KCJA 1D4NA 3K6VA 2Y7IA 1MQIA 1LAFE 1SW5A 1WDNA 2I49A 3PPRA 5A5XB 3OO7A 1YTVA 1R1NA 1IITA 4F18A 4JXIA 2V3TA 3FIRA 4QFOA 5ITPA 5L8DA 2ZNTA 1GR2A 3UK4A 2DE4A 4ZEBA 2I0BA 3LUYA 4F1YA 3KOSA 4WKMA 2DVCA 1J1NA 1US5A 2HQ0A 4XTCQ 4R72A 4ZZAA 3T93B 4FATA 3K4UA 4ZEFA 3IJOB 4GF8A 3VFJA 4TQUQ 2DS9A 1OMPA 3CSBA 1P1WA 3K0VA 3G7WA 1Z7NE 2I58A 1BKAA 4FECA 1DPPA 2H5YA 1SDXA 1B5JA 1EZPA 1MXYA 3O28A 3AXFA 3KSJA 3IO4A 3EQ1A 2DE3A 1H76A 1NNFA 2Z22A 1LAXA 5I59B 3MAMA 4ECFA 3OELA 1O64A 2DQVA 4GRKA 1A40A 3C36A 2HEUA 4WEPA 2UXAA 4IO7A 3WAFA 4DCYA 4IO4A 4OERA 3FV1A 1UQWA 3MZ9A 1N7XA 1JVXA 3H03A 1PEBA 3QUJA 3V8XB 1SQYA 2F7AA 3DELB 4DLDA 5CBSA 2DP8A 4RY1A 3LSXA 4LATA 1TT1A 4QRZA 3MC2A 5EHMA 3H06B 4KD5A 4KFQA 1O7TA 5DEXB 4YB6A 1FCKA 3B6QA 4O3AA 3TTRA 2W7YA 4GLIA 2YJPA 2D5WA 1MH4A 5H8FA 5J1DA 1ZU0A 3OMBA 4ZECA 1VFDA 4NWCA 2NXOA 2I4CA 3EF7A 5TP9B 2GHAA 3TQWA 4XXUA 1MXXA 5KCJB 3VVEA 4LZ8A 1GVCA 3OD7A 1NNPA 2DE2A 3PUZE 3G3JA 1FTJA 3QK6A 4TLLB 1N7WA 1ZLQA 4Q8RA 3OO6A 3QXMA 1ELJA 3PUYE 3SDFA 4HS7A 4EXKA 1LLSA 3SEWA 4OZ9A 5CBRA 2X7PA 3VDFA 3TFLA 4PFTA 4RNSA 1WODA 2Y7WA 3RPWA 4X48A 3HV1A 2XXWA 5B70A 5I57A 1GGGA 1B9JA 3C34A 1LFHA 4OESA 3I6VA 3Q28A 3V5AA 2ANJA 4N07A 5CC2A 4RYAA 2UYEA 5TPAA 3UP9A 1MPDA 3KG2A 1MPCA 3PUVE 4H8IA 1OQGA 1H43A 4UA8A 1DSNA 2OJTA 5IKBA 4H65A 4R75A 1JETA 3CVGA 3O2AA 4R2BA 4ND9A 5L9OA 3RTWB 3IOVA 4DZ1A 2O51A 3H6TA 3VXBA 4RPOA 1IQ7A 3TELA 3GXAA 4H6DA 4KYEA 3OSRA 2ONSA 2I3VA 3P7IA 1XVYA 3LC8A 4G77A 1FTMA 4F3GA 3IR1A 4LQ2A 2OWSA 5B7DA 2XXUA 5DVIA 3PUXE 1B4HA 3IB0A 3H6WA 3JYRA 2XD3A 1FQCA 1GV8A 2V3QA 1B0LA 4H5GA 3SERA 1AMFA 3B6WA 1H44A 2DOJA 3N94A 4NWDA 3TKDA 4U2RA 4G68A 2XXVA 4OHNA 1LCFA 2F8DA 4WEDA 2RC8A 3E13X 2Q2AA 4R9GA 1BIYA 1B3GA 5H8FB 2F35A 4ISUA 1M5BA 1PBPA 2XXQA 3PU5A 1PBQA 3Q27A 2Z23A 5FTIA 1URDA 4R6KA 4ZZEA 3RT6B 3FXRA 1B52A 4FORA 3K1NA 1B7HA 3K1MA 4ZEDA 3DP6A 1D9VA 3ONMA 4MBPA 3A3CA 3LSFB 2I6EA 2OCUA 1OQHA 1B32A 2XHDA 4FEDA 4KCCA 4F22A 3W9WA 3VLWA 4YMBA 4EF1A 2REGA 4EF2A 4RPNA 4PE5B 1B3HA 3IOUA 2O1MA 4H67A 1DOTA 4LP2B 4OFLA 5I57B 3HPIA 1VR5A 3OEKA 4R9FA 2Y7RA 4BDMA 2F97A 4OEVA 1T0KA 4DXBA 4MF3A 1MDP1 3GZGA 4LQ5A 4OVJA 4R6HA 5DTBA 4YB5A 3HHFA 1DTGA 4HCYA 1MQHA 4QSDA 1M5FA 2HFBA 1B58A 1LCTA 2V25A 2QS2A 4OFOA 2RCBA 3WAEA 3D4CA 3G3HA 2I48A 2PMSA 3K01A 2DXRA 2KLFA 2ONRA 1IUDA 3TCGA 3M8UA 4U22A 3TCHA 1UTBA 3N26A 4OEUA 4OFJA 5HBCA 2QSXA 5I2NA 1ZTYA 2VGQA 1US4A 1VE4A 3O66A 1SW1A 1SVXB 4ZS9A 4G68B 3QUFA 2ZYKA 3PPQA 3SESA 2GH9A 2PYYA 3CSGA 3MJNA 4GXAA 1OVTA 4KCDA 1DMBA 5TP9A 3HN0A 1II5A 3W15C 5JK4A 2XD2A 3T22A 5CMCA 2I0CA 3HO7A 3O29A 3IX1A 3KEIA 4BDLA 4IY5A 1ATGA 4TOZA 4MLQA 1NNTA 4XIGQ 2I4BA 2OLBA 3EPEA 1A7LA 5BWJA 2RF1A 3RGYA 1B6HA 2AIXA 3PPNA 4GD5A 1LFGA 3N5LA 3OO8A 4O3CA 1JNFA 4FE8A 1FQBA 1FTKA 2YLNA 3DM0A 2O6AA 3TYHA 1CB6A 2Y84A 4NF6A 1B0HA 2HZKA 3K6XA 1AL3A 3G3KA 3BFTA 4P0IA 1IIWA 2HAUA 2DWJA 4C1TA 2RC7A 1I6QA 5AA2A 2E0SA 4YKPA 1UIVA 1Q35A 4F29A 1ZJLA 1SI0A 4MH5A 1JW4A 3HCQA 3L6GA 3OOAA 3VVFA 4MFIA 1N0TA 2ALUA 4PFWA 3N6TA 3K00A 2A5TA 1QKAA 4G8HA 5K2XA 2HAVA 1QUIA 2O84X 2E1SA 4QFPA 2AL4A 1NH8A 2DWHA 1QJMA 2P1SA 2F5XA 4U1OA 5HPQA 1IXCA 3PGFA 1MY0A 2H25A 3RLFE 4P0GA 1Y4CA 5BUUA 2F7BA 4Q0CA 3SEUA 4XKQA 3PUWE 3Q26A 2F6PA 2A5SA 4LZ7A 3VVDA 4F31B 1UTBB 3PMWA 4BLAA 3QAXA 1Y3PA 2RKMA 3TDJA 5I2NB 1B40A 1XHYA 2QS1A 1QUKA 2QS3A 3FXUA 3F11A 5AA3A 3ZSFA 3PMXA 2REJA 3TTMA 4EDPA 5K2YA 5AA2D 3CG3A 1B7ZA 2Y7KA 3H6VA 4BDNA 4ONYA 3C4MA 5AA4A 1EH3A 2B3BA 3OEMA 2XX8A 4QHQA 3T9UA 3IO6A 2ZYMA 4RA1A 4JWOA 3C33A 3UIFA 3FASA 5CM6A 1B46A 4IGTA 4F3SA 4X9TA 5ICTA 4Q30B 3ZKKA 1AH5A 1NL5A 4E0WA 3ZS6A 3HHGA 4OXVA 2QPQA 1EZ9A 4PFUA 3W9VA 4IO2A 3EN3A 4N6PA 2VD3A 1NFTA 4QF9A 4DDDA 3GBAA 4PQJA 3MZ1A 1N3XA 2GRVA 4NF6B 5DVFA 4ZDMA 3FATA 4GL8A 3BKIB 2UVGA 2HCAA 4NF8B 3K6WA 1H3DA 2GHBA 5AA2B 2VD2A 2OZZA 5HM4B 3T9HB 2QS4A 1XOCA 4AB6A 3TTKA 3G3IA 2THIA 2VHAA 5M2VA 2Q8JA 1LAHE 3UGWA 2F6GA 5CMBA 1Y9UA 1Y20A 4GXSB 2A5TB 1SYIA 1A55A 5I56A 4R6YA 3OO9A 3H7MA 1HSJA 1A8FA 5DVJA 1O63A 4LUBA 2QJEA 3V89B 1AOVA 2M8CA 2O69A 3ECRA 2F36A 1OLCA 2XXXA 1MXVA 3MPLA 4R73A 1ZKBA 3ILUB 1R6ZA 3TUSA 1GTKA 1D9YA 3S9LC 2ESNA 1I6AA 3QIMA 3FGSA 3OENA 3OSQA 1AIVA 4E0XA 5ITOA 2I3WA 1MRPA 4ESWA 2CMOA 2D21A 2UVJA 5CI5A 2G29A 4F19A 3THIA 3JV9A 2ZYNA 5H8NA 2PX1A 1JQFA 1MS7A 2V93A 2ABHA 2UYFA 2H9BA 2VP1A 4H5FA 3TCFA 3QYTA 2XXYA 4XKPA 3LSLA 4NEDA 3CI8A 3O6IA 3MUQA 5H8QA 1URSA 2CZLA 4NTLA 3D4GA 3T66A 5L9SA 5AA4B 3KN3A 4TLMB 2XXIA 2R6GE 3SEYA 4KYSA 3KBRA 2HZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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