4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
3QIMA 5AA3A 1LFIA 4U4SA 2DSFA 3K1MA 1MPDA 3EPEA 2V3UA 4F3BA 3IOUA 2DE2A 3ODBA 4Q8RA 4NF6B 1QKBA 1MQDA 5CBRA 3R6UA 4QHQA 4OEVA 1B40A 3JYRA 3VDFA 5L9SA 4U22A 3CR9A 3TZAA 4R72A 3GLBA 3CI8A 1F9BA 3G3JA 3G3GA 3EHSA 3D4GA 2PMSA 3VE1B 4KI0E 1FQDA 1JQFA 3FATA 3C34A 3RLFE 4EF2A 4LZ7A 1B46A 3MJNA 1AH5A 1H45A 2H9BA 3VXCA 4MBPA 5ISUA 1IQ7A 1S7YA 2Z23A 1AOVA 4C0RA 2VP1A 4XKRA 4BDQA 1ZLQA 5A5XA 2AYSA 5I56A 3HCQA 4ZECA 1BKAA 1UTHA 1OVBA 2Y84A 1OVTA 5KCJA 3ECRA 1M5EA 1IITA 3EHUA 4POWA 5I58A 2HZKA 1D4NA 1JW4A 1SW2A 1USYH 3TTNA 1ZMGA 2XD2A 3PUVE 1N04A 4TQUQ 5DVIA 4IO2A 1J1NA 1MH4A 3CSBA 4IO3A 1AMFA 1TXFA 2O69A 4O3AA 3EF7A 1L5TA 4RXLA 3SEWA 1B2HA 1B32A 3H6TA 2QPQA 3KOSA 4MH5A 3IOVA 4GQOA 4DXBA 4I1DA 3PU5A 5BUUA 1MRPA 3OO6A 1MY3A 4NF4A 4WKMA 2HZLA 1P1QA 3RQTA 2QS4A 4ELRA 4GVOA 5A5XB 3IOWA 1O64A 5I56B 1MQIA 4JWYA 5DEXA 3MPLA 1SW4A 4FATA 4X1DA 5ELVA 3I6VA 5KCJB 2F8DA 4GF8A 4N6PA 1PB7A 1NNKA 3TCGA 1IEJA 4OXVA 5I58B 4KR5A 3V83A 2RINA 2DOJA 4R74A 2OLBA 1Q1KA 4ZS9A 1MG1A 4F3GA 2UYFA 4YKKA 1LFHA 4F3SA 3QUFA 3MP8A 2P2AA 2NWJA 4E0XA 3KOTA 4MF3A 4N13A 3FZVA 3TEPA 1Y1ZA 5F7VA 1PDAA 1B3GA 3IR1A 2Z8FA 2GH9A 2OJTA 4UA8A 4ZDMA 4NF4B 4YU0A 3KJTA 2OWTA 3T93B 4KQPA 1N84A 1VR5A 1Y3QA 4FE8A 3B6WA 2H99A 3FVGA 3RN8A 3Q29A 3CIJA 1NH7A 3RTWB 5H8FA 3EN3A 1JVYA 1A8EA 4GXSB 1B5JA 2HFBA 4U1OA 3DM0A 3MBPA 3E13X 2Y7WA 4H5FA 1JW5A 2Y7IA 3O29A 5FTIA 1RYOA 3V89B 4R6YA 3TCFA 1T0KA 4ND9A 2W7YA 4RY1A 1FQEA 4F3PA 2F35A 4OERA 4EQ7A 1JEVA 4U21A 2XXQA 2XXPA 1OIBA 4GL0A 1B51A 3BBRA 3IB2A 1SQYA 4DXCA 1TFDA 4Q0CA 1EZPA 3O2AA 2ONRA 2QRYA 3CFXA 4IB2A 4H67A 4EQ9A 4R6KA 3VVDA 5IKBA 3V5AA 2GHBA 1KWHA 1DPPA 4AQ4A 1LBBA 5ITPA 1LAXA 1ZTYA 3PUYE 4ELQA 1FCKA 5CI5A 1FQBA 3MZBA 3VLWA 1IIWA 4PQJA 2I58A 3PPNA 4OESA 5H8FB 2O84X 4YMAA 1B05A 2RC9A 4PETA 4KHZE 2ABHA 3O6HA 2A5SA 3MVZA 2M8CA 1QUKA 1XT8A 4PFUA 1CE2A 3RT8A 3OO9A 4DXUA 4LUBA 4GL8A 4ZEIA 3P7IA 1URDA 1IXIA 4N07A 1Y1MA 5TP9A 3OENA 4XXUA 4G8HA 4R9FA 2XD3A 1JETA 4JXIA 5I59A 3K02A 2RCBA 2DXYA 5J1DA 2XXUA 4H8JA 2ESNA 4THIA 3FJ7A 1EU8A 4XTCQ 4PE5B 2XXRA 3UP9A 1HSJA 3S9MC 3IK6B 2O68A 1LBCA 3PGFA 3T9XB 2O7IA 4Z0IA 4G2ZA 3U92A 1I6QA 2R9JA 1OMPA 1H43A 2HXWA 3U1OA 5CMBA 2DWHA 4LVQA 4YZZA 1B6HA 1MH3A 3LC8A 2PX1A 4FJPA 2HEUA 3M3LA 4YB6A 2AL4A 3BFTA 4GWOA 1LB9A 2DWAA 3MUQA 4YICA 2H5YA 5K2XA 3OO7A 4G4PA 3AXFA 2H25A 3FXQA 4G68C 5TP9B 3V8XB 3K0VA 1MQHA 5I59B 4GFRA 2F7CA 4DCYA 3LSLA 3K6WA 3SDFA 1WODA 1D9YA 3S9LC 2XX8A 5CMCA 5B7DA 2F34A 3LUYA 1NNFA 2Z22A 2Y7RA 2D21A 3G7WA 3C35A 3K01A 2Y7PA 3CG1A 3U8QA 1FQCA 4KYDA 4MLQA 2DWJA 1PB8A 3E4RA 1MXYA 4LP2B 2QL3A 1MXVA 1B5IA 3MVWA 1YAEA 2QMWA 2F36A 1NNPA 4YKIA 2ONKE 2DS9A 1A8FA 3B6QA 4YKPA 3L6GA 2Q89A 1P1NA 2R71A 2O7UA 4NTLA 1IXCA 4POXA 4G68A 3B7DA 4ZE8A 3ZS6A 1D9VA 2GHAA 1S50A 2V84A 3HN0A 2ALUA 1GVCA 4DIGA 3QYTA 3T9HB 1US4A 4DLDA 3VVFA 2F7BA 3C31A 4ZEKA 5LOMA 4LQ2A 3T9UA 1B7ZA 3JZJA 4IO4A 2REJA 4OYVA 2Q8JA 4JWXA 3M3KA 1M5DA 3IO6A 3A3UA 3T22A 3SKPA 1SYIA 3K2DA 1YTVA 1B3HA 4LQ5A 1Y3NA 1I69A 2KLFA 2GRVA 4F22A 4ESWA 3PUWE 5B70A 3O6GA 3KN8A 2XXVA 1QVSA 3CG3A 3UA8A 3FUZA 1IXGA 3IJOB 4KPTA 4MLVA 1RKMA 3O97A 3OO8A 5DTBA 1SW5A 1B1XA 1XOCA 2UVIA 3JV9A 4G68B 3SERA 2X7PA 1RYXA 3W9WA 3TUSA 1DSNA 1MY0A 3TELA 2RF1A 4NWCA 3WAEA 1Q35A 4YB5A 2DVZA 1MY2A 4TOZA 4E0WA 2VOZA 4RYAA 5HPQA 2NXOA 3D4CA 3O9PA 3K1NA 1H44A 2REGA 5AA2A 3IB0A 2I48A 2O6AA 3CFZA 3W15C 1B4HA 1B3LA 1XC1A 3IORA 4JSDA 3MP1A 3OD7A 5DVFA 3OELA 1GTKA 2I0BA 1FW0A 2NOOA 1N7WA 1A40A 1NH8A 1DTZA 2XXHA 1B52A 1SI1A 2FNCA 1UIUA 1P1UA 4Z7EA 2RC7A 1BLFA 5H8SA 3HV1A 4XIGQ 3C33A 2NVUB 3TTKA 4OHNA 3H06B 4IO7A 2ZNTA 4BDOA 2PT1A 3PMVA 5FHMA 4F29A 1Z7NE 4ELOA 3MW0A 1GV8A 3KFMA 3KBRA 1R9LA 1O7TA 3ZKKA 1FTOA 2XXYA 1QJMA 1VE4A 4O3BA 4GRKA 5CBSA 3PPRA 3QXMA 3G3IA 3KSJA 3OOAA 5AA2B 5JEIA 1ZBMA 2B65A 4OMBA 2Z8EA 4RK2A 1SDXA 3TAJA 3U94A 1OLCA 3MVYA 2F6GA 4PFWA 1LAHE 5L8DA 3UORA 4MFIA 4ZE9A 3QSLA 4RNSA 4F19A 2PBWA 5CMKA 4XKPA 4BDRA 5AA2D 2G29A 5TU0A 2HAUA 3H03A 1H76A 3SEXA 1M5FA 1M5CA 3FV1A 3H7MA 4F2QA 3DELB 4F18A 1MXXA 4AB5A 2PYYA 1N0TA 1LCTA 2A5TA 5H8NA 3RGYA 4FECA 2ONSA 1JNFA 1N3XA 2HCAA 3N5LA 3VVEA 1P1OA 4OVJA 2OBGA 3VFJA 5L9OA 4TLLB 2I6EA 1A99A 2H4IA 3O28A 1PBQA 5H8QA 2B3FA 1A7LA 5TPAA 2I3WA 1I6BA 5I84A 2E0SA 2F97A 4OQOA 5F1QA 2UXAA 1FQFA 1XHYA 1N3WA 1ELJA 2G93A 4H8IA 1SW1A 3KEIA 5I2NA 3MQ9A 3GBBA 4G8NA 1A54A 3KN3A 2QS2A 4QF9A 2Y7KA 3IOTA 4FAJA 1WVJA 4R2FA 2AL5A 1IXHA 4LZ5A 5KDTA 2PVUA 2A5TB 4F2OA 5H8NB 4P0GA 2DE4A 4X1BA 4H6DA 5IAIA 3H3GA 4DDDA 2ANJA 1HSLA 3TTRA 2XX7A 4U1ZA 3Q27A 3M8UA 3IAZA 3T96B 4L17A 1FTKA 4R9GA 1VFDA 4GD5A 2ZMBA 5H8QB 1O63A 5TPAB 1MQJA 5CC2A 5CRYA 3KJ7A 3OEMA 2F5XA 3IJXB 1LFGA 2OCUA 3I3VA 4FIMA 5I2NB 1MDQA 3K1PA 3TQWA 4QSDA 4FORA 4GOTA 3MZ9A 1LSTA 4LONB 4F1VA 3FJMA 4KCCA 3N6UA 3VXBA 5KDTB 3MAMA 4YB7A 1NFTA 1URGA 3U72A 3UGWA 3K6XA 2DQVA 3S9NC 3PPPA 4NEDA 1LGBC 1B3FA 3S4UA 3FVKA 4GXAA 3EQ1A 4YMBA 5H8HA 4OWDA 5ITOA 3N6TA 3VLUA 1PB9A 4HTGA 4G8MA 1MQGA 3DP6A 2R6GE 3KG2A 4JDFA 3S9EA 3N26A 4U4XA 3PUZE 1DTGA 3MZ1A 5HBCA 2O1LA 1SVXB 1JEUA 3ILTB 3TFLA 1DPEA 2UVJA 2QS1A 2DYXA 3LSXA 1NMUA 4EUOA 4IO5A 3K6VA 3TTMA 4R6HA 1N76A 3DLNA 4FEBA 3TKDA 2ZNUA 4DE8A 4ESXA 3RPWA 1IUDA 2HQ0A 1B9JA 4EXLA 1XS5A 1FTJA 1PEBA 1EZOA 4RPOA 5I2KB 3FXUA 3VV5A 3BFUA 4FEDA 5H8HB 1Y4TA 1Z7ME 2O1MA 4K3FA 4JWOA 4IO6A 1XVXA 2OWSA 2OZZA 2I4BA 4JB7A 4F31B 5I57A 3PPOA 4F1YA 1MM6A 3TQLA 4ZZAA 3TYHA 4YAHX 4EXKA 1B5HA 1R9QA 2FYIA 4OTEA 3G3KA 1R1NA 2UVHA 1B0HA 4M1VA 3FD3A 5FTHA 4ECFA 1M5BA 4ELPA 1TFAA 3HPIA 2IA4A 4H5GA 3MWBA 5AA1A 2B3BA 2DP8A 2NUVA 1SD3A 5EYFA 4YKJA 5K2YA 2VGQA 3C9HA 2ZYMA 3HHFA 4GLIA 4Q5TA 4QFOA 2H98A 4QSCA 5BWJA 1GR2A 2P0SA 2F6PA 3MVXA 1ZIUA 2DWIA 3Q25A 2VD2A 3DP8A 5AE4A 4Q30B 3N94A 4HCWA 2XHDA 4P11A 1BTJA 5DT6A 3LSFB 2DXRA 2Q88A 4R2BA 5I57B 3QUJA 2XXWA 4I62A 2XXXA 3C32A 4AB6A 3QAXA 4KCDA 4HCYA 3R26A 1B7HA 1SI0A 4TLMB 2ZYOA 4OFLA 3B6TA 3OSRA 3TMGA 1DMBA 1FTMA 1QUJA 3VLVA 1WDNA 4EDPA 1BP5A 2P1SA 2QSXA 4OFJA 2AIXA 2F78A 4PP0A 2RCAA 2I3VA 3KGCA 4OZ9A 2QJEA 3K4UA 2YJPA 3A09A 3LBSA 5KZTA 3LR1A 4EQBA 1BIYA 1MDP1 1PBPA 3T9VA 2O51A 5CMMA 3M3FA 2RKMA 3Q28A 4I9DA 4G77A 1QULA 3FVOA 3CVGA 2VHAA 3MP6A 3L6HA 5ICQA 3KZGA 1UQWA 3HO7A 4NF5A 1S9TA 1LCFA 4IY5A 1B58A 3SETA 1ZU0A 1LB8A 3G3FA 3G3HA 4U2RA 1SBPA 1SYHA 4QFNA 4RA1A 1UTHB 3EHTA 1DOTA 4F1UA 1MXZA 1UIVA 4OEUA 3ILUB 1B0LA 1NL5A 5EHMA 3OEKA 3RUMA 3K6UA 3RTFB 5DYHA 1OQGA 3FIRA 1ZJLA 1MY1A 5ICTA 4ZEFA 3UN6A 3Q26A 3H6UA 3FASA 4BDLA 3PMWA 4IY6A 1A55A 2V93A 4M4GA 4H65A 5FHOA 3O66A 2WKYA 2I0CA 4OENA 1QKAA 3GXAA 2I49A 1B4ZA 1Y4CA 4RK9A 4I8CA 3UIFA 3H6VA 1XVYA 1VFEA 4NF5B 1MS7A 4QRZA 4UACA 2ZYNA 1ANFA 1MY4A 3F11A 2CZLA 3K00A 3FVNA 4KYEA 5DEXB 3SESA 5JTYA 3A3CA 2DVCA 3C4MA 2UVGA 4KD5A 4LZ8A 4F39A 1EH3A 2Q2AA 1POY1 4BDMA 1B1HA 3OMBA 1TWYA 2Q2CA 3O6IA 4XKNA 2Q9TA 1OLAA 4IGTA 4BDNA 4NMYA 4PFYA 1POTA 1JVXA 1N7XA 4LA9A 1IZ1A 1MPBA 3UK4A 4NWDA 1YCJA 3TDJA 1P99A 3BKIB 1Y3PA 3SEVA 2QMXA 4P0IA 3S2VA 4LATA 3KN7A 2V3QA 2Z8DA 3CSGA 5HM4B 4QFKA 5JK4A 1B7UA 1I6AA 3T66A 1MM7A 4IGRA 3GBAA 3CRBA 4U23A 4C1UA 5JTYB 2V25A 4NF8A 3OXNA 1ZKBA 3TCHA 4H0WA 3OSQA 4QFLA 2X7QA 3FV2A 3E9XA 2E1SA 1MPCA 4GIZA 4JBZA 2BJJX 4ZZEA 1P1WA 2FA7A 1B3EA 1NNTA 4BLAA 3ZSFA 1QW0A 2DE3A 4HS7A 1US5A 3I5OA 4EF1A 2XXIA 4X48A 3W9VA 2LAOA 5AA4A 3IX1A 3CFLA 1VSOA 4OFOA 4X9TA 1LLSA 4ZEBA 1FTLA 5DVJA 1OQHA 4KFQA 2D3IA 5L9MA 2OK2A 3HHGA 2XX9A 3PV0E 1UTBA 2V3TA 2YLNA 3PMXA 3FXRA 2F7AA 4RPNA 3KSXA 4H1XA 3TTLA 1MXUA 4QSEA 1LAFE 4NF8B 4HW8A 3IB1A 2X26A 3QK6A 5FHNA 3H4ZA 4OETA 1AL3A 5I2KA 4QFPA 1EZ9A 1TT1A 3RT6B 3H6WA 3SEYA 1R6ZA 1QUIA 3IO4A 3THIA 2ZYKA 1YPNA 4DZ1A 2THIA 1FQAA 1D3KA 2VD3A 2UYEA 2D5WA 3R7XA 5AA4B 1Y9UA 3FGSA 4WXJA 3HSTA 3ZKLA 5EHSA 2I4CA 4R75A 3RY3A 3TPAA 3E3KA 1JW1A 4RJZA 1URSA 1CB6A 1UTBB 2ZXTA 2YPNA 3TODA 2XXTA 5CM6A 2CMOA 3MPKA 1NKXA 3PD9A 4R73A 1II5A 4PFTA 3FJGA 3PUXE 4NF6A 2RC8A 5M2VA 3USDA 4DCXA 4KYSA 4XKQA 2GFEA 1AIVA 3WAFA 3IL1B 1USYE 4WEDA 3PPQA 1LAGE 3MC2A 4ISUA 1ATGA 4ONYA 4ZEDA 3GZGA 1Y20A 1HSEA 3LSWA 3ONMA 1H3DA 4C1TA 3PD8A 4NE4A 1PC3A 2HAVA 3SEUA 2IEEA 4O3CA 1MXWA 2QS3A 1GGGA 3C36A 4JSOA 3RNNA 3DP4A 3U93A 4WEPA 2ZNSA 2PT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QIMA 5AA3A 1LFIA 4U4SA 2DSFA 3K1MA 1MPDA 3EPEA 2V3UA 4NGUA 4F3BA 3IOUA 4JVCA 2DE2A 3ODBA 4Q8RA 1NV5A 4NF6B 1QKBA 1MQDA 5CBRA 3R6UA 4QHQA 4OEVA 1B40A 3MYUA 3JYRA 3VDFA 5L9SA 4LN5A 4U22A 3CR9A 3TZAA 4R72A 3GLBA 2V4CA 4N6DA 3CI8A 1F9BA 2HXRA 3G3JA 3G3GA 4GBWA 3EHSA 3D4GA 2PMSA 3VE1B 4KI0E 1FQDA 3KC0A 1JQFA 3FATA 3C34A 3RLFE 1FTAA 4EF2A 4LZ7A 1B46A 3MJNA 3CHGA 1AH5A 5LDZA 3B50A 1H45A 2H9BA 3VXCA 4MBPA 4GWZA 5ISUA 1IQ7A 1S7YA 2Z23A 1AOVA 4C0RA 2VP1A 1QGXA 4XKRA 4XF5A 4BDQA 1ZLQA 5A5XA 2AYSA 5I56A 3HCQA 4ZECA 1BKAA 1UTHA 4NQ8A 1OVBA 2Y84A 2P3VA 1OVTA 5KCJA 4PAFA 3ECRA 1M5EA 1IITA 3EHUA 4NN3A 4PGPA 4POWA 5I58A 2CEXA 4PE3A 4PDDA 3E79A 2HZKA 1D4NA 1JW4A 1SW2A 1USYH 3TTNA 1ZMGA 2XD2A 3PUVE 1N04A 4GX4A 4TQUQ 5DVIA 4IO2A 2HPGA 1J1NA 1MH4A 3CSBA 4IO3A 1AMFA 1TXFA 2O69A 4O3AA 3EF7A 1L5TA 4RXLA 2ZZXA 3SEWA 1B2HA 1B32A 3H6TA 2QPQA 3KOSA 4MH5A 3IOVA 4GQOA 2PCRA 4DXBA 4I1DA 3PU5A 5BUUA 1MRPA 3OO6A 1MY3A 4NF4A 4WKMA 2JJKA 1FPEA 4N91A 2HZLA 1P1QA 2R8TA 3RQTA 2QS4A 4ELRA 4GVOA 5A5XB 3IOWA 1O64A 5I56B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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