4F1YA

Cnqx bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f1yA02
4LUBA 4R75A 5EYFA 5A5XA 3PMWA 2ZYKA 1Y4TA 1I6BA 1WVJA 1SI0A 1IUDA 3O97A 2DWHA 2NWJA 1N04A 4YB7A 4RA1A 1IIWA 1I69A 3RLFE 4ZZEA 5I84A 3LSWA 1QJMA 5HPQA 2DWAA 4GOTA 4F31B 1Q1KA 2HAUA 1H44A 5B70A 1TFDA 4NF8A 1D9YA 2RCBA 4P0IA 2Q2AA 1A99A 4DCXA 3O6HA 3TYHA 4OESA 3QUJA 1SDXA 4RJZA 2OWTA 3TTLA 3UA8A 3ZKLA 3GBBA 5H8NA 1QKAA 1LCTA 4DLDA 1PEBA 4ND9A 2YPNA 3OEKA 5I57A 1N84A 4HS7A 4PETA 4HCWA 4YMBA 3SEUA 2QPQA 2F34A 2UVJA 3OD7A 2B65A 3FVKA 3C4MA 3KJ7A 3FV2A 3KN8A 1CB6A 1URDA 5A5XB 2XXYA 3M3KA 1SI1A 2V3UA 2DVZA 4O3AA 4DXUA 3Q28A 3KFMA 2QMWA 4G68C 4FORA 3MVZA 4DIGA 5HBCA 4JDFA 1XT8A 2YJPA 4OWDA 2QS3A 3RY3A 3SEWA 2ZMBA 2ZNUA 2F97A 4G8NA 4NF8B 1EZPA 2IA4A 3CSGA 4G2ZA 2Y84A 4BDMA 2V25A 4OFLA 4ZEIA 3MVWA 2PMSA 1M5DA 3FD3A 1AL3A 5CC2A 3RTWB 4R6HA 5IKBA 1MRPA 3VLWA 4ZECA 1IEJA 5H8NB 3U72A 2GHAA 3PPNA 3PUYE 1NNKA 5I57B 2RCAA 1JVYA 4XIGQ 3MZ9A 3S9NC 4OEVA 4KFQA 2UVIA 2V93A 1SW2A 2Z8DA 2I4BA 3LC8A 2DE3A 4YICA 2DWJA 4EQBA 4QF9A 4OVJA 2VP1A 1B4HA 1DOTA 1MPDA 3U93A 4Z7EA 4OTEA 3KOTA 1FTKA 4O3BA 3E13X 3G3JA 3H6TA 4F3GA 4H8IA 3HO7A 3IOWA 2ZNSA 1CE2A 2Z23A 1IXGA 1Y3PA 2FNCA 4OXVA 4GFRA 3HHGA 4QSCA 2Y7PA 1DTZA 3JYRA 3FVOA 4U1ZA 2G93A 4KR5A 2E1SA 5FHNA 3IJOB 4OQOA 1LBCA 3FXQA 1Y1ZA 2Y7WA 1IZ1A 3IOUA 4WEDA 1S50A 1Z7NE 3DP8A 1P1UA 3MBPA 4L17A 5HM4B 1N7XA 3LBSA 1JVXA 3QXMA 4F19A 5I58A 3PPQA 1SYHA 3OO9A 5I59A 2THIA 4F1VA 4OFJA 1POTA 2VHAA 1QUKA 5CI5A 1US5A 4IO4A 4G4PA 4OHNA 3OXNA 3FZVA 4Q5TA 2W7YA 3EF7A 3H4ZA 4F29A 4DDDA 1B4ZA 5TP9A 2OLBA 3BKIB 1ELJA 1WODA 3A3UA 1MQGA 3SEYA 3O6IA 2QS1A 3V5AA 1LSTA 1O63A 1B5HA 4ONYA 5KCJA 3CFXA 3HHFA 5FTHA 4GF8A 2I4CA 1NNFA 3K6WA 3TTNA 3C33A 3N94A 2REGA 5ITOA 1PC3A 1B0LA 3IB1A 1UIVA 1B58A 1N7WA 5L9SA 4ZE9A 1EZ9A 5IAIA 2YLNA 4FATA 3VE1B 4I8CA 2HXWA 4GLIA 3TAJA 3CFLA 1GTKA 3LSFB 5EHMA 1FQEA 1FQBA 2NUVA 2PBWA 4H67A 1B5IA 4XXUA 4R2FA 1ZLQA 3EQ1A 3TELA 1I6QA 5I58B 4WXJA 5EHSA 5I59B 4KYSA 3UN6A 3KEIA 2HQ0A 4WKMA 4H5FA 1FQDA 5DYHA 3GBAA 3Q26A 4KPTA 1NNPA 4E0XA 2A5SA 2Q9TA 2QL3A 3GXAA 5TP9B 1M5BA 3Q25A 3U1OA 1XVYA 1RYXA 1B32A 2GHBA 1MM6A 3T66A 2BJJX 1HSLA 3CR9A 5TPAA 4OZ9A 4NF5A 4GIZA 3Q29A 4QFKA 5KCJB 2XXHA 1Q35A 1US4A 3HN0A 3QUFA 2E0SA 3ECRA 1YCJA 4POWA 3DP4A 4MLQA 2O1LA 4JBZA 3H06B 1OVTA 3G3IA 4OMBA 2O51A 1AOVA 1MY1A 1MM7A 3DM0A 2O68A 3MZ1A 3QSLA 3RTFB 2X26A 3EPEA 4ZS9A 3UK4A 4QHQA 3M3FA 3K02A 3U8QA 1MH3A 1JEVA 2PVUA 4ELQA 2F7CA 3MVYA 3MP1A 4F22A 5K2XA 2XXVA 4KD5A 4YKJA 5K2YA 1USYH 3E3KA 2HAVA 4X1DA 1MPCA 4M1VA 5I2KA 4F39A 1FQFA 2D5WA 2B3BA 5F7VA 1IXIA 1B1HA 3EN3A 1LBBA 2DSFA 4R9GA 3H7MA 1GGGA 1FTOA 1PBPA 3E9XA 2P1SA 2B3FA 4GL0A 2Z8EA 3WAFA 1S9TA 2VD2A 4U2RA 1ATGA 5TPAB 1VE4A 2VGQA 2VD3A 3I6VA 2RC8A 4PFWA 1PDAA 3MUQA 1B3LA 4TLMB 3IOVA 3RT8A 2NXOA 4NF4A 1MY2A 1N3WA 3IK6B 1DSNA 3Q27A 4F3BA 2X7PA 2Y7IA 4QSEA 1UTBA 2XXTA 2DS9A 4FE8A 5DEXA 4MH5A 1MQJA 3THIA 1B5JA 4WEPA 2X7QA 3H6UA 2HCAA 3VLVA 3V8XB 2RF1A 5CBSA 1JQFA 1LFIA 1MG1A 4PFTA 4NWCA 2ZNTA 4EDPA 5BWJA 4G8HA 3AXFA 3ODBA 1RKMA 4ESXA 5I2KB 4O3CA 3H6WA 4EQ9A 1BKAA 5L9OA 2F78A 2XX9A 4K3FA 4R6KA 3CG3A 1MY3A 2ESNA 2AIXA 2AL5A 3PPPA 3R26A 3OSQA 3I5OA 2O1MA 3VDFA 1IITA 5JK4A 5H8SA 4ZEKA 3S9EA 1SVXB 4MFIA 1QW0A 1B3HA 4IY5A 3H6VA 1NFTA 3RPWA 3KJTA 3PUXE 1FW0A 5I2NA 4EF2A 3DELB 1H45A 4GVOA 3FATA 4RK2A 4RYAA 4Q8RA 4KCDA 4NF4B 2ZYNA 4RXLA 1URSA 2XX7A 4OFOA 1UTBB 1PBQA 4ZE8A 5DEXB 4THIA 5F1QA 1POY1 1MH4A 2OWSA 4LP2B 1N0TA 1IQ7A 3B7DA 2REJA 4FIMA 4BDOA 3OELA 3TODA 3IO4A 3E4RA 1FCKA 2DYXA 3EHTA 1HSEA 1ZKBA 2XD2A 4IO5A 4R72A 4DE8A 4GWOA 3VVFA 4LONB 3T22A 1MDQA 2UYEA 1B52A 4H5GA 2DE2A 3SKPA 3O28A 3JZJA 1B51A 2Q2CA 3MC2A 3H03A 2M8CA 1B7ZA 4F1UA 1B3EA 4QFOA 5L9MA 1ZJLA 3CG1A 3VVEA 2I0BA 4UA8A 1P1QA 2Q8JA 5I2NB 2ZYOA 2QJEA 4M4GA 4G8MA 4JWXA 1B9JA 4LQ2A 2UVGA 2ONSA 3KN3A 4I9DA 1MXYA 1SYIA 4IO7A 2OK2A 5H8QA 4XKRA 3TEPA 1J1NA 5CMKA 4H6DA 2F36A 4U21A 4U22A 2R71A 3HCQA 4G68A 1OVBA 4HCYA 3G3GA 4IO6A 1NMUA 4E0WA 4YB6A 2ABHA 3IJXB 2RC9A 3K00A 4LA9A 1B3GA 3V89B 1R9QA 4JSDA 3MJNA 1LAGE 5L8DA 3IO6A 3T96B 5AA4A 4IO2A 1DTGA 2DP8A 3FJGA 3I3VA 3FASA 3TPAA 3IR1A 4YAHX 3IX1A 4DZ1A 1YTVA 2P0SA 3O9PA 4QFLA 3MW0A 4R73A 2H4IA 4XKNA 4EF1A 3T93B 1JW1A 3K1MA 1O64A 4GRKA 2XXIA 3TTRA 1UTHA 1N76A 3CSBA 3CI8A 1P1NA 3B6TA 2XXPA 4KQPA 3PUWE 1DPPA 5AA2D 5H8HA 2RC7A 4X1BA 3IORA 5ITPA 4MBPA 2H9BA 5H8QB 3IAZA 5JTYA 1AMFA 3PD9A 3D4GA 1IXCA 2HEUA 4OETA 5DVJA 3G3KA 1A8FA 3BBRA 4LQ5A 4ZZAA 3ZSFA 3EHUA 1T0KA 3OO7A 5KDTA 4RNSA 3RGYA 1LGBC 4JXIA 1GV8A 3TCHA 3L6HA 1FTMA 1D3KA 1P1OA 3PPRA 5FHOA 4ESWA 3S2VA 3MWBA 1ANFA 1XC1A 3IB0A 3C32A 2HZLA 2XHDA 4R2BA 3OO6A 3W9VA 1UTHB 2DWIA 1QULA 3TTKA 3PUVE 4BDQA 3K01A 1MXVA 3HPIA 2UXAA 1SW4A 3UIFA 4OERA 1A55A 2XXRA 5DVFA 1R9LA 4LZ7A 1S7YA 2D3IA 2NOOA 5H8HB 1JW4A 5FTIA 2AYSA 1LFGA 3KSJA 3TMGA 5JTYB 3UGWA 2I3VA 1LFHA 4GL8A 4YKKA 5H8FA 3RT6B 1B7HA 1RYOA 3ILUB 2O69A 3KG2A 3QAXA 2RINA 4F2QA 1MS7A 5KDTB 2V84A 3K1PA 1I6AA 1AIVA 3KZGA 4ELPA 1EU8A 4F18A 1MQDA 1VSOA 2O84X 3HSTA 1D9VA 3CFZA 1NKXA 2GH9A 3MVXA 1B40A 4JB7A 4QFNA 1NNTA 3B6QA 1FQCA 1M5EA 4IB2A 4QRZA 5ICQA 5KZTA 1LCFA 1EH3A 2V3QA 3OMBA 3LUYA 5TU0A 3VVDA 3O6GA 3L6GA 3T9HB 3G7WA 4Q30B 1JNFA 3QK6A 3PUZE 4QSDA 4NE4A 3D4CA 5M2VA 1P99A 3TZAA 3TFLA 4GD5A 2H25A 4AQ4A 3OEMA 4H0WA 3DP6A 4NF5B 2ALUA 3KSXA 2H5YA 4YU0A 4ZDMA 2F35A 4PQJA 3VFJA 4EXKA 5H8FB 1SW1A 3R6UA 1R1NA 3ONMA 1GR2A 2VOZA 3U92A 1YPNA 2F7AA 3QIMA 4NWDA 3MPKA 1NH8A 2OCUA 2DOJA 4LZ8A 4NTLA 1FTJA 5FHMA 1GVCA 1MXUA 3CRBA 4KCCA 2Q89A 3RQTA 3VLUA 2I58A 4U23A 4DXCA 1LAHE 3U94A 1II5A 4XKPA 2GFEA 4BDNA 1DMBA 1A40A 2QMXA 3SESA 2PX1A 1SBPA 2XD3A 3ZKKA 2OBGA 2XXXA 3H3GA 3RN8A 1PB8A 4I62A 4GXAA 2F7BA 4POXA 3C35A 5ISUA 1MPBA 1XVXA 3EHSA 5CRYA 4OENA 3MPLA 1YAEA 3DLNA 3FUZA 2QS4A 2I0CA 1SW5A 1O7TA 1TWYA 3TTMA 4QFPA 4LVQA 3N5LA 4ISUA 1OMPA 3CVGA 4BDLA 3FIRA 1MXXA 1BTJA 3FVNA 1WDNA 3FV1A 2V3TA 2F6GA 4PFYA 2Q88A 2RKMA 4NEDA 1AH5A 3F11A 5AE4A 1MXZA 1PB9A 3IOTA 4Q0CA 3MAMA 1UQWA 1QUJA 3KOSA 4Z0IA 1FTLA 4YZZA 3FJ7A 2ONRA 1PB7A 1UIUA 2H99A 2HFBA 1Y9UA 2LAOA 3M8UA 4OYVA 4RPNA 4DCYA 2A5TA 3MP6A 4F3PA 4C1TA 3FXUA 1NL5A 4NMYA 2I48A 3G3HA 3O66A 1H76A 2KLFA 1TT1A 3SETA 1LAFE 4X48A 1BIYA 1SD3A 2ZYMA 4N07A 4YB5A 3PD8A 2QS2A 5ICTA 1B0HA 4FAJA 4EQ7A 5JEIA 3C31A 3TKDA 1MY0A 4MLVA 3TCFA 2OJTA 3T9XB 5DVIA 2HZKA 4C0RA 3M3LA 2DQVA 1KWHA 1JEUA 3GLBA 2WKYA 4KHZE 1TFAA 1D4NA 4R9FA 1B1XA 1ZIUA 4PE5B 4H8JA 3PV0E 1Y1MA 2ANJA 3MZBA 4U4XA 4IGRA 2I3WA 4IO3A 3LSXA 4PP0A 3USDA 5LOMA 1A7LA 2I49A 4ZEDA 3C9HA 4XTCQ 3K1NA 3IB2A 4R74A 2PT2A 1DPEA 3FJMA 3P7IA 3SEXA 5AA1A 3FVGA 1R6ZA 3S9MC 4NF6A 2UVHA 4BDRA 1FQAA 2H98A 2DXRA 3OENA 1Z7ME 3OOAA 2P2AA 3MQ9A 2OZZA 1M5FA 3UORA 4ELRA 3N26A 1EZOA 4F3SA 4YKPA 2A5TB 3T9UA 2R6GE 2O7IA 2IEEA 1F9BA 1USYE 4FECA 3JV9A 4H1XA 1SQYA 4X9TA 4U1OA 3ILTB 1B05A 4RY1A 4DXBA 2XXUA 4U4SA 3K0VA 1A54A 3O2AA 4I1DA 1M5CA 4KYDA 1ZMGA 4JWYA 3W15C 3PPOA 1TXFA 1OQGA 4AB5A 1JETA 1OLAA 1QUIA 1BLFA 1LAXA 3K2DA 5CMBA 4TOZA 1N3XA 1P1WA 1QVSA 5DT6A 4ZEBA 5AA3A 3PU5A 3C36A 3W9WA 4RPOA 3GZGA 2QSXA 3PMVA 3BFUA 4YMAA 4RK9A 4NF6B 1Y20A 4G68B 1B46A 4IY6A 3OO8A 5I56A 4EUOA 1H43A 2Y7RA 3SDFA 1VFEA 3MP8A 1BP5A 3UP9A 4YKIA 1B7UA 4G77A 4IGTA 4XKQA 2AL4A 3TUSA 1H3DA 3ZS6A 1Y3NA 2ONKE 2D21A 4ECFA 2O7UA 5BUUA 1URGA 3SERA 3OSRA 3K6VA 5AA4B 4TQUQ 3O29A 5AA2A 3V83A 1MXWA 4GQOA 5CMMA 4LZ5A 1OQHA 4LATA 4N6PA 2QRYA 3A3CA 1NH7A 5J1DA 3KN7A 2XXQA 2NVUB 3N6TA 3RUMA 4KI0E 3S4UA 2FA7A 4TLLB 2F8DA 3N6UA 3PMXA 3T9VA 5CMCA 4AB6A 3VV5A 3VXCA 2DE4A 1MQIA 4P11A 4N13A 4H65A 2G29A 2PYYA 2FYIA 1LB8A 2PT1A 4R6YA 3QYTA 4GXSB 3S9LC 1LLSA 5CBRA 4UACA 1XOCA 1MQHA 1OIBA 3RNNA 1B6HA 1XHYA 3HV1A 3FGSA 4ZEFA 1OLCA 1HSJA 3KGCA 1IXHA 3FXRA 1ZBMA 1LB9A 5I56B 3G3FA 3A09A 1L5TA 4F1YA 1ZU0A 2F5XA 1XS5A 2O6AA 1A8EA 1JW5A 3K6XA 3TQWA 3PGFA 4ELOA 3CIJA 1VR5A 3VXBA 3TDJA 4HTGA 5B7DA 4HW8A 3TCGA 3TQLA 3B6WA 4KYEA 5AA2B 1MDP1 3WAEA 1ZTYA 2XXWA 3LR1A 4PFUA 1Y4CA 2F6PA 4F2OA 3BFTA 4BLAA 4FEBA 4EXLA 5DTBA 3K4UA 2R9JA 3SEVA 4JWOA 4P0GA 4MF3A 2DXYA 1MY4A 3KBRA 4JSOA 4C1UA 2GRVA 2CZLA 5CM6A 2ZXTA 2Z22A 1B3FA 3K6UA 1B2HA 4FJPA 3C34A 2XX8A 3IL1B 1VFDA 2Y7KA 1QKBA 2Z8FA 3LSLA 1Y3QA 3R7XA 4OEUA 2UYFA 2CMOA 2I6EA 5ELVA 4FEDA 2DVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LUBA 4R75A 1G0IA 5EYFA 5A5XA 1NUXA 3PMWA 2ZYKA 1Y4TA 1I6BA 1WVJA 4NF0A 1SI0A 1IUDA 3O97A 2DWHA 2NWJA 1N04A 4YB7A 4NQ8A 4RA1A 1IIWA 1I69A 3RLFE 4ZZEA 5I84A 3LSWA 1QJMA 5HPQA 2DWAA 4GOTA 1RDZA 4F31B 5ESYA 1Q1KA 2HAUA 1H44A 5B70A 1TFDA 5LDZA 3B50A 4NF8A 1D9YA 4P1LA 2RCBA 1FBHA 4P0IA 2Q2AA 1A99A 4DCXA 4H46A 3O6HA 3TYHA 4OESA 3QUJA 1SDXA 4RJZA 2OWTA 3TTLA 3UA8A 3ZKLA 2MKZA 3GBBA 5H8NA 1QKAA 1LCTA 4DLDA 1PEBA 4N8GA 4MCOA 4ND9A 1EYJA 2YPNA 3OEKA 4HXVA 4PFRA 5I57A 1N84A 4HS7A 4PETA 4HCWA 4YMBA 3SEUA 2QPQA 2F34A 1NV1A 2UVJA 3OD7A 2B65A 2OWZA 3FVKA 3C4MA 3KJ7A 3FV2A 4MNCA 3KN8A 1CB6A 1URDA 1NV6A 5A5XB 2XXYA 3M3KA 1SI1A 2V3UA 2DVZA 4O3AA 4DXUA 3Q28A 3KFMA 2QMWA 4G68C 4FORA 3MVZA 2QVUA 5ET5A 5HBCA 4DIGA 1K9YA 4JDFA 1XT8A 2YJPA 4OWDA 2QS3A 3RY3A 4PBHA 3SEWA 2ZMBA 2ZNUA 2F97A 4G8NA 4NF8B 1EZPA 2IA4A 5A5LA 3CSGA 4G2ZA 2Y84A 4BDMA 3IFAA 2V25A 4OFLA 4ZEIA 3MVWA 2PMSA 1M5DA 3FD3A 1AL3A 5CC2A 3RTWB 4R6HA 5IKBA 1MRPA 3VLWA 3T0JA 4ZECA 1IEJA 5H8NB 1NV5A 3U72A 5T3JA 2GHAA 3PPNA 3PUYE 1NNKA 5I57B 2RCAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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