4F22A

Kainate bound to the k660a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTAEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 81
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A02
1IEJA 2ABHA 3DP8A 2DWAA 1M5BA 4PE5B 4ECFA 2Q88A 2P1SA 4NF5B 1TXFA 2F7BA 3H6UA 3CG1A 1P1UA 1WVJA 1MXZA 2O1LA 1H3DA 4KYEA 3MUQA 4F29A 3C31A 1BIYA 2O1MA 4ZE8A 1MY3A 2XXHA 3B6TA 1XVYA 1Y1ZA 4X48A 1MY0A 4NF6B 2B3FA 1FTKA 1SW2A 4IO4A 5A5XB 3T96B 3ZKLA 1RYXA 4R73A 1NNTA 2F6PA 2XXTA 4YKJA 3C32A 4HCWA 4C1TA 1MPBA 2DOJA 3I6VA 3MJNA 4O3BA 1SI0A 3LSXA 4MF3A 3HO7A 3LSLA 2ZNSA 4F3BA 5FTIA 4F19A 4PFWA 1YPNA 4KCDA 2F7AA 4NWDA 3RN8A 1VE4A 4PQJA 4EQ9A 3LR1A 5LOMA 1LAXA 3SERA 5I84A 1N04A 2OWSA 1MXUA 4GFRA 1I69A 4ZE9A 4LP2B 1B1XA 4NE4A 3K6WA 3C33A 3OENA 2I48A 3IJXB 1TT1A 3FIRA 1DTGA 4H1XA 4AB5A 1ELJA 1NNFA 3K6UA 3EF7A 4POWA 2XXQA 3GLBA 3F11A 4LZ8A 4DIGA 3TTMA 3K00A 3VVDA 5H8NB 4H5GA 4RPNA 5TP9A 1UQWA 4IB2A 5AA4A 1URSA 1MM6A 3QXMA 3UIFA 5I59B 1USYH 3CIJA 4F3GA 4FEBA 1GV8A 5H8HA 3TPAA 4YMAA 5L9OA 5J1DA 3G3IA 2V93A 3EHUA 4IY5A 4DE8A 2F5XA 2Q2CA 5DTBA 1B40A 3TQWA 2GHBA 2G29A 1SDXA 1EH3A 5CMMA 2Q8JA 4KYSA 4ZZAA 1QULA 3K1PA 3W9VA 1H43A 3S9MC 4MFIA 3FD3A 1D9VA 4OFJA 4BDQA 3HHFA 1MQHA 2I0BA 3IB1A 4JWOA 3OO9A 5CRYA 4XKQA 3VDFA 1MXXA 4F22A 2RKMA 3T93B 4U1ZA 2V25A 1IIWA 3B6WA 3RNNA 1MQDA 3H03A 5AA3A 5I2KB 1GGGA 4GL0A 3VE1B 3TTKA 4GIZA 4JWXA 4GLIA 1B3GA 1EZPA 1LFIA 4P0IA 1FTOA 4OWDA 3M3FA 2D21A 5AA2B 1I6BA 4HW8A 1A55A 1XC1A 4NF4B 4Z7EA 2ZXTA 3EN3A 5JTYA 4G68B 3TTLA 1DPEA 2HZLA 5L9MA 1S50A 5EHMA 3Q27A 3H4ZA 3MPLA 5JK4A 3RTFB 4ISUA 1LFGA 1B7ZA 3IR1A 1B5JA 3BBRA 1B7UA 3OSRA 4IGRA 4LA9A 4GVOA 3MBPA 2W7YA 2G93A 1S9TA 3N6TA 3TUSA 2NVUB 2E0SA 3TODA 3TCFA 1SBPA 2X26A 3D4CA 3U94A 2ZNUA 3W9WA 1OLCA 2Y7KA 4LATA 2V3TA 3KOTA 3FVNA 1YTVA 5FHMA 2RC7A 3BFTA 3JV9A 3FJMA 4KFQA 3H6VA 4R72A 1HSEA 3O28A 3Q28A 3C36A 1D3KA 2X7PA 5I2NB 4M1VA 1POTA 2V84A 2XX7A 3OO7A 1LB8A 4X1DA 3GBBA 4R6KA 4P11A 4O3AA 3QIMA 1IXIA 5I56A 1A8EA 4THIA 3THIA 3CVGA 2GHAA 1P1QA 4R75A 5FHOA 2OCUA 4JDFA 2Q9TA 4C0RA 3HCQA 3O66A 1ANFA 4RYAA 3O29A 1DTZA 4U21A 5TU0A 5B70A 4DDDA 5L8DA 1SQYA 4XKNA 3QUJA 3T9XB 3USDA 1DOTA 3VLVA 3H06B 1JNFA 4QRZA 4DXBA 4MLQA 2Q2AA 1H45A 1NKXA 3EQ1A 1OLAA 4KPTA 3VLUA 4Q30B 1QUKA 3GXAA 3M8UA 2GRVA 3VVEA 3B6QA 3C4MA 1FQDA 1QVSA 2DE2A 1LCFA 1FQFA 2HEUA 1B4HA 1Y1MA 2NXOA 3FVOA 2O69A 3K4UA 1MQJA 4G8HA 2OBGA 1FQEA 1B5HA 4PP0A 1H76A 2Y7WA 3HHGA 4KI0E 3GZGA 4RJZA 3KSJA 2DWIA 1DSNA 2VD3A 4EF1A 5K2YA 3KJ7A 2RF1A 3Q25A 2OLBA 4XKRA 3T66A 3IOUA 2F97A 4ELQA 2GH9A 5DVFA 4LONB 2R71A 3VV5A 3FVGA 4I9DA 4NWCA 2B3BA 2Z23A 3MPKA 1B2HA 3KG2A 2OJTA 1UIVA 1TFAA 1UIUA 3C34A 1SD3A 1HSLA 3MVYA 5F1QA 4KHZE 4YKPA 3TFLA 1FTLA 2PT1A 2ONSA 3PPNA 1LBBA 3RPWA 1M5CA 2Z8EA 1XS5A 1MY2A 4Q0CA 2FYIA 4H8IA 1EU8A 4G77A 1SW4A 4UA8A 1ZKBA 5ISUA 3LC8A 3KFMA 2HAVA 2ESNA 4G8NA 3JYRA 4R2BA 1IXGA 4WKMA 1SW1A 2ZYKA 4QSEA 1N0TA 4EXLA 1ZTYA 2OWTA 2UVIA 3RT8A 2DWJA 3OOAA 2ZNTA 3RUMA 2XXYA 3UK4A 3HSTA 1II5A 1LAHE 5I57A 2A5TA 4OFOA 4XKPA 3K1NA 3DLNA 3PUWE 1P1OA 2ZYMA 2XXXA 1FQAA 3M3LA 4YB5A 2QS2A 4ZEBA 1H44A 2IEEA 3U92A 2ZMBA 4GRKA 3EHSA 3IOWA 1JW1A 3FXQA 3PPPA 2VHAA 1Q35A 1QUJA 2THIA 1US5A 4KQPA 2YPNA 1B52A 3UORA 1N3XA 1A8FA 5TP9B 1URDA 3TZAA 4F1VA 5AA4B 2HFBA 3IAZA 3T22A 3R26A 4FEDA 1S7YA 2AL5A 1A7LA 1QUIA 1NL5A 5I58A 1NFTA 4Z0IA 2XD2A 2M8CA 5TPAA 5H8HB 3FJGA 3C35A 2O84X 3TELA 3IB2A 2UYEA 2YLNA 4H6DA 1GTKA 1NNPA 2PMSA 4BDOA 4H65A 1YCJA 3TTRA 3T9UA 2DVZA 5BUUA 2H5YA 3IB0A 3KJTA 2CMOA 2RINA 4OESA 1I6AA 3FV1A 3GBAA 4ZEIA 4OYVA 2RC9A 2RC8A 3O6IA 1LFHA 2GFEA 1QKAA 3PUYE 4BDNA 3ONMA 2QL3A 2H99A 4JBZA 3S2VA 4G8MA 3ZKKA 3O97A 5DT6A 1Y4TA 2WKYA 5DEXA 2OZZA 2YJPA 4EQBA 2FA7A 4AB6A 1OIBA 3K6XA 3K6VA 3KGCA 5KDTA 5JTYB 3SETA 3PD9A 3CFXA 4JWYA 3G3KA 1LAFE 1O64A 3H6WA 5DVJA 1ATGA 1Q1KA 3SESA 1NNKA 1YAEA 1CE2A 1QJMA 4BLAA 4XTCQ 2I4BA 1GR2A 1JW4A 1Y20A 4NF6A 2PBWA 4TLLB 3PU5A 3K2DA 5HPQA 4F1UA 2VP1A 1B3EA 2H9BA 1B58A 2QPQA 3FXRA 3OO6A 3TCGA 4X1BA 2F34A 1P99A 1LBCA 4GD5A 1JEVA 1P1WA 2DP8A 5CMKA 3PUVE 2H4IA 2QS4A 3SEUA 3N5LA 5H8QA 2QSXA 4NF8B 4DXCA 1B3LA 1MXWA 3IL1B 5K2XA 1OQHA 4F1YA 1R9QA 1JVYA 5F7VA 1N84A 4QFOA 4R9GA 5I56B 1R6ZA 4QSCA 4JSOA 3HN0A 3KZGA 5AA1A 3UP9A 4GL8A 4TLMB 3TDJA 4XIGQ 3OEMA 3TAJA 1BLFA 3MZ1A 2RCAA 1PC3A 3K02A 2H98A 4YKIA 4LQ2A 1RKMA 4OEVA 2ANJA 2NOOA 5AE4A 1LAGE 3MAMA 1AL3A 3M3KA 2RCBA 1MY1A 3G3FA 2F78A 2AIXA 4EDPA 1MH3A 4PFUA 3MP6A 1UTBB 2Z8DA 4JXIA 3IOTA 3TYHA 1LCTA 2VGQA 2ALUA 1URGA 3V83A 4ZS9A 4ELOA 1B3FA 5CBSA 4PETA 3PD8A 5CC2A 4IO2A 4ND9A 2I58A 4ZEKA 4KYDA 4IGTA 1B0HA 4U4XA 1WODA 5AA2A 2I4CA 2XX9A 2Z22A 3TCHA 3IO6A 2XXUA 1Y3NA 2QMWA 2XXVA 1LGBC 2F7CA 3VXCA 3DM0A 1HSJA 1A40A 1VFEA 3V8XB 5ITOA 3N6UA 1AMFA 3OMBA 2HXWA 4I1DA 2NWJA 5DYHA 1MG1A 4ONYA 4LZ7A 1SW5A 4YAHX 3O6HA 4R6HA 4JB7A 2X7QA 4RY1A 1N7WA 4IO3A 4QHQA 3UA8A 3ECRA 1M5EA 1XVXA 4OEUA 1FW0A 2CZLA 4P0GA 2DYXA 3A09A 3E3KA 4KD5A 1VR5A 1B3HA 1B05A 3G7WA 3HV1A 1TFDA 3QAXA 1OVBA 4OZ9A 5I57B 4U4SA 2A5TB 1NH8A 1JEUA 1M5DA 5AA2D 3HPIA 3CR9A 4POXA 5B7DA 1XT8A 2UVJA 3KN3A 2NUVA 2UVHA 4OFLA 3T9HB 1DPPA 2ONRA 4YB7A 4GQOA 4JSDA 1GVCA 4E0XA 1BP5A 2A5SA 3L6GA 1D9YA 2I49A 4TOZA 1IITA 1A99A 1N76A 1FCKA 2O51A 4DCYA 4NEDA 3DP4A 2Y7PA 4ZECA 1MXYA 2HZKA 5I58B 4Q5TA 2F8DA 3OEKA 5TPAB 4BDLA 3Q29A 3JZJA 4Q8RA 4QFNA 5ICQA 4H8JA 2XD3A 1N7XA 4U23A 4RXLA 3PMVA 1L5TA 2F36A 2LAOA 4RNSA 3KBRA 3QK6A 3T9VA 1LSTA 2XXPA 5CMCA 3FATA 4ZZEA 5JEIA 1MM7A 2P2AA 4YB6A 1FTJA 3IORA 3OD7A 3FVKA 3U1OA 3SDFA 4H67A 3MP1A 3R6UA 4ESWA 4OXVA 3Q26A 4ELPA 1B1HA 3MZ9A 2R9JA 2XXRA 2QS3A 2QMXA 5DEXB 2B65A 4LUBA 3IK6B 3ZS6A 1VSOA 3P7IA 1LB9A 4EXKA 3I5OA 5KDTB 3PUXE 4ZEDA 1BKAA 5CMBA 4I62A 4F31B 4QFLA 5CI5A 4IO6A 1PBQA 5HBCA 3VLWA 3BFUA 2DS9A 5KCJA 1EZOA 5H8FA 2QJEA 2V3QA 4NTLA 3U8QA 3SEYA 3U93A 5L9SA 1DMBA 2KLFA 3S9NC 1UTHA 3O6GA 4U2RA 3FUZA 3CG3A 5ELVA 4WEDA 1A54A 4G2ZA 2UVGA 3IOVA 1JVXA 4OERA 4RA1A 3PUZE 2F35A 2XXWA 4YZZA 3C9HA 4FORA 1MS7A 3D4GA 4QF9A 3BKIB 3O9PA 4AQ4A 4QSDA 3SKPA 2E1SA 1OMPA 1Y4CA 4OETA 4DZ1A 3RY3A 3WAEA 4N07A 5EHSA 5H8QB 4DLDA 3K01A 2H25A 3N94A 3SEWA 4BDRA 1FQBA 2XX8A 4LZ5A 2DSFA 4F3PA 3FJ7A 1O63A 2REGA 3E9XA 3KEIA 2O6AA 4NF5A 3CI8A 2DXRA 3FGSA 4RK9A 4OHNA 2F6GA 2I3WA 4H0WA 4R2FA 3MZBA 1B46A 2HQ0A 3KN8A 3OSQA 4YMBA 4QFPA 1FTMA 4TQUQ 3MWBA 2REJA 3FASA 1F9BA 4YICA 3H7MA 1USYE 2OK2A 1MPCA 2O68A 4XXUA 1N3WA 2DWHA 5A5XA 3VXBA 3MVZA 3ODBA 4GWOA 1MY4A 4C1UA 1WDNA 2I6EA 4R74A 3G3GA 4QFKA 4IO5A 2IA4A 3V89B 2QS1A 4H5FA 4YKKA 3B7DA 3RLFE 1PBPA 4F2QA 3AXFA 1JQFA 4O3CA 4HCYA 3IJOB 1LLSA 4F2OA 1IZ1A 4RK2A 2V3UA 3I3VA 4BDMA 1MDQA 1B6HA 3SEXA 4MBPA 4WEPA 4EF2A 4KCCA 3CSGA 1Y9UA 4DCXA 3PPQA 4FIMA 4DXUA 2PVUA 1MQIA 3KN7A 2ONKE 4UACA 3KSXA 4OMBA 1T0KA 5H8NA 2P0SA 2D5WA 2Y7RA 5IAIA 4IO7A 1MDP1 3K0VA 1PB7A 3H3GA 1ZIUA 5I59A 1ZBMA 1IQ7A 3W15C 5IKBA 1Z7NE 5CM6A 4WXJA 2Y7IA 3OXNA 2VOZA 4GF8A 1M5FA 4HS7A 2Z8FA 1QKBA 3DELB 3QSLA 3RTWB 4OENA 5EYFA 4OTEA 3MW0A 2AYSA 4U1OA 3EHTA 3VVFA 1IXCA 4GXAA 5BWJA 3CFLA 4GOTA 3PMWA 3IX1A 1B7HA 3ILTB 1PB9A 3KOSA 4ELRA 4FATA 4FJPA 2UXAA 3TMGA 2I3VA 5HM4B 1B4ZA 3A3CA 4F18A 4PFTA 5FHNA 2UYFA 3QYTA 4MLVA 3LSFB 1NH7A 4ZEFA 4EUOA 4EQ7A 3DP6A 4L17A 1PB8A 3U72A 4N13A 5I2KA 1AOVA 1D4NA 4M4GA 4RPOA 4NF8A 3V5AA 1O7TA 5M2VA 1JETA 1B32A 2Q89A 1EZ9A 2DE4A 3UGWA 4NF4A 3RGYA 3MP8A 4U22A 1MH4A 4G68A 2O7UA 1KWHA 1MRPA 2DVCA 1POY1 4LVQA 2XXIA 4G4PA 3MC2A 5FTHA 4N6PA 1SYHA 4LQ5A 3RT6B 4K3FA 1CB6A 4FAJA 4ESXA 1US4A 1ZMGA 4R9FA 1P1NA 3TKDA 3K1MA 1BTJA 3EPEA 2FNCA 5ITPA 1Y3QA 4HTGA 3LUYA 2PX1A 3L6HA 1IXHA 1OQGA 3LBSA 4KR5A 3WAFA 3TTNA 5H8SA 1PEBA 1PDAA 1I6QA 4OVJA 4F39A 2PYYA 3E4RA 1MQGA 1RYOA 3PPRA 3PMXA 1UTBA 3OELA 3UN6A 1OVTA 4R6YA 2HAUA 3S9EA 2DE3A 1B9JA 1JW5A 3MVXA 3R7XA 3CFZA 5I2NA 4MH5A 1SYIA 1B0LA 2PT2A 1ZJLA 3FV2A 3RQTA 3ILUB 1VFDA 1J1NA 5DVIA 5KZTA 3FZVA 3PGFA 4YU0A 2R6GE 2BJJX 3N26A 1ZLQA 1IUDA 2D3IA 4ZDMA 1R9LA 2I0CA 4GXSB 4F3SA 2QRYA 5KCJB 4IY6A 1XOCA 1FQCA 5H8FB 1Z7ME 4FE8A 3PV0E 4X9TA 2XHDA 3G3HA 1AIVA 2DQVA 1SI1A 4NMYA 1UTHB 4FECA 3SEVA 4I8CA 3OO8A 2O7IA 1XHYA 3G3JA 3VFJA 3MQ9A 5CBRA 1B51A 1B5IA 1MPDA 3FXUA 2ZYNA 3H6TA 4PFYA 3S9LC 2ZYOA 2HCAA 3ZSFA 3A3UA 3S4UA 3E13X 2AL4A 1SVXB 1Y3PA 3MVWA 4E0WA 1QW0A 3LSWA 1AH5A 3QUFA 3PPOA 3IO4A 3TQLA 1MXVA 1R1NA 3CSBA 1NMUA 1TWYA 3CRBA 4OQOA 2Y84A 2VD2A 4G68C 5ICTA 3O2AA 3TEPA 1ZU0A 2DXYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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