4F22A

Kainate bound to the k660a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTAEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 81
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A02
2XXUA 4GXSB 3O6HA 4AB5A 1QUIA 2ALUA 4LQ5A 3UN6A 1MS7A 2Z8EA 5I59B 1FTLA 2HCAA 2QMXA 4XXUA 2WKYA 3UK4A 2R71A 3PUWE 4QFKA 4BDQA 2DE2A 5L9MA 2F7BA 4F3GA 5JEIA 2I3WA 3KN3A 4ELPA 4C1TA 4NTLA 2D3IA 1B5HA 3HHFA 3FVKA 4BDOA 2REJA 3TZAA 3S9MC 3MW0A 2ZXTA 3TQLA 5CBRA 1OQGA 1TXFA 2QS4A 4YB7A 4R74A 3TTKA 2HAVA 2DWAA 4KYDA 4NF6B 1WODA 3PUZE 1VR5A 3O6GA 1Y20A 3FZVA 5EYFA 3K4UA 4XIGQ 3V83A 1B1XA 1P99A 4KFQA 2I4BA 2O6AA 3O2AA 3G7WA 3QUJA 1SI1A 1B32A 3O97A 4OFOA 3SEXA 2IA4A 3PGFA 5ISUA 1EZ9A 1A7LA 1PDAA 1DTZA 3VV5A 4OWDA 5CRYA 2ZYOA 3QIMA 5TU0A 3DM0A 3L6HA 3QK6A 3UP9A 2XHDA 2DS9A 1MXVA 4C0RA 4NMYA 3Q29A 5H8FA 1LB9A 4KQPA 3R6UA 2V3TA 2DE3A 5KCJA 1CE2A 3K6UA 1FQAA 3K6VA 5AA2A 1JETA 2Z8FA 4IY6A 2O68A 5CI5A 3UIFA 4XKPA 3TUSA 2OCUA 1QJMA 1QW0A 1H3DA 4RJZA 3IX1A 1JEVA 3GBBA 2HEUA 3MVZA 2DXRA 5A5XA 2XXWA 3G3JA 3HCQA 2Q88A 5CBSA 1D9VA 3EHTA 3CSBA 4U1ZA 3H06B 4LQ2A 5I56B 4GL8A 2UVJA 2F5XA 5AA3A 4HCWA 1B6HA 2UVHA 3ILUB 3MWBA 2I0CA 4P0IA 2PYYA 4OYVA 1A40A 4TLMB 4ZEDA 2PVUA 3OMBA 3SESA 5H8HA 3VLVA 2QMWA 2DVZA 3MZ1A 1M5FA 2Q89A 1B52A 1SW5A 5TPAA 4WXJA 4LZ8A 3DLNA 1B3EA 5B70A 4H0WA 1YPNA 4HS7A 3EHSA 3R7XA 3G3FA 3G3IA 1URGA 3DP6A 5H8NA 2RCBA 2H5YA 1MY1A 4DXBA 1XHYA 2OLBA 2H9BA 4K3FA 1AIVA 4R9FA 3MQ9A 4OETA 3RY3A 2O84X 3L6GA 5B7DA 3HN0A 2OWSA 2Z23A 1AMFA 1IXCA 5JK4A 1QULA 4OZ9A 1D3KA 3LR1A 4Z7EA 5H8FB 4QF9A 3RTFB 4YMAA 4LA9A 1FTKA 1WVJA 5KCJB 3GXAA 4LUBA 4FECA 4R6HA 4F2OA 1BP5A 4R73A 1LAHE 3KN7A 1MXZA 4ECFA 4AB6A 4YKPA 2Q9TA 1GTKA 4F3PA 5BUUA 5I58A 4EF2A 2QJEA 2G93A 2DWIA 5HPQA 1US5A 1OQHA 4YU0A 1B05A 2F8DA 1O63A 2QS1A 5ITPA 2DWHA 4GIZA 2F36A 1DPEA 2VD3A 1Z7NE 4XTCQ 3ZS6A 1H43A 1IXGA 1A99A 3EPEA 5KZTA 1TWYA 5DVIA 2V84A 1ZKBA 4U23A 1XC1A 5I59A 2XXXA 3HO7A 4H65A 4PFYA 5H8HB 4RNSA 3T9UA 3Q28A 1P1NA 3A3UA 4F29A 1XVXA 3ZKKA 3MPLA 3O66A 4H5GA 5TPAB 2XXYA 4N6PA 5I2KB 3CRBA 1CB6A 3CI8A 3PPPA 2B3FA 3WAFA 4GVOA 4F39A 3QSLA 2HZKA 3TODA 4DE8A 5H8NB 5TP9A 2HFBA 2I6EA 4QHQA 4KI0E 5L9OA 1MPDA 4UACA 1YCJA 1H76A 3IJXB 4NF6A 1Y4TA 3JZJA 4N13A 3GLBA 2PT1A 2Y7WA 2DE4A 2RC8A 3IAZA 1POTA 3VVDA 4FIMA 5CC2A 3IK6B 5CM6A 3IB1A 4RK9A 1JNFA 4EQ7A 1PB8A 3PMXA 2Y7RA 4U4SA 1POY1 3MZBA 3Q25A 1MQGA 1JW1A 4RY1A 3B7DA 3N5LA 3TCGA 3OENA 3TYHA 2F7CA 1S9TA 1FTOA 1BTJA 1N3XA 3PV0E 3K01A 2I58A 1XOCA 1FCKA 4I1DA 3ODBA 3T9XB 2RC7A 3N6TA 3FD3A 4IO6A 3K1PA 2GH9A 4PFWA 1EZPA 4R2FA 1SD3A 2IEEA 2XX7A 3EF7A 1NH7A 2QRYA 2G29A 3GBAA 4Z0IA 1R6ZA 4EDPA 2OZZA 1J1NA 1HSEA 4OEVA 3QUFA 4F18A 1IQ7A 2A5TA 4BDMA 1ZLQA 5ICQA 4ESWA 3M3LA 3A09A 3I5OA 1UQWA 3RT8A 1URDA 1BIYA 1PBPA 4O3BA 4BDLA 3TFLA 2VOZA 4YKKA 3TQWA 3FIRA 3MUQA 2Y84A 3FXQA 5I57A 1B9JA 1RKMA 5FTIA 4GL0A 4OFJA 2DQVA 3ECRA 5J1DA 4THIA 3OO9A 1EH3A 3OO8A 3MC2A 2DP8A 1B5JA 3B6TA 4ZEBA 3OXNA 1B3LA 3EHUA 3K1MA 3FATA 1R9LA 3T93B 4E0XA 4C1UA 2XXVA 3BKIB 4LONB 1KWHA 3C33A 4ZZEA 2PT2A 4IO5A 4R6KA 4XKNA 3H6UA 1MY0A 1SW1A 2I0BA 2V3UA 2RF1A 3IJOB 2X7PA 1SVXB 1B4HA 4QSDA 3OSRA 2VD2A 5F7VA 4PETA 5TP9B 4H67A 1SQYA 2QPQA 1Z7ME 1PB9A 2XXIA 4F1YA 5CMKA 4HW8A 3B6QA 2ZNTA 4R2BA 4TOZA 1JVYA 2X26A 2X7QA 1NFTA 5HM4B 3LSXA 2QL3A 4KYSA 1LFGA 1HSLA 2OBGA 4FATA 3K6WA 3TAJA 3S9LC 3TKDA 3T22A 4PFUA 1IZ1A 1QKBA 2FA7A 3PU5A 4KPTA 1MQHA 3WAEA 2QS3A 1Y3NA 5BWJA 2DYXA 2B65A 3CFXA 1M5EA 3RLFE 3LC8A 1MQJA 1YTVA 2DSFA 2F7AA 3MJNA 2H99A 1EZOA 5IAIA 5DEXA 4R75A 3M3KA 4RPOA 3SDFA 4BDRA 4LZ7A 1Y1MA 4ZE9A 2F6PA 2HXWA 4OVJA 2HQ0A 3D4GA 5DTBA 1USYE 3R26A 3OELA 4GQOA 3CG1A 3HV1A 4ND9A 2A5TB 3N6UA 5F1QA 2HZLA 3KJTA 1JW5A 1N04A 2AIXA 3W15C 3FASA 5I57B 4DXCA 5AA2D 4ZECA 4EQBA 4MLQA 5CMMA 4QFLA 4Q30B 2YPNA 3V5AA 3PPRA 4ELQA 3OEKA 1LAFE 1OIBA 3KGCA 4NE4A 4IO2A 1EU8A 4JSOA 4G2ZA 4F2QA 1MG1A 3PMWA 2XD2A 4QFOA 4GRKA 4FEDA 3VVFA 3K2DA 3UORA 4FAJA 3Q27A 5K2YA 1Y1ZA 1H45A 2PX1A 1N0TA 5I2KA 3MVYA 2QS2A 1PEBA 1Q1KA 2UXAA 4GWOA 4QRZA 3C31A 3KOTA 3TELA 4G8MA 3MAMA 4MLVA 3JYRA 3KBRA 5DVFA 4M4GA 1VFEA 3VXBA 1MQIA 3LSFB 2ESNA 2XD3A 1NNKA 1IITA 4KR5A 3MVXA 4JWOA 4X48A 3S2VA 4F19A 3U93A 5DYHA 3CFZA 3TEPA 4HTGA 3IL1B 5IKBA 1N7XA 4F22A 1UTBB 1MH3A 1LFIA 4U21A 1VFDA 4YICA 3W9WA 4JB7A 3KZGA 4GXAA 1UTHB 2LAOA 4WKMA 5DEXB 2ANJA 5L9SA 1URSA 4BLAA 2GRVA 2VHAA 4H6DA 3A3CA 3CR9A 4Q0CA 1P1WA 2F35A 3FJMA 1N76A 2O69A 2Y7PA 5HBCA 1GV8A 1P1UA 4LATA 2YLNA 1PBQA 3K00A 5I2NB 3OO6A 1NNFA 3M3FA 3FXUA 4NF4B 3PD9A 1MY3A 4Q8RA 1OVTA 3ILTB 3U1OA 2VP1A 4OXVA 2D21A 4P11A 5ITOA 3U72A 1DTGA 1B0HA 4L17A 3G3KA 2RCAA 3TMGA 4LP2B 1PC3A 4GLIA 3SETA 2Y7IA 1DSNA 1P1QA 1MDQA 1QUKA 3CSGA 4RK2A 1NMUA 3MP6A 1LGBC 4OFLA 4IO3A 3O29A 4U22A 1TFDA 1B3GA 4F3BA 4GD5A 2DXYA 4FEBA 3BFTA 2V3QA 4YMBA 1Q35A 4ZEFA 2XX9A 4FJPA 3E3KA 2NWJA 4RPNA 1M5CA 3TTNA 4DCXA 2I4CA 3LUYA 2RINA 3FVOA 3EQ1A 4POXA 2THIA 3BBRA 1R9QA 2O7IA 2R6GE 1ZBMA 4AQ4A 3TPAA 1MXXA 3E13X 4OQOA 1OLCA 3VLUA 1Y9UA 3PMVA 5CMCA 2DWJA 4ZEKA 2A5SA 5CMBA 3SEYA 1B7ZA 3USDA 2E0SA 4KD5A 1B7HA 4ELOA 3RN8A 4FE8A 1LBBA 4UA8A 3VDFA 3W9VA 4KYEA 3OSQA 4NF5B 3RUMA 1Y4CA 4PP0A 1LAGE 3U92A 3SEVA 4HCYA 4MF3A 3UA8A 4EUOA 4F1UA 2UYEA 3K1NA 1FQBA 4POWA 1LAXA 4JXIA 3RPWA 4NEDA 3BFUA 4F31B 1N3WA 5EHSA 1A55A 3FJ7A 1IXHA 4EQ9A 4EF1A 3IO4A 4IO4A 1F9BA 3VXCA 3KEIA 4TQUQ 2XXTA 5KDTA 3H3GA 2H4IA 3C36A 4EXLA 1QUJA 3H6TA 1LB8A 3C35A 1LBCA 1MXUA 3LSLA 1Y3PA 3I3VA 3RTWB 2UVGA 4RYAA 1JQFA 3N94A 5JTYA 4KCCA 4MH5A 1ZMGA 3G3HA 4YKIA 5K2XA 4NWDA 4MFIA 1LLSA 3SKPA 1TFAA 3AXFA 5EHMA 1MDP1 2FNCA 1ATGA 1SBPA 4XKRA 4QFPA 1SYIA 2XXHA 2F78A 1S50A 1B4ZA 4G8NA 3FVGA 3G3GA 3T9HB 4OEUA 1QKAA 1USYH 2ONSA 3VE1B 4GOTA 2M8CA 1NH8A 2YJPA 1RYOA 4Q5TA 5I84A 1NNPA 2Q2AA 2XXPA 1LSTA 2Y7KA 1WDNA 3CG3A 2PMSA 3IOWA 4DZ1A 3KFMA 4YZZA 1I69A 3SEWA 3PD8A 3F11A 1XS5A 4F1VA 3T9VA 3RNNA 5ICTA 1M5DA 3TCHA 1HSJA 3TTLA 1FQEA 3T66A 3O28A 5H8QA 3DP8A 3LSWA 1GVCA 3C9HA 4LZ5A 1UTBA 1SW2A 4IY5A 4ELRA 1NL5A 2XXQA 4I62A 1UTHA 5DT6A 3TTRA 1MY2A 4YB6A 4NWCA 3IORA 3VVEA 1ELJA 5AA4B 1MM7A 3TCFA 4G77A 4O3AA 1AH5A 2ZYNA 2P1SA 4G68A 4U2RA 2ONKE 5M2VA 3IOVA 4OERA 3PUYE 5LOMA 3E9XA 2RC9A 2F97A 2Q2CA 1MQDA 5KDTB 4YAHX 3C34A 4YKJA 1Y3QA 2ONRA 2DOJA 2ABHA 3FVNA 1GGGA 2OJTA 4H5FA 4GF8A 3U8QA 4FORA 2QSXA 3HPIA 4OMBA 5FHNA 3ZSFA 1FTMA 5I2NA 1MRPA 4DIGA 3RGYA 1UIVA 3RT6B 1S7YA 4NF4A 4OTEA 4JWXA 5JTYB 3T96B 3KJ7A 3CFLA 4IGRA 4QFNA 1A8FA 3IOUA 4JDFA 4DXUA 3P7IA 1ZU0A 2Q8JA 1FQDA 4OHNA 3DP4A 1GR2A 1OVBA 3FJGA 2B3BA 1O64A 2F6GA 4ZE8A 3PPNA 2XX8A 1SI0A 5ELVA 4RXLA 1XT8A 1VSOA 4H8JA 1I6BA 5DVJA 1B0LA 3S4UA 1P1OA 4WEDA 2E1SA 2I48A 3FXRA 4KCDA 3KSJA 3OD7A 4I9DA 1IUDA 4R6YA 1B58A 4X9TA 4QSEA 2NUVA 3N26A 3PPQA 3VLWA 2RKMA 1B1HA 3MVWA 4ISUA 2ZYMA 3I6VA 3GZGA 1ZJLA 4NF8A 1QVSA 4G68C 3O9PA 3MPKA 1NKXA 3MP8A 2NVUB 3OEMA 3PPOA 4OESA 1A8EA 3H6WA 4IO7A 5H8QB 4PFTA 4NF5A 1LCTA 2CMOA 2GHAA 1II5A 5AE4A 5FHMA 1FTJA 3IR1A 3QXMA 1A54A 2KLFA 2O51A 4JSDA 3EN3A 2P2AA 5FHOA 4N07A 4WEPA 4JBZA 4JWYA 4U4XA 4DLDA 1T0KA 2AYSA 4O3CA 1SW4A 1JEUA 3CVGA 1AL3A 2OWTA 3LBSA 1LCFA 5AA2B 4G68B 4F3SA 4IB2A 1UIUA 1PB7A 3H6VA 3H03A 4M1VA 4X1BA 2V25A 3IB2A 1R1NA 4PQJA 3CIJA 2P0SA 1MH4A 1FQFA 4OENA 3FUZA 2ZMBA 1I6QA 1FQCA 2Z8DA 3THIA 4IGTA 4MBPA 1MPCA 2AL4A 5FTHA 3PUVE 1LFHA 1I6AA 4ZS9A 4ESXA 3KG2A 4U1OA 2GHBA 3RQTA 1H44A 5A5XB 4PE5B 1MPBA 3V89B 2H25A 1B51A 1O7TA 2ZYKA 3H7MA 2NXOA 2D5WA 4DDDA 2OK2A 3K0VA 4H8IA 3C32A 3MZ9A 3TDJA 1N7WA 2I49A 4QSCA 2O7UA 3V8XB 3UGWA 2REGA 3FV2A 1SDXA 4ZDMA 1M5BA 3MBPA 5AA1A 1B46A 3SERA 1B3HA 3E4RA 3JV9A 2O1LA 3OOAA 3KSXA 3QYTA 3KN8A 1B40A 2XXRA 1B5IA 2Z22A 1D9YA 2ZNUA 3SEUA 3PUXE 3QAXA 1SYHA 3HSTA 1US4A 3IO6A 3ZKLA 1JVXA 1B3FA 3M8UA 4EXKA 2H98A 4LVQA 4NF8B 1BKAA 4P0GA 4X1DA 4ZEIA 4G4PA 1D4NA 1BLFA 4G8HA 4R72A 3U94A 3VFJA 4ZZAA 3K02A 1DMBA 1DOTA 2GFEA 5L8DA 3S9NC 1VE4A 3O6IA 2NOOA 4ONYA 2CZLA 3OO7A 1MXWA 1IXIA 2PBWA 2DVCA 1JW4A 1AOVA 1OLAA 1ZIUA 1DPPA 4I8CA 3FGSA 3IB0A 2W7YA 1MM6A 3K6XA 1ZTYA 1L5TA 1B2HA 1RYXA 5H8SA 3TTMA 1OMPA 2HAUA 2BJJX 2UVIA 4KHZE 4RA1A 3HHGA 5AA4A 4H1XA 1FW0A 3DELB 1MY4A 1N84A 2V93A 3IOTA 1IIWA 5I58B 2ZNSA 4XKQA 4E0WA 4R9GA 3FV1A 2FYIA 4YB5A 1NNTA 3MP1A 3Q26A 2AL5A 1ANFA 3KOSA 1XVYA 2UYFA 2O1MA 1B7UA 4TLLB 3C4MA 4GFRA 2F34A 1IEJA 1TT1A 3H4ZA 1MXYA 3B6WA 4DCYA 2VGQA 1YAEA 3D4CA 3ONMA 2R9JA 4BDNA 3S9EA 2I3VA 5I56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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