4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
3O29A 5CBSA 3CFLA 5B70A 2REGA 4YKJA 2Z8EA 1L5TA 3G7WA 1LFIA 1LAGE 3QK6A 1NFTA 3JV9A 4F31B 4ONYA 4ZEFA 1DOTA 4C1UA 2NXOA 3SEWA 4OERA 1MH4A 3TDJA 3DM0A 1NH7A 2V25A 1JQFA 4ZEIA 4H65A 4OYVA 2ZYNA 1R6ZA 3PUXE 2VP1A 4ZZAA 1B2HA 4GXAA 4YB7A 3TELA 1A8FA 4HTGA 1B3HA 1LCTA 3MAMA 1DMBA 2O51A 2F36A 1AIVA 3TCGA 2AIXA 2B3FA 3RTWB 1URDA 4DXCA 5I56B 3W9WA 3KSXA 5JEIA 3N26A 1O64A 3E4RA 3TQWA 4GL0A 4OQOA 2GHAA 1B9JA 3TMGA 4P0GA 5DYHA 1D3KA 3PUYE 1UTBB 3ILTB 3PMWA 1SYHA 4YZZA 1JW1A 4E0WA 3PUWE 2DE3A 3FJ7A 1YTVA 4TLMB 2O84X 3PU5A 4ZECA 5I2NA 2PT2A 4FATA 3CI8A 3LSLA 1XOCA 3C9HA 4U4XA 4RPNA 1FQBA 2Y7IA 5I56A 3TQLA 1CE2A 1H76A 3IB0A 2XXUA 3TTNA 4HCWA 4M4GA 3OXNA 1Y1ZA 3O6HA 4XKPA 1A54A 3K4UA 4ZEBA 5TPAA 4FE8A 4KCCA 4OENA 1FQFA 5BWJA 3GBAA 3MVWA 1UTBA 3IB2A 2QPQA 4LZ5A 1P1WA 2F34A 4OETA 3SERA 4G68C 4KD5A 1FQDA 1VR5A 5ITPA 3B7DA 2ABHA 3UK4A 5TU0A 4ZE8A 1Q1KA 3MPLA 3VVEA 2QMXA 4NEDA 4NE4A 3VV5A 4R6HA 4FAJA 2DS9A 3K2DA 3KZGA 2F7CA 3W15C 4KPTA 3OO8A 4PP0A 4QSDA 4MFIA 3ODBA 1BKAA 4FECA 1ELJA 1A40A 2V3UA 4DXBA 1WVJA 2HFBA 2OCUA 1B3GA 4F19A 1QUKA 1Y4CA 4Z7EA 3Q28A 4R9FA 1VSOA 1VFDA 1FTKA 1ZBMA 4E0XA 1GVCA 4JWYA 3RGYA 2F35A 3A3UA 5I57B 2THIA 2NUVA 2X7PA 2I58A 3VLVA 3K0VA 3S2VA 3N6TA 3THIA 2Q2AA 1FTMA 1MY0A 4IO6A 3FXQA 2AL4A 3BFUA 5FHNA 2B3BA 2XD3A 3N6UA 1LGBC 2O69A 1YAEA 3MVZA 4R73A 2O7IA 3TTLA 4EQBA 1B05A 3OEKA 2Y7KA 4WEPA 5JK4A 1I69A 1IEJA 2FYIA 4KYDA 4EQ9A 4PE5B 1H3DA 3HPIA 4LP2B 1P1UA 2G93A 2R6GE 3PPNA 1MPCA 3VDFA 3R7XA 2OK2A 4X1BA 4LZ7A 2XXPA 2DVCA 1MPDA 5I57A 3IOWA 4FORA 2O6AA 4GFRA 4F3BA 4NF6B 4QFKA 3VXCA 1MS7A 1UQWA 4AB6A 3DP8A 3VLUA 3IO4A 4U1ZA 1MQGA 1ATGA 1XVYA 4HW8A 2RC9A 4IO4A 3RNNA 4X1DA 3K6UA 5ICQA 3RY3A 2FNCA 3N94A 2ONRA 2ZXTA 4U4SA 5AA2B 3OSRA 1MM7A 1XT8A 5H8HB 4IO5A 4GLIA 3Q25A 4OZ9A 3EHUA 3VFJA 2CMOA 2F97A 3IJXB 4YU0A 4KCDA 1TT1A 2XXRA 1MDP1 4JXIA 3OELA 5DEXB 2YPNA 1AL3A 3O2AA 1Y3NA 4JSDA 1OMPA 2F78A 4F1YA 3PD8A 5ISUA 4ZE9A 4NF8B 4GXSB 4X9TA 4RJZA 2O1LA 1RYOA 3T96B 1QKBA 4HS7A 2E0SA 3T9UA 3QUFA 1UIUA 3USDA 2VD3A 3SEVA 5CBRA 4H0WA 5F7VA 2H99A 5F1QA 2GHBA 2YLNA 3OO9A 1MM6A 4U1OA 2DWIA 5TP9A 4QF9A 4MH5A 5DEXA 1LFHA 3KEIA 4U22A 3TZAA 3MP8A 3MVYA 4JDFA 4Q5TA 1M5FA 1B52A 4FJPA 4OHNA 5AE4A 5H8NA 3LSFB 1NNTA 3IJOB 3FUZA 3FV2A 1FTJA 2QJEA 4XKRA 2XXXA 3PMVA 4NMYA 2O68A 2O1MA 3OOAA 5IAIA 3C35A 2GH9A 4ZZEA 1MXXA 1SVXB 3KFMA 1ZKBA 1EZOA 5B7DA 4GIZA 3FASA 4U21A 1RYXA 1LAHE 3LC8A 3OENA 4I9DA 1EH3A 1IZ1A 3OO7A 4THIA 3WAEA 4DZ1A 3TEPA 3SEYA 1S9TA 2RKMA 2DQVA 5AA1A 5H8QB 1B32A 3TCHA 1N0TA 2UVGA 4XIGQ 2B65A 4RPOA 2KLFA 2F7AA 2PX1A 5A5XA 1P1QA 4OXVA 4RK2A 2RC7A 4BDQA 1NMUA 1PDAA 3MP1A 2NOOA 1N84A 4YKPA 1Q35A 3M3LA 4YKIA 1A99A 4OFJA 1RKMA 3CSBA 5HM4B 4L17A 3WAFA 4BDRA 1QW0A 2F5XA 3RPWA 1M5CA 1Y3QA 4R9GA 2X7QA 2VHAA 4YMBA 4F1UA 4NF4B 1QVSA 3V5AA 4ELQA 1IXGA 1B46A 5H8QA 2DE4A 1LSTA 1YCJA 4G4PA 3FV1A 3PPPA 2R71A 4O3AA 4EUOA 4PFTA 2F7BA 2ANJA 4O3CA 1S7YA 3U72A 4YKKA 4H67A 3B6TA 1I6BA 4F18A 1FW0A 1EU8A 2XXIA 2OWTA 3FZVA 3CG1A 3E9XA 3O97A 1JEUA 3K01A 1BLFA 1SI0A 2I4CA 1B0HA 3ZKLA 3R6UA 2DE2A 4RA1A 4YB6A 3SETA 4F1VA 3C31A 2PYYA 2P2AA 4GD5A 2H25A 4F3GA 4IO3A 3V89B 1XVXA 5I58B 4YB5A 1NNKA 4XKNA 4FEDA 3PD9A 3VLWA 5L9SA 2DXRA 3FXUA 1LB9A 4PFUA 4ZDMA 5DVFA 3UP9A 3B6WA 4DCXA 3MC2A 4ZEDA 4P11A 2DXYA 2M8CA 2OWSA 2ZNSA 3I5OA 5I84A 3SEUA 2XHDA 2XX8A 5FTIA 3HHGA 4I62A 1POTA 1SBPA 4WKMA 4AB5A 1IUDA 3C33A 3FVOA 4H8JA 2F8DA 1I6QA 2XXTA 4F29A 1IIWA 5K2XA 2ALUA 3FGSA 1A55A 4F22A 4MLVA 3T22A 1WDNA 2V93A 2Z23A 1B7ZA 3I6VA 2VGQA 3S9NC 3M3FA 3O6GA 1N7WA 3FIRA 3G3IA 2F6PA 1DPEA 4WEDA 4XXUA 5M2VA 3PUVE 4AQ4A 1YPNA 2FA7A 2DWJA 1NH8A 3U92A 1JVXA 3BBRA 3UA8A 1SYIA 1WODA 1P1NA 1POY1 1XC1A 2VOZA 1D9YA 2PBWA 5CC2A 3F11A 2R9JA 2DOJA 1DTZA 1NL5A 1O63A 3L6GA 4EF1A 4O3BA 1MQDA 4G8NA 1JNFA 2UVJA 3UORA 3G3HA 3KN8A 4JSOA 4F2OA 3IOUA 1Y20A 2Q8JA 1PB8A 2Q89A 5EYFA 3MZ1A 1ZLQA 2REJA 3GZGA 1LLSA 4TOZA 2RF1A 4LONB 1MH3A 2NWJA 4H8IA 2HCAA 3RT8A 1BP5A 3DELB 3RQTA 3EN3A 4H5GA 3EHSA 1N3WA 3DLNA 1P99A 1GV8A 2HAVA 1A8EA 1SI1A 4Q30B 1B3FA 2HZLA 1B4ZA 2QS2A 1MXVA 3K1PA 1LB8A 4GF8A 4R2FA 1DPPA 3KJ7A 1M5BA 1P1OA 1UTHB 4GWOA 2OZZA 1S50A 1B3LA 1MQJA 2P1SA 1MY3A 1FQEA 5ICTA 1PBPA 1SD3A 2QL3A 2ZNUA 3K6XA 4QSCA 3HHFA 4IO2A 5CMCA 4HCYA 4XKQA 3KN3A 4M1VA 3IX1A 3MQ9A 2XX7A 4G8HA 5CRYA 1N3XA 3G3GA 2IA4A 3LR1A 4R72A 5AA3A 4JB7A 4RNSA 4GL8A 4LUBA 3CRBA 3RUMA 5I2KB 2OBGA 5L8DA 3GBBA 2Y7PA 2QS4A 3H3GA 2AYSA 3H6UA 1D4NA 1URSA 4OESA 2GRVA 3Q26A 3UIFA 1ZU0A 5K2YA 3HV1A 3MZBA 3C36A 2UYEA 1VE4A 4EDPA 1SDXA 2H5YA 3PV0E 3TTKA 3H6TA 3K6VA 1ZTYA 4DLDA 4KHZE 3TODA 4EF2A 2DVZA 2I3VA 3HCQA 3QAXA 3N5LA 2IEEA 2V3QA 4OFOA 2I49A 3OMBA 3FVKA 5I2KA 2DWHA 3GXAA 1FCKA 1OLAA 3CSGA 4LATA 1Y1MA 2PMSA 4NF6A 3ECRA 1AOVA 2ZMBA 3E13X 3FXRA 1XHYA 1BIYA 1N04A 5DT6A 3TTMA 1ZIUA 1M5EA 1MY4A 5AA2A 1OVTA 4ELOA 3S4UA 5H8HA 2H9BA 3IOVA 5DVIA 4KR5A 1Y3PA 4ZS9A 3RN8A 1MY1A 1B7HA 1MQHA 2HEUA 5CMBA 4R75A 4ELRA 2ZYOA 3MBPA 1IQ7A 4QSEA 3V8XB 4NWCA 5I59B 4G68B 3K1MA 3IAZA 4JWXA 4MF3A 5LOMA 4PQJA 4Q8RA 5KCJB 3ZS6A 5IKBA 4KI0E 2ZNTA 1T0KA 3QUJA 4DDDA 2I0BA 5KDTB 3A09A 3BKIB 2RCAA 1GGGA 4NF8A 4N07A 3I3VA 5JTYB 3CVGA 3CIJA 1O7TA 5L9MA 3UN6A 2BJJX 2XXYA 1TWYA 3PUZE 4NTLA 3DP6A 2DP8A 1FTLA 3T9XB 3ZKKA 4LQ5A 3OO6A 4H1XA 1MPBA 1MXWA 3Q27A 1A7LA 3TAJA 5KCJA 3G3JA 3W9VA 1LBBA 3TTRA 1OQGA 3SEXA 2AL5A 1ZMGA 2RCBA 3EPEA 4POWA 4OWDA 5KDTA 5DVJA 3LSWA 1B5HA 5FTHA 3U1OA 4F39A 1QUIA 3GLBA 4U2RA 5JTYA 3IORA 3H03A 3KN7A 4F2QA 2UXAA 4MBPA 2XXQA 4KFQA 4RXLA 2I6EA 4QRZA 2XXVA 4EXLA 1Y9UA 1LBCA 1NNPA 4PETA 1MXUA 3V83A 4DXUA 4ZEKA 2HZKA 3RT6B 5DTBA 2Z22A 4XTCQ 3OSQA 2Z8DA 3O9PA 1BTJA 4JWOA 1N76A 4IGRA 3OEMA 3QYTA 3C4MA 4F3PA 3EF7A 2QSXA 1LAFE 5EHMA 3CG3A 1PEBA 5J1DA 1R9QA 3K1NA 1URGA 4OFLA 1J1NA 5CM6A 1B4HA 2F6GA 3VVFA 2V84A 2V3TA 4R6YA 4RYAA 2HAUA 3C32A 4X48A 3PPOA 4BLAA 1I6AA 4KQPA 4TQUQ 3L6HA 3PGFA 4K3FA 5FHOA 4Q0CA 3LBSA 3R26A 3MUQA 4NF4A 4DIGA 4QFPA 1M5DA 4QFLA 5HPQA 5I2NB 3B6QA 3KBRA 5CI5A 1NKXA 2Z8FA 4GOTA 3HSTA 2I4BA 1IXIA 2QMWA 2XX9A 3IOTA 1B51A 2I48A 2G29A 3OD7A 1EZPA 1OIBA 2Y7RA 4BDOA 1TFAA 4RY1A 5TPAB 4QFOA 4N13A 1MY2A 1OQHA 4R6KA 1PB9A 3K00A 1DSNA 1OLCA 3IB1A 1H44A 2Q9TA 1GTKA 1US4A 4OTEA 2ESNA 1AH5A 5KZTA 5I58A 1OVBA 3TYHA 2HXWA 3H6VA 2ZYMA 2VD2A 1ZJLA 1PBQA 5L9OA 3TUSA 1MQIA 3KSJA 3S9EA 4I1DA 3VE1B 2DWAA 1KWHA 2PVUA 2A5SA 2ONKE 3KOSA 1B40A 4GRKA 3IK6B 1D9VA 3KOTA 3HO7A 3IO6A 3G3FA 2I3WA 1CB6A 1N7XA 3FVGA 2A5TB 4MLQA 3E3KA 3M8UA 3KG2A 3O66A 4OEUA 2YJPA 3FVNA 3MW0A 1B7UA 1SW2A 1JW4A 4ECFA 1FTOA 3EQ1A 3KJTA 3SDFA 2XD2A 4ESWA 3RTFB 2CZLA 1DTGA 4WXJA 4F3SA 1USYE 2UVIA 4BDLA 4KYSA 4ND9A 1H43A 1R1NA 4GQOA 3O6IA 4BDNA 4C0RA 2Q2CA 5ITOA 3U8QA 4EQ7A 4QHQA 3MVXA 5EHSA 1GR2A 2OJTA 1B0LA 1ANFA 4OEVA 1B3EA 1FQAA 2A5TA 2WKYA 3MJNA 3IL1B 3IR1A 1R9LA 4BDMA 1TFDA 2Y7WA 2Y84A 1Z7NE 1IXHA 1QJMA 4LA9A 3HN0A 3TFLA 3D4CA 1MRPA 2PT1A 1SW1A 2NVUB 2P0SA 1F9BA 1QUJA 1JVYA 2GFEA 3DP4A 4JBZA 2E1SA 2UVHA 3QXMA 1Z7ME 3VXBA 3S9MC 4IY6A 3T66A 1B58A 2H4IA 3H4ZA 1B1HA 2RINA 5ELVA 2QS3A 1LFGA 1LAXA 4IO7A 3EHTA 4YAHX 3PPRA 4R74A 2X26A 3ILUB 1HSJA 4YMAA 4DE8A 1UTHA 4LQ2A 3JYRA 4ESXA 4PFYA 4U23A 3T9VA 2OLBA 3Q29A 1SW5A 2Q88A 1MXYA 4RK9A 3M3KA 1SQYA 3CR9A 4IB2A 3TKDA 1EZ9A 3U94A 2D5WA 1B5IA 2ZYKA 2LAOA 4LZ8A 5AA4B 4Z0IA 2DSFA 1MDQA 3LSXA 2QS1A 3H6WA 5H8FB 3S9LC 1MG1A 3MPKA 5TP9B 4G8MA 4EXKA 1B5JA 4UA8A 4IY5A 3G3KA 3PPQA 3A3CA 2HQ0A 2ONSA 3UGWA 4PFWA 5H8SA 3FD3A 4NWDA 3QIMA 2I0CA 3KGCA 1XS5A 1TXFA 4G77A 1B1XA 3PMXA 4R2BA 5CMMA 3H7MA 5H8NB 4ISUA 3MWBA 1QKAA 1MXZA 3RLFE 4C1TA 4P0IA 1IXCA 4I8CA 1PB7A 3MZ9A 4FEBA 3D4GA 2XXWA 3C34A 5FHMA 5AA4A 4IGTA 3K02A 5HBCA 4FIMA 3FJGA 4ELPA 3U93A 5H8FA 2DYXA 4YICA 3K6WA 3T93B 3O28A 3H06B 3P7IA 1PC3A 1FQCA 3CFXA 4QFNA 4LVQA 3FATA 1UIVA 5A5XB 3TPAA 2UYFA 3SESA 3ONMA 1Y4TA 3CFZA 3VVDA 3QSLA 1LCFA 5I59A 4G68A 2D21A 4POXA 3FJMA 4H6DA 1NNFA 4N6PA 4TLLB 1VFEA 4NF5B 1HSLA 1AMFA 4KYEA 5AA2D 3TCFA 2D3IA 3BFTA 1H45A 3MP6A 5BUUA 3SKPA 2W7YA 1IITA 1II5A 3T9HB 4H5FA 4OMBA 1QULA 1JETA 4DCYA 1US5A 1HSEA 2XXHA 1JEVA 2O7UA 1JW5A 2H98A 4UACA 1B6HA 1SW4A 3ZSFA 2RC8A 2QRYA 4OVJA 3AXFA 4G2ZA 4GVOA 1USYH 3JZJA 4NF5A 3LUYA 5CMKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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