4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
4JXIA 3VVEA 2RKMA 2D5WA 2OWTA 5I56B 4OMBA 3MC2A 4JDFA 1SW1A 1B40A 3PMXA 2Y7PA 4H1XA 1B7ZA 5CBSA 2E1SA 4I9DA 4ONYA 4FJPA 1B3LA 1N76A 3K01A 3SETA 1BP5A 1JVYA 3EPEA 2GH9A 3FZVA 4ZS9A 3OO6A 1IEJA 2H4IA 1MPBA 2O84X 3PMVA 5EHSA 3RNNA 1DTZA 4OFLA 2UYEA 3MZ9A 2GHAA 1DPPA 1PB7A 1A7LA 3PUWE 4LQ2A 2F36A 2XX9A 1P1WA 4X48A 3U93A 1B3HA 2ALUA 3EQ1A 4DIGA 3PD8A 4HS7A 2D21A 3T9XB 1OQGA 1FQCA 3R6UA 4IGRA 2Z8DA 4YKPA 4E0WA 3PPRA 3S9EA 4OTEA 3GBAA 3IOVA 3O6GA 4BLAA 3IAZA 2B3BA 1JQFA 3KZGA 2GHBA 2UVIA 3T22A 4R75A 1B0HA 4X9TA 1VR5A 3VDFA 4IO4A 2I49A 3LC8A 3WAEA 1ZTYA 4F2OA 2Y84A 3G3KA 1UIVA 4GWOA 5F7VA 3M8UA 1A8EA 3WAFA 4NF6A 3R7XA 1DPEA 1O64A 1WDNA 1LBBA 2O7IA 2HXWA 1OVBA 3MUQA 1PB9A 1MQDA 1ZJLA 2ZXTA 1Q1KA 3HPIA 4LATA 4OFJA 4F1VA 3HSTA 4UACA 4Q8RA 3BBRA 1A40A 2DWIA 4ELOA 3DM0A 2A5TB 2F7BA 1GV8A 4NWDA 4I8CA 3OOAA 3TAJA 3OD7A 3G3FA 1Y3PA 1NNKA 1UIUA 1P99A 2ZNSA 3K6WA 2F8DA 4NF5A 2QMXA 4ECFA 1MQGA 3IO4A 2G29A 1QUKA 4Q5TA 2DE3A 1BTJA 2OCUA 1NH8A 1LFIA 2XHDA 4FECA 2THIA 4YMAA 4WKMA 4ELQA 1MXXA 2PX1A 5HPQA 3PV0E 2HAUA 5H8NA 2Q2CA 5H8QB 1DOTA 2ZYOA 1N0TA 3CIJA 4HCWA 4GL0A 2Z23A 2REGA 3IK6B 4QSEA 4BDLA 3SESA 3A3CA 4NWCA 1I69A 4DCXA 3QAXA 3EN3A 4R9GA 3VXCA 1NNFA 2Y7WA 4LZ5A 1XVYA 4KI0E 1OLCA 4YMBA 1IIWA 4C1UA 3CFXA 4G68A 1VFEA 2VP1A 1MPCA 2XD3A 4AB6A 2B3FA 3USDA 2FYIA 1YTVA 4QFPA 2QJEA 4LQ5A 3RLFE 5I57B 1QJMA 4I1DA 1L5TA 4ZE9A 1H44A 3MZBA 3MVYA 1JEUA 2XD2A 4PETA 3S9NC 3CG1A 5H8FB 5FHMA 5K2XA 1Q35A 1TWYA 1N3WA 3FXQA 1MQHA 1MM7A 3DP6A 5CMCA 5I59B 4FATA 1FQBA 1UTHA 2XXUA 1TT1A 3MJNA 1B2HA 5ISUA 2M8CA 3CSBA 5K2YA 3BFTA 4LUBA 3UORA 5JEIA 5CC2A 3C35A 2QPQA 1XS5A 1ZIUA 4YKKA 5AE4A 1LAGE 1B51A 3FJMA 5FTIA 1B5IA 1BIYA 2RC9A 1FTMA 3OO9A 2NUVA 4NF4B 3TTLA 5L9MA 3V8XB 3CG3A 4XXUA 1FQEA 5HBCA 1UTBA 2OZZA 3JZJA 5H8HB 2UVGA 3FVNA 3TKDA 2KLFA 1MY2A 1SW2A 3SEUA 3IOTA 4QHQA 2PT1A 1B7UA 1LFHA 4QFLA 4KD5A 4LP2B 2QS3A 3IB0A 4M1VA 4EF2A 4THIA 1FQDA 4C0RA 3B7DA 3D4CA 3K6UA 4ZEDA 2F35A 4KYDA 3ZKLA 2H5YA 4RY1A 1P1NA 4ELPA 1FTKA 4OESA 5H8SA 1B1XA 2UVHA 3FV1A 1B7HA 2AL5A 3KJTA 1FQAA 3RT6B 3W15C 5TPAA 1JVXA 1LSTA 4ZEKA 5CBRA 3RTWB 4ZE8A 4OQOA 5IKBA 4O3BA 3CSGA 4U22A 2R9JA 3U72A 3LSFB 3E3KA 2BJJX 4QSDA 3C32A 3SEWA 1I6AA 5DVJA 5FHOA 2I3VA 1LFGA 4QF9A 3VVFA 3TFLA 4NMYA 3GXAA 3UA8A 5I2NA 2V3UA 3FVKA 1US5A 1QUJA 3K4UA 1LB8A 1OVTA 1B46A 3TTKA 1NL5A 1PBPA 1IXCA 5H8QA 3PPPA 3HV1A 1LCFA 3KGCA 4Q0CA 2UXAA 1M5DA 2I4CA 4XIGQ 3P7IA 3MPKA 1HSJA 2W7YA 3SEVA 1EU8A 1H43A 5ICQA 3IX1A 2HZLA 3IJXB 4RPOA 4F31B 3C36A 1MRPA 4GQOA 2OLBA 3K1PA 3QUJA 4IY6A 3UP9A 1JNFA 1MM6A 3FASA 4WEDA 1D9VA 4EXLA 3CRBA 3PU5A 4R2BA 4WXJA 3HHGA 3SEXA 1B4HA 4OXVA 3TTRA 1XC1A 1OMPA 4F3GA 5I58A 2H25A 1EZOA 5AA3A 1KWHA 3V5AA 5FHNA 1LLSA 3DP4A 1JEVA 3K6VA 2ONSA 1DMBA 1HSLA 2I0BA 4QFOA 3OEMA 1XOCA 4KYSA 4ZEIA 1MDQA 2ZNTA 3CR9A 5BWJA 4ZDMA 4KQPA 3C4MA 2ZMBA 3K1NA 3Q25A 1XT8A 1TFDA 4RK9A 1EZPA 1B3GA 2XXIA 1AMFA 3N5LA 5TP9B 2XXRA 2OWSA 4FEDA 4LA9A 1IUDA 3H7MA 3TCHA 5AA2A 3CVGA 2XXYA 1SVXB 5ELVA 3O97A 1M5EA 2RC7A 1M5FA 4DCYA 2FA7A 2RC8A 3RT8A 3TELA 3FVGA 4NF4A 3H6VA 3FXUA 4GVOA 1HSEA 1MH4A 3SEYA 1T0KA 3KSJA 2O51A 1P1OA 4YB6A 3C9HA 1MY1A 4G8HA 4OETA 1B52A 1O7TA 2P0SA 1N3XA 1NNTA 3OENA 5KCJA 2ANJA 2ZYKA 3HN0A 3L6GA 3RGYA 2H9BA 3AXFA 1SI0A 3S2VA 1BKAA 2DWHA 3D4GA 2O69A 1QW0A 4EQ7A 2I48A 4PQJA 4JBZA 2HFBA 1FQFA 1D4NA 1MXWA 4XKPA 3EHTA 3PUZE 2F5XA 5CMMA 1ZMGA 2Q2AA 3JV9A 3VV5A 4H65A 4DXUA 1QULA 1N04A 5JTYA 1B5HA 4IY5A 3THIA 1MS7A 2RINA 4KHZE 3IB2A 4G77A 4NF8B 3ONMA 2A5SA 3MAMA 5EHMA 1VSOA 4FORA 2I0CA 5CMKA 3T9UA 3PGFA 1ZKBA 3MVZA 3O9PA 4MFIA 3F11A 1CB6A 3MP6A 1SW5A 1TXFA 3H06B 3BKIB 3RUMA 1B0LA 1Z7ME 3U94A 3S4UA 3PPNA 3B6TA 1USYH 2V84A 2I4BA 3A09A 3U8QA 4FE8A 3FV2A 1IXHA 4F29A 4QRZA 4F3BA 5DVFA 2VD2A 2VOZA 3MVXA 3N6TA 3G7WA 2Z22A 4NTLA 1I6QA 1F9BA 1URDA 4U1OA 3HCQA 1MXVA 3OEKA 2OK2A 1XVXA 4DE8A 2NXOA 3LSWA 1A54A 2XXQA 4U1ZA 1IITA 4U21A 4BDMA 1A55A 3Q29A 4JSDA 3UGWA 4F3SA 5KDTB 2Y7KA 2O6AA 2YLNA 4M4GA 3U92A 3U1OA 5I56A 2Y7IA 4IO2A 5B70A 4ESWA 1PEBA 4GXAA 4TOZA 2AYSA 3CI8A 1JETA 3EF7A 2VHAA 3KOSA 4LZ7A 3FXRA 1I6BA 1MQIA 3UIFA 4U23A 1ZLQA 4KFQA 3MBPA 2CMOA 2H98A 1XHYA 5TP9A 3O6HA 4R74A 3IORA 4GXSB 1PC3A 4TLLB 3HHFA 3TYHA 5F1QA 2DE4A 1D3KA 4ZECA 4L17A 4OVJA 1CE2A 1ATGA 1RYXA 4POWA 1ELJA 3T96B 4O3CA 1M5BA 1Y4TA 3M3LA 1SW4A 2DP8A 4F1YA 4XKNA 5I84A 1URSA 4PFTA 3TDJA 1IXGA 3VXBA 3MPLA 1A8FA 2QSXA 3H4ZA 3PPOA 1Y3QA 2VGQA 2OBGA 4IO5A 4H5GA 4R73A 4OWDA 1FTLA 1MPDA 4DDDA 3FJGA 4RPNA 4U4SA 5HM4B 3FIRA 3T9HB 1SYHA 3H6TA 4BDQA 4EF1A 4BDNA 3LUYA 3KEIA 3QIMA 3VE1B 3RTFB 4Q30B 2CZLA 2F6GA 3TCGA 3IR1A 2QS1A 2F7CA 5M2VA 1Y1MA 4GFRA 4MLQA 3UN6A 1P1UA 1N7XA 5BUUA 5I2KB 4OZ9A 3DP8A 2A5TA 4H0WA 1GTKA 3E13X 3ILUB 3O28A 2QL3A 4NF8A 2I58A 4LVQA 1LAFE 4NF6B 4NE4A 2X7PA 2QMWA 3T93B 3SKPA 3FJ7A 5ICTA 2OJTA 3OO7A 1P1QA 1SQYA 1FTOA 4ESXA 1R6ZA 3E9XA 5IAIA 2HEUA 3GBBA 4H67A 4FEBA 2V3QA 4LONB 2QRYA 2P2AA 4MH5A 4HCYA 2NWJA 3OELA 4YZZA 4PP0A 4FAJA 2DVZA 2XXPA 2Q89A 3G3JA 1UQWA 3TTMA 4Z0IA 3TODA 3H6WA 3V89B 4NF5B 4POXA 4H5FA 4UA8A 2G93A 3C34A 4G68C 1NFTA 3Q27A 3IOUA 1Y20A 4P11A 4F1UA 1LBCA 4JWOA 5J1DA 4EQ9A 3O66A 3UK4A 1OQHA 1JW4A 1Y3NA 2Q9TA 2O1MA 4OENA 3H03A 5H8NB 3SDFA 3N6UA 3OSRA 3LSXA 3Q28A 2O1LA 1NMUA 4PE5B 1Z7NE 3I5OA 1ZU0A 1B6HA 3CFZA 3HO7A 4YKJA 5I57A 4IB2A 5AA1A 5DT6A 2RCAA 1QVSA 5FTHA 3C31A 1B32A 4F3PA 5H8FA 4N07A 1N84A 3QK6A 5AA2D 3TTNA 2ESNA 4FIMA 1D9YA 3FGSA 3K2DA 4OYVA 3OSQA 1WODA 4HTGA 4G68B 5CM6A 5LOMA 5I59A 3OO8A 3IL1B 3PMWA 3ZS6A 1AIVA 3KN3A 1IXIA 3O29A 2H99A 1MY4A 2I6EA 2PMSA 2GFEA 4GRKA 4EQBA 1FW0A 3KOTA 4OEUA 1IQ7A 2HAVA 2NOOA 2O7UA 4MBPA 4DXCA 2FNCA 2RCBA 4N6PA 4BDRA 1WVJA 1S7YA 3IB1A 1UTHB 2I3WA 1J1NA 5H8HA 4JWXA 3DLNA 5A5XB 5L8DA 4H6DA 2PBWA 5AA4B 4ISUA 3KN8A 4P0GA 1DSNA 4AQ4A 1JW1A 4GD5A 3BFUA 1LCTA 5DYHA 1USYE 4U2RA 3PUYE 4ELRA 1AH5A 5L9OA 3L6HA 4GOTA 4PFUA 4RXLA 3KFMA 3VLWA 1PBQA 1S9TA 4R6YA 5L9SA 1UTBB 2DWJA 1YAEA 4IO3A 5I2KA 3QUFA 2Q8JA 4O3AA 3H6UA 2REJA 3GZGA 3B6QA 4X1BA 4RJZA 3V83A 1DTGA 1NH7A 2ONRA 4G8MA 4MF3A 1MY0A 4HW8A 4EDPA 2Z8FA 1QKAA 3E4RA 2XXTA 3Q26A 4EUOA 4G8NA 4KR5A 2LAOA 4F22A 2Q88A 4MLVA 2Y7RA 3TQWA 1Y1ZA 2DWAA 2QS2A 3DELB 1H3DA 2O68A 2D3IA 4JSOA 4LZ8A 3QSLA 3ECRA 1PDAA 4XTCQ 4GIZA 4YB5A 2ONKE 2GRVA 1B4ZA 1SI1A 1H76A 3GLBA 3VFJA 5TPAB 4YAHX 4RYAA 2XX7A 2YJPA 1R1NA 2F34A 3PPQA 1B9JA 4JB7A 2R71A 3KBRA 5JK4A 5ITPA 4YB7A 1ANFA 5DEXB 1RYOA 3TUSA 1ZBMA 5I2NB 4GF8A 2DVCA 1MG1A 4PFYA 4RNSA 1VFDA 3G3GA 4F39A 2V3TA 3W9VA 2F6PA 3T66A 3MW0A 2VD3A 3MWBA 4XKRA 3FATA 4H8IA 3LR1A 1B1HA 1IZ1A 3IOWA 4IO7A 2R6GE 2F7AA 2NVUB 1MXZA 2DQVA 3LSLA 2ZNUA 1Y9UA 4JWYA 3KN7A 2XXVA 4KPTA 5DTBA 1SDXA 4KYEA 2ZYMA 1O63A 1FTJA 1US4A 3W9WA 3LBSA 4ZZEA 3K00A 2QS4A 3RN8A 3S9LC 3G3IA 4RA1A 1QUIA 1MQJA 2F97A 3T9VA 3TMGA 4IGTA 1M5CA 1AL3A 5I58B 2P1SA 3KJ7A 1QKBA 3EHSA 4ZEBA 4OHNA 1RKMA 3M3FA 3PD9A 2PT2A 4PFWA 2DOJA 4YKIA 2DXRA 1B3FA 3G3HA 1H45A 1MXYA 4R6KA 4P0IA 2UYFA 4U4XA 3C33A 3MZ1A 3N94A 1MY3A 1Y4CA 4DLDA 3EHUA 4G4PA 3OMBA 1GVCA 1JW5A 1R9LA 4F18A 4F2QA 3QXMA 3MP8A 4NEDA 5A5XA 5AA2B 5AA4A 1VE4A 2WKYA 2E0SA 1POY1 3I3VA 4ND9A 1NKXA 2X7QA 3TPAA 3TQLA 2RF1A 3M3KA 4EXKA 4ZEFA 2B65A 1LAHE 4TLMB 1N7WA 3QYTA 3RQTA 1MXUA 3I6VA 5EYFA 1EH3A 4Z7EA 2HQ0A 4ZZAA 3ODBA 2PYYA 1AOVA 4IO6A 4GL8A 3VLUA 5CMBA 2XX8A 2HCAA 2PVUA 5ITOA 5DVIA 1NNPA 1EZ9A 3PUXE 5KCJB 2ZYNA 4H8JA 1TFAA 1PB8A 4QSCA 3VVDA 4X1DA 3S9MC 2V25A 3H3GA 4C1TA 1SBPA 4TQUQ 3O2AA 3FUZA 4K3FA 4E0XA 1LAXA 2AL4A 3KG2A 3RPWA 1SYIA 2YPNA 4YICA 4YU0A 5TU0A 1BLFA 4R9FA 4KCCA 1POTA 2Z8EA 3OXNA 2V93A 3O6IA 2DYXA 3K1MA 1MDP1 3K0VA 4QFKA 5B7DA 2F78A 1YCJA 1B5JA 4AB5A 1B3EA 2ABHA 4OFOA 3K6XA 4R2FA 5JTYB 2X26A 2DXYA 3TZAA 3MQ9A 2IA4A 3ZKKA 2HZKA 3N26A 4OEVA 1A99A 4N13A 5DEXA 2AIXA 3VLVA 1GGGA 3CFLA 4G2ZA 3R26A 1OLAA 3FD3A 1URGA 3TEPA 1B58A 2DSFA 3IO6A 2DS9A 3FVOA 3K02A 4DXBA 4R6HA 2XXWA 2XXXA 4OERA 1YPNA 3A3UA 3RY3A 4GLIA 5CRYA 2DE2A 4WEPA 1GR2A 1LB9A 4I62A 3KSXA 3IJOB 4DZ1A 2UVJA 3PUVE 2XXHA 1MH3A 5CI5A 1II5A 1OIBA 1B05A 3B6WA 1S50A 5KDTA 1R9QA 4KCDA 1FCKA 2IEEA 4R72A 4BDOA 4F19A 3JYRA 5KZTA 3TCFA 3MP1A 3MVWA 3ZSFA 4QFNA 3ILTB 3SERA 4RK2A 4XKQA 1SD3A 1LGBC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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