4F3GA

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3i
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3gA02
1AIVA 3VE1B 2NXOA 1XC1A 2AYSA 2DVZA 2RC8A 5B7DA 3TEPA 1SW5A 4DCXA 4RXLA 2VOZA 3T9UA 3UP9A 4ZEBA 2PVUA 5H8FB 3TYHA 1Y1ZA 4LA9A 1B3HA 4F1UA 2P1SA 4AB6A 2B3FA 2GH9A 4EQ9A 2DXRA 3KN3A 3CR9A 4GWOA 3KFMA 4HTGA 2B65A 3MWBA 4KFQA 4YKJA 1BTJA 1NH7A 5KZTA 2I4BA 2OWTA 4IGRA 1B5HA 3PMXA 4I9DA 4O3CA 3H06B 2DE3A 3OD7A 4C1UA 1I6BA 4JWYA 2HCAA 1SD3A 5TP9A 1IEJA 4JWXA 4ELQA 1IXCA 4ZZAA 2GFEA 4H8IA 4WEPA 1LAHE 1B52A 2B3BA 2UVGA 3TTMA 1II5A 2P0SA 1ZLQA 4FE8A 3VFJA 4RNSA 3CG1A 3MP8A 2A5TB 1POY1 1EH3A 1NNPA 4F39A 3K6UA 2DE2A 1OVTA 2Y7RA 3UIFA 1PC3A 3QIMA 3IOVA 5H8NB 1N84A 4QFLA 3TDJA 2M8CA 1I69A 3FXRA 1QKBA 1Y20A 4N6PA 5TPAA 3EPEA 5JK4A 2XXRA 3GLBA 4R75A 2FNCA 2QMWA 1USYH 2QJEA 4GOTA 2HZKA 3PUZE 3FV2A 4BDNA 3THIA 2Q89A 4OWDA 4KYSA 3RQTA 1FQFA 4ZE8A 3KSJA 5CMKA 2I3VA 3UORA 3CSGA 4GL8A 3R6UA 3C31A 1GGGA 1MXWA 1A40A 5AA3A 4BLAA 1H3DA 2RC7A 1RYXA 4YB7A 2F8DA 1B7HA 3TCGA 4O3BA 3JYRA 3MVZA 3PPPA 3A3UA 3TQWA 2D5WA 1UTHB 5EHSA 1AH5A 2DWIA 1DPPA 3UGWA 4KPTA 3G3FA 3LC8A 4OFLA 2A5SA 1XS5A 1D4NA 2XXXA 3K00A 4DXUA 4H65A 4OYVA 3QUFA 3S9NC 3OO9A 3BFUA 2XX8A 3FUZA 2NVUB 3QYTA 2Z22A 4EXKA 4FIMA 4EF2A 4FATA 1IIWA 2F34A 3W9VA 2Z8EA 3IK6B 1IXHA 2PMSA 1URSA 3M3FA 3IO4A 3SESA 1JVXA 5LOMA 5L9SA 1FTJA 1T0KA 4YU0A 1P1OA 2R6GE 2XX9A 5L9MA 4GF8A 1QUJA 3GZGA 3LBSA 4ZEKA 3HV1A 5B70A 2H25A 3TTNA 3PUXE 2F78A 4IO3A 1CB6A 2ZYKA 1P1WA 1Y9UA 2F97A 3N6TA 3VDFA 4HCWA 4FEBA 1LAGE 2DWJA 5H8HA 4DE8A 2I3WA 1GTKA 3RLFE 1IZ1A 4LONB 4ZECA 3RPWA 3K02A 4H1XA 2ZXTA 2R9JA 5FTHA 4THIA 1P99A 3HHFA 3SEVA 2CZLA 5CM6A 3H7MA 1OVBA 3H6UA 4RJZA 4BDOA 1NH8A 3L6HA 2HFBA 4BDRA 3O66A 3T9VA 3UN6A 5I2NB 1ZIUA 2ZMBA 4JSDA 1PBPA 3N26A 2H98A 1WODA 4G8HA 1JEUA 5F7VA 1B7UA 1S9TA 1B2HA 4GIZA 4U4XA 1HSLA 4ESWA 4TQUQ 2OJTA 4E0XA 4MF3A 2IEEA 3K0VA 3SEXA 1J1NA 1VSOA 2F36A 5DEXB 3VXBA 5HM4B 1NNKA 1ZMGA 3IX1A 1B32A 3FVKA 2DE4A 3C33A 4ONYA 3H6WA 2V93A 1FQBA 5H8QB 4PFTA 4GD5A 4KR5A 3USDA 4LATA 1SYHA 5CMMA 4NE4A 3EHTA 2R71A 5AA4B 1N3WA 2PX1A 4GVOA 1QW0A 1L5TA 1SI1A 3MVWA 4IY6A 3VVFA 4F1VA 2O7IA 2Y7KA 3K01A 2GHAA 4YZZA 3FVGA 5H8FA 2XHDA 3FIRA 4NTLA 4PQJA 3PD8A 3VLVA 4Q30B 5K2YA 3MW0A 4F3GA 3BFTA 2UVIA 2THIA 1IXIA 1NFTA 3KOSA 1TWYA 4MH5A 3TCFA 3GXAA 5A5XA 4DLDA 3KOTA 1MS7A 4OETA 1JVYA 1A7LA 1P1QA 4QFPA 4QSDA 3UK4A 4R6HA 3CSBA 2XX7A 3PPRA 5I59B 1M5EA 5TU0A 1QJMA 1OQHA 4OHNA 1DTGA 4X1DA 3RY3A 1B05A 3OMBA 2Z23A 3WAFA 3KG2A 3ODBA 2DOJA 4GL0A 3S9EA 4Q5TA 4QSCA 3H4ZA 1JNFA 4JSOA 3IAZA 3O29A 2RINA 2XD2A 3OOAA 1JW5A 1ANFA 3MPLA 2O84X 4RPNA 4ZEIA 4IO5A 1POTA 1QUIA 2AL5A 1HSJA 4ECFA 5I2KA 3PPQA 1AOVA 3L6GA 1WVJA 3OELA 1Z7NE 4R2FA 1B7ZA 2YJPA 1A8FA 2FA7A 2GRVA 1B0LA 1SW2A 1WDNA 1MPCA 2QS3A 2H5YA 1FW0A 2PYYA 3KJTA 3FVNA 2V25A 1NMUA 3G3HA 4FECA 1IXGA 4XKNA 1URDA 1MXXA 3T9XB 1VFEA 1VFDA 2I49A 2Q88A 4NF5B 2ZNTA 3EN3A 5I57A 4YICA 4EQBA 4XKRA 2DYXA 1Y1MA 3IB0A 4NWDA 5BWJA 3E3KA 1N04A 3K1PA 1B4HA 1B4ZA 1XOCA 4M1VA 1TFDA 5JEIA 2Y7WA 2ZNUA 2Y7IA 3FATA 3E4RA 3R26A 1FTOA 1N0TA 5IAIA 3M3KA 1Y3NA 1SW4A 3E13X 3K6WA 1BIYA 1SBPA 4R6KA 3SEUA 1MPBA 3BBRA 1S7YA 4KCCA 4DDDA 4F2QA 5KCJB 2RCAA 5I56A 2QRYA 4NEDA 4AB5A 4F1YA 1ZBMA 4GLIA 3IO6A 3KZGA 3D4GA 1N3XA 3CFLA 5JTYB 5AA1A 2E0SA 4G8NA 1LBCA 2VGQA 2VD2A 2HAVA 4JDFA 4NF8A 4QF9A 1R9QA 1MY2A 1MQHA 2QSXA 4F18A 2OK2A 3DP6A 2XXWA 3IJOB 2QS1A 5KDTB 1FCKA 3N6UA 3VLUA 2OBGA 4MLVA 3TKDA 1Q35A 3W15C 1MG1A 3K6VA 3CFZA 2F35A 5DVJA 1IQ7A 5M2VA 2XXHA 3SEYA 1LFIA 3PUYE 3SEWA 5DT6A 1MY0A 1MXYA 2OLBA 4JXIA 1MXZA 1VR5A 3K6XA 3TELA 3B6QA 1R1NA 1FQCA 1B1XA 1IUDA 3MVYA 3CIJA 3G3JA 4GRKA 3U72A 1D3KA 4F22A 2H99A 1O64A 1JEVA 2VD3A 4OENA 3MJNA 2H9BA 1DOTA 3HSTA 1FTMA 4G68C 5IKBA 3MBPA 1PDAA 3A3CA 1UIUA 4F19A 1LBBA 5TP9B 3QUJA 4LZ7A 1US5A 3Q28A 3SDFA 1UTBA 5AE4A 3MVXA 2O69A 4F2OA 3EHUA 4POXA 1ZU0A 3JZJA 3B6TA 3O6GA 1R9LA 4F3BA 3P7IA 4Z0IA 4U1ZA 5DVFA 4LZ5A 4U4SA 1MXUA 3OO6A 5TPAB 3FJMA 1YAEA 3Q25A 3S9LC 1LCFA 3PV0E 4F3PA 3LSWA 5CMBA 2XXIA 3TTRA 3QK6A 5AA4A 2I0BA 4OESA 1Y3QA 1JW4A 3ILTB 4YMBA 3FD3A 3KN7A 3DLNA 4U1OA 4OVJA 1QKAA 1AMFA 3MZBA 4I1DA 4QSEA 3D4CA 5DTBA 1M5DA 4PE5B 4ZS9A 5EHMA 3V83A 4H0WA 4NF6A 2ZYMA 3IL1B 1MY4A 4RK9A 5AA2A 3UA8A 3EQ1A 1B6HA 1FTLA 5I58A 4NF4A 4KQPA 1BLFA 2O1LA 3FXUA 1AL3A 3MAMA 5CMCA 1Y3PA 3K4UA 3O9PA 3RT8A 3HO7A 1TT1A 1ELJA 2ZYNA 2HEUA 3LSXA 3RTFB 5BUUA 1MXVA 4G68A 1MDQA 2FYIA 1M5CA 2PT2A 1YCJA 3Q26A 1EZOA 1SYIA 2Q9TA 3U1OA 1Y4CA 1M5FA 1PBQA 4HCYA 4UACA 1EZ9A 5FTIA 3H3GA 4X1BA 2UVHA 3ZSFA 1P1NA 4U21A 2VHAA 4QFOA 2DWHA 2RCBA 4DCYA 1XHYA 3VVEA 2I6EA 1MH4A 1NNFA 3HPIA 3MZ1A 2PBWA 4PFYA 3RUMA 5ISUA 3G7WA 3MZ9A 4RPOA 5L8DA 2QS2A 3PU5A 1XVXA 4E0WA 3C35A 5ICQA 2XXVA 3HCQA 1B3GA 3LUYA 2F7BA 1ZTYA 4R72A 4OTEA 2OZZA 1MQIA 4OFJA 4Q8RA 2Z8DA 4I62A 1MM7A 3O2AA 2DQVA 1I6AA 1SDXA 3TZAA 3KSXA 3Q29A 3OSQA 5H8HB 1LLSA 2QS4A 5FHNA 4R9FA 2QPQA 5I84A 4UA8A 3H6TA 3M8UA 2PT1A 2UXAA 2YLNA 2ONSA 3PUWE 4H6DA 2DWAA 4GQOA 3IJXB 1DMBA 3MP1A 3CFXA 1TXFA 3OSRA 1B40A 4Z7EA 3I3VA 4R9GA 4KHZE 3FV1A 4LP2B 2XXUA 3VLWA 1ATGA 1LFGA 4IO2A 1MQGA 2X7QA 4YB6A 4YB5A 1F9BA 5F1QA 4HS7A 5K2XA 2A5TA 1DSNA 1N7XA 2UYEA 4PETA 1CE2A 4OZ9A 3PMWA 4MLQA 2YPNA 3T96B 1DTZA 5H8NA 1DPEA 2DXYA 1EZPA 1B3FA 3RNNA 4OERA 4KYDA 4OEVA 5EYFA 3B6WA 3FJ7A 2V84A 2AIXA 4PFUA 4OEUA 2DS9A 5ITOA 1OIBA 4JBZA 3FZVA 4FJPA 2I0CA 1PB7A 5ICTA 2O1MA 1USYE 4R73A 2Q2CA 2D3IA 4IO7A 3ZKLA 4WKMA 5KDTA 2V3TA 2ABHA 3RN8A 3FASA 4U22A 2IA4A 3ZKKA 1XT8A 1JETA 1FQDA 1LCTA 3C34A 4YKKA 4I8CA 3W9WA 4H67A 2NUVA 1Q1KA 1QUKA 4C1TA 5CBRA 3T66A 4O3AA 4IGTA 4ISUA 3DP4A 3OXNA 4IY5A 3IB2A 3IORA 4PFWA 1N76A 3PPNA 1LB9A 2O7UA 2V3QA 1B5JA 2O51A 3KBRA 1UTHA 4OQOA 3S2VA 4DXBA 1PEBA 2CMOA 4ELRA 5A5XB 4RK2A 4R74A 1ZJLA 4LZ8A 3ONMA 2F7CA 2P2AA 1UIVA 3S9MC 4EQ7A 1P1UA 2UYFA 4ZEFA 1Z7ME 4YKPA 1I6QA 4IO6A 1B3EA 1GVCA 1HSEA 1N7WA 1H76A 3SETA 4BDLA 4XKQA 1ZKBA 1YTVA 3DP8A 5CRYA 1MDP1 4G8MA 3R7XA 1MQJA 5ELVA 3CG3A 2O68A 2I4CA 4XXUA 3TTKA 5HPQA 3TAJA 2I58A 1H45A 2D21A 3CI8A 1US4A 2X26A 3F11A 1EU8A 3FXQA 3OEKA 4ESXA 3TODA 1LFHA 4XIGQ 5FHOA 4GXAA 3VVDA 2ZYOA 4P0GA 3ILUB 5I2KB 5HBCA 4TLLB 4K3FA 3N5LA 3V5AA 1D9YA 4H8JA 3O6HA 3KEIA 3EF7A 4PP0A 2G93A 2G29A 4NWCA 2F6PA 3LR1A 3E9XA 3IOWA 2RC9A 3TUSA 2ONRA 2QL3A 1MY3A 3MC2A 4IB2A 2RF1A 2RKMA 3FGSA 3LSFB 1M5BA 3PD9A 4LQ5A 3I6VA 2Q2AA 4OXVA 1SQYA 2NOOA 1PB9A 1VE4A 3Q27A 2DP8A 4ELPA 3ECRA 4OFOA 1MQDA 4ZZEA 5I57B 3BKIB 3WAEA 1MH3A 4FEDA 5CC2A 4EF1A 5FHMA 4R2BA 1LAXA 2I48A 4ZE9A 4ZDMA 5DVIA 3HN0A 3SKPA 1BP5A 5I2NA 1GR2A 3SERA 3K1NA 2AL4A 3RGYA 2OWSA 4F31B 3O28A 3S4UA 4HW8A 3C9HA 5DEXA 4G4PA 4MFIA 2VP1A 3VXCA 3C32A 1OMPA 3JV9A 4KCDA 3U93A 5I56B 1FQEA 4XTCQ 1JW1A 1H43A 4G2ZA 4TLMB 1FQAA 5H8QA 4X9TA 4KD5A 4F3SA 2BJJX 4ELOA 2DVCA 2WKYA 1A55A 4JB7A 1B46A 3T93B 4U23A 2W7YA 1B5IA 3VV5A 5J1DA 4NF8B 3LSLA 3RT6B 3V89B 1NNTA 1OQGA 3TTLA 2XXPA 3G3KA 3TPAA 1TFAA 4GFRA 3GBBA 4C0RA 3G3GA 3C36A 3PGFA 3KGCA 4IO4A 2KLFA 2QMXA 2HQ0A 1MRPA 3FJGA 4H5GA 3AXFA 1A54A 4N07A 3T22A 3I5OA 1URGA 3C4MA 1SVXB 5DYHA 3MPKA 4ZEDA 2XXYA 1O7TA 3CVGA 4BDQA 1YPNA 2ANJA 1SW1A 2F7AA 3TFLA 3MP6A 2HXWA 4TOZA 1LGBC 4RY1A 3IB1A 4YKIA 4QFNA 1A8EA 4LVQA 4G77A 4LUBA 4RA1A 4QHQA 5I59A 2OCUA 1OLCA 4F29A 2ALUA 2E1SA 2XD3A 4DIGA 4LQ2A 2Y7PA 3DELB 2Q8JA 2ESNA 4X48A 1D9VA 3G3IA 2F6GA 2DSFA 3TMGA 1R6ZA 2UVJA 2ZNSA 1JQFA 2X7PA 4XKPA 2ONKE 1NL5A 3RTWB 4R6YA 3N94A 4WXJA 1XVYA 3M3LA 1MM6A 3KJ7A 4M4GA 3U92A 1UTBB 4JWOA 4RYAA 1RYOA 5CI5A 4FORA 4YAHX 1B0HA 4QFKA 3ZS6A 4BDMA 2REJA 3PUVE 1H44A 4N13A 4DXCA 3PMVA 3OO8A 4MBPA 1RKMA 2XXTA 3H03A 4KI0E 1S50A 3IOUA 4POWA 3QSLA 3OENA 3K1MA 3MUQA 3B7DA 4U2RA 4H5FA 1Y4TA 2REGA 3KN8A 1OLAA 5H8SA 4L17A 4NMYA 3TCHA 4WEDA 2HZLA 1B1HA 1NKXA 3HHGA 1IITA 3A09A 4Q0CA 1KWHA 3V8XB 2H4IA 3QXMA 5AA2D 2Y84A 4OMBA 4DZ1A 4NF5A 3DM0A 1QVSA 1A99A 4NF6B 3U94A 3U8QA 1LB8A 5AA2B 3IR1A 3H6VA 3QAXA 5I58B 1UQWA 4EDPA 1SI0A 1BKAA 2O6AA 3PPOA 3GBAA 4NF4B 3OEMA 1MPDA 1B9JA 1B51A 4EXLA 2HAUA 4ND9A 3EHSA 1LAFE 4QRZA 4EUOA 2GHBA 2NWJA 2V3UA 2XXQA 1GV8A 4AQ4A 5ITPA 2LAOA 1B3LA 5KCJA 3OO7A 4G68B 4GXSB 4P0IA 1LSTA 3T9HB 1FTKA 4P11A 2Z8FA 4KYEA 4YMAA 1PB8A 3K2DA 2F5XA 1MY1A 1B58A 3IOTA 5JTYA 3O97A 3TQLA 3FVOA 3CRBA 3MQ9A 1QULA 5L9OA 5CBSA 4FAJA 3O6IA 1O63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FJ6A 1AIVA 3VE1B 2NXOA 4HXVA 1XC1A 2AYSA 1XI6A 2DVZA 4X04A 4GWUA 4IR8A 2RC8A 5B7DA 3TEPA 1SW5A 4DCXA 4RXLA 2VOZA 3T9UA 3UP9A 4ZEBA 2PVUA 5H8FB 3TYHA 4PFIA 3RYDA 1Y1ZA 4LA9A 1B3HA 4F1UA 2P1SA 4AB6A 2B3FA 2GH9A 4EQ9A 2DXRA 4N91A 3KN3A 3CR9A 4GWOA 3KFMA 4HTGA 3BIHA 2B65A 3MWBA 4I3YA 4KFQA 4MEVA 4YKJA 1BTJA 1NH7A 5KZTA 2I4BA 2OWTA 4IGRA 1B5HA 3PMXA 1FPKA 4I9DA 4O3CA 2MKZA 3H06B 2DE3A 3OD7A 4C1UA 1I6BA 4JWYA 4MJOA 2HCAA 1SD3A 2P3VA 5TP9A 1FPLA 1IEJA 4JWXA 4ELQA 1IXCA 4ZZAA 2GFEA 4H8IA 4WEPA 1LAHE 1B52A 2B3BA 2UVGA 3TTMA 1II5A 2P0SA 1ZLQA 4FE8A 4MIJA 3VFJA 4RNSA 3CG1A 1FPJA 3MP8A 2A5TB 1POY1 1EH3A 1NNPA 4F39A 3K6UA 2DE2A 1OVTA 2R8TA 2Y7RA 3UIFA 2WX9A 1PC3A 3QIMA 3IOVA 5H8NB 1N84A 4QFLA 3TDJA 2M8CA 3SZPA 1I69A 3FXRA 1QKBA 1Y20A 4N6PA 5A5LA 5TPAA 3EPEA 4X8RA 5JK4A 2XXRA 3GLBA 4R75A 2FNCA 2QMWA 1USYH 2QJEA 4GOTA 2HZKA 3PUZE 3FV2A 4BDNA 1YZ0A 4O94A 3THIA 2Q89A 4OWDA 4KYSA 4AS4A 3RQTA 1FQFA 3HFUA 3KSJA 4ZE8A 5CMKA 2I3VA 3UORA 3CSGA 4GL8A 3R6UA 3C31A 1GGGA 1MXWA 1A40A 5AA3A 4BLAA 1H3DA 3LUZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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