4F3PA

Crystal structure of a glutamine-binding periplasmic protein from burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
226
structure length
223
Chain Sequence
KELVVGTDTSFMPFEFKQGDKYVGFDLDLWAEIAKGAGWTYKIQPMDFAGLIPALQTQNIDVALSGMTIKEERRKAIDFSDPYYDSGLAAMVQANNTTIKSIDDLNGKVIAAKTGTATIDWIKAHLKPKEIRQFPNIDQAYLALEAGRVDAAMHDTPNVLFFVNNEGKGRVKVAGAPVSGDKYGIGFPKGSPLVAKVNAELARMKADGRYAKIYKKWFGSEPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamine-binding periplasmic protein
publication title Crystal structure of a Glutamine-binding periplasmic protein from Burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 78
structure length 223
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3pA02
4EXKA 1O64A 1HSEA 1US4A 4GVOA 3K00A 4KYDA 4FEDA 1XT8A 3O6IA 2Z8FA 3TELA 3V83A 1OQGA 2A5TA 3IOWA 2GHBA 2HXWA 1XVYA 3B6WA 2HCAA 3N26A 2V25A 3DELB 2B3FA 2P0SA 1QKAA 1A55A 1MQJA 3OO6A 4JB7A 3PUYE 2ZNSA 4IY6A 5FHOA 1NH8A 4RPOA 3RPWA 1MXWA 1ZLQA 1WVJA 2LAOA 3QIMA 2XXVA 3GBBA 5AA2D 3T9HB 4P11A 4IO6A 3N6TA 5TP9A 1MXZA 5AA3A 3VE1B 3U72A 5DYHA 3THIA 4AB6A 4Z7EA 4JSOA 3HO7A 2F7BA 4F3BA 4RXLA 3IOTA 2DSFA 4DZ1A 4F1VA 1B51A 2RCBA 3TTLA 2PYYA 3C34A 3PUVE 4ELQA 3CG1A 3M3FA 3V89B 4LZ5A 2DYXA 5I56A 3A09A 1RYOA 3UIFA 1JNFA 3VXCA 1IXCA 4GRKA 4R6YA 2I4CA 1XOCA 5HPQA 1FQEA 2F34A 2E0SA 3IB1A 4KD5A 3HV1A 2NXOA 3H03A 3S9EA 2AL5A 4FAJA 2F6GA 3H7MA 1AMFA 4Q30B 3D4CA 4OFLA 2OZZA 3KOSA 2I4BA 4WEPA 1B3GA 1PEBA 1OIBA 1PBPA 4IO7A 5EYFA 1O63A 1H44A 3O97A 3SEVA 4XIGQ 3EHSA 2XHDA 1Y20A 3C35A 1PBQA 4ELOA 5K2XA 3IK6B 3IOVA 1NNTA 3MVZA 1B46A 5F7VA 3CSGA 4U23A 2XXRA 3K0VA 2XXTA 3ZSFA 2Q8JA 1M5EA 1FTMA 2A5SA 3JZJA 2G29A 2XXQA 2ZYMA 3OO9A 5FHNA 4DE8A 1R9QA 3K1MA 2D21A 1UIVA 1OVBA 2I58A 3FXUA 3FVKA 4DDDA 3T9XB 1N7WA 2F8DA 3IORA 3C9HA 5L8DA 1MPDA 2HZKA 4TOZA 4POXA 3K02A 2H9BA 4FORA 4QFLA 2O84X 2VGQA 4KI0E 4F3GA 3M3LA 5DVFA 2H98A 3KBRA 3PU5A 4LATA 1NKXA 4OTEA 1FQBA 4P0IA 3T96B 2YJPA 3IB2A 1II5A 1L5TA 1Y3PA 4KR5A 4QF9A 4DXUA 1NL5A 2O6AA 3FATA 1OVTA 1URGA 1I6BA 4ZDMA 4MLVA 2QMXA 4YMBA 2Z8DA 1PB9A 2FA7A 2HFBA 1RYXA 1MQHA 4HTGA 4KHZE 4O3AA 5FHMA 3VLVA 3K6UA 4ZEFA 4EDPA 4R75A 4HW8A 3USDA 4EUOA 3KJ7A 1TWYA 4ESWA 5H8QB 1XS5A 2PBWA 3C36A 4TLMB 4JWOA 2QJEA 1N0TA 1NNFA 2Y7RA 3FVGA 3S9NC 2F35A 4F39A 2HZLA 3L6GA 4QSEA 2O68A 4HCYA 4JDFA 4X1DA 1LBBA 3K2DA 4QFNA 2RF1A 2Q88A 2RC9A 3KEIA 4EQ9A 5IAIA 5DT6A 1TFAA 3K6VA 1Y3QA 1UQWA 1SQYA 1VFDA 1MH4A 3GZGA 3TKDA 5ELVA 3RTFB 2XXUA 4YB6A 1ZKBA 3IO6A 4IO4A 2GRVA 1JW4A 1NMUA 1TFDA 1B3LA 4MFIA 4Q8RA 1ZBMA 2ONSA 2OLBA 1MS7A 2UVGA 3CSBA 1D9VA 3CFXA 1JETA 5CMMA 4ESXA 3PMWA 3T9UA 1YAEA 1GV8A 4N07A 3OELA 3GBAA 4NWDA 1FQFA 3MVYA 1GGGA 2I0BA 4LA9A 4IY5A 1DSNA 2O69A 3CFLA 3LSXA 3DLNA 4U1ZA 1IITA 4QSCA 3MP8A 1SW2A 3FV2A 3R7XA 4QFOA 3E3KA 3QK6A 1B1XA 1Y1ZA 3ODBA 1ATGA 3G3HA 1ANFA 3DP4A 4F29A 1A8EA 3UK4A 4JWXA 2VD2A 4F2OA 4R6KA 4IB2A 2NUVA 3MC2A 2ZYNA 5BUUA 2I6EA 1B7HA 3E9XA 1GTKA 5CI5A 1AIVA 1AH5A 3VLWA 1LFGA 2UVJA 4NEDA 4BDMA 4OERA 3EPEA 1UTHB 3I3VA 3OO7A 1IQ7A 3UP9A 3G3IA 3PUXE 3M3KA 4XKNA 5I2NB 4YZZA 5B70A 4H6DA 1B0LA 3MZBA 3R26A 4U22A 1YCJA 1KWHA 1SW5A 4YKJA 5TPAB 3EF7A 1JEUA 4F19A 5CRYA 4PETA 3PD8A 2XXYA 2Q9TA 4OETA 4F22A 4ZEDA 4OENA 3V8XB 3VV5A 3ILUB 4G68C 4M4GA 3RTWB 3WAEA 1N76A 3MP1A 4ZZAA 4NF8B 1SI0A 4PFUA 3MVWA 1IIWA 1UTBB 1IXGA 1IXHA 4I1DA 1D4NA 3U94A 1M5CA 5AA1A 3IJOB 5CMKA 3RNNA 3HSTA 4BDLA 4YAHX 5I2KB 3ECRA 5DEXB 3OXNA 2QPQA 1AL3A 1Y3NA 3O28A 1Y1MA 3K1NA 1O7TA 2RC8A 4YKKA 1I69A 4F3SA 3LUYA 2YPNA 1JEVA 3QUJA 3PPQA 2P1SA 3TDJA 2Z8EA 1VR5A 4LZ8A 2CMOA 4UA8A 1SDXA 3SESA 5ITPA 3W9WA 1B0HA 1QVSA 2RINA 2W7YA 1B05A 3A3UA 1QULA 2THIA 3T9VA 1UTHA 3AXFA 3G3FA 3S9MC 1LAFE 4ZEBA 4JXIA 2PT2A 5I2NA 4XXUA 1PC3A 1BIYA 4RYAA 3IL1B 1LGBC 5TPAA 1B5HA 3KSXA 4PQJA 4IGTA 3BFTA 1B4HA 4QSDA 1MY2A 2XXWA 1A40A 4R74A 3E4RA 1ELJA 3H6UA 4H8JA 4NF8A 4QFKA 4BDOA 2DQVA 4H5GA 4JBZA 1JQFA 1UTBA 1MQIA 4NWCA 2O51A 1B7ZA 3EQ1A 4NF6B 3Q27A 1FTJA 4KYSA 4GD5A 5CM6A 3TEPA 3DP6A 1B7UA 5I2KA 1Y4TA 1URDA 3RN8A 2F7CA 3KFMA 4C1TA 4ZZEA 3JV9A 2DWIA 1NNKA 3OMBA 1MG1A 3K6WA 3EN3A 3VVFA 1MDQA 4PFYA 4EQBA 2QL3A 3I5OA 1QUKA 2PT1A 1OLCA 3EHTA 4G2ZA 4LZ7A 5HM4B 4BDQA 1B5IA 4FJPA 4MBPA 3SETA 5F1QA 5A5XB 3PMVA 3JYRA 1JVXA 2DS9A 3OEMA 4R9GA 2ZNTA 4WEDA 1FTKA 4OFOA 1PB8A 3S9LC 1ZIUA 3VVDA 1B3FA 5H8HB 1H45A 5KDTB 3OD7A 3RQTA 2XXIA 3MAMA 2DE4A 4OXVA 4FATA 4I62A 3IAZA 1LAGE 2OCUA 2VP1A 4X9TA 2E1SA 4H0WA 1MY3A 2DWHA 4E0WA 4F2QA 4RPNA 2RCAA 3KN7A 4U2RA 4O3BA 3RLFE 2X7QA 4YICA 2OWTA 1WDNA 3UORA 1A54A 3OENA 5EHSA 4FIMA 3KZGA 5EHMA 3A3CA 3BKIB 3TODA 5CMCA 5I84A 4GWOA 1N7XA 1SW1A 3T93B 2ANJA 3KG2A 2Y7IA 3U8QA 3K1PA 2DWJA 1B3EA 2VOZA 3QAXA 1I6QA 1DTZA 1Q1KA 1DPPA 4GOTA 4I9DA 1IEJA 1ZMGA 2H99A 4F18A 5AE4A 5L9MA 1VE4A 1FTLA 3MBPA 3TTKA 5A5XA 4U1OA 3MZ9A 1BKAA 4UACA 3FV1A 4GXSB 2VHAA 1UIUA 3MZ1A 2H5YA 5H8HA 3V5AA 1Y4CA 4X48A 2ZYOA 4OHNA 5KDTA 4YKPA 3FJGA 2ONRA 2UVIA 2Y7KA 1VSOA 1LB8A 3PPOA 3QSLA 4PFWA 3QXMA 5KCJB 3G3GA 1MQGA 1ZJLA 3F11A 2NVUB 3UN6A 4BLAA 2QMWA 1S50A 4G8HA 1SYHA 3QUFA 3GXAA 3ONMA 2QS1A 1FTOA 4N13A 1MY1A 2HAUA 3U92A 3IO4A 3T22A 3FVOA 1BP5A 2REJA 3HHFA 1B4ZA 4NF5B 2F97A 1QJMA 3FJMA 1LAHE 4RA1A 3FUZA 5I58B 3PUZE 5B7DA 1YPNA 3MUQA 4G68B 1URSA 5FTIA 3VFJA 2UYEA 1JW1A 3BBRA 2ZXTA 3MVXA 4WXJA 1P1NA 2Q2CA 2IEEA 1MXVA 1NH7A 2M8CA 1MQDA 3UA8A 5J1DA 2Y84A 5AA2B 5H8FB 4EF2A 3LC8A 1USYH 3B7DA 4L17A 3FASA 5H8QA 3G3JA 3CR9A 4RK2A 2AYSA 3O6HA 3HCQA 2V3QA 1R1NA 2D5WA 2F36A 3O6GA 5KCJA 3KN3A 4TQUQ 3OOAA 4ZE8A 4H8IA 3HPIA 4ZS9A 4ISUA 5KZTA 4XKQA 3SEXA 3RT8A 4GL0A 3H6WA 1QW0A 2ONKE 2B65A 3PUWE 2OJTA 4R9FA 3PPNA 3H3GA 1MH3A 5ISUA 2OK2A 3FJ7A 4YU0A 3TPAA 1USYE 3O2AA 4NF5A 5AA4B 2YLNA 2R6GE 5I58A 5BWJA 4G68A 4GF8A 4FE8A 3N6UA 5JK4A 1I6AA 2GH9A 2DP8A 1MXYA 3N5LA 3SEWA 2O1LA 1N84A 3TUSA 3Q26A 3IX1A 1DPEA 1MPBA 1MRPA 1SW4A 4HCWA 2QS3A 2R71A 4MH5A 2F5XA 5JEIA 3OEKA 4QRZA 5H8SA 5AA2A 5H8FA 2I48A 4ND9A 4ZECA 3MQ9A 1B5JA 1QUIA 4LP2B 3L6HA 1GVCA 3ZKKA 1HSJA 4G4PA 4I8CA 2DE2A 5DVIA 3KJTA 2I3VA 3LSWA 1D9YA 3KN8A 3K01A 4GLIA 4XKPA 3PPPA 3SDFA 2B3BA 2HAVA 4ELPA 2REGA 2ESNA 1CE2A 3TCFA 4LUBA 3B6QA 2QRYA 3TFLA 2UXAA 3O9PA 1B58A 2O7UA 4OQOA 3RUMA 5I57B 2ZYKA 5AA4A 2FYIA 4OFJA 3ZS6A 1LSTA 1H3DA 1B2HA 1BTJA 4OVJA 2X7PA 3IOUA 4GFRA 4KYEA 1M5BA 1US5A 3FGSA 4G8MA 1SYIA 4ZEIA 3G3KA 3PMXA 4R72A 1NFTA 3MW0A 2VD3A 1S7YA 4E0XA 2X26A 1IZ1A 4GXAA 4IO3A 3IB0A 3WAFA 3TTMA 4EF1A 5ICQA 1MXXA 2AIXA 1B1HA 4EXLA 3N94A 3TZAA 4R2BA 1B3HA 4YB5A 3SERA 5IKBA 2F6PA 1TT1A 4KQPA 4H67A 2O1MA 2QS2A 2O7IA 4YB7A 4F1YA 2F7AA 5I59B 1JVYA 2I3WA 3DP8A 4RJZA 2DE3A 3LBSA 1P1OA 1MXUA 4N6PA 3W9VA 5ICTA 1LBCA 2QS4A 1B32A 1F9BA 1QUJA 1M5FA 4PP0A 4THIA 5DEXA 3OSRA 3TCGA 5CBSA 5I57A 1TXFA 1B52A 1GR2A 4HS7A 3FD3A 2NOOA 3TQLA 1YTVA 4OEUA 2I49A 3TMGA 2PMSA 3O66A 1FQCA 2NWJA 4F31B 4DLDA 4MLQA 3MJNA 2F78A 1EU8A 1BLFA 1FW0A 3TCHA 1H76A 4U21A 3CIJA 5CMBA 2XX7A 5DVJA 3G7WA 1AOVA 3U1OA 3S2VA 3OSQA 5HBCA 1SD3A 3HHGA 3SEUA 2XXPA 3H6TA 4RY1A 2V84A 2Q2AA 2PVUA 1A8FA 4JSDA 1XC1A 3H6VA 3C31A 2G93A 1MM6A 3RY3A 3C32A 5JTYB 2HQ0A 1HSLA 2BJJX 4GIZA 2DWAA 5H8NB 1Q35A 4AB5A 3I6VA 3SKPA 2Q89A 4R2FA 1LFHA 4Q0CA 1MY0A 2R9JA 3P7IA 5I59A 1MDP1 1SBPA 4U4SA 4KPTA 4LQ5A 4QFPA 2XD3A 1PB7A 2V93A 3O29A 4U4XA 2Z22A 2IA4A 4NF6A 4C0RA 3TQWA 1ZTYA 4YMAA 1RKMA 4O3CA 1P1UA 4F3PA 2RKMA 1SI1A 1JW5A 4K3FA 4G8NA 3R6UA 2P2AA 3VDFA 2ZMBA 5CBRA 1N3WA 3FVNA 3B6TA 1A99A 2UYFA 2XXXA 3HN0A 4H65A 1LCFA 2V3TA 4DIGA 3EHUA 4OEVA 4RK9A 1R9LA 2DVZA 5DTBA 4C1UA 1A7LA 4LONB 3DM0A 1LFIA 1FCKA 3KGCA 3IJXB 1B9JA 4ECFA 1P99A 4FECA 3IR1A 5L9SA 3CI8A 3MPKA 2ALUA 3FXRA 3ILTB 5FTHA 5JTYA 1NNPA 3E13X 4F1UA 2OBGA 3PPRA 5H8NA 5LOMA 4NTLA 4NMYA 3LSFB 1J1NA 1POTA 4MF3A 1LB9A 4OZ9A 3C4MA 4ONYA 4GL8A 1LAXA 4IGRA 3TYHA 4EQ7A 4DXCA 4Q5TA 2H4IA 1B40A 3PV0E 4AQ4A 3VVEA 3W15C 3RT6B 1T0KA 3QYTA 3K6XA 2H25A 3VLUA 3FXQA 1EZOA 4PFTA 3Q25A 4NF4B 1N04A 4H5FA 1XVXA 2XXHA 3M8UA 4LQ2A 3KSJA 1SVXB 1Y9UA 2XX8A 5ITOA 2ABHA 4XKRA 1IUDA 1Z7ME 2PX1A 5K2YA 3MP6A 3CG3A 3OO8A 4DXBA 4JWYA 2DOJA 3T66A 1OQHA 1PDAA 1H43A 2XD2A 4KCDA 4XTCQ 1LLSA 3SEYA 1MPCA 3C33A 2FNCA 1OMPA 2ZNUA 2Z23A 2QSXA 3FZVA 4M1VA 2D3IA 4NE4A 3UGWA 2V3UA 1DTGA 4PE5B 3BFUA 1CB6A 5L9OA 2XX9A 2Y7PA 1EH3A 3LSLA 4R73A 3Q28A 2GFEA 1POY1 4IO2A 3VXBA 1Z7NE 1WODA 3CVGA 2HEUA 4YKIA 3S4UA 1FQAA 4POWA 2RC7A 3MPLA 3U93A 2DXYA 1IXIA 4ZEKA 4Z0IA 3CRBA 1EZPA 1DOTA 2DXRA 4P0GA 4NF4A 2I0CA 1R6ZA 3RGYA 4OESA 1P1QA 1EZ9A 4OMBA 1FQDA 1M5DA 3CFZA 3PD9A 2OWSA 4BDRA 4IO5A 2Y7WA 1D3KA 2WKYA 4TLLB 2A5TB 3FIRA 4DCYA 1LCTA 1XHYA 3ZKLA 1MY4A 4RNSA 1ZU0A 1MM7A 1S9TA 4BDNA 2KLFA 2UVHA 4OYVA 1DMBA 4FEBA 3H4ZA 4KFQA 3LR1A 4GQOA 3K4UA 4WKMA 3KOTA 3D4GA 1OLAA 3H06B 4QHQA 1VFEA 4OWDA 3TAJA 3TTRA 2GHAA 5CC2A 5TP9B 5M2VA 4KCCA 2AL4A 4R6HA 4DCXA 4X1BA 5TU0A 3GLBA 4ZE9A 1P1WA 3Q29A 2CZLA 4H1XA 1B6HA 3PGFA 4LVQA 2DVCA 3MWBA 1N3XA 1QKBA 4G77A 4ELRA 3TTNA 5I56B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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