4GIZA

Crystal structure of full-length human papillomavirus oncoprotein e6 in complex with lxxll peptide of ubiquitin ligase e6ap at 2.55 a resolution
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAELTLQELLGEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Viral protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, UBIQUITIN LIGASE EA6P:
publication title Structural basis for hijacking of cellular LxxLL motifs by papillomavirus E6 oncoproteins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.2.26: HECT-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gizA01
2XXPA 1QUJA 1US4A 3I6VA 5I57B 3ECRA 5I57A 2XXXA 1SYHA 2F36A 1P1OA 4IO6A 3PU5A 4NEDA 2DE2A 2OLBA 1MXXA 1B9JA 4YKPA 4OEUA 4R74A 5I58A 1VE4A 3KN8A 1AOVA 4NWDA 1A40A 3C31A 3IB0A 1SW2A 4H8IA 3KZGA 5EYFA 1I69A 2XXTA 5CMBA 1DOTA 3S9EA 1NNKA 3CR9A 3TTKA 1SQYA 2RINA 2REGA 4H1XA 4QSDA 3R7XA 5IAIA 1II5A 1WDNA 3FXUA 3C32A 4N13A 1Z7NE 2R6GE 2VP1A 3IR1A 2XXQA 4RK2A 4YU0A 4HCWA 3OELA 1FQEA 4F29A 3KOTA 1KWHA 4BDMA 4RPNA 4ZEDA 4OZ9A 1URDA 1S50A 3ZS6A 2LAOA 4F1YA 1P1QA 4MH5A 1ANFA 3EN3A 5A5XB 5CMKA 1B4HA 3PPPA 1LSTA 4JSDA 2REJA 4EDPA 1B46A 2V93A 3E4RA 4RJZA 2Y84A 3IORA 3N6UA 4NE4A 3VVFA 2Z22A 3M3KA 2ZMBA 4YICA 2D5WA 4ZECA 5L9SA 3GLBA 4G8NA 1N7XA 4O3CA 2XXRA 4ONYA 1XT8A 1MY2A 2XXYA 4RY1A 3U72A 1B7UA 3LC8A 4G68A 2QMXA 4OWDA 1QKBA 1QJMA 2DSFA 3R26A 3W9WA 3IL1B 3A3CA 5AA4A 2V84A 4ELPA 4EXKA 4IGRA 3N26A 4MFIA 4R9GA 1EZOA 4I9DA 4GLIA 3FVKA 2DOJA 3CVGA 4ZEFA 2QL3A 3ILUB 3FASA 3Q27A 3C35A 1MY3A 4YZZA 5I84A 2I4BA 4IO4A 4YKKA 4LP2B 2V3QA 3ZKKA 3DM0A 3OEMA 2RC7A 4F19A 2PX1A 4U1OA 1Y4CA 1L5TA 1LFHA 3V89B 4GL0A 3KFMA 1A7LA 3FJGA 3K00A 3PD9A 1PB9A 3TELA 3CG1A 1SDXA 4QF9A 3PUZE 2DXYA 2B3BA 3ODBA 5FHNA 1SBPA 3DLNA 3E9XA 4Q5TA 3HSTA 3N94A 2F7CA 2QPQA 5H8HB 1POY1 5DTBA 4K3FA 1OLAA 4DDDA 3MPLA 2X7PA 4H65A 3CI8A 4G2ZA 2AL4A 3VV5A 3CFXA 1B3FA 4UACA 4DLDA 3KGCA 4G68C 4POXA 1US5A 4BLAA 3UORA 5H8NB 1FTMA 4I8CA 4X9TA 2Q9TA 2I4CA 4XKQA 1IZ1A 1CE2A 3T9HB 2DXRA 1J1NA 3SETA 1I6AA 1S9TA 4KQPA 1JW1A 1POTA 3PUXE 1LGBC 3H06B 2ZNUA 2QSXA 3IO6A 2VD2A 3OEKA 1SVXB 3FZVA 4LQ2A 4OEVA 1DSNA 4C1UA 1Y1ZA 1XS5A 1FQCA 4QSEA 2Y7RA 5I2KA 4MLVA 4GXAA 5AA1A 4F2OA 3B6QA 3VDFA 3VVDA 1A99A 2UVJA 3UA8A 3TZAA 1TWYA 1QULA 1B3EA 1JEVA 3RT6B 3FIRA 3K6VA 3KSXA 4H5GA 3FUZA 1EZ9A 1Z7ME 2XX9A 3HO7A 1MY0A 3PPQA 2O51A 3H6UA 3UK4A 2AYSA 1FTJA 4IO3A 4WXJA 1OQGA 3LSLA 4U21A 1D9VA 3SEYA 1BIYA 3IO4A 1MM6A 3A3UA 1MQDA 1RKMA 2UVGA 1OIBA 4OETA 2CMOA 3TCGA 2HFBA 2OCUA 4YKIA 3D4GA 1LB8A 4JDFA 2I48A 3W9VA 4M1VA 1TFAA 4GQOA 4IO5A 4RXLA 3TEPA 2D3IA 3TMGA 5TP9B 5TP9A 3U94A 4M4GA 3E3KA 2F8DA 3BKIB 4N6PA 3OSRA 1N3XA 3RN8A 4Z7EA 4U4XA 2Y7PA 2QS1A 4GVOA 5I59A 3IAZA 3MVZA 4QFNA 3H7MA 4QSCA 1Y1MA 3FXRA 4NF8A 4F1UA 2PT1A 3K01A 4POWA 1D4NA 1NH8A 2O7IA 3MP1A 3V8XB 4NF4B 3ZSFA 5H8QB 3QIMA 4IB2A 4BDOA 1OVTA 1QUKA 2GH9A 2O84X 2Q8JA 5HBCA 4OTEA 3HN0A 1LB9A 1N76A 4OYVA 1R6ZA 4R6YA 3WAFA 2HQ0A 5AA3A 2H9BA 1SW5A 4BDQA 4NF6B 1P1WA 5HPQA 4IO2A 2VD3A 4P0IA 2XX8A 3KN3A 5LOMA 4WEDA 3G3KA 1VSOA 5ELVA 4FATA 2GHAA 2QS4A 4F3GA 4QFLA 4FEDA 4ZEKA 2ZYMA 3OXNA 2F6GA 4ZZAA 3UN6A 4JSOA 3KJTA 1H76A 1IXCA 4DIGA 3IOVA 1HSLA 2A5TB 3ZKLA 3SEVA 2F78A 4LQ5A 1YTVA 2V3TA 3T96B 3THIA 3B6TA 1IUDA 1P1NA 2X7QA 4LZ5A 1HSEA 3QXMA 2I0BA 3SEWA 1A8EA 2V25A 3I5OA 1M5CA 1VFDA 1PEBA 1MY4A 2A5SA 4UA8A 4F1VA 2B3FA 4NTLA 3TTNA 2D21A 1BTJA 3TCFA 3RTWB 4PETA 5I58B 1MH4A 2HAVA 5M2VA 1FTLA 3PUWE 3RLFE 4IGTA 3RQTA 1PB7A 3MVWA 3G3FA 1USYE 4XKNA 1UIVA 1O7TA 2Q2AA 1WODA 1MQJA 4TQUQ 5ISUA 3RPWA 3T9UA 1DTZA 3FVNA 1D3KA 4U2RA 1UTHA 3KG2A 1B5HA 1B32A 2R71A 1IXIA 1PDAA 4KCCA 5KCJB 3O6IA 5KCJA 3F11A 1SI1A 4DCXA 1ATGA 1BKAA 4F2QA 2KLFA 3H4ZA 2PBWA 4RK9A 1R9QA 3K1NA 3G3JA 4OVJA 1RYOA 3FVOA 4OFJA 2O68A 1FTOA 5CM6A 3MWBA 3N5LA 4LUBA 3O2AA 5H8FA 3UIFA 2DE3A 1QKAA 1B3HA 1SI0A 2CZLA 2DS9A 2H99A 1JQFA 1MXUA 3LSFB 5L9MA 4H5FA 1B5JA 1IITA 4U22A 1NL5A 2H25A 3TCHA 3R6UA 4QFKA 4R6KA 3FV1A 3MAMA 4DXBA 1WVJA 1TFDA 3K6WA 3SEUA 2VOZA 3EPEA 4O3AA 2OK2A 4KYSA 4N07A 2OJTA 2RCBA 4OENA 5BWJA 4FE8A 2ONSA 4ZDMA 2VHAA 4GOTA 1JETA 2GFEA 2F34A 4KCDA 4RYAA 2F5XA 3K6XA 3FJ7A 1GGGA 4ZEBA 4G68B 4XKPA 3BFUA 1Y4TA 2DVCA 3QYTA 2F6PA 1Y3PA 3Q26A 3PV0E 3EF7A 5AA4B 4DE8A 3KN7A 3CSGA 1Y9UA 4GIZA 1T0KA 3OMBA 1R1NA 4FECA 3RUMA 3C4MA 1MXYA 1HSJA 3TKDA 3N6TA 3EQ1A 3QK6A 2P1SA 3VLWA 4P0GA 5DVIA 1A54A 2I49A 2X26A 1USYH 4PFTA 1OLCA 5AA2A 1PB8A 3T22A 1I6QA 3V5AA 3O28A 2P2AA 2I6EA 2O7UA 4NF5A 1S7YA 2DVZA 4KD5A 1FQAA 3E13X 1MS7A 1XOCA 5K2XA 3LSWA 2ZXTA 4RNSA 4KPTA 2DWHA 1IXHA 3MVXA 4F3SA 2DQVA 2I0CA 3U93A 4PFYA 3FJMA 4IO7A 2RKMA 3BFTA 2F7AA 1B6HA 3GXAA 1P99A 3T9VA 4ZE9A 2ALUA 3OO6A 2ABHA 1TXFA 1VFEA 2XHDA 3IOTA 1MRPA 1EU8A 5TU0A 2NWJA 1ZJLA 1CB6A 3P7IA 4PFUA 3PPOA 4H8JA 1LBCA 3PUYE 2UYFA 1UQWA 1PBPA 1LCFA 3T93B 3KEIA 1YPNA 3GBBA 4GRKA 3HCQA 3G7WA 2ZNSA 4IY6A 3HV1A 1B05A 3IB2A 3EHTA 4XIGQ 1MPBA 4Q30B 3PGFA 1MQIA 5KDTA 3MP8A 5I2KB 2DWJA 4LVQA 3DP4A 4R6HA 1OVBA 3MQ9A 5DEXA 4LZ8A 3LUYA 2NOOA 2QRYA 4DZ1A 3H6WA 4EF1A 4R9FA 3TODA 2HZKA 4G4PA 3M8UA 1MY1A 4NMYA 1B1XA 1B51A 3JYRA 1URGA 3RY3A 2XXUA 1N7WA 4BDNA 1AIVA 4JB7A 1LFGA 3TUSA 1SYIA 4KYDA 2FYIA 2Y7IA 3LSXA 2IA4A 3S9NC 1Y20A 5DVFA 2ANJA 2R9JA 4LONB 5ICQA 3U1OA 1DPEA 2DP8A 3GBAA 4FORA 3OO9A 1LBBA 3IOWA 5I56B 2H98A 5I56A 4QRZA 1B7ZA 1TT1A 3TDJA 4XTCQ 3QUJA 3B6WA 3Q25A 1LAGE 1UTBA 3SDFA 4GL8A 1BLFA 3VFJA 3GZGA 4I62A 4FJPA 3MP6A 3TTMA 1GVCA 3TFLA 2XXIA 5I59B 1JNFA 1IXGA 2Z8EA 3EHSA 3S2VA 5JTYA 2AL5A 4NF8B 4GFRA 4H67A 1VR5A 2I3WA 3CIJA 3K2DA 2YLNA 4H0WA 5K2YA 3FV2A 4RPOA 4DXUA 2UVIA 2HEUA 4RA1A 1DPPA 2PT2A 4C1TA 1LLSA 3TAJA 1BP5A 2I3VA 1EZPA 3IX1A 1B7HA 4YB7A 2NXOA 3Q29A 3MBPA 4X1BA 1UIUA 4ECFA 1SD3A 1IQ7A 3DELB 2ZNTA 1JEUA 3CRBA 2NVUB 3B7DA 4OFOA 4OESA 3K1MA 4BDRA 2O6AA 5JEIA 1RYXA 5AA2D 2IEEA 1AL3A 5ITOA 2RF1A 2YPNA 1B2HA 2FNCA 3K02A 1JVXA 3TTLA 4Q0CA 4L17A 3QSLA 2P0SA 3Q28A 1QUIA 4LA9A 1B0LA 5JK4A 3CSBA 2XXVA 3MW0A 3T66A 4ESXA 1GV8A 5FHOA 1YCJA 3FXQA 1MG1A 1H44A 4YB5A 3CFLA 5F1QA 3VLUA 1MM7A 3TPAA 4R73A 4YB6A 4QHQA 2QMWA 2VGQA 5L9OA 4ELQA 2ZYNA 3D4CA 2FA7A 4F3BA 4Q8RA 2OBGA 3VLVA 4AB6A 4ZE8A 4X1DA 2PMSA 2HZLA 1XVYA 1Q1KA 3S9MC 4OHNA 3IJOB 5IKBA 2O69A 2QJEA 3KJ7A 4KI0E 1FQFA 2G29A 5F7VA 1UTHB 3RNNA 4LZ7A 1XC1A 5CBSA 1DTGA 4H6DA 3L6GA 1EH3A 1ZBMA 3OO7A 1ZU0A 2PYYA 4FAJA 2XXHA 1QVSA 1MXZA 4C0RA 2Y7KA 3CG3A 4F22A 1F9BA 2ZYOA 1FW0A 4OQOA 3MZ1A 5TPAB 5TPAA 4R2BA 1DMBA 4FEBA 4GD5A 5H8FB 2H4IA 3O9PA 3O29A 1MPCA 1P1UA 2XD2A 1FTKA 3T9XB 1GR2A 5CMMA 4JXIA 1FCKA 3FATA 4R2FA 1AMFA 1O64A 1JW4A 3ONMA 3FD3A 5A5XA 1NNFA 3TQLA 3SEXA 4GXSB 3KBRA 1GTKA 1N04A 2UYEA 4EQ7A 1A8FA 4OERA 1N3WA 3TQWA 4MF3A 2WKYA 1NNPA 3DP6A 4I1DA 2ONRA 2GHBA 1I6BA 4R72A 3TTRA 1PC3A 3VE1B 4JWXA 4TOZA 1NH7A 3QUFA 5ITPA 1QW0A 4Z0IA 2ONKE 4GWOA 3OOAA 3KSJA 2OWTA 3O97A 3PPRA 3BBRA 5CMCA 3PMWA 4X48A 2OZZA 4KR5A 4BDLA 1JVYA 4F18A 3HHFA 4XKRA 3C34A 4EUOA 1URSA 1FQDA 4ESWA 3U92A 1YAEA 2GRVA 1O63A 4LATA 5DYHA 2RCAA 3MZ9A 1H43A 3OO8A 3RTFB 4TLLB 4NWCA 5AA2B 1MXWA 1B3LA 3S4UA 4O3BA 3TYHA 4P11A 5CC2A 1NMUA 1SW1A 1NFTA 3W15C 4EQBA 1B5IA 4YAHX 4NF5B 4WKMA 2PVUA 3PMVA 3L6HA 3WAEA 4AQ4A 3PD8A 2F35A 1H45A 4YMAA 2Q88A 4TLMB 4HCYA 1M5EA 3H3GA 5HM4B 1MDQA 5CBRA 4MLQA 5CRYA 5J1DA 1MXVA 1M5FA 3PPNA 4G8HA 3HPIA 5H8HA 1SW4A 1H3DA 4G77A 2DWAA 1LCTA 4FIMA 4E0XA 1B3GA 4ISUA 1B4ZA 3PMXA 4EQ9A 2DWIA 3C33A 1Y3QA 5H8NA 2QS3A 2M8CA 4AB5A 3VVEA 2Z23A 1OMPA 3VXCA 4F3PA 2I58A 5DVJA 5KDTB 5I2NB 5I2NA 4JWOA 1B40A 1M5BA 4U1ZA 3MJNA 2THIA 4QFPA 2Z8FA 1AH5A 1NKXA 3OSQA 5DEXB 1D9YA 3O6HA 3QAXA 4ELRA 4ELOA 5B70A 3SERA 1ZMGA 1N0TA 3UP9A 4DXCA 2Y7WA 4EXLA 4KFQA 1MH3A 3K1PA 2QS2A 3AXFA 3M3FA 1ZTYA 4KHZE 2XXWA 4ZZEA 3A09A 2XD3A 1LAXA 4JBZA 5AE4A 4G8MA 5L8DA 3G3GA 1FQBA 3SESA 4IY5A 3U8QA 3IJXB 1Y3NA 2ZYKA 2B65A 3G3IA 3MPKA 2G93A 3SKPA 3G3HA 4F39A 2W7YA 1A55A 3K6UA 4R75A 3USDA 1XHYA 4HTGA 1B0HA 2F7BA 2O1LA 5EHSA 3CFZA 1MQHA 3IOUA 3C36A 1N84A 2YJPA 4THIA 5FTHA 1UTBB 1PBQA 2DE4A 1IIWA 1Q35A 4OXVA 3M3LA 3K0VA 2Q89A 3H6TA 3S9LC 2E0SA 3O66A 3LBSA 3O6GA 5H8SA 3V83A 2RC9A 3OD7A 4JWYA 5JTYB 4QFOA 5FTIA 3ILTB 3K4UA 1LFIA 4ZEIA 3IK6B 1B52A 5KZTA 2HXWA 4PP0A 2Z8DA 1ZKBA 1ELJA 1MDP1 5ICTA 1B58A 1XVXA 2NUVA 2OWSA 2UVHA 3DP8A 3VXBA 3UGWA 4E0WA 4NF4A 4OMBA 5H8QA 1OQHA 4DCYA 4U4SA 1LAHE 3PUVE 4KYEA 3MZBA 4GF8A 3H03A 3LR1A 5CI5A 5BUUA 1JW5A 3HHGA 2DYXA 2BJJX 1M5DA 4MBPA 3JV9A 2RC8A 3RGYA 2H5YA 4ND9A 4ZS9A 3I3VA 3IB1A 4NF6A 3MUQA 5B7DA 4F31B 1B1HA 1NNTA 3FGSA 3MC2A 1ZIUA 4U23A 4PQJA 5EHMA 2Q2CA 3EHUA 2HCAA 2O1MA 3RT8A 3KOSA 3C9HA 2XX7A 3H6VA 4HW8A 2HAUA 1MQGA 4WEPA 3JZJA 5DT6A 4PFWA 2ESNA 4OFLA 4YMBA 1MPDA 1LAFE 2F97A 3MVYA 4XXUA 2A5TA 2UXAA 4PE5B 3OENA 1ZLQA 2AIXA 3FVGA 4HS7A 5FHMA 2E1SA 1IEJA 4YKJA 1R9LA 4EF2A 2V3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXPA 4OVRA 1QUJA 1US4A 3I6VA 5I57B 3ECRA 5I57A 2XXXA 1SYHA 2F36A 1P1OA 4IO6A 3PU5A 4NEDA 5LDZA 2DE2A 2OLBA 1MXXA 1B9JA 4YKPA 4OEUA 1LBYA 4R74A 5I58A 1VE4A 3KN8A 1AOVA 4NWDA 1NUYA 1A40A 3C31A 3IB0A 1SW2A 3HFUA 4H8IA 3KZGA 5EYFA 1I69A 4AS4A 2XXTA 5CMBA 1DOTA 3S9EA 1NNKA 3CR9A 3TTKA 2B4LA 3SZPA 1SQYA 2RINA 2REGA 4H1XA 4QSDA 3R7XA 5IAIA 1II5A 1IMFA 1WDNA 3FXUA 3C32A 4N13A 4I40A 2XWOA 1Z7NE 5IM2A 2R6GE 2VP1A 3IR1A 2XXQA 4RK2A 4YU0A 3EKIA 5A5LA 4HCWA 4O7IA 3OELA 1FQEA 3MYUA 4F29A 3KOTA 1KWHA 4BDMA 4RPNA 4ZEDA 4OZ9A 1URDA 1S50A 3ZS6A 4GWUA 2LAOA 5IZ3B 4F1YA 1P1QA 4MH5A 1ANFA 3EN3A 5A5XB 5CMKA 1B4HA 3PPPA 1LSTA 4JSDA 2REJA 4EDPA 1B46A 2V93A 3E4RA 1KA0A 4RJZA 2Y84A 3IORA 3ISPA 1G0HA 4I3EA 3N6UA 2P3NA 4NE4A 4GX6A 3VVFA 2Z22A 3M3KA 2ZMBA 4YICA 2D5WA 1FBDA 4I3YA 4ZECA 5L9SA 1FBEA 3GLBA 1AWBA 4PAKA 3FXBA 3GYYA 4G8NA 1FRPA 1N7XA 4O3CA 2XXRA 4ONYA 1XT8A 4MCOA 1MY2A 2XXYA 4RY1A 3U72A 1B7UA 3LC8A 4G68A 2QMXA 4OWDA 1QKBA 1QJMA 2DSFA 4HXVA 3R26A 3W9WA 3IL1B 4GWSA 3A3CA 5AA4A 2V84A 4DI4B 4ELPA 1FPBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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